4MJZA

2.75 angstrom resolution crystal structure of putative orotidine-monophosphate-decarboxylase from toxoplasma gondii.
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
299
structure length
292
Chain Sequence
EGCKNFFKTLDARIEAVDSLLTVGLDPHIADLPSPATAERAFVFCERIIRETLPFTCCYKPNSAFFEAFGPPGLQALERVCALIPDDVPILLDAKRGDIGSTAQAYASSAFDAFKADGVTVNAYMGREAVRPFLSYRNKGVFVLVKTSNQSSNEFQTLPVRQDVPLYVQMARVCNELAQECVSEEDSPSTTGHGLRHNASGGGVGLVVGATDIEALREVRKACPDLYILAPGVGAQGADLERALSAGLCKDGKGMLIPVSRGISRAENLAAQANAYREQINEVRRGIVQQYE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
publication title 2.75 Angstrom Resolution Crystal Structure of Putative Orotidine-monophosphate-decarboxylase from Toxoplasma gondii.
rcsb
source organism Toxoplasma gondii
total genus 108
structure length 292
sequence length 299
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2013-09-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4mjzA00
4DBEA 5KINA 3KVKA 3DHDA 2QCEA 2Y7FA 4S1FA 2Q3OA 2PE4A 4WY0A 1BEUA 5GVJA 4DPPA 1G4PA 4CNOA 4AAJA 5I3HA 4QQ3A 4WQ6A 1H63A 1T99A 1D3GA 4O28A 2Y7EA 1SPQA 4J9JA 4L4MA 1W3IA 1FWWA 1WA3A 1THFD 2CLHA 1OVDA 2Y85A 1H51A 3M7WA 2V2CA 1LZOA 3G3DA 4MUZA 3VKJA 2YGYA 5K4XA 4HSNA 2YDAA 4WXZA 1TPWA 1OX5A 2YPIA 1UUMA 2YYUA 5C54A 4WY0F 3D0CA 1KFKA 2F84A 3G3MA 3KX6A 4GUGA 1Q6RA 4OT7A 1ZAJA 3QEZA 2V5BA 1XM3A 1RQEA 4JY9A 1EUNA 3M0ZA 3QM3A 4M6PA 2XN0A 3N2MA 4EF9A 2C0AA 2E5DA 2Y63A 1VHCA 2QAPA 4N9CA 4GUJA 4ZQMA 3GXNA 3DBPA 2BXVA 5MHBA 1SW3A 2WQPA 3N34A 3NOEA 3UWVA 3TUUA 5CKSA 4MJMA 3LXAA 2V8ZA 2ZQ0A 2ZZ5A 3G1AA 2ALDA 5FEXA 1K8YA 3UY7A 1OFPA 2DORA 1PV8A 3TJXA 1TIMA 1ZY9A 3LB0A 2JK2A 3GVGA 3LCIA 3FIGA 4DELA 5AN7A 4IX2A 3STFA 4UXDA 2FTPA 1EEPA 2XN2A 3W23A 3UWYA 1QDSA 4HSOA 3BARA 3MJYA 2QEZA 3E96A 3LHVA 4Z0SA 3TXZA 2JKEA 3UY8A 5DY3A 5CPLA 5C6MA 2TPSA 2QJIA 3TNOA 1O4UA 3SY5A 2GQ8A 3CT7A 3LV5A 3LRLA 4IPJA 3QMSA 1DJQA 1LROA 2B7OA 4N6FA 1FQ0A 2ZA2A 5EPDA 2Q8LA 4M6QA 5AC6A 3STGA 1KBIA 3A24A 2BZNA 3HGJA 1LOSA 3LV6A 3QSRA 4UFMA 4QSHA 3TKFA 3LXBA 3CWNA 7TIMA 1KM4A 3QMRA 2P1FA 2OX1A 4O52A 3LI0A 4NJHA 3C4UA 1ZFJA 1UUOA 3SI9A 2YX0A 4E2DA 2X16A 4N4PA 4KFPA 2NV2A 3H53A 1B4EA 4IJBA 5A8GA 4LV4A 4JTFA 4AHPA 3W2KA 5HR6A 1FWRA 4JTUA 4JIQA 3LI1A 3L9CA 4QJ1A 4A29A 1LP6A 3FEMA 1GTHA 1H61A 3NR0A 2EHHA 5CZJA 3C61A 2UV8G 3UPBA 3WK2A 3ANYA 4ALDA 5G1TA 3IVSA 3PY2A 1GVRA 4N9DA 3W1MA 4AMAA 4UNKA 3BW4A 2DP3A 2VEMA 2VFHA 4WUIA 2DZTA 5LZLA 3S1XA 3HG4A 3W2NA 4RZ4A 3MHGA 2ISVA 4W9TA 3P74A 3LTPA 4BI5A 3MHFA 3W7PA 2ZDRA 1S5TA 2QDHA 1O95A 1X7FA 3SZ8A 4JXCA 1JQVA 1OX4A 3EX6A 1EWEA 3TV8A 3NQ7A 3O05A 3G1VA 3LDVA 4O8RA 3KXQA 1HTIA 1TRDA 1MXSA 3WJZA 3O6YX 2Z2UA 3BGGA 2GVGA 1JRBA 2QKFA 2CLKA 4KKXA 1QNVA 1R47A 4FHAA 5C5YA 4TIMA 1LOQA 4FO4A 3PAJA 3TQKA 3CHVA 1F5ZA 1OG0A 4K8HA 3O8AA 2Z1BA 1R2RA 4MLJA 2JKAA 4I7WA 4Z0JA 2CZDA 4UTJA 3C2RA 4UTTC 3L65A 4UR8A 5HINA 3R13A 4MFEA 3RF9A 4WX2A 4UTTA 1SO4A 3NVTA 4O1DA 2FDSA 5K3VA 3EXRA 3NXFA 1IXPA 2Y7DA 5E1QA 4JTIA 3TXVA 1ICSA 4NU7A 2R8WA 1FDYA 3E49A 5F2GA 2X1SA 5T26A 4WD0A 1OFOA 4JTLA 3E02A 4ZQPA 5DCDA 1LLWA 1SZGA 4N2YA 4FNQA 2C14A 4RLIA 3L0NA 3PBUA 1AK5A 1QPQA 2YW3A 1D9EA 3NL6A 3AO0A 2P0OA 1SSGA 3IIOA 2DZPA 4O57A 2FB2A 4EOUA 5K7JA 2A85A 4YMZA 2Q8ZA 1XCFA 3IIPA 3HG3A 4FNUA 2A0NA 1VH7A 2NX1A 4MOZA 5D05A 1VJIA 1LYXA 5LKYA 4O16A 3CIXA 1FDJA 3G1SA 5DY2A 3LCXA 2V2DA 4IMEA 2CLIA 1N55A 4N9EA 3DKJA 1GVOA 1Z42A 3W1QA 1W31A 2EPHA 3H54A 2O7SA 1MSSA 4AWSA 2JBMA 1W1ZA 5K2ZA 4IMGA 5K4ZA 3CEUA 4UMCA 3IV3A 3EWBX 4BWLC 1VQTA 4TX9A 1J5TA 2E6DA 5CGQA 3FFSA 3G1FA 4OWGA 3OBKA 4BWLA 4RXFA 2QCHA 2YFNA 1FCUA 3IEBA 3HIJA 4JTEA 5D2XA 3WJSA 1H1YA 1PVNA 2ZA1A 1LBLA 1UJPA 5BMXA 2H3DA 1GT8A 1Z48A 3IGXA 5CZSA 3BW3A 1XDMA 3I6RA 1H7NA 5D37A 3ABRA 1G7VA 4O4VA 1NAL1 4R53A 4O15A 1X6UA 1DJNA 2E68A 4LS1A 4RX0A 1AW2A 1OF8A 3P67A 3M5YA 4NJJA 3W1NA 3L5LA 3A21A 5AYYA 1W5PA 2XN1A 3B0PA 1W5QA 3A5FA 2VKZG 2XFWA 1L6YA 1OFEA 3BPWA 1SR9A 3QZEA 4O0KA 4MJZA 3I7QA 4CCCA 2Y61A 1FCBA 1LBMA 4I7VA 2BSLA 1QFEA 3OEXA 4JDBA 5G1YA 3VCRA 2CZFA 1GJPA 3OHIA 3RMJA 3EXTA 1VYSX 4GNJA 3PG9A 3NGJA 3L68A 2NXGA 3UWUA 1JCLA 3W1RA 1N7KA 3G1DA 1K03A 1TTQA 4RR4A 4QIUA 1QO2A 1LOLA 3PUOA 3WJXA 1CI1A 2P10A 5K9XA 4XUGA 2GVLA 1I2OA 4OQVA 3NM3A 1A5BA 3QF0A 1LCOA 3PB2A 4LNYA 2R14A 2A6LA 1AG1O 3INPA 3MI2A 4M6VA 1EP2A 5AHFA 3W6YA 3B03A 4MZYA 5DELA 1QWGA 2HS6A 2HS8A 5EBUA 4LY8A 4AWTA 1TSIA 3FYOA 4KFOA 3IGUA 3DU0A 3M5ZA 4K8EA 3TX9A 3W86A 3C2EA 3TC7A 1CW2A 3EX4A 5D38A 1XBZA 3MP4A 3G8EA 4LWWA 4O17A 2B7PA 2ZRUA 4JX6A 3O07A 3GR7A 1OFAA 4QISA 1PCKA 2PRHA 3M6YA 2TMDA 1LBFA 2C19A 3G0UA 3MMTA 4LVDA 3EEGA 1DHPA 2V5LA 1ZAHA 1GZGA 4GXMA 1TMHA 1SZFA 5CZTA 3QH2A 4LT9A 1IGSA 1Q3NA 2RDUA 1Z41A 2VFEA 4ZL1A 2HMCA 3CM4A 3KVJA 3OG3A 4QM1A 3G8RA 2VENA 3R89A 4ZMGA 4H3DA 5EMUA 3N19B 3LBMA 4P61A 3W7NA 1SFLA 2VEKA 4NX5A 1ZAIA 5F2MA 4N02A 1FBAA 3GAYA 5DN1A 1H7WA 3AJXA 1H50A 4S2BA 3EXSA 1YXYA 1HFBA 5L6UA 3VNDA 1KW1A 4HIBA 1KTCA 4ADSA 1TREA 1XKYA 3UPWA 2HSAA 3GK0A 3STEA 3W83A 2PCQA 1MEWA 3G18A 4E0CA 1JCNA 3CQ0A 5H2ZA 2BLEA 2G96A 1FX6A 1K7FA 3ZR4A 2CZ5A 2EKCA 4IOTA 3R8RA 1U83A 1L9WA 2ZBTA 4XZ9A 3WK1A 1QPRA 2WKJA 3NQ6A 3THAA 3DFOA 1B4KA 3M5VA 3T78A 4MY8A 1O94A 1ML1A 2VELA 3W7CA 1XUUA 4AHQA 4HNNA 5G2HA 1JCXA 4GUIA 3EWYA 1YPIA 4U4MA 3OIXA 3BO9A 1KA9F 4Z1AA 4LW7A 3DFPA 4TU1A 3NL2A 2A21A 2QCMA 1TB3A 4X9SA 3DH7A 1K02A 3SR7A 1G67A 3KRSA 4DXVA 2ZA3A 3O1NA 3QFEA 4HPJA 3W7LA 4DPQA 3CC1A 5FF4A 1TPEA 2WV8A 2Y7GA 3A23A 3KVLA 4PTNA 3C56A 4LRSA 3LHWA 5AHEA 1W8SA 1TPDA 3MW7A 3A5VA 4LVFA 3WK3A 1GYNA 1DOSA 3L21A 3PSVA 3EKLA 3GDRA 4Q33A 1TTPA 5D2WA 4I7UA 4ZVJA 2GPTA 1H7PA 4RK8A 4K7VA 3W85A 4S2CA 5D2TA 1FWNA 3QW4B 3UD6A 4ML9A 2I1OA 1O5KA 2V2HA 4FIRA 5AHNA 1TJPA 3LCWA 4IUOA 2J24A 1RPXA 3LTSA 4K36A 2X2GA 1JCJA 2NWRA 5AC7A 1Q6LA 1WX0A 1LM1A 1VC4A 1G6CA 4B5NA 4ICNA 1XFBA 3HOJA 4DF0A 3TMLA 1QOQA 5HR7A 3ABQA 3U2OA 4DBDA 1OK4A 3BLIA 2ZCGA 1S5WA 2J88A 3DAQA 1SUXA 1WYIA 1UCWA 4O50A 5G4WA 4JX4A 3CU2A 4MFDA 3V75A 1KFEA 3B06A 3W7KA 3T4CA 1MEIA 2PURA 2VFIA 5F1UA 4HNVA 4DO4A 1M7OA 2WOQA 4IMCA 1OJXA 2QAFA 3L2IA 1I2RA 4UTIA 1AW1A 3I68A 5HWJA 5FESA 1NVMA 3VE7A 1OHLA 4NJGA 4JS3A 2FPYA 1GQNA 1NF7A 3HPZA 5F4XA 2PRLA 2EAWA 1F74A 3QQ1A 3TAOA 3KRUA 1G7UA 1LRQA 3EWUA 1GTEA 3FKKA 4UTKA 2WNZA 3E12A 2J9YA 3GXTA 1ZJIA 2CZEA 2VFGA 3P82A 4JTTA 1HL2A 5DCBA 3L0KA 1SW7A 1W3NA 4IMFA 1DKWA 3DFNA 5HUPA 1L6SA 3W7OA 2YFOA 4YLWA 3O16A 3IVUA 3L67A 1PHQA 5DLCA 3B4UA 1EA0A 5I3JA 3W71A 5HWMA 3MP5A 3NPWA 5FEWA 1JQXA 4O11A 1FXQA 3TROA 1VRDA 2WPBA 3DFTA 3FA5A 3LCHA 5J5RA 1PE1A 1YYAA 4FX7A 1G4EA 3W7IA 2CW6A 1AL7A 3LHUA 4K38A 4MYXA 4PODA 3HG2A 4EVZA 4EWND 4FB7A 2QF7A 3R5EA 1VLWA 3P5ZA 3EWXA 5CPOA 1IIHA 3UWWA 4FX8A 1FDZA 3MHUA 5U7SA 3N9RA 3VFLA 5G5IA 1LORA 2E09A 3LX9A 3SGUA 1ADOA 3HPXA 3TE9A 3LERA 3BGJA 3KHJA 4BFAA 1SSDA 4TO8A 1SQ7A 4CQAA 2Z0IA 3CTLA 5FEPA 2A7PA 4OV9A 2GOUA 1X1ZA 3PWAA 2C6QA 1N8FA 1M7PA 3M44A 1EPXA 2Y88A 5LNUA 4ONVA 4YXGA 1K7XA 4NX0A 1FCQA 2C13A 4ZQRA 3W74A 1JRCA 2VXNA 1WQ5A 1U5JA 4PL2A 4GC4A 2CWNA 1PL9A 4POCA 2FFCA 3QPYA 2OZ0A 3TW7A 3P80A 5LNSA 1L2UA 4A3UA 1J2WA 1XL9A 1QR7A 3W2UA 2PRMA 1K7EA 5K9DA 2ISWA 1OF6A 3C52A 3S1UA 2I14A 1KM6A 1KM5A 4JYDA 5H91A 3TC6A 3BK0A 4JNMA 5CSRA 5EYWA 1JUKA 1SO6A 1NEYA 2W0UA 4NUWA 2R94A 5D02A 1YDNA 4AXKA 4O1CA 1P4CA 3WJWA 1AW5A 4RXGA 4HN4A 4PFMA 3PC0A 1LRTA 5KMYA 3PM6A 3W73A 3TDFA 2QCCA 3UQNA 1H7OA 2DZXA 3SECA 4NXKA 3KOFA 1X1OA 4LRTA 3M9YA 1Q6QA 2TRSA 4LS2A 4NJIA 4WOZA 4X22A 3N73A 3GDTA 3T7VA 4MIMA 6TIMA 4NXSA 3N2XA 1D3HA 1H7RA 1QMLA 3NA8A 4WXYA 5D33A 2JKPA 3BLEA 5CSSA 1Z44A 3C0JA 1IF2A 4UFKA 4A21A 4IGHA 4UFJA 1R46A 4YL2A 1KFLA 4ZQNA 4JEQA 3TMQA 2ZTKA 3W7MA 4PH6A 2WO5A 2IQTA 3P60A 3A22A 5LNVA 4LVBA 5E93A 5DXYA 2V0TA 1H62A 1SZEA 1G4SA 4Y96A 2ZZ4A 1W5NA 2VC6A 3KFTA 4XWUA 3CIWA 2BTMA 3P7YA 4TMCA 4H6KA 3LBCA 4Z1CA 1H60A 3I65A 4G1KA 3TFXA 3SW6A 3NPVA 3NNTA 4YWIA 3DKLA 3CB8A 2A1YA 1C8VA 3PBYA 4FIQA 5KZEA 3NQMA 3GDKA 3HQ1A 4JTGA 3K30A 4UCGA 1K8XA 2E6YA 4GUFA 4IXHA 4NNCA 5L9FA 4KFNA 3G22A 3PR2A 4TMBA 3FYPA 2DZSA 5EA9A 3STCA 4JDYA 4HNTA 4C1LA 1GPWA 2CLLA 4JTJA 1IXNA 1BTMA 3B8DA 5AFDA 3S9YA 5D30A 4ZQOA 4PL1A 2F7FA 1EWDA 3G0XA 5LHEA 4IPIA 1H1ZA 2NWSA 3LRMA 2VEIA 3M16A 4GE8A 4OU1A 3IGSA 3LCLA 3OVPA 3PBWA 1W0MA 1AMKA 4GFSA 3W2LA 1YDOA 3BV4A 1Q6OA 3S5ZA 3QW3A 3C3NA 2VFDA 3FKRA 4O53A 1OYBA 3N3MA 1A5CA 3ABSA 2RH9A 4AEOA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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