4AXNA

Hallmarks of processive and non-processive glycoside hydrolases revealed from computational and crystallographic studies of the serratia marcescens chitinases
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
316
structure length
316
Chain Sequence
DDAAIMPSIANKKILMGFWHNWAAGASDGYQQGQFANMNLTDIPTEYNVVAVAFMKGQGIPTFKPYNLSDTEFRRQVGVLNSQGRAVLISLGGADAHIELKTGDEDKLKDEIIRLVEVYGFDGLDIDLEQAAIGAANNKTVLPAALKKVKDHYAAQGKNFIISMAPEFPYLRTNGTYLDYINALEGYYDFIAPQYYNQGGDGIWVDELNAWITQNNDAMKEDFLYYLTESLVTGTRGYAKIPAAKFVIGLPSNNDAAATGYVVNKQAVYNAFSRLDAKNLSIKGLMTWSINWDNGKSKAGVAYNWEFKTRYAPLIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords CHITINASE C1
publication title Hallmarks of Processivity in Glycoside Hydrolases from Crystallographic and Computational Studies of the Serratia Marcescens Chitinases.
pubmed doi rcsb
source organism Serratia marcescens
total genus 115
structure length 316
sequence length 316
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.14: Chitinase.
pdb deposition date 2012-06-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4axnA00
1WB0A 3GM8A 1BYCA 4ACYA 3PZOA 4FLSA 4C7GA 3GNOA 3U5UA 2WSKA 2V5DA 4AEEA 3UR7A 5CPQA 2CBIA 4QFUA 1E40A 1CXIA 2VURA 2EEXA 3W4RA 3EDFA 3BAIA 1FP9A 4JFUA 5CZKA 4AZ7A 3RM4A 2CKRA 3AMKA 3N1AA 4P7NA 5E9AA 4A4AA 5D8ZA 4AYSA 3UCQA 4M82A 5EBAA 4TVCA 4W8AA 4PMRA 5A6BD 4PMZA 3QGVA 3MUAA 4BCEA 3EDDA 4WSKA 3VD9A 3OGRA 1VJSA 1QHOA 1SMDA 3WNPA 5JIWA 5ABFB 3AMDA 3CMGA 3ARZA 4D6GA 2CIPA 1QOXA 1UZ1A 3WNLA 3VVGA 3WH6A 1UD3A 3W28A 2E9LA 3BAWA 4P7OA 4OZOA 2DT0A 2FHFA 5D8WA 5ABHA 1MQQA 4MADA 1DWIM 4MJ2A 1EHAA 2BY1A 4TUFA 3NDZA 4B3LA 5FCZA 2BXYA 4H8HA 4XV0A 4WLCA 5D9MA 1JL8A 2WXDM 3CZGA 1FH8A 1LL6A 3KE0A 2EBNA 3WELA 5GNZA 2XFFA 3VIGA 2CXGA 3CBWA 2EPKX 2BXZA 4U5IA 7TAAA 2BFGA 1NWUA 3SIMA 1X6LA 1WDQA 4HTYA 5I6SA 3KL5A 2VI0A 5FL1A 3VTRA 4S3JA 4LGXA 4PMOA 3S2CA 1VBRA 3POCA 1JZ6A 3WSUA 2WC3A 3NYDA 3NUKA 4OOZA 4JZ5A 4AZHA 4TVDA 3UESA 4D6IA 1HJUA 2JEQA 3OB8A 1E72M 3OG2A 1ODUA 3SCNA 1MW0A 4DWSC 1CGTA 1W9XA 3CH9A 1VFOA 1CXFA 1MXGA 2C7FA 3K46A 2DSUA 2EPOA 2A3HA 1CGWA 1B3WA 1OD0A 4WK9A 2D0HA 3HMCA 1FHLA 4MB5A 4TX6A 4TVUA 4Z2JA 2TAAA 4GZEA 1Z32X 5IDIA 1OGGA 3WH7A 3NCOA 1R8LA 1O6IA 1FFQA 2CBUA 2F61A 1KCLA 1OM0A 4URIA 3L2MA 2XUCA 4K68A 3AHVA 2NT1A 4GZIA 4J3VA 2WMJA 1W9PA 1A3HA 4ZEPA 3LPPA 1EQPA 1UD4A 1ZBKA 1E6NA 4M56A 1OINA 3L4XA 1Q6CA 3MUY1 3VILA 4PSRA 3II1A 3VIFA 1J9YA 2E0PA 4UFMA 3CZKA 4QP0A 2CEQA 3WKZA 5I79A 3W25A 1WPCA 2YDSA 2E8YA 1OT1A 5D4YA 3DECA 2QHAA 5FD0A 1W91A 1FOBA 1CXLA 4UR9A 2WC4A 1C8XA 4J3SA 1ODZA 3OLGA 5A6SA 4EK7A 3K8KA 4NRRA 4PTVA 3M6DA 1FH7A 1XSIA 5HNNA 1N82A 1GPFA 3AIWA 3AHYA 1E15A 4P8UA 3RJYA 4HZ8A 2GK1B 1UWUA 3WH5A 1J0HA 1H11A 3NSMA 3WDQA 1XH0A 1JF6A 3BC9A 1CYGA 4KRUA 2YL5A 1EDTA 3ARQA 2V38A 2ZWYA 3EDEA 4AWEA 2XPKA 1OD8A 3VU2A 4GI8A 3W82A 4J3XA 3VD5A 1U33A 2BY3A 4QCEA 4CCEA 5BXSA 1OBAA 3WENA 2XSBA 2JALA 1E71M 4AIEA 2DSWA 1M53A 2VR4A 4Z2LA 4CD7A 1LL7A 2ZX8A 4F79A 2OWWA 1ZS2A 1HKIA 3O9NA 1E4MM 1E70M 4H2CA 3FW6A 5JBFA 2WZIA 2J4GA 4RE4A 1X1NA 4OJYA 3PTQA 3ZJKA 3VGDA 1UKQA 4UFJA 4HU0A 2J8FA 1KXHA 4E8CA 2EO7A 2J7FA 2XIIA 2EXOA 4BQ5A 2WHKA 1FFRA 5M3WA 2FGZA 1SFSA 3EMZA 4HA1A 3WQVA 4LX4A 2BV9A 5FIPA 4KH2A 1S46A 4JCMA 1WZLA 5IFTA 5IHSA 3AIQA 3ARSA 5KEZA 1I1WA 4JAWA 1CGXA 1KWGA 2CERA 3WDIA 1E5JA 2Z1SA 2DSKA 2XFRA 4GPNA 4D6HA 2DH3A 3MKKA 1VEPA 4JIEA 3WEOA 3TA9A 5GNYA 2ZIDA 2XHYA 2WCGA 5A8OA 4RL3A 2WMIA 3MMUA 4W84A 2WKGA 4XB3A 1NOUA 6A3HA 4QLLA 1VRXA 4KGJA 5C71A 2WMKA 2XG9A 1BF2A 3WUBA 4JKMA 2WVVA 4A3YA 3M7SA 1GHRA 1R87A 1EOMA 3OZPA 1KBKA 3BSHA 4W7VA 3MO4A 4Q7NA 1UOKA 1V03A 1HJQA 4ATWA 2J62A 3SCSA 3VIJA 1CGUA 1UKPA 3WL0A 1BPLB 3CUGA 4ZXOA 1MWOA 2E4TA 3CUFA 1WNOA 4TOQA 1Q4NX 3BAXA 3NDYA 1EA9C 2VCAA 3KEHA 1E56A 2XGBA 4UQEA 4P8VA 3TTYA 2A3BA 3AIEA 1JFHA 1KBBA 1XYFA 3GBEA 3TP4A 3WNMA 1XD1A 4B9YA 2JEPA 1J0ZA 4M8UA 2DT3A 3U7VA 1E0VA 3CHEA 4W86A 3ZSSA 1BGAA 4PMUA 4F9JA 4QLJA 3KWXA 3N15A 1FA2A 2UWFA 2XIBA 2J75A 3SUSA 2VOTA 2YLAA 5HPOA 4AD0A 3QHNA 5IFPA 5KZ6A 4MNMA 1C7SA 1B3ZA 2YA0A 3K4DA 3RO8A 3J7HA 1MFUA 2DT1A 4V2XA 1P6WA 1TMQA 3ZM8A 4UOJA 1XRVA 2D1ZA 3T0BA 1BLIA 4PUDA 2WBGA 1QBBA 2DPEA 2GDVA 1WZKA 1CWYA 1SMAA 3GH4A 5DFAA 1OSEA 5A6JA 3W53A 1HN1A 2WWCA 1UR4A 4UOQA 5EFFA 4GINA 2CHNA 2D24A 4LQ1A 5HXMA 2YBUA 3ZSTA 2A3AA 3WNNA 4W5ZA 2XVPA 3ZO9A 2DIEA 4EANA 3KL0A 3TTQA 3RM9A 5A1AA 2J7BA 1V0NA 4J3TA 2EPNA 2YOCA 1V08A 1CDGA 3VGFA 2QV4A 3OA5A 2ZUTA 3VNZA 1M7XA 4UZSA 4LYQA 1KGWA 4PMNA 2WB5A 1R86A 4JKKA 2XJ7A 1R7OA 5DT5A 2EPMX 3AIUA 5ABGA 2WVUA 4Z2IA 1QHZA 3AMCA 4CD6A 4M24A 3W6MA 2G3MA 2AMGA 3PZTA 1XHGA 1NWRA 1UR9A 3B9AA 1JNEA 3BXWA 3AHZA 1JYXA 1GQJA 2Y24A 1LJYA 5TD4A 3AFBA 1V6WA 3VDHA 1DEDA 3EDKA 2VX4A 2W63A 3CGTA 2CKSA 1EDQA 3AROA 4U5KA 2WLZA 2GUYA 4R5EA 5A95A 4D6CA 2G41A 1JFXA 1G0CA 1OCQA 2XVGA 1JF5A 3A6OA 4F66A 2YKKA 1J0IA 1DWAM 2XM1A 4PTMA 2WVTA 3N11A 4YN5A 5E6YA 4JFVA 5A6KA 1B2YA 5AYIA 3ZOAA 1UA3A 3MUZ1 2VMFA 1XH1A 1DWGM 2CITA 1WZAA 1QNSA 3FAXA 1UWSA 3AZRA 1W9VA 1TA3A 1UUQA 1QI3A 3FAWA 3WBAA 2WMHA 2O92A 3EDJA 3ARWA 4ACZA 3NIYA 4M80A 4UQCA 5I23A 4Z2GA 3VO0A 2YDRA 3POHA 4JFWA 2GFTA 3N17A 4AW7A 1C91A 1OIFA 1J12A 1K9EA 1KGXA 2B31A 4IPLA 1UR1A 5HBFA 1JGIA 2PWGA 3MV01 1D7FA 2IXUA 3MV11 3CHDA 2X05A 4PUEA 5AY7A 2WVSA 4CCDA 1E6PA 1V3HA 1C8QA 1XH2A 3VM7A 1BTCA 1BYDA 3F5JA 2XWEA 3UR8A 2BVTA 4GKLA 1I1XA 3UG5A 4JL1A 3RM8A 3VOCA 4V27A 3PZUA 1UH4A 4H04A 5EB8A 3ZJ6A 1PEZA 1QHPA 3SCPA 2VNCA 3PZ9A 1MW2A 3PZVA 4CD8A 4AIUA 4D6DA 4HMEA 1US2A 4LYRA 1V3KA 3N9KA 2J7HA 1A47A 4AMCA 3K4AA 2J47A 3PBGA 1UKOA 1LLOA 1XSJA 1FH9A 1C3FA 4PYSA 3MMWA 1WAWA 1W9UA 3PZIA 2D0FA 3WEZA 2CPUA 1IV8A 1NOFA 2XVKA 1D3CA 1GQLA 2FH8A 3A3HA 3CLWA 1E0XA 1W32A 2D20A 3RDKA 3NSXA 4KRTA 5A8NA 3TONA 1EIBA 2XYLA 1VEMA 5BCAA 1CIUA 2WHMA 3BMWA 1V6UA 4CVUA 3GYCA 3AMGA 1HKMA 1OGBA 3FXYA 1QVBA 3VD3A 4ZE5A 1E55A 1G5AA 1UHVA 2ZE0A 4U3AA 1CBGA 5D9NA 2OYMA 4CKQA 4W85A 1B3YA 1E9LA 2F2HA 2DGAA 1CPUA 3U57A 4D72A 1VBUA 4P8WA 1XGZA 3AIRA 3VX0A 3CPUA 4ZXLA 2BS9A 1M01A 2DSZA 5A6LA 2WZEA 1QNPA 1V3IA 3O2LA 1JXJA 3PZNA 1EHNA 1MQPA 2VQUA 2E3ZA 2DT2A 1UWTA 2CHOA 4XX6A 3WNKA 1G94A 1QNQA 1VFFA 2PWEA 1HXJA 2O9PA 5DMYA 3WBEA 5F7UA 1CLVA 1LQ0A 4AY1A 3THDA 1J11A 1J18A 4KMQA 2X2YA 1KFWA 2W62A 4X0VA 2ZICA 2RGMA 4U2ZA 2FGLA 2VZTA 1H49A 1V3LA 2YA1A 1E6SM 2W4XA 2XTKA 2YIHA 3JUGA 1BG9A 2VO5A 1CLXA 2PWHA 1ITXA 3OGVA 3APGA 1JZ4A 4B9ZA 2ZXBA 4PMXA 3AYSA 3ZR6A 1PPIA 3VIHA 1WDPA 3ARPA 2GJXB 3S6TA 2VL4A 3TTSA 5BRQA 2X0HA 2G3JA 3KZSA 2PF0A 4TX8A 6TAAA 4AD1A 4UQBA 8CGTA 4AZCA 1BQCA 3WNOA 2EJ1A 8A3HA 5JBEA 1JZ7A 1GOIA 1CNVA 4MAVA 1C7TA 2UY5A 4IUGA 1OB0A 2O9RA 2W92A 4D71A 1PIFA 7CGTA 2WCAA 1WP6A 3IJ7A 4W93A 1DP0A 1NWTA 1VFMA 3SURA 3DYMA 4UFHA 5A69A 1E5NA 1B90A 3BCFA 3U5YA 4U33A 4FLRA 1W9DM 1ITCA 1W3JA 5CJ5A 1US3A 4HOZA 5CLWA 3AJ7A 4Q22A 2VVSA 4NSBA 1HJXA 3DHPA 1JDCA 1MXDA 2ZX6A 1RH9A 3WF1A 3VIKA 3RPMA 1V6YA 4CCCA 4PSPA 4MB1A 4AZBA 3T09A 1VAHA 4GZJA 3ECQA 4AISA 4AZGA 3A4AA 4CU7A 1AQMA 4PCSA 3UG4A 5BROA 3W81A 1YQ2A 1PBGA 3ZT6A 3OZOA 5IHRA 4GQQA 4D1IA 1ZJAA 4OKDA 3EMCA 3ZQ9A 2ZX7A 3OLDA 1LL4A 5I5RA 3WD3A 3W38A 2CESA 5DF0A 2VZOA 4J3WA 3B8SA 1TFVA 2W5FA 3I3DA 3MMDA 3WUEA 1UZ4A 4XUYA 3GH5A 4B16A 1VEOA 3W27A 3PTKA 5BYWA 1CTNA 1RPKA 4QDMA 1UG6A 3CO4A 5FKYA 1HT6A 3WMBA 1UQZA 3AIVA 1RP8A 3EMQA 6CGTA 3SCVA 2VR5A 4A3HA 2FDMA 1W1PA 3LPOA 4HA4A 4UOZA 1BYBA 5AC4A 4W8BA 1J01A 1M03A 2Q8XA 4U31A 3BAKA 3GTNA 4FF5A 1J0KA 1V0LA 3N04A 2CBVA 2VX6A 2J78A 3GBDA 1GOMA 3ZIZA 1H1NA 4QLKA 4V28A 5CQ1A 1LG2A 3SCUA 1H4PA 1E3ZA 3WF0A 3OLIA 4CU8A 1QI5A 1KXTA 2DQXA 3N13A 2D2OA 4JHZA 2A3CA 1B30A 1HF6A 4YHEA 1H0IA 1ISYA 3FN9A 2J8GA 3ARVA 5BXRA 3CHCA 3IAPA 1MW3A 2ZUSA 4PMDA 5AYBA 5I3DA 2YL6A 1HX0A 2X0YA 3VDCA 1WZMA 2J77A 3IJ9A 2PWDA 4HPGA 4X0NA 3BAYA 1G01A 3SCRA 1GW1A 5CPTA 4U3CA 1WO2A 1KGUA 2NW0A 1QPKA 2J7CA 4HOWA 1W1VA 4DM1A 3SUUA 1GORA 5A6AA 1O7AA 4OOUA 1CXHA 1UR0A 1ESWA 1NWSA 3F5KA 1M04A 3WDPP 2XGIA 4OBSA 4AXNA 2O9TA 3L4VA 2GK1A 1KXVA 3WFZA 3GXMA 1W1YA 4FMVA 4M29A 4H7VA 1GZJA 1VENA 1VFUA 4C7DA 3WF3A 2UY3A 3T2OA 3WDHA 2YJQA 1JNDA 2XWDA 3WEMA 1GOKA 3SEPA 4MTVA 3AZTA 3WD4A 1GCYA 3BMVA 1V0KA 1IT0A 2ZWZA 1OWQA 1SR0A 1NP2A 4WJXA 1IZJA 4KGLA 2WLYA 5HDRA 1D2KA 1G9HA 2WSPA 1ZB5A 1JZ3A 2VJXA 4DUWA 1UD8A 3VGHA 3QOKA 3ARYA 1C90A 1Y7VA 3ZMRA 1HJVA 3BLKA 1E4NA 2ZUVA 3VGGA 1W1TA 1V6XA 1R85A 3L4TA 3N18A 3VNYA 3CUHA 3IJ8A 4EAMA 1GONA 1E6QM 3VIMA 2D22A 1VB9A 4IISA 2QMKA 2OSXA 3MS8A 1EQCA 1JDAA 5M5DA 2PI6A 1JI1A 3GXFA 4HP5A 1PX8A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1WB0 A;  3GM8 A;  1BYC A;  4ACY A;  3PZO A;  4FLS A;  4C7G A;  3GNO A;  3U5U A;  2WSK A;  2V5D A;  4AEE A;  3UR7 A;  5CPQ A;  2CBI A;  4QFU A;  1E40 A;  1CXI A;  2VUR A;  2EEX A;  3W4R A;  3EDF A;  3BAI A;  1FP9 A;  4JFU A;  5CZK A;  4AZ7 A;  3RM4 A;  2CKR A;  3AMK A;  3N1A A;  4P7N A;  5E9A A;  4A4A A;  5D8Z A;  4AYS A;  3UCQ A;  4M82 A;  5EBA A;  4TVC A;  4W8A A;  4PMR A;  5A6B D;  4PMZ A;  3QGV A;  3MUA A;  4BCE A;  3EDD A;  4WSK A;  3VD9 A;  3OGR A;  1VJS A;  1QHO A;  1SMD A;  3WNP A;  5JIW A;  5ABF B;  3AMD A;  3CMG A;  3ARZ A;  4D6G A;  2CIP A;  1QOX A;  1UZ1 A;  3WNL A;  3VVG A;  3WH6 A;  1UD3 A;  3W28 A;  2E9L A;  3BAW A;  4P7O A;  4OZO A;  2DT0 A;  2FHF A;  5D8W A;  5ABH A;  1MQQ A;  4MAD A;  1DWI M;  4MJ2 A;  1EHA A;  2BY1 A;  4TUF A;  3NDZ A;  4B3L A;  5FCZ A;  2BXY A;  4H8H A;  4XV0 A;  4WLC A;  5D9M A;  1JL8 A;  2WXD M;  3CZG A;  1FH8 A;  1LL6 A;  3KE0 A;  2EBN A;  3WEL A;  5GNZ A;  2XFF A;  3VIG A;  2CXG A;  3CBW A;  2EPK X;  2BXZ A;  4U5I A;  7TAA A;  2BFG A;  1NWU A;  3SIM A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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