3WH7A

Crystal structure of gh1 beta-glucosidase td2f2 l-fucose complex
Total Genus 179
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
179
sequence length
443
structure length
443
Chain Sequence
MAGERFPADFVWGAATAAYQIEGAVREDGRGVSIWDTFSHTPGKIADGTTGDVACDSYHRYGEDIGLLNALGMNAYRFSIAWPRIVPLGAGPINQAGLDHYSRMVDALLGAGLQPFVTLYHWDLPQPLEDRLGWGSRATATVFAEYADIVVRQLGDRVTHWATLNEPWCSAMLGYYLGVHAPGHTDLKRGLEASHNLLLGHGLAVQAMRAAAPQPLQIGIVLNLTPTYPASDSPEDVAAARRFDGFVNRWFLDPLAGRGYPQDMLDYYGAAAPQANPEDLTQIAAPLDWLGVNYYERMRAVDAPDASLPQAQRLDDPDLPHTADREVYPEGLYDILLRLHNDYPFRPLYITENGCALHDEIAEDGGIHDGQRQAFFEAHLAQLQRALAAGVPLKGYFAWSLLDNFEWAMGLSMRYGICYTNFETLERRIKDSGYWLRDFIAGQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords beta-glucosidase
publication title Crystal structure and identification of a key amino acid for glucose tolerance, substrate specificity and transglycosylation activity of metagenomic beta-glucosidase Td2F2
pubmed doi rcsb
source organism Metagenomes
total genus 179
structure length 443
sequence length 443
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2013-08-21
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3wh7A00
1ZB5A 4HMDA 5A3HA 1OB0A 2ZUSA 2OSYA 3BCDA 1Z32X 4D6GA 4WLCA 4CCDA 4PTMA 3WD2A 3WUFA 4Y7EA 4RL3A 3ARPA 1BFNA 4H04A 1R86A 2EPKX 3AIWA 4M24A 2VR4A 4BS0A 2WVVA 4FLOA 2CBJA 5BCAA 5FD0A 1TG7A 4L4OA 1KCKA 4ML4A 2JIWA 2JE8A 3AS0A 5ABFB 1NOFA 3FAXA 2YOCA 4U31A 1HXJA 2ZICA 1JL8A 1E6RA 2EXOA 4ATWA 3WD3A 2DT3A 5FIPA 1LQ0A 4EK7A 2OWXA 3TONA 3L4WA 1VFUA 4B3KA 1BHGA 3WNNA 1JDCA 1KGWA 3LMYA 2WMGA 3KWXA 1GVYA 3WL1A 2DT2A 1KB3A 3RPMA 1IV8A 5A8NA 3UEQA 3K1DA 3WNOA 1VJSA 4HOWA 3VDAA 3AROA 2VR5A 4W8BA 4UZSA 3W26A 2CNCA 4IUGA 5IFPA 3U7VA 2VUYA 4ATDA 1CLXA 2JEQA 1MXGA 3QR3A 2AMGA 1KXHA 1MW0A 1Q6GA 2BNJA 1FP8A 1VBUA 3NSXA 1E4IA 4TUFA 2WCAA 1DWIM 2WXDM 3L2MA 3L4VA 3ALFA 4D72A 4FLRA 1JDDA 2PF0A 3K46A 1K6AA 3N17A 1DTUA 3W4RA 1TVNA 1GQKA 1E5JA 4OZOA 4ATLA 2OWWA 4OUEA 1ISXA 3MSGA 5CQ1A 4W7UA 4X0NA 4J28A 1ZJAA 4HA1A 4JHZA 5BRQA 7TAAA 3WF3A 2WMIB 1DWGM 1KXTA 4M80A 4AYSA 1QHZA 1SR0A 3BC9A 2G3MA 2VCBA 4AWEA 4AY1A 1MQRA 2DT1A 2XGBA 4XZWA 2O9PA 1BQCA 1CXFA 2YIHA 3IAPA 4PTXA 2MANA 1QNOA 4UTFA 2RGMA 1EXPA 1E0VA 3NYDA 1EIBA 5E0FA 4D6DA 4YN5A 3WN6A 5C70A 4B9YA 2G3JA 3J7HA 4Q7NA 4QDMA 3K8MA 3BAXA 4TTUA 3PZNA 3VDBA 1TA3A 1S46A 3CZ8A 4AZCB 5DFAA 4GIAA 4W8AA 1VFMA 1BVNP 1EA9C 4U33A 1NWUA 3HU7A 2D0HA 3CZJA 4ACYA 3WBAA 2BY1A 4MPKA 5GNYA 3QOKA 4W84A 1NWTA 3AHTA 3VILA 2Y2WA 1ITCA 3SCQA 3VDCA 4R5EA 3CHFA 5CJ5A 1DWJM 3EMZA 3WH7A 2VX4A 2DSKA 4WKAA 2BY0A 1FH7A 3A4AA 4CU7A 3BH4A 2JEPA 2ZWZA 3JUGA 5BXPA 3WQVA 3VGEA 2ZXDA 4P7RA 1PX4A 4JL2A 6TAAA 2W92A 1WKYA 4JFWA 2VI0A 3N12A 2UY2A 4KRUA 5A1AA 3WH8A 1FFQA 3VMPA 1H09A 4N42A 4HZ7A 5CGMA 3PTMA 2QMJA 3UERA 3IANA 4PMOA 2OSWA 1UR0A 1OT2A 1V3KA 5CXPA 3AQUA 1H11A 4J3VA 1M04A 3PZVA 2A3BA 5AY7A 2BFGA 1WNOA 3AHZA 1HVXA 2F61A 3AXIA 2GJRA 2GJXB 3BSGA 3WD1A 1K9DA 1SMDA 3G6LA 1AMYA 5CLWA 1QI0A 4PRWA 4AD4A 5I23A 1GHSA 1XSJA 1ZBWA 4FMVA 3AJ7A 3OIHA 5AC5A 2O9TA 2FHFA 1E6NA 3CUFA 3S2CA 4PYSA 3UG5A 5DMYA 5IFTA 1EDGA 5HPCA 5A6BA 4Q22A 1F4AA 2V5CA 2QLYA 3B9DA 3LPPA 1E9LA 1QI5A 4DWSA 1B0IA 4U3CA 4CD4A 1G9HA 2D22A 4D6FA 1HIZA 1UR4A 1JG9A 2E8ZA 1IZJA 1HJXA 1J0KA 1TVPA 5HOSA 4Z2JA 1TZ7A 4M8UA 4PMYA 1OIFA 2ZX5A 4BCEA 4XX6A 4QLLA 4UCFA 3NIYA 5D9MA 5I3DA 2CXGA 3UG4A 1ODUA 4GQQA 1Q6FA 4MDPA 3VNYA 4IPNB 3QGVA 4JCLA 4TX8A 4A4AA 2GSJA 1V0LA 5FOOA 1XCXA 1H49A 2J47A 4C7FA 3TP4A 3II1A 1W1VA 3WIJA 2DEPA 3BAYA 3CUJA 4HMCA 1H3GA 1R7OA 2NT0A 1HT6A 3GXDA 2DGAA 4U2YA 4F66A 2PB1A 1EOKA 4AIOA 1ZBCA 1EGZA 1E56A 5A2CA 2VRQA 2PWEA 1J0ZA 4ZENA 2O92A 3GH5A 1CDGA 5D8WA 3MV01 3VD4A 5A6JA 2VQTA 1QI3A 1KGXA 1J10A 3D3AA 4UFIA 3SCVA 1AVAA 1YHTA 1BYAA 1TCMA 2FHCA 3RJXA 2HVMA 5E6YA 2X1IA 3CLWA 2J75A 4PBGA 1LWJA 1ISVA 3GZAA 3VMNA 2X0YA 3A4WA 1SMAA 1WDSA 1VEMA 4E8CA 3ARSA 1PBGA 5M5DA 5D9OA 3VIIA 4MAZA 4HA4A 5A8PA 2VL4A 5IHRA 1WP6A 1E4MM 2VC9A 4J3UA 1V02A 1GOOA 4P7OA 3B9EA 5A95A 5TD4A 1E1FA 2RGLA 3GTNA 1W9XA 3WQ4A 4GZEA 4WSKA 1NARA 3BXWA 2XVNA 2E9BA 2WM0A 4HMEA 2XFFA 1GUVA 3POHA 2OYLA 3UR7A 2V5DA 1BTCA 5A6SA 3FN9A 3SUWA 4HU0A 1D2KA 3DYOA 3VMOA 4D6HA 2CBUA 3VINA 4D6EA 5FL1A 2D2OA 4J3TA 4AZ5A 2WMJA 1QNSA 3GXMA 1JF6A 3VIFA 2CPUA 3MKKA 4EE9A 4PMZA 3VDHA 2ZXAA 3U7BA 3F5JA 3THCA 3CH9A 2Y24A 3AYSA 1JNDA 1H0GA 2ZUNA 3SCOA 1C8QA 1VF8A 3VU2A 3F4VA 1PZ3A 1EDTA 3PZGA 4LYPA 1E5NA 1N82A 5A8OA 1SYTA 1J0HA 1V6UA 1V08A 1JZ6A 2D1ZA 1E40A 3AFBA 1TUXA 2BXYA 4LX4A 3AS1A 4U2ZA 4AEFA 4PSRA 2YLLA 1GNXA 3ZJ7A 5JBFA 3TTOA 3VIKA 1IT0A 3U5UA 1ZU8A 1BYCA 1QBAA 2GDVA 1KQYA 2XIBA 2XWEA 3K8LA 1RH9A 1UKSA 2ZUTA 1VEPA 3MMDA 3WDQA 1BSIA 2AAAA 1JD9A 4YHGA 3FY1A 5FKYA 1E1EA 3AIVA 1UYQA 2DSUA 1LJYA 3NDZA 2GFTA 1XH2A 4P7LA 2QMKA 4MNKA 1DWAM 4QAWA 4UOZA 4PN2A 1XSIA 4PMUA 1EDQA 1W9BM 2JF6A 3MO4A 5E70A 4B16A 1KQZA 4WF7A 2O9OA 3VIHA 1KCLA 3GDBA 3WQ6A 1PIFA 4WKFA 4NI3A 3SUUA 5C8BB 1UWSA 2C0HA 2XM2A 3OLIA 3WF4A 4UNIA 4D71A 3M46A 3W6MA 4WIWA 3VIOA 3FAWA 5A8MA 1L8NA 1MQPA 2DT0A 5FL0A 1H5VA 3AICA 2DSZA 2HISA 4JHOA 1WZMA 1E72M 3CTTA 3IK2A 1O6IA 1JXJA 1OBAA 2J7HA 2V38A 1KWKA 2DH3A 5GPRA 1KXQA 3EDKA 1CPUA 1B2YA 1C92A 2XFYA 3D5HA 4FLQA 3WUEA 3VIJA 1OWQA 1GJWA 3BMVA 5EMYA 1KGUA 1OT1A 3WH6A 1R8LA 2BVTA 3W24A 3GXFA 3W27A 4HPHA 2WAGA 1D7FA 4AD3A 3WDJA 4PMQA 3L2LA 1E6SM 3MMUA 1JYVA 1VB9A 3ARZA 1CXLA 5AYIA 3WF2A 2E9LA 4Z2LA 1Y7VA 3ZSTA 2OYMA 3WMBA 2E3ZA 1CXEA 3N15A 4B15A 4JL1A 1Q4NX 4AEEA 2BHZA 4U5IA 1JZ8A 6A3HA 3M7SA 3AZRA 1A3HA 2CEQA 3WSUA 1WZKA 4F8XA 3NSMA 1EO7A 4Z2IA 3SUSA 3WMSA 1E43A 2ZXBA 4Z2HA 4OBRA 1BVZA 1KBKA 2ZXQA 2G8ZA 4QCFA 1GCYA 2Q8XA 3OGSA 1QI4A 3AHVA 2CHNA 1RD6A 3O6AA 2W61A 2VO5A 1E73M 4N0RA 3AS2A 1QVBA 5A6AA 4HZ6A 4R27A 1C93A 1BAGA 1MFVA 1MYRA 4DM1A 3AISA 5I24A 3QOMA 2Z1SA 1Q6EA 2J7BA 4QFUA 1J01A 4GZJA 4BQ5A 1M03A 1EQPA 3O2LA 1WAWA 3ZJ8A 4V28A 4GKLA 5KZ6A 4HOZA 4MNLA 4GI6A 1CBGA 1JZ4A 3WEZA 1WDRA 1OGBA 4D6JA 4WKHA 9CGTA 1TA3B 3PTQA 3ECQA 1XD1A 2A3CA 3PZIA 2BS9A 2BHUA 3AMCA 3BGAA 3A3HA 4QLKA 3WDIA 4C7DA 2WMKA 1LL4A 3VD7A 2WVSA 2CESA 1UA3A 5F7UA 4X0VA 1WO2A 2YL5A 1WB0A 1UA7A 2CYGA 1WDPA 3WMCA 2XWDA 3KZSA 2WCGA 1NWSA 1CGYA 5D4YA 5E9AA 4GO8A 1U33A 2JALA 3IJ7A 3RM8A 1QHPA 3FXYA 3TTSA 3CUGA 3K4DA 1V6VA 2YLAA 3WD0A 1A47A 1LWHA 3HMCA 1I75A 4PUEA 3ZOAA 5LA1A 5A94A 2FGZA 1W1TA 1HKKA 1HP4A 2J79A 4PEEA 2C8NA 5ABFA 4ZEPA 3L4TA 4E2OA 4GPNA 1G5AA 3WUGA 4DUXA 1QPKA 2EQDA 4OIFA 2VZVA 3LPGA 2GJPA 3DECA 3PHAA 4AD5A 3WENA 3N11A 1R7AA 3ARWA 1C7TA 1UR1A 3W82A 1EOMA 4AZHA 2XTKA 3WFLA 3UETA 2EEXA 3NDYA 1W9DM 5CLTA 2XJ7A 4W89A 2YA1A 4H8HA 1J18A 3NSNA 5D8ZA 3PZUA 4J27A 3ZR5A 2WCSA 7CGTA 3SCNA 1CGTA 3MANA 1UKTA 1WCGA 3SCUA 3ZMRA 5I77A 2OSXA 1J9YA 4UQEA 1JZ5A 3AMGA 3W28A 1E70M 2Y5EA 3BAJA 1NP2A 4E4PA 5CPQA 4XZBA 5DT7A 4J7RA 1HP5A 3TTYA 3IJ8A 5CSYA 4E8DA 2D0GA 4F9DA 3SEPA 3VD3A 1W91A 2IUZA 3QHOA 5LA2A 4A3YA 1E4NA 3OGRA 2WWDA 1NP0A 2VX7A 1VFFA 3VOCA 2OLHA 3SCTA 1LLOA 1VJZA 2JF7A 2XM1A 1V3HA 3EDEA 1NQ6A 4K68A 3W53A 1UWTA 2GDUA 3CHCA 2WMIA 3VGBA 2WLYA 1C3FA 4JAWA 1B9ZA 2WPGA 5CGTA 4GI8A 2NSXA 4PSPA 1SFSA 2VRJA 1GQIA 3KE0A 3RO8A 3VPLA 3WEMA 2J78A 1KBBA 1UD3A 1JXKA 4M56A 4J3SA 3PBGA 1LF1A 4P8VA 5BXRA 4AZGA 1EH9A 1V0MA 3CZGA 3AS3A 5BXSA 5ABGA 3EDFA 3CBWA 1VFOA 5M3WA 1ESWA 4FLSA 1JAKA 3VVGA 3N9KA 2QF8A 4AZCA 1G1YA 5LYRA 2W5FA 1B3VA 3DHPA 1CWYA 1U30A 2ZOXA 3GYCA 5I6SA 3DYMA 1WZAA 3A4XA 5CG0A 1X1NA 2D24A 5ABEA 4W8LA 1HJSA 4CN4A 1GQLA 3MU7A 1PIGA 3VGGA 3K4AA 3AXXA 4M82A 2PC8A 1PX3A 3B8SA 3WDHA 3W25A 2BVYA 3W29A 3N13A 1FA2A 4MTVA 2NW0A 1QHOA 1PEZA 2C7FA 1E3XA 1JD7A 1PJ9A 1H2JA 3FHQA 4B9ZA 3OA5A 3ZT7A 3N04A 1HN1A 1QW8A 3SCRA 3EMCA 1UH4A 1U2YA 2A3AA 3I3EA 4AC1X 3QHMA 3AMDA 1WE5A 1CIUA 1JFHA 3ARQA 1US3A 1FH8A 3BMWA 1GOQA 5A69A 3G6MA 3EDJA 2ESCA 3U5YA 3VIMA 5GNZA 3WUBA 3GBDA 2EO7A 1HX0A 2WW5A 3M6DA 3T0DA 3W81A 4NRSA 3AIBA 1FH9A 4UQ9A 3OZPA 5BYWA 5IHSA 1C8XA 4NSBA 2GJXA 4CVWA 2QHAA 2ZIDA 4JFVA 4AZ6A 2WC4A 2D0FA 3VGHA 1TE1A 4TVDA 5EFFA 2ZX6A 1BPLB 5IXEA 3AZSA 1JI2A 4LQ1A 2VZSA 1GORA 1UWRA 2FDMA 1HVQA 1US2A 1JYXA 2DPEA 3ARYA 3AIQA 3IAQA 1FHLA 3AMLA 1J0IA 4ZXOA 2UY5A 3WH9A 4HOXA 3CHDA 1JF5A 5ABHA 4JCMA 2XVGA 4BQ3A 3ZSSA 5D9PA 3WL0A 3PZTA 3WDRA 1P6WA 1PZ2A 1ZS2A 3BAKA 4PTWA 3KL0A 3CGTA 1GOIA 3A47A 2V3FA 2QPUA 3T09A 3TTQA 4PTVA 1JI1A 1FFRA 2J74A 3BSHA 2BV9A 1CXKA 3RMEA 2W62A 2VOTA 1OINA 4LGXA 2WVUA 1ISWA 3F5KA 4TOQA 2PI6A 1BYDA 4LYRA 4RE2A 2XGIA 2UY4A 1J12A 1UD6A 3FHAA 2ZWYA 1JAEA 3AIEA 3T2OA 3ZQ9A 2Y4SA 2V3DA 2WZHA 1CECA 3KL5A 2E8YA 5CZKA 1QI2A 1RPKA 3CUIA 2O9RA 2D20A 3WY1A 4CVUA 4JKLA 1CGVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1ZB5 A;  4HMD A;  5A3H A;  1OB0 A;  2ZUS A;  2OSY A;  3BCD A;  1Z32 X;  4D6G A;  4WLC A;  4CCD A;  4PTM A;  3WD2 A;  3WUF A;  4Y7E A;  4RL3 A;  3ARP A;  1BFN A;  4H04 A;  1R86 A;  2EPK X;  3AIW A;  4M24 A;  2VR4 A;  4BS0 A;  2WVV A;  4FLO A;  2CBJ A;  5BCA A;  5FD0 A;  1TG7 A;  4L4O A;  1KCK A;  4ML4 A;  2JIW A;  2JE8 A;  3AS0 A;  5ABF B;  1NOF A;  3FAX A;  2YOC A;  4U31 A;  1HXJ A;  2ZIC A;  1JL8 A;  1E6R A;  2EXO A;  4ATW A;  3WD3 A;  2DT3 A;  5FIP A;  1LQ0 A;  4EK7 A;  2OWX A;  3TON A;  3L4W A;  1VFU A;  4B3K A;  1BHG A;  3WNN A;  1JDC A;  1KGW A;  3LMY A;  2WMG A;  3KWX A;  1GVY A;  3WL1 A;  2DT2 A;  1KB3 A;  3RPM A;  1IV8 A;  5A8N A;  3UEQ A;  3K1D A;  3WNO A;  1VJS A;  4HOW A;  3VDA A;  3ARO A;  2VR5 A;  4W8B A;  4UZS A;  3W26 A;  2CNC A;  4IUG A;  5IFP A;  3U7V A;  2VUY A;  4ATD A;  1CLX A;  2JEQ A;  1MXG A;  3QR3 A;  2AMG A;  1KXH A;  1MW0 A;  1Q6G A;  2BNJ A;  1FP8 A;  1VBU A;  3NSX A;  1E4I A;  4TUF A;  2WCA A;  1DWI M;  2WXD M;  3L2M A;  3L4V A;  3ALF A;  4D72 A;  4FLR A;  1JDD A;  2PF0 A;  3K46 A;  1K6A A;  3N17 A;  1DTU A;  3W4R A;  1TVN A;  1GQK A;  1E5J A;  4OZO A;  4ATL A;  2OWW A;  4OUE A;  1ISX A;  3MSG A;  5CQ1 A;  4W7U A;  4X0N A;  4J28 A;  1ZJA A;  4HA1 A;  4JHZ A;  5BRQ A;  7TAA A;  3WF3 A;  2WMI B;  1DWG M;  1KXT A;  4M80 A;  4AYS A;  1QHZ A;  1SR0 A;  3BC9 A;  2G3M A;  2VCB A;  4AWE A;  4AY1 A;  1MQR A;  2DT1 A;  2XGB A;  4XZW A;  2O9P A;  1BQC A;  1CXF A;  2YIH A;  3IAP A;  4PTX A;  2MAN A;  1QNO A;  4UTF A;  2RGM A;  1EXP A;  1E0V A;  3NYD A;  1EIB A;  5E0F A;  4D6D A;  4YN5 A;  3WN6 A;  5C70 A;  4B9Y A;  2G3J A;  3J7H A;  4Q7N A;  4QDM A;  3K8M A;  3BAX A;  4TTU A;  3PZN A;  3VDB A;  1TA3 A;  1S46 A;  3CZ8 A;  4AZC B;  5DFA A;  4GIA A;  4W8A A;  1VFM A;  1BVN P;  1EA9 C;  4U33 A;  1NWU A;  3HU7 A;  2D0H A;  3CZJ A;  4ACY A;  3WBA A;  2BY1 A;  4MPK A;  5GNY A;  3QOK A;  4W84 A;  1NWT A;  3AHT A;  3VIL A;  2Y2W A;  1ITC A;  3SCQ A;  3VDC A;  4R5E A;  3CHF A;  5CJ5 A;  1DWJ M;  3EMZ A;  3WH7 A;  2VX4 A;  2DSK A;  4WKA A;  2BY0 A;  1FH7 A;  3A4A A;  4CU7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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