3WH8A

Crystal structure of gh1 beta-glucosidase td2f2 isofagomine complex
Total Genus 177
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
177
sequence length
439
structure length
437
Chain Sequence
RFPADFVWGAATAAYQIEGAVREDGRGVSIWDTFSHTPGKIADGTTGDVACDSYHRYGEDIGLLNALGMNAYRFSIAWPRIVPLGAGPINQAGLDHYSRMVDALLGAGLQPFVTLYHWDLPQPLEDRLGWGSRATATVFAEYADIVVRQLGDRVTHWATLNEPWCSAMLGYYLGVHAPGHTDLKRGLEASHNLLLGHGLAVQAMRAAAPQPLQIGIVLNLTPTYPASDSPEDVAAARRFDGFVNRWFLDPLAGRGYPQDMLDYYGAAAPQPEDLTQIAAPLDWLGVNYYERMRAVDAPDASLPQAQRLDDPDLPHTADREVYPEGLYDILLRLHNDYPFRPLYITENGCALHDEIAEDGGIHDGQRQAFFEAHLAQLQRALAAGVPLKGYFAWSLLDNFEWAMGLSMRYGICYTNFETLERRIKDSGYWLRDFIAGQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords beta-glucosidase
publication title Crystal structure and identification of a key amino acid for glucose tolerance, substrate specificity and transglycosylation activity of metagenomic beta-glucosidase Td2F2
pubmed doi rcsb
source organism Metagenomes
total genus 177
structure length 437
sequence length 439
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2013-08-21
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3wh8A00
4M82A 1KXHA 3GBDA 2VCCA 4HPGA 1UKTA 4LYQA 4CU7A 4J3XA 4JFUA 3GXMA 3B9AA 4FLSA 4V28A 4P7LA 5CPQA 2WKLA 3QHOA 2EBNA 1Q6EA 1PBGA 3BSGA 3AXXA 1B3VA 1UKSA 4U3AA 4JZ5A 1P6WA 2BVYA 3QGVA 1UWIA 4S3JA 3OZOA 1BLIA 2G3MA 4CGTA 2XFFA 1M04A 1DEDA 2DSUA 2VVNA 1V0MA 3MU7A 2BHYA 2JFEX 2ZWYA 3DYPA 1QPKA 3RCNA 1E6XM 1E6ZA 1R85A 3K8LA 2WAGA 2FHFA 1UWSA 1CGYA 1TR1A 3ARTA 2D0HA 3DHPA 5A6KA 1VFMA 1QI3A 2WM0A 2VRJA 1W9XA 3N04A 1M7XA 1IT0A 1Q6FA 3ARSA 4P8VA 2WZIA 4AYSA 1XGZA 1OGBA 1E6RA 2JF6A 3SCSA 3ZJ7A 2QHAA 4HP5A 1KBKA 4M81A 4WKFA 3SCOA 1JYVA 3AQUA 3CHEA 1CXEA 4H8VA 1DWFM 3RO8A 2V3DA 3VGDA 1EDTA 1C90A 1SR0A 3RJYA 4AZ5A 1RD6A 2B31A 2CETA 4IPNB 3EMQA 1BGAA 3UG3A 5D9OA 3B8SA 3IAPA 1X6NA 4U2ZA 1BFNA 1GNXA 2DPEA 3EYPA 1OGGA 1L8NA 1MXDA 4PMYA 1BGGA 3I3BA 2VO5A 3WF2A 3W38A 1JF5A 5FD0A 1QBAA 3W81A 4D6JA 3OLIA 5LYRA 3B9DA 1BVNP 3SIMA 3CBWA 2VZVA 3CZEA 3CUFA 1EA9C 1W1YA 4NF7A 4X0NA 2D2OA 3IK2A 1E4MM 2D0GA 1BG4A 2D3NA 3FN9A 1E15A 3A47A 3IAQA 3EDFA 4DWSC 5IXEA 4OOZA 1JXKA 2GK1A 1MQQA 2X0HA 3UR8A 4PCTA 1CENA 4B15A 1W9VA 3SCVA 4HA3A 3O6AA 1M01A 2V3GA 4P7NA 1UH3A 4C7GA 3QHMA 3K8MA 4QDMA 5ABFB 2PWHA 2V3EA 3QHNA 2PWEA 4D71A 3PTKA 3VD7A 2OWCA 4BQ5A 4NZCA 1OWQA 4CCEA 4MJ4A 1U2YA 4UR9A 3CHCA 2OYKA 3OLEA 2Z1KA 2J7BA 5HDRA 4ZFMA 1K9TA 2G8ZA 4CUCA 3BAXA 3L4YA 1BG9A 3WELA 1RPKA 3WH8A 3UEQA 4MDOA 3VUPA 3HMCA 3VGGA 4CN6A 2W66A 3KL3A 1GCYA 4TX8A 4Z2GA 3WMSA 2WVTA 1NWRA 1EGZA 3F5KA 3TA9A 4MB4A 2WSKA 3U7VA 2PB1A 1E0XA 1NWSA 2YDRA 3A4AA 1G5AA 4UQ9A 1W1TA 1JAKA 4KRTA 2YA1A 2AOSA 3TOPA 5I2UA 1CECA 2ZUUA 4RE4A 4DWSA 4YHGA 7A3HA 3IJ9A 4RE2A 2A3BA 1D7FA 2CXGA 1GOWA 1C7SA 3L2LA 5A8QA 2WKGA 1E72M 5AYBA 1MWOA 2W91A 4W5ZA 1OT2A 4UQEA 5JIPA 1DWGM 4JIEA 2XGBA 4H41A 1BSIA 3N11A 5C70A 1MQPA 3WEZA 2CHOA 3SUTA 2VX5A 1EHAA 3UG4A 1OCQA 1NOWA 3AI0A 2Z1SA 4PMXA 3W24A 3AISA 2EPLX 2YA2A 2W61A 4FLQA 1E4NA 2Y8KA 1WDPA 4PUEA 1GOQA 1VBRA 2C8NA 1GORA 1EIBA 1CGTA 1ODZA 2VQTA 1PAMA 3WUGA 3HU7A 2PWGA 4IUGA 4U3CA 4CKQA 5D8WA 7TAAA 5KEZA 4MB5A 2ZX8A 2DQXA 3GNPA 3N18A 3VIIA 1E71M 3BLPX 1MFVA 3BAKA 3PZGA 1LG2A 3AIVA 5ABHA 2VZOA 1UOKA 1B9ZA 4M29A 3LMYA 8CGTA 1VFOA 3G6LA 1GVYA 2UWFA 4AC1X 4BA0A 1ISYA 2C7FA 4PMQA 3NUKA 2WSPA 3NJ3A 1ZBVA 1NQ6A 4AZIA 3ZIZA 2Q8XA 1CEOA 1YQ2A 1EO5A 4W5UA 3FNDA 3WQ5A 3HN3A 3WDIA 5GNXA 3O2LA 4LXFA 2DH2A 2J47A 1QW8A 1H2JA 2GJRA 3FXYA 3OGSA 1B90A 4RL3A 4AEEA 4LPCA 2O92A 1V3HA 3K1DA 2BS9A 3FHQA 3ZM8A 1HXJA 1US2A 1GUVA 3AS2A 1HKKA 3IJ7A 4GZEA 4XX6A 4L4PA 4NRSA 2UY4A 1W1PA 1C93A 1XYFA 1QI0A 2XVKA 4AD0A 3AS1A 4KGLA 1VIWA 1RP9A 1V6UA 1C8QA 2BY1A 2QV4A 3PBGA 4YN5A 2G3IA 4AD3A 2WVVB 2DT0A 1PX8A 3I3DA 4C7FA 3APGA 5JBDA 4AD5A 3TTSA 3ZJ6A 4XB3A 3ZSSA 1B0IA 3VGFA 2WPGA 4NI3A 3N12A 3CMJA 3L4WA 4B16A 3KWXA 3T0BA 5BRQA 3WUFA 1E40A 2BNJA 1KB3A 1JZ8A 2JIEA 1YHTA 1PPIA 2WLZA 5GNZA 5GNYA 4CD7A 5I23A 5BROA 2J77A 4PMRA 4F8XA 1ZL1A 1ZBKA 1UR0A 5BXRA 1JZ2A 2CESA 3WIJA 1KGWA 2D24A 4WF7A 2WZHA 4WKAA 3VNYA 4MADA 2ZUWA 4JHOA 2EPNA 3DHUA 1UYQA 4PMOA 2X2YA 3VIKA 3MMDA 3WQ8A 1VJSA 3PZUA 2GDVA 3SCTA 5HOSA 3WDPP 1MW0A 5AC4A 3BCDA 6A3HA 1DWHM 1HJSA 1CLVA 1E56A 4MNLA 4PMVA 3ZR5A 2WCGA 4MNJA 3CO4A 5DT5A 1KXQA 3BMVA 4A4AA 2VX7A 1AQ0A 3WH6A 1CTNA 2ZOXA 2ZE0A 1OM0A 3W6MA 2BVDA 3AMLA 2D3LA 3EBVA 4JFWA 4ML4A 3GM8A 4EANA 4U5IA 2W62A 1B3ZA 1DWIM 2DSKA 4UQDA 1GOMA 1HX0A 2G4FA 3F5LA 3VNZA 3W27A 1UR4A 3VPLA 2DDXA 3N1AA 2YDSA 2ZICA 3WNKA 1E4LA 3VMNA 2FGLA 4DWSB 3OA5A 3NSXA 2V5CA 2WMJA 3ARXA 5FOOA 3WDHA 5EBAA 1VAHA 3J7HA 1D2KA 4IM4A 3WMCA 1C91A 5C8BB 1JZ3A 2CYGA 2VRQA 1OIMA 1W9DM 4JKMA 1CPUA 3LPOA 1E6NA 1R7AA 2QLYA 2DSVA 1CIUA 2WW5A 3M07A 1JYNA 1TZ7A 4BCEA 1EO7A 1H5VA 2A3HA 2CNCA 4JFSA 4Y7EA 4FLOA 2ZX9A 1TVPA 1TG7A 2DH3A 3OBAA 4EAMA 2VR5A 2YL9A 4ZE4A 3EDDA 1JD9A 2CPUA 4LQ1A 4D1JA 4X9YA 2WMGA 2AMGA 3W26A 3F5JA 2XM1A 1B3YA 3RPMA 5FL1A 2ZUVA 1CDGA 1KQZA 1F4AA 2J78A 4URIA 2OSWA 3VINA 3T09A 3WF1A 4DUXA 2V5DA 1B3WA 2QF8A 4W93A 1ZB5A 1PZ3A 5D9MA 4RE3A 5IDIA 3VIFA 1EQCA 1H41A 1OD0A 1ZS2A 4TXEA 4FLRA 2E0PA 1BVZA 2JEQA 4OOUA 4UFMA 1J0ZA 3QOMA 2WCAA 4WK9A 4B3KA 1WE5A 2XIIA 3ZT5A 2Y4SA 4Z2LA 2VZSA 2QMKA 1QW9A 4GZIA 3AOFA 3KL5A 3NSNA 3GH7A 5CGMA 4D6IA 1OBAA 3POHA 2GDUA 3T0AA 1W3KA 4WJXA 2ZX7A 4U31A 4D6EA 4QFUA 1W3LA 2CBVA 1CGUA 1FA2A 1FOBA 3NCOA 4U5KA 3UERA 2XYLA 1MFUA 2DT1A 3MSDA 2IXUA 4PMZA 4E8CA 4JHZA 1XV8A 1ZU8A 1C7TA 5LA2A 4UTFA 2GUYA 4GO9A 4F79A 1G94A 1JZ7A 3BXWA 5BRPA 2PWDA 3WDJA 5GPRA 1E1EA 3SCRA 2F2HA 3CZKA 3K4DA 4AZCA 3PZNA 4GZJA 2GJPA 4CN1A 1K6AA 2E9MA 2BXZA 1CNVA 2J7FA 3ARPA 3GXIA 4J3UA 5A69A 1JXJA 3CHFA 1M53A 4M80A 1R87A 3BH4A 3M46A 1CXHA 1UR2A 2BVTA 2OSXA 4CN4A 3AMDA 1H49A 3W28A 1KCKA 3UR7A 4J3SA 3VVGA 1CBGA 2EPKX 5A6BA 5HPCA 1QI4A 1W9PA 5CLTA 1VENA 1Z32X 3WBEA 1RP8A 1TCMA 5I6SA 1HNYA 2XVPA 1OGSA 4BF7A 1V08A 4AZGA 3WD4A 1WPCA 1XH1A 1ISWA 4XUYA 3WNOA 2WMIA 3OLDA 2DIEA 1TA3A 3JUGA 4AZBA 4AXNA 2XUCA 2ZWZA 3SCNA 3SUUA 3MMUA 1NP2A 1UZ4A 4EKJA 1J01A 5E70A 2VMFA 4YHEA 3NSMA 1H1NA 3PZOA 4H8UA 1GQIA 5CZKA 3U5UA 3W53A 1UZ1A 2DGAA 4AW7A 3M7SA 2DT2A 5E6YA 3VX0A 3AIQA 4WKHA 3VGBA 4Q22A 2A3CA 2WYSA 2XTKA 3CIVA 1GJWA 5EFFA 4W7VA 1V6WA 4HMEA 4MJ2A 1E73M 1I75A 5I0DA 5BXSA 1R8LA 3PZMA 3WFLA 1AVAA 1KWGA 2NSXA 1SMDA 4QP0A 1ISZA 2EPMX 3AIWA 4HPHA 1DTUA 1TE1A 4Z2KA 5I5RA 1KQYA 2WMKA 3ARYA 5BCAA 3PZVA 3BGAA 4GIAA 5A2BA 2UY2A 3VIHA 2XGIA 1WDRA 2J7DA 1ECEA 5KZ6A 3AZTA 4CD5A 3CZLA 1EDQA 3G6MA 5I77A 3WF3A 3W6LA 2O9RA 2JF7A 2OYMA 3SURA 1XD0A 2XIBA 1GHRA 2YJQA 1E6QM 1SFSA 5FCZA 3WKZA 3RJXA 2DT3A 2RGLA 2A3AA 3WH9A 1QHOA 8A3HA 1O7AA 3CHDA 1GOIA 2D23A 4UZSA 1B1YA 5I78A 9CGTA 1C92A 3MKKA 4F66A 5IFPA 3ZOAA 5FL0A 1NM9A 5E0FA 1PX3A 2WBKA 4ZEPA 3AIRA 3N17A 3GBEA 1GVIA 3WUBA 4HZ8A 1J0YA 3S2CA 4P8WA 4GQRA 2F8QA 1B3XA 1E5JA 1VFUA 2EEXA 3KEHA 4PMDA 1JZ5A 3CUJA 3W25A 2CBUA 2W4XA 4CD4A 2WHMA 2HISA 5HBFA 4AD1A 2NT1A 1FH8A 4FF5A 2EQDA 2BY2A 1UQYA 5IHSA 1PIGA 4PTVA 2CIPA 3W82A 4M24A 1MW1A 5TD4A 1C8XA 1HKMA 2ZXBA 3VM5A 4M56A 2GSJA 5HNNA 1W1VA 4UZUA 6TAAA 1UR1A 3AROA 3T0DA 1H09A 1V6XA 4F9JA 2XWEA 4GI8A 1JI1A 4H8HA 4PCSA 3VIJA 1V0NA 4UFHA 4KGJA 1DHKA 1UWRA 1WCGA 4JL1A 3ARVA 4ACZA 3CUIA 2OLHA 1US3A 4GXPA 1KGUA 2OSYA 1JYWA 4QCFA 1JFHA 1GW1A 4AMCA 1FH9A 4P7QA 2XFRA 1JFXA 4TX6A 4PEEA 5LA0A 4IPLA 1TMQA 1XC6A 3VM7A 1GHSA 1XH2A 2E3ZA 1QI5A 4BZYA 3K46A 5FIPA 3FW6A 2C0HA 1CXKA 7CGTA 4AZCB 4DUVA 3L4VA 4KMQA 3D3AA 4HMDA 4K68A 4CD8A 2WZEA 5BWFA 3N13A 2WHJA 1VB9A 4JKLA 5A1AA 2EPOA 4PBGA 3VDBA 1VRXA 1WZMA 3TONA 4MNMA 4D1IA 1VF8A 1E0WA 2HVMA 3L2MA 2NT0A 1FFQA 4JCMA 3VIPA 1DP0A 1JIBA 4EK7A 1W91A 1IZKA 4YPJA 3WD3A 1OT1A 1NH6A 2CERA 1HN1A 2G3NA 4UFJA 1V02E 4D6GA 2WMIB 3AICA 2FH8A 3L4XA 1TA3B 3OGRA 1V3JA 3BSHA 4TVDA 3CZGA 1KGXA 4PUDA 3WF0A 1A47A 2WC3A 3UCQA 1CXLA 4AZ6A 2WVUA 4MAVA 4HMCA 4R5EA 1WDSA 2E8ZA 2XJ7A 3WD1A 1UQZA 4JFTA 3AYRA 1FHLA 3IANA 1EQPA 1WB0A 5CSUA 1UWUA 1HKJA 2WK2A 1ITCA 1ZBWA 2XWDA 1HJWA 1AQHA 2GK1B 2X05A 1WO2A 5E6ZA 1NOFA 1QVBA 1UHVA 4QLKA 5A2AA 3U7BA 4DM1A 4ZXLA 2YDQA 2YIHA 1VBUA 4D6FA 1CLXA 3WDRA 2ZUTA 1BYDA 5A94A 3UETA 1Q4NX 3KL0A 1UD6A 4J3WA 4MNKA 1XHGA 4AIEA 2YLAA 1JDCA 4CD6A 2D1ZA 1JDDA 1VJZA 4MTVA 2VCBA 3ARWA 4PMUA 1J9YA 4HOWA 4W8AA 3NDYA 1KBBA 3HJEA 4GO8A 1NARA 5I3DA 4XV0A 1AMYA 2V3FA 3WH5A 1CYGA 4KWUA 4AZ7A 4TVCA 1B2YA 1JG9A 2OWWA 1UA7A 4LGXA 3WQVA 4W7UA 1C8YA 4S3KA 3AHTA 4A3YA 3A6OA 5ECUA 3VGEA 3AJ7A 5D8ZA 4Z2JA 4W84A 3WQ6A 4QCEA 1PJ9A 2W63A 1I1WA 3BAJA 1KR0A 1TUXA 3AMGA 4ZENA 4TTUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4M82 A;  1KXH A;  3GBD A;  2VCC A;  4HPG A;  1UKT A;  4LYQ A;  4CU7 A;  4J3X A;  4JFU A;  3GXM A;  3B9A A;  4FLS A;  4V28 A;  4P7L A;  5CPQ A;  2WKL A;  3QHO A;  2EBN A;  1Q6E A;  1PBG A;  3BSG A;  3AXX A;  1B3V A;  1UKS A;  4U3A A;  4JZ5 A;  1P6W A;  2BVY A;  3QGV A;  1UWI A;  4S3J A;  3OZO A;  1BLI A;  2G3M A;  4CGT A;  2XFF A;  1M04 A;  1DED A;  2DSU A;  2VVN A;  1V0M A;  3MU7 A;  2BHY A;  2JFE X;  2ZWY A;  3DYP A;  1QPK A;  3RCN A;  1E6X M;  1E6Z A;  1R85 A;  3K8L A;  2WAG A;  2FHF A;  1UWS A;  1CGY A;  1TR1 A;  3ART A;  2D0H A;  3DHP A;  5A6K A;  1VFM A;  1QI3 A;  2WM0 A;  2VRJ A;  1W9X A;  3N04 A;  1M7X A;  1IT0 A;  1Q6F A;  3ARS A;  4P8V A;  2WZI A;  4AYS A;  1XGZ A;  1OGB A;  1E6R A;  2JF6 A;  3SCS A;  3ZJ7 A;  2QHA A;  4HP5 A;  1KBK A;  4M81 A;  4WKF A;  3SCO A;  1JYV A;  3AQU A;  3CHE A;  1CXE A;  4H8V A;  1DWF M;  3RO8 A;  2V3D A;  3VGD A;  1EDT A;  1C90 A;  1SR0 A;  3RJY A;  4AZ5 A;  1RD6 A;  2B31 A;  2CET A;  4IPN B;  3EMQ A;  1BGA A;  3UG3 A;  5D9O A;  3B8S A;  3IAP A;  1X6N A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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