3WDPP

Structural analysis of a beta-glucosidase mutant derived from a hyperthermophilic tetrameric structure
Total Genus 189
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
189
sequence length
472
structure length
472
Chain Sequence
AKFPKNFMFGYSWSGFQFEMGLPGSEVESDWWVWVHDKENIASGLVSGDLPENGPAYWHLYKQDHDIAEKLGMDCIRGGIEWARIFPKPTFDVKVDVEKDEEGNIISVDVPESTIKELEKIANMEALEHYRKIYSDWKERGKTFILNLYHWPLPLWIHDPIAVRKLGPDAAPAGWLDEKTVVEFVKFAAFVAYHLDDLVDMWSTMNEPNVVYNQGYINLASGFPPGFLSFEAAEKAKFNLIQAHIGAYDAIKEYSEKSVGVIYAFAWHDPLAEEYKDEVEEIRKKDYEFVTILHSKGKLDWIGVNYYSRLVYGAKDGHLVPLPGYGFMSERGGFAKSGRPASDFGWEMYPEGLENLLKYLNNAYELPMIITENGMADAADRYRPHYLVSHLKAVYNAMKEGADVRGYLHWSLTDNYEWAQGFRMRFGLVYVDFETKKRYLRPSALVFREIATQKEIPEELAHLADLKFVTRK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-glucosidase
publication title Structural analysis of beta-glucosidase mutants derived from a hyperthermophilic tetrameric structure
doi rcsb
source organism Pyrococcus furiosus
total genus 189
structure length 472
sequence length 472
chains with identical sequence Q, R, S
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2013-06-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
P PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3wdpP00
3J7HA 4PTMA 2BY3A 1HXJA 5BXSA 4UNIA 3KZSA 4WSKA 4OJYA 4WJXA 2V3FA 3GZAA 3WNOA 1FA2A 2XUCA 3SCNA 2VX7A 3M6DA 4PUEA 4QFUA 3HJEA 1QI0A 4AZIA 1V3HA 4KMQA 4PMZA 2BVDA 4TX6A 3AJ7A 4JCLA 5IDIA 1GJWA 3VD5A 2PC8A 4AZGA 3BCFA 5GNZA 5HBFA 2D1ZA 3BLPX 3SCRA 2PWGA 1XYFA 1QI4A 1DEDA 1QNOA 3D5HA 3SCQA 2NT0A 3ZJ6A 2DIEA 2UY3A 4XZWA 3WSUA 3DHUA 4GPNA 1JDDA 3WD0A 3SUUA 4TTGA 1VBRA 3WNMA 2Y2WA 2XYLA 5CPTA 5IFPA 1W2PA 4PYSA 1OGSA 3VM7A 4B15A 2WVVA 3PZQA 2XWEA 3UR7A 3TTOA 3WD3A 2DSWA 3IAQA 1E43A 2A3EA 2YBUA 1EO7A 4ZXOA 2ZIDA 3SUSA 3CO4A 2XG9A 3DYPA 1FH8A 4FLRA 2ZX6A 6A3HA 4RE2A 1ODZA 4MB4A 8CGTA 4KRTA 1TZ7A 2X0YA 2YBTA 1E6QM 2YL9A 2E9BA 3BAXA 2WNWA 1UD3A 1UD2A 4W5ZA 4ZXLA 1G5AA 2Y24A 2Y8VA 4U2YA 4BF7A 1GQJA 3A6OA 1KR1A 3EBVA 4H04A 3WDIA 2F2HA 4D6HA 4Z2KA 2ESCA 1ZJAA 2EXOA 3MANA 5BXTA 1PX3A 2X1IA 1G01A 5CGTA 1RP9A 3SCSA 3MSDA 4NRSA 1TR1A 3WQ6A 1PJ9A 1NWTA 3AISA 1GPFA 1V0NA 2GJXB 4AIUA 1MFUA 1FFRA 1BFNA 1M01A 3W28A 4F9JA 2DIJA 4LYPA 1OB0A 4AZ6A 3B9EA 4AD0A 2UY5A 5D9MA 1V0LA 4GZJA 4M81A 3L4UA 3PZTA 1JZ7A 1JFHA 3AYSA 3CZKA 3N17A 2FHFA 3BMWA 2EJ1A 3ARSA 2BXYA 1K9DA 2VQUA 4X0NA 2WBKA 5F7UA 1UHVA 1V08A 4PCSA 1CGTA 3WY1A 5A6LA 1R86A 3ZJKA 3BC9A 3SUWA 4JFUA 3DHPA 3IANA 2CKRA 2EO7A 2DSZA 5CXPA 3WKZA 2XTKA 4Z2IA 2GFTA 4E8CA 4P8VA 1D2KA 1CWYA 1R87A 3HU7A 3TTQA 1V6YA 1UD8A 2WAGA 4PTVA 2XHYA 3O9NA 1RPKA 5A8NA 4JFVA 3QOMA 3UETA 3W53A 1E9LA 4HOWA 1EQCA 2GK1B 2GJPA 1KXVA 2ZXBA 5E9AA 5AC5A 3MO4A 1HNYA 3AHZA 3CMJA 2YDSA 3VTRA 2CYGA 2TAAA 1BPLB 2XVPA 1UKQA 4WK9A 2J62A 1JIBA 3AZSA 1E4NA 1QPKA 2WSPA 2OWWA 4RL3A 4R27A 3ARUA 2PWHA 4HMCA 1JG9A 3NSMA 1EOKA 3ZT5A 1JZ3A 2WHLA 4UQAA 1C8QA 3N13A 4DUVA 3VO0A 1U33A 2J79A 3MUIA 3AHYA 3GXMA 1XH2A 2XSBA 4KRUA 3IJ9A 1XHGA 3NSNA 1C93A 7A3HA 4D71A 1H49A 5ECUA 3G6LA 2BY1A 4CU7A 1V3KA 1WKYA 3KL3A 3L4ZA 3VIOA 3FHQA 4LYQA 1E15A 3HN3A 4K68A 1W1YA 3W4RA 5HPOA 5LA2A 3OG2A 3AICA 3WELA 4PMVA 1XC6A 2V3EA 2PF0A 1WO2A 4BA0A 2J7EA 1R8LA 3GNPA 1BTCA 2DH2A 2CHOA 1CGWA 1S46A 2JEQA 3S2CA 2A3HA 3S6TA 4CN4A 4JHOA 5A2BA 4MJ2A 4PTXA 5ABEA 4M82A 3ZO9A 3VD3A 1H11A 3VMOA 3DECA 2CKSA 1GZJA 1HVXA 2XM1A 1WDQA 3CTTA 1QI2A 2JIEA 1UH4A 3CZJA 3IAPA 3AMKA 4Z2LA 4GO8A 4A3YA 4AIEA 2WCSA 3EDDA 4H8VA 1TG7A 1NOFA 3MUY1 1TE1A 1CYGA 5LA1A 2IUZA 2E4TA 2QMKA 3I3BA 3TOPA 3WH8A 1GOIA 1OSEA 2EEXA 2OWCA 3WD1A 1VJSA 4RE4A 2CITA 3B9DA 2VRJA 1JXKA 1C3FA 2VO5A 4MAVA 1BYBA 2WMJA 1QHOA 4UTFA 4JFWA 2JIWA 2BVTA 3BCDA 1ISWA 1K6AA 5A6JA 1V0MA 5M5DA 5E70A 1IZJA 4HMEA 3BGAA 3VDHA 3OBAA 3KE0A 4W87A 2JE8A 1BVZA 3FAXA 1TCMA 1PIFA 4PMQA 4PBGA 3T2PA 2VR4A 3WQWA 1UKSA 2WWCA 1MW3A 4W86A 1EHNA 1JDCA 2VI0A 2OWXA 5CLWA 3RILA 4UFLA 2J7DA 4EE9A 4UQ9A 2YA0A 3SURA 2WKLA 5IFTA 1CTNA 1JNEA 3TA9A 2ZXAA 1GQLA 5AYBA 2YA1A 4JFTA 1LQ0A 4QLJA 5M17A 1X6NA 2G8ZA 3AXHA 2Y8KA 3CZEA 2EPMX 1QNSA 3MS8A 2VVNA 2JFEX 3AFBA 2BFGA 1LF1A 3EDFA 4PMXA 2Q8XA 2XVGA 1IZKA 4IISA 1E73M 2D23A 3T0AA 1E72M 1HP4A 2WLZA 4QLKA 1BG9A 2XSAA 3AIEA 1J0IA 3VKKA 5BRQA 5A8MA 1NQ6A 1V6XA 1XCXA 3MMDA 4CGTA 2PBGA 4OIFA 3U57A 1CXFA 2BY2A 3KWXA 5DO8A 2X05A 3UG3A 3WH7A 2DT0A 4XV0A 3VM5A 4MNMA 1BHGA 2ZXQA 3M46A 4B3KA 5KEZA 3U5YA 3KL5A 2O92A 5CJ5A 4MNKA 4TVUA 3PZGA 3OLIA 4UQEA 1B3WA 3L4VA 1E3ZA 3AHTA 1JDAA 4NSBA 4GKLA 2QV4A 4MPKA 4WKFA 1VBUA 1UR2A 4FMVA 1ECEA 3F4VA 5JIPA 2EPLX 3VOCA 4R5EA 1ZU8A 3PZVA 1EDQA 1E6SM 2WMIB 1PX8A 4FLSA 1E4MM 3VDCA 5CG0A 3W29A 1KXTA 4KGJA 3VILA 1UWRA 3ALFA 1B3VA 2VZOA 1KQYA 2Z1KA 2D0GA 3VD9A 4MB3A 4YPJA 5JIWA 1J0YA 3UG4A 3L2LA 1JYXA 3RJYA 3FN9A 4B16A 4OOUA 4ACZB 1JI2A 2VQTA 3VIJA 4PMDA 2VCCA 3CZGA 1VRXA 3ARTA 1B30A 1V02E 4W8LA 3W26A 5CPSA 1TA3A 4B3LA 2E9MA 1G1YA 1WNOA 2PI6A 4F79A 3NUKA 4HP5A 4D6CA 1UZ1A 3OZOA 3MU7A 3UESA 2UY4A 1MXDA 3MKKA 3AS2A 3PZOA 4OZOA 1GCYA 4CUCA 5M3WA 2XGBA 1NWSA 4JKMA 2IXVA 4W89A 1VEMA 5E6ZA 1W9PA 3W27A 1GVIA 1HX0A 4GI8A 3AXIA 3RJXA 4TXEA 3NDYA 3ARQA 5DFAA 3CZLA 4OUEA 1WDSA 1BLIA 2J75A 4JZ5A 3THDA 3MSGA 1PPIA 3IK2A 2DSVA 2WC3A 4UCFA 3CPUA 2WMFA 4QDMA 4ATWA 4URIA 2VR5A 4GZEA 3ARXA 4CN6A 1E6NA 1FHDA 3ARYA 1X6LA 5EFFA 4ATLA 5BCAA 1JAKA 4J3WA 4HMDA 4XX6A 2XVNA 2Y4SA 3RM8A 3K8MA 4P7NA 1HJUA 3NSXA 2XWDA 1OBAA 5CLTA 4XUYA 3SCWA 3I3EA 2J7CA 3BH4A 1LJYA 2BS9A 1ZBCA 4UQCA 1JXJA 1UKPA 1UKOA 3DYMA 2GUYA 2J8GA 1JGIA 3AROA 1HT6A 1CXEA 4JFSA 2A3AA 4AC1X 1UWIA 1UOKA 4LGXA 1ZBWA 1WZLA 4AEEA 1UWUA 3OIHA 3MV01 2J47A 4F8XA 2XIIA 1GJUA 3VGHA 1KGXA 1WP6A 4CCEA 1MW2A 4P7QA 1QBBA 1DWAM 4GINA 4ZFMA 4D1JA 2VL4A 2G4FA 4CD7A 5D8ZA 1WZMA 2WCAA 1CLXA 2ZX7A 3AIVA 4UFJA 3VGBA 4F9DA 1GOWA 2PBOA 1G9HA 4Z2GA 4D6EA 2VRQA 2CBVA 1U30A 5A2AA 4FK9A 1LG1A 3A4XA 5C8BB 3VIKA 4CCDA 2ZUSA 3U7BA 2CERA 1J10A 5FCZA 1F4HA 4CD5A 3VNZA 3CUJA 3WNLA 4W8BA 1GQIA 1CBGA 2GDUA 1BYAA 2W4XA 2C0HA 4H41A 3WF3A 4TX8A 3VGGA 1NP2A 4HA1A 3VD7A 4QLLA 3SEPA 3RDKA 4PN2A 2NSXA 3AMDA 3WUBA 7TAAA 4P8XA 1GOQA 4M56A 2WVTA 2OSWA 3D3AA 4GIAA 4E8DA 1VFOA 3ARRA 2EQDA 1HKJA 4AIOA 1BYCA 5FIPA 2XVLA 3W81A 3BMVA 1B2YA 2ZX9A 1JI1A 1O6IA 3JUGA 1V6WA 1CPUA 2ZWZA 3WF4A 2PWEA 4U5IA 1EOMA 1UQZA 4GI6A 3AQUA 3GNOA 3K4AA 3KEHA 3IJ7A 1HL9A 1J0ZA 3IJ8A 2WSKA 5LA0A 1LG2A 3W37A 5ABHA 4CVWA 4JCMA 4DWSC 3WQ8A 4AZBA 1W3HA 4QCEA 3AYRA 1CNVA 1GNXA 2GJRA 1GHSA 2VNCA 4UQDA 1XSIA 4JIEA 3VU2A 1LLOA 5M03A 1CIUA 2J7HA 1J9YA 4IPNB 1D7FA 1U2YA 2VX5A 1QVBA 2J7FA 3FHAA 3BAWA 3AIBA 1W3LA 2XIBA 2WBGA 4WLCA 1E40A 2WPGA 3ZQ9A 4ZE4A 2VCBA 3VGEA 1AMYA 3WUFA 1XSKA 1E4LA 5IHSA 3VIPA 2CXGA 5CSYA 4D6GA 4JAWA 1OGBA 1MYRA 1H0IA 2WC4A 4H2CA 2W92A 3F5LA 5CZKA 1J0HA 1UWSA 5I23A 2VX4A 3AS1A 4XB3A 2WMGA 3RPMA 1KQZA 5HDRA 1LWJA 3CZ8A 3A4AA 2WZHA 2DT3A 1B90A 1W32A 5IXEA 4HZ7A 4P8WA 1EO5A 1RH9A 4P7OA 4A3HA 3FXYA 3VDAA 2D2OA 5DT7A 3L2MA 3NIYA 1E56A 1CXIA 4PSRA 2AAAA 4KWUA 4J3UA 5FL1A 3QGVA 3GXFA 1J11A 3K8LA 4M1RA 2BXZA 4CCCA 2D22A 2WMHA 3AMGA 4C7DA 4MDPA 4HA3A 4ZENA 2WM0A 4BQ5A 1EH9A 4M80A 1TA3B 2YDQA 4DWSB 3ECQA 3BSGA 3K1DA 2W5FA 3ALGA 3WN6A 1V3MA 4JKLA 1LWHA 4KH2A 5BXPA 4CD4A 1DWFM 1PZ3A 1I75A 5FL0A 3BXWA 4OOZA 4PRWA 2WKGA 1NM9A 3THCA 3GXDA 1TVPA 3CUHA 4JL2A 4AXNA 2J8FA 3WENA 2NW0A 1DTUA 5D9PA 1EDGA 2CEQA 2CNCA 3K8KA 3VIHA 1DP0A 1N82A 5EFDA 2VX6A 3WEOA 2AMGA 2CETA 3OB8A 4MDOA 3QHMA 3HMCA 4M24A 1NOWA 1CXLA 2VTFA 4AZHA 2J4GA 2F8QA 2D0HA 1JZ8A 5C70A 3BAJA 1B3YA 4J27A 1MQQA 4H7VA 2GVYA 4PCTA 1BAGA 2QF8A 3WMCA 3ZSSA 4FF5A 3WF2A 1GVYA 4JL1A 2D24A 2X0HA 1HKMA 2YL8A 3GBDA 1UD6A 3CIVA 1AQMA 1ZB5A 1CENA 5A94A 1Y7VA 1E5NA 4P7RA 5GQBA 4GQRA 2GDVA 3OZPA 1W1PA 3SCTA 1JAEA 1VAHA 4P8UA 1A3HA 4MNLA 4HOZA 3PZNA 4H8UA 1E70M 1KCKA 1P6WA 2ZUNA 4E2OA 1UH3A 5CGMA 4AY1A 1VIWA 1QW9A 2CPUA 3BAKA 2X2YA 1VJZA 2PB1A 2X8RA 3ZOAA 3N12A 4HU8A 3EMQA 5AC4A 3CHCA 4AEFA 1FH7A 2D3NA 2ZE0A 4X9YA 1PX4A 3L4XA 1HIZA 3BAIA 5D4YA 3GYCA 2WVSA 3GBEA 2DQXA 3WBAA 2BHZA 1UA3A 1FOBA 2WZEA 2DEPA 4PMRA 1EDTA 1ZBKA 1HJQA 3VUPA 1KGWA 2WVVB 2ZOXA 3WBEA 1H0GA 2GJXA 1R7AA 4MTVA 1XGZA 3PN8A 2G3NA 4U3AA 4V2XA 4TUFA 5A95A 1XD1A 4U31A 3E1F1 3SCVA 1EQPA 4HA4A 1QHPA 2OSYA 3W6MA 2WLYA 4PMOA 1JZ2A 4NRRA 4NI3A 4W7VA 5BWFA 1TFVA 4J3XA 3WD2A 1Q6GA 1B0IA 1LL6A 4HZ6A 4J3TA 2YIHA 1E1FA 7CGTA 3TP4A 3WUEA 5KZ6A 3AOFA 1YQ2A 2VC9A 1W9BM 2QHAA 3CLWA 3W38A 5JBDA 3GXIA 1XH0A 1UR1A 1C91A 3PTQA 3WF1A 1XYZA 1CDGA 1BG4A 3SCUA 1O7AA 2YL5A 2W91A 4N42A 1QI5A 4Z2HA 1B31A 2CBJA 4HZ8A 1JD9A 2CCRA 1SR0A 8A3HA 1PIGA 2ZUMA 4DUXA 1WDRA 5A1AA 1E0VA 3AZTA 4IM4A 4V27A 3A47A 5ABGA 3LPOA 1NWRA 2GK1A 1LL4A 2WB5A 2YL6A 4QCFA 3CGTA 3NDZA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3J7H A;  4PTM A;  2BY3 A;  1HXJ A;  5BXS A;  4UNI A;  3KZS A;  4WSK A;  4OJY A;  4WJX A;  2V3F A;  3GZA A;  3WNO A;  1FA2 A;  2XUC A;  3SCN A;  2VX7 A;  3M6D A;  4PUE A;  4QFU A;  3HJE A;  1QI0 A;  4AZI A;  1V3H A;  4KMQ A;  4PMZ A;  2BVD A;  4TX6 A;  3AJ7 A;  4JCL A;  5IDI A;  1GJW A;  3VD5 A;  2PC8 A;  4AZG A;  3BCF A;  5GNZ A;  5HBF A;  2D1Z A;  3BLP X;  3SCR A;  2PWG A;  1XYF A;  1QI4 A;  1DED A;  1QNO A;  3D5H A;  3SCQ A;  2NT0 A;  3ZJ6 A;  2DIE A;  2UY3 A;  4XZW A;  3WSU A;  3DHU A;  4GPN A;  1JDD A;  3WD0 A;  3SUU A;  4TTG A;  1VBR A;  3WNM A;  2Y2W A;  2XYL A;  5CPT A;  5IFP A;  1W2P A;  4PYS A;  1OGS A;  3VM7 A;  4B15 A;  2WVV A;  3PZQ A;  2XWE A;  3UR7 A;  3TTO A;  3WD3 A;  2DSW A;  3IAQ A;  1E43 A;  2A3E A;  2YBU A;  1EO7 A;  4ZXO A;  2ZID A;  3SUS A;  3CO4 A;  2XG9 A;  3DYP A;  1FH8 A;  4FLR A;  2ZX6 A;  6A3H A;  4RE2 A;  1ODZ A;  4MB4 A;  8CGT A;  4KRT A;  1TZ7 A;  2X0Y A;  2YBT A;  1E6Q M;  2YL9 A;  2E9B A;  3BAX A;  2WNW A;  1UD3 A;  1UD2 A;  4W5Z A;  4ZXL A;  1G5A A;  2Y24 A; 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