3ZJKA

Crystal structure of ttb-gly f401s mutant
Total Genus 155
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
155
sequence length
424
structure length
424
Chain Sequence
EKFLWGVATSAYQIEGATQEDGRGPSIWDAFAQRPGAIRDGSTGEPACDHYRRYEEDIALMQSLGVRAYRFSVAWPRILPEGRGRINPKGLAFYDRLVDRLLASGITPFLTLYHWDLPLALEERGGWRSRETAFAFAEYAEAVARALADRVPFFATLNEPWCSAFLGHWTGEHAPGLRNLEAALRAAHHLLLGHGLAVEALRAAGARRVGIVLNFAPAYGEDPEAVDVADRYHNRFFLDPILGKGYPESPFRDPPPVPILSRDLELVARPLDFLGVNYYAPVRVAPGTGTLPVRYLPPEGPATAMGWEVYPEGLHHLLKRLGREVPWPLYVTENGAAYPDLWTGEAVVEDPERVAYLEAHVEAALRAREEGVDLRGYFVWSLMDNFEWAFGYTRRSGLYYVDFPSQRRIPKRSALWYRERIARA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords BETA GLYCOSIDASE
publication title Semi-Rational Approach for Converting a Gh1 Beta-Glycosidase Into a Beta-Transglycosidase.
pubmed doi rcsb
source organism Thermus thermophilus
total genus 155
structure length 424
sequence length 424
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2013-01-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3zjkA00
5GQBA 3PZOA 4IUGA 4J3XA 3WENA 3TA9A 1H49A 3FAWA 4D1JA 5A8MA 2J75A 4J28A 4MB3A 1PZ2A 5KZ6A 2VCBA 2D2OA 3AYRA 3UG4A 3WY1A 3UG3A 2CCRA 2YDSA 3AS2A 1TA3B 2WANA 1ISWA 5E70A 3OLDA 3WDIA 3WQVA 2OYLA 1VFMA 3SUSA 2X0HA 5ABGA 2QF8A 4M29A 3ALFA 4GIAA 3VD4A 1UYQA 3MUAA 1EIBA 4M8UA 2AAAA 4HMCA 1HJWA 3VGGA 2FDMA 2IXUA 1C8QA 3VKKA 1U2YA 4ACZB 2DEPA 4CUCA 5D4YA 4PBGA 1WNOA 2WMFA 4R27A 1NWSA 4U3CA 2V3EA 5FD0A 1V3KA 3QHNA 1KXHA 1QNQA 2WMHA 1RP8A 1B1YA 2BY0A 1U30A 4FLQA 4CU7A 3W38A 3BAKA 3FN9A 1LWJA 3G6MA 2VX5A 2XG9A 4L4OA 3NJ3A 1DTUA 2ZUMA 3KL0A 3CHEA 1NP0A 1RP9A 1TUXA 1Q6CA 4QLJA 4GKLA 4HTYA 2J7HA 1LLOA 4LPCA 2XVPA 2G4FA 2VRQA 1VEPA 5A1AA 2VURA 4JL1A 5GNYA 2BVDA 1D2KA 4UOQA 2XUCA 5CQ1A 2EJ1A 4D6JA 2WSPA 3SURA 1WDRA 4PTMA 3MKKA 2W62A 1QW9A 1B90A 1JZ8A 1LJYA 3BAWA 2XTKA 1MYRA 2C0HA 1UQYA 4JFVA 3CHDA 1R86A 1UR0A 1B0IA 4JFSA 1IZKA 1Q6DA 5EFFA 2YBUA 5A8OA 1C92A 2OLHA 2X09A 2J7GA 5D9MA 1WKYA 1KBKA 1PX3A 4AD1A 1QHZA 2OSXA 2D24A 2WHMA 3EMCA 1VFUA 1OD0A 3W26A 2WVVB 3WQ5A 4OBRA 3VIIA 3BAIA 3AXIA 3ZO9A 4BQ2A 1VENA 1EDQA 3K46A 4JCLA 5A2AA 3BGAA 3N11A 2YDQA 3UETA 3WUGA 2VOTA 1CGVA 1W9BM 2A3CA 1E6ZA 1UH3A 1E6PA 1XYZA 1CTNA 1JDAA 1X6LA 4YHGA 5I79A 3OG2A 1H4PA 5I2UA 3JUGA 4J7RA 2WCSA 3N9KA 2PWDA 1UZ1A 3T0BA 1UKQA 4HPGA 1W1VA 1BVNP 4GPNA 4U3AA 1KR1A 1KXQA 1HP5A 1NOFA 1WO2A 3RCNA 5DEZA 5I77A 6CGTA 2DSKA 4CD4A 2E4TA 2FHBA 4W84A 2RGMA 5DO8A 4YN5A 3TOPA 4AZIA 1GQJA 4U33A 1V6XA 5GNZA 3VIFA 4H2CA 1JZ5A 1OB0A 4M56A 1JXKA 4H8HA 4QCEA 3DYPA 4GQRA 3HN3A 4MAZA 2O9PA 3W28A 1DHKA 3A4XA 4MNJA 4BCEA 3OLGA 1E5NA 4AMCA 4E2OA 1MW2A 1JZ6A 1GOIA 4KH2A 4W86A 1NOWA 1ZBVA 4EAMA 3CZEA 2D20A 3WD2A 1V0NA 1E15A 3NIYA 4F79A 4Z2JA 1EOMA 5CGTA 3K8LA 3IK2A 1KFWA 2ESCA 2O9RA 2BHUA 4GXPA 1E1FA 4YPJA 3BCDA 4CN1A 3CIVA 4NI3A 2CEQA 3APGA 4BF7A 3T2QA 3BAYA 1H1NA 2X2YA 3QOKA 1UH4A 1XV8A 3MSDA 5M17A 3PZ9A 4OOZA 5I23A 4KRUA 2DH2A 2JALA 2ZXDA 4LX4A 2ZUSA 3ARWA 1CECA 1QHOA 1B9ZA 2D0HA 7A3HA 4PYSA 3WQWA 3AIWA 1OCQA 2A3BA 4EE9A 1UR8A 1WDSA 2VX7A 2BVYA 3W29A 2J7DA 5A6MA 2J8GA 1X6NA 4MAVA 2ZX5A 3UG5A 4ATDA 3ZOAA 3MO4A 1JZ2A 5AYBA 3CGTA 5D9PA 2GJXA 4JZ5A 2HISA 5E0FA 5IDIA 3DHUA 1ISXA 5E6ZA 4UR9A 1KWKA 1G1YA 2E9BA 3AMKA 2WPGA 2YOCA 3G6LA 3UEQA 3AHTA 2VVNA 1ZJAA 3VM7A 2VI0A 3RJYA 1F4AA 5A8NA 3POCA 3NSNA 5BXPA 3VPLA 2ZXQA 2FGZA 1YQ2A 3WD4A 3N13A 4D6DA 5AY7A 1VBUA 3SUWA 4H8VA 3VU2A 2CXGA 3U7BA 1UWUA 1CXLA 2XIIA 3AHVA 1ZBKA 2WW5A 3FAXA 1TZ7A 2VJXA 2WCAA 4U5IA 3CUHA 2QHAA 3SUVA 1Q6EA 2WLYA 3TTQA 5CPTA 1EDTA 1CNVA 4HOWA 5DF0A 1LL7A 4CKQA 8CGTA 3VIMA 1CPUA 3WBAA 3SUUA 2GJPA 5JBEA 3WFLA 4NF7A 2JIWA 3AOFA 1FP9A 1UOKA 3VNZA 1K9TA 3ZJKA 4JHOA 1YHTA 1JNDA 1RPKA 4CCDA 1CENA 4UFHA 1ZBCA 2A3EA 4TTUA 1FHLA 2DDXA 3DECA 4TUFA 1RD6A 2BS9A 3VINA 2EPNA 4KWUA 1UWTA 1UWIA 3B9DA 3AMDA 3BLKA 5C71A 3I3BA 2VTFA 5I5RA 1KGWA 1W1TA 1CGUA 1O6IA 9CGTA 5EBAA 5BROA 1DWHM 1NWRA 3PZQA 3IAPA 5DFAA 1MQPA 2V5CA 2E9MA 3BMVA 1JAEA 2Y2WA 1O7AA 3AHYA 3IAQA 1CXKA 3FXYA 3T09A 3VGBA 3ARXA 2ZX8A 3WSUA 2J78A 3PZMA 3W81A 5A6BA 1UKSA 4XX6A 5BCAA 4MB5A 3RILA 4AIOA 2E0PA 2VZSA 1VIWA 3BMWA 3WBEA 1MW0A 3WELA 1JZ4A 1IZJA 5AYIA 1WAWA 1KGXA 2GJRA 3WMCA 4DWSC 3WMSA 1Z32X 2GJXB 5E9AA 1H41A 2PF0A 2W66A 2JIEA 3VGEA 3W27A 6TAAA 1QOXA 1GCYA 3THDA 1X1NA 3VD7A 1AVAA 2BVTA 4GI6A 3S2CA 1V3IA 2J7BA 3CUGA 3L4YA 1Y7VA 2OWWA 1BLIA 2YA1A 4D1IA 2PWFA 3SCOA 3A6OA 4M24A 1V0LA 4BQ4A 2Y8KA 1E70M 4C7DA 2CERA 1VJSA 1NM9A 4W89A 1J0JA 3UCQA 4MPKA 2VVSA 1E4NA 3OLEA 4MNLA 2J7EA 4U5KA 4AZ7A 1JDCA 1FFRA 4HOXA 4MADA 2VO5A 5IFTA 1CXHA 5BWFA 3GNOA 3SCUA 2DT1A 2ZX9A 1QI2A 5BXRA 2WHLA 2W67A 2XPKA 3VDCA 5CLWA 3CH9A 2Y4SA 2F2HA 1TVNA 3ARUA 3VGFA 1ZL1A 2E3ZA 1HJXA 4JFWA 2HVMA 4XZWA 3AICA 4Z2KA 2YLLA 2YBTA 3ZT7A 1LQ0A 7TAAA 3II1A 2BXZA 3HU7A 3WEMA 1MWOA 1UWSA 1OIFA 3CBWA 4Q22A 3GYCA 4EANA 1W2PA 3EDFA 4PMZA 1NARA 1BYDA 3FHQA 4CD7A 2XWEA 4D72A 1HKKA 1HNYA 3K8MA 2AMGA 1BHGA 4ATLA 5KEZA 3ZIZA 1MQRA 4W87A 3CUJA 3ZSSA 4MTVA 2F8QA 4UCFA 1E56A 4TVCA 3UERA 3N1AA 3MANA 1E0XA 3RPMA 2V5DA 2W92A 3AIBA 2BNJA 3BH4A 5CG0A 2ZWYA 4PRWA 1JL8A 1BGAA 1PJ9A 3PBGA 3WF2A 3GH4A 1MXGA 5ECUA 3WDRA 5A8PA 3DYMA 2VQUA 3T2PA 3VMPA 4B3KA 5IHRA 2CHNA 1ZB5A 1FA2A 1K9FA 2JF6A 4PMRA 2BY3A 4PUEA 5BRQA 4MDPA 3GNPA 4OBSA 1GQLA 4PMOA 1V0KA 3VVGA 3ARZA 4PMUA 2UY2A 4AZ5A 4PSPA 3A3HA 4CN6A 2VZOA 5M5DA 5LA0A 3ECQA 4DUWA 5HPCA 2XHYA 1E9LA 3MMDA 2WVVA 1ZS2A 4AIUA 2DPEA 4UQ9A 2J47A 2FHFA 4J3WA 1HXJA 3M46A 3UR8A 4J3TA 1E4LA 2OSWA 1VFOA 3BSHA 1W9DM 3ARRA 4FMVA 1E3ZA 3RDKA 3WNLA 4QLLA 4WIWA 2A3AA 2WVUA 3T0DA 5DT7A 1W9UA 1GQKA 3WNOA 1EQPA 4QCFA 3RO8A 2X0YA 2DIJA 3LPPA 4C7GA 2BHZA 1SR0A 1ISYA 1MW3A 2NW0A 1WZKA 3WF3A 5A8QA 3TTYA 3O6AA 5A6AA 2WZHA 1XD0A 3WF4A 1JYWA 3MUZ1 1I1XA 4V2XA 2YL6A 4C7FA 1V6WA 1UR2A 4H8UA 2E40A 1M03A 4P7QA 3AQUA 1DWAM 5JBDA 4BZYA 2D0FA 4W88A 2VRJA 3ZT5A 4TOQA 1VBRA 2W91A 3BAJA 1OINA 2WC7A 4WKAA 2ZX7A 1E43A 4AZGA 1DEDA 3I3DA 4UQEA 3EDKA 1J11A 1NWTA 3DHPA 4B16A 4CU6A 1ISVA 3VM5A 3ZJ7A 4A4AA 3AZTA 4OZOA 4KMQA 1K6AA 3PZNA 3VD3A 1HJVA 5M03A 1J12A 4KRTA 1OWQA 1QI3A 1BFNA 1FFQA 1WP6A 2BY1A 3PN8A 2XYLA 3U57A 2WCGA 3EYPA 1UKTA 1JG9A 5I0DA 4PCSA 3PTKA 5LA2A 5ABEA 2WBKA 4HZ6A 2WHJA 3WNMA 2ZUNA 3WH5A 1XH1A 3U5UA 4FLRA 1Q6FA 3POHA 1UQZA 4AZ6A 1BG4A 5FCZA 1IT0A 2YJQA 1LF1A 3GDBA 3OIHA 5CZKA 3LPOA 1JFXA 1CGYA 2WC4A 3VMNA 1ZU8A 1XSKA 2Y24A 3AXHA 1V02A 4BQ5A 4TVUA 2DSUA 3CZJA 3WQ4A 4D6GA 4X0VA 4PCTA 1E4MM 3B8SA 3FNDA 4AEEA 2NT0A 2WMJA 4WSJA 2GDVA 4ATWA 2J4GA 2JF7A 4EK7A 3WDJA 1C91A 4PSRA 5GNXA 4ZE5A 3TTSA 1KXTA 4D71A 4AZHA 1JYNA 2CITA 4CVWA 1JIBA 5EB8A 2DSZA 2J7FA 1AMYA 1E6XM 3WH7A 1GJUA 3OBAA 3N04A 1KQZA 1W3HA 3BCFA 4B9ZA 4WK9A 1OGGA 1HT6A 4WKHA 3EBVA 1C93A 2F61A 4CGTA 2YL5A 5CJ5A 1CZ1A 4R5EA 1H2JA 1CIUA 3AIRA 4XUYA 2WXDM 1ODZA 3EDEA 4CCCA 2XM2A 5A6KA 1GQIA 1BAGA 4E4PA 3K4DA 1EDGA 1KBBA 1KB3A 3AYSA 5HXMA 1GORA 1G94A 3EDJA 5A6SA 1HN1A 2GK1A 3HJEA 2PC8A 1ITCA 3VIGA 1C7TA 4RE2A 3S6TA 2ZUVA 2VNCA 2V3DA 4IM4A 4NZCA 2WAGA 3GXFA 4H04A 4P8WA 3AFBA 3WEOA 4GZEA 6A3HA 5HOSA 3ZJ6A 2WMKA 4AD3A 4FF5A 3NUKA 2YL9A 3AZRA 3KZSA 1V6UA 5A94A 1MFVA 1JZ3A 3BAXA 4Q7NA 3ZR6A 4CU8A 2EXOA 4B15A 1GJWA 1E6SM 4TVDA 1HJUA 2WVSA 2CBVA 1VAHA 5FKYA 2OYMA 1UD4A 3WDQA 2V38A 1OT1A 1OT2A 1GOOA 1HL8A 4PMVA 5I78A 1BF2A 4ZXOA 2ZIDA 4UFJA 5A3HA 4AZCA 4QAWA 4HMDA 3VDHA 1H3GA 4DM2A 3AXXA 4M81A 1R8LA 2BV9A 4D6IA 1TCMA 3MU7A 5IFPA 2EO7A 4PTXA 4J27A 2UY4A 1QNSA 4W8AA 5JIWA 3PZIA 1W1PA 1V6YA 4HU0A 3QHMA 3VIHA 3M7SA 4X0NA 1TVPA 5A2CA 3WQ6A 2YIHA 4JAWA 3AMLA 3GXIA 1K9DA 1PZ3A 1V02E 3RMEA 1FP8A 3F4VA 3VIPA 3W6MA 1W3JA 4QLKA 4OUEA 3OB8A 4RE4A 5C8BB 1QPKA 1G5AA 1OM0A 2CIPA 3T2OA 3N15A 5CPQA 3ZM8A 2YL8A 1J9YA 1JFHA 1XSJA 4HPHA 4AD4A 2WZIA 2W4XA 1NWUA 2V3FA 4W5ZA 3VIOA 1H0GA 2G41A 4V28A 4GINA 1JXJA 1E73M 2UY5A 2TAAA 1CLXA 1B3XA 4P7NA 2G3JA 1E1EA 2XIBA 1FH7A 2GK1B 4P7OA 1PX4A 1HKMA 4WJXA 5IXEA 2WWCA 1UKPA 3WUBA 1HX0A 4F9DA 3NCOA 1H09A 4LQ1A 4JKLA 5ABFB 2XVLA 3AHZA 4OJYA 1JNEA 2B31A 2YA0A 1BPLB 2XFYA 4K68A 5BXSA 2XWDA 1GHSA 5D9OA 3NYDA 1M7XA 3SCPA 1E4IA 1SYTA 4P8VA 2QPUA 2QLYA 1JDDA 1L8NA 4AZBA 1E3XA 4W8BA 1G01A 4UFMA 2XSBA 5LA1A 1TR1A 1QI4A 1FOBA 4LXFA 2XVKA 3PHAA 2C8NA 3DC0A 4B9YA 5I3DA 1HP4A 2YA2A 3PTQA 4JCMA 4W8LA 3ZR5A 4AZCB 4MDOA 1VEMA 2PWEA 4GO9A 3A4AA 1VB9A 3VDBA 1J0ZA 4PMYA 3AIEA 2DT2A 2GFTA 3N17A 3KEHA 1MXDA 1UD3A 2BXYA 4HOZA 3OLIA 1KR0A 4AW7A 1XC6A 3N12A 1V0MA 1JI2A 1R87A 3MMUA 3VX0A 3VGDA 1M01A 5TD4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5GQB A;  3PZO A;  4IUG A;  4J3X A;  3WEN A;  3TA9 A;  1H49 A;  3FAW A;  4D1J A;  5A8M A;  2J75 A;  4J28 A;  4MB3 A;  1PZ2 A;  5KZ6 A;  2VCB A;  2D2O A;  3AYR A;  3UG4 A;  3WY1 A;  3UG3 A;  2CCR A;  2YDS A;  3AS2 A;  1TA3 B;  2WAN A;  1ISW A;  5E70 A;  3OLD A;  3WDI A;  3WQV A;  2OYL A;  1VFM A;  3SUS A;  2X0H A;  5ABG A;  2QF8 A;  4M29 A;  3ALF A;  4GIA A;  3VD4 A;  1UYQ A;  3MUA A;  1EIB A;  4M8U A;  2AAA A;  4HMC A;  1HJW A;  3VGG A;  2FDM A;  2IXU A;  1C8Q A;  3VKK A;  1U2Y A;  4ACZ B;  2DEP A;  4CUC A;  5D4Y A;  4PBG A;  1WNO A;  2WMF A;  4R27 A;  1NWS A;  4U3C A;  2V3E A;  5FD0 A;  1V3K A;  3QHN A;  1KXH A;  1QNQ A;  2WMH A;  1RP8 A;  1B1Y A;  2BY0 A;  1U30 A;  4FLQ A;  4CU7 A;  3W38 A;  3BAK A;  3FN9 A;  1LWJ A;  3G6M A;  2VX5 A;  2XG9 A;  4L4O A;  3NJ3 A;  1DTU A;  2ZUM A;  3KL0 A;  3CHE A;  1NP0 A;  1RP9 A;  1TUX A;  1Q6C A;  4QLJ A;  4GKL A;  4HTY A;  2J7H A;  1LLO A;  4LPC A;  2XVP A;  2G4F A;  2VRQ A;  1VEP A;  5A1A A;  2VUR A;  4JL1 A;  5GNY A;  2BVD A;  1D2K A;  4UOQ A;  2XUC A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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