3WH5A

Crystal structure of gh1 beta-glucosidase td2f2
Total Genus 177
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
177
sequence length
440
structure length
440
Chain Sequence
ERFPADFVWGAATAAYQIEGAVREDGRGVSIWDTFSHTPGKIADGTTGDVACDSYHRYGEDIGLLNALGMNAYRFSIAWPRIVPLGAGPINQAGLDHYSRMVDALLGAGLQPFVTLYHWDLPQPLEDRLGWGSRATATVFAEYADIVVRQLGDRVTHWATLNEPWCSAMLGYYLGVHAPGHTDLKRGLEASHNLLLGHGLAVQAMRAAAPQPLQIGIVLNLTPTYPASDSPEDVAAARRFDGFVNRWFLDPLAGRGYPQDMLDYYGAAAPQANPEDLTQIAAPLDWLGVNYYERMRAVDAPDASLPQAQRLDDPDLPHTADREVYPEGLYDILLRLHNDYPFRPLYITENGCALHDEIAEDGGIHDGQRQAFFEAHLAQLQRALAAGVPLKGYFAWSLLDNFEWAMGLSMRYGICYTNFETLERRIKDSGYWLRDFIAGQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords beta-glucosidase
publication title Crystal structure and identification of a key amino acid for glucose tolerance, substrate specificity and transglycosylation activity of metagenomic beta-glucosidase Td2F2
pubmed doi rcsb
source organism Metagenomes
total genus 177
structure length 440
sequence length 440
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2013-08-21
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3wh5A00
3AMCA 2YBTA 4CCCA 4PYSA 1E55A 4PSRA 3O2LA 1ZL1A 3W38A 1OIMA 1Q6FA 2UY2A 3WNOA 2EQDA 3ZT5A 1UWQA 1B3YA 3SCUA 3SUWA 1RP8A 1U33A 1CNVA 1ODUA 2E9BA 4W7VA 1CGUA 2C7FA 2YBUA 4IPNB 4H8UA 2XFYA 1C3FA 2FH6A 2XM1A 2WVUA 1U2YA 2PF0A 3A4XA 2DDXA 2AAAA 4UFKA 3IJ8A 3SUVA 1CGYA 6TAAA 2DSKA 1FHLA 1CGTA 1SMDA 3L4WA 1XH2A 1PX8A 3F5JA 1TVNA 1CLVA 5ABEA 1YQ2A 2GSJA 2G3IA 3VIIA 1X6LA 1CBGA 3W53A 3FN9A 4B9YA 1SR0A 2J7FA 3WMCA 1KGXA 3CHCA 1BQCA 2J75A 2VRQA 1EHAA 1UWTA 2ZXDA 2JIWA 4GPNA 2J78A 2NW0A 1WDQA 3N17A 2DSWA 2WAGA 3CUGA 3JUGA 3VOCA 4D71A 4HOXA 1E3ZA 6CGTA 3OGSA 2W4XA 3WEMA 3G6MA 3WDPP 1H3GA 1KR0A 2WWCA 4C7FA 3VINA 4MB3A 2D22A 4JFUA 4A4AA 1V6UA 2DGAA 3ARVA 3T2PA 3PZ9A 1WZLA 2W67A 5A8PA 5BXRA 4QFUA 4ACZA 3GXIA 1I1WA 2WZIA 2DT2A 1C92A 1CXHA 1B1YA 4AW7A 2IXVA 4PMDA 1KCLA 1VJSA 3OG2A 1J0HA 4MNKA 3DYPA 3CUFA 4RE2A 4W8BA 3VIPA 1EDGA 1JDAA 4KRTA 2WXDM 2D0GA 4MTVA 4J3UA 1TE1A 2V3FA 5E9AA 4CN4A 3EDDA 4HTYA 4TOQA 2WBKA 3BGAA 5FL0A 4Z2GA 5BROA 4R5EA 1J0JA 3BAWA 1LJYA 5ABFA 4AIOA 1W3HA 1V02E 4PMVA 3MUIA 1CGWA 2X8RA 2XSBA 1BYCA 4H2CA 2WVVA 3OZPA 1C91A 1OGSA 2OYKA 1BF2A 4LYPA 3AYRA 4AD0A 3ZT6A 1EDTA 5D9NA 4EAMA 4AZ6A 1OSEA 1R86A 1CXKA 1J0IA 1HXJA 4NRSA 2DSZA 1O7AA 3RM9A 4BZYA 4W93A 3PZNA 2GJXA 3W37A 1HJWA 3QGVA 4GO8A 1J9YA 3VX1A 3DYMA 1OWQA 3BAKA 4W85A 4ATWA 1UD3A 2QV4A 4YN5A 4CU8A 3AISA 5M3WA 1DWHM 3WF4A 3SCTA 2E3ZA 2WCGA 1HP4A 1HKIA 2FGLA 5FIPA 2YKKA 5D8WA 2J62A 4GZIA 3AFBA 4FLSA 1J0KA 2VRKA 2O9PA 2XPKA 3WQ8A 4AISA 1DHKA 1BVZA 4QCFA 3W4RA 3LMYA 2DQXA 3VILA 4AXNA 1JXKA 4TTUA 2XFRA 4ZENA 1CTNA 1EGZA 3ARZA 2CITA 2AOSA 2CHNA 1BGAA 2E9LA 3WDHA 1DWJM 2A3CA 4URIA 4PMZA 3WELA 2WHJA 3MMUA 3OLEA 1J12A 3AS2A 2J25A 1W9DM 3FY1A 5CG0A 1WPCA 4W5UA 1WDSA 3AXHA 1PX3A 1E15A 4AIUA 3UG4A 4AYSA 1I1XA 3N18A 1CEOA 1OM0A 1KGWA 2VI0A 1C90A 1E4NA 5D9OA 1HN1A 1V0NA 2YA0A 4MDPA 3QHNA 4LXFA 3RPMA 3SCVA 2XGIA 4U3CA 4JL2A 2FHCA 2FHBA 4WKAA 3WL0A 4EKJA 1E40A 2YLAA 4GQQA 3QHMA 3BH4A 3GXMA 3BAYA 1NP2A 2VZTA 4PCSA 1JF6A 5M17A 4MJ4A 1B0IA 2J7HA 3WNKA 3CUHA 5I77A 1W9VA 5JBDA 2J8GA 1V02A 1PBGA 1EIBA 3MMDA 5BRQA 3SCRA 3UERA 3EBVA 2J4GA 2WMIA 3WUFA 2EPMX 1XD0A 1VFUA 3EMQA 1VIWA 1GZJA 3T08A 4Z2HA 1CPUA 2JALA 2FDMA 4Z2JA 1B2YA 5IDIA 4MB4A 2D1ZA 4AEFA 5JIWA 3K8LA 2VZUA 4WSKA 5BXPA 3CHDA 5BXSA 1JZ4A 1KB3A 4N42A 4Z2LA 4AD5A 4Z2IA 2VQTA 2DEPA 2GK1A 3NJ3A 2CYGA 1TCMA 4D6HA 3OIHA 3AMGA 5CSUA 3CMGA 4W84A 3KZSA 4U31A 1HJVA 2E9MA 4BCEA 2GDVA 3POCA 3RJYA 4J3VA 3AHXA 2D3LA 1SFSA 5HPCA 3I3DA 3K4DA 4MAVA 4AZCA 1IZJA 3U7VA 2BVTA 1MYRA 4D1IA 4V27A 1FA2A 3W26A 1PJ9A 4OKDA 4LGXA 4FLOA 1OT2A 1BGGA 4PUDA 4EE9A 4XV0A 2IXUA 3WKZA 4KWUA 4WLCA 3KWXA 1E6PA 2YJQA 4D1JA 1WCGA 4NRRA 7TAAA 2WMJA 5HOSA 1VEPA 1WDRA 3KL3A 2OYMA 4WIWA 1VF8A 1WZMA 4QCEA 1XV8A 1WZKA 1FHDA 3AICA 3WSUA 5EFDA 2VZSA 1XSJA 3FXYA 3VGHA 3ZSSA 3PN8A 2G4FA 3CLWA 3GYCA 1BYDA 1E56A 3K1DA 3BMVA 3SUSA 3ARRA 2UY5A 3CZGA 2O9RA 3CZKA 4P7OA 2XM2A 3OBAA 4JFTA 2ZXQA 3SCNA 2OSXA 3ARUA 1JYVA 3KE0A 4UFHA 1QI5A 3CGTA 3L4UA 2DSVA 1GOOA 5A6AA 1UH2A 2BY1A 2JF7A 2YDSA 2YDRA 3CUJA 4JCMA 1S46A 3L4VA 3VU2A 2V3EA 1B3XA 4HP5A 4ZE5A 2ZWYA 1E5NA 2O9OA 1W2PA 4ZXOA 3VD4A 1JDDA 1TMQA 1JYNA 3WD2A 2OWCA 3A4AA 1LWHA 2XVGA 3WEZA 2W5FA 3II1A 4HOZA 4HMCA 4M80A 2BVDA 3PTQA 4UFJA 1G5AA 1HIZA 1TZ7A 1G01A 2BHYA 2E4TA 4D72A 4M82A 1PIFA 1SMAA 1B90A 3RMEA 3U7BA 3VD5A 1MWOA 3UG5A 4QAWA 1CXFA 3IAPA 3GXFA 2VZVA 3K8MA 1GQJA 3BMWA 1HL9A 2WVTA 5A2CA 4AIEA 1QNOA 3T2QA 2QLYA 2Z1KA 3IAQA 3WH7A 2CCRA 5CGMA 1E6ZA 3CIVA 1CECA 4DM2A 2WMGA 1DWFM 1EOMA 1XSIA 1UG6A 1ZB5A 1E4MM 2F2HA 3AIWA 3AS1A 1JNDA 3U5UA 4KGLA 2WLYA 4WSJA 1BVNP 3WDRA 1QNRA 1E71M 3GBDA 3THCA 3WD4A 3NIYA 4ATLA 3W24A 1WE5A 3ZIZA 1UR1A 1ISYA 1V0MA 3NUKA 1B30A 5EFFA 1XCXA 3VPLA 1WKYA 2EBNA 2VT0A 5HDRA 7CGTA 2J74A 2G3JA 4IISA 5GNZA 1TFVA 1NWUA 3I3EA 4D6CA 4CD4A 2PB1A 2J7DA 1B31A 1MW1A 2CBJA 1E4IA 2WB5A 1Y7VA 4CN6A 2BXZA 4P8VA 1HKKA 2W66A 2VO5A 3BAJA 4DUXA 1TA3A 4XX6A 1W1TA 1O6IA 4UQCA 4HA4A 1OD0A 4P7LA 1NWTA 1Q6DA 5BWFA 1CGXA 5KZ6A 5E6ZA 2VCAA 3GNRA 4PMQA 3RIKA 1VJZA 1QW9A 5CQ1A 1UWIA 4JHOA 1K9EA 1OBAA 3APGA 4W7UA 4P7NA 1E6XM 3VIGA 4DWSA 1C8QA 2WPGA 5HNNA 3O6AA 5A8OA 2A3HA 1WP6A 1CZ1A 1NP0A 3PZUA 5D9MA 3IK2A 4DUWA 2WLZA 3GDBA 3POHA 4MNMA 3KL5A 3AHVA 1C8YA 4HA3A 4HU0A 4PSPA 5A6LA 3AIRA 4NZCA 3OLGA 1GORA 5A94A 4NI3A 2XGBA 1W9BM 4LYQA 4D6DA 8CGTA 2Y8KA 1QI4A 4AZHA 1NH6A 2O92A 1GJUA 1OD8A 2D20A 1E0XA 2PI6A 3WQ4A 3ZJ7A 4ACZB 5LA0A 5CGTA 3I3BA 3UESA 8A3HA 2QPUA 1SYTA 4TVUA 1JF5A 2VURA 2ZIDA 3VMOA 5I3DA 3SCOA 4YPJA 4JZ5A 1JIBA 2CETA 4XZBA 2QMKA 1HJSA 3VGFA 2JE8A 5BXTA 3CBWA 1EHNA 1HT6A 5A2AA 1LF1A 3RCNA 5ABHA 2XWDA 3AIEA 3VX0A 1H49A 3VDHA 3WQVA 3N04A 2JIEA 2VX4A 1US3A 2MANA 4DWSD 1CYGA 1E0WA 3EDFA 2GUYA 3WDIA 3SURA 1W9PA 1MFVA 5ABFB 1QHPA 1UR8A 4JFWA 1QPKA 1JAKA 3ARWA 5A8QA 2WVVB 3UG3A 5FD0A 2CHOA 2W62A 4BQ3A 1UD2A 2J7CA 4RL3A 3N13A 1X1NA 1H4PA 4PMOA 3WFZA 1PPIA 2DSUA 4WJXA 2NSXA 3CZEA 4J3TA 3CHFA 5E70A 3BAXA 4BF7A 1D7FA 4LYRA 4H8HA 1XCWA 2GJXB 4AZBA 3F5KA 2WZHA 1QNSA 1ZBWA 1JI1A 1FH9A 4CVWA 4HOWA 1HKJA 2QPSA 3F4VA 4HPGA 4MPKA 2GJPA 1VAHA 1VFFA 2J7GA 1UD6A 3PZGA 2CBIA 1MXDA 4OUEA 4BA0A 4B3LA 3PZOA 2VNCA 1UOKA 3W81A 1E1EA 1UD5A 2XSAA 2BHZA 1V6YA 3AQUA 1KGUA 4A3HA 1V03A 4IUGA 1VFMA 3M6DA 4QLJA 5A2BA 2ZX5A 4ACYA 1A47A 4XZWA 4HPHA 1H09A 4D6JA 1MW3A 5DF0A 1K9DA 1E6SM 1FFQA 2BV9A 1UKPA 1FFRA 1KWGA 2UWFA 3SUTA 3VM5A 4GI6A 1I75A 3TTQA 2CXGA 2Z1SA 1H11A 4OZOA 2WK2A 4LQ1A 1JL8A 1MVYA 1BLIA 3WBAA 3AI0A 3CTTA 3DYOA 2O9TA 1JZ8A 3A4WA 3QHOA 4WKFA 4CD8A 4YHGA 5AYIA 1H0GA 1UZ4A 2OLHA 3LPFA 4AZIA 1VEMA 1VBRA 1M01A 2DT3A 1LL6A 4AZGA 3VD7A 1TR1A 4W88A 3W25A 2WMHA 1UKQA 2XIBA 3BLKA 3VGGA 3MSGA 5GNXA 4XUYA 1PZ3A 3PBGA 4NSBA 4AD2A 4C7DA 3EDEA 4HA1A 2WANA 3KL0A 1RPKA 1NOWA 4UOQA 2RGLA 4F79A 3CZJA 4GZJA 3BC9A 4LX4A 1JZ5A 5I2UA 2YL9A 4U5IA 5M03A 4F9JA 3VNYA 3ARXA 4JIEA 1XYFA 3CPUA 1OCQA 4UFIA 5D4YA 3M46A 4J28A 5CPSA 4YHEA 2DT0A 2WMIB 3WD0A 2W92A 1GOQA 1V0KA 4HMDA 4PTXA 1V3IA 4ZFMA 3EYPA 2TAAA 4CN1A 1OB0A 3VUPA 4D6FA 3F5LA 3E1F1 3ARQA 2JEQA 3VIJA 4DM1A 3FNDA 1KQZA 4J7RA 2VX5A 3K8KA 2G3NA 1F4HA 1JD7A 4FMVA 2ZWZA 1M7XA 2ZOXA 2WC4A 3DC0A 2XG9A 4X9YA 5DT7A 1MW2A 5C8BB 2Y4SA 4P8XA 4AZ7A 4HU8A 3AIQA 3VIFA 4HZ6A 4H41A 1J0YA 3M7SA 5A95A 3VGDA 3WEOA 3HN3A 2A3EA 5IFTA 3VM7A 1H2JA 3KEHA 1H5VA 1JD9A 1P6WA 1AMYA 1OGGA 3IJ9A 2ZUTA 1F4AA 4MB5A 2CEQA 1GHRA 1V3JA 2OSWA 4AZCB 1UWUA 1WZAA 3T0DA 1K9TA 3AZSA 4PN2A 5EB8A 5CPQA 2WCAA 4ZXLA 3WNNA 2OWXA 1UZ1A 1WO2A 2DT1A 4N0RA 3ARPA 2YIHA 2W91A 4CCDA 4DWSC 4AWEA 4F9DA 1V08A 4UCFA 2D0FA 3ARSA 2HVMA 2VJXA 3MMWA 5HBFA 1TUXA 2CNCA 5A3HA 1QOXA 3WDJA 2CKSA 1ZJBA 3ZQ9A 1W9XA 3GNPA 2WSPA 1DTUA 5GPRA 3UEQA 3WH6A 1NWSA 3CH9A 2ZXAA 5A6JA 4OJYA 1J11A 3TTSA 4JKLA 3L2LA 4TVDA 3WF0A 4EANA 1GVIA 4V2XA 5I23A 1G94A 2VC9A 2D3NA 2PBOA 4PTVA 1GUVA 1K6AA 4GIAA 2WZEA 4JHZA 5CLTA 3VD3A 3A3HA 4OBSA 5DEZA 4BQ5A 3WNMA 3VGBA 2WHKA 4H8VA 3AHYA 1GQLA 4AZ5A 3QR3A 4AC1X 1XRVA 1NM9A 3WQ6A 2V5DA 3MO4A 1UR4A 5CJ5A 3VIMA 1MQPA 1UR2A 2BXYA 4E8CA 3BAIA 2EEXA 1GPFA 1E6RA 4U2YA 5A69A 2J77A 4OOUA 1IV8A 2WCSA 1FP8A 3U57A 2DIJA 1R7AA 1JGIA 4GXPA 3AHTA 4UOZA 5IXEA 1B9ZA 4TXEA 4MAZA 3W0KA 2ZX8A 3FHQA 2E8ZA 1CXEA 2ZE0A 5A6SA 2CESA 1TVPA 1ZS2A 2XTKA 5DO8A 5LA1A 4M56A 4V28A 2X1IA 3VNZA 3B9AA 2VZOA 3GM8A 1MFUA 3MS8A 4OBRA 4M1RA 1R85A 3D5HA 4JL1A 1R8LA 1LG1A 3HMCA 3RILA 4UQ9A 1LLOA 1GOWA 2JFEX 4S3KA 1GW1A 9CGTA 2PWDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3AMC A;  2YBT A;  4CCC A;  4PYS A;  1E55 A;  4PSR A;  3O2L A;  1ZL1 A;  3W38 A;  1OIM A;  1Q6F A;  2UY2 A;  3WNO A;  2EQD A;  3ZT5 A;  1UWQ A;  1B3Y A;  3SCU A;  3SUW A;  1RP8 A;  1U33 A;  1CNV A;  1ODU A;  2E9B A;  4W7V A;  1CGU A;  2C7F A;  2YBU A;  4IPN B;  4H8U A;  2XFY A;  1C3F A;  2FH6 A;  2XM1 A;  2WVU A;  1U2Y A;  2PF0 A;  3A4X A;  2DDX A;  2AAA A;  4UFK A;  3IJ8 A;  3SUV A;  1CGY A;  6TAA A;  2DSK A;  1FHL A;  1CGT A;  1SMD A;  3L4W A;  1XH2 A;  1PX8 A;  3F5J A;  1TVN A;  1CLV A;  5ABE A;  1YQ2 A;  2GSJ A;  2G3I A;  3VII A;  1X6L A;  1CBG A;  3W53 A;  3FN9 A;  4B9Y A;  1SR0 A;  2J7F A;  3WMC A;  1KGX A;  3CHC A;  1BQC A;  2J75 A;  2VRQ A;  1EHA A;  1UWT A;  2ZXD A;  2JIW A;  4GPN A;  2J78 A;  2NW0 A;  1WDQ A;  3N17 A;  2DSW A;  2WAG A;  3CUG A;  3JUG A;  3VOC A;  4D71 A;  4HOX A;  1E3Z A;  6CGT A;  3OGS A;  2W4X A;  3WEM A;  3G6M A;  3WDP P;  1H3G A;  1KR0 A;  2WWC A;  4C7F A;  3VIN A;  4MB3 A;  2D22 A;  4JFU A;  4A4A A;  1V6U A;  2DGA A;  3ARV A;  3T2P A;  3PZ9 A;  1WZL A;  2W67 A; 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 1CXL A;  3NYD A;  2WW5 A;  4CVU A;  2FHF A;  3QOK A;  2V3G A;  4W7W A;  1BG9 A;  5GNY A;  5I78 A;  1DWA M;  5FCZ A;  2GJR A;  1UYQ A;  3TP4 A;  1V6X A;  3VTR A;  1Z32 X;  2X0H A;  1UA7 A;  3ZT7 A;  4MJ2 A;  2B31 A;  1KXH A;  2XYL A;  3LPG A;  1V3M A;  4FLR A;  1KBB A;  2VR4 A;  3PHA A;  3W6M A;  1E1F A;  5CLW A;  1V3K A;  2YA1 A;  5A6B D;  1CWY A;  2WC7 A;  1FH8 A;  3AXX A;  2CBU A;  3OZO A;  1UQZ A;  1H41 A;  5ECU A;  3PZM A;  1GHS A;  3ECQ A;  4UOJ A;  3WF3 A;  3N11 A;  2CBV A;  1JG9 A;  4JKM A;  3ALF A;  3WBE A;  1EO7 A;  3AMD A;  1NAR A;  5I24 A;  3VO0 A;  3VMP A;  3NSM A;  1E6Q M;  2ZIC A;  3CO4 A;  1V3L A;  3HJE A;  1BSI A;  3T0A A;  1FH7 A;  3OA5 A;  1QVB A;  1OT1 A;  1E73 M;  4EK7 A;  1TG7 A;  1JFH A;  2C8N A;  4CD7 A;  1ECE A;  3MUA A;  4H7V A;  3UCQ A;  1JZ3 A;  5CXP A;  4PMR A;  3AIB A;  4UR9 A;  3VDA A;  5I5R A;  1ISV A;  1A3H A;  3ZMR A;  3PTM A;  2PBG A;  3DEC A;  2FGZ A;  1NOU A;  3OGV A;  2BY3 A;  1JDC A;  3IAN A;  1QNQ A;  5DMY A;  2E0P A;  3BSG A;  2JEP A;  1AVA A;  3WQW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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