3YPIA

Electrophilic catalysis in triosephosphase isomerase: the role of histidine-95
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
247
structure length
247
Chain Sequence
ARTFFVGGNFKLNGSKQSIKEIVERLNTASIPENVEVVICPPATYLDYSVSLVKKPQVTVGAQNAYLKASGAFTGENSVDQIKDVGAKWVILGQSERRSYFHEDDKFIADKTKFALGQGVGVILCIGETLEEKKAGKTLDVVERQLNAVLEEVKDWTNVVVAYEPVWAIGTGLAATPEDAQDIHASIRKFLASKLGDKAASELRILYGGSANGSNAVTFKDKADVDGFLVGGASLKPEFVDIINSRN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Isomerase(intramolecular oxidoreductase)
molecule keywords TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
publication title Electrophilic catalysis in triosephosphate isomerase: the role of histidine-95.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 94
structure length 247
sequence length 247
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 1990-12-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3ypiA00
2ZZ5A 1ZFJA 4WQ6A 4JY9A 4JS3A 5MHBA 4RX0A 1BEUA 3QW3A 1AW1A 1HFBA 2V5BA 3E0IA 4GUHA 1K8XA 1VZWA 4Z1DA 1O95A 1SW7A 4DF0A 4MKNA 1EPXA 4PODA 3TXVA 3QMRA 1GTHA 1J5TA 2GVLA 3EXSA 5D05A 3JS3A 3M47A 2DORA 4M7SA 2HS6A 3R8RA 3BARA 3WJYA 1GEQA 4ZL1A 1ML1A 4QNWA 2CLFA 3SZ8A 4NT0A 1UUOA 4LV9A 1H62A 5HULA 3G0XA 3DFNA 3ATYA 1PHWA 3VFLA 1OVDA 2JK2A 4O1BA 1GYLA 3TAOA 2VKZG 2YW3A 2XN2A 1VHNA 1MEHA 3IIVA 2ZZ1A 5CSRA 5T26A 3RFAA 3EEGA 3TROA 2EF9A 2RDUA 1KFCA 4FF7A 3N2MA 2Y62A 3M5YA 5LNSA 1TREA 3PG9A 3SJ3A 3W70A 3BLIA 3FFSA 3ZS4A 4WXZA 4NVTA 4FXRA 5KZEA 1EIXA 2B0MA 4WX2A 2A7RA 4CNNA 1SZNA 2B7QA 5HQEA 1M5WA 4QNEA 3L5MA 2JKAA 2ZTJA 3WK2A 3EX3A 1KLYA 4X22A 2O7SA 2C18A 4Z08A 5HUOA 3QRHA 1XUUA 3HG5A 2DP3A 1LBMA 4LS1A 5FF0A 1S5TA 4AHPA 4LVAA 2Z6JA 5DCEA 5K9CA 3GXTA 2FIQA 1KFJA 1DHPA 1HG3A 5KZMA 4JTIA 1VR6A 4PC8A 3JR2A 1XM3A 2E5CA 2F7FA 3PC0A 3M44A 4MFEA 3SECA 1FDYA 3L0KA 2A5HA 3IVUA 2JGYA 1A5BA 3OBKA 4R33A 1SO5A 3TR2A 3W7LA 2Y70A 1C8VA 4GNJA 1FXQA 2GOUA 3NQFA 2FFCA 3W2UA 4MJZA 3MYOA 3LXBA 3R5EA 4O0KA 1W56A 1K03A 3W1QA 2V2DA 5AYXA 1JVNA 3NR0A 2G95A 4TIMA 3CIXA 2A4AA 2VELA 4RCXA 4N4QA 1LOLA 3PB2A 1N8FA 5L6UA 2CLLA 3P8IA 4Y96A 2F84A 3QMTA 3S1WA 1QMLA 4OU1A 4Y6GA 3LHZA 5G2HA 1SO4A 5EA9A 2CZDA 3OIXA 4QISA 2GQ9A 3W23A 5HNRA 3SR7A 4YLWA 3TX9A 3KRSA 1DQWA 1Z41A 1QO5A 3LB0A 1OF8A 2QDHA 3W7MA 2QCDA 2I1OA 3CM4A 3AJXA 4R34A 1Q6RA 4NNCA 1Y0EA 4GWEA 1H1ZA 2I9EA 4Z1AA 4NUWA 3W7HA 4LC8A 3CB8A 2IQTA 1OFEA 1GQNA 3OHIA 5DXXA 3UY8A 3EWWA 4GUFA 3E12A 2WQPA 4NJIA 4UR7A 4A29A 5EYWA 1XL9A 2AGKA 5C55A 1S5WA 5LNWA 4IPJA 3F1QA 3NNTA 1A5SA 2VXNA 5LKYA 4Q4KA 3DXIA 4CCDA 4UTTC 4P2VA 2E5DA 3L21A 3GDMA 4UXDA 1EA0A 5AFDA 2GJNA 3HG2A 2DZUA 5DY3A 3A21A 4O53A 4JICA 1KTCA 3EWUA 1M6JA 2V81A 2ZRVA 4JTSA 5LHFA 2HTMA 4AXKA 3OG3A 3FEMA 2WSYA 2JBMA 4H3DA 1XBVA 4HNNA 1H7OA 3AO0A 2H8ZA 4YL2A 2ZFAA 3BW2A 4O8RA 3W1UA 1I4NA 1GWJA 3H54A 4FNRA 4CNPA 1ME7A 3CLMA 2W0UA 2YGYA 3UWZA 1VJIA 4WY0F 3S42A 5FF4A 3CWNA 4IMCA 2NUYA 3LCIA 1ICSA 3W22A 4CQAA 5I3JA 1FWRA 3ATZA 5DY2A 4LVGA 2BXVA 1R2SA 4BI5A 1I2OA 4Z1BA 1LOSA 1W31A 4MYAA 1TPH1 3FJ6A 3QZEA 2R8WA 1G4SA 3KRUA 1WDWA 2VFGA 4LY8A 1C9DA 2NX1A 2PURA 2DZWA 3NQEA 4JGDA 4X9SA 3S1XA 2E09A 2VFDA 3P67A 1JCJA 4ZQRA 2BTMA 1XUZA 1H51A 3SW6A 4WOZA 3NM3A 4NU7A 3HPZA 1VS1A 4LV4A 4WY0A 3W1MA 1JRCA 3PAJA 2WPBA 5F1UA 3PUDA 4RZ6A 4DO5A 1EX5A 5G1TA 2PE4A 3TU9A 1KV8A 1YPFA 2B7NA 2A7PA 1VRDA 3P82A 5K9XA 1EB3A 4ONVA 4JTLA 3HMJG 2NZLA 4N9BA 4GFSA 1TPEA 3W2MA 5AOUA 3TJLA 3G0SA 5G5IA 1TO3A 3TW6A 1K3UA 4AEOA 4O16A 3S5ZA 3DBPA 1H7XA 4FXSA 2GUUA 1MXSA 1VLIA 4IMEA 5CKSA 1W3IA 1W3NA 1EUAA 4M7TA 1IGSA 4WD0A 5KITA 4N6EA 2WJZA 3T7VA 4LUIA 3T55A 3TFXA 1Z48A 4O50A 3W1PA 1SQ7A 3JRKA 3LBMA 3HB9A 1VYPX 4BF9A 1PL9A 3P81A 3S5NA 3MUXA 3DFSA 3R2GA 1W37A 3QSTA 5BNKA 4K7VA 3E9AA 1B3OA 1XFBA 1AL7A 1L6YA 2Y89A 3SFKA 1VYRA 2ZRZA 4RLIA 1OFOA 1OFPA 1YXDA 3DH7A 2EHHA 3IVTA 4O57A 1WBHA 1XKYA 5CGQA 2QCDB 2ZBTA 4MLRA 4MY1A 2CZFA 3CQ0A 4LS2A 3UD6A 4HSNA 4K8HA 4Y9AA 3BG3A 3HGRA 2VFEA 3W2KA 1E51A 1NAL1 4FNQA 1XI3A 3H55A 3TQKA 2CZEA 1UB3A 1TPDA 1YXCA 4NJGA 1F05A 4JTEA 1HO4A 3M41A 4FX8A 3STEA 3LCHA 2Q3RA 3C2RA 3P5YA 2QCEA 1KM3A 2FTPA 1W5OA 4QITA 4RZ4A 3S9YA 2AAMA 3QW4B 4OV4A 1ICPA 2HSAA 5FESA 3DI0A 2OMAA 4LU0A 5CZJA 3HG4A 1YDOA 1FQ0A 3TJXA 4AWSA 3HBLA 1OYCA 2VFFA 3C2FA 2E1DA 3NQVA 4BI6A 4U4MA 1FCQA 2A7NA 3S5OA 3O6DA 3GB6A 3VKJA 1QOQA 1WQ5A 3LCGA 1DQXA 4UFMA 1XBZA 3CPRA 4FX6M 4PL2A 2EPHA 3TA6A 1BWLA 3NYZA 3UPWA 3G3DA 3G0UA 4JDBA 5U7SA 4XKYA 1OF6A 4NJJA 1GZGA 3BG5A 3MJYA 3DKJA 1TMHA 5DCBA 5IM51 3Q58A 1DKWA 1FCBA 3NG3A 2PCQA 3KHJA 4FO4A 5D2TA 3W7KA 3LV6A 1G6CA 4NX5A 4ZVJA 3KOFA 3L66A 3PY2A 4I9AA 1ME9A 2QUVA 4O18A 1G7UA 4CNOA 4HNVA 3GXPA 4UTLA 2H6RA 1CX9A 3W2LA 4UTTA 5CPOA 3EXTA 4O4VA 1THFD 2QKFA 4WJEA 1QDSA 3MI6A 1EWEA 2YXGA 4X3ZA 3VI2A 5K4ZA 5HR6A 4RK8A 3KVLA 4RZ5A 1SUXA 2Y7EA 4B5NA 2WO5A 4Y8FA 4WY0B 2P0OA 1W5NA 3C2VA 1A53A 2JKPA 1SW3A 4R7JA 3W7JA 2NV1A 4KFOA 1ZAJA 2V2HA 3ABRA 3L67A 4O52A 1H7WA 4A2SA 3BV4A 1ZALA 3G18A 4WUIA 5CPLA 1HL2A 3NQCA 4JYDA 3FIGA 3VNDA 2EAWA 3L5LA 3P5ZA 3QF0A 4C1LA 3GIYA 3EWXA 5H91A 3HQ1A 4UFHA 1WOBA 5SWUA 3E02A 2A1YA 4DQWA 1K8ZA 3FKKA 4UTKA 3ELFA 3KX6A 1VH7A 3I7QA 5CG7A 1PCKA 5A5WA 1XDMA 1TPWA 2Y7GA 3QPZA 4K37A 4O1CA 4K38A 1KLZA 4R53A 5DLCA 1UUMA 1TRIA 1WXJA 1KFKA 2TMDA 2WSRA 1KW1A 1OHLA 3BPWA 4RV8A 2ZZ6A 3LHTA 2QAPA 2WV8A 1OK4A 1OFDA 4UTWA 1AW2A 1LBFA 2ZA2A 7TIMA 3T4CA 1I45A 3TH6A 4NNAA 2E77A 3FOKA 5BRBA 2PRHA 5BW6A 3DFTA 3NQ7A 1RR2A 5EKYA 2VEKA 1IIHA 3TV8A 4JYFA 1TV7A 4DO4A 5LHEA 4JTFA 1FWNA 4NX0A 4JTTA 3G1DA 3FA5A 2ZTKA 1DV7A 1KM6A 3UQNA 1EUNA 1FWTA 3SSJA 4KKXA 2Y6ZA 2P10A 3PVFA 1W5QA 4BK9A 3PWAA 1KBJA 4LVBA 5HMSA 4ZMGA 3CWOX 4MIMA 3NPXA 5D30A 3DHFA 4JIQA 1Q3NA 5AYZA 2FPYA 2E6DA 4JTGA 4K6AA 1KBIA 1QNVA 4DXVA 2V0TA 1JULA 4IMFA 1KV5A 2QCCA 1BKSA 4DBDA 4JTKA 4PTNA 4UMBA 1XBXA 3B04A 3MBDA 1YXYA 3LI0A 2O7QA 2BZNA 2BLEA 3LCLA 1U83A 2YCEA 3B0UX 6ALDA 2HS8A 1LLZA 1GYNA 3CT7A 4OWGA 4LOCA 1TSIA 2A6NA 4A22A 4PA8A 1F73A 1P4CA 3NPUA 4IXHA 3EX2A 1OJXA 3UWUA 5AC6A 4LS0A 3A9IA 5F4WA 3UZ5A 1EWDA 3UZJA 3PR2A 3DZ1A 1WOAA 2GVJA 4XKYB 8TIMA 1ALDA 5E0KA 2C1HA 4CQ9A 1J4EA 3DFQA 4FNSA 1OFQA 2QCNA 1QFEA 3SY5A 4GUIA 4HPJA 4DPQA 2P1FA 3FKRA 3NQDA 3KRZA 2D73A 3TSBA 2C0AA 2NUWA 3G8EA 3TK7A 4UFIA 3I65A 3QQ1A 3SGUA 3THQA 5IBXC 4LW7A 4MZ1A 3LLDA 2Z6IA 3V1PA 3EXRA 4FIQA 2W79A 3LGEA 3PSWA 3KAOA 4ML9A 4ZQCA 2YR1A 2CLOA 4QM1A 1DJNA 4FNUA 3L0GA 4H6KA 1B57A 1X6UA 3KXQA 3PG8A 5FEXA 3HGOA 1P5BA 1JCLA 4HIBA 1X7FA 3M5VA 1AMKA 2JGQA 3P80A 1VC4A 4M5PA 3TCEA 4IQLA 3N2XA 2C13A 1ZJIA 1I2NA 1TTIA 3M1ZA 3G3MA 2ZYFA 1V7YA 1K02A 1YPIA 1LYXA 3W2NA 4MUZA 1RZMA 3NEVA 3ABOA 1TIMA 3P62A 3FYOA 1TV5A 1IF2A 2E6AA 3C4UA 1LRTA 4TO8A 5HINA 3IGUA 4E0CA 2J9YA 3BW4A 3QJAA 5C6MA 1SO6A 2Q3OA 1V5XA 3TC6A 2NLIA 3O6YX 5BOOA 2ISSA 4O1AA 1MSSA 2J88A 4OBTA 3NZ1A 1O5XA 1YDNA 1O94A 3EWBX 3TKFA 3FJLA 5I3IA 2QCLA 4GXMA 3G1XA 4DO6A 4LVFA 1YTDA 2FQIA 3DI1A 2UV8G 4EOUA 2ZCGA 1LROA 5AHFA 1CW2A 4NJHA 1LBLA 5F2GA 5LZLA 5AHIA 1OABA 4AWUA 1U5JA 5L9FA 3WJXA 1B9BA 2ZZ7A 2WKJA 1QCWA 1KFLA 4K7YA 1TTPA 5E1QA 5HWJA 4CCEA 1TPC1 5D38A 1F76A 1N55A 3GKAA 3HPXA 2FDSA 4ORMA 1SFLA 5DELA 5AC8A 5EMUA 2NX9A 1TYGA 1W0MA 4NZFA 1AK5A 3TQVA 1WV2A 2NXIA 3B8DA 2LLEA 3C52A 1C29A 4CCCA 1TCDA 2VFHA 1T0OA 2VENA 2A21A 1SSGA 4QSHA 2PRMA 3NQGA 4N9EA 4TMCA 3O06A 1JR1A 2PRLA 1FWSA 3MI3A 3INPA 3B05A 2DZPA 2TPSA 4UFJA 4O10A 3NQ2A 2H3BA 4DF1A 1HUVA 3M5ZA 3U2OA 4UTMA 4M6VA 4WXYA 1O5KA 3R89A 3F4NA 3GR7A 4JTJA 5AHEA 1OX5A 2FLIA 2NWSA 4AWTA 1QPRA 3I7SA 4BWLC 4IXXA 5FF2A 3NL3A 4GRSA 3QEZA 3PM6A 2A85A 4JX5A 3MO7A 3M43A 1AL8A 3LCWA 3P84A 3T44A 3O05A 5F2LA 3NQAA 3LV5A 3LRKA 5AYYA 2QJHA 4MY8A 1VCFA 4M6QA 1B4EA 1LDCA 1TPB1 1H63A 3BVJA 1SSDA 1RVGA 3UWVA 3CC1A 3HO8A 3QQ0A 3NXFA 4JX4A 4RKAA 2RHGA 5D2XA 3P60A 3IIOA 4Y90A 1OFBA 4O14A 1PHQA 2GPTA 1L6SA 1TPFA 4ZQNA 3R13A 3TNOA 1G67A 2QUTA 1YLVA 3E49A 2V9DA 3P61A 1QWGA 1L2UA 1A5AA 4UCGA 3RLVA 3C0JA 2Z2UA 3EKLA 4OT7A 4EWND 2CLEA 2Y7DA 4A21A 3O8AA 5AN7A 4HNUA 1FUYA 5K9DA 2G5WA 1P0KA 3W86A 4DPPA 2CLHA 5AHNA 1KM5A 1D3GA 3EX4A 3LERA 2YYUA 4NZJA 3GLCA 4S2BA 2V5LA 3BGGA 3L5AA 5D32A 3TDFA 3W7CA 3W76A 1I2QA 3I6RA 4UR8A 1TTQA 1RPXA 3Q94A 3U6WA 1JCXA 2VEMA 3W1TA 1Q6LA 5DBUA 2YPIA 3LCFA 1VYSX 3NA8A 3LTPA 4YMZA 2DZVA 2VEPA 5F4XA 4PEKA 1AG1O 4RXFA 3LTSA 3K30A 1P0NA 3PULA 1Q6QA 4EF9A 3QMSA 5EY5A 3DFPA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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