4DELA

Active site loop dynamics of a class iia fructose 1,6-bisphosphate aldolase from m. tuberculosis
Total Genus 138
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
138
sequence length
345
structure length
345
Chain Sequence
PIATPEVYAEMLGQAKQNSYAFPAINCTSSETVNAAIKGFADAGSDGIIQFSTGGAEFGSGLGVKDMVTGAVALAEFTHVIAAKYPVNVALHTDHCPKDKLDSYVRPLLAISAQRVSKGGNPLFQSHMWDGSAVPIDENLAIAQELLKAAAAAKIILEIEIGVVGGEEDGVANEINEKLYTSPEDFEKTIEALGAGEHGKYLLAATFGNVHGVYKPGNVKLRPDILAQGQQVAAAKLGLPADAKPFDFVFHGGSGSLKSEIEEALRYGVVKMNVDTDTQYAFTRPIAGHMFTNYDGVLKVDGEVGVKKVYDPRSYLKKAEASMSQRVVQACNDLHCAGKSLTHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Fructose-bisphosphate aldolase
publication title Active site loop dynamics of a class IIa fructose 1,6-bisphosphate aldolase from Mycobacterium tuberculosis.
pubmed doi rcsb
source organism Mycobacterium tuberculosis
total genus 138
structure length 345
sequence length 345
ec nomenclature ec 4.1.2.13: Fructose-bisphosphate aldolase.
pdb deposition date 2012-01-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01116 F_bP_aldolase Fructose-bisphosphate aldolase class-II
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4delA00
3G1SA 4MVAA 1OFAA 4JYFA 1RV8A 3L5MA 2I9EA 3PUDA 2Q8LA 1JVNA 3W1XA 2X1SA 4NZFA 2H3DA 3GDLA 4MZ8A 4Z1CA 1AG1O 5C55A 3OA3A 2CZDA 4R7JA 3E12A 1PCKA 4O28A 4WD0A 5EPDA 3QSTA 3HO8A 5CGQA 4Z1AA 4GC4A 3DGRA 1EP3A 4FX6M 3MYPA 3W7CA 3OEXA 5HWJA 3DHDA 2QF7A 2A6LA 4OV9A 3TW7A 2EHHA 4MJZA 1SFJA 3UWVA 5DCDA 2EF9A 3L0NA 5HJLA 5FEXA 4PC8A 2ZTJA 4DPQA 3SSJA 3W9ZA 1BTMA 5LHEA 4LV9A 4PH6A 4X2RA 1TIMA 1MEHA 2G96A 4XUGA 4ZQPA 3N9SA 5F2GA 3WJZA 3KX6A 3RU6A 2XN0A 2NV1A 2J24A 4BI6A 3LXBA 5HQEA 2A7PA 4TO8A 3CWNA 1KV8A 4O54A 3HG5A 1DHPA 4MZ1A 3STEA 4AWSA 3EXSA 3WK0A 4JR5A 1PL9A 4MFDA 1A53A 4LRSA 4EF8A 1L6WA 3ABQA 1SZEA 3IVTA 4TU1A 1JUEA 2BLEA 3V75A 3IIOA 1W1ZA 5AC7A 5E1QA 1GVRA 3S5NA 4NUWA 3UY8A 4N4PA 2VEKA 4O0KA 4N9CA 2J27A 2H3BA 4FXRA 5HUPA 3M47A 1EUNA 3MW7A 4H3DA 2GPTA 5ABTA 2WSYA 3DHFA 4DF0A 4Z1DA 4LVGA 4R53A 3R89A 2V8ZA 4O18A 1K8YA 3EX4A 4CQ9A 1SW7A 1TCDA 2C18A 1H7XA 2FPYA 1EP1A 5CZJA 2V2CA 4M6PA 4UFKA 5LNVA 3EWUA 4FNTA 4E38A 1ZAIA 1R30A 1ZFJA 2PRLA 2F7FA 3MYOA 4FNSA 1KBJA 5AHEA 1H50A 4LC8A 3W7GA 2FQIA 2CZEA 4PCFA 3SI9A 1QPRA 2OCZA 3DH7A 3RF9A 4AHPA 1ADOA 4P2VA 3OHIA 3LV6A 4S1FA 3EB2A 4L4MA 1A5BA 2NUYA 4O17A 3UXDA 1TREA 1YXDA 3BVJA 3K30A 2TYSA 4QNEA 5AC8A 1FCQA 3TU9A 1GVOA 1XI3A 4MKNA 3DBPA 4RZ5A 1X8FA 3HOJA 2QAPA 3O6CA 4ZZ9A 3W7JA 1J5TA 5AC6A 4HIBA 1FDZA 1JRBA 1Q45A 3P8JA 3PY2A 1K8ZA 3BW3A 3FA5A 4TMCA 3FYPA 4CQAA 3W6YA 1OX5A 5G4WA 4O12A 3GNNA 5EYWA 1EPXA 4UMAA 1RD5A 3H53A 1VQTA 3TXZA 1UCWA 1VCVA 1EEPA 3NZ1A 1AW2A 2V5LA 3PVFA 1F05A 4MY8A 4OWGA 4YWIA 3UQNA 3QQ1A 3GKAA 4RZ6A 4DF1A 4DO6A 3NQ8A 1GEQA 1JUKA 3W23A 2QR6A 2TMDA 3HG2A 2H6RA 2A21A 2C19A 2C14A 3WJWA 4JTTA 1TPFA 2CZ5A 4HPJA 4IMGA 4JXCA 3RK8A 3W86A 3CPRA 5HWMA 5IM51 1Z41A 1FX6A 3NQEA 3W1NA 1X1ZA 5KZEA 1WBHA 4EVZA 4LU0A 1A5CA 4Z0SA 2PCQA 5KINA 3W2MA 4CCEA 2TRSA 3SW6A 4IPJA 3U2OA 2ZRWA 3O8AA 3W1MA 1TPH1 1H1ZA 2WJZA 2VFEA 1LBLA 4CCCA 4H6KA 3B05A 4N9EA 1SU5A 1ZY9A 3GDTA 5EBUA 1NAL1 4HNUA 4UTWA 3TE9A 3RFAA 1OK6A 1RQBA 5FESA 3R12A 3N34A 5DXYA 4XKYB 3IIPA 3WJXA 4A2SA 1VH7A 3A21A 4GNJA 1LRNA 1H7PA 1P0KA 2QCHA 3NQGA 3TSBA 3M1ZA 4XQ6A 1H1YA 5HR6A 3IIVA 1OFPA 2GOUA 4K6AA 3UWZA 2X16A 4DEFA 1PVNA 5D02A 1GJPA 2DZTA 2W0UA 1G69A 1I2PA 3TA6A 1S5TA 2VEMA 3LHVA 3C2VA 1N7KA 3R5EA 4TX9A 3N9RA 3EEGA 5DBUA 4O52A 4IMFA 5LHFA 3GDRA 3UWUA 4JY9A 2PURA 2V9DA 3GYEA 1F73A 1UUMA 3LI0A 3DAQA 3A24A 1SFLA 4DELA 1KTBA 3FOKA 3LBMA 2FLIA 3LHYA 2OJPA 1FCVA 3C2OA 2Q3OA 1K7FA 1DL3A 4XKYA 1G4TA 4OT7A 1M7OA 1I2QA 1TPDA 1TJPA 5SWUA 2PRMA 3R13A 1HG3A 1LTDA 1IIHA 2VXNA 2E68A 3DKJA 2QCNA 2CFFA 5HINA 4RLIA 2QJHA 3HPZA 3BG9A 3GDMA 2A0NA 4UTKA 5K7JA 3T44A 3EWBX 4UTHA 4IQLA 3N2XA 2VFFA 1SSGA 3HMJG 3P7YA 4AAJA 3SFKA 3G24A 2J9ZA 2QCCA 4BF9A 1LZOA 5DELA 3U6WA 3UWWA 3R8RA 1TPVA 5AN7A 3LXCA 4RV8A 4LRTA 3NR0A 1DJNA 1AL7A 2E5CA 4GE8A 4R34A 2DU2A 3PUEA 4NXKA 1A5AA 2J6XA 1DVJA 2HTMA 4JTLA 1KBIA 1MZHA 4FHAA 4N02A 5D38A 3TC7A 3MMTA 1W3TA 3KVLA 5A5WA 4BFAA 3PG8A 4RXFA 3W1UA 3W85A 1VYPX 1LBMA 1IXPA 3N73A 1XC4A 3G3DA 2FPVA 3P61A 3R2GA 1YADA 2ZRVA 3S5YA 3EWWA 5EY5A 4GUIA 1RVGA 4JYEA 5F4WA 4XZ9A 2FIQA 2VFGA 4BI7A 4JX4A 3TJXA 3THAA 3P5ZA 3BG5A 5A8GA 1FUYA 1TQXA 4MYXA 3QMTA 3W76A 1PE1A 3LB0A 2VKZG 2WSRA 2I1OA 2YYUA 4A21A 1VS1A 1VYRA 1DV7A 3TQKA 3W1TA 1TV5A 1TQJA 2RDUA 5BMWA 5BNKA 4FB7A 4N9BA 5D30A 2DZVA 3KAOA 5AYYA 2O7SA 5G5IA 3LRLA 1KLZA 4NX5A 5HMSA 3GAYA 4PFMA 3HB9A 3TK7A 3SECA 2DZSA 4RX0A 3L5AA 3N19B 4MOZA 4O50A 1IIGA 2NXHA 2HS6A 5CPNA 3M16A 1SO6A 2ATMA 2ZTKA 3B04A 2CU0A 3CLMA 3ATYA 4B5NA 3W72A 2DZXA 3LBCA 2H8ZA 3W1PA 5EL1A 2P10A 1NF7A 1GVSA 4OBTA 3DENA 1MSSA 2GUUA 2ZZ6A 1KM0A 1V5XA 1TV8A 3G8RA 2VEIA 1ZCOA 4UTJA 3LCHA 1YPIA 2GVJA 3MI2A 4PL2A 2WPBA 3QJAA 5DY2A 2C13A 3W88A 4K37A 3EX2A 1TYGA 4ML9A 4LS2A 3UY7A 5HWNA 3N3MA 4O14A 2E5BA 2NUWA 3I6RA 3WJSA 3BLEA 3GAKA 3C52A 2NXIA 4UTMA 1XXXA 3STFA 4LVAA 5DN1A 1VR6A 2ZA1A 5D03A 4JDYA 1N8FA 4NJIA 1OFEA 3LV5A 4CCDA 3W84A 3TROA 5D05A 2RHGA 5L9FA 1G4EA 4YCPA 2C3ZA 5FF7A 3F4WA 2DORA 3W7NA 4W9TA 1SO3A 4LW7A 2WSQA 2BTMA 2CLHA 3UYCA 3CIWA 4Q4KA 5F1VA 3W3OA 1KFCA 4AWUA 1M7PA 2WNNA 1YDOA 4K8HA 5C54A 5F1UA 1ME8A 2NX1A 3TDFA 1S5WA 4MZYA 3NPWA 1W37A 1W5MA 2YR1A 3TX9A 1DBTA 5LGXA 1S3HA 1H7OA 4HHPA 3TIMA 2J9YA 3EX6A 2FB3A 1WOBA 1HO1A 4FNUA 2BSLA 4JICA 4X22A 1WBJA 4IWWA 2WNZA 1JCMP 3HPXA 4OQVA 1H7NA 3W83A 4UR8A 2F84A 2QCMA 4JS3A 3E0IA 4JDBA 4JTGA 3AO0A 4MJMA 1C8VA 2E09A 1OFDA 4GJ1A 1JCLA 4LUIA 4C1KA 2V2HA 3E96A 2Y7DA 2E1DA 3FS2A 5AYXA 4AHQA 1W56A 2X1UA 1DQXA 5FF0A 3S1XA 1IXNA 1D9EA 4UFHA 3PULA 1XBYA 4L4LA 4LV4A 2Z6IA 2WKJA 5CPLA 1DJQA 8TIMA 3C0JA 2GQ8A 5D33A 4WQ6A 2ZRYA 5CZTA 1GG1A 3W2LA 3G8EA 3BLFA 1HUVA 1I45A 3G1DA 3NGJA 5FI8A 3UZ5A 1KM5A 1OYBA 2YFOA 4FIRA 4TR9A 2JKAA 3W74A 3P74A 3TMQA 3NNTA 2NXGA 2NWRA 2X1RA 3SZ8A 3WFAA 4UFMA 2GVLA 1P1XA 1JUBA 2QKFA 5I3GA 3MHGA 3PF3A 4MY9A 1GTHA 3LX9A 1TPB1 3B03A 3HBLA 3FJLA 2UV8G 4IMEA 4ZQNA 4FF7A 3GIYA 4LTSA 1F5ZA 1F7BA 3UPWA 3PWAA 2BZNA 2H90A 3NPXA 3QF0A 2CLLA 4JTJA 4PTNA 4ZQCA 3QMSA 1PHQA 1P0NA 3O6DA 3L5LA 4O19A 4P61A 5BRBA 3I7QA 5LZLA 3W7QA 2RKXA 1G7UA 1R46A 4A3UA 3FFSA 5G1TA 2E6FA 2WO5A 1K02A 1TRDA 1LLZA 2ZBTA 4Z08A 4DF2A 5C2XA 4N2YA 3EXTA 4O1CA 3E49A 5GVJA 1JULA 1QWGA 1TRIA 3DFSA 4WY0B 3PR2A 3HGOA 3MBFA 3SGZA 4JEQA 3QFEA 4JY8A 3BGGA 4OE7A 1EIXA 3PBUA 3IGUA 3W7MA 2B7OA 2BX7A 3AJXA 3SJ3A 3LTSA 1W3IA 4IXXA 1F6KA 3STCA 4JIPA 5D2TA 4AHOA 1KFEA 5LKYA 2VELA 5DLCA 1L6SA 3TQVA 3TUUA 3S0CA 4JYDA 4QIUA 1VYSX 2VC6A 3NQ7A 1UASA 3C61A 1A50A 2DJLA 3W07A 3GKFA 3TJLA 2Y6ZA 4NT0A 4UC5A 4UMBA 4XTDA 1MEIA 3PM6A 2B7NA 2R8WA 4HN4A 4ADTA 1SPQA 3RMJA 1EX5A 4UMCA 3BW4A 2ZCGA 4NJKA 3Q94A 1H51A 3GXNA 4N4QA 2Y85A 4WY0A 2Z2UA 1B4EA 3FEMA 3A5VA 2Y7FA 3C2RA 1XBZA 3QSRA 1GG0A 2JGYA 1WYIA 4FX7A 5DBTA 1K3UA 3OBKA 1UBSA 1Q3NA 3B8DA 1QR7A 2OZ0A 4O8RA 3ABOA 2QJIA 2ZA3A 5AFDA 3W1RA 4JTSA 1KM4A 5AHFA 1SSDA 3CT7A 1UJPA 2HMCA 3WK2A 3LHZA 1G7VA 3NQAA 3T78A 1LRTA 5AB3A 3TSDA 2JK2A 5HUOA 4BWLC 2CLKA 2ZDRA 5KITA 4E2DA 3NQFA 3LHUA 2ZQ0A 1VLWA 3HF3A 3O05A 2GJLA 4FO4A 3GLCA 2E77A 3TR2A 3BGJA 4GBUA 3HGJA 1C9DA 5E0KA 4JN6A 2PE4A 4WOZA 4S2BA 5FEZA 1KFLA 5D2VA 2ZRXA 3VNDA 1VC4A 3C56A 3OVQA 2RH9A 1FWNA 5F2MA 1ZALA 3DFPA 2R94A 3DXIA 4MPQA 1D3HA 2ZZ3A 2Y88A 4LS1A 4FIQA 3HPSA 3T7VA 3STGA 2QCDB 1Z42A 3M5ZA 3B4UA 4A2RA 3IIXA 2BXVA 2QCFA 1XUZA 4Y8FA 5EA9A 4UXDA 1QFEA 2TPSA 3VCRA 3NPVA 4GUFA 2NZLA 3I7RA 1T99A 5KMYA 4MLRA 4NQ1A 1WOAA 3LERA 1JRCA 1Z48A 3O07A 5I3KA 3NQVA 2E5DA 4EIVA 3G18A 3G1VA 1EA0A 5KZDA 2DJXA 3BV4A 1W8SA 4NVTA 1GPWA 4R33A 2VFIA 3HIJA 2FTPA 4O16A 1R2RA 3O16A 4YLWA 1SQ7A 3PBVA 1K8XA 4DPPA 4MYAA 1OF8A 3IVSA 1WXJA 3OVPA 3QM3A 1VRDA 4KFOA 4RCXA 2FFCA 3NL3A 4TMBA 5J5DA 3FKRA 1QMLA 2HS8A 1X7FA 2AGKA 3RLVA 2DZUA 2V81A 1XBXA 1O4UA 5AHLA 4O13A 2B0MA 3W7PA 1RR2A 4I7VA 1YPFA 3H54A 1VLIA 2R14A 2QCDA 2QDGA 1HTIA 1LCOA 2RFGA 3D0CA 2HSAA 1OK4A 4JD4A 2OX1A 2Y7EA 4LY8A 3G3MA 1ML1A 3W7RA 3H55A 3LM7A 1KA9F 1AW1A 3W1LA 2OT1A 4UFLA 4HNTA 1PHWA 3S9YA 3IGXA 4E2BA 2W79A 1SZNA 4Q32A 2YYTA 1OJXA 2NX9A 1DQWA 3NQCA 3QMRA 1M5WA 1TMHA 5KZMA 1QPNA 1TPWA 3NYZA 5BOOA 5I3HA 4PA8A 5L6UA 1TPEA 4JTFA 1F6PA 4UUIA 4Z1BA 3YPIA 3WK3A 1IF2A 2ZZ4A 5F4XA 2FJKA 2C6QA 3Q2DA 2ZZ2A 3L67A 4IUOA 3GDKA 3JS3A 1TV7A 3MP4A 3CHVA 2Z1BA 3W70A 4QNWA 4ICNA 4ZL1A 2J88A 2WNQA 4RJEA 4AEOA 1EUAA 3IVUA 1KTCA 1YTKA 3LXAA 5DCEA 4IGHA 3N2MA 1GWJA 3NL5A 4GUJA 1O60A 5CG7A 2VEPA 4A29A 1R2TA 4TIMA 2YX0A 1JCXA 2GQ9A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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