4GUJA

1.50 angstrom crystal structure of the salmonella enterica 3-dehydroquinate dehydratase (arod) in complex with shikimate
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
251
structure length
251
Chain Sequence
KTVTVRDLVVGEGAPKIIVSLMGKTITDVKSEALAYREADFDILEWRVDHFANVTTAESVLEAAGAIREIITDKPLLFTFRSAKEGGEQALTTGQYIDLNRAAVDSGLVDMIDLELFTGDDEVKATVGYAHQHNVAVIMSNHDFHKTPAAEEIVQRLRKMQELGADIPKIAVMPQTKADVLTLLTATVEMQERYADRPIITMSMSKTGVISRLAGEVFGSAATFGAVKKASAPGQISVADLRTVLTILHQA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords 3-dehydroquinate dehydratase
publication title Crystal structures of type I dehydroquinate dehydratase in complex with quinate and shikimate suggest a novel mechanism of schiff base formation.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
total genus 96
structure length 251
sequence length 251
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.10: 3-dehydroquinate dehydratase.
pdb deposition date 2012-08-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01487 DHquinase_I Type I 3-dehydroquinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4gujA00
1TV7A 1GVOA 1LBLA 3RU6A 3GK0A 4HNVA 2I9EA 4FF7A 3V75A 3PB2A 4MLJA 1EWDA 3PULA 3W7NA 3BG3A 5KINA 3LXCA 2QCDB 3VKJA 2EF9A 3UWZA 4JX6A 1EEPA 3UPWA 1OF6A 3W7EA 4W9TA 4UR8A 1P0NA 2Y70A 4JTKA 3ZFHA 1K7EA 2GQ8A 4JTFA 1TPWA 1C9DA 2E09A 5BRBA 1D3HA 3KFTA 1J5TA 3LB0A 3G1AA 4BF9A 4WOQA 3LM7A 2Z6IA 5AN7A 3LI1A 2ZQ0A 5BNKA 3QH2A 5KTLA 1HO4A 4ORMA 3W1MA 4UTHA 2E6YA 2GVGA 1KTNA 4NJHA 2EPHA 4R7JA 4FX6M 3Q2DA 4TMBA 5FF3A 3W76A 4WX2A 2DZPA 2JGYA 3NVTA 4HPJA 1EP1A 2YDAA 1ALDA 1H1ZA 2Z0IA 4UTWC 2A0NA 4IMEA 3CIXA 1W3NA 4O12A 4DPQA 1W5QA 4RX0A 4JTIA 2WNNA 3S5OA 1UCWA 1NEYA 2NLIA 4QQ3A 4PL2A 5F1UA 5AHIA 3FEMA 3S42A 2ISWA 4OU1A 3O8AA 1LOSA 2V82A 4GUJA 4UFLA 3ANYA 2Y63A 1HTIA 1YDVA 4NT0A 3RLVA 3EWBX 2QKFA 4LC6A 3O6YX 4TR9A 2WNQA 3NM3A 3P7YA 2WSQA 3U2OA 2TYSA 4O1DA 2QEZA 3QMSA 3NPUA 4K6AA 4WXYA 4LVAA 5F4WA 1WOAA 1ZY9A 4ZQOA 5HQEA 1K02A 3LTSA 5FF2A 4UFIA 1PV8A 5KMYA 3STCA 4RLIA 1QWGA 5E1QA 1X1OA 3M6YA 3OVQA 4DQWA 4BR1A 4O1CA 4BK9A 5AHFA 4XUGA 3R2GA 3O07A 1DV7A 3OHIA 5AFDA 1TJPA 3E49A 1Y0EA 2BLEA 4K39A 1TTQA 2EGZA 1KW1A 3HGJA 3WJWA 2RDTA 3LBMA 3TSDA 3TC7A 3L21A 1ML1A 2QDGA 3F4NA 3SY5A 3GIYA 1ICSA 2C1HA 2B7NA 1SW0A 4UTLA 4PODA 1WBHA 2VKZG 2ZZ5A 1ME9A 3W7CA 4GWEA 4LT9A 5EY5A 2ZYFA 1OX4B 2TMDA 3IGXA 4UMAA 5A8GA 2QJHA 3OEXA 1K8XA 4WY0B 1P1XA 2X1UA 4Z1BA 5E93A 3DAQA 3KXQA 2R94A 4E0CA 1JR1A 1JCLA 5EL1A 4MVAA 5CKSA 1F2JA 4JN6A 1ZALA 3TUUA 1KM2A 1FDYA 3GDKA 1KA9F 3W83A 4WQ6A 3SI9A 2A7NA 3T55A 5LSMA 1N55A 3STGA 1XUUA 5D2WA 3B0PA 5LGXA 4RZ6A 5KZMA 1SQ7A 4EOUA 4HN4A 2ZRWA 2V5BA 3W7MA 2ZCGA 5K3VA 1KV5A 2TPSA 3T78A 1CI1A 4UTMA 2VFDA 1TREA 3UWYA 2I1OA 3ABOA 1LOQA 1DORA 3NQ7A 2FPTA 1TRDA 5AB3A 5K7JA 5HR6A 1PIIA 5C54A 4AWTA 5HULA 4DBEA 4AVFA 3PS7A 1G4TA 1H7PA 3VFLA 4IQLA 5C6MA 2ATMA 1PHWA 2Y7GA 1DHPA 3P67A 2CLEA 1F05A 2CZFA 5ABTA 3FFSA 5T26A 2X1TA 4MIMA 3HPXA 3G0UA 2CLMA 3GDTA 3C4UA 3IVSA 1LLZA 3NL5A 1UASA 1ICPA 3PUDA 2C16A 5D2XA 2Y7EA 1VGAA 3W84A 4HNUA 2Y6ZA 5I3HA 4ONVA 1TQJA 1QPQA 2C0AA 3TQVA 5F2MA 4NJIA 1H7XA 2W6RA 2YZRA 3NQ2A 1BWKA 1SO4A 2VEMA 2B7OA 3M0ZA 2X1RA 3M1ZA 2PURA 3CHVA 2QCMA 1K8ZA 1YADA 5HWNA 3GAKA 1KFKA 1W5OA 3LBCA 3PG8A 4HIBA 1ICQA 1NFBA 4QITA 3G8RA 3Q94A 4MJZA 5AHEA 5G4WA 1O95A 1H51A 2Y88A 4BWLC 2QCCA 1QR7A 3TSBA 2C19A 3FJLA 3L66A 3NQCA 4LTSA 1WOBA 4O19A 1IF2A 4GUGA 3W7GA 5KZEA 3EXSA 3PB0A 4LVDA 1XBVA 1JUKA 4O17A 1MEHA 1CX9A 2CLOA 2TSYA 1QFEA 3DFNA 4ALDA 1IXPA 3C2FA 5HJLA 5LHFA 4FHAA 3MWAA 1RQBA 1ZENA 5D03A 1FWNA 1VC4A 1G4SA 4FNRA 2I14A 4PFMA 1KBIA 2PRLA 4YMZA 1LBFA 3WJXA 3KRUA 4WZHA 1IIGA 1WX0A 2V9DA 3QSRA 5G2IA 1R2RA 1JQVA 3SIZA 1ME7A 2H3DA 2NUYA 3G0SA 3WJSA 4AF0A 2VOMA 2AAMA 3SR7A 3P8IA 1RQHA 3W2UA 3IIZA 4N9EA 3CEPA 3E02A 4NJKA 1PCKA 3QSTA 3G8EA 4JS3A 3VI2A 3CT7A 1PE1A 4UTIA 3UWVA 2X1SA 3UD6A 1GJPA 3F1QA 1OHLA 3I6RA 1H50A 1JCJA 2ZRYA 4NUWA 2LLEA 3DFPA 5CPOA 4EWND 3QEZA 1T96A 1GVRA 1OX5A 4AHQA 1H7NA 5FI8A 1AW5A 2C13A 1EB3A 1L6YA 1O60A 1TJRA 4EVZA 1K7FA 2A7PA 5CSSA 5GVJA 4O0KA 4DF2A 3U6WA 3UZ5A 4NNAA 4DELA 4UTTA 4GUFA 1ZHAA 2GPTA 3H53A 2P0OA 3DKLA 3BGGA 4O8RA 1GVQA 4NJGA 4ADUA 3EKZA 3G18A 3HIJA 2JKEA 2A1YA 3W1LA 5AC7A 4HKPA 1AL8A 4GNJA 3GNDA 1WYIA 3DI0A 2VEKA 5K2ZA 3G1SA 1O5KA 1UUOA 2CLKA 3TXVA 5D30A 4AHOA 1H7OA 1LYXA 3GXNA 3MJYA 3MUXA 4HPXA 3W75A 1Z48A 3HQ1A 4MKNA 3IIPA 1HO1A 3MI2A 3PBWA 1G4EA 1TTJA 3W71A 4PTNA 4BI6A 2DZWA 3GLCA 4Y9AA 3IIOA 3SFKA 5EBUA 5DBUA 2NWRA 1QMLA 4UFKA 5AC6A 3NAVA 1GVFA 1QO5A 1OX6A 4Y90A 3BK0A 3L0KA 1EP3A 5LNVA 2VENA 2YCEA 1VRDA 3S5NA 3WJYA 3O63A 3TR2A 3S9YA 1GTHA 4RK8A 1TPDA 1QAPA 3TMLA 3FKRA 5I3FA 5LNWA 1XC4A 2CZDA 1TPH1 4KKXA 1XBZA 3ZWTA 3L5MA 3O6CA 3A21A 1TO3A 1MZHA 1O4UA 3FLUA 4LUJA 4ZQRA 4MYXA 2PRHA 1I2RA 4C1KA 1EA0A 4H3DA 3O05A 2QF7A 4O0ZA 3A9IA 1VYSX 4HSOA 4Q4KA 4BFAA 4L4MA 4E38A 4ZL1A 3HOJA 1KFBA 5G2HA 2BTMA 3SSJA 2CWNA 5HUPA 3GKFA 3E96A 4JYDA 4FNQA 3M47A 4O13A 2NXIA 4EF9A 2O7QA 3GKAA 1VPXA 3LRLA 3OIXA 3W7LA 3BG5A 2GUUA 1Q6RA 3A22A 1X6UA 3JRKA 5DBTA 4O57A 1OG0A 1B4EA 1GPWA 4WD0A 3KX6A 1H62A 1TPEA 3RMJA 2J6XA 5AOUA 3PSVA 1SFLA 2WO5A 3N9SA 2A2IA 1W56A 1VYRA 5DCBA 4PL1A 1OJXA 1Q45A 3I65A 3AJXA 1QPRA 1YXDA 3CWOX 1D9EA 1Q6OA 2A6LA 4AHPA 2BX7A 2C6QA 2XN2A 3C52A 3EX1A 2ZZ4A 1EUAA 1A50A 3LTYA 4QIUA 1JCYA 1LRNA 1AMKA 1S5WA 3ZWSA 3S1XA 4Q33A 4UMCA 2NV2A 3G3MA 3QMTA 1FCBA 4LOCA 2QAFA 2CZEA 5G1YA 3B0VC 2A6NA 4JYEA 4S1FA 5F2LA 3L65A 2QUUA 3SGUA 4JX5A 1OF8A 1RQEA 1F73A 5CZTA 3TK7A 1KM4A 4Z0SA 1LM1A 3QMRA 3MP5A 5F4SA 3M5ZA 2F84A 3QW3A 1TYGA 2ZA2A 3BLIA 4IXHA 4OE7A 3UQNA 3P74A 3W7QA 3IGUA 2VC6A 1T8XA 4GBUA 1F6KA 2Z2UA 2ZA1A 1SFJA 1AW2A 3W1TA 1OFOA 3GR7A 2PC4A 3O15A 3TMQA 4JTSA 1LORA 3ZS4A 1F74A 2C15A 1TTIA 1FWTA 4JTJA 2DZXA 4MY8A 1TV8A 1QPNA 1G6CA 1V5XA 3I7RA 2P1FA 1N8FA 3M43A 1BEUA 4Z08A 1R47A 1GEQA 3DFOA 4FX7A 3B04A 1A5CA 3CB8A 2H8XA 3WJZA 3UYCA 1ZFJA 2ABBA 4E2DA 2JGQA 3KVLA 4O1AA 4ZQCA 2FJKA 1RD5A 2HMCA 1KLYA 3W85A 1P4CA 5I3IA 4X3ZA 4Y96A 3LHZA 1QPOA 5DN1A 5L6UA 3GZ3A 3TSMA 4MZ1A 3I7QA 1RV8A 1B57A 4JICA 1HL2A 3BV4A 3W7RA 5DY3A 4Z1DA 1W5MA 1OVDA 2FTPA 3EXRA 4GXMA 7TIMA 3B03A 3P82A 4IX0A 3RLUA 3LV6A 3S8HA 1X8FA 2TRSA 4UXDA 3FA5A 2VEPA 1M5WA 4QAIA 1M6JA 2XFWA 5D32A 3TC6A 4WOZA 3NQVA 1LRTA 3B06A 5F2IA 5HWJA 2CLLA 1JQXA 1UJPA 3NG3A 4IWWA 4JGDA 3W23A 5C5YA 5EYWA 1FCQA 4TO8A 4JIQA 2X16A 2HTMA 4AMAA 3FJ6A 5LNUA 5BW6A 3M44A 4BI5A 4OHQA 3L2IA 1FY6A 3PG9A 1TSIA 2JBMA 2WSYA 1WXJA 4DO4A 1DQXA 3EEGA 2ISVA 3NA8A 3P61A 4GRSA 1H5YA 3BW4A 2PE4A 3UPBA 4J9JA 2WV8A 4N4QA 5C2XA 3HPSA 1TQXA 1K3UA 4O52A 3TIMA 4ZMGA 3HGSA 3A23A 2H6RA 3OBKA 2X2GA 3TDFA 1YTDA 2YPIA 3S5ZA 1VH7A 1AK5A 2RHGA 4LRTA 3W7IA 4DXVA 2A4AA 5SWUA 2VFIA 1OYBA 3W1NA 3PUEA 5H2ZA 3GVGA 1FXPA 3W2MA 3HMJG 3GYEA 5AC8A 3QRHA 3TFCA 5BOOA 1K03A 3TAKA 2BSLA 3E12A 3MP4A 3UWWA 3PBVA 5IBXA 3NQ8A 3KRZA 5EPDA 4DF1A 3FIGA 4GJ1A 3T4CA 4CNOA 1LTDA 3W7JA 5LHEA 3M16A 2ZRVA 1UUMA 3CEUA 4YLWA 3MBDA 4KFPA 5EMUA 4S2BA 3WK1A 1SZEA 4AEOA 2W0UA 3VNDA 3P5YA 1VZWA 1GT8A 4FB7A 5FEXA 2BZNA 2DZSA 1DVJA 4UTTC 2QAPA 2C14A 4LU0A 2X30A 1NSJA 1SW3A 1VLIA 2QCEA 1OX4A 4DF0A 1OFQA 4BI7A 1IXOA 1VCVA 4PCFA 2CFFA 5G1TA 3N34A 2R8WA 4N6FA 2NV1A 3STEA 4M6PA 3G1DA 1GTEA 4JTTA 5LZLA 3CIWA 1XCFA 4X9SA 4JTUA 2Y62A 2FQIA 2ZRZA 1KTBA 2EAWA 3IGSA 4CLMA 5F2GA 2CZ5A 5D2YA 3SW6A 1G69A 1MSSA 2G95A 3B05A 1KFJA 3B0UX 4AXKA 3W7HA 1S3HA 2ZZ2A 2D73A 3TX9A 3R5EA 2Y85A 3GXTA 2VFGA 4JY8A 3R8RA 1H63A 1FWSA 3MHFA 4RKAA 4IPJA 2YW4A 4E2BA 5DLCA 5K9XA 3PAJA 4FXSA 3PF3A 3BLEA 3DU0A 1TTPA 4NNBA 3LHUA 5TQLA 3NDOA 1H7WA 3RNDA 3NQAA 3BW3A 3E0IA 3H55A 4AWUA 1QOPA 3G0XA 1D3GA 1Q6QA 2RFGA 4LVFA 5I3GA 5K4XA 4XWUA 1KM6A 1TPUA 4N9CA 3W1UA 4ZZ9A 5CSRA 1JRBA 4OBTA 4EIVA 4JYFA 1RVGA 4O50A 1G7VA 2B0MA 5FEPA 1LOLA 3NGJA 3UY7A 2QUVA 3T40A 4QJ1A 3DHFA 1FDJA 5D2VA 1TPVA 1DBTA 3TW7A 3L5LA 2RDUA 2BWGA 3S1UA 4AF0B 1SU5A 3A5VA 3H54A 4N02A 1FCVA 1MEWA 5DELA 2GJLA 5AYXA 1SSDA 4IMGA 4QISA 2J9ZA 3QC3A 4GUIA 4LS1A 1HG3A 5FF0A 5CPLA 4NX0A 4IPIA 2CLFA 4RXFA 1HUVA 2H8ZA 3G22A 4DEFA 4AH7A 2A7RA 4IX2A 2V81A 3CPRA 4O16A 5HWMA 4NVTA 4ZQPA 5HNRA 3N9RA 4CNNA 5D05A 3HPZA 1T99A 1GYNA 4CQ9A 4LVGA 3M41A 4O15A 5LGZA 2VFFA 3CU2A 4IMCA 1TMHA 4NZJA 3Q37A 1DKWA 4UFJA 4UNKA 4UUIA 1YPFA 4Y6GA 1SZFA 4UTJA 4EF8A 4X22A 2B7PA 2Q3RA 4IMFA 5DY2A 1A53A 4O11A 3R12A 4FNPA 1TRIA 2V8ZA 5FESA 1XUZA 3HG4A 3NQGA 4OT7A 3MHUA 5DCEA 5H91A 3LCWA 2VELA 3K30A 2HS8A 2YR1A 2WPBA 3LRMA 3VCRA 1DQWA 3G1XA 3FYPA 1JCXA 5DXYA 3RF9A 3FYOA 1S5TA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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