4HKPA

Crystal structure of human orotidine 5'-monophosphate decarboxylase complexed with cmp-n3-oxide
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
256
structure length
256
Chain Sequence
ELSFGARAELPRIHPVASKLLRLMQKKETNLCLSADVSLARELLQLADALGPSICMLKTHVDILNDFTLDVMKELITLAKCHEFLIFEDRKFADIGNTVKKQYEGGIFKIASWADLVNAHVVPGSGVVKGLQEVGLPLHRGCLLIAEMSSTGSLATGDYTRAAVRMAEEHSEFVVGFISGSRVSMKPEFLHLTPGVQLEAGGDNLGQQYNSPQEVIGKRGSDIIIVGRGIISAADRLEAAEMYRKAAWEAYLSRLG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Lyase/lyase inhibitor
molecule keywords Uridine 5'-monophosphate synthase
publication title Novel cytidine-based orotidine-5'-monophosphate decarboxylase inhibitors with an unusual twist.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 95
structure length 256
sequence length 256
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.4.2.10: Orotate phosphoribosyltransferase.
pdb deposition date 2012-10-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4hkpA00
1DORA 4O57A 4LS1A 4XWUA 5CPLA 4FHAA 1ICSA 3TROA 3KFTA 1ZALA 2O7QA 4M6QA 2B4GA 4O8RA 1AW1A 3RF9A 2H3DA 3A23A 2PE4A 3ABQA 3TDFA 4J9JA 5D2WA 1JRCA 4LC8A 5BOOA 1PHWA 4LRSA 5F4XA 3QQ0A 1XI3A 2ATSA 4LVFA 3UY8A 3M5YA 1A5SA 3LERA 3TV8A 3MI3A 3BPWA 3LHYA 3N19B 5D03A 2HTMA 4KWWA 2CLLA 3S1XA 4FNRA 5I3FA 1TQXA 1EB3A 4AF0A 4PH6A 2A0NA 5E0KA 1SO4A 3LM7A 4N9BA 5KINA 1S5TA 1R46A 1V7YA 1F73A 1X1ZA 5HWJA 5AYYA 3W1QA 3W74A 5AB3A 1H7XA 5CZSA 1YDNA 3BGGA 4UTWA 3SR7A 2CLKA 1L6WA 4WY0B 4S2BA 1Z41A 4DPPA 1Z48A 1TV5A 3EKZA 1KTNA 2B7NA 4HNVA 5KZDA 4WX2A 3STGA 4UNKA 1JCJA 3GR7A 5K2ZA 1KFLA 1JUEA 2Z1BA 4GUJA 4NU7A 4PL1A 4B5NA 3DFPA 3V1PA 1WX0A 5D2XA 2QCDA 3F4NA 3I65A 4JGDA 4DEFA 3PF3A 1FWRA 3P84A 1EEPA 1ZAIA 2X1TA 2VFEA 1SZFA 1JCNA 4H6KA 4RZ4A 5I3KA 4WZHA 3HIJA 3FYOA 1TTJA 1UUOA 5A8GA 1TPFA 1A5BA 1GVOA 2OT0A 4RX0A 4DO6A 4ZVJA 2VXNA 4GRSA 3HG3A 2R8WA 1TMHA 5LNRA 4BWLA 2V5LA 5C2XA 4YCOA 4LY8A 5GVJA 5CZ0A 3C3NA 1QO2A 1H7NA 2A6NA 4OE7A 3ZWTA 1O60A 3G3DA 1WBJA 3T7VA 3KVKA 3DI1A 2VFGA 3W7HA 2OJPA 3LB0A 4OT7A 1P0NA 5AHLA 2A4AA 4O50A 5AYXA 1DBTA 5EA9A 4GFSA 1P5BA 1PE1A 4Y8FA 3L5MA 4O53A 5D2YA 2CLMA 4AWUA 4RCXA 1GYNA 3W7DA 3E12A 5D33A 1W5NA 1FDYA 4TX9A 4N2YA 1EA0A 1VS1A 4KFOA 1XBZA 2WOQA 4JTKA 3UYCA 1OF8A 3NPWA 4FX7A 3TQVA 3TSDA 5LNVA 1EP2A 4O10A 4NJKA 3SJ3A 4RZ5A 5K9XA 3L66A 1MXSA 2ZRXA 4LTSA 3AJXA 3NYZA 4HSOA 3VNDA 4CCEA 4K37A 2CFFA 3NAVA 2E6YA 4Z1CA 1VYPX 4NX5A 4GXMA 5AC6A 1S3HA 4PC8A 3EWUA 4EF9A 3VI2A 1FCVA 1S5VA 2OX1A 3NQDA 5BMWA 1KM4A 4UFHA 3BARA 2TMDA 4RXFA 2VC6A 3W1UA 1R2SA 1U5JA 1JUBA 8TIMA 4LV9A 4IUOA 5G1YA 3W88A 3LV6A 3G8RA 1OYBA 3NQVA 4RKAA 1EPXA 1KFBA 3L67A 3TC6A 5FESA 3S9YA 3W70A 2VFFA 3HGSA 3LHZA 4EVZA 3MI2A 5FI8A 5G2IA 5HULA 3BW4A 2EGZA 3MBDA 4GJ1A 2NXHA 4ZQMA 3TUUA 1VJIA 1I4NA 1TPEA 3N3MA 3STCA 1ZJIA 4UMAA 3S5NA 3MP4A 1TQJA 1KLZA 1ZY9A 2W79A 4Q32A 3KXQA 4X2RA 2JKEA 3KRZA 3LCIA 4Y96A 2YSWA 3LGEA 1YTEA 3QH2A 1MSSA 1W31A 2G95A 3IIXA 2VELA 3EWBX 1AW5A 1I45A 2E6DA 1C29A 5HR7A 4ICNA 3IGUA 3HG2A 3DGRA 4GNJA 2C1HA 3N9SA 2C14A 4UTHA 3HG4A 1Z42A 3Q94A 1Q6LA 4HNNA 2C6QA 2QAPA 1TRIA 4E38A 2E77A 4JX4A 2P1FA 3N2XA 4PFMA 3ABSA 4RXGA 1W56A 4OHQA 2QDHA 2EHHA 3NQGA 3GDTA 5HINA 4WJEA 1U83A 3NQ7A 1LDCA 1TTIA 4MLRA 2J6XA 3RLUA 2QDGA 2C15A 2WSRA 4JTEA 5CPMA 2Y7DA 4O54A 5AOUA 4QM1A 3LCXA 5D2VA 3W7CA 3NQCA 2XN1A 5FEWA 1EIXA 4N6FA 4YL2A 1G4TA 4IPIA 3NA8A 4NXKA 4FX6M 4FNUA 3I6RA 4JNMA 3SECA 1OFPA 1DL3A 1AL7A 5KZMA 3N2MA 4LOCA 1NEYA 4JXCA 3LI1A 2CLOA 1PS9A 3PG9A 4Z1BA 3JS3A 1VHCA 3JR2A 5TBOA 5F2IA 3H54A 3PBVA 1FDZA 4IMFA 1XM3A 5F2MA 1W54A 1W8SA 2VENA 4TR9A 3STEA 2CW6A 3UWVA 1ADOA 2ZBTA 3H55A 1G69A 1J2WA 1G4EA 1H5YA 4O11A 3HQ1A 4AMAA 1CI1A 3B03A 3W2UA 5FF2A 1JCYA 3PR2A 4MOZA 5AFDA 5TQLA 2GVJA 5CZJA 1E51A 5L6UA 4JY9A 2AQWA 1XXXA 4JYFA 1HO4A 3TCEA 3L0NA 3O06A 1FY6A 2DORA 3A24A 1LBMA 1M7PA 3KX6A 3CIXA 3PWAA 3IIVA 3TR2A 1F05A 3FFSA 3LRLA 3BLIA 4HSNA 3RFAA 4EF8A 2GPTA 3O16A 2R94A 1K8YA 4PA8A 2QUVA 5G5IA 4ZMGA 4TMCA 4OV4A 3M43A 3UNDA 3DBPA 2I9EA 4H4IA 1LLZA 2FB2A 3BG3A 4S2CA 2FLIA 5I3JA 2QAFA 4IWWA 4WOZA 3BV4A 5HR6A 1K7XA 3SI9A 2YW3A 4RV8A 2J88A 4ALDA 4NQ1A 3PB2A 3NQ8A 5KITA 3RMJA 2QCGA 5J5DA 5LKYA 3LBCA 4FNPA 3HJZA 1TPWA 3O63A 4O12A 3G0XA 2C13A 5CSRA 3RNDA 3G18A 4WXYA 3HB9A 3LCGA 1TPC1 1B4KA 4C1LA 4PODA 4HPXA 2GVLA 5G4EA 3RK8A 4WQ6A 1XUZA 3M1ZA 3KRUA 1IXOA 3QMRA 4JTIA 4KWVA 5AHFA 1FWTA 1GT8A 2IQTA 5DBTA 2Z6IA 1QMLA 3O6YX 2QJGA 1XFBA 3W75A 3FOKA 3OVPA 3GNNA 3IIZA 3M7WA 4FIRA 1FX6A 1A53A 5D02A 1W5QA 2H8ZA 4TU1A 1GTEA 3PAJA 3KAOA 3GDRA 1YDOA 2RDWA 4RR4A 2A7PA 1TPH1 2E68A 4I7WA 2G97A 3W2JA 4Q33A 1Q3NA 2V2HA 2W0UA 4QSHA 4LS0A 4K8EA 2ZRUA 1YADA 1KM1A 4FX8A 4A29A 3R5EA 3QYQA 1XBYA 2DZSA 3A5VA 3NQ6A 3V75A 2GJNA 3EX6A 5AYZA 1AW2A 3NZ1A 3NNTA 2J27A 2QKFA 5AHNA 1MZHA 4ZZ9A 2O7SA 3QRHA 2EF9A 3WJWA 3L65A 3DKJA 4UTTC 1G6CA 2TPSA 2ZCGA 1OX4A 2E09A 1A5AA 1UBSA 5F1VA 1W0MA 4UTLA 5FEXA 1SZNA 1PHQA 3WJYA 1Q6RA 3SFKA 5DXXA 1O5KA 2JK2A 2PCQA 2C19A 4UR8A 3FEMA 3PUOA 4DO4A 4CNPA 1C9DA 3NM3A 3MMTA 3KVLA 2FPYA 1Y0EA 2NV1A 3B0PA 4L4LA 4MPQA 2DZWA 1O94A 3B04A 3W7MA 3HMJG 4LU0A 3HGRA 1JCMP 1OX5A 2UV8G 2CZFA 2E5BA 3TFCA 4JTGA 4X3ZA 1K8ZA 4IPJA 3L21A 4NNCA 3QQ1A 5F2GA 1B57A 1UJPA 2V81A 1B9BA 3UQNA 3IVSA 3DKLA 4I7VA 2TSYA 5K9CA 3ABRA 3E96A 4QAIA 5F1UA 1TTPA 3QEZA 2NUWA 3MO7A 4Y9AA 3UWYA 2ZZ7A 1KM5A 3GKAA 3NG3A 2VEPA 3LRMA 2QEZA 4Z08A 1HTIA 5EKYA 4MYAA 2PRLA 1OFQA 2DZVA 4O14A 5HQEA 1BEUA 1JCLA 3BVJA 4RZ6A 3QPYA 4Q4KA 2DZPA 3LDVA 1EUAA 4EIVA 4JEQA 1TV7A 3WK1A 3QSRA 2QF7A 4ADSA 3UXAA 4JN6A 3W7IA 4FXSA 3N73A 1W5PA 3C0JA 2HS6A 3W76A 5AC7A 1AK5A 1G7VA 4DPQA 1M6JA 3W7KA 4K8HA 1GTHA 5DY3A 3LOTA 2WV8A 2YR1A 1WOBA 4IOTA 3UWWA 1KA9F 4UFKA 4UFIA 1W3IA 3W7NA 2VEIA 1KV8A 2A85A 1GG1A 3VE7A 2X2GA 4AWTA 5FF0A 3NGJA 4L4MA 5DXYA 3CM4A 3DFNA 4UC5A 5LGXA 1DV7A 2R91A 1H62A 2I1OA 3PSVA 2KZHA 1SZGA 3NM1A 3W1TA 1YXCA 3MP5A 4K7YA 4EOUA 5IBXC 3PUDA 1DQWA 4JTLA 3VCRA 2TYSA 1YTKA 3SZ8A 3TNOA 1PV8A 1VLIA 3EX1A 2XN2A 3VFLA 1TO3A 4FNQA 3G1VA 1WBHA 5U7SA 3GXNA 2Q3OA 1S5WA 3P8IA 3UY7A 3GDKA 1X7FA 1JCXA 2YPIA 3IIPA 1DKWA 1DHPA 3E9AA 3W1MA 3P61A 2DZUA 1F6PA 5HWMA 4XBKA 2YDAA 1T99A 2YFNA 1O5XA 4AHPA 5CPNA 3ZFHA 2ZDRA 4YMZA 4O0KA 3K30A 2P0OA 1I2QA 1THFD 4O1DA 1SW7A 3O1NA 2PRHA 4FXRA 3MYPA 5EMUA 2ZZ1A 3RLVA 1OFBA 3PG8A 3W71A 2Y70A 3DHFA 4WY0A 3HPXA 4FB7A 4JTSA 5E1QA 3B0VC 4LVDA 4O15A 1F7BA 3LX9A 1I2PA 3OHIA 4GUHA 4CNNA 3NPVA 5T26A 2V5BA 2Q8ZA 1LTDA 2HSAA 3CHVA 4KKXA 4A21A 4MVAA 2GUUA 4O52A 1A5CA 1SFJA 5LSMA 2V82A 1KFEA 4XKYA 4MJMA 2FIQA 3TKFA 2YW4A 4JTHA 1SO3A 1FWSA 3NZRA 3U6WA 1D3HA 4MZYA 5EYWA 1I2NA 1SR9A 1VC4A 1ZFJA 3C2EA 3NQMA 2QCNA 2Y85A 1EP3A 2Y61A 1WAUA 4K39A 1EP1A 1SW0A 2Z0IA 1UCWA 3W86A 1V5XA 1TB3A 4IX2A 3MHUA 1GVQA 3PVFA 4P2VA 2BX7A 4RLIA 4CLMA 1SSDA 4YWIA 1PCWA 5IBXA 1NAL1 5DCDA 4GUGA 3M16A 1EWEA 1TRDA 4YXGA 4MY1A 1TYGA 1SFLA 2ALDA 5G2HA 1OJXA 3O8AA 1LBLA 3MP3A 3TW7A 1HO1A 3BLEA 1ALDA 5CKSA 4UTKA 4JY8A 1YXYA 3LTPA 3WK0A 1ME9A 3T4CA 2A2IA 3A5FA 1SO5A 3NQAA 4QISA 1OK4A 3W7PA 1C8VA 6TIMA 3I7SA 4OBTA 2EKCA 4GUFA 4JR5A 1NFBA 2LLEA 2F7FA 5D05A 4UNLA 1TPUA 2NUYA 2X16A 4N9DA 2WSYA 3L5AA 4N4PA 1P1XA 2EAWA 2ZFAA 2J24A 2G96A 2A7RA 3MI6A 2DZTA 3A9IA 5F4WA 5LNUA 1GYLA 1LRNA 1P0KA 3R13A 4M6PA 1SO6A 2P10A 4NUWA 3PBWA 1WV2A 1W3NA 5E93A 2B7QA 1X1OA 3C2OA 4TIMA 5EBUA 3GZ3A 3KVJA 1NSJA 3HBLA 4FEZA 4Z0SA 1Z44A 4NNAA 4BI5A 3EWZA 3UWQA 4M7SA 4ONVA 1FWNA 3GDLA 4BFAA 3SGUA 1MO0A 1KLYA 4JDBA 1XBXA 2QCLA 1FUYA 3UPWA 1KFKA 3ELFA 3S1VA 4M5PA 3TE9A 5LHEA 2H3BA 1ML1A 3DU0A 1YTDA 1ZCOA 1H60A 4NJGA 4MZ8A 4MJZA 5DBUA 2GVGA 2ISWA 3WK2A 1M5WA 2NX3A 3C4UA 3EX3A 1RQHA 4JICA 3LCHA 2GOUA 1TPDA 2FB3A 3CPRA 1TCDA 2YXGA 1GG0A 1BTMA 1FBAA 1L2UA 1FCQA 1WDWA 2FPTA 2QCMA 1KV5A 3G1SA 2YGYA 3NEVA 5K9DA 4BI7A 3DFSA 1H50A 4LC6A 1GVSA 3P60A 2XFWA 4IMGA 1KBJA 2NLIA 2VFDA 5BMXA 5HJLA 3ZR4A 3G1XA 1TJRA 4K7VA 4HNUA 2I14A 2PURA 4JTJA 5BRBA 2PRMA 1D9EA 3CEUA 1H61A 2YZRA 3WJZA 4JTFA 1QDSA 4E2BA 3WFAA 4XUGA 4E0CA 4O18A 4EWND 3TQKA 5KZEA 1QPRA 3M5VA 4JX5A 3N14A 5CGQA 4DF1A 1OFEA 4ZL1A 5AHMA 1JQVA 4PEKA 4MKNA 4YLWA 3DZ1A 2QCFA 1K02A 2TRSA 2Z2UA 3T78A 4Z1DA 4KFPA 4WY0F 3W2MA 2ZRYA 1AL8A 3O07A 4X9SA 2QJIA 2ZA3A 3D0CA 1R2RA 4JX6A 4MYXA 2A21A 2Y89A 3G1AA 1QAPA 1YLVA 3IIOA 4AWSA 4IMEA 2WNZA 3NPUA 3SIZA 2NZLA 3W7GA 4MFDA 4UFJA 4DELA 3CWNA 4ML9A 1QCWA 2V8ZA 3QC3A 2E5DA 2G5WA 3W85A 4QITA 1G4SA 3EXTA 5K4ZA 4MIMA 3W3OA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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