3WJYA

Orotidine 5'-monophosphate decarboxylase k72a mutant from m. thermoautotrophicus complexed with 6-amino-ump
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
215
structure length
215
Chain Sequence
VMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFAVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
publication title Substrate distortion contributes to the catalysis of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase.
pubmed doi rcsb
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus 84
structure length 215
sequence length 215
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2013-10-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3wjyA00
3CLMA 4CQ9A 4Z1CA 2DJLA 2QKFA 5D33A 1FDYA 1DJQA 2WSRA 2FB3A 2QCNA 4AWTA 3MHUA 4IMEA 1JUKA 3HF3A 3LDVA 3WJSA 4WUIA 3QJAA 3P60A 4Y9AA 1F05A 3CWOX 3PR2A 4DELA 2RDTA 2XN1A 3A24A 3T7VA 1YADA 2TSYA 3NPVA 1QPRA 2V2HA 4LVFA 2A5HA 3LHVA 3MJYA 3GYEA 1Q6OA 1JUEA 1X7FA 3KX6A 1T99A 1GVRA 1GTEA 3SZ8A 2ALDA 1NFBA 4QITA 4HSNA 4GRSA 3PB0A 1H7PA 4M6QA 1W56A 1ME7A 1LRTA 3HMJG 3VI2A 3P84A 1KM2A 3DH7A 4JTJA 2G5WA 3HOJA 1DHPA 1H63A 2W79A 4UIOA 1LOQA 2VFIA 4XBSA 3IIZA 4DEFA 3ANYA 3P67A 2RHGA 1MSSA 1OX4B 2FFCA 1Q45A 4WJEA 2YDAA 1WBHA 2C14A 1R47A 4M6VA 2YPIA 3F1QA 3F4WA 1JVNA 1TO3A 1WXJA 2X30A 4UC5A 3D0CA 4J9JA 3DFSA 2GJLA 3MYOA 1TV8A 3IIPA 4LVDA 4O53A 2IQTA 4QQ3A 3W1XA 1RPXA 1A5BA 1SFLA 1FWNA 1RQHA 1TIMA 3FYPA 4PCFA 1EA0A 5HINA 1PV8A 1QR7A 3OVPA 1ADOA 1F7BA 2GVLA 3LCHA 1VLIA 4Z1BA 3LHZA 3W2KA 1RD5A 2NZLA 3B8DA 5CSRA 3G8EA 3W1RA 2ISSA 1O4UA 3G0XA 4PC8A 4OBTA 3S1XA 3GKFA 4AMAA 4MY1A 4IPJA 1KFKA 1OFEA 3SJ3A 3T44A 3W7JA 2DZSA 4O0ZA 3RK8A 1Q6LA 2ZTJA 3TK7A 1TPB1 3O63A 3GDKA 4XKYA 2CZFA 1LLWA 3W9ZA 1SZFA 3BLIA 1ICQA 4B5NA 2HS6A 5C2XA 2VEIA 2LLEA 2WJZA 4FIRA 3TMQA 3N2MA 4JX5A 1NVMA 4UTTA 4RX0A 5CPLA 4MFEA 2VFFA 4WZHA 2H6RA 3Q94A 3AO0A 2BSLA 3BGGA 3TQKA 3FJ6A 2HTMA 1TYGA 3KAOA 3MBFA 1DV7A 1W3TA 3PULA 2ZRVA 2E6YA 5FF3A 1EIXA 3NR0A 2GVJA 4ML9A 4O0KA 2Q3RA 1EWDA 1EP3A 5DY2A 3ABSA 4BWLC 2WPBA 3LCWA 2ATSA 3P82A 3EXRA 2E5CA 1JRCA 2JGYA 2B7OA 4NZJA 3UXAA 4LS2A 1TPVA 1UUOA 1M7OA 1SO5A 2Y62A 3T4CA 1OFPA 1MEIA 1TREA 3NQCA 3TFCA 3C6CA 1W37A 3E96A 4L4MA 2EKCA 1YYAA 5TQLA 3LCLA 3L0NA 3OVQA 3PSWA 3I65A 4ADSA 1OFAA 3QSTA 3TJXA 2PRMA 3DU0A 4N9BA 1GWJA 3NM1A 1F74A 5FF4A 1DVJA 1MZHA 1SSGA 3R5EA 2ZRUA 3L5MA 5AHMA 3U6WA 3BG3A 1X1OA 4AXKA 1Y0EA 3KVKA 4AAJA 2VFGA 5F4XA 1ZAIA 3GDLA 3SSJA 2QJGA 2ZYFA 3LXBA 3W7LA 1H51A 4ZQCA 2WOQA 2ZZ6A 3FJLA 4GC4A 5BMWA 3ZR4A 4LC8A 4H3DA 1UJPA 1IF2A 1FWWA 2NXGA 4JTUA 3EX6A 4LOCA 3CWNA 1KA9F 1EP2A 4I7VA 1GOXA 1XDMA 3TCEA 4HNUA 5D37A 4ORIA 3O06A 4OU1A 5EPDA 4LTSA 4ORMA 1YLVA 1G7UA 4A3UA 1TTIA 4O1CA 1YDOA 5AC6A 4BI6A 3NQMA 4BI7A 1RQEA 3W1PA 3HPXA 2FJKA 3S9YA 4W9TA 3G1FA 3LCIA 2CWNA 5AC8A 3QQ1A 3UPWA 1BTMA 1FDJA 1JCJA 1M7PA 1VGAA 2HSAA 2QCLA 1SQ7A 2WSQA 5D2XA 1JULA 1R2SA 1W5PA 1YTEA 2Q8LA 4N4QA 1QNVA 1XUUA 3MHGA 2JKAA 4MZYA 3VNDA 1O95A 4AHPA 5AB3A 3W1QA 2DZPA 3HG2A 4O12A 3TU9A 1TSIA 4I7UA 4MZ8A 4Y6GA 3A5FA 3S1WA 3EWXA 1PIIA 4MY8A 2VENA 1AK5A 4RZ5A 1TB3A 5DCDA 2A7RA 4JTEA 5L9FA 2ISWA 1GTHA 2I9EA 2WNQA 3W22A 4M19A 1K7FA 4RK8A 3G3DA 3TH6A 5BNKA 1OX4A 3QMSA 3UYCA 4Q4KA 1OJXA 4JX6A 1QPNA 4AF0B 4CQAA 3TX9A 5G2HA 2VEMA 2YCEA 2ZZ5A 2NWSA 4O4WA 2QCCA 2ZZ1A 2OCZA 3IIXA 2C1HA 2RDWA 3N34A 5EMUA 1TV7A 3IGXA 4FNQA 1ML1A 2E5BA 4HIBA 1SPQA 1TPEA 1ZFJA 4ZQRA 3SR7A 3L0GA 4UTWC 3S5YA 1ZHAA 3TUUA 3HIJA 3HQ1A 3OEXA 3E02A 4UFLA 1OYAA 1KFBA 2VEKA 3QYQA 5F2GA 1W3NA 1VRDA 4IX0A 4MKNA 5EBUA 3NQ8A 3WK3A 2V5LA 1KM0A 3B04A 3H53A 3LCGA 1LOSA 1XBVA 3O8AA 3NDOA 4RZ4A 1OVDA 1JCNA 4FNTA 4MUZA 4O1AA 3M0ZA 1OX5A 3E49A 3M1ZA 5F2LA 2RH9A 1YPFA 2NUXA 4DF0A 2XFWA 2G95A 2YFOA 4JICA 3N14A 3W72A 4QSHA 2G97A 4LC6A 1J2WA 3S5OA 1F73A 3BLEA 1H7RA 3DENA 4TO8A 5U7SA 1QWGA 3MBDA 4LS1A 3NOEA 2OT0A 4UFKA 4YWIA 1XCFA 3W7DA 4PODA 1LRNA 1G4PA 1A5CA 1PE1A 4C1LA 4JY8A 2I1OA 2WNZA 1W54A 3W7HA 5LNRA 3E9AA 2GOUA 3M5YA 1H7WA 4E0CA 2C3ZA 1FY6A 3HB9A 4PFMA 3LI0A 5G5IA 4O1DA 1EPXA 2QUUA 1GVQA 1R46A 3EX1A 1W1ZA 4DF2A 2CFFA 1ZJIA 3GAKA 1W31A 4NJJA 5K3VA 3INPA 3LHTA 2P0OA 2Z1BA 5D02A 2R8WA 1C29A 4S2CA 3KVJA 5FF2A 5BMXA 4O11A 3LCXA 3IVUA 5FEPA 3C4UA 5D09A 1YDNA 1PL9A 4RR4A 4JTFA 2J9YA 4ZQOA 2E5DA 3GNNA 3I6RA 2VFEA 4A29A 5DLCA 4RLIA 1EP1A 4DF1A 4FNRA 1LBLA 3SGUA 4ZMGA 4K7YA 1K3UA 3WJYA 1KM6A 4UR7A 1U83A 3G1VA 4UUIA 1UUMA 2E77A 3RF9A 1VYRA 3DKLA 3HGRA 3CT7A 3L9CA 4KKXA 4JIPA 1JRBA 2W0UA 3E12A 7TIMA 1VPXA 1ICPA 4ZQMA 1G69A 5D2WA 1KFEA 2NWRA 1KM3A 3HG3A 3LTPA 6TIMA 3RLUA 1E51A 1ME9A 3FA5A 1WQ5A 1K03A 2CZEA 3P74A 1P4CA 1LORA 3BK0A 4Z0SA 1RR2A 4Z1AA 3I68A 3NQAA 3V75A 3F03K 3M9YA 1JJKA 2YX0A 1KW1A 3GZ3A 1I8JA 2DZXA 3Q37A 5KZMA 1K8ZA 3NGJA 5BW6A 4EF9A 3QFEA 1ALDA 4JTTA 1H7OA 3DGRA 3EKLA 3VFLA 1IXOA 2AGKA 2QUTA 1LP6A 3NQ2A 3P61A 4WY0B 2VFHA 2BLEA 2WQPA 3DHFA 3QZEA 2OJPA 5D32A 3NQEA 4NU7A 1HUVA 1I2NA 2PC4A 3TNOA 2FB2A 1OABA 1L6YA 3GIYA 4N9CA 3HGOA 3SY5A 1M6JA 2VOMA 2FPVA 4IQLA 3W1MA 3EX3A 3WK0A 4UTLA 5J5RA 3MI3A 3O05A 4I7WA 5C6MA 4WXZA 4RV8A 3M5ZA 4YLWA 3MP4A 1V7YA 4AF0A 2X1UA 4KFPA 3G8RA 3NL5A 4ICNA 4MJZA 2P10A 4XBKA 1H1ZA 3LERA 5KSWA 1XFBA 1W5QA 4OGZA 3PBVA 4MLRA 4GJ1A 1OX6A 1H60A 3NZ1A 2DZVA 1ZCOA 1CI1A 2Y85A 2R14A 1W3IA 4GE8A 4IGHA 5DCBA 3BG9A 4XTIA 3SW6A 4DO5A 3GLCA 3W7RA 1XBYA 5CZJA 3S6DA 2QCGA 2ZZ7A 2OZ0A 1TPUA 1Z42A 3R13A 2ZZ2A 4RKAA 3NAVA 1T8XA 4CNPA 2A6LA 1TMHA 1FCVA 1VCVA 1KBJA 1TPFA 1WBJA 3N19B 2R94A 3CEUA 1Q3NA 1ZY9A 3TIMA 3JR2A 4JIQA 3RU6A 1DJNA 2CZ5A 3QW4B 1B4EA 4NX0A 1LDCA 3G1HA 3G1SA 5L6UA 2A1YA 4MJMA 3M47A 4UTTC 3WJZA 3N9SA 3I7SA 4ONVA 3O6CA 2YYUA 4WOQA 3TSDA 3HGJA 1YDVA 5FEZA 2EHHA 2ZA2A 5GVJA 3M44A 4JS3A 4UTHA 4O54A 5KINA 3DFNA 3IEBA 4PH6A 4OE7A 1XC4A 1VH7A 1VCFA 3CIXA 2B0MA 1XBXA 3NQVA 2CLFA 4TR9A 2GJNA 4O13A 3NPUA 3VE7A 2NXIA 4K8HA 5K2ZA 5KITA 3EWUA 1QAPA 4UMBA 1O60A 2P1FA 4NNAA 4Y90A 1QO2A 1OFQA 2GQ8A 2A6NA 4N6EA 2QAPA 1GPWA 2UV8G 4K6AA 4AVFA 2FDSA 4N4PA 4X22A 2CLOA 1R30A 3ELFA 1GVOA 3BW3A 5AHEA 1GVSA 1KLZA 1KV8A 1LYXA 3UZ5A 3TW6A 3G24A 3LBCA 1IIHA 3W1AA 4O10A 4UFJA 1NF0A 4MYXA 5K7JA 2A21A 3FS2A 5CPNA 3S1VA 3S5ZA 1TPC1 4CCDA 3EWWA 2X2GA 4O50A 3DFQA 3PG9A 4UMCA 1BWLA 4LT9A 2EGZA 2O7QA 3W7IA 1I2RA 3LGEA 3EWBX 3B4UA 3N3MA 4BI5A 3W7CA 3A22A 3C3NA 2YW4A 2XN0A 2NUWA 1VLWA 4GUFA 4TIMA 3TKFA 3STGA 3WJXA 3SFKA 1K7XA 4K39A 2X1SA 2ZDRA 4UNLA 5LHEA 3G1XA 1H50A 4TMCA 3WK1A 4QJ1A 2A7NA 4YXGA 5TIMA 1S5VA 3G0SA 2EPHA 1TTQA 4EOUA 2E09A 3DBPA 1JQXA 2NX9A 3TSBA 1N8FA 4WY0A 5D38A 2RFGA 4UXDA 2BZNA 4AEOA 4M7TA 2ZA1A 3LTYA 4ADTA 3W1TA 3W1LA 3YPIA 1VQTA 1LCOA 3OVRA 1KTCA 2QJHA 1R2TA 4OWGA 5HQEA 5DY3A 3NYZA 2DORA 1MEHA 1QO5A 3KOFA 2ATMA 4IMDA 4DPQA 2FPYA 1AL8A 4FX8A 4TMBA 3BG5A 1CW2A 2VELA 5CGQA 3GDRA 4ALDA 3TMLA 1HO4A 3TC6A 1H61A 3EEGA 2C15A 2C19A 2QCHA 3W73A 4E2DA 5LNVA 5D2VA 4BK9A 3EB2A 3PUDA 4O4VA 4XZ9A 4Q32A 3W1UA 3LBMA 3QC3A 2GQ9A 1C9DA 2B4GA 5D03A 2C18A 1ZAJA 3C56A 5FF0A 2YFNA 3MUXA 3NNTA 3LLDA 1DQWA 2QAFA 4IX2A 2QCFA 4TX9A 4MPQA 5LGXA 4KWWA 3LXCA 5I3FA 1UCWA 3JRKA 2A7PA 3CHVA 3O07A 5BRBA 2VEPA 5K9CA 3I7QA 1L6WA 3PBYA 3W87A 3G0UA 4AH7A 3CQ0A 4P2VA 3TXZA 1G4EA 4FX6M 1G4TA 3BGJA 3BO9A 4DQWA 4GNJA 2YSWA 1ICSA 4OV9A 4S1FA 5D04C 5FESA 3T78A 3W7GA 1S5TA 1FXQA 2EAWA 3OA3A 1LZOA 5F4SA 4TU1A 1OFDA 3P7YA 3W6YA 1HL2A 3CM4A 5IBXA 4KWVA 4JTHA 4JNMA 1F5ZA 1AL7A 3QEZA 5CSSA 1U5JA 3W71A 3NO5A 4UR8A 2JBMA 4FXRA 4U4MA 4CNOA 1GYNA 1WDWA 4FB7A 4OV4A 4O16A 2F7FA 3HO8A 3GXPA 1DOSA 4C1KA 3FKRA 1KM1A 4LUJA 2V2CA 3GX9A 1HTIA 4UTMA 3TQVA 3ATYA 2CLMA 4JEQA 1NEYA 3SI9A 2E6DA 4NZFA 5TBOA 5LNSA 3UWQA 4IPIA 1QOQA 5F1VA 1BWKA 4LRTA 4CCCA 2Q3OA 1G7VA 3W7PA 3UQNA 2RKXA 4Y96A 1EX5A 1V5XA 1YPIA 2CU0A 4IOTA 3R12A 4FIQA 5U4NA 4CQ8A 3IVTA 3C0JA 3KRUA 2H3BA 1XI3A 5T26A 3GDMA 4AB4A 1TQXA 2C6QA 1SU5A 1VR6A 2TMDA 3B0UX 5AHIA 3C52A 1KLYA 1HFBA 3MO7A 4LY8A 4Z08A 3PB2A 2ABBA 2ZZ4A 3QW3A 4N02A 2C0AA 4LWWA 3W7KA 4LVBA 5A5WA 3DXIA 2E1DA 4UMAA 2QCEA 3LTSA 3NZRA 2H8ZA 3NEVA 3N73A 2Y89A 4XWUA 2BTMA 1OYCA 4JD4A 4WY0F 3A21A 1OG0A 1F6KA 1A5SA 2VFDA 1WA3A 1VHCA 4N9DA 1XM3A 2QCMA 3GR8A 3HJZA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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