4NT0A

Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with 3-deazauridine 5'-monophosphate
Total Genus 74
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
74
sequence length
222
structure length
213
Chain Sequence
RSRRVDVMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
publication title Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from Methanobacterium thermoautotrophicum complexed with 3-deazauridine 5'-monophosphate
rcsb
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus 74
structure length 213
sequence length 222
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2013-11-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4nt0A00
4IOTA 4XKYA 1ZY9A 2NWRA 4QQ3A 4LRSA 5K3VA 1PCWA 1EIXA 1Z48A 4RZ6A 1HTIA 3DFNA 2C15A 3IIPA 2H8ZA 2FB3A 4Y8FA 3UZ5A 4LS2A 1XBZA 2G5WA 3CT7A 1KM5A 3W7RA 4PFMA 5I3JA 2C14A 1B3OA 3IGUA 3ELFA 4M6PA 3R8RA 3IIXA 3W76A 1SZGA 4QITA 3W74A 2A7PA 1GVOA 4S2BA 4HIBA 3NQGA 4O19A 5FEXA 3PAJA 1NSJA 3MP4A 5D02A 4GBUA 4DQWA 4Y6GA 2P0OA 1FDYA 2PURA 2CZ5A 5CZJA 4DPPA 1K03A 1KLZA 4LV9A 3M5VA 4JX6A 3S1VA 2ABAA 1P1XA 4AVFA 2ZRZA 3LCHA 3G0UA 1OFEA 4C1KA 1PHWA 3QJAA 1XM3A 5E93A 1FBAA 3Q94A 2AAMA 5HR6A 2EAWA 4QISA 3LERA 3W85A 4O17A 5TIMA 3W88A 5A5WA 1OYAA 1YPIA 4A22A 2GQ8A 4MPQA 1HO4A 3TJLA 3G1FA 3LBCA 3TKFA 2RFGA 3KX6A 3NR0A 4AWTA 3NQFA 4UMAA 2YZRA 3TA6A 2H90A 2QCEA 3AJXA 3A21A 3RK8A 1SZFA 4LY8A 2CLIA 4UR7A 3FEMA 1Q6RA 3MI6A 3TFXA 1DL3A 3FKKA 3S5NA 2DZTA 1VHNA 1SW0A 3C4UA 2CU0A 3FS2A 3NG3A 4LVFA 4XUGA 2J24A 4Z1AA 5AOUA 1QNVA 5LKYA 3EXTA 2VXNA 3DFSA 4OWGA 5C55A 3T7VA 2Y7DA 4MY1A 2HS6A 5LZLA 4GC4A 3RLVA 4JTIA 5L6UA 1D3GA 4MZ8A 3NL3A 2R94A 3IIVA 3DH7A 3H54A 1SW7A 3L5AA 3QC3A 4YCOA 1GVSA 4O1DA 2BSLA 1WXJA 2PC4A 1SSDA 4JR5A 3SGZA 3UPWA 4FNQA 3W1PA 2FLIA 5LNUA 5AYXA 1O5XA 3OIXA 1UUMA 1DV7A 4HSOA 4O14A 2ZA2A 1G7UA 1QMLA 3QM3A 2WSRA 4ZQOA 4KFPA 1VPXA 2WNQA 1Q45A 4GWEA 3U2OA 3S8HA 3P82A 3QPYA 2QCLA 3G24A 3G22A 4N4QA 4O18A 2ZBTA 5CPMA 2B4GA 2YX0A 2V81A 2FPYA 4NZFA 4BF9A 5F1VA 3GIYA 3S9YA 4IX2A 1G69A 3HO8A 1W5OA 1TSIA 3UWQA 3W7CA 1MZHA 4ICNA 3BG3A 1K8YA 1F6PA 2C16A 4XTDA 3W1UA 4O16A 2G96A 1G4TA 4ZL1A 4EWND 2W6RA 4ADUA 3QFEA 5K7JA 3CTLA 1BWKA 1EB3A 3B4UA 1KV8A 2FIQA 2BZNA 2C6QA 3LHYA 3LTPA 1JQVA 2VFGA 3UWYA 1LP6A 1AW1A 1OX4B 1SO3A 2ISWA 1VYSX 3PULA 5K2ZA 5D03A 1SZEA 1WOBA 2TYSA 3WJYA 3P81A 3N2XA 1FXPA 1PL9A 4O1CA 1OK4A 1B4EA 1R2TA 1KBIA 4M5PA 3EX2A 3W3OA 4KKXA 5HINA 3LI1A 3W86A 4XKYB 2DP3A 3A9IA 1U5JA 2AQWA 2A1YA 2ZA1A 3TMLA 1OVDA 2W79A 1H7RA 5F4WA 3CPRA 4Z1CA 2EF9A 1PCKA 5HR7A 3KVJA 3W1MA 2NXHA 1I2PA 2DZWA 4LVAA 4WQ6A 2X1SA 4R34A 1X7FA 3TXZA 2VFFA 3KXQA 2RDWA 3RMJA 1SO5A 1LTDA 2ZTJA 2JKPA 1SUXA 3GB6A 2NWSA 4NJHA 3W7NA 1VZWA 3PM6A 4NJJA 2A21A 3QSRA 3E02A 1O5KA 3Q2DA 4PC8A 1GVQA 1I4NA 3E0IA 2CW6A 3DFOA 3W7KA 3JS3A 4WY0F 5SWUA 1OX6A 1HO1A 4JTFA 1CW2A 3LHZA 5DBTA 4XQ6A 4MFEA 3OEXA 4E2DA 5CPNA 3W2MA 4XBKA 1FWWA 4TIMA 1F05A 2OJPA 4MOZA 4FX7A 4B5NA 3W07A 3W83A 4NNCA 5FEWA 1W5PA 3MHUA 1MEWA 5F2MA 5K9XA 4GE8A 1H61A 1C29A 3HGOA 3FOKA 3S5ZA 1WBJA 3F4WA 4ZQCA 4R33A 3WFAA 3LRLA 4NT0A 3P8JA 3W1RA 4IMGA 1FY6A 1W56A 2PRMA 3C3NA 1OYBA 4DBDA 3BG5A 4GUHA 5AHMA 5FESA 3O6DA 5HNRA 2NX3A 5DLCA 3LCIA 1DQWA 3U8GA 5DELA 3RU6A 2ZZ7A 1P0NA 2Z2UA 5GVJA 4N6EA 5KZMA 3DBPA 2I14A 1CX9A 2WQPA 3H53A 3LCGA 4UFKA 1PE1A 3SIZA 3PUEA 1WAUA 1C9DA 2I1OA 4JYDA 4GNJA 3TSBA 2ZRWA 1ZENA 4O12A 3BO9A 3FKRA 1FQ0A 3K30A 1SZNA 3GDKA 3THAA 3UPBA 4JIPA 4HT3A 4MFDA 5D32A 3TAOA 5LGZA 4OT7A 2Q8LA 4MZYA 2ZCGA 1XUZA 2H3DA 1VYPX 1TRIA 3PB2A 3C56A 3JR2A 4FNPA 5DXXA 5EL1A 3WK1A 3L66A 4D2JA 2RDUA 2W0UA 1TPEA 3NA8A 1H1YA 4ZQNA 3B0PA 3S1UA 1AW2A 1VHCA 1QOPA 4MLRA 1YADA 1YXCA 5EMUA 1TV8A 4JTTA 3LI0A 1KFEA 3ZS4A 4LC8A 1GTHA 4X22A 5CZSA 1QPQA 3NM3A 1WBHA 1R2RA 3W73A 1W1ZA 3EKLA 1OX5A 1KFLA 1OG0A 3G3DA 1SFJA 4JS3A 2YSWA 4CNOA 6TIMA 1TTPA 3G0XA 4JTJA 5I3IA 1H60A 3PBYA 4GUGA 3NQCA 1ZAIA 3VI2A 4HN4A 2B0MA 5HUOA 3W84A 4UUIA 5U7SA 3NQEA 2C3ZA 2FPTA 1H62A 3QMRA 1MXSA 4TX9A 3UYCA 3HG4A 3F03K 5IM51 1NVMA 4AHQA 4N9CA 2PE4A 1YTKA 4O11A 4WXZA 1JRBA 4DF0A 3BVJA 2X1UA 4RJEA 3R12A 3PC0A 2RHGA 1XKYA 2VELA 3BGGA 3G1HA 1TQJA 4FF7A 4JIQA 1I2QA 4RXGA 3UY8A 2WNZA 4TMBA 3P80A 2NUWA 5K9DA 5AHEA 1OFRA 5BMXA 3L5MA 2QCNA 3G8EA 3ZR4A 3ZWSA 1OHLA 2E09A 2NXGA 4ORMA 4NZJA 4CQ9A 1R47A 1TJRA 1WV2A 1H50A 4TR9A 3P61A 2EGZA 2GUUA 3FYOA 4YXGA 2DZSA 1VQTA 2V5BA 1LBLA 1EPXA 1LRQA 2YXGA 3GLCA 4HNTA 1EEPA 3LOTA 3S5YA 5D2XA 1QDSA 3NL5A 1PV8A 3NAVA 3N19B 1SO6A 4GUIA 5FF3A 2NUYA 4JTGA 1JULA 4K39A 3NL2A 1L9WA 4O15A 1BTMA 3B03A 4N02A 4MVAA 3IVSA 4K38A 2Y7EA 4LC6A 5FI8A 4GXMA 3E96A 3ANYA 2Z6JA 1LBFA 4A21A 1ADOA 1QFEA 1A50A 3LHWA 1X8FA 3GNDA 3PWAA 3T44A 1RD5A 1AG1O 2G97A 3MUXA 2B7NA 4AAJA 1I45A 3B05A 1TTQA 3QYQA 3F4NA 1JJKA 1GPWA 2ZRYA 4Z1BA 4S1FA 3G1AA 1DKWA 1HUVA 1C8VA 4LVDA 2V0TA 4I9AA 3VFLA 1TO3A 4LV4A 3LV6A 3BW3A 2YDAA 5LNWA 1P0KA 2TPSA 2D73A 3KHJA 3IV3A 1PHQA 3OVRA 3OA3A 4QIUA 3S1WA 3N9RA 5IBXC 3HOJA 4FXSA 3UXDA 2E6FA 1M6JA 3W2LA 4RCXA 4CNNA 4AF0A 2ATMA 3QF0A 4CQAA 2X30A 1S5TA 1L6SA 3P62A 3W7HA 1KM0A 5D2VA 3G8RA 5D05A 1WDWA 1SW3A 4KWWA 1JCXA 3M43A 1YPFA 4Q33A 5FEPA 4LNYA 4IMDA 2I9EA 3W1AA 1UB3A 1EP1A 3A5FA 3L0KA 2FB2A 5G4WA 1IIGA 2QJIA 5C2XA 1XI3A 1TV5A 1LCOA 3N3MA 3LLFA 4CLMA 1VCFA 3ZFHA 4LTSA 2QCDB 1L2UA 1K3UA 3M41A 3C0JA 4O53A 4MY9A 1ZFJA 2RH9A 4IQLA 4LS1A 1QPNA 3FIGA 3KAOA 2WOQA 4A3UA 3N9SA 3E9AA 2XFWA 4E0CA 4NNAA 5EPDA 2YCEA 3BW4A 3CIXA 3SW6A 5FF7A 1HL2A 5LNRA 4JDBA 2C18A 4XBSA 4JXCA 1P5BA 4K8EA 1ML1A 4ZVJA 5KZDA 3CM4A 4N9EA 1A5BA 3MYOA 5KSWA 3R89A 2Q3RA 1I2OA 4HNVA 2AGKA 2ZZ2A 2JKEA 1OFAA 4IXXA 4YLWA 5H91A 2O7QA 5CSSA 4WXYA 1F74A 1EUNA 1XDMA 3MBFA 3NPVA 3O8AA 4HNNA 3BG9A 5I3HA 1GTEA 4RV8A 3GR8A 3DHFA 4IJBA 1IXQA 1QWGA 2ISSA 2VEKA 1LOSA 3GX9A 2Y70A 5FF2A 3FJLA 1F6KA 3LCWA 2Y6ZA 2A7NA 3PBVA 3EX3A 4O57A 3V75A 3DHDA 2R91A 4JX4A 1XBYA 4LRTA 4XTIA 2VFDA 1PVNA 3TFCA 4IMFA 2OMAA 5G4EA 3IVTA 4UTLA 4FNTA 3P5ZA 4K8HA 1W0MA 4UTKA 1W8SA 5I3GA 1H1ZA 3R13A 5C54A 3NZRA 4BWLC 3UQNA 2VENA 4OBTA 2JGYA 3PG8A 1Q6QA 2Z0IA 2QDHA 1W5MA 3QPZA 4P2VA 3O6YX 3W23A 2V30A 3E12A 1SU5A 3NYZA 4UFMA 4QJ1A 1V7YA 4I7WA 1EP3A 4MJZA 3G0SA 2GQAA 2P1FA 3O05A 1S3HA 2E6DA 3SGUA 3C2RA 1FWTA 4N2YA 1JQXA 4JY9A 4NXKA 5U4NA 3ABOA 3PBUA 4HPXA 3TNOA 1KFCA 4N9DA 1T8XA 1XL9A 5AHIA 1H63A 3SSJA 3PUOA 5LHFA 1W3IA 3ABQA 5AN7A 1WA3A 2A6LA 3M1ZA 3RFAA 3UNDA 3U6WA 3W2KA 3W2UA 4UTWC 2YPIA 3EKZA 3GNNA 1TRDA 1TTJA 3WK2A 5D38A 4ZQPA 1G7VA 5KINA 1TPFA 1BWLA 3PG9A 3CEPA 2YGYA 1VLWA 3VE7A 1WQ5A 5AC6A 2QJGA 3MMTA 1KM3A 3TMQA 4JTEA 1RR2A 3G1DA 1P4CA 3KFTA 2J9ZA 3CC1A 4QAIA 4XWUA 4NX0A 1DBTA 4O4WA 1YXYA 3DKLA 3LGEA 4EIVA 1DORA 4WZHA 3G18A 1GG1A 3M5YA 2QUVA 1LORA 2CZFA 1RQBA 3PB0A 3TSMA 4UTJA 5FEZA 4UTMA 3BK0A 1K8ZA 1B4KA 1TQXA 3CB8A 1NF7A 3LCLA 4JDYA 5A8GA 5G1YA 5J5RA 2V2CA 3C2EA 3W7JA 4MUZA 1ALDA 4AWUA 4BK9A 1R46A 1OF8A 3IIZA 4O0KA 4PEKA 3G1VA 3T78A 1LM1A 4LUIA 3O6CA 4LU0A 2XN0A 3H55A 4JEQA 4UFJA 3A24A 3IRDA 5D2TA 3HQ1A 3KVKA 1IIHA 1V5XA 2YFOA 1GEQA 3MJYA 3MBDA 2JK2A 5IBXA 4X3ZA 1HG3A 5MHBA 3TXVA 3P67A 3TUUA 1OFDA 2H8XA 2QJHA 3PS7A 3M0ZA 5F2IA 2A6NA 1QAPA 4UFHA 1SR9A 5D33A 2V2DA 3WK0A 2VOMA 2WJZA 2A7RA 1XXXA 2GQ9A 1N7KA 3L5LA 4JYFA 3NZ1A 3FYPA 4M7TA 3W7EA 2GPTA 2E5BA 4ONVA 5E0KA 1OFQA 1N8FA 2H6RA 1O60A 3W2JA 3TH6A 5I3KA 4NQ1A 5EYWA 3NQMA 1GVRA 3NPXA 1KFBA 4M6VA 4GRSA 2JGQA 4H4IA 3DGRA 3NQDA 1YTDA 4J9JA 3W1LA 3VKJA 1JUEA 2QCHA 3N34A 1K7EA 1LOQA 2GOUA 3PSVA 4WY0A 5D2YA 4UTIA 1YYAA 1ZNNA 3HIJA 2QCFA 4Y90A 1YLVA 1Z44A 4P61A 2PRHA 4DF1A 3LB0A 3M16A 1KM2A 2GVLA 2WKJA 5CPLA 3FA5A 1QOQA 1A5SA 1MEHA 3W7LA 5LNVA 1KA9F 5BRBA 1IF2A 2ZDRA 1NAL1 3G1XA 3TX9A 4DBEA 3M7WA 1Y0EA 3GAYA 2QR6A 5HWMA 2E5CA 3MWAA 3O06A 4UCGA 3VNDA 2CLLA 2P10A 4O13A 4TU1A 2ZZ5A 4RK8A 3TAKA 2WO5A 3BW2A 3PF3A 4UMBA 4RX0A 1SSGA 2PRLA 1EA0A 2A2IA 1D9EA 3R2GA 5BW6A 1TPUA 1ONRA 4FB7A 5HMSA 3C61A 2ZZ1A 2QEZA 4FNUA 3W2NA 4EOUA 2E5DA 2QDGA 5AHNA 4A2RA 4JTSA 3TQ0A 2V8ZA 1J4EA 4YWIA 4ADTA 5AB3A 4JYEA 1Q6OA 1VR6A 4E2BA 3LXCA 1FCUA 3P84A 5KTLA 1ZCOA 2LLEA 3DXIA 3FFSA 1TPWA 4Y96A 3TROA 3ABRA 3W75A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4IOT A;  4NIL A;  4XKY A;  4QQ3 A;  3M0Y A;  2OOD A;  2UWF A;  4YVX A;  1EIX A;  4DWS A;  1E4L A;  3DFN A;  2WZT A;  2FB3 A;  3JVA A;  2NQJ A;  2GSJ A;  2BOE X;  3UZ5 A;  2P50 A;  2C14 A;  2Z29 A;  5TAO A;  3R8R A;  4S3C A;  2Z00 A;  4AZ7 A;  3W76 A;  3LD5 A;  5I07 A;  3WYZ A;  4QLL A;  1EX1 A;  4HIB A;  5FEX A;  4O19 A;  3PAJ A;  1NSJ A;  1RD6 A;  3MP4 A;  3WLO A;  4V27 A;  1Q85 A;  4GBU A;  3MMU A;  2WCG A;  4P7Q A;  4ZOE A;  3AXK A;  2CZ5 A;  5CZJ A;  4LV9 A;  2YCK X;  1UH2 A;  1EJR C;  3ZT5 A;  3LCH A;  3TC3 A;  3ARX A;  2WJD A;  5E93 A;  2UY2 A;  2DFA A;  3Q94 A;  2EAW A;  1P7T B;  2BXZ A;  1G5A A;  1YPI A;  3GY1 A;  4A22 A;  1GNX A;  1QK2 A;  2XSA A;  3CQJ A;  4MWA E;  3FYY A;  4IIH A;  4L9Z A;  3NQF A;  1XIS A;  4PCP A;  2WZE A;  2H90 A;  2VTF A;  3ZVH A;  2QCE A;  3T8Q A;  3CZE A;  2CLI A;  4UR7 A;  1GW9 A;  4MAD A;  3UG8 A;  1FWI C;  1HGY A;  3RU8 X;  1LF1 A;  1BPL B;  1VPQ A;  1UYQ A;  4JFS A;  4XUG A;  5A8P A;  4LQ1 A;  1K9F A;  5AOU A;  5LXE A;  5GNY A;  1I9C B;  4DJD D;  2XVN A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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