3WFAA

Catalytic role of the calcium ion in gh97 inverting glycoside hydrolase
Total Genus 246
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
246
sequence length
718
structure length
702
Chain Sequence
MQQKLTSPDNNLVMTFQVDSKGAPTYELTYKNKVVIKPSTLGLELKKEDLDSKTNLYDGFEVKDTQTATFDETWQPVWGEEKEIRNHYNELAVTLYQPMNDRSIVIRFRLFNDGLGFRYEFPQQKSLNYFVIKEEHSQFGMNGDHIAFWIPGDYDTQEYDYTISRLSEIRGLMKEAITPNSSQTPFSQTGVQTALMMKTDDGLYINLHEAALVDYSCMHLNLDDKNMVFESWLTPDAKGDKGYMQTPCNTPWRTIIVSDDARNILASRITLNLNEPCKIADAASWVKPVKYIGVWWDMITGKGSWAYTDELTSVKLGETDYSKTKPNGKHSANTANVKRYIDFAAAHGFDAVLVEGWNEGWEDWFGNSKDYVFDFVTPYPDFDVKEIHRYAARKGIKMMMHHETSASVRNYERHMDKAYQFMADNGYNSVKSGYVGNIIPRGEHHYGQWMNNHYLYAVKKAADYKIMVNAHEATRPTGICRTYPNLIGNESARGTEYESFGGNKVYHTTILPFTRLVGGPMDYTPGIFETHCNKMNPANNSQVRSTIARQLALYVTMYSPLQMAADIPENYERFMDAFQFIKDVALDWDETNYLEAEPGEYITIARKAKDTDDWYVGCTAGENGHTSKLVFDFLTPGKQYIATVYADAKDADWKENPQAYTIKKGILTNKSKLNLHAANGGGYAISIKEVKDKSEAKGLKRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Alpha-glucosidase
publication title Catalytic role of the calcium ion in GH97 inverting glycoside hydrolase
rcsb
source organism Bacteroides thetaiotaomicron
total genus 246
structure length 702
sequence length 718
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.3: Glucan 1,4-alpha-glucosidase.
pdb deposition date 2013-07-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF10566 Glyco_hydro_97 Glycoside hydrolase 97
A PF14508 GH97_N Glycosyl-hydrolase 97 N-terminal
A PF14509 GH97_C Glycosyl-hydrolase 97 C-terminal, oligomerisation
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.70.98.10 Mainly Beta Distorted Sandwich Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 3wfaA01
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3wfaA02
3SZ8A 1MO0A 4H4IA 2DZVA 2O7QA 4TTGA 4X3ZA 4JN6A 1AW5A 1DJQA 3G0UA 3W6YA 3W1UA 5LSMA 5EBUA 3NREA 4CNPA 3G24A 4FIQA 3W1MA 4EIVA 2VFEA 3TIMA 3L21A 1I8JA 1W3IA 3G8EA 3DGRA 1JUEA 4UTUA 1W5PA 1LRTA 2A7NA 3NA8A 1DKWA 5HR6A 1FCBA 3T44A 3TROA 3TC7A 4JIQA 3I68A 1ZNNA 3HIJA 5AOUA 3ZR4A 3NVTA 3A23A 3NQEA 1C9DA 4AWTA 1OJPA 5G2WA 1RWCA 4Z1BA 4RKAA 3EB2A 4LNYA 3BLEA 4YCPA 1VLWA 4I7UA 3ELFA 3IIPA 2WVXA 1GWJA 2VC6A 5AB3A 5D2WA 1WV2A 2ABAA 4AWUA 2PRLA 1ICSA 2J88A 1PCKA 1XM3A 4JYDA 2E68A 3MWXA 1JCYA 2LLEA 2J24A 3DU0A 4IUOA 4N02A 1NEYA 1GT8A 3HPXA 1W3TA 1OJNA 2C13A 2QCMA 2ZZ1A 2QJIA 1VYSX 1FWNA 1EEPA 1W5NA 1FWSA 4UXDA 1JZ2A 3W7MA 1JJKA 4FXSA 3DI1A 3TQKA 3E0IA 3NPUA 3OS7A 1LXMA 3EXTA 4MPQA 4JD4A 1V7YA 5AC8A 1Q6QA 4UTTC 1KTNA 2VXNA 3LHUA 2WW1A 2A6LA 5E0KA 1TRDA 1FY6A 1O4UA 1P1XA 5GVJA 2C6QA 2JGQA 1FDYA 5D38A 1SO4A 4UTLA 3L67A 5KZDA 1I2QA 3W1RA 3W85A 5AN7A 4PL2A 1JQXA 2ABBA 5CPMA 2NZLA 1BWLA 4BZEA 3KHJA 1LOSA 4NU7A 3W83A 3T08A 4W9TA 5KITA 5L6UA 4M7SA 5KMYA 1RQBA 1SO3A 2W0UA 3F4NA 1SZGA 4O53A 1OJOA 3R13A 3W7HA 1UG9A 1VCVA 1PIIA 3RU6A 3QJAA 3B03A 3KVMA 2Y7FA 1H7RA 1M7OA 1XKYA 4OU1A 4LVAA 2A7RA 3N14A 5FEXA 4DUWA 1UB3A 3QRHA 4MYAA 2WSQA 1QAPA 1OFPA 1TB3A 3A21A 3AO0A 3OBAA 3MI6A 3N34A 3I7RA 3IIZA 4ZQRA 4BK9A 1L6WA 2X1UA 3F4WA 4HT3A 4QM1A 1TV7A 2X1TA 1Q6OA 5DN1A 3EX6A 1LCOA 1KM4A 3W7LA 1JZ4A 4K7YA 4EF9A 1G4EA 5EL1A 1Z48A 1JYVA 3PBUA 3L9CA 1CB8A 2VEPA 5KINA 3C2FA 1E51A 4UR8A 2WV8A 4QQ3A 3ABQA 3EXSA 2V2DA 1TJPA 4OWGA 3THQA 1TPFA 4P2VA 2QCEA 3CWOX 3PR2A 1VC4A 3IGXA 4AHQA 4AHOA 4HNTA 3MHGA 3GK0A 1PHWA 2CZFA 2VEMA 3ABRA 3DFTA 4Y8FA 3CLMA 3HGOA 4O13A 3PS7A 5D05A 3SSJA 3HPZA 2VEIA 1I8QA 1TJRA 5G2IA 3WK0A 4N4PA 2I1OA 4RR4A 2QJGA 2V82A 3VDAA 1H62A 1ME8A 1SFJA 3CU2A 3LHYA 4WUIA 2V2HA 4AHPA 1TREA 3NAVA 3LRLA 8TIMA 3O16A 1QCWA 2OT1A 4BZGA 3IVSA 5K4XA 4A29A 4JDBA 1OYCA 1A5CA 5KSWA 3MI2A 3P74A 1JZ8A 4O19A 5CZTA 3W75A 2CU0A 4M7TA 2CZ5A 4KWWA 3SGUA 3WJXA 5KZMA 2TMDA 4MLJA 3W2JA 3I7QA 1QNVA 4ADTA 3T2QA 3MP5A 3TMQA 2FIQA 1XUUA 3GKFA 3HB9A 2E5CA 1RQEA 5CGQA 5I3GA 3PUDA 2XN1A 5KTLA 2ZDRA 2YXGA 3OA3A 4XBKA 4N9BA 3W2KA 3JRKA 3N2MA 4IMFA 3C61A 2WZSA 4TIMA 4OT7A 1LXKA 2E6FA 2G5WA 4XBSA 2ZA3A 4RXGA 2ZRZA 3UNDA 3TQVA 2V8ZA 1Z42A 4O12A 3NL5A 1H7OA 1EWEA 4DO4A 1L6YA 3LI0A 4J9JA 1VHCA 1K8YA 4G1KA 1ZAIA 3TU9A 2YCEA 2JGYA 2X1RA 5IBXA 2QCCA 1VH7A 4DBDA 3Q94A 2Q8LA 1BWKA 1YQ2A 4JY9A 3NJVA 1N7OA 3VD4A 1SW7A 1HN0A 3QQ1A 3FKRA 2HTBA 3U2OA 5H2ZA 3G0XA 3TH6A 5K7JA 3S9YA 4LRSA 2HSAA 2R91A 3DYMA 3W7OA 4WY0B 1SUXA 3P67A 5C54A 5EMUA 3UWYA 3TDFA 4YLWA 2YFOA 4QNWA 3W86A 3MO7A 3NQ2A 2C0AA 3O07A 1EGUA 4O10A 5K4ZA 5LNRA 4IOTA 3O63A 2A6NA 4E0CA 3V1PA 2JKAA 3UWUA 3LHTA 3E49A 1G7VA 4DBEA 1I4NA 1VLIA 3IGSA 1C29A 3UWVA 1WOBA 2C18A 1W5MA 3NYZA 2E24A 5LGXA 3LCFA 3TXVA 4UTIA 2H6RA 2HMCA 4MKNA 3QPZA 3LRKA 5E1QA 2BWGA 3GNNA 4MYXA 3BG9A 3DI0A 5DCBA 3O1NA 2FB2A 4K36A 1AG1O 5K9DA 2QKFA 2V2CA 1RW9A 3A9IA 4O54A 3D0CA 3L2IA 3NQAA 4ZVJA 2QDHA 2ZRUA 3T2OA 1BEUA 3W3OA 4DPQA 2QEZA 3B0PA 3T2PA 2ATMA 3B0VC 2AGKA 4YXGA 3WFAA 1WDWA 2C1HA 4UFJA 1NAL1 4HHPA 5HWNA 1RVGA 2J9YA 1F74A 2Q8ZA 3T40A 1LYXA 2F84A 2VFFA 1VPXA 5F2LA 1MEWA 3M6YA 1D3GA 3OG3A 1AL7A 4O14A 3R8RA 4N9EA 4Z08A 3BLIA 4O28A 3DECA 5K9CA 4O0ZA 1XC4A 2YZRA 3QC3A 4OHQA 2J9XA 3NPXA 4UTWA 2A85A 3T0DA 3BGGA 3C3NA 1L7JA 3PB2A 3A24A 1IXOA 4GFSA 4HNNA 5CPOA 2E5BA 3M44A 4HSOA 2VEKA 2NUWA 1TMHA 3UY7A 1EUAA 3H53A 3TFXA 1TV8A 4WQ6A 3NPVA 4HNUA 2ISWA 1C82A 3VD5A 1Q3NA 2CLMA 2CLHA 2YR1A 3LLFA 1AL8A 1QPRA 2RDTA 4NJJA 2FTPA 3I3EA 4JTKA 1KLYA 4JY8A 2H3DA 3DYPA 1XCFA 3THAA 1OFBA 4LS1A 1XUZA 3CIXA 4IX0A 3C6CA 4JIPA 4O4VA 2OJPA 1HG3A 2X16A 2D73A 3MV01 5EPDA 3BW4A 3I3BA 1R46A 1LURA 4XQ6A 4FF7A 3E1F1 4FNRA 4WOZA 1KLZA 2Y63A 1GTHA 2QDGA 3NQ7A 4KWVA 4L4LA 4JTHA 1YADA 2H8XA 3SFKA 4AF0A 4DELA 5BMWA 4O0KA 1KM6A 2EF9A 5I3IA 3O6CA 4AMAA 2QCGA 5TIMA 1LF6A 1HN1A 1LORA 1WOAA 4MY9A 3I6RA 4K7VA 2NUYA 3LCXA 4OGZA 2PE4A 4ADSA 2UV8G 1DHPA 5IBXC 5AHFA 2WVZA 4JTTA 3QMRA 3TMLA 5I3FA 2Y6ZA 1L7KA 2Y7DA 4OQVA 3BG3A 2GJLA 3KRZA 1Q45A 3STEA 3HGSA 1N7RA 1PCWA 4OBTA 1SO5A 1GVFA 2AAMA 4A21A 4DO6A 1OJXA 1H7NA 1XDMA 3TUUA 2CLFA 1PVNA 4DF1A 2ZYFA 1YDNA 3UYCA 1AMKA 1LM1A 3HBLA 4K8EA 2ZQ0A 3P8JA 3LTPA 4GBUA 3V75A 3UD6A 2HS8A 4M5PA 5FF3A 3G1FA 4XZ9A 5HQEA 3W2NA 3VDCA 4O15A 1GVOA 1QPQA 3M41A 2V5BA 1O95A 3CIWA 4POCA 3B8DA 4GUJA 2X03A 3W7CA 1VS1A 1YXYA 3LHWA 3L5LA 1H7PA 1JYXA 1SQ7A 5K3VA 4N6FA 3PG9A 1WBHA 3P7YA 1QDSA 1NSZA 1SPQA 1OFQA 3W7NA 1DL3A 5FEWA 5F2MA 1QR7A 4HN4A 1EPXA 3TK7A 1ZALA 1M6JA 1Z45A 4O18A 3GIYA 4CNOA 5IM51 1HM2A 2R8WA 1RWGA 4OE7A 3NQ8A 1TPEA 3MBDA 3VI2A 4ZQOA 4H3DA 3W74A 3HMJG 2JKPA 3S1VA 1F1SA 2VELA 3VDBA 3A5FA 4GUFA 4TX9A 3BK0A 1KFJA 4X9SA 3W72A 3IAPA 4HPXA 4KFNA 4XTIA 3IEBA 3FIGA 2C3ZA 3GXNA 5A1AA 4DPPA 1X1OA 2YPIA 3FYOA 5D09A 5HR7A 3CT7A 1H50A 2V9DA 5DY3A 2NXGA 1T8XA 4LU0A 3HQ1A 4UTWC 2ZZ7A 4GUGA 1B4EA 4PA8A 3W71A 4K6AA 3SJ3A 3EX1A 1JUBA 1Q6LA 4O11A 4IPJA 2ZZ4A 3W9ZA 1W5OA 3GYEA 5A5WA 4AQ0A 1OF8A 4AH7A 4NXSA 3CM4A 4UNKA 2HS6A 3W2UA 1OK4A 2C14A 4OV9A 2ZA2A 4PC8A 1KFCA 4AF0B 2FDSA 4LUJA 2CLEA 2WW2A 4CQ9A 4MJZA 1FWRA 4IMCA 4MFEA 2OX1A 2ZBTA 5LNVA 3L5AA 1N55A 4TR9A 1SZEA 2YSWA 3NEVA 4JYFA 1YPFA 3LLDA 3T09A 1MMZA 3VE9A 3DAQA 1U5JA 5ABTA 4Q33A 3M1ZA 2Z2UA 1FCVA 5TQLA 2Y88A 2QCDB 3GDRA 2A2IA 4LC6A 3TA6A 5G1TA 3M5ZA 3OIXA 3W7PA 1IGSA 2Z0IA 3NQVA 1TRIA 2Z6JA 5H91A 5C55A 4RNLA 2DU2A 2GOUA 1NS2A 3NXFA 1X6UA 1DVJA 2A7PA 5DY2A 1F76A 1Z41A 3M5VA 3O15A 3NG3A 1JCXA 1KBIA 2QUTA 3S1XA 1FCQA 1JYWA 1KBJA 1RWFA 3U6WA 4U28A 2NXIA 3LCWA 3P62A 3B0UX 1ONRA 1EX5A 2QR6A 1F6PA 2TSYA 3PY2A 5FF0A 3LCLA 3NDOA 3DFNA 6TIMA 2A4AA 5G1YA 4P61A 3VE7A 4JS3A 1JOVA 3TW7A 1QO5A 1JRBA 1TPUA 3C56A 3DKJA 2OT0A 5DCDA 3T4CA 2JK2A 4UTKA 1GOXA 1NSMA 5CZJA 1KM5A 1YTKA 4NT0A 1JRCA 4MLRA 3S6DA 5HUPA 4O17A 1PS9A 1XBXA 1ZENA 2ZZ5A 4JTFA 4NJKA 3FKKA 4NNCA 3PG8A 3VKJA 4MFDA 1SSDA 2CISA 1TPH1 3L66A 4KFPA 4UR7A 1NSVA 5DBTA 1FDZA 4Q4KA 1OFEA 3NQFA 3E02A 3A5VA 2XHNA 4N4QA 3MHFA 1K8ZA 3FYPA 4I9AA 4JNMA 2O7SA 2CFFA 4QSHA 3USBA 3RF9A 3MYPA 3MV11 3G8RA 3TW6A 2V81A 4E2BA 4UFMA 3LRMA 1DQXA 4EF8A 2PRMA 1OYBA 3MUXA 4NJHA 5CPNA 3SECA 3STGA 3S42A 1N7KA 3P5YA 4JXCA 2FPYA 4BWLA 3C4UA 1VRDA 3UXAA 5D04C 4K37A 3B4UA 3TC6A 3NL3A 3ZS4A 4PCFA 4JYEA 3PAJA 3S1UA 2ALDA 5F2GA 1K7FA 3P84A 1LBFA 4R53A 2GUUA 4CCEA 2GQ9A 1F4AA 4MY8A 3QF0A 5J5DA 3S8HA 2WVXB 5AHNA 1TQJA 3K30A 5KZEA 1OFOA 2AQWA 5U7SA 4B5NA 1WBJA 4PTNA 4MJMA 1T96A 1LLWA 4EWND 2V30A 3KVJA 2Y89A 5D03A 3TKFA 4YWIA 1ZHAA 2B7OA 4RXFA 3W73A 1QOPA 3EX3A 1OK6A 5HWMA 3HJZA 3UY8A 5C2XA 3N3MA 3LTYA 3CC1A 3EWUA 1H60A 4ZL1A 1OJMA 2Y85A 3GDMA 4LVBA 4E2DA 3W84A 1YXDA 2G96A 4FIRA 1FX6A 5I3HA 1Z44A 5LNSA 3NQMA 3UWWA 3NQCA 1A5BA 2QJHA 1W3NA 3LCHA 1MEHA 3LTSA 1K7EA 4TMCA 2RH9A 4X2RA 5AC6A 4Y9AA 2CLOA 3MMTA 2KZHA 5DXYA 3H54A 4RV8A 4O16A 1O5XA 3UXDA 2BRPA 1EWDA 1HTIA 4MIMA 2F7FA 1R30A 1RQHA 3QQ0A 2R14A 4NQ1A 3N73A 1ALDA 1LF9A 3C2RA 3PSWA 1NSSA 1OHLA 1O94A 1TPDA 4XUGA 4XWUA 5F4XA 1OX4A 4EVZA 3CWNA 1WAUA 4UTJA 3M43A 1UUMA 3O6YX 4CLMA 3O6DA 3W7JA 3OVPA 1JR1A 1M7PA 3FJLA 2YGYA 3IIOA 4XKYA 5EA9A 3MUY1 3TV8A 2ZRWA 2WCOA 3EEGA 4DUVA 5EY5A 3KOFA 2BZNA 2ZRXA 3MP3A 1SFLA 4IX2A 1QPOA 3FS2A 3TSBA 5BOOA 5U4NA 3NQ6A 2RFGA 3QH2A 2WNZA 1T0OA 1NKGA 2WNQA 1XI3A 1H7WA 4S2BA 4UFIA 2CLKA 4ZMGA 3NQGA 3P80A 5FEZA 2DJXA 3G3DA 3W76A 2ISSA 3T7VA 2VOMA 1KM3A 4TMBA 4QISA 4JTSA 4DEFA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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