3WJXA

Wild-type orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from m. thermoautotrophicus complexed with 6-amino-ump
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
215
structure length
215
Chain Sequence
VMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
publication title Substrate distortion contributes to the catalysis of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase.
pubmed doi rcsb
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus 85
structure length 215
sequence length 215
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2013-10-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3wjxA00
2QJIA 1VHCA 4MKNA 3MWAA 1D3GA 4BWLA 1OHLA 4IXHA 2OT1A 3GAYA 3G18A 1H60A 3EWBX 2Z6IA 1LBMA 5LNRA 3M16A 1WYIA 3P62A 3FIGA 4M6QA 5KITA 1W5PA 1VYPX 1LTDA 3QMSA 1WV2A 3C52A 1W3IA 4YCPA 2FIQA 1LOSA 1VJIA 1KLYA 1SZFA 1TB3A 3PM6A 1WOBA 4GXMA 1C29A 4LU0A 5KZEA 1EX5A 5J5DA 1EIXA 2B7OA 1LCOA 4PCFA 2P0OA 1NF7A 1M6JA 4TU1A 5A8GA 4UTLA 3Q58A 5AB3A 4JTTA 4AB4A 3DFOA 4R53A 3DFQA 3HO8A 1ZY9A 4QSHA 4UMCA 2P10A 4JTGA 4RJEA 4MYAA 3PB0A 1YDOA 1H7WA 3NPWA 1SQ7A 4WXZA 3W84A 2OJPA 3QZEA 3G8EA 1FDYA 4FX7A 1YLVA 4XQ6A 2Y6ZA 1LRTA 1M5WA 4NJIA 3W7HA 2FPTA 1XFBA 2W0UA 2A7RA 3HBLA 2YXGA 4AVFA 2C6QA 3W7DA 1TTQA 2CLKA 3O6DA 2PRLA 4S2CA 3P7YA 3GXTA 3NL2A 3KRZA 3QPYA 1JJKA 4UFLA 2VXNA 1KV8A 4LC6A 3UPWA 3IIVA 1FWSA 1P0KA 3O6YX 3TKFA 2ABBA 1I2PA 1GVFA 2V8ZA 3W7MA 2V0TA 3KXQA 2AGKA 5KINA 2FLIA 3LCXA 4X9SA 4JTHA 3PG8A 3QYQA 2PRHA 2Q8LA 5LKYA 2QUTA 6TIMA 1LDCA 5D09A 3OVRA 3GDMA 1WAUA 2ZYFA 2Y7EA 3QSRA 3OG3A 2YGYA 3G24A 4S2BA 4DF0A 1VYRA 4MJZA 5G5IA 3KAOA 3LXCA 1ONRA 1F7BA 3SECA 3BLIA 2V9DA 4JTSA 1L6YA 2CWNA 1NFBA 2DZTA 3LHYA 1SSGA 4LOCA 5HWMA 1XL9A 2DJLA 5DN1A 5LGZA 4O1BA 3NNTA 2VELA 2GVLA 4GUGA 3CPRA 4JEQA 3SFKA 2CLMA 4Y96A 1ICPA 1KFEA 1RR2A 2VEMA 3C8FA 3IEBA 2TRSA 4YWIA 4R7JA 1KFBA 1WA3A 4ML9A 4N02A 4TIMA 3DFTA 5D38A 2ABAA 5G4EA 4X2RA 1IXPA 3C61A 1OFAA 4O28A 3M0ZA 4K8EA 3D0CA 1YTDA 1AW5A 4BI5A 2ZZ3A 4CNNA 1PCKA 3NQ7A 4K36A 1Q3NA 4JXCA 3TROA 3BGGA 5F2IA 4RK8A 2HSAA 1H7RA 1DQXA 2BSLA 1DV7A 1F05A 1QMLA 1TPDA 2C16A 5CZ0A 4LVAA 4UMBA 3GB6A 5D03A 2PCQA 1C8VA 3WK0A 1A50A 2B4GA 4B5NA 5KMYA 1W1ZA 5G2WA 5MHBA 3OEXA 1TTPA 4O19A 2Y7FA 3BG3A 2GUUA 4L4MA 4K8HA 1KM6A 3MHFA 2NLIA 4CNPA 3DI0A 2X30A 4YXGA 2ZRYA 1GJPA 5K2ZA 1VPXA 3R2GA 3W1LA 3GIYA 5D2XA 2QCGA 2BWGA 1G69A 3P81A 3UZ5A 3W2NA 1KBJA 4ADSA 2E5BA 5LZLA 3BK0A 4FXSA 3WK1A 4Z1DA 4O52A 3B0VC 1HFBA 2NXIA 5KSWA 4YCOA 1K3UA 4AWTA 4I9AA 3NZRA 4UTMA 4UMAA 5EMUA 1TPEA 3A5VA 1TPB1 3LERA 4D2JA 2DZPA 2VFEA 2ZZ2A 5F2LA 3FKKA 1K8XA 1HL2A 5I3HA 3L5AA 4CQ9A 2Y70A 3B4UA 3DKJA 2ISSA 3DFPA 4GRSA 3NQ6A 3QSTA 3T78A 4UFKA 3P5YA 1YPIA 1EWEA 2QCEA 2ATMA 1K7EA 3LTSA 4BI6A 1Z41A 2Q8ZA 3HGRA 1PHQA 4FXRA 3L67A 4FIRA 3P74A 4O8RA 4QNWA 5CPNA 3EEGA 4IMCA 4X22A 2J9YA 2QCFA 4NUWA 5EL1A 1DL3A 4BF9A 4TO8A 3O05A 2YSWA 4AWSA 2QF7A 1Q6LA 2TPSA 2A4AA 4Q32A 3EWXA 4P61A 1DKWA 1TQXA 4ZQRA 4O18A 1ICQA 1GVRA 1OFOA 4NJHA 5DXYA 1VH7A 1SO5A 3UZJA 1O95A 4ORIA 1H5YA 3MP4A 4ZVJA 3P82A 2Z2UA 3BG9A 2NX1A 5CGQA 3S5ZA 3GR7A 2ZRZA 4A2RA 1N7KA 5AOUA 2A7NA 2A6NA 1I8JA 3N73A 5E93A 3LRMA 4LW7A 1DBTA 1M7OA 2NXHA 3WJWA 1LRNA 3CB8A 3TQ0A 2CZDA 3M43A 3W7QA 4KFNA 4JTFA 1ZHAA 3NQ8A 4RR4A 2ATSA 4NJGA 3T4CA 4FX6M 2QDHA 3DKLA 1MEIA 3GYEA 5DXXA 3TW6A 1VR6A 1AL8A 1CX9A 1J4EA 3VNDA 3W74A 4WOZA 4LVBA 1IF2A 4XTIA 2GQ8A 5D2TA 3I65A 1SR9A 4CQAA 2PURA 3IIOA 2E1DA 4O0KA 2Y88A 4L4LA 1OF8A 4PH6A 3HPXA 3KHJA 4JD4A 3NG3A 4WY0F 1TPUA 4MIMA 3LLDA 3UNDA 3SW6A 4CCEA 3TXZA 4MLJA 3W7LA 3G1XA 2GOUA 3C6CA 1TYGA 3NVTA 4MUZA 3CLMA 4Z0SA 3WFAA 3QQ0A 1XI3A 1NF0A 2Y7GA 3MHUA 3DGRA 3S0CA 4NZJA 2V2CA 3SI9A 2FB2A 1XKYA 5HQEA 4H6KA 3MP3A 3LCHA 2B0MA 2A7PA 4E38A 5CKSA 1QNVA 1G4TA 1QAPA 3IGXA 2WNNA 4HNNA 1VQTA 1J2WA 1OABA 5TQLA 3P8IA 1KFLA 1KM0A 5LGXA 1QR7A 1EB3A 2ZZ6A 2R14A 4IUOA 5DLCA 1R2TA 2H90A 3HGSA 3GXPA 2ISVA 4WOQA 3BLEA 4DO5A 1OJXA 4KWVA 4ONVA 3UWUA 4XWUA 2RKXA 2J9ZA 4RXFA 2W6RA 2FQIA 2VFGA 3CHVA 1DVJA 3B0PA 4JGDA 3TQKA 4I7VA 4DO6A 3R5EA 4O17A 1TMHA 1D3HA 4FNSA 4WY0A 3L0KA 4ZQOA 3N2XA 3B05A 1Q45A 5K3VA 2OX1A 5HUPA 1DQWA 2GVGA 2DZUA 4MZYA 3EWYA 3N3MA 1EA0A 2DZXA 1UB3A 2B7NA 4FNQA 1AW2A 2Y89A 5HNRA 1GTHA 4NJKA 1JULA 1XDMA 2I1OA 3PG9A 4O54A 3HJZA 4KFPA 3PUEA 4MZ8A 5D2VA 3UWVA 1H1YA 4JS3A 4AHOA 1X8FA 3L9CA 1LP6A 3OBKA 3LTYA 3F1QA 3E49A 1ME9A 3TFXA 1W8SA 5FEPA 3C2FA 5EBUA 3MP5A 2Z6JA 3W1NA 1LRQA 1MO0A 1VCGA 3FJ6A 3RU6A 4UTUA 3HGJA 2ZRUA 4UR7A 5G4WA 2E6FA 3LDVA 4O1AA 4R33A 5EY5A 3ZWTA 5LNUA 2TYSA 4LV4A 3I6RA 1EP1A 3QPZA 2NV2A 5K9DA 1K02A 1KM4A 2EAWA 2JBMA 3CC1A 1HO4A 4IX0A 2YW3A 5HULA 3A24A 5GVJA 5KZMA 2E5CA 1AG1O 3EX6A 3G0XA 2EGZA 2YYTA 1G67A 3P67A 5C54A 4DEFA 4RLIA 1GTEA 3UWQA 5EYWA 2NX9A 2NXGA 4K7VA 4RX0A 1VLWA 1GEQA 1B3OA 4WX2A 3SZ8A 1SW7A 4LS1A 3U8GA 1JVNA 2DU2A 3E96A 4UFIA 1XBXA 2J9XA 1WDWA 1LLZA 2C3ZA 1UBSA 3ABRA 4RKAA 4QNEA 3MUXA 5FF3A 2VFDA 2A0NA 1SFLA 4MOZA 1IGSA 4A22A 3NQMA 4AHPA 3N9SA 4WJEA 3EXSA 2BXVA 5DCBA 3S9YA 1SW0A 2YDAA 1LM1A 3GNNA 4N2YA 3S1XA 1WXJA 1TPWA 1SO6A 3N34A 1TPC1 3Q94A 4KWWA 1LOLA 5C2XA 4NT0A 1KTCA 3FJLA 3O07A 4EIVA 1Q6QA 3NL5A 2QCLA 3BG5A 2QCDA 4HIBA 3C2VA 4HN4A 1P0NA 3QC3A 4UTWC 1PVNA 1CW2A 5F4WA 2ZCGA 4A2SA 2GQAA 1UUMA 3QJAA 3GZ3A 3AJXA 3PBVA 5LNSA 1ZFJA 1GQNA 2NWSA 2WOQA 3BARA 2CZFA 4BK9A 3R12A 3O1NA 3C56A 4Z0JA 3W2JA 1S5VA 2QJHA 2V30A 3UWZA 4KKXA 4QQ3A 3E9AA 3NYZA 1GVOA 3EXRA 5G1TA 3W9ZA 1IXOA 3TIMA 2QUVA 1OF6A 4K38A 1O5XA 5F4SA 4FF7A 3O16A 2Q3OA 1P5BA 5AHNA 3NM1A 4UTKA 1GT8A 3L21A 1FUYA 3INPA 4OV4A 3G1FA 4LY8A 3MI3A 5I3KA 5TIMA 4CQ8A 1T0OA 3CU2A 2CLFA 3I7RA 1F74A 3QRHA 3WK3A 2WSRA 2XFWA 1L9WA 1DHPA 4A3UA 1FWNA 3G8RA 3G1DA 1X1OA 3LRKA 3CT7A 5DY3A 3FFSA 1X6UA 2XN1A 1YADA 1XUUA 4M7SA 3DH7A 4A29A 2H3BA 1PHWA 3W7KA 1G7UA 1L6WA 1L2UA 3RFAA 2EKCA 5T26A 4LC8A 3LOTA 1L6SA 4BI7A 5L9FA 1QFEA 3E12A 5CZTA 3TMLA 3PUDA 3TC7A 3TAKA 3CWNA 1Q6OA 3R89A 3DU0A 3SR7A 2CFFA 3EB2A 1SZNA 3S42A 1I2OA 2AQWA 4DF2A 3W7JA 2D73A 3NR0A 3W71A 3QQ1A 3LBMA 1K03A 3WJXA 2KZHA 1U5JA 3EKLA 3NQGA 2OMAA 3PULA 3BPWA 1SUXA 4LUIA 4ZQCA 3IRDA 5FEXA 3E02A 3TR2A 1JRBA 5AN7A 3G1VA 1OX4B 4LUJA 1SFJA 3W1RA 3PAJA 1PCWA 4IWWA 1IIHA 1FQ0A 1FDZA 1ZAIA 3QMRA 1SSDA 1DJNA 2QCNA 1SZEA 3MO7A 3I7SA 3B8DA 1AK5A 3B06A 3DAQA 1OFQA 4AEOA 3HOJA 1VGAA 4XKYA 1TJRA 3O6CA 4OQVA 4IMDA 1ZALA 4Q33A 1A5AA 3NQVA 2E5DA 5DBUA 1RQHA 1Z42A 3TJXA 4WQ6A 2X16A 3PR2A 3M41A 1HUVA 3N2MA 2QR6A 4GBUA 1FCBA 2C14A 1EEPA 4A21A 1GWJA 2YFOA 3G0SA 1R46A 2ZZ1A 4MVAA 5ABTA 2V81A 3UQNA 1GOXA 2TMDA 1I2RA 4O11A 1FDJA 4GFSA 3STEA 4Y6GA 4DF1A 3LCFA 4E0CA 3ZR4A 2CLIA 3M44A 2EF9A 2YFNA 3LHWA 1O4UA 3GNDA 2ZZ5A 1H51A 2C18A 1KM3A 3W85A 4HNVA 2C1HA 4NU7A 2JGYA 3ZS4A 4O14A 1JUKA 3VE9A 4YMZA 5FF0A 5HR7A 1F2JA 1QDSA 5BNKA 1PE1A 4FB7A 4OHQA 1EP2A 1RZMA 3W1PA 3W23A 1RD5A 3N9RA 3PBUA 4Z1AA 1MSSA 3PUOA 1XBZA 2QKFA 3L0GA 3L5MA 1JCJA 4O4VA 3W87A 3KRSA 5C6MA 5CZJA 3GXNA 2H8ZA 1BWLA 4QITA 1I4NA 3W83A 4Z1BA 3UXDA 3HG3A 3A21A 3W07A 2V82A 3QH2A 4JTEA 2NWRA 5FEWA 1I2QA 3I7QA 2C15A 4O57A 4JIPA 1PV8A 3B04A 3RMJA 2WJZA 1WOAA 1HTIA 1KM1A 4MFDA 3MYOA 2W79A 1ZJIA 4POCA 1JCLA 2Y61A 2DZWA 3CQ0A 1EWDA 3UY7A 4JDBA 2RDUA 3W7GA 4AHQA 1Z44A 4ZQPA 4I7UA 5I3FA 2FPYA 3NM3A 3C0JA 1G6CA 4FNTA 3USBA 3P8JA 2G97A 3W75A 3LCWA 2G96A 4GE8A 4IPJA 3NEVA 3THAA 4FNPA 5AHFA 1LBLA 2NZLA 3NL3A 4EF9A 2WQPA 2BZNA 5G2IA 2WNQA 3ABQA 1F6PA 3RNDA 4QAIA 2VEPA 3W7RA 3UYCA 4NNAA 5CZSA 4Y90A 2DZVA 2FDSA 2FJKA 3W1QA 4O50A 4OT7A 1JCNA 3TQVA 3DFNA 3O06A 2A21A 4O1DA 4UC5A 3KX6A 3UWYA 3LTPA 4NNBA 4QM1A 4DBDA 4DBEA 1FCVA 2YX0A 5D37A 5LNVA 3EWUA 4MY1A 3GDLA 2CLEA 3W2UA 3LRLA 1LLWA 3S1VA 3M5XA 3T55A 4HKPA 3RLVA 1OFBA 1W31A 1MZHA 4NX0A 5G1YA 5L6UA 4NQ1A 4LT9A 4EWND 2WSYA 2R91A 5K9XA 3F4NA 3FYPA 1ZNNA 1TV8A 4M5PA 1Q6RA 1JCYA 3M9YA 5F1VA 2E6AA 4WZHA 4MY8A 3U2OA 3W73A 1H62A 3HB9A 1JUEA 2RH9A 2X1UA 4NXSA 4RCXA 3PBWA 3Q2DA 2G5WA 4UNLA 2E6YA 2O7SA 1XM3A 4LNYA 3W2MA 2A6LA 3MYPA 3GX9A 3U6WA 3TMQA 3BV4A 1ZCOA 1VC4A 3EX2A 5AHMA 4RZ6A 4IJBA 2WKJA 4DXVA 1VLIA 3W6YA 1TRIA 4P2VA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4MKN A;  1V08 A;  1DWI M;  2TAA A;  3GH5 A;  4GLE A;  2VO5 A;  4GKL A;  1OHL A;  3JUG A;  1YQ2 A;  4GXP A;  2B81 A;  1MUC A;  1D7F A;  1CT5 A;  1YBQ B;  3DG7 A;  1RH9 A;  3AYR A;  2HRO A;  4M6Q A;  3OBA A;  4PUM A;  4NY2 A;  4HCD A;  2PDL A;  1ISX A;  3VYL A;  4ES4 A;  2XH4 A;  3C52 A;  1W3I A;  4YCP A;  3O9N A;  1LOS A;  2D3L A;  3U57 A;  1VFS A;  1TB3 A;  4DIA A;  1WOB A;  2E0P A;  4G9P A;  4GXM A;  4WKA A;  5B7Y A;  1UHV A;  3TNB A;  1P6B A;  5CC6 A;  4RE0 A;  4PCF A;  3ZJK A;  4XD6 A;  1NF7 A;  3RAO A;  1LG2 A;  5A8G A;  1CGV A;  2A3L A;  1ODZ A;  4R53 A;  1BXB A;  2X0Y A;  1ZY9 A;  1SMA A;  4D72 A;  1WKF A;  5A6S A;  2VZS A;  1YDO A;  3URQ A;  3W84 A;  3QZE A;  3MS8 A;  3B8T A;  4CN6 A;  1CGT A;  4XQ6 A;  1LRT A;  4NJI A;  4ZTY A;  1UZH A;  2VCB A;  3F4V A;  1QHO A;  4Y9N A;  1UMY A;  4AVF A;  3PZ9 A;  2ACS A;  3P7Y A;  2ZIC A;  7A3H A;  3GXT A;  3NL2 A;  2AMG A;  1VBU A;  4ENL A;  2OLS A;  1JJK A;  3CLW A;  1FH9 A;  1EC9 A;  3AFB A;  1P0K A;  2ABB A;  2V0T A;  2WWD A;  3UF9 A;  3I3E A; 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 3EPO A;  4ZXL A;  2IKI A;  4KH2 A;  3A9B A;  2B4G A;  1OD0 A;  4B5N A;  4CVU A;  5G2W A;  1QNP A;  4H1Z A;  3OIH A;  3NSN A;  4GX9 A;  3KOW A;  4YXG A;  2ZRY A;  4AD3 A;  5D2X A;  3IS4 A;  2BWG A;  4W85 A;  3UZ5 A;  3PNU A;  4Q7I A;  2PBO A;  1DJZ A;  2EKG A;  1HKI A;  1KGW A;  3BK0 A;  3QV9 A;  4FXS A;  3WK1 A;  4Z1D A;  4P8X A;  3B0V C;  1HFB A;  1MI3 A;  3GW0 A;  4I9A A;  3NZR A;  4UTM A;  3ZYZ A;  1X8C A;  4UMA A;  5M1T A;  5EMU A;  3QGK C;  1E5N A;  2OZT A;  4KT2 A;  3MAN A;  3SCV A;  3HA1 A;  4AZG A;  1J2B A;  3DEQ A;  2ZZ2 A;  3DYO A;  3FKK A;  1HL2 A;  1R3V A;  3QQW A;  4XX6 A;  5I3H A;  3RLG A;  2GSH A;  4UOZ A;  4H6E A;  4GH1 A;  3IUH A;  4GRS A;  3UGV A;  3MDW A;  4HZM A;  2ATM A;  1K7E A;  4BI6 A;  2GSJ A;  2Q8Z A;  3UW6 A;  4J2P A;  5IOB A;  1PHQ A;  4FIR A;  1AQH A;  4EWJ A;  4UQA A;  5CPN A;  2BHU A;  3DGB A;  4X22 A;  4J7R A;  3SB0 A;  4QS5 A;  4DNM A;  4NUW A;  2OQL A;  2VYO A;  4BF9 A;  3TVA A;  3O05 A;  2YSW A;  2YXO A;  4CEU C;  3ARS A;  3RN6 A;  3WX7 A;  1KC7 A;  2QPU A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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