4LC6A

Crystal structure of the mutant h128q of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with the inhibitor bmp
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
222
structure length
222
Chain Sequence
DVMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSQPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDLLNP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase/lyase inhibitor
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
publication title Crystal structure of the mutant H128Q of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from Methanobacterium thermoautotrophicum complexed with the inhibitor BMP
rcsb
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus 85
structure length 222
sequence length 222
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2013-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4lc6A00
4FNPA 1J4EA 1NF7A 3EXRA 4Z08A 2ZZ1A 3NPXA 1HO4A 2WNZA 4JIQA 3CU2A 2DJLA 3SECA 3S9YA 1T0OA 3P60A 5H91A 5GVJA 1RZMA 1DVJA 3B03A 4QNWA 2DZTA 3YPIA 3DENA 3TA6A 2ZA2A 3W7RA 4IX2A 1SZNA 4JTLA 5KZMA 3D0CA 3RLUA 4FXSA 3QM3A 1EP3A 5FEWA 3MHUA 4NXKA 4MOZA 4MVAA 2A6LA 4O17A 4PL2A 2EAWA 2OMAA 1TV8A 3HBLA 1WAUA 3EXSA 2NXIA 3TJXA 5AHMA 1H62A 5LNUA 4UMCA 1V7YA 3MJYA 1ME9A 1EPXA 3GXTA 2NZLA 3NQAA 4A2SA 1F76A 1FWRA 1DJNA 3W7NA 2C1HA 1ZAIA 4LV4A 4AWTA 3CQ0A 4UUIA 4EOUA 3GDRA 4A29A 4RLIA 3QPYA 1NAL1 3ZR4A 4JTUA 3R89A 3G8RA 1W5NA 1H1ZA 4IMGA 2Y7GA 5KMYA 3QPZA 5CPOA 2Z6IA 1SZFA 3W2JA 3TKFA 1SO5A 3FFSA 1X8FA 1SO6A 1WYIA 4JICA 3NQGA 4FX8A 5A8GA 2C18A 3QRHA 2A85A 4MY9A 3KVKA 1PVNA 1TRIA 4N4PA 3W2LA 1KW1A 1ZCOA 3A24A 3L68A 1KTCA 4CQ8A 1Z41A 5AB3A 4OHQA 1ZAJA 3P82A 3PR2A 3QJAA 3LTPA 4DELA 5KITA 3G0UA 3Q58A 1KBJA 4JS3A 3IGSA 5C2XA 4O12A 1THFD 3CWOX 1XBYA 4ZQRA 4N6EA 1KA9F 3L0GA 4I7VA 4QIUA 4Z0JA 3NR0A 4AHPA 4O15A 3W73A 3QMSA 2X2GA 3KOFA 3QYQA 4P2VA 3UY7A 3WJXA 1QCWA 3W7QA 3HMJG 5HR6A 1JCMP 5BRBA 4ZQMA 3CIWA 3NQVA 3BARA 1VCFA 1MSSA 2DZWA 5EPDA 1P5BA 3M41A 1H7WA 3AJXA 3H54A 3QW4B 4O50A 1HUVA 4JTSA 5AOUA 2NWSA 5EL1A 1W5QA 5LNVA 1L6YA 2JGQA 4LUJA 3IGUA 3HG4A 3LB0A 3LLDA 3N34A 4MYAA 1NEYA 3MMTA 3NDOA 1DQXA 1OFBA 4RR4A 1L6WA 3TAKA 3S5ZA 4GWEA 2H8XA 1VHNA 2GOUA 5FESA 2J88A 3W6YA 1GJPA 4FEZA 1M7PA 2Q3RA 3NM3A 1N55A 1TV5A 1VGAA 3S42A 2HMCA 5LGXA 2YPIA 1SW0A 3W7CA 3N9SA 3LI1A 2X30A 3ZFHA 1YXDA 4MY8A 3DHFA 2LLEA 3O06A 4O1BA 3W23A 3NEVA 5DXYA 3LHZA 4UTIA 4CCCA 5K9CA 2VFDA 3G18A 2CU0A 4KWVA 3G1HA 2CLFA 4RKAA 3W1QA 2CZEA 4WZHA 1R2SA 4RXGA 3S5YA 3ZWSA 4JTJA 3THAA 3VFLA 3I6RA 5DLCA 1KFJA 4JNMA 4ICNA 5HMSA 1PHQA 1B4KA 1XFBA 2E6AA 4LVDA 5F1UA 4UTUA 2ZA1A 1OX6A 2J27A 5DY3A 3W85A 1WBJA 3QW3A 2WKJA 2YYTA 4YWIA 2VFHA 4O4WA 1TPFA 3O16A 4LS2A 1SO4A 3INPA 5FEZA 4PODA 3P61A 3C2VA 3O8AA 3DFSA 4EWND 1JCXA 7TIMA 1F73A 1U83A 4UTTC 4MZYA 3UXDA 3L21A 3E02A 3NL3A 4NZFA 4E2DA 2XN2A 5FEPA 2Z2UA 4BI5A 5G4WA 1OFEA 3EXTA 4AEOA 3O6DA 4EF9A 4M6PA 1UUOA 3BLIA 4LT9A 1R2TA 8TIMA 5D2TA 4JTIA 4TMBA 1VQTA 5HJLA 1DL3A 3LHWA 4BFAA 1YXYA 1VC4A 1S5TA 3MYPA 3UZ5A 3A9IA 4UIOA 3LCFA 3UWYA 1XKYA 1JCLA 4UCGA 1LLZA 1VYRA 3CHVA 1KTBA 5K4ZA 3UWUA 2HS6A 3S0CA 2AAMA 4MZ1A 2CLLA 2V5BA 2ZZ4A 3M0ZA 4Q4KA 1OK4A 3NL2A 5KINA 1OX4B 1NFBA 4ZL1A 3DFQA 3OEXA 2Y62A 3PUDA 3TK7A 2CLMA 4UFHA 3GAYA 3T78A 5D2YA 1LRTA 4QQ3A 4S1FA 1IGSA 1KM1A 4XKYB 3O6YX 3NQMA 2V8ZA 1K7EA 4FX6M 3PY2A 2FDSA 1TREA 5HUOA 2H8ZA 1HG3A 1QWGA 1YDVA 4DO6A 1KM2A 2R91A 1W5MA 1CI1A 4IXXA 2H3BA 3WK3A 1WOAA 3RK8A 4XUGA 1OYCA 5T26A 3W7EA 2ISVA 3DXIA 1KM6A 3U6WA 3C2FA 3DFNA 1MXSA 1ZJIA 3TQVA 1GZGA 3HPZA 3LXAA 4XTDA 1AG1O 1SSGA 3ABOA 3NA8A 3MBFA 5CZ0A 2E5DA 4RCXA 5FF7A 3S8HA 4DXVA 3PG9A 4UR7A 3ELFA 3S5NA 2ABBA 4M7SA 3MP5A 4EVZA 1XXXA 2WOQA 1FWSA 4BR1A 3EX3A 3GAKA 4RZ6A 2AGKA 2VXNA 1HTIA 4FX7A 3DH7A 4UNLA 1SUXA 1VYSX 1ZHAA 1JCJA 1OF6A 3B0UX 3L5AA 2G97A 5CZTA 5KSWA 3NXFA 3E9AA 1T99A 2G5WA 3KX6A 2B0MA 4AXKA 4JTHA 1K7FA 3W2MA 2NV2A 2V2HA 3BV4A 3GNDA 2XFWA 4O14A 4NNCA 3A22A 3EX4A 4NJJA 1Q6RA 4ZVJA 5TBOA 3NQ2A 1M5WA 4DF1A 5C5YA 3MI3A 1JR1A 3A5VA 4JTEA 5LHEA 4DO5A 4JIPA 1AMKA 3NO5A 1L9WA 3OIXA 3RU6A 3GR7A 5AN7A 2YFNA 4DF2A 2OZ0A 2C3ZA 2OCZA 3M5XA 3CT7A 1UJPA 3M9YA 3B4UA 2VOMA 5TIMA 1KTNA 1TPWA 5LKYA 1LYXA 1JVNA 1LBMA 3PBYA 1S3HA 4U4MA 5HQEA 3PB2A 3CB8A 4AF0B 3FOKA 3G1SA 2HS8A 4MJMA 3P8IA 2V0TA 2PURA 2I9EA 3FJ6A 4JYEA 4K37A 3L0KA 2FPYA 3W1MA 2Q3OA 3UPBA 3FJLA 2A0NA 3N3MA 5K2ZA 4QSHA 2Y61A 4UMAA 1FXQA 4O57A 3W75A 2ZYFA 3WK1A 5IBXC 4PEKA 1Y0EA 2C15A 3W3OA 3THQA 1D3HA 4N9BA 5MHBA 3DBPA 1TSIA 3BW4A 4JGDA 4JX4A 1P4CA 3PULA 3EWXA 1TIMA 4JX5A 2R94A 1JCNA 3TIMA 4LOCA 4BI6A 2V9DA 1W56A 3DFPA 3TROA 1P0KA 5EKYA 4BWLA 3DU0A 2A4AA 1XC4A 3A5FA 4O13A 3IIVA 4P61A 5J5DA 3EKLA 1R46A 2CLEA 3OBKA 1RVGA 2PRMA 3W7LA 5FF0A 4JTGA 2Y88A 2CLKA 1MEWA 4O0KA 5DXXA 1P0NA 3LV6A 1ICQA 3HIJA 4S2CA 1O4UA 2E5CA 1HL2A 3GYEA 2V2DA 2FPTA 2J24A 2QCFA 5FI8A 5DY2A 3JS3A 4IQLA 2I14A 4QNEA 1SW3A 5DN1A 3MHGA 1GTHA 3PSWA 4WUIA 3C56A 2VFEA 1KV8A 1PCWA 3G1VA 2W6RA 3R12A 4OWGA 1H5YA 4N2YA 3SSJA 1TPB1 1G4TA 4H6KA 3DFTA 3NL5A 3GIYA 1TTQA 3G1XA 1RPXA 3E12A 1J2WA 1GPWA 1WA3A 1EP2A 2YW4A 3QEZA 3B04A 3ABQA 1GOXA 1O60A 3KHJA 4WY0A 3NYZA 3TU9A 1FCBA 2BTMA 3LTSA 4PH6A 3GDLA 3T7VA 5DCBA 2ZBTA 4NJGA 1TPUA 3FYOA 3QZEA 2ALDA 4AAJA 3BPWA 4GJ1A 1MEHA 3IVSA 4Y6GA 4M7TA 3K30A 4HNTA 2ZRYA 2XN1A 1TPC1 1H60A 3PC0A 3W88A 1FDZA 2A7PA 1JUBA 2P10A 1OG0A 3VCRA 1LBLA 3LLFA 3MI2A 3R5EA 5AHEA 3N2XA 3W2KA 5AC6A 3HF3A 5D30A 4N9CA 5E1QA 3DKJA 4OBTA 4O28A 4UXDA 3STEA 5LGZA 1SPQA 1TPDA 2JGYA 2YCEA 1G69A 2WQPA 1W0MA 2YX0A 1BEUA 4LW7A 5D37A 1YTDA 1YPIA 4MLJA 3TXVA 1QOQA 4JY9A 4GBUA 1GYLA 4OE7A 1DKWA 3W87A 3CLMA 1I4NA 3SGZA 3DGRA 3PM6A 2UV8G 3WJSA 3O07A 3HGRA 3W7HA 3MP3A 1KM4A 4EF8A 2GVLA 3DI0A 3W1PA 5C55A 3O15A 1H7OA 3IIXA 3R8RA 1LM1A 4UC5A 1FDYA 4Z1AA 2YW3A 3HGOA 4FHAA 1H50A 5DCDA 1BWLA 4JX6A 1K8XA 5D05A 2JK2A 3I68A 3FIGA 5IM51 1IIHA 3N9RA 2CZFA 4JTFA 1DOSA 3LBCA 2BX7A 4DQWA 5CPMA 2C16A 1KBIA 3QQ1A 3EWWA 1KM3A 2QCMA 3UZJA 5CZJA 3IIOA 5F2IA 4JTKA 1W54A 2CLOA 2NV1A 4RX0A 2QAPA 1A5SA 5CKSA 1FCVA 1OHLA 2QCDA 2Q8LA 5CPNA 4YCPA 4O10A 2RKXA 1YADA 2Y85A 3CWNA 1FCQA 3GLCA 3RLVA 1B57A 4RXFA 4GUHA 3W1TA 4MZ8A 1XCFA 4K38A 4YXGA 4OV9A 4UTKA 3W7OA 2YYUA 4Y9AA 3TR2A 1ZNNA 4TO8A 5D09A 2Y7FA 2PE4A 1TQJA 5F2MA 1SW7A 3BLEA 5BNKA 1K3UA 2E77A 2DZXA 1N8FA 3ABSA 5D02A 1UB3A 4NUWA 4POCA 4IMCA 1XDLA 3N2MA 3P84A 2GVJA 3G1FA 4OU1A 4LC8A 3GX9A 3W2UA 2VEIA 2YXGA 2CW6A 1X7FA 1YTEA 4O53A 2EF9A 2RDWA 4FNRA 1WX0A 3LCWA 4RJEA 1ALDA 4A22A 4ORIA 2RHGA 4X22A 2VFIA 2V5LA 1DJQA 2X16A 3BK0A 1YXCA 3KRUA 3LRMA 3L9CA 4X3ZA 2C6QA 5EBUA 3G1AA 3IEBA 2DZUA 4GXMA 3CTLA 5CSSA 3USBA 4MLRA 3QSTA 1OABA 5I3KA 2C14A 2CLHA 2GQAA 2FFCA 1KLZA 2B4GA 3L66A 5KZEA 4HSNA 4Z1CA 3QFEA 3TV8A 4CQAA 3HPSA 1GWJA 3LBMA 3EX2A 3M6YA 4J9JA 5AFDA 4NJIA 5K3VA 3HB9A 1N7KA 4FIRA 2O7QA 4IMDA 4IMFA 4K8EA 3T55A 1VRDA 4M6VA 4UTJA 4ZQNA 4MKNA 1QMLA 1K03A 1D9EA 3EEGA 2DU2A 3N73A 1LOSA 5E93A 4UTTA 4TR9A 3GXPA 5E0KA 1A5CA 2QEZA 4O1CA 5AC8A 4Z0SA 3N19B 1BKSA 2QCCA 5LNSA 2J9YA 3MW7A 3TSBA 1I2RA 3GDKA 1ZENA 1G7VA 2BSLA 4WX2A 2GJNA 2Y70A 5FF3A 3U8GA 3SIZA 3S1UA 1F2JA 4MYXA 2GQ9A 3VNDA 3PBWA 4AWUA 4N9DA 1SU5A 3PF3A 1TPVA 5DBUA 3W1UA 3LHTA 2YZRA 4GE8A 5DBTA 3GR8A 3TMQA 3NM1A 4DEFA 2VFGA 5LZLA 3NQCA 1LLWA 3G0XA 3MO7A 4LWWA 3TX9A 1PIIA 2DJXA 3BG3A 4XBKA 2BZNA 5HWMA 1TJRA 2ZTJA 4O1DA 4X2RA 3WFAA 3TJLA 3DHDA 1X1OA 1I2OA 3LXCA 4MPQA 3OHIA 4YL2A 2JBMA 2Y63A 4TX9A 1FWTA 4AH7A 1B4EA 4LU0A 3W2NA 1CX9A 3S6DA 5I3JA 1UASA 3OVQA 3TMLA 3IIPA 5K7JA 4UTWA 4GUFA 1PHWA 3KVJA 4ADTA 5C54A 5HNRA 3P62A 1C29A 3TAOA 3W74A 3CEPA 3L5MA 3CEUA 1UCWA 2YR1A 3KVMA 4I7WA 4KWWA 3UXAA 3IIZA 2A2IA 4GUJA 3TC6A 2EPHA 3HOJA 3TW6A 2ZRZA 2DP3A 1IXOA 4D2JA 4KFPA 1T8XA 3PVFA 1Q6OA 2QF7A 4M5PA 4NJHA 5BMWA 1XUZA 3S1VA 3DFOA 4JEQA 3MP4A 3ABRA 2JKAA 5L9FA 3FKKA 4BI7A 4K6AA 4LRTA 2ZRWA 2CZDA 3G1YA 3KRZA 1QPOA 4GUGA 4XTIA 2WSQA 1DORA 4MFDA 1XBZA 1KFEA 3EWBX 4O11A 2WSYA 4Q33A 4K36A 1ZY9A 3FLUA 5DELA 1TB3A 3PWAA 4ALDA 4PFMA 3W7GA 2VELA 1GVSA 2ATSA 2Y7DA 4JXCA 5F2LA 2C13A 4WOQA 1QO5A 3UPWA 4R33A 4NT0A 3TSMA 1EUNA 3LHUA 1A5AA 3F03K 1AL7A 4MIMA 4CLMA 3GKFA 3P5YA 1WV2A 4PTNA 2BXVA 3LCGA 1H7PA 3BG9A 5G4EA 1O95A 3QC3A 2OT1A 3L65A 4LC6A 3O6CA 2QUUA 1YLVA 1MZHA 1TRDA 3LM7A 4O0ZA 1SO3A 1IXQA 2F84A 1NSJA 3G22A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2P5N A;  1UKP A;  3L4W A;  1KRB C;  2ESC A;  3C0L A;  5H91 A;  3B03 A;  4QNW A;  5HQL A;  1O5Q A;  1RCO B;  4GOA A;  5MKG A;  4PUM A;  2ZA2 A;  5A2A A;  3W7R A;  1VEM A;  3SUT A;  4URI A;  2GDV A;  3D47 A;  4N42 A;  1EP3 A;  1HVQ A;  3IAC A;  4MOZ A;  4MVA A;  2C0H A;  2WLZ A;  2F8Q A;  2OQL A;  2YXO A;  2OMA A;  2CKS A;  3QR3 A;  5BZA A;  3EXS A;  2QGY A;  1LQ2 A;  1RLD A;  2J66 A;  2ZOX A;  1WZL A;  4UMC A;  1I0D A;  3WL1 A;  1WZA A;  3U2E A;  3MJY A;  1G9H A;  3N12 A;  3GXT A;  1XF0 A;  4F2B A;  4NIL A;  3O0K A;  3W7N A;  2C1H A;  4X61 A;  3CQ0 A;  4UUI A;  4EOU A;  1UHV A;  2VWS A;  3GDR A;  3RCM A;  2QUL A;  1NAL 1;  3ZR4 A;  4JTU A;  3G8R A;  3SCU A;  7PTD A;  5A8P A;  4IMG A;  2Y7G A;  3TWB A;  2CXE A;  3QPZ A;  4KRT A;  1SZF A;  5GNX A;  1X8F A;  1WYI A;  2CKR A;  5EMM A;  2C18 A;  4MY9 A;  4WEV X;  3W28 A;  1PVN A;  1TRI A;  4N4P A;  4JIR A;  3W2L A;  1KW1 A;  4CQ8 A;  1RXO B;  4Q7B A;  3TCS A;  1A80 A;  4QHR A;  3VUS A;  4NI8 A;  2GJX A;  4AEF A;  3PR2 A;  1TFV A;  1P6B A;  4LUT A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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