4DEFA

Active site loop dynamics of a class iia fructose 1,6-bisphosphate aldolase from m. tuberculosis
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
345
structure length
328
Chain Sequence
PIATPEVYAEMLGQAKQNSYAFPAINCTSSETVNAAIKGFADAGSDGIIQFSTGGAEFGSGLGVKDMVTGAVALAEFTHVIAAKYPVNVALHTDHCPKDKLDSYVRPLLAISAQRVSKGGNPLFQSHMWDGSAVPIDENLAIAQELLKAAAAAKIILEIEIGVVGGLYTSPEDFEKTIEALGAGEHGKYLLAATFGNVHGVYKLRPDILAQGQQVAAAKLGLPADAKPFDFVFHGGSGSLKSEIEEALRYGVVKMNVDTDTQYAFTRPIAGHMFTNYDGVLKVDGEVGVKKVYDPRSYLKKAEASMSQRVVQACNDLHCAGKSLTHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Fructose-bisphosphate aldolase
publication title Active site loop dynamics of a class IIa fructose 1,6-bisphosphate aldolase from Mycobacterium tuberculosis.
pubmed doi rcsb
source organism Mycobacterium tuberculosis
total genus 133
structure length 328
sequence length 345
ec nomenclature ec 4.1.2.13: Fructose-bisphosphate aldolase.
pdb deposition date 2012-01-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01116 F_bP_aldolase Fructose-bisphosphate aldolase class-II
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4defA00
3QJAA 1TPEA 4O19A 2ZYFA 1SZGA 4Q32A 3NPXA 4JX4A 1GVFA 3W71A 1VCGA 4FX6M 3EKLA 2D73A 1OG0A 4IMDA 2ZBTA 4RK8A 2QCMA 3ANYA 1S5VA 2QAPA 3LRLA 1A5SA 4K8EA 1KBIA 4BK9A 1OFBA 3ELFA 3JS3A 1F7BA 1JCLA 4R7JA 2VEKA 4FIRA 3BO9A 3L0KA 4FNRA 4FNSA 3NEVA 4UMCA 1QCWA 1FWRA 3W88A 5K7JA 1LM1A 4LC8A 3O6YX 3USBA 1SO5A 1THFD 2RFGA 2VFHA 4MOZA 4QM1A 2QCNA 2QUTA 1W5OA 4IJBA 3LB0A 4QITA 3STCA 2YPIA 4UMAA 5AHMA 2F7FA 1RV8A 3TQKA 4BR1A 2BLEA 5E1QA 3G8RA 1VGAA 1TRDA 4Z0SA 1V7YA 1KFJA 4UR8A 1X1ZA 1FCVA 3DFPA 4BWLA 3PSWA 4UNLA 3NM3A 3ABSA 4JIPA 4QJ1A 3NQ8A 1GTHA 4FNQA 3M5VA 3RMJA 1TJPA 1VQTA 3DGRA 3SFKA 4XBSA 4JTUA 5AC8A 1F6KA 4IWWA 1WYIA 1IF2A 1L2UA 3W1XA 4CNPA 1JR1A 1EB3A 2EKCA 5G4EA 1W5PA 4UFKA 1C8VA 3MP3A 5DBTA 2JKAA 3L21A 2CLMA 2Z1BA 2E6DA 2Q8LA 5KMYA 2Q8ZA 1DOSA 4IPIA 2P1FA 3MW7A 1GG0A 1PV8A 4I7UA 3TFXA 4UTIA 2GJNA 5KTLA 2FJKA 3WK3A 3H55A 2X1RA 4S2CA 4DPPA 5FEXA 1W0MA 4AXKA 3NQCA 4UTTA 4BI7A 2QJIA 2V30A 1OHLA 4NJKA 2CLLA 4RCXA 1WDWA 1EWDA 4XTDA 1UBSA 4N9CA 4UFLA 1XDMA 3NDOA 2VENA 5L6UA 2R91A 1IXQA 4BFAA 3BLIA 3PAJA 2NXIA 3WFAA 4HNTA 4Z1AA 1KBJA 1XFBA 1SZEA 1KV5A 1JVNA 4IMFA 3TE9A 3PBVA 3W1RA 2H8ZA 1L9WA 4GC4A 4R33A 2ZRYA 1C9DA 1MXSA 1EUNA 4U28A 1YLVA 3ZFHA 3PBUA 3I65A 3UXAA 1OYAA 3MYPA 4Y90A 4A3UA 1OX6A 1GVOA 5G4WA 1QMLA 3TR2A 3NZ1A 1TPC1 5U4NA 4H4IA 3SR7A 5FEZA 1U5JA 3MYOA 2HS8A 4FIQA 3TQVA 1I45A 4WX2A 2JKPA 3BLFA 1JQXA 2HMCA 2J9ZA 2VFGA 4Y9AA 3W7MA 3S8HA 4P61A 3NVTA 5C54A 1O95A 2ZZ3A 3KRSA 4AF0B 1EIXA 3B0UX 3GIYA 4WUIA 1EWEA 2NWSA 5AYYA 4JR5A 4JY9A 4XZ9A 4AWTA 3HJZA 3QMTA 3EWXA 3EB2A 2ZZ1A 4WJEA 4QIUA 2FPTA 1Q3NA 4ZMGA 3TJLA 2A4AA 3GAKA 2FIQA 4MY1A 3KAOA 2V8ZA 4O11A 4NJHA 1KA9F 1QR7A 4BWLC 2V0TA 3IIXA 1YXDA 3W07A 3W7QA 1AMKA 5HJLA 4H3DA 3QFEA 2IQTA 4I9AA 4RXFA 2WSQA 3TAKA 3Q37A 4ALDA 5HINA 1CI1A 2O7SA 2YFNA 4MPQA 2FQIA 3NQGA 2JGQA 2YW3A 3P8JA 2CLHA 4DO6A 4XWUA 5D37A 1DJNA 4CQAA 2E68A 3LV5A 1W1ZA 1TPFA 1VS1A 3GVGA 1WV2A 4DBEA 1KM5A 2VFIA 5KZDA 2XN0A 4WQ6A 3IVUA 1H7WA 4JXCA 1H61A 4UC5A 2NXHA 4K8HA 5F4XA 3CTLA 1HTIA 1BWLA 1W3TA 4NJGA 5J5RA 4K39A 4GUJA 4NNBA 1H63A 5EPDA 3C2FA 3W74A 4FXSA 4Y8FA 1WQ5A 2NZLA 2TYSA 3AJXA 5F1UA 1ICQA 4GUHA 4HHPA 1OYCA 5EBUA 1KFKA 1GVQA 1LOSA 3G0SA 1ZNNA 3L66A 1KTNA 2WSRA 5F1VA 1K7XA 4O54A 1VZWA 1RQBA 1GEQA 3W85A 3DH7A 4OGZA 2CU0A 4O1DA 1OFOA 4O13A 2JBMA 3HPSA 1I4NA 1F76A 4CNNA 3TV8A 3QM3A 2V5BA 1K8XA 1ZFJA 3WJYA 1NAL1 4KWVA 5TIMA 3ZWTA 4M7TA 3GNDA 1W3NA 5HNRA 1G4SA 4GNJA 4JICA 2PRMA 1QNVA 1KM4A 3CEPA 1K7FA 2DJLA 3QMRA 4DF2A 1G69A 1L6YA 3GXTA 2A7NA 4UUIA 3CM4A 5CG7A 2NUWA 3G1FA 3W1AA 2XN2A 3SGZA 3NQ2A 4IMEA 4ADTA 3W1TA 4EOUA 4WOQA 2ALDA 2B7PA 3SIZA 3BK0A 5FEPA 4MLRA 3B8DA 4FXRA 3WK2A 1Z42A 5FF2A 3HG4A 4O8RA 1PS9A 4A21A 2TRSA 3TUUA 2DZUA 4O4VA 4ZQRA 4XUGA 2VELA 3PB2A 1JRCA 1PVNA 1TO3A 4GRSA 1W31A 2VFEA 2W6RA 1JULA 4Y6GA 5AN7A 1XM3A 1YPFA 1ZALA 4ZQMA 2WNNA 1YXCA 1QPRA 4D2JA 3PUDA 1QPQA 2RDTA 3I7RA 4MUZA 2WQPA 1QOPA 1I2NA 4KFPA 1G67A 2RDUA 4DELA 4ICNA 3QYQA 3QW4B 5BOOA 1SFJA 3MMTA 3RF9A 3DFQA 4TU1A 4ADUA 3HIJA 2QDHA 4MJMA 3GKFA 5DY2A 1XUUA 5EYWA 3O6DA 3KVMA 4MFDA 2QAFA 2H90A 4PA8A 5FF0A 1OFPA 1SSDA 1ZJIA 4JEQA 3HG5A 3TSMA 1GG1A 4JTFA 4UNKA 3MI6A 3MBDA 2QKFA 5E93A 2DZPA 1H60A 4NJIA 5LHFA 4LRSA 4Z1DA 4QISA 4K7VA 3S1WA 4HSNA 1FWSA 4MJZA 3WK1A 3LV6A 4UXDA 1TRIA 3OBKA 3W86A 2YR1A 3LTPA 4FNPA 2CLIA 1LYXA 2EHHA 4PL1A 3FJ6A 1UJPA 3FS2A 3UWUA 3LLFA 1LRTA 3EWZA 3G1SA 1ONRA 1LLZA 1VR6A 3CWNA 3L68A 3TXVA 4NT0A 1JQVA 2FB2A 4AHOA 4WZHA 3OVQA 3L5MA 1KM3A 1ME8A 3GXPA 1PE1A 1S3HA 3M5ZA 3LXAA 4UIOA 5FF4A 4YCPA 3MJYA 2OX1A 1VC4A 2NV2A 5GVJA 5CPOA 5AFDA 3L0NA 5G1YA 3EX2A 2R8WA 2Y61A 4TO8A 3FYOA 3TQ0A 3NAVA 2VKZG 3THQA 2E6YA 1Q6OA 3C2RA 1AK5A 3MI3A 3NL2A 4JS3A 3E02A 1R46A 1LZOA 3C6CA 1DKWA 3U6WA 1I2RA 1KLZA 2XN1A 3E0IA 1VYPX 3GDTA 1VH7A 3VCRA 2CZDA 5LZLA 3UWQA 3C0JA 2V82A 4HPXA 4R34A 2V81A 5DCDA 3F4WA 4EF8A 3NQFA 1R47A 3TROA 3T7VA 3S0CA 3OIXA 1KLYA 3UNDA 2FTPA 1LRNA 1H7OA 4BI6A 5D04C 1SO4A 3TIMA 1EUAA 3UY7A 4JDBA 1YDNA 3A23A 3KX6A 2QCLA 1X7FA 1HO1A 5D2TA 4K6AA 4K37A 2H6RA 3INPA 5K9CA 4CCCA 3BW3A 3BGGA 3PC0A 2C13A 3TU9A 4YLWA 3N14A 3CIXA 1LBMA 4YMZA 2YGYA 1RVGA 1M5WA 3CB8A 3QZEA 2X1SA 3GZ3A 1RZMA 1SFLA 2G96A 1QDSA 3TSBA 1G7VA 3NQ7A 4M6VA 5D33A 3TCEA 3G1AA 4MKNA 2WNQA 3W72A 3KVKA 2OCZA 4OWGA 2V9DA 3HG2A 2OMAA 3PF3A 3C2EA 1OFDA 1TQJA 3OG3A 4TMCA 1R2SA 2I14A 2TSYA 5IBXC 1I2PA 1G7UA 4B5NA 2E6FA 2FPYA 2G97A 1W37A 2PRHA 3P84A 4BF9A 3ABQA 1JCXA 1F2JA 1W5MA 1Q6QA 2O7QA 4QNEA 5CZTA 4LV9A 5D03A 4LRTA 3UXDA 4H6KA 3M16A 5AC7A 5FF7A 3BW4A 3P82A 1D9EA 3LTYA 4O50A 5K9XA 4HT3A 3P81A 2NX9A 4N9DA 3WJXA 4Z1CA 3WJZA 1G4EA 3WK0A 4UMBA 4LS1A 3LHVA 5G2WA 3SI9A 3PULA 3NPWA 1GZGA 3W7KA 1KM0A 1FDZA 4A2SA 1SW0A 1SU5A 3LTSA 3UPBA 3E12A 3V75A 4EF9A 3LBCA 4LUJA 4WY0B 3GR8A 2ZRXA 2WKJA 3PM6A 4NJJA 3IV3A 2PRLA 3LCIA 4EIVA 1W8SA 1SZNA 4KKXA 2Q3RA 4AMAA 2QR6A 1BTMA 1SUXA 4MLJA 1JJKA 3I7SA 2CZFA 2B4GA 3TW6A 1QFEA 1TPVA 3DU0A 3F03K 1W5QA 3LDVA 1O60A 1TPB1 3OA3A 3D0CA 2Y6ZA 1OF6A 3PVFA 1XBXA 4MZ1A 3C8FA 3PG8A 2QCHA 1XCFA 1M7OA 1S5WA 4GBUA 3UD6A 4FB7A 3KRUA 3G1XA 3N19B 3HPZA 4NU7A 3UWZA 2UV8G 2ZA3A 3G8EA 1F05A 3EWYA 1DJQA 2ZTJA 4O57A 5CKSA 4XBKA 1M6JA 5BNKA 1QOQA 5G1TA 3NG3A 3THAA 3HGRA 2GOUA 1DHPA 2EGZA 2E5DA 3TDFA 2YYUA 4IMGA 3T40A 1KV8A 4C1LA 3EX1A 4FF7A 4NZJA 3W2JA 2A0NA 1PL9A 1ZAJA 2NWRA 4UCGA 2ZA1A 3MHGA 2V5LA 4WY0F 5EKYA 5C55A 3FOKA 5A8GA 1A5AA 1JUBA 2FFCA 1SSGA 2Z2UA 3PBYA 4NUWA 3IGSA 1UASA 5I3JA 3CLMA 4O15A 4PFMA 1GYLA 3HGSA 1EEPA 3FYPA 5D32A 2YZRA 4U4MA 1O5XA 1F6PA 3BG9A 4CCEA 1SR9A 3OVRA 1ML1A 3MO7A 4IQLA 4JTEA 4RZ5A 4HNNA 3E96A 3W1NA 1Q45A 4GXMA 4JN6A 3S1UA 5CPLA 2C19A 1LRQA 4RXGA 1J5TA 4YXGA 3HPXA 2PURA 1NSJA 1SQ7A 2OT1A 3U8GA 1RQEA 4RZ6A 4AWUA 4LOCA 4UR7A 3N2MA 5ABTA 4JD4A 2QDGA 2YFOA 5U7SA 1IGSA 1TTPA 3S42A 2Y62A 2YX0A 4IOTA 4N6EA 2Y70A 2WO5A 3DFTA 4X9SA 1W3IA 3GK0A 5CZJA 4KFNA 5FF3A 5K4ZA 5LNWA 3IIOA 2WPBA 1UB3A 2QUVA 1KFBA 1MZHA 1VPXA 1CW2A 4IMCA 4LVAA 4GUGA 4NZFA 4HN4A 1GTEA 3R2GA 2RKXA 3U2OA 3G24A 3O8AA 5KSWA 1WX0A 3W76A 4IXXA 5LNVA 1OX4A 4CQ9A 1KW1A 4EWND 4N4PA 5HR6A 1ICPA 7TIMA 3G18A 2YSWA 1P0KA 4PC8A 3GDMA 1FCQA 3CPRA 3P74A 5E0KA 4GUIA 1SW7A 2QCDA 3TC7A 1EA0A 3Q58A 1NEYA 3CWOX 1I8JA 5EY5A 3L5AA 1FWNA 3P61A 3TC6A 5D38A 4UTWC 4ADSA 3HOJA 2ZA2A 3ABOA 1WXJA 5LKYA 1GQNA 3ZR4A 3KRZA 1P4CA 5DCEA 1KM6A 3QRHA 4OV4A 1KTCA 1BWKA 2ZZ4A 3BW2A 1BKSA 3S5OA 3R13A 4OU1A 3P7YA 3W1MA 5CGQA 2R94A 1M7PA 3NA8A 2P10A 3NYZA 1X1OA 3GAYA 1FCBA 3HGOA 2A6LA 1LOLA 5D2WA 1WOAA 3W75A 1SO3A 2CFFA 4FX8A 4A22A 4FEZA 2E5BA 1A5CA 3G1YA 2AAMA 4O28A 4O4WA 2ZCGA 2E09A 4OBTA 5TBOA 3W84A 2E5CA 5EL1A 1KFLA 1TREA 3F4NA 4LW7A 5G2IA 3NNTA 2A21A 2Y7GA 3TMLA 1FY6A 2DP3A 5CSSA 3S5YA 1TTIA 4HNUA 1T99A 3QW3A 4LVGA 5IM51 1IXNA 2QCEA 2B7NA 3NL5A 5D2VA 5K3VA 4RR4A 3PR2A 3WJSA 4ZZ9A 4XTIA 2C18A 1ME9A 5L9FA 4TX9A 3C52A 3DENA 4O1AA 1LTDA 2CLEA 3W9ZA 5AHFA 1EP1A 2GQ9A 3GXNA 1J4EA 2BXVA 3KOFA 3W7NA 5BMXA 4L4LA 2FDSA 1H7RA 3S1VA 3DAQA 4O1BA 1FXPA 2YXGA 4JTGA 3UWWA 5H2ZA 4QQ3A 5D2XA 1OJXA 4PTNA 5C2XA 1I2OA 2OT0A 4ZQOA 4I7VA 3DXIA 3QSTA 3NL3A 4MFEA 1H7NA 1RQHA 2V2CA 3NQDA 3W7PA 5TQLA 2DORA 2C1HA 1G4PA 1F5ZA 3NQMA 3DHDA 3RLVA 1KM2A 4AH7A 2C0AA 3FJLA 3H54A 3LRMA 2HTMA 1OF8A 4L4MA 3HQ1A 5A5WA 1IXPA 3M5YA 2VFDA 1R2RA 2ZRUA 1IIGA 3W7DA 3WJWA 3QPZA 4OT7A 3RK8A 5HMSA 1FXQA 1Z41A 3M7WA 1OX4B 2Y63A 4UFHA 1MEWA 2W79A 4FO4A 3W7RA 3W7LA 1DBTA 1TV7A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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