4DBE | Genus

Total Genus 81

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	81
sequence length	213
structure length	213
Chain Sequence	LKSRVILAMDKPLSYQVLKEMENELYGIKVGLPLVLDLGVDKTRELLIGLDVEEIIVDFKLADIGYIMKSIVERLSFANSFIAHSFIGVKGSLDELKRYLDANSKNLYLVAVMSHEGWSTLFADYIKNVIREISPKGIVVGGTKLDHITQYRRDFEKMTIVSPGMGSQGGSYGDAVCAGADYEIIGRSIYNAGNPLTALRTINKIIEDKVMKC

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase/lyase inhibitor
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
publication title	Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from Sulfolobus solfataricus complexed with inhibitor BMP rcsb
source organism	Sulfolobus solfataricus
total genus	81
structure length	213
sequence length	213
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2012-01-14

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4dbeA00

3PB2A 3E02A 3W73A 3W7JA 5K3VA 2XFWA 1XUUA 1JCJA 2J9XA 1LBLA 3SY5A 3RLUA 5LSMA 1TV5A 5AYXA 3R5EA 1YDVA 2Q3OA 3DKLA 2YPIA 4LT9A 1LYXA 4AMAA 1QAPA 2CLHA 3N9RA 3BG5A 3QMTA 2VFDA 4JY9A 2V82A 3L67A 3O6YX 1NF7A 4UFHA 3FEMA 2JKPA 4LRTA 2CLFA 1JCLA 3B0UX 5DCDA 4MPQA 2R94A 1G7UA 2ZYFA 1GOXA 3WK3A 2WPBA 1W3IA 2JKAA 1FX6A 3RLVA 3W7GA 1B3OA 5DN1A 3BLEA 1KTNA 1YTEA 1F05A 2DZSA 3C2OA 3QW4B 1OFEA 3N3MA 1TRDA 3M43A 4O18A 3EX6A 3LTPA 2VKZG 1WOAA 4UTLA 3QSTA 4ZQNA 3IEBA 1L2UA 2WNQA 1QOQA 3GR8A 4AXKA 1K7EA 1PHQA 4IMDA 4OV9A 3GDKA 4UTWA 5EA9A 1H7NA 1OFAA 5CZSA 1BKSA 1PHWA 1VRDA 4ADUA 4R33A 3NAVA 3OBKA 3L21A 2V9DA 4JIQA 3A23A 3QC3A 4N02A 3TUUA 1Z41A 1VPXA 2NWSA 1T0OA 3T78A 1AMKA 1R2SA 3M5ZA 3ATZA 1DVJA 4DO4A 3GAYA 2C13A 1GG1A 4HSOA 3M16A 3FYPA 3HPZA 4ORIA 2Z0IA 5TIMA 1K03A 2QUUA 3QMRA 1LCOA 3KOFA 1L6SA 3K30A 3UD6A 5F2GA 3CEUA 3LTSA 1RQHA 1FDZA 1W3TA 3P8IA 5KZMA 2ATMA 5BMWA 5G5IA 1EIXA 1ICQA 4QM1A 2FDSA 4FIQA 3MI2A 2UV8G 3G0UA 3TXVA 5IBXA 3MYPA 4ADSA 3DBPA 3QPYA 2V2HA 3W1PA 3ZFHA 3W7EA 5D03A 3TE9A 5LZLA 4OT7A 4RXGA 1W8SA 2PCQA 3NL2A 4GFSA 4O0KA 1EA0A 1GT8A 4UR8A 2WV8A 3LOTA 2XN1A 1TMHA 4PC8A 2A7NA 2ZRVA 2NZLA 2QCFA 3R13A 4JTLA 1J5TA 3G3DA 1H50A 1TPVA 2FPYA 4LV4A 2GVJA 2B7OA 3O15A 3QFEA 1HTIA 4UUIA 3IRDA 3OA3A 1JUKA 3BK0A 4NJKA 4TU1A 3TH6A 1W0MA 1DBTA 3P7YA 4CLMA 5D05A 1UASA 3O07A 4BI7A 3M5VA 3RMJA 3FIGA 3GB6A 3P67A 4M7SA 5EY5A 1OK4A 4JS3A 4PL2A 1Z42A 3TA6A 1K3UA 2ZRYA 4HT3A 4IXXA 5BW6A 3MHFA 5DXYA 1ZCOA 4FO4A 5G2HA 1XC4A 3NL3A 1KLYA 3P60A 2NV2A 3T40A 1MXSA 5K4XA 1EB3A 2Z6JA 3G1AA 2FTPA 3T55A 3HPSA 1KFKA 2QDHA 1SU5A 4KKXA 1S3HA 1AL7A 4AH7A 4POCA 5BRBA 2YZRA 1TSIA 4Y6GA 4O15A 3TW6A 4ZVJA 3IVUA 1IXNA 1O5KA 3HG4A 3W9ZA 3HBLA 2EHHA 4FNQA 5DY2A 3SFKA 1G69A 1F2JA 2LLEA 4O17A 3MMTA 2C15A 2QAPA 1XBYA 2E6YA 2RDTA 2Y89A 2PE4A 3PBWA 1W1ZA 2FFCA 4C1LA 2BLEA 4O11A 3LDVA 1SFLA 1TTIA 3B8DA 3QH2A 2X1UA 2H3DA 4JY8A 4AF0A 3LLFA 5EYWA 3N2MA 1PIIA 4HNUA 2ABBA 1GWJA 1XBZA 2RHGA 4YLWA 1QOPA 3KVJA 1XCFA 2ATSA 5G2IA 1KM3A 4FEZA 5F1VA 3TAKA 1T99A 3O06A 3MO7A 1DQWA 1GQNA 3UWQA 5H2ZA 5GVJA 1KM4A 5KINA 3BG3A 2DZPA 1OF8A 3SZ8A 2Z6IA 3BW4A 5U4NA 4DELA 3W70A 3G1SA 3EKZA 4X3ZA 2W79A 3G1FA 3UNDA 1R47A 3BARA 3P5YA 4K38A 4K7YA 3TCEA 2A2IA 1EWEA 2DJLA 1UCWA 2Y62A 5KZEA 4ML9A 4MZ1A 3GYEA 4MKNA 5LNSA 4UMBA 1SPQA 3QJAA 1LRNA 2RH9A 2KZHA 4UFLA 3PG9A 3OHIA 1LLWA 2WOQA 1P1XA 4WD0A 1TQXA 1FWWA 4A2RA 4K39A 3NR0A 1KFBA 3Q2DA 3ZWSA 2F84A 3MI6A 3B4UA 3KVMA 3FFSA 3CIWA 2IQTA 4FHAA 4JYFA 3MP3A 4NVTA 4O14A 3VI2A 1FXPA 1JCXA 3JR2A 3W86A 1VYPX 1X1OA 2CFFA 2A7RA 3I7QA 3UYCA 2CZDA 3W23A 2YYUA 3MHUA 3C8FA 3O1NA 4AHQA 5AN7A 2D73A 5LGXA 1SO4A 5C5YA 2WNNA 3BO9A 3C61A 4IMEA 5CGQA 4FNTA 1GJPA 4JX5A 4MZYA 3VKJA 4UNLA 4X22A 4R53A 1TJPA 2Y63A 4Y96A 5C6MA 1N8FA 2NX1A 1SO3A 2Y7GA 1W3NA 4TMCA 1I2PA 4JTTA 3LHTA 4A21A 3BG9A 1LM1A 4LS0A 3LHUA 1ZY9A 2PRLA 3S6DA 4YL2A 4MJZA 3ANYA 2JKEA 4KFPA 3IVTA 3CPRA 1KM1A 2VEMA 5HR6A 1VC4A 2GOUA 4PCFA 3H54A 1KBIA 1FWRA 2AAMA 4JTIA 3TMQA 3GDRA 3FKRA 5G4EA 1SO6A 2ZRXA 3UZ5A 3S42A 3DFNA 4DXVA 2X1RA 4Z0SA 3GLCA 4QQ3A 3SI9A 1L6WA 2XN2A 3B03A 4UFMA 5FF4A 3WJYA 1UUMA 4PA8A 4OE7A 5K4ZA 3KFTA 3S5YA 1EEPA 4FXSA 3E12A 1BWLA 4LVFA 3IIXA 3PBVA 3TQ0A 2AQWA 4OU1A 1R2TA 1FDYA 3ABOA 2X2GA 3W7QA 1PL9A 3PUOA 3TXZA 3NQVA 1RZMA 5IBXC 3EKLA 1G6CA 1L9WA 2OT1A 4MY9A 1CW2A 1WOBA 1G4PA 1AL8A 5AHMA 4I7VA 5BNKA 1H61A 3N14A 4ZQOA 3NL5A 3W1UA 4M5PA 3H55A 2A4AA 4LVDA 4N9CA 1YTKA 3E0IA 3UY8A 1TV8A 4M6VA 3M47A 1VQTA 1A5SA 3M41A 2B7PA 4LTSA 2BX7A 4IMGA 4CCCA 3YPIA 5EL1A 3M0ZA 4EVZA 3R12A 4RKAA 3TQKA 2ABAA 3F4NA 3W1XA 3FOKA 1JVNA 4QISA 4X2RA 2V2DA 5EPDA 4WQ6A 2C16A 2ZFAA 3DI1A 3WJSA 4PFMA 3O6DA 1QO5A 3NQ7A 1LRTA 1M5WA 2DZWA 1OFRA 3EX1A 3HB9A 4Z1AA 4JR5A 3LXCA 2BSLA 3HG2A 5AYZA 1CI1A 4A29A 2BZNA 3A5VA 3NPUA 4JX4A 5DCBA 3NPVA 3M1ZA 3LX9A 4K8EA 2NX3A 3LLDA 4XBSA 3SW6A 2PRMA 2V81A 3WFAA 3TQVA 1BWKA 1YXYA 2FB3A 3MP4A 4P2VA 1QO2A 1F73A 4LNYA 4KFOA 1LP6A 2Z2UA 3W74A 5HR7A 2JK2A 5HWMA 4O52A 3V1PA 3LV6A 1K8XA 1P4CA 3Q58A 5LKYA 1EP2A 3QM3A 1UB3A 1L6YA 1W5PA 3INPA 3DH7A 4BI5A 1C29A 3W7KA 4NNAA 1XBXA 3NZRA 5E0KA 3RK8A 3C52A 3TFCA 5AFDA 3ZS4A 2H6RA 3DFQA 1EX5A 2Q8ZA 1OYCA 2OMAA 1O60A 3LTYA 3TAOA 5K2ZA 5K9CA 1W31A 4QNWA 4LOCA 4FNPA 3ABRA 4WZHA 3W7RA 1D3GA 3G1DA 1LLZA 4G1KA 4RZ6A 2B7QA 2QCCA 4HPXA 3TNOA 1B57A 1XDMA 2I14A 4I7WA 4UTTC 2DP3A 3ZWTA 4HN4A 3W1LA 3S1UA 3NO5A 5D2TA 1ML1A 2GUUA 3TJLA 3T4CA 3WK2A 3NG3A 4GJ1A 1QPRA 1AK5A 2YDAA 4L4LA 4UFIA 3PC0A 4LUJA 5FESA 3THAA 4O57A 5AC6A 3C3NA 3LI1A 4GBUA 4A22A 2O7QA 3QPZA 1M6JA 4N6FA 3H53A 3NM3A 1OFBA 1A5AA 3UWWA 1X1ZA 4WY0F 2CZEA 3C2VA 5A8GA 1TPUA 2ZZ6A 1KM2A 4XQ6A 1R2RA 2WKJA 1F6PA 4MOZA 5CPNA 3A9IA 3TK7A 1DQXA 1IIHA 4O1AA 4O53A 2B7NA 3GXPA 1QR7A 4MUZA 2GJNA 4C1KA 2EPHA 4MFDA 3G1XA 3MUXA 4Q33A 3QRHA 3S9YA 3SGZA 3O6CA 2CZ5A 3IIOA 3UZJA 3W2MA 3BW3A 4N9DA 4TMBA 1JULA 1MEIA 4EOUA 5KTLA 3GNDA 1VHNA 2ZA1A 4WOZA 1GVFA 1MEHA 4O4WA 1ME7A 3BV4A 2Z1BA 3QEZA 1OFOA 3OVPA 4HNNA 5AHLA 3ABQA 3NNTA 5LNRA 2R14A 4KWWA 1TTPA 2X30A 4O4VA 4IWWA 3BGGA 4Z1CA 4GXMA 5DXXA 1WA3A 1YADA 2CZFA 4OQVA 1GZGA 1VCVA 3NQDA 3HGRA 3PAJA 2NXHA 1DOSA 5HUPA 5HWNA 1TPFA 3ELFA 1OFQA 4BF9A 3C0JA 3W2LA 3STCA 2Y85A 1XI3A 1WYIA 3EB2A 3P61A 3B0PA 3KRUA 3N73A 2B4GA 2QJGA 4JICA 4DBEA 3IGSA 1OX4B 1W54A 4O16A 2WJZA 1C8VA 1KBJA 2Y6ZA 4AVFA 2WQPA 4UNKA 3DAQA 5LNVA 4TR9A 3CU2A 4IX0A 3G0SA 1SQ7A 3EXRA 1H7PA 3GXNA 2WSRA 1ICPA 1MSSA 3LRMA 3M5YA 1S5VA 1W5MA 4K7VA 5TBOA 4CQ9A 1EPXA 3QW3A 2CLOA 4JTKA 1AG1O 4LWWA 1ME9A 1W56A 3W85A 4N2YA 2V30A 3TROA 3U8GA 4DF0A 1F74A 1OVDA 4JTSA 2VFEA 4AB4A 4NT0A 3IGXA 3W75A 1WAUA 4PH6A 5I3KA 2YR1A 1O4UA 4XWUA 3DXIA 5LNWA 4XUGA 4MY8A 4NX0A 1H1ZA 3KAOA 2V5LA 5FEZA 3GDTA 4I9AA 4ZQRA 3I6RA 2VENA 3G1YA 2PURA 2Y61A 4UTMA 1W5OA 4NNBA 4HNVA 3PULA 3W76A 2AGKA 1OABA 4S1FA 2E77A 1I4NA 3W7CA 2G97A 3PBUA 5F2MA 3BW2A 3HJZA 3PSVA 4DF2A 4WY0A 1JRCA 2NWRA 3CTLA 1F76A 3M44A 5D32A 1VCGA 3G8RA 3S5NA 5C55A 2R8WA 3NQCA 4IMCA 1W5QA 4NUWA 3A5FA 3DZ1A 4PEKA 3B05A 2GVGA 1Q6LA 1GPWA 1K02A 1Y0EA 5J5DA 1TPWA 2OZ0A 5DBUA 1VHCA 3BLIA 3WK1A 5AHFA 3N34A 4FXRA 4N4QA 1H7XA 2CLMA 2CLEA 2ZQ0A 3UWZA 3RNDA 3SGUA 4MJMA 3W2NA 1PS9A 3V75A 4LC6A 1VLIA 1DJNA 3PUEA 3TKFA 1QCWA 1H5YA 3LCLA 3LCXA 4H6KA 2NUXA 4ZQPA 1KFEA 3L5LA 3O16A 3DKJA 3E96A 3KXQA 3W7PA 2QCNA 1C9DA 3EX3A 3W87A 2FIQA 4KWVA 1P0NA 1X7FA 4IX2A 1ZAJA 2E1DA 3DU0A 3S1VA 4JEQA 3LHYA 1JQVA 3NA8A 4Z1DA 5G1YA 4UTTA 3HO8A 5FF2A 2VEIA 4WJEA 1A53A 3NQEA 3W84A 1G67A 2E6DA 2O7SA 3SR7A 4RJEA 5L6UA 3CB8A 3A21A 5CZ0A 1KV5A 5D09A 3W71A 3U2OA 3IIVA 4O54A 4P61A 4JXCA 5DELA 2TMDA 4JN6A 1GEQA 4N9EA 3WK0A 4E0CA 1TPEA 4GE8A 2A21A 4LVGA 4X9SA 1UJPA 3KRSA 3W7IA 3MW7A 1AW5A 2ZTKA 3R8RA 7TIMA 1FWSA 1P5BA 2ALDA 4WUIA 2C6QA 5EBUA 3W2JA 1XKYA 5HJLA 3C2RA 1EP1A 4RX0A 1KTCA 2ZRWA 1D3HA 4K6AA 3VE9A 1YPFA 3B0VC 4AWSA 4L4MA 1QPNA 4NXSA 3TIMA 4UC5A 2GQ9A 1H7RA 4RR4A 1SZEA 2CWNA 4QSHA 5AYYA 3S8HA 3I7SA 1IXPA 2JGQA 4Z1BA 3G3MA 3L5MA 2VFFA 4MLRA 3MJYA 1WV2A 2G95A 3NZ1A 2QCDB 3W7OA 5CSSA 4XBKA 1NEYA 5AB3A 3ATYA 2DZTA 1GYNA 2G5WA 3MP5A 4B5NA 4LY8A 2ZBTA 2NXIA 1JRBA 1ZFJA 3PM6A 2V8ZA 4RLIA 3AJXA 5KMYA 3EWZA 1M7PA 3DGRA 2F7FA 1SUXA 1N7KA 4M6PA 1LZOA 4K37A 2OCZA 1KM0A 3VFLA 3PB0A 1JUEA 1SSGA 2G96A 2Q8LA 1HO1A 1S5TA 3PSWA 2ZZ1A 2J88A 4GC4A 3C4UA 3GK0A 3UY7A 3LRLA 5HULA 4O1CA 4NZFA 3PVFA 1VLWA 3PR2A 2H3BA 4LS1A 3RF9A 4R34A 3PWAA 3W1MA 4JIPA 1QNVA 4LU0A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4DBEA

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