4IUOA

1.8 angstrom crystal structure of the salmonella enterica 3-dehydroquinate dehydratase (arod) k170m mutant in complex with quinate
Total Genus 97
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
97
sequence length
259
structure length
259
Chain Sequence
NLYFQSNAMKTVTVRDLVVGEGAPKIIVSLMGKTITDVKSEALAYREADFDILEWRVDHFANVTTAESVLEAAGAIREIITDKPLLFTFRSAKEGGEQALTTGQYIDLNRAAVDSGLVDMIDLELFTGDDEVKATVGYAHQHNVAVIMSNHDFHKTPAAEEIVQRLRKMQELGADIPMIAVMPQTKADVLTLLTATVEMQERYADRPIITMSMSKTGVISRLAGEVFGSAATFGAVKKASAPGQISVADLRTVLTILHQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords 3-dehydroquinate dehydratase
publication title Crystal structures of type I dehydroquinate dehydratase in complex with quinate and shikimate suggest a novel mechanism of schiff base formation.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
total genus 97
structure length 259
sequence length 259
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.10: 3-dehydroquinate dehydratase.
pdb deposition date 2013-01-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01487 DHquinase_I Type I 3-dehydroquinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4iuoA00
1SSGA 2ISSA 3NR0A 2HS8A 3UPBA 4UFMA 3SECA 1YTKA 1JUKA 2E6AA 3MI2A 4O0KA 5HUOA 1KFJA 1Q45A 2E77A 3G8RA 4RZ4A 1W3IA 1LROA 3DXIA 3P81A 2QDHA 1YDNA 4AB4A 3M0ZA 5G4EA 3BLEA 4FF7A 1I2OA 2H8ZA 4LW7A 4MZ8A 3TH6A 2E6DA 4Z1BA 3P5YA 4MUZA 1OFDA 2ZZ6A 1LLWA 1A5BA 3LCGA 3W73A 5FF3A 2GUUA 1CI1A 3MI3A 4NXSA 4W9TA 5AHMA 4LV4A 1UUMA 3M7WA 3N34A 1QCWA 3BVJA 4UR8A 5DBUA 4AH7A 2YGYA 4WOQA 2NWSA 2WSRA 3W7RA 4CNPA 4DPQA 3GVGA 4OV4A 1DOSA 1W5MA 3LHVA 3LHYA 3QSTA 4UTWC 3F1QA 5BRBA 3DAQA 3KOFA 3E02A 1FDJA 2E09A 3NG3A 3EWXA 3NQMA 3NQEA 4O15A 4AAJA 3HB9A 3S5OA 3LB0A 3QMRA 1WXJA 2D73A 1TRDA 1SO4A 1MSSA 3M43A 3DZ1A 1TMHA 2FLIA 3S9YA 1SO5A 3I7QA 1OF6A 3PSVA 2WSYA 3QM3A 2GQAA 2QCLA 3S1VA 2ZCGA 1QOPA 3W2KA 3W74A 1TJPA 2Z6JA 2QCEA 3DGRA 4KWVA 3T55A 3WK0A 4AVFA 2HMCA 3O8AA 2DP3A 1C9DA 2OJPA 3UY7A 4O4VA 2RFGA 4BI5A 4JTUA 1NSJA 1W5PA 4UTHA 1FCBA 2P10A 3I6RA 3IIPA 4P61A 4GUHA 3NPVA 3MI6A 4MOZA 1VS1A 4O28A 1F6PA 1BWKA 1RZMA 1X6UA 2VOMA 3P67A 5D33A 3BG9A 1VGAA 2O7QA 1WOBA 1N7KA 3MHFA 1B4EA 2HSAA 2QCFA 3NVTA 3NQDA 4IGHA 5I3JA 3HGJA 5BOOA 2PCQA 5AHNA 5EA9A 1WA3A 4RXFA 1JR1A 3NM3A 5KINA 3G1AA 2EPHA 3PB2A 2NUWA 1EUAA 3EWUA 5F1UA 3G1VA 3HG3A 4LS1A 2DZVA 3UNDA 4HNUA 1EIXA 2GVJA 5G1YA 4AWUA 3TA6A 1I4NA 4NZFA 2V82A 3TMLA 4E2BA 4O50A 1S5TA 2X2GA 1XL9A 2ZZ2A 3LTSA 3LCFA 1DQWA 3IVTA 3WK2A 4ZQPA 5G4WA 4AXKA 4O16A 4Y6GA 1TPWA 3ELFA 4GC4A 4EVZA 3LERA 1EUNA 3QQ0A 1K3UA 3S5NA 1BKSA 1OJXA 3DKLA 2QJHA 3EXRA 5C6MA 4PL1A 3TJLA 3MBDA 1PHQA 4JN6A 2KZHA 1I2PA 1RQBA 4MY9A 1GYNA 2JKPA 3KX6A 1OFEA 3VFLA 4G1KA 2RKXA 5TBOA 2ZA2A 2YDAA 3NPUA 3HPZA 4NNCA 2TMDA 4WOZA 1W3TA 4AHQA 1KM0A 1LYXA 2PRMA 4GFSA 2PRHA 2V2DA 3NL3A 2CZEA 4FNPA 1XUUA 3GXNA 1KFLA 5FF0A 5AYZA 2ZZ5A 2W79A 2XFWA 3QYQA 1HTIA 3G3MA 4PL2A 5KSWA 1Z48A 4QIUA 3F4NA 4IQLA 3STGA 2VENA 1PV8A 3DFSA 2NUXA 1MO0A 5G1TA 3R13A 1FXPA 2C18A 1YPIA 3RNDA 1VC4A 1GQNA 2GQ8A 2YYUA 2RDWA 5I3FA 4R53A 1EWDA 3W1MA 2VFFA 3M5ZA 2WPBA 3N2XA 3DHFA 4MJMA 1GEQA 3TK7A 2TSYA 3UWVA 3W76A 4RZ6A 1H62A 3HG5A 1VJIA 3ZWSA 4EF9A 2V8ZA 2BWGA 4BI6A 5FEWA 4O0ZA 1J4EA 3RLUA 2ATSA 3C2VA 4BWLC 1G69A 2GOUA 5HUPA 1G7VA 4L4LA 3O1NA 3VI2A 1K7FA 1LRQA 1IIGA 2VEIA 1XCFA 2A2IA 3FA5A 3TSMA 3T7VA 2BX7A 1HO1A 1A5CA 2J6XA 4JX4A 1K03A 1P0NA 3NQAA 5E93A 3AJXA 1TTPA 5LNSA 1X7FA 4RXGA 2ZRVA 4XUGA 1F5ZA 3A21A 4B5NA 4K39A 5K4ZA 3B06A 1K8ZA 3TU9A 3QPYA 4UR7A 4NUWA 1XM3A 1KLYA 5AHIA 2WSQA 1U5JA 3QMSA 3LHTA 3HGSA 3NPWA 1LRNA 3FFSA 5U7SA 1WDWA 3P62A 4LU0A 4JXCA 4ZVJA 4CNNA 5D03A 5GVJA 3SFKA 3W2JA 5K4XA 1W5OA 3CM4A 1UBSA 1L6SA 5ABTA 2A4AA 1TTQA 4FXSA 2FPVA 2NX9A 3QFEA 2C19A 3JRKA 4KFNA 3U2OA 3RFAA 3P8IA 1AW2A 3DI1A 2VFIA 5L9FA 4GRSA 3LTPA 4PC8A 3WJZA 1VCVA 2Q8ZA 3W85A 1PE1A 1QNVA 1W8SA 3QW3A 5CSSA 4ORMA 1W3NA 2P0OA 3QJAA 2R91A 5CZJA 1CX9A 2CZDA 2Y70A 2C0AA 3GNNA 4M7TA 3Q2DA 2Y62A 5H2ZA 1KTCA 4XBKA 2C15A 2AAMA 4BFAA 1TRIA 4JR5A 4S1FA 3W7GA 4ADUA 4HPJA 4FX6M 1WBJA 2W0UA 1HO4A 5DN1A 4JYFA 2DZXA 5IM51 3THAA 5IBXC 1H51A 2WO5A 2E6YA 3MYOA 2NX1A 2R14A 2CLOA 5CGQA 2OT1A 3FEMA 4RR4A 1I45A 5DY2A 3KVJA 2BZNA 1F6KA 4UTIA 4AF0B 3W84A 6ALDA 1QMLA 3USBA 1V5XA 3EX1A 1XKYA 2BTMA 2B7PA 3QH2A 4AF0A 2Y88A 5TQLA 2ZZ1A 4N9EA 1PHWA 2DZSA 2QJGA 3LXAA 1ZAHA 3IIOA 4LRTA 4CCCA 3GB6A 1R2TA 3FIGA 1TTJA 2ZZ7A 3LCHA 2J9YA 3M5YA 1HL2A 1JUEA 3GAKA 1TV5A 1O60A 3W3OA 1O5XA 3IEBA 4GNJA 4PODA 4S2BA 3B0UX 4K8HA 4M19A 5EKYA 2J88A 4ALDA 3TXVA 4QITA 1NFBA 3MP3A 1SO6A 3BG3A 1OFBA 2YYTA 3IVSA 2GJNA 1QPRA 4YMZA 5AHEA 3HGOA 1P5BA 3TFCA 1KBIA 1F76A 4YXGA 3IIXA 2JGQA 2Y89A 1ZHAA 3TFXA 3KHJA 4H6KA 3ABQA 2FQIA 3NQCA 4IX0A 1EPXA 4M5PA 3BW2A 5LHFA 1OYCA 3D0CA 3UWYA 3Q94A 1OK4A 5DCBA 4TO8A 2ZTJA 3BO9A 3QEZA 3Q58A 1FXQA 3JS3A 2X16A 5SWUA 4JX5A 1LM1A 3N9RA 2BSLA 4K37A 2C3ZA 3IVUA 3TC7A 4KKXA 1L6WA 2VEPA 1L2UA 1KA9F 3E0IA 1ML1A 3G1FA 2QR6A 4CNOA 4K8EA 4Z1DA 4Z0JA 4ZQOA 1A5SA 3STEA 1KW1A 4IX2A 4Y8FA 5KITA 3DBPA 2GQ9A 3W7JA 1G6CA 1JQXA 1EA0A 1PCKA 1ZY9A 3G22A 3UZ5A 2DJLA 4JY8A 4WX2A 3H54A 1ZCOA 1Q6QA 4JICA 3NQ2A 4WZHA 3W70A 2YZRA 3QPZA 4JTSA 2Y6ZA 4CQAA 5AYXA 4X3ZA 1R30A 1F74A 1TB3A 3A23A 3VE7A 2CLMA 5LSMA 4UIOA 2J27A 3GAYA 1LOLA 4NU7A 4LRSA 3TQ0A 4FO4A 4UMBA 4D2JA 2JGYA 2H6RA 3R89A 5HNRA 5CZSA 2WJZA 3W7HA 4CQ9A 1G4EA 3UXDA 2X1UA 2ZRUA 4IPJA 4LWWA 3UD6A 3YPIA 3ZFHA 4H3DA 1QFEA 4MFDA 4UTLA 4MJZA 1OYAA 2YFNA 3L65A 4DBEA 3WJXA 4GBUA 4JEQA 1GG1A 3HJZA 1Q6LA 1TPC1 3NGJA 4TMBA 2RHGA 3CWOX 3B05A 3M5VA 3DFQA 2VEMA 1RD5A 5LGZA 2YW4A 1PIIA 3Q37A 5DBTA 1TPEA 4I7VA 3L5LA 4I9AA 1FWWA 3CT7A 5BMXA 1Y0EA 3C3NA 2IQTA 5CZTA 1LORA 1FWRA 3HG4A 4O1DA 2JK2A 3NZ1A 3NQ8A 2QCCA 4GUFA 1QO5A 2GVLA 4PA8A 4LVDA 1GOXA 1OHLA 2H90A 3MMTA 2ZRYA 4WD0A 3W7KA 3PBUA 4R33A 4UXDA 1G4SA 3GNDA 2C1HA 3IIZA 1SW0A 3W1UA 1OYBA 1VRDA 3PUEA 4JIQA 3NEVA 1NVMA 4DO4A 4XQ6A 3GXPA 3ZR4A 4LC8A 2ZRZA 4N02A 4FNQA 2Q8LA 1M5WA 2E68A 3BG5A 1AG1O 1GVSA 3M1ZA 1FY6A 3GDLA 3CIWA 1DL3A 4O8RA 2R94A 2FB3A 1SR9A 2ISWA 3RLVA 2ZA3A 1W54A 1W5QA 5C55A 2QUTA 3B0VC 4NNBA 5F2IA 3NQ6A 4UTTC 1KFCA 1U83A 4O10A 3EB2A 2A21A 1M7OA 1T96A 5EBUA 3L5MA 4IUOA 1QPOA 2Y85A 3QZEA 3TCEA 1HG3A 1AK5A 5F1VA 1ALDA 3TROA 4JNMA 2G96A 3DFNA 3N9SA 2V2CA 1YPFA 3BLIA 3W75A 3F03K 1TPDA 3GDRA 1ME8A 1H61A 3I7RA 3W1TA 4JS3A 2EAWA 4ADTA 1T99A 3L5AA 3LBMA 1ADOA 1LBMA 5T26A 4LVFA 3LXBA 1VYRA 3FYOA 3MHGA 4WUIA 1FQ0A 3LCXA 1UJPA 1WV2A 3C2RA 2DU2A 4UNLA 1R2RA 4O18A 3F4WA 5D32A 1JCYA 1F2JA 1TSIA 1PVNA 3WJYA 1AW1A 4RLIA 4GUIA 1IXNA 5I3KA 1DV7A 1VCFA 1O4UA 4NNAA 4YCOA 4K38A 5F4XA 3LV6A 3G1DA 1KM5A 2E5DA 3LXCA 3PF3A 4RCXA 1TYGA 4O53A 3CTLA 3H53A 1TREA 4LUJA 3PUOA 3G1HA 4BI7A 3OBKA 3HOJA 5EY5A 3CWNA 3OHIA 3VKJA 3S1UA 3U8GA 2QCNA 3NYZA 1I2QA 2ZZ4A 1DJNA 3WJSA 5AYYA 2QDGA 2FPYA 1SW3A 5HWMA 3ATYA 4FIRA 1LDCA 3OVRA 3QQ1A 5K7JA 4ZQCA 3FS2A 3L9CA 1ME7A 1XXXA 1VCGA 4C1LA 1OFOA 3GXTA 1R46A 1X1OA 1NAL1 4NZJA 1DVJA 4MFEA 4O19A 2ATMA 4A21A 4WXYA 3PY2A 4EOUA 1JRCA 4AHPA 4BR1A 2H3DA 4OQVA 2VFHA 3W07A 3M9YA 3WK3A 4A22A 3I7SA 4E2DA 2V2HA 3PR2A 1W1ZA 2DORA 3C6CA 3L67A 3MP4A 1BEUA 1C8VA 3TNOA 1OVDA 2QAPA 3LLDA 4FXRA 1NF7A 3W86A 3O6CA 4UTMA 3U6WA 3AO0A 3W71A 2CZ5A 1EP1A 2CWNA 3KRSA 4HPXA 4MYXA 3UXAA 5LNUA 5K3VA 3TQKA 3W2LA 3LRMA 3PG8A 3MBFA 4R7JA 3EX3A 4DF1A 2RDTA 1TV7A 3R2GA 3O6YX 5AOUA 3R5EA 2CLFA 1ZENA 4O1AA 2A6NA 5HULA 1DJQA 4GE8A 3W88A 4UTUA 1OFRA 2J24A 1K8YA 1QDSA 1XUZA 3CEPA 3IGXA 4ZQMA 4UTJA 5AN7A 1Q6OA 3TAKA 1SSDA 5EMUA 1ZAIA 4DF0A 3W1AA 3M47A 1K7XA 4JY9A 3UZJA 4AWTA 3WJWA 3SY5A 1ICSA 3LOTA 2O7SA 3R12A 3S0CA 4O17A 4ML9A 1TCDA 2CLHA 2FPTA 4OGZA 5DELA 1EWEA 3EXSA 3P61A 3GYEA 1I2RA 1KM2A 3BPWA 4FIQA 4ZQNA 4JDBA 1G4PA 3GDKA 3W7PA 2C6QA 3FKKA 3BLFA 2F7FA 3TW6A 2QAFA 3O15A 3PBVA 1NF0A 5EPDA 1P1XA 3W1PA 3OG3A 4ORIA 3TJXA 4WQ6A 3P5ZA 3UQNA 3A22A 1SO3A 3DFTA 1GVFA 4N6FA 2ABBA 1ZALA 1UB3A 3NDOA 1TPFA 3HPSA 2I9EA 1JCLA 5BMWA 2ISVA 2ZQ0A 5HMSA 4A29A 4OV9A 4JTJA 3W87A 2PE4A 3W7DA 3W2NA 1HUVA 2XN2A 4YLWA 3VNDA 2V5BA 3S5ZA 4UUIA 4Y9AA 3M6YA 4AWSA 3L68A 1YLVA 1XBYA 1WOAA 1FCVA 1B9BA 3S6DA 3W7QA 3NXFA 3STCA 4XTIA 1KFKA 1E51A 4NQ1A 4RJEA 3W7NA 1IXPA 3A5VA 1HFBA 2ZTKA 2WOQA 2X1SA 3KFTA 4DQWA 4HNTA 3GR7A 2PURA 4QJ1A 3SIZA 1FDYA 1FCUA 4FNTA 1A50A 4K7VA 4TX9A 3E49A 1TTIA 2DZTA 4DELA 5G2IA 1P0KA 1JVNA 3DFPA 5KZEA 2YCEA 5AC8A 3UWUA 3B4UA 1W37A 1KM6A 3DH7A 3BV4A 3PWAA 4NXKA 3BW4A 1QOQA 4IXHA 4DO5A 4WXZA 1QPQA 1OX5A 3FYPA 4YCPA 1KV5A 1OK6A 4E0CA 3CC1A 2OZ0A 5I3IA 2FDSA 3NA8A 5LNRA 4GXMA 1IXQA 2EF9A 3B03A 1YTEA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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 3GDT A;  3SW6 A;  4UNK A;  1F73 A;  4WY0 A;  2J9Z A;  3SGZ A;  3S42 A;  4O54 A;  4C1K A;  4QSH A;  3ABO A;  1G67 A;  5CPO A;  1XI3 A;  3S1X A;  3LGE A;  4Z1C A;  8TIM A;  1SW7 A;  3FKR A;  5D2X A;  1AMK A;  2NXH A;  3W22 A;  2TPS A;  4NX5 A;  2F84 A;  1TO3 A;  4XBS A;  2HTM A;  4UFL A;  3T44 A;  5C54 A;  3EWB X;  5F2G A;  4UMC A;  1YDO A;  4YWI A;  2A1Y A;  3HQ1 A;  4PFM A;  2A7P A;  4JIP A;  1GZG A;  2YFO A;  5HIN A;  1GYL A;  1WX0 A;  1OFP A;  3MJY A;  2QUV A;  1H63 A;  1FWS A;  2FB2 A;  2NWR A;  3TW7 A;  3L66 A;  3NNT A;  3KRU A;  3V75 A;  3P8J A;  5K2Z A;  3EX2 A;  3UY8 A;  2VC6 A;  4I7U A;  1OF8 A;  3P7Y A;  1SZG A;  3TV8 A;  1JUB A;  4GUJ A;  5K9D A;  3PUL A;  4CLM A;  3O16 A;  2AQW A;  3V1P A;  1LOQ A;  3LRL A;  5LNV A;  1GG0 A;  2Y7F A;  5KMY A;  2TRS A;  3LV5 A;  3QSR A;  1Q3N A;  3PB0 A;  4POC A;  1ONR A;  3EKL A;  3P84 A;  2E5C A;  4AMA A;  5LZL A;  1FDZ A;  2W6R A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2HS8 A;  2VCB A;  3GUG A;  4HA4 A;  1ITX A;  2D69 A;  2Z26 A;  3G8R A;  1W3I A;  2QDH A;  4OUI A;  1YDN A;  3W01 A;  1AQH A;  3M0Z A;  2VWT A;  3TLQ A;  2E6D A;  4Z1B A;  3P5Y A;  5GJN A;  1EF3 A;  1S39 A;  1LLW A;  4B5W A;  2GWG A;  4IFK B;  1EGZ A;  5BYW A;  2RJH A;  3BIC A;  4HU3 A;  2I9U A;  5LXX A;  4ERA A;  3N34 A;  1QCW A;  4HPH A;  4WOQ A;  3W7R A;  1W5M A;  3LMY A;  4KS0 A;  5I5R A;  1TV4 A;  3HTW A;  4H9U A;  3DAQ A;  3LY0 A;  4PYS A;  1FDJ A;  3TYZ A;  1X96 A;  3P93 A;  4O15 A;  4PUL A;  1MW3 A;  3HB9 A;  1EL3 A;  2OR2 A;  1W9D M;  1TRD A;  4XBJ A;  1SO4 A;  2RGL A;  2FLI A;  1W32 A;  3WLL A;  5HK4 A;  3PSV A;  3QM3 A;  4D9P A;  3IAR A;  2Z6J A;  4QGC A;  3WK0 A;  2HMC A;  1XLA A;  4IMA A;  1PTA A;  4CNS A;  1Q85 A;  1UKS A;  3WD1 A;  2DVT A;  4RNI A;  2Z7G A;  3NO3 A;  3RYS A;  3A47 A;  2QJM A;  5A8Q A;  3CWH A;  4NZC A;  2P10 A;  1UIP A;  4GUH A;  4IQE A;  1UD8 A;  1X6U A;  3QPE A;  1WOB A;  3H2N A;  1SJB A;  1HKW A;  1H49 A;  2QCF A;  3LNP A;  3NQD A;  1HGY A;  1S38 A;  4GC3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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