4DBD | Genus

Total Genus 77

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	77
sequence length	210
structure length	210
Chain Sequence	KSRVILAMDKPLSYQVLKEMENELYGIKVGLPLVLDLGVDKTRELLIGLDVEEIIVDFKLADIGYIMKSIVERLSFANSFIAHSFIGVKGSLDELKRYLDANSKNLYLVAVMSHEGWSTLFADYIKNVIREISPKGIVVGGTKLDHITQYRRDFEKMTIVSPGMGSQGGSYGDAVCAGADYEIIGRSIYNAGNPLTALRTINKIIEDKVM

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
publication title	Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from Sulfolobus solfataricus rcsb
source organism	Sulfolobus solfataricus
total genus	77
structure length	210
sequence length	210
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2012-01-14

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4dbdA00

2WJZA 1LLZA 3L67A 1FXPA 1SW3A 1LRTA 2VFFA 5FEZA 1LP6A 4NJKA 4O4WA 5F4XA 1EA0A 3OIXA 2NLIA 3W2KA 4O0KA 1KLYA 5FF4A 3G3DA 4JY8A 5G4WA 2G97A 1TREA 3P82A 3USBA 3RU6A 4FX7A 2AAMA 3G0XA 1GQNA 4O54A 5AHEA 2J88A 1LLWA 3QSTA 1JCMP 1VR6A 5D2XA 3W22A 4BK9A 3GXNA 3EX4A 5EY5A 4ZL1A 2V0TA 5FI8A 3EWXA 2P10A 2DU2A 3MYPA 2EAWA 4PFMA 3G24A 3W1RA 3W7DA 4D2JA 1PS9A 1A50A 1XBYA 1SZFA 4K36A 2FTPA 1NEYA 3Q2DA 4M6QA 3VE9A 1L6YA 1EIXA 1PL9A 3NDOA 4O14A 4O28A 2PCQA 1M6JA 4K37A 3C2VA 2JK2A 2Q3OA 3KVLA 3P60A 3IIXA 2NZLA 3GDTA 3EXTA 2Z2UA 2QKFA 1EP3A 5CZJA 3HGOA 5DCDA 3DKLA 2GVGA 3EX2A 4LUIA 2A7RA 4FNSA 3C0JA 2Z6JA 2Q8ZA 3B8DA 3SW6A 1XUUA 2QJHA 1G4TA 3E49A 4NNBA 4TMBA 2QCCA 5AC6A 4FIQA 3TU9A 4U4MA 1W31A 4GUHA 2H8XA 3B0PA 1K8ZA 2BWGA 1SO6A 2B7NA 4GUIA 2YR1A 4OE7A 4AWTA 4HHPA 2BSLA 5F2GA 2X1SA 1R2SA 5D33A 3NQDA 1GYNA 3W7JA 1VZWA 1OFDA 3A22A 4GUFA 2WSYA 3NZ1A 1WXJA 4O53A 4WUIA 5CPMA 5FEPA 4JIPA 4TX9A 1YPFA 5G2HA 3W7LA 4OU1A 3LDVA 1OX6A 4WJEA 4AWSA 2V30A 1IXQA 2ZYFA 2JGYA 2DZVA 3ATYA 4LS1A 1LOQA 3IVSA 3LV5A 1G67A 4O13A 5HWNA 4NXSA 1PV8A 1J2WA 2ATSA 3NQMA 2BX7A 1DJNA 3FYPA 2OT1A 2UV8G 1ALDA 2E6DA 4UIOA 3PY2A 3CEPA 1R2RA 2H3DA 2ZZ6A 1SO4A 4RJEA 2A6NA 3FOKA 5AHNA 1I2OA 3W84A 3E9AA 1XKYA 4YMZA 4NU7A 3SZ8A 1KTCA 1H60A 3TMLA 5LNRA 2ZTJA 3MP5A 2ZZ5A 5HR6A 2Y63A 3WFAA 2X1RA 4HSNA 1YDNA 5L6UA 1OVDA 4E2BA 3HJZA 4QQ3A 3EEGA 3LTSA 5C55A 1IXOA 3MHGA 3P8JA 1SFLA 1FDZA 4I7WA 1P0NA 1LORA 3NL3A 1E51A 3N3MA 1H1ZA 3KVMA 3N14A 1HO1A 1SFJA 3ATZA 3R89A 1XFBA 4NJJA 3BO9A 2VFEA 1GJPA 2CFFA 5CZSA 3TH6A 1KTNA 4A21A 2A6LA 1JUBA 4O12A 4UFIA 1MSSA 1TV5A 3CHVA 3ABSA 4BF9A 1TPH1 1GWJA 3TK7A 1QCWA 4CQ9A 4TMCA 3W3OA 3HMJG 2IQTA 1K3UA 2QJIA 1JQVA 1Q6RA 4X9SA 2TMDA 4E2DA 3IIZA 3CPRA 1SW0A 4UTHA 1ZAJA 4IMEA 3T4CA 4AB4A 4ZQMA 3TFCA 4N9CA 5HUPA 4E38A 5U7SA 1F73A 4MY8A 2WO5A 4RKAA 2VXNA 3NM1A 5FF0A 3WJYA 1QOPA 3BPWA 3MI2A 2WKJA 5LSMA 3IV3A 1ZAIA 4XWUA 1TTPA 2VEIA 3GYEA 3SIZA 4NJIA 1ADOA 3E12A 3TMQA 8TIMA 2PE4A 1W3IA 3NL5A 1IXNA 5KZMA 2YW3A 4IMFA 1F74A 4RXFA 4K8EA 2JGQA 1R47A 2RHGA 2NXGA 2ZA2A 5A5WA 1S5WA 3NOEA 4XZ9A 3NQ6A 3LRKA 3DKJA 5DLCA 3DHDA 1KFBA 1H5YA 5IM51 3RMJA 3STEA 2CLOA 1M5WA 3GK0A 2FJKA 4O4VA 2VKZG 4P61A 3U6WA 3NQ7A 4GC4A 4I9AA 3W73A 3BGJA 3LRLA 5J5RA 4FNRA 3HB9A 3P7YA 1TPDA 2V2DA 4DXVA 1EUAA 1S5TA 1LOSA 3G1DA 1HUVA 3FJLA 2GUUA 3NPXA 2A21A 1WBJA 3CT7A 4IJBA 4K38A 4MZ8A 1H7RA 1I2NA 1U5JA 3PR2A 1ONRA 1GTHA 4O57A 3T55A 1TMHA 3GVGA 1R2TA 4NVTA 2QEZA 4C1LA 3C56A 3LM7A 1QPOA 3LCGA 3O63A 4EIVA 5G1TA 3HPZA 3TROA 4POCA 3W1QA 2E77A 4DO5A 3TIMA 3O05A 2JBMA 3W1XA 1KBIA 5EMUA 1FDYA 2H6RA 3O6YX 5AFDA 1G7UA 2G96A 1TPUA 5U4NA 5MHBA 4Q4KA 4G1KA 4JTIA 3W71A 5KZEA 2Y88A 1F7BA 5K2ZA 5BRBA 1I2QA 2A0NA 5F2IA 3OG3A 4MLJA 3B05A 1C8VA 5DBTA 3G1FA 3NG3A 2Z0IA 3UPBA 5KTLA 1FCVA 4PL1A 3TUUA 1TPEA 2CLKA 3TAOA 3MMTA 1CI1A 3CWOX 4ZQCA 1EP2A 3O8AA 4IQLA 4B5NA 3HPXA 1LBFA 3TKFA 3UXDA 1QMLA 4UFHA 5K3VA 2EHHA 4O16A 1JCYA 4RXGA 1EPXA 1I2RA 4JTGA 4JDBA 3MJYA 3W1PA 4UTLA 3EX6A 3PB2A 1AG1O 1Z42A 4MY9A 4UR8A 3V1PA 1EB3A 1OX4B 4XBKA 4QIUA 3BW4A 2ZTKA 2Y7GA 5EL1A 3MO7A 4Q32A 4MYAA 1H7XA 1K03A 2HSAA 3O16A 1G69A 2V5BA 4M7SA 3T44A 3NNTA 3OVRA 4UFMA 1JRBA 2E6AA 1LROA 3TAKA 2GVLA 5F2LA 2CZDA 5HR7A 3KRZA 1VCGA 3G0SA 1L6WA 2V9DA 4OV4A 1WYIA 2FB3A 2ZDRA 4NNCA 4Z1CA 2Y89A 4O17A 4QNEA 4R34A 3F4NA 2FPTA 5D2WA 3M0ZA 2YZRA 3JR2A 3VI2A 5DY3A 4XKYB 4IPIA 3M41A 3B0UX 3HGJA 5ABTA 2DJXA 3SGUA 3S1XA 5HULA 4LV9A 3PAJA 5EA9A 3T78A 3TV8A 2XN1A 3L9CA 5T26A 4DBEA 2H8ZA 3FLUA 1TPB1 3W1TA 3FEMA 3W7QA 2P1FA 3DFNA 3HF3A 1I4NA 2E1DA 4I7VA 3THQA 5CGQA 4LT9A 3PG8A 1SU5A 4PODA 3M5YA 5D09A 1AL7A 3INPA 1K7EA 4OBTA 3KRSA 4A2SA 1KM6A 5AC7A 1TTJA 5DCBA 2ABAA 4JYEA 2V5LA 5EKYA 3NQFA 4MZ1A 3LCXA 4LOCA 4ONVA 2FQIA 4BI7A 2J9XA 2QCNA 2C15A 2Z1BA 3FFSA 2G5WA 2OZ0A 2Z6IA 3NGJA 3PBWA 3S42A 1YXYA 5FEWA 3N73A 4NT0A 4U28A 4XBSA 2V81A 5HWJA 3C2OA 4K7YA 5EBUA 1TIMA 4Q33A 5CZTA 1T8XA 1QR7A 2CLLA 1MO0A 1VCVA 2VELA 3E96A 3PBUA 1W54A 3EWWA 4JNMA 1FWTA 3G3MA 5HUOA 3RNDA 1ML1A 2XFWA 1KM3A 3NR0A 5F1VA 3IGXA 5K4XA 1VRDA 5AHMA 5LNVA 1O60A 1NF0A 3KAOA 1THFD 2RDTA 4ADUA 2R94A 1KLZA 3PBYA 2XN2A 3NAVA 2B4GA 2RDUA 4OHQA 3W76A 1LYXA 4NNAA 6TIMA 1SSDA 3EB2A 2X16A 3A5VA 3M7WA 2ZZ1A 4TIMA 2P0OA 5D05A 3CIXA 1W5QA 3A5FA 4LRTA 3NQ2A 3HOJA 4EVZA 3B04A 3KVKA 2QAPA 1HFBA 4KFNA 2NX9A 2VOMA 1KFCA 2ZA1A 3IRDA 4MJMA 3S1WA 3SR7A 3OEXA 5HNRA 3SGZA 2ZZ4A 3PUEA 3MBDA 2QCMA 4M6VA 1RV8A 5BMWA 1QO2A 3GZ3A 3G1XA 1FQ0A 1IXPA 3ELFA 3O6DA 3N2XA 5CPNA 3M44A 3LHZA 4UUIA 2WPBA 1NFBA 3ZS4A 3TQ0A 2E5DA 3QMSA 3TQVA 1PHWA 1N8FA 1F05A 2VFHA 2FFCA 4DF2A 1K7XA 5LNUA 4MIMA 4H6KA 2ZRYA 2H3BA 5HJLA 3SY5A 3TE9A 1I2PA 2HTMA 2NXHA 2NX1A 3LLDA 1B4EA 3G1AA 3DZ1A 1MZHA 1ME8A 2BZNA 3VFLA 1BWLA 1BKSA 5LGXA 2BXVA 2ISSA 1HL2A 1FY6A 3NVTA 1MXSA 3AO0A 2A4AA 4FXSA 3UWWA 5G1YA 2ZA3A 5CZ0A 3W86A 1TYGA 3IIPA 2VFGA 3EWBX 4XQ6A 4WD0A 4DPQA 1H7OA 3EXRA 2QJGA 1TB3A 3FJ6A 1TJRA 2GJLA 2ZRUA 5H2ZA 5LGZA 2D73A 3W7EA 3HO8A 2DZSA 3IVUA 4OQVA 4LVFA 4WX2A 5GVJA 4Z1AA 4IMCA 4JS3A 1G4EA 3W87A 3R12A 3ABQA 2OMAA 1S3HA 3LBCA 4Z0SA 2ZZ7A 4JR5A 3UWUA 5SWUA 3LV6A 5AN7A 1K7FA 2TPSA 3NL2A 1OX5A 3R2GA 1JRCA 3BLEA 3LI1A 3NA8A 2ZZ2A 2C0AA 1SZEA 4BI5A 2X1UA 4HNNA 3UY7A 3MHFA 4GJ1A 4FXRA 1O5XA 2OX1A 1VPXA 5DBUA 1X6UA 4IWWA 3U2OA 1LRQA 1SZNA 1UB3A 1YLVA 1VGAA 1RQEA 1W3NA 3STFA 1DOSA 4UFKA 3TC6A 1WDWA 2A2IA 5A8GA 3A9IA 5I3GA 1G7VA 2YSWA 3GX9A 3CTLA 1JUEA 3CEUA 3TW7A 1TJPA 4FHAA 4W9TA 4QISA 1DJQA 2CU0A 5E0KA 4X3ZA 3CC1A 4XKYA 4KKXA 1F76A 4K8HA 1OFOA 3FA5A 3TNOA 3QF0A 4ADTA 1OFPA 2Y61A 3NPUA 1H1YA 3MW7A 4A3UA 5FESA 4DO4A 3HBLA 1ZALA 4Z1DA 4UTIA 1RZMA 2DZUA 1JCXA 5IBXA 3LERA 3S5NA 1GT8A 4FB7A 3S6DA 2W79A 3W1LA 4FO4A 4ZQRA 2YX0A 4QITA 3STGA 5D02A 2WV8A 3UWYA 1QFEA 2ZCGA 3NPWA 1O95A 3Q37A 3UYCA 4JX6A 1LZOA 1XC4A 1TV7A 1VYRA 1ICPA 1HO4A 2VENA 4Y6GA 2JKPA 3G8EA 1XDMA 2YYTA 2YFOA 2EGZA 3QFEA 4N6EA 2C13A 1UJPA 3EWYA 5CG7A 1WX0A 1AL8A 1IIHA 3C4UA 4TO8A 1KV8A 1C9DA 2ISVA 3L5AA 3Q58A 3DGRA 1OFEA 1ZAHA 4GE8A 1VLIA 4UTMA 2E5CA 3LCIA 3BV4A 1ZCOA 5BOOA 2Y85A 3C3NA 3G22A 3UXAA 1VYPX 3TQKA 1U83A 1VQTA 2B0MA 3L66A 1O94A 3QW3A 3LXAA 3ZWTA 3L2IA 4LS2A 2G95A 2FPYA 1SSGA 5KITA 2CWNA 3HQ1A 3TFXA 2J27A 4Z08A 3M9YA 4AHOA 1L6SA 3HGRA 4M6PA 3H54A 2Y62A 3LTYA 1AW2A 3DI1A 3C2EA 3NQAA 2DZWA 5K9CA 5LHFA 1HTIA 1FWSA 4PTNA 4EWND 5AHIA 5K7JA 2YXGA 4DEFA 1J5TA 3CLMA 2O7SA 3LXCA 4WXZA 5D37A 5G2IA 2Q8LA 2F84A 2C18A 3LHTA 1FCBA 1W5NA 1XUZA 3W07A 1P5BA 1YPIA 3K30A 2YCEA 4JYFA 5AYXA 3LCHA 3QZEA 2OT0A 4FEZA 1WOAA 4MYXA 2PRLA 1F6KA 4AXKA 3DBPA 2V8ZA 3W2JA 3DI0A 1VH7A 4O10A 4YWIA 3DFQA 4LVDA 5I3IA 3BG3A 4ML9A 4UFLA 4UCGA 4UNKA 4GXMA 2ZRWA 5HWMA 3QMRA 3LLFA 4WQ6A 4GFSA 4PC8A 3DFTA 5I3HA 3NQCA 4O50A 2FB2A 4ORMA 3HG5A 5TQLA 2AQWA 2QCGA 2VFIA 2YDAA 5BNKA 4N2YA 3W83A 2FDSA 3W7HA 3CIWA 1KM5A 1JULA 3B03A 1FWRA 3OVQA 4JTEA 2B7PA 2VEKA 4NUWA 4IOTA 3ZR4A 1FUYA 3NQVA 3EX3A 1Z48A 2R14A 4BFAA 4IXHA 4K6AA 1VLWA 1KM2A 3GAYA 3LB0A 4UTWC 2I9EA 4LRSA 2F7FA 4JTFA 1FX6A 5TBOA 3H55A 1AK5A 5CKSA 3M43A 4PL2A 1LBMA 2QUVA 3L68A 3NYZA 5EPDA 1F6PA 1X8FA 2VC6A 4FX8A 1GVFA 1KFJA 3O07A 2A1YA 3IVTA 2ISWA 4MFDA 5KMYA 5K4ZA 2GVJA 3QEZA 3HPSA 3W72A 4DPPA 5AB3A 2LLEA 3RLVA 3S1VA 1W5OA 3TW6A 4DF0A 5E93A 4TR9A 4HT3A 3MYOA 4ORIA 1YDOA 1XM3A 3LRMA 2OCZA 2QR6A 3UWVA 4CCEA 3MI6A 5KINA 3IGSA 3GXPA 3W7KA 1W1ZA 1YTDA 3TR2A 3C8FA 3HIJA 3QH2A 2R8WA 3W7CA 5CSRA 5DXXA 2ZQ0A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4DBDA

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