4D1JA

The structure of the gh35 beta-galactosidase bgl35a from cellvibrio japonicas in complex with 1-deoxygalactonojirimycin
Total Genus 177
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
177
sequence length
539
structure length
539
Chain Sequence
APLPELLSNNGKHALMVDGAPYIILGSQTNNSSNYPDALKDVWPSMEKMGANTLSIPVAWEQIEPVEGQFDFSFVDVLLKEARQRKVRLVLLWFATWKNNAPHYAPAWVKLDNARFPRVVKEDGDTLNSLSPLGQNTLAADKKAFVELMKYLAKRDKDHTVIMVQVQNEVGTYGAVRDYSPMAQAVFNAAVPDDLIQKLQLKPGTWSQVFGRDADEFFHAYQIARYCDEVTVAGKAIKNLPMYVNVALRNPFNPGLPGQYSSGGGTDNVLHIWKAAAPNIDLIAPDIYFRDYKTVSKVLELYTRPDNALFVAEIGNDQPFARYLFPTLGKGGIGFSPFGMDDTDYTNYPLGAKVYNDETIEQFAQVYRLVNPMMREWARLSYQGQVWGVAEPLDSTTETQKIWNAEATPEEKEQHKKDRASALTQQLDLGLWDAEVTYGRPMFWVTPPEGNTPAAGGALIAQLDDNEYLVTAYKARVEFKPSQELAGKKFMIERVEEGRFEKGKWVMERVWNGDQTDWGLNFTDRPHLLRVKMASYSVQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords BETA-GALACTOSIDASE, PUTATIVE, BGL35A
publication title A Complex Gene Locus Enables Xyloglucan Utilization in the Model Saprophyte Cellvibrio Japonicus.
pubmed doi rcsb
source organism Cellvibrio japonicus
total genus 177
structure length 539
sequence length 539
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature ec 3.2.1.23: Beta-galactosidase.
pdb deposition date 2014-05-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02449 Glyco_hydro_42 Beta-galactosidase
A PF18120 DUF5597 Domain of unknown function (DUF5597)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.220.20 Mainly Beta Sandwich Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3 putative beta-Galactosidase from caulobacter crescentus 4d1jA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4d1jA01
3CUIA 3K8MA 2WZHA 3CHDA 2DIJA 1Q4NX 2UWFA 3AIVA 3WNNA 2X0YA 2G4FA 2ZUWA 1B90A 2WHJA 1EGZA 1QOXA 4BQ2A 1OINA 5CSYA 4TTGA 1JG9A 3OZOA 1NP2A 1DTUA 4JFWA 4U3CA 2WB5A 4R5EA 3AXHA 3IJ9A 4PN2A 2CESA 4D6GA 1RP8A 2BVDA 4MPKA 5BXSA 1E40A 3SURA 1HJQA 2JALA 3BAJA 5FL0A 2D0GA 1YQ2A 3QHOA 2IUZA 1W9DM 1KR1A 2A3AA 5E0FA 3VM5A 1ODZA 2XJ7A 4OJYA 4JCMA 5LA1A 1SYTA 4P7LA 2WWCA 3GXIA 3AYSA 5HDRA 1DWGM 1XRVA 4D6CA 1LG2A 3T08A 4AD0A 3CLWA 2XHYA 1J0IA 1V3HA 2XVPA 3VGDA 4S3KA 4ZXOA 3ZT6A 3WFZA 4AD5A 3LPPA 1XSJA 1WB0A 2YDQA 1SMDA 1QVBA 3OLGA 1KXQA 4N0RA 1C7TA 3WD3A 3A3HA 1EHAA 4BA0A 2DSZA 1GUVA 5BRQA 3VDHA 1WZMA 2V3EA 1E56A 2ZUNA 3T09A 1EQPA 1PX3A 1E3XA 2W63A 7TAAA 2J7CA 2XIBA 5ABHA 4TX6A 5D9MA 5A6LA 4UOZA 3PTQA 1JYNA 2O9OA 2VCCA 1CTNA 1UWTA 4FF5A 2WZEA 3WD0A 4Q7NA 3MMDA 3HU7A 2Y8VA 1NWRA 9CGTA 4P7RA 1W9UA 2JF7A 3SCQA 2WLZA 2UY2A 4CCEA 4AC1X 3W81A 1WP6A 2GFTA 1Z32X 5A6JA 1JXKA 3ALFA 3L4ZA 3L4XA 1TVNA 4MB5A 3WNPA 3SCTA 1WO2A 3GNRA 4QCFA 1P6WA 1ODUA 1C93A 3ARSA 5CLTA 3ZIZA 1MW2A 1NH6A 2D0HA 3AMLA 1M03A 4N42A 1MWOA 5JIWA 3VIKA 2DSKA 3DYMA 4GZJA 2OYMA 2E9LA 3WMCA 5A8QA 1KXTA 1ZB5A 1HIZA 3CH9A 1Q6CA 3SCRA 1OT2A 3GH4A 4P8UA 4PMZA 1DEDA 4H41A 3AS1A 3KWXA 1MW1A 1FFQA 2O9TA 5LA2A 4OIFA 2DT1A 1CWYA 2WBKA 6A3HA 4CD6A 1JXJA 1JDAA 1V3KA 4NSBA 1BYDA 2WMHA 2CIPA 2CYGA 4CN1A 5FL1A 2WKGA 3NYDA 3ECQA 2E8YA 3GH7A 1B3WA 2FHFA 3IJ7A 1JDDA 1E43A 4CD4A 2J7DA 1V6XA 2VVNA 4AZCA 1F4AA 2XUCA 1JZ3A 2EPKX 3VGHA 3ZJ6A 1UH4A 2PWEA 4MAZA 1D3CA 3SCSA 1W3LA 2FH8A 3AHZA 4KRUA 4TXEA 1LWJA 3WSUA 3M6DA 2PWHA 3QOMA 4WKHA 3BMWA 1LQ0A 1UZ1A 1HJUA 3CHCA 3ZJKA 1UWIA 1ITCA 1GQIA 3IK2A 4NRSA 1W3KA 5EFFA 2CNCA 3WD1A 4EAMA 1C8YA 3WUGA 1MYRA 1OSEA 2G3IA 1UR4A 1QNOA 3PZIA 5CPSA 3PZ9A 3EMZA 1WZAA 2WAGA 1J12A 1E73M 1E0WA 3B8SA 1OGBA 3N18A 3WN6A 4AIOA 3KL3A 4E8DA 3VGFA 1BF2A 2XVNA 2CPUA 3ZO9A 4J3TA 1W2VA 3MSDA 4C7DA 3ARQA 3AIBA 2A3CA 4M82A 4ML4A 1EOMA 3LPOA 1VAHA 3KEHA 5DFAA 2VT0A 1FOBA 3VNZA 4W93A 3CZLA 1KXHA 1W9XA 4H8UA 4F79A 4OBRA 1DWIM 1CECA 2WVSA 1NWUA 4MTVA 2ZWZA 3VMPA 1UH2A 1UKPA 4J3VA 2WC3A 3AYRA 1C91A 2V3FA 1UD2A 4HMEA 3M46A 1CXEA 1HN1A 1J01A 1UWSA 2VOTA 3OLEA 1XGZA 4M80A 1HL9A 1D7FA 1WKYA 1JD7A 2WMGA 4ATDA 1O7AA 2CITA 2BY3A 1LLOA 2XVKA 2VNCA 1TE1A 5TD4A 3AZRA 4TTUA 1C8QA 1UR0A 2BS9A 3ZOAA 1FP9A 4DUWA 1PJ9A 1GORA 2O9PA 3NSXA 3EDEA 1H49A 4HPHA 4HA1A 4XV0A 3G6MA 2VUYA 4QP0A 1KQZA 4UQ9A 3WNKA 3UESA 3AISA 1KGUA 1Y7VA 3N12A 5IFTA 3GXDA 3THDA 3EBVA 3F5KA 2PWFA 4HA3A 5A6SA 3MANA 1KQYA 1HVXA 4YPJA 4J3UA 1NQ6A 2A3EA 8CGTA 3VDAA 2BY1A 3CUFA 2ZXBA 2FHBA 4GI8A 3WUFA 1W9VA 1PZ3A 3WF3A 1PZ2A 3SCWA 2CBUA 3MV11 1V3IA 4WIWA 5M3WA 3F5LA 3T2PA 1JL8A 4PTWA 3CBWA 4HMDA 1B31A 3QHMA 5E9AA 1JZ4A 3MKKA 4MB1A 4CCCA 4FMVA 1DP0A 1NP0A 1E6QM 3CPUA 1JAKA 2DT3A 3ZT5A 1I1WA 2BVYA 1EHNA 4B9YA 3VM7A 4QLKA 3ZJ8A 3THCA 3MUAA 1B3YA 5M17A 1GOKA 5KEZA 3II1A 1UD5A 4PTMA 3PZUA 4W84A 5GQBA 4CD5A 4PMXA 1FFRA 1GOOA 2D2OA 1GOIA 2J8GA 3AS3A 1BG9A 1UQZA 4PMNA 1LF1A 2WVUA 4PCTA 3WQVA 1KWKA 1E6SM 1JYXA 4H04A 4PMQA 1J18A 4DWSD 3ALGA 2VMFA 4AZ7A 4AZCB 1K9FA 2D20A 1F4HA 2FH6A 5GNXA 3VDCA 5BRPA 1OGGA 2YDSA 2ZE0A 4K68A 2XWEA 1AQMA 2IXUA 3K8KA 5BXRA 5DEZA 5F7UA 5KZ6A 4W7UA 1GQKA 3VGBA 1UR2A 3AZSA 3SCNA 1NWSA 1WNOA 3ZT7A 1V0LA 2VZTA 3PZMA 1EH9A 1VFUA 4KWUA 1V3LA 1J0ZA 3W27A 4B3KA 1JYWA 3W37A 3UERA 1HKKA 2E0PA 5CQ1A 1HKMA 5I77A 3GBEA 3VX0A 3OGSA 1UR1A 1VB9A 4D6DA 4HPGA 2DEPA 5IXEA 2JFEX 3F4VA 1VEOA 3W4RA 4UQBA 1UQYA 4AZ5A 4JL1A 5D9PA 1GOWA 2J7HA 4ATLA 1R87A 3VGGA 4XX6A 1B9ZA 3GXMA 1QNQA 1V3JA 2XG9A 3VU2A 1W1VA 2J7BA 1CGUA 1PBGA 4KGJA 4LPCA 3WL1A 2EPNA 4UR9A 2YL6A 3WQ6A 1JGIA 4W8AA 3WNMA 2YBTA 3SIMA 4MNLA 5GNYA 1G01A 1HP5A 2PB1A 3WH5A 1UR9A 2VJXA 3SUWA 1BGAA 1J10A 2WPGA 2OSXA 2J75A 2J74A 4AD3A 5JBDA 4MNMA 4F66A 4W88A 3AMDA 5E6YA 5FKYA 5ABFA 5I79A 2PWDA 4OZOA 1KBKA 5GPRA 3AJ7A 3BCDA 1J0YA 3UG5A 1ISZA 3VMNA 2CEQA 2ZX7A 5I24A 1E0XA 1CEOA 2GJXA 1V3MA 1WCGA 5A6KA 1C7SA 2ZX9A 4F8XA 3MO4A 4BQ4A 2VZVA 3OB8A 1VRXA 2D1ZA 2ZX5A 1DHKA 2AOSA 1R85A 3U7VA 4X0NA 3PN8A 1DWJM 3VMOA 1V0NA 2VRKA 4PRWA 5D8ZA 2JE8A 3L2LA 5CGTA 2DQXA 2DH3A 3UETA 2J77A 5I78A 1HJXA 1JZ5A 1JDCA 1H0IA 1QHOA 1TFVA 1UKSA 2VX4A 4QFUA 1RP9A 4J3WA 5A95A 4U2ZA 4BZYA 2IXVA 2OWCA 1HKIA 1OIMA 2Z1KA 3VDBA 1UG6A 3W29A 3WDPP 3ARZA 1BQCA 2J7GA 3AZTA 3QOKA 3WD2A 2W67A 1BG4A 5I3DA 4H7VA 1KR0A 4AEEA 2GVYA 2XWDA 2XVGA 3PZOA 1CXIA 4WSKA 4W8BA 1E72M 1MVYA 3MUIA 4IM4A 2BVTA 4JKKA 1NOUA 2D23A 3L2MA 3WNLA 4D6IA 3POCA 5DT5A 4D71A 1A3HA 1LJYA 1X6NA 2WHLA 4HU8A 2VI0A 3AIQA 1JF5A 1C92A 2EPMX 3KL5A 1HKJA 1NARA 3A4XA 4NF7A 2E9MA 5E09A 4ZE5A 1VBRA 2WYSA 3AXXA 1GVYA 3TTYA 1BYBA 4NI3A 1R7AA 2EJ1A 2TAAA 2BY2A 4HA4A 2DGAA 2QPSA 1BVZA 4GXPA 3BAXA 1JI2A 3ARRA 1GZJA 2EQDA 2MANA 4J27A 1HX0A 4AISA 3SUVA 2PWGA 4UQDA 4A3YA 3AHVA 2WCSA 4TVDA 3WY1A 3SCPA 2JIWA 3BAIA 3FHAA 1BYCA 2WMFA 2XFFA 1E4LA 2XM1A 1EOKA 4PMUA 1GCYA 3WDRA 4UFJA 3BAKA 5A8PA 2DSVA 2ZIDA 5FCZA 5D4YA 4AZGA 3AMCA 5A6AA 1H09A 1VENA 3J7HA 4MB3A 5A2BA 3VOCA 4TVUA 2CKRA 4CGTA 1G1YA 1TA3B 3U57A 2WSPA 3CIVA 3QGVA 1UWUA 3RM9A 1TR1A 3ARTA 3MMUA 1TMQA 3UG4A 1E15A 2AMGA 1KGXA 3RPMA 2JEPA 1J11A 1V03A 1G94A 2A3BA 1GQJA 1QI5A 1R86A 3E1F1 3BCFA 3W6LA 2WCAA 2VX6A 1GPFA 4MNJA 3BLPX 3ZMRA 2A3HA 4CD8A 1S46A 1XYZA 1B3ZA 1KB3A 1RH9A 4D6FA 5D9NA 3BXWA 3ARPA 4GO8A 4ATWA 4J28A 3SCUA 2W4XA 4QLLA 3AXIA 1MQRA 3DYPA 4JFUA 1WAWA 5EFDA 2D0FA 2YA1A 4CU6A 1E9LA 3W6MA 2PI6A 4PEEA 3OGRA 4HP5A 2Y24A 5ABFB 3POHA 4B15A 3ZM8A 3VIFA 1EO5A 1BHGA 4WF7A 4FLSA 4U31A 4FLQA 3VVGA 1NWTA 2OSWA 2PF0A 3MSGA 2GJXB 4JKLA 4MNKA 1E6RA 4U33A 4JAWA 1HNYA 1E4NA 1OT1A 5A2AA 2X05A 4JL2A 1YHTA 3L4UA 1I1XA 3NIYA 2CBVA 1L8NA 2YIHA 3AIWA 4M24A 2B31A 2XFYA 1QNPA 3CUJA 3CHEA 3FAWA 3PBGA 2WK2A 3WDIA 1H3GA 5E6ZA 3SCVA 2VL4A 3I3BA 3N11A 3AROA 4JCLA 4AD2A 2BXZA 4L4OA 2W61A 1H41A 3UEQA 1RD6A 1D2KA 6TAAA 2E8ZA 4IPNB 1OIFA 3WF2A 2WHMA 2VX5A 3BSGA 4HMCA 4PMDA 4UOQA 5AY7A 5BCAA 4Z2JA 1ZBVA 2VR5A 1ESWA 2NSXA 3ZQ9A 1V02A 5I23A 2E4TA 3WH7A 2WWDA 3WMSA 2X2YA 3T0BA 3FY1A 3VIIA 5FIPA 1K9TA 3CUGA 3L4TA 4KH2A 1N82A 3AHXA 3CZJA 4LYQA 2G3NA 4TOQA 2NW0A 4UFIA 3GDBA 1OM0A 1UA7A 4CU7A 1QHPA 2DSWA 3W38A 2XVLA 2WXDM 3WUEA 4L4PA 3HN3A 1CENA 4RE4A 5BXPA 1V08A 2W91A 2WM0A 4P8WA 3W82A 1MQQA 2YJQA 3VIOA 5IFPA 1US2A 4BS0A 1XSKA 1L0PA 1FHDA 6CGTA 3O2LA 5EMYA 1XSIA 2X0HA 3FN9A 2VRJA 4X0VA 3ZJ7A 3BC9A 3VX1A 4U3AA 2GJRA 4PTVA 1JFHA 1WPCA 1BSIA 4A3HA 3WFLA 3EYPA 1NOWA 5I6SA 3DHPA 2YL5A 4PCSA 3O6AA 2QMKA 4GQRA 1E6PA 2GUYA 1XD0A 4UQAA 3EMCA 3QR3A 2EBNA 1FH9A 3WF4A 2X1IA 1QW9A 1JYVA 1MFUA 1K6AA 1Q6GA 3CGTA 1V6VA 1UH3A 1XHGA 3L4WA 3I3EA 2UY4A 4HZ8A 5FOOA 1PX8A 3OLDA 3TTQA 3K4DA 4Z2IA 2YA0A 1XCWA 3APGA 1GOMA 3HMCA 1CZ1A 4CN6A 1AQHA 2EPLX 1V0KA 1OB0A 1CXFA 2W62A 1JNEA 1TVPA 1JIBA 3NCOA 1ITXA 2DT0A 5A6BA 4H8VA 5DT7A 4D6HA 3DECA 2CCRA 4D6JA 4ZFMA 1H1NA 5IHRA 1JI1A 1VFMA 3ARVA 1W32A 4Z2GA 4D6EA 4LYRA 3GYCA 1ISXA 4UZSA 4XUYA 5M03A 1BTCA 1HJWA 3AS0A 3AS2A 3WQ5A 1WDSA 5A3HA 2QV4A 3GBDA 1C90A 3UG3A 2ZUTA 4Z2HA 4H8HA 2W5FA 2DT2A 3B9EA 2XTKA 3WQWA 3BLKA 1Q6EA 5HPOA 2ZOXA 4B9ZA 1E3ZA 3WF1A 5AC5A 3BMVA 2BNJA 2YA2A 1UD8A 2BV9A 2YOCA 1M7XA 2VX7A 4UQCA 5IHSA 4RE3A 3GXFA 4RE2A 3AQUA 4B3LA 1I75A 3K8LA 1FH7A 3MUZ1 4XZBA 1HF6A 4ACYA 3EDFA 1R7OA 3UR8A 4HZ6A 5HPCA 2C7FA 1VFOA 4W7VA 5CLWA 3MV01 4JKMA 1E1FA 1CDGA 3VD3A 3AHYA 4XZWA 1V6YA 2VQTA 1CNVA 4UZUA 1VF8A 1UZ4A 2G41A 4BQ3A 1UKOA 3W24A 2AAAA 4CUCA 1CXKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CUI A;  3K8M A;  2WZH A;  3CHD A;  2DIJ A;  1Q4N X;  2UWF A;  3AIV A;  3WNN A;  2X0Y A;  2G4F A;  2ZUW A;  1B90 A;  2WHJ A;  1EGZ A;  1QOX A;  4BQ2 A;  1OIN A;  5CSY A;  4TTG A;  1JG9 A;  3OZO A;  1NP2 A;  1DTU A;  4JFW A;  4U3C A;  2WB5 A;  4R5E A;  3AXH A;  3IJ9 A;  4PN2 A;  2CES A;  4D6G A;  1RP8 A;  2BVD A;  4MPK A;  5BXS A;  1E40 A;  3SUR A;  1HJQ A;  2JAL A;  3BAJ A;  5FL0 A;  2D0G A;  1YQ2 A;  3QHO A;  2IUZ A;  1W9D M;  1KR1 A;  2A3A A;  5E0F A;  3VM5 A;  1ODZ A;  2XJ7 A;  4OJY A;  4JCM A;  5LA1 A;  1SYT A;  4P7L A;  2WWC A;  3GXI A;  3AYS A;  5HDR A;  1DWG M;  1XRV A;  4D6C A;  1LG2 A;  3T08 A;  4AD0 A;  3CLW A;  2XHY A;  1J0I A;  1V3H A;  2XVP A;  3VGD A;  4S3K A;  4ZXO A;  3ZT6 A;  3WFZ A;  4AD5 A;  3LPP A;  1XSJ A;  1WB0 A;  2YDQ A;  1SMD A;  1QVB A;  3OLG A;  1KXQ A;  4N0R A;  1C7T A;  3WD3 A;  3A3H A;  1EHA A;  4BA0 A;  2DSZ A;  1GUV A;  5BRQ A;  3VDH A;  1WZM A;  2V3E A;  1E56 A;  2ZUN A;  3T09 A;  1EQP A;  1PX3 A;  1E3X A;  2W63 A;  7TAA A;  2J7C A;  2XIB A;  5ABH A;  4TX6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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