4PCFA

Structure-based protein engineering of a monomeric triosephosphate isomerase towards changing substrate specificity
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
238
structure length
234
Chain Sequence
SKPQPIAAANWKSSLSGLIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAGNTDALASLKDFGVNWIVLGHFERRWYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVVTPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLAGLKPEFVDIIKATQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
molecule keywords Ma18-TIM
publication title Crystal structures of two monomeric triosephosphate isomerase variants identified via a directed-evolution protocol selecting for L-arabinose isomerase activity.
pubmed doi rcsb
source organism Trypanosoma brucei brucei
total genus 84
structure length 234
sequence length 238
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2014-04-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4pcfA00
2EAWA 4LTSA 3LLDA 2DJLA 5CSSA 4O54A 3OVPA 3T44A 1EUNA 2WJZA 4PA8A 1VLIA 3S1XA 1P1XA 3VFLA 1JUKA 1K8YA 1TTPA 1EP2A 3TC6A 2VKZG 1WBJA 1W1ZA 5KZDA 1JRCA 4JN6A 1O94A 5G5IA 4KWWA 3VKJA 2YGYA 5LNRA 3GAKA 3O6DA 3DXIA 3KRUA 4GBUA 2X16A 3ABQA 1O4UA 3HGSA 3NPXA 4JYFA 1TRDA 2DZTA 4JTKA 3P81A 1XFBA 2ATMA 4C1LA 4A29A 4FO4A 3GK0A 2I1OA 3LRKA 1YTKA 3T40A 1ONRA 1S5VA 3QH2A 5HWNA 5DXYA 1UASA 5F4XA 3MP3A 3CQ0A 4FXSA 4OV9A 3OVQA 2WNZA 2CLMA 1Z41A 3B05A 3P5YA 3W1QA 3W1RA 3KRSA 2C6QA 4TX9A 4AAJA 4XZ9A 4LVFA 1W56A 2JKAA 1VYPX 5LKYA 2ATSA 1HFBA 4YWIA 4N4PA 5BMWA 5E0KA 5D38A 4UR7A 2JK2A 2FDSA 1KM1A 3W1TA 2E09A 5KZEA 3N2XA 2ZZ2A 2DJXA 1TPC1 2ZZ5A 1LLWA 1FDYA 2J9XA 3HGOA 4NZJA 5DBTA 3ANYA 4EF9A 1OG0A 3S1WA 4R34A 4HNUA 4BI6A 2V82A 4IUOA 3STCA 1GVFA 5I3GA 3L66A 2D73A 3NGJA 3O15A 5AB3A 2WPBA 3WK0A 2YYUA 1KLYA 1H7WA 1FWWA 1SSGA 5LNWA 1XBZA 4BR1A 3PY2A 3KVLA 2BLEA 2QJIA 4H3DA 3N9SA 5HINA 2BTMA 3O63A 3STEA 2G5WA 2CZFA 1F5ZA 1VHCA 1PCKA 2V30A 3O1NA 1G4PA 1H7XA 1SFLA 4AHPA 3GYEA 4MY8A 1GYLA 5G2IA 3IGUA 4JTSA 5DCDA 1XBXA 3FKKA 3G1YA 2OMAA 2P0OA 4GUJA 4OBTA 4FIRA 3LBCA 2CW6A 2EGZA 2Q3RA 2BSLA 2WNNA 3TKFA 3DBPA 1OVDA 3OVRA 1OX4A 2JGYA 3UWYA 3M0ZA 4AWUA 4DBEA 2ISWA 1SZEA 3LXBA 1GPWA 5TQLA 2QR6A 4M6QA 3QPYA 2H3DA 4OT7A 4CNPA 1GVRA 3FIGA 1R46A 5DY2A 4DPPA 3PVFA 3EKZA 1Y0EA 5DBUA 4JEQA 3QW3A 1P0NA 5A8GA 4UFKA 3QEZA 3GXPA 1M5WA 1W5NA 2Y63A 3PS7A 2WSQA 2QCLA 3FJ6A 4AWTA 2GOUA 1T0OA 1TPB1 3IIOA 1EEPA 1JULA 3TSBA 3TXZA 1B3OA 4HT3A 4UFMA 1WOBA 1V7YA 2YR1A 1SU5A 4A22A 2V5BA 3PUOA 3A5FA 3MHFA 1TRIA 1QCWA 4DPQA 3W23A 1X8FA 1L6YA 3FKRA 4GUIA 4JTIA 2VFFA 4DQWA 3NQAA 3UYCA 1I4NA 4P61A 4IX2A 2NWRA 2G97A 3A9IA 3LX9A 3LCFA 3YPIA 3GKFA 4N02A 3SY5A 3MWAA 4UFLA 3G8RA 3PG8A 2H8ZA 1L2UA 3R89A 3ZWSA 3TU9A 1RQBA 5EKYA 2Y70A 4NX5A 1PCWA 1JCNA 2X2GA 1OX5A 3B0PA 1GG0A 1H50A 1K7XA 4QIUA 4Y6GA 4JDBA 3G18A 4LY8A 1VYRA 4IX0A 4EIVA 1YXYA 2A4AA 1PHWA 2RKXA 1UJPA 1EA0A 2V0TA 3CC1A 3G3DA 3LHUA 2Y85A 1FXQA 3M47A 1ML1A 2EHHA 1SPQA 3C52A 1UUOA 3DU0A 1QO5A 5DXXA 2H8XA 3PUEA 4PFMA 2OCZA 4LS2A 1DL3A 4HPJA 4HNNA 2NV1A 4MKNA 3W72A 4O4WA 4FX8A 2Y7FA 4LV9A 1FWRA 4JYDA 4QITA 1VPXA 4AMAA 3NPUA 2YFOA 3W1MA 3LCWA 3NQDA 1TJRA 1SO6A 2YPIA 2QAFA 4CCCA 2OZ0A 3LI0A 2GJNA 2C13A 3WK1A 3LCXA 4DEFA 5D02A 4FHAA 2VEPA 4RK8A 4WUIA 1GEQA 2GVGA 3G0SA 4XKYB 4DF1A 5TBOA 5CSRA 1A50A 1I2PA 3UY7A 2V2DA 4TMCA 3RNDA 3L5LA 3L2IA 3L5MA 3TIMA 5K4ZA 3PB0A 2NUYA 3TQVA 4A3UA 3GVGA 4RR4A 5DY3A 3LHYA 3NL2A 2YSWA 1RQEA 5CKSA 5F1UA 3ELFA 1VH7A 1TCDA 1H7NA 1VYSX 1H1ZA 4QISA 5G1YA 3HB9A 4B5NA 2QCDB 3RFAA 3NL3A 1Q3NA 1TQXA 1SW3A 2TSYA 3DI1A 4RZ4A 3TW7A 1PL9A 2RDWA 3W7KA 2V9DA 3DFPA 2YXGA 4WQ6A 2ZZ7A 5BOOA 1KFJA 3TAOA 3TQ0A 1EB3A 3LDVA 2AGKA 1A5BA 2Z6IA 5AHMA 3TX9A 1MSSA 3TDFA 1LOSA 3HGJA 5BRBA 5AC8A 2Q8LA 3GDMA 4UTTC 5HMSA 1I2NA 3WJWA 4FNSA 2C18A 1LBFA 1CI1A 3GLCA 1KM5A 4GJ1A 1J4EA 3G1DA 4CCDA 2FB3A 1S5TA 4K6AA 1WQ5A 1W5OA 3A5VA 3P8IA 3C2VA 5HNRA 5D04C 2A2IA 3QSRA 3LGEA 2WSYA 4Y9AA 4TIMA 5AHFA 3PG9A 5MHBA 1LDCA 2FTPA 3PBWA 5FF7A 1K8XA 4OQVA 3W1AA 1K8ZA 3G1XA 1W3TA 3W7IA 3L65A 4KFPA 1G4TA 2DZVA 4MLRA 1O5KA 2Q8ZA 3WJZA 2QUVA 4BWLA 2WKJA 1YXDA 4N6FA 3HF3A 2ZA1A 4U28A 2ZDRA 4L4LA 4JY9A 3EEGA 4XBSA 4O28A 1TV5A 1TV8A 1X1ZA 1TMHA 2Y89A 1U5JA 2J24A 3FS2A 1Q6RA 1YPIA 3EXTA 3FYOA 1XI3A 1ZAIA 3P62A 5CPMA 5I3IA 2XN2A 1JCMP 1JQVA 4UCGA 3M41A 1UB3A 4FX6M 2HS6A 1CW2A 4O53A 2ZRZA 4PTNA 4JICA 4AH7A 1HO1A 5FEPA 2ZRYA 3GKAA 4XBKA 1GT8A 4O1AA 2A7NA 4IMGA 1OYAA 2ABAA 5C54A 1QDSA 1IXOA 1I8JA 3I65A 1ZHAA 3R12A 1AW5A 4NJJA 1DVJA 1YXCA 4XQ6A 3LBMA 1WDWA 2FPYA 3BV4A 5D09A 1H61A 2A6LA 4JIPA 4PEKA 1LOQA 4O19A 2GQ9A 2ISSA 3C4UA 4GUHA 3JR2A 2F84A 5F1VA 3QM3A 1TV7A 3BGJA 1BEUA 3KAOA 4DELA 1WOAA 4EOUA 4H4IA 1RPXA 4HKPA 3WK2A 1XXXA 4Z0SA 3P67A 1JCXA 2F7FA 3BLEA 1PHQA 3SR7A 1SO3A 2VELA 4MFEA 2CU0A 2OX1A 2J88A 1QOPA 3ZWTA 1OYBA 3W75A 3E0IA 1KV8A 1FWTA 1TTQA 2PURA 3ATYA 3SI9A 4WOQA 1P5BA 2DU2A 3W85A 3GR7A 2YW4A 3T4CA 1F2JA 1NF0A 1LORA 2AAMA 2VOMA 4NX0A 4Y96A 4Z0JA 3B8DA 3S6DA 1SW0A 3W2UA 2R94A 1DHPA 4A2SA 4JDYA 3LHTA 1SZGA 2A7PA 1EP3A 4N4QA 3NEVA 1L6WA 1F6PA 2E6DA 3ATZA 3CWOX 3W73A 3LLFA 3C8FA 4BK9A 4N9BA 4KWVA 5AYXA 4XTIA 3EKLA 4YCOA 2B7QA 2NXGA 3EX4A 4MPQA 2P1FA 3NQ8A 1WXJA 3I7RA 1F05A 1TPDA 5EYWA 3GNDA 1G7VA 1MEIA 3NQ2A 1OX4B 1ME9A 1QWGA 4ADSA 2XN1A 3UXAA 5K9CA 2HSAA 4UMBA 4MJZA 2V2HA 3LOTA 3W7JA 2ZTJA 1IIHA 2GQ8A 1TPFA 3INPA 3M6YA 2CLEA 1FCQA 7TIMA 3Q37A 4NNBA 1GVQA 3MI6A 1YADA 1W3IA 3W71A 1Q6LA 3PSWA 5HUOA 1OFEA 3UWQA 1F7BA 5FF4A 4WY0A 2QCCA 4YLWA 4BI7A 1XUUA 1LTDA 1EX5A 1GWJA 1JCLA 3W7NA 3A22A 1JUEA 1OJXA 1X6UA 5BW6A 1F73A 3W1LA 3F1QA 3H55A 1KFBA 3BW4A 4CQ8A 2B0MA 3G1AA 1W5MA 3BPWA 4A21A 4E2BA 4LUJA 3G1HA 3P8JA 3W2NA 4MYAA 4RV8A 1K7FA 3RF9A 3TFCA 5U4NA 4S2CA 3TJLA 3USBA 3IGSA 2TMDA 2WOQA 5EMUA 4ZL1A 4JXCA 2E6AA 1G6CA 1DBTA 3B0VC 3CEPA 2VFEA 3MMTA 2TYSA 4XTDA 8TIMA 3O6YX 3IIPA 3B4UA 1QPOA 5AHIA 1QFEA 2CLKA 3RLVA 5J5RA 3NXFA 4GUGA 2ISVA 1WYIA 5F2GA 2YFNA 3CB8A 3DGRA 4UTLA 1KTCA 1B4KA 3BLIA 4RZ6A 3EX2A 1GJPA 1VJIA 2JKPA 3M43A 1FXPA 3GIYA 3QC3A 1EPXA 5F4WA 4UTWC 3B06A 2C15A 2CZDA 1D9EA 2RHGA 3W2MA 5SWUA 3BO9A 1A5AA 5G4EA 3VI2A 4FIQA 5KZMA 2GVJA 3A23A 3BG5A 1KTNA 1AW1A 3N73A 3LTPA 4MY1A 3CHVA 4QNWA 3RU6A 3Q94A 5AHNA 3PSVA 2AQWA 2CLLA 2QKFA 2GQAA 2FJKA 3W84A 1K7EA 3IGXA 4NNCA 3MHUA 4WY0F 2WQPA 1H5YA 1KW1A 5DN1A 5CPLA 4RJEA 1B9BA 4MZ1A 3L5AA 3S5NA 2E6YA 3LHZA 4NNAA 1PV8A 2ZQ0A 3OG3A 4IWWA 3NQ7A 3QMTA 1R30A 4UMCA 1MEWA 3P84A 1U83A 3DKJA 3CTLA 3TSMA 1YLVA 3U2OA 4R7JA 4O10A 4ZQPA 2Y6ZA 5G4WA 1W5QA 3BGGA 3NQCA 4MOZA 2E77A 5D37A 5K2ZA 1O60A 3MHGA 3FA5A 4HSNA 1BTMA 1RR2A 2GVLA 2R14A 1GYNA 1TIMA 1I2OA 3LHWA 4PH6A 3GNNA 1Q6QA 5D30A 4CNOA 2DZSA 3I7SA 3M1ZA 1HG3A 3NYZA 2QCMA 3R5EA 4ZQNA 1W37A 3FYPA 4OV4A 4WOZA 3W7GA 2X1UA 2NLIA 1VQTA 1TPEA 4O52A 1H62A 4MVAA 5FF2A 3W7LA 2PRLA 3U6WA 4Q32A 1T99A 5KSWA 4LV4A 1G4EA 1JCYA 2W6RA 3MP5A 3PC0A 1K3UA 2IQTA 1VZWA 3SW6A 2ZZ1A 4EVZA 1PIIA 3T55A 3HGRA 4UMAA 3W1UA 4O4VA 4JIQA 2BWGA 2JGQA 1H63A 3LTYA 1QR7A 2VC6A 3RLUA 3E02A 2CLIA 3GB6A 3NZRA 4UTTA 3CT7A 2QEZA 3RMJA 3CEUA 3FEMA 4NJHA 4OE7A 3EWXA 3BARA 3I68A 4UFIA 1R47A 2TPSA 4JTUA 4DF2A 1C8VA 2ZA2A 4JTLA 4GRSA 2LLEA 1QMLA 4FNUA 5D32A 5DELA 3WJXA 4MJMA 3N2MA 3S1VA 4MFDA 1XBYA 2WSRA 3LV5A 3STFA 1LBMA 4O0KA 1RQHA 4FNQA 3CPRA 1M7OA 1AL8A 3UY8A 3O8AA 1W54A 4ALDA 3CIXA 1ZY9A 4AB4A 2RFGA 5FF3A 2FPVA 1RVGA 3F03K 4IMDA 2RDUA 4LRSA 2ZTKA 3OA3A 3L0KA 3P5ZA 2ZFAA 3NA8A 3HPXA 5KITA 2E5DA 4X3ZA 4Z1AA 3S5ZA 4AWSA 1R2TA 1QAPA 1KBJA 1WBHA 1X1OA 4IMFA 3N19B 3GR8A 1K02A 3HG5A 3N14A 5CPOA 4LVDA 5HR6A 1FDZA 1DQXA 5DCEA 2CWNA 4PODA 4O0ZA 4LNYA 1RV8A 3BG9A 2QCGA 1NEYA 5C2XA 4R53A 3G1SA 2VFHA 2B7OA 3E12A 3R8RA 3ABSA 5HWMA 1AL7A 4HSOA 5AHLA 3N34A 2PRMA 4U4MA 5FEWA 5LGXA 1ZFJA 2Z1BA 3S9YA 4E38A 3IV3A 4M7SA 2JBMA 1OFRA 3LTSA 4AHOA 4K38A 3MYPA 4K8EA 1W8SA 3A21A 4FF7A 3EX6A 1KM6A 4JD4A 3PBUA 4O1BA 5HUPA 3E9AA 4LW7A 4AHQA 3NPWA 3S42A 3TAKA 5AN7A 3QFEA 2BX7A 2QCNA 4ADUA 1D3GA 1XBVA 3G22A 1F74A 1WA3A 1G7UA 2OT0A 3FFSA 3IIVA 3KXQA 4JTGA 4K37A 4N6EA 4NXKA 3QW4B 3O05A 3UPWA 1ME8A 3PAJA 4UTJA 3UZJA 4JTTA 1THFD 3B03A 1KBIA 1JVNA 2C0AA 4GXMA 1RD5A 4WXZA 4FNRA 3W6YA 1MO0A 2WO5A 1C9DA 2VEKA 1TREA 4S2BA 5HQEA 1UCWA 4KFOA 5HULA 5FEXA 3ZS4A 4EF8A 2QCHA 3TMLA 1DJQA 3SIZA 2FLIA 3GDTA 1LBLA 1XKYA 3SECA 2A5HA 2ZBTA 4POCA 4D2JA 4RLIA 1NSJA 5IBXC 2NUWA 1S5WA 1O95A 1YPFA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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