4B3K | Genus

Total Genus 185

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	185
sequence length	461
structure length	461
Chain Sequence	LAFPKEFWWGGATSGPQSEGRFAKQHRNLFDYWYEEEPDLFYDYVGPDTASDAYHQIESDLTLLASLGHNSYRTSIQWTRLIDDFEQATINPDGLAYYNRVIDACLANGIRPVINLHHFDLPIALYQAYGGWESKHVVDLFVAFSKVCFEQFGDRVKDWFVHNEPMVVVEGSYLMQFHYPAIVDGKKAVQVAYNLALATAKVIQAYRRGPAELSDGRIGTILNLTPAYPASQSEADMAAAHFAELWNNDLFMEAAVHGKFPEELVAVLKKDGVLWQSTPEELALIAENRVDYLGLNFYHPKRVKAPDAIPVISPSWSPEWYYDPYLMPGRRMNVDKGWEIYPEAVYDIAIKMRDHYDNIPWFLSENGVGISGEDRYRDETGQIQDDYRIQFLKEHLTYLHKGIEAGSNCFGYHVWTPIDGWSWLNAYKNRYGLVENNIHTQVRRPKASAYWFKKVATHNRL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
molecule keywords	BETA-GLUCOSIDASE
publication title	Structure and Activity of the Streptococcus Pyogenes Family Gh1 6-Phospho Beta-Glycosidase Spy1599 pubmed doi rcsb
source organism	Streptococcus pyogenes
total genus	185
structure length	461
sequence length	461
chains with identical sequence	B, C, D, E, F
ec nomenclature	ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date	2012-07-24

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	4b3kA00

5DEZA 1CZ1A 2Q8XA 1E6XM 5CPTA 4U5IA 1MQQA 3WQ6A 4PTXA 1VFFA 2D0FA 3VIOA 4U5KA 4TUFA 1Q4NX 1PZ2A 1KR1A 2Z1SA 3UETA 1JYVA 4K68A 4QCFA 1CXFA 4MDOA 1DEDA 5CQ1A 1KWGA 3VKKA 1OSEA 1UWIA 2WLYA 1KQZA 2GVYA 2HISA 4FLRA 1CEOA 3WF4A 2WHMA 3CH9A 1WDQA 1W1YA 1GONA 2JE8A 3AHYA 2YDRA 3MMDA 2X0YA 2XSBA 4JCMA 4PCTA 5A6MA 1MW1A 1EA9C 3VGHA 3VVGA 4UOJA 1S46A 4FLQA 4UNIA 4HPHA 4S3JA 1ODZA 1FFQA 2FHBA 3T08A 2DH2A 5A69A 2RGLA 1A3HA 3MV11 4ZE4A 5I6SA 1EOKA 3VGDA 3AXXA 4CN1A 4F8XA 2ZXBA 4PCSA 1UR2A 2CIPA 2V3GA 1BYCA 3LPPA 2WZHA 3EDFA 3WH6A 5A2BA 3SIMA 3VX0A 3WEOA 2ZXAA 4OOZA 1CENA 2YL8A 1VF8A 4Z2HA 3NDZA 4TX8A 1VBRA 1UQZA 2VT0A 4IISA 3FNDA 1BYDA 1US2A 2WVVA 1UKSA 2GUYA 2EBNA 1JZ2A 2VRJA 1J01A 4AZ6A 3T0BA 1BFNA 3ARXA 1B30A 1UR1A 3VMPA 2C0HA 3B9DA 3MANA 4ACZA 4L4PA 4QLJA 1H09A 3ARUA 5M3WA 4UQEA 4BQ5A 2BS9A 3AYSA 3EMZA 5I77A 4GQQA 1VJZA 3UESA 3NSXA 2WK2A 5FIPA 1UR0A 3G6LA 4J27A 2F8QA 4CD5A 4TVDA 4BF7A 3VM7A 1ZBCA 4OKDA 5A1AA 1UR9A 3VDHA 5A8NA 3TTSA 5ABGA 1PEZA 2XYLA 4AZHA 3L4VA 4V28A 4TVCA 3CHEA 2XWEA 1W3LA 1RP8A 1BHGA 2VX5A 4L4OA 3WH5A 1B31A 1BF2A 1H2JA 5D9OA 1W3JA 3WQ4A 1GVIA 3WUFA 2WM0A 4B3LA 1E56A 1CIUA 4Q7NA 3W38A 4MB5A 1HKJA 1PAMA 3PZNA 4MPKA 4WSJA 3AJ7A 4P7LA 2GJXA 3BLKA 4UR9A 3RJXA 1VRXA 1V08A 4CKQA 5GNYA 1DP0A 2G3MA 4W86A 1UUQA 1FP8A 1JXKA 4C7DA 3QR3A 3RM9A 1AQHA 1PIGA 7TAAA 4AZBA 2W5FA 1CXKA 2XTKA 4M81A 1QBBA 3AMDA 3SUWA 3T2QA 1XC6A 1KGWA 3NJ3A 2BVDA 1TG7A 3UG3A 5A95A 4JIEA 2YKKA 4UQ9A 4MNJA 1ESWA 4EKJA 4F9DA 4UFKA 5CSUA 5JBEA 2Y5EA 2DSZA 1HP4A 5CXPA 2BY2A 3ZJ8A 1JF5A 1BYAA 4W8AA 1E9LA 4D6HA 1I75A 1QI5A 4CN6A 2J7EA 1FHLA 5FD0A 3ZJ6A 3VDBA 3WN6A 1UQYA 4GZJA 1SMAA 4DWSD 2BXYA 4LYQA 4BA0A 4UFIA 4D6CA 3HN3A 4HZ8A 3WD1A 5C8BB 2ESCA 4NRSA 5GNZA 4FK9A 1JZ8A 2JIEA 4LGXA 1KQYA 4MJ2A 3E1F1 4C7FA 1KBKA 1QNPA 5HPCA 1UA7A 1IZKA 1PBGA 2BY1A 5C71A 2V5DA 2GK1A 4OOUA 2VCBA 2EPMX 3CUJA 4MDPA 1HT6A 2VNCA 4MTVA 1ISWA 3BAWA 4M8UA 4J3UA 2EPLX 3U7VA 1JDCA 5E6ZA 3K8LA 4OBRA 2OSWA 1RD6A 1QOXA 5FKYA 2A3CA 2EXOA 2XGBA 2WCSA 3SCPA 4XZWA 3WSUA 1IT0A 4UCFA 2ZE0A 2D24A 3ALGA 3GBEA 1J0KA 3CGTA 2YJQA 4M56A 5GPRA 1ISVA 1VIWA 2VJXA 3MV01 3NYDA 5GNXA 3VDAA 1DTUA 1JI1A 4GI8A 1BQCA 3RPMA 3JUGA 3RDKA 1JF6A 1KB3A 3WQWA 3W82A 3A4WA 2WWDA 4HA1A 3PZQA 3QHMA 5CPSA 1CPUA 3WF3A 3AZSA 5BROA 1XSKA 1WCGA 1WB0A 4UFLA 1EQCA 3AS3A 2WMJA 2DEPA 1HKMA 1V02A 2IUZA 4WF7A 4PMUA 5EBAA 4FMVA 4HA3A 2OYKA 2WC7A 1E15A 2G8ZA 3WNNA 1GVYA 1LL6A 1E55A 1NOFA 3GZAA 1GOMA 3PZVA 4P7NA 5DO8A 3AMCA 1E4IA 1TA3B 1W2PA 3AYRA 3IJ9A 5D8ZA 2DSUA 3A3HA 2G3JA 2WPGA 5IFTA 3RMEA 2E9MA 2UY3A 3OB8A 3WF1A 3AMGA 4H8VA 4PMOA 3N17A 4HU8A 1CWYA 5I79A 3MUY1 1TZ7A 3KEHA 5BXSA 2WCGA 1JZ6A 5HNNA 1C7TA 1JYXA 4AY1A 3EBVA 4ZE5A 1CGYA 2WMFA 3A47A 1JD7A 4PYSA 1VJSA 4AIEA 3POHA 3VM5A 4KWUA 1ISYA 1EOMA 1Q6CA 3WNPA 4A3YA 5CJ5A 1SFSA 1FH7A 2J62A 2HVMA 3CUGA 2BNJA 5GQBA 5ABHA 1CYGA 5A6LA 1V03A 1M03A 3ZOAA 2JEPA 2WMGA 4AD1A 1EO7A 1WZMA 4FLSA 2XVNA 2WC4A 1TFVA 1W1VA 1X6LA 1MW0A 3CUIA 1JG9A 3PZUA 3AIBA 3WENA 4XV0A 1BG9A 1E73M 1GW1A 1HF6A 1UG6A 2FHFA 3EYPA 2FH8A 2DPEA 4KRTA 1UZ4A 4BQ2A 1GJWA 3T2OA 5EMYA 1HXJA 2VRQA 1NWRA 2Y24A 2WHJA 3AI0A 3VINA 4U2ZA 4H41A 2J79A 4D1JA 3WFLA 2YA0A 2D0HA 2CHOA 2EEXA 3O9NA 1J0IA 2GJPA 4JFTA 1E40A 5E6YA 1VBUA 4EK7A 1E0VA 4P7QA 2XWDA 3ZQ9A 1CGVA 4PMXA 3BLPX 3UG4A 1WP6A 1B0IA 1EQPA 3UCQA 1VENA 4LPCA 1JD9A 4M24A 1W9VA 4J3VA 3I3BA 1H49A 1VFUA 3LPFA 3VOCA 2WKLA 2EPNA 5E09A 5AYBA 4IM4A 1MVYA 1WZAA 4D71A 5A8OA 1GHRA 2XG9A 1XHGA 3VGBA 5HOSA 3GNRA 2PC8A 5ABEA 5ECUA 3PZOA 3WNOA 1JNDA 3GNPA 5CZKA 3ALFA 1V0MA 1B90A 1XH0A 1C8QA 4M82A 5EFDA 3POCA 3W37A 1I1WA 3AZRA 1GQIA 4J3XA 4OZOA 3N12A 2D2OA 4WKHA 2CBVA 1V3JA 5AYIA 2OLHA 2VI0A 3ARYA 2XSAA 2CNCA 1HKIA 2XIBA 2ZUVA 1M7XA 4PTMA 4GI6A 2G3NA 3W4RA 1QI4A 3MKKA 2J74A 3SCSA 4DWSC 5I2UA 4CD4A 2PB1A 1FHDA 1TMQA 5BXRA 1B9ZA 3AISA 1V6UA 1GJUA 1MW2A 1KXQA 3VD4A 3KE0A 1XD1A 3TTYA 3VPLA 1QHOA 4UFJA 3OLIA 4H8UA 3EDEA 2WWCA 1K9FA 2WMHA 5I24A 3D3AA 3RILA 2G41A 5IXEA 1UWUA 4V27A 5CLTA 1LQ0A 2J7BA 3W53A 3WD3A 2DIEA 1UH2A 4XZBA 5AC4A 4CCCA 2VOTA 3BCDA 4PBGA 2FHCA 4D6FA 2J8GA 4JCLA 1DWJM 4LYRA 3WIJA 1G1YA 4MB4A 2E8YA 3VD9A 3OLGA 4UQBA 3T09A 3LPGA 4UQCA 1J0ZA 4AIOA 4OBSA 1LL4A 2C8NA 4FLOA 2YBUA 3MUAA 6TAAA 3DECA 4Z2JA 1RPKA 3GTNA 2QMJA 1V02E 1WDSA 3GXIA 3W29A 1JZ7A 3N13A 4RE4A 1KXHA 1WO2A 2J47A 4LXFA 1HJUA 4ATDA 2ZUMA 4PSRA 3SEPA 3WF2A 3ARQA 2Y8VA 7CGTA 3SUSA 1E1EA 2D22A 3ARRA 5FL0A 2XFRA 5A8MA 3L4UA 5BYWA 4E8CA 4U2YA 3VMNA 3FY1A 4EAMA 5FOOA 1J12A 1K6AA 1D2KA 5HPOA 3TA9A 3WDJA 3AHZA 2YL9A 4R5EA 3WH9A 4PMYA 4Q22A 2V3DA 2WZIA 1KR0A 1UD2A 2ZX6A 2YDSA 4D72A 3AS2A 3I3EA 3VTRA 1KFWA 1WNOA 4W84A 4LX4A 3T2PA 2VMFA 2OSXA 1ZJBA 2JFEX 4KMQA 3BMWA 3GH4A 3AXHA 4PUDA 2VZUA 4CVUA 5CLWA 5I23A 2FH6A 4W7WA 5HDRA 2UY5A 2WANA 1MW3A 2X2YA 1ZS2A 1HJVA 1WDPA 1HNYA 4W5UA 1LG1A 1GNXA 4J3SA 4AZCA 3L4XA 1SR0A 3PZMA 1NH6A 4OUEA 4GPNA 6CGTA 4DWSA 1QNOA 3VGEA 4AD3A 1ZL1A 1X6NA 4HZ7A 4AD5A 3K8KA 2CHNA 1OM0A 1OIFA 2YLAA 4KH2A 2VCAA 2D3NA 1PPIA 1J9YA 1HJXA 1GCYA 5M5DA 1JFXA 2Y8KA 3AMLA 2DIJA 1E5NA 3MMUA 5A6BD 1EDQA 1PX4A 3WMCA 3CUFA 1YQ2A 3GXFA 1QI2A 2JF6A 2XUCA 1H4PA 1VAHA 3IJ7A 1B3YA 1UA3A 4TXEA 4WKFA 1OD8A 5A6KA 4J7RA 4J28A 4JKMA 4ZXOA 1XGZA 1UD3A 4MNKA 4W8BA 3DC0A 4AWEA 1E4LA 1FH9A 1HVQA 1CLVA 2VR5A 1V6YA 4M80A 2YBTA 1JZ5A 2ZXDA 4WLCA 1W9PA 2VX4A 3A4AA 2PWDA 4MJ4A 3GNOA 1RH9A 1VFOA 2OYMA 1R8LA 2UWFA 3O2LA 4F79A 2W4XA 1EDTA 1V6XA 4JFVA 2CYGA 2YLLA 3L2LA 3ZMRA 4PTWA 4AISA 2WVTA 3NUKA 3ZSSA 2VC9A 3PTKA 2ZIDA 4LQ1A 3CMGA 3U57A 5HXMA 2JIWA 3TTOA 1UOKA 3RJYA 4CUCA 3AMKA 2DT1A 3PZGA 3UR8A 5DT7A 1L8NA 2BHYA 5A8QA 3SUVA 1W9XA 1CXLA 1E0XA 4J3WA 1WKYA 1KCLA 3FAXA 1B3WA 2CXGA 1E6SM 1JYWA 1ZBWA 5DT5A 1UKQA 1CNVA 4AZGA 5F7UA 5IFPA 1R7AA 1EHAA 1K9EA 1OINA 1G5AA 1E4MM 3J7HA 4UOQA 3F5LA 1Q6EA 2A3EA 1DHKA 2OWXA 1O6IA 3OLDA 1U33A 1JDAA 3FW6A 3VO0A 3B9EA 3WD2A 2Y2WA 1OGBA 4YPJA 5BRPA 1OT2A 4E4PA 3WQVA 2XVLA 5ABFA 2CERA 2BFGA 1MQPA 1QI0A 3ZR5A 5I78A 1C8YA 1BVNP 1LJYA 4IPNB 1UD8A 1UWTA 3WQ5A 1WE5A 4D6DA 2WHKA 4NF7A 2ZUUA 2YA1A 3I3DA 5AC5A 1FH8A 4AC1X 4GIAA 5A8PA 3L4YA 1W2VA 4MAVA 3WDQA 3WL1A 4JL2A 3CHFA 1SYTA 5IDIA 3WDHA 2WAGA 8CGTA 3GYCA 1EDGA 3OG2A 2VTFA 5BXTA 1QNRA 3L4WA 1AQ0A 4HTYA 2CBIA 2QF8A 3CZJA 1L0PA 3GH5A 3N9KA 2AMGA 2QV4A 1ZU8A 2CEQA 3IAPA 4RE2A 2CESA 3BAIA 4JL1A 1N82A 3QHNA 2EPKX 3U5YA 1GOWA 3N1AA 1UKTA 3WL0A 3PZTA 5D9PA 2V38A 2VX6A 1R87A 1UWRA 1DWAM 3B8SA 4W88A 4RE3A 3BXWA 1CDGA 4UZUA 3SUTA 3ARTA 4M29A 1JI2A 4KGLA 4JHZA 1CTNA 1KCKA 1BSIA 4D6GA 2XM2A 1OCQA 1OWQA 4HP5A 3QOMA 3AS0A 3UEQA 3WDIA 1V3KA 5FCZA 3WEZA 4AD0A 2QPUA 3BAJA 3PHAA 2GDVA 4AEEA 1HJWA 2VZOA 2W66A 3W24A 1QNQA 4HOZA 4QAWA 2WC3A 4TTUA 3DHUA 5A6AA 4Z2IA 2DT0A 2DDXA 3MSDA 1O7AA 1R7OA 4HMDA 2J75A 1BYBA 4AD4A 1E3XA 5D9NA 3TOPA 2FDMA 3WBAA 1MQRA 4PTVA 1H0GA 1EO5A 4NRRA 1G01A 1KXVA 3PZ9A 2YIHA 4M1RA 1HIZA 1HL9A 2J7DA 3U5UA 5M03A 4GZIA 1KWKA 3AIUA 3AXIA 3WUGA 1A47A 3APGA 2DGAA 2VQTA 5I3DA 3CUHA 1NWUA 2XPKA 1Q6GA 3AIRA 3IAQA 1E5JA 1KGXA 2VL4A 4PUEA 4BZYA 4AXNA 3TTQA 1GOKA 5CGMA 2CETA 2WMIA 1NWTA 4MB3A 1Y7VA 3QGVA 2OWCA 4YHGA 1KGUA 2PF0A 1JGIA 1CXEA 4GINA 4UFMA 2UY4A 3HMCA 2B31A 1BGAA 1MXGA 1LWJA 3M7SA 3HU7A 4BS0A 3VMOA 2VURA 3D5HA 4PMNA 1AMYA 2DQXA 1TCMA 3WDPP 2QMKA 5CG0A 2D1ZA 3BAYA 5JUVA 4W5ZA 2PWEA 5HBFA 1F4AA 1EXPA 4JHOA 5EB8A 1W1PA 2NSXA 1H11A 3KL5A 4HMCA 5DMYA 4H2CA 1LWHA 1UR8A 1ISZA 5TD4A 3VILA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4B3KA

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Chord Diagram

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