4PTX | Genus

Total Genus 175

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	175
sequence length	445
structure length	445
Chain Sequence	IIFPEDFIWGAATSSYQIEGAFNEDGKGESIWDRFSHTPGKIENGDTGDIACDHYHLYREDIELMKEIGIRSYRFSTSWPRILPEGKGRVNQKGLDFYKRLVDNLLKANIRPMITLYHWDLPQALQDKGGWTNRDTAKYFAEYARLMFEEFNGLVDLWVTHNEPWVVAFEGHAFGNHAPGTKDFKTALQVAHHLLLSHGMAVDIFREEDLPGEIGITLNLTPAYPAGDSEKDVKAASLLDDYINAWFLSPVFKGSYPEELHHIYEQNLGAFTTQPGDMDIISRDIDFLGINYYSRMVVRHKPGDNLFNAEVVKMEDRPSTEMGWEIYPQGLYDILVRVNKEYTDKPLYITENGAAFDDKLTEEGKIHDEKRINYLGDHFKQAYKALKDGVPLRGYYVWSLMDNFEWAYGYSKRFGLIYVDYENGNRRFLKDSALWYREVIEKGQV

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Hydrolase
molecule keywords	Glycoside hydrolase family 1
publication title	Biochemical and structural characterization of a thermostable beta-glucosidase from Halothermothrix orenii for galacto-oligosaccharide synthesis. pubmed doi rcsb
source organism	Halothermothrix orenii
total genus	175
structure length	445
sequence length	445
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date	2014-03-11

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00232	Glyco_hydro_1	Glycosyl hydrolase family 1

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	4ptxA00

4KH2A 4U2ZA 2D0FA 4PMYA 5I3DA 3VIKA 2CXGA 3WF0A 4J3TA 2UY4A 1DWHM 3WIJA 1PBGA 4MPKA 3U5YA 3KL3A 4LYQA 5ECUA 3BMVA 4L4PA 1ZJAA 1OGBA 3GNRA 1H5VA 1LJYA 1MQPA 1VJZA 5TD4A 2YLLA 4P8XA 3QR3A 1UH4A 1Q6EA 3SCQA 2XVLA 5I78A 1ISWA 1GQIA 3CMGA 4QAWA 5HOSA 2VX5A 3FW6A 4U3CA 4BF7A 1VEOA 3DYMA 1KXVA 1JIBA 3VD9A 3PZNA 1V0KA 4QCEA 4Z2LA 3GXFA 1J11A 4ZXOA 2RGMA 2V5CA 3A47A 3ARRA 1KGXA 1MWOA 3PZTA 1FHLA 3EDDA 2JF7A 1VEMA 4J3XA 2D20A 1W1PA 2ZUTA 1W1YA 1XGZA 1ZBWA 2DH3A 4JKLA 2ZX6A 1J0KA 4UOJA 1WDQA 4ACZB 2XFYA 1PIFA 4CU7A 1E43A 3VD4A 1C90A 1B31A 1QW9A 2V3GA 4QLKA 5FL1A 4IM4A 1V6YA 1E6SM 5A8NA 2X8RA 1UKOA 3CZJA 2GVYA 1B9ZA 1GJWA 1EQCA 3N11A 2ZIDA 4D1IA 2OWCA 4URIA 2OYMA 4TUFA 3AIEA 3K4AA 5LA0A 3F5JA 3PZIA 2XWEA 1G1YA 1OWQA 2ZWYA 2DT3A 2O9PA 2BY3A 1PPIA 3CPUA 4PSPA 4AMCA 2G3JA 1NARA 2W62A 1E55A 4XV0A 4GQRA 2WMHA 1OM0A 2WMIA 1C8XA 1BYCA 2O9TA 1DEDA 4Y7EA 4AD2A 1V3HA 3WF3A 4RE4A 3ZOAA 4Z2KA 4HZ6A 1OCQA 5BXPA 1UKTA 3L4UA 1B3XA 1CXFA 2Y5EA 3VDBA 2PB1A 1H11A 4PMRA 2YA0A 3CH9A 4CN4A 3AMDA 4H8VA 5FOOA 4JHZA 1TUXA 5M17A 2XG9A 1CBGA 3WEMA 1JZ6A 3FAXA 3K4DA 1UWSA 2D22A 4DUVA 2W66A 4MB3A 2BVDA 2CBVA 4GO8A 1LF1A 2X05A 1XH2A 2PWHA 3VIHA 2XJ7A 1JYNA 1NM9A 2VZVA 1UWTA 3GH7A 2Y2WA 5A2AA 3VINA 2XFFA 1GVYA 4BS0A 4D71A 3BLPX 1J0IA 4M56A 1CYGA 5JIWA 4MDOA 4GPNA 5FKYA 2X2YA 3CGTA 4HMDA 1BFNA 3D5HA 1GOKA 1UR4A 1TA3A 4V2XA 3LPPA 1V6WA 4FMVA 3GM8A 4CD4A 5EBAA 4Z2HA 3BAKA 3RILA 5C71A 3EDKA 4PTXA 4DWSB 2CESA 3ECQA 1W2VA 2GK1B 2OSYA 1W3LA 3FY1A 1CPUA 3K1DA 3MO4A 3W24A 1FOBA 1NOUA 1B0IA 1B1YA 1E4MM 3B9AA 3WMBA 1JAKA 3ARXA 1E3XA 1R8LA 4AYSA 2J75A 1CWYA 2FHBA 4W5ZA 3GDBA 5AC5A 1KQZA 2XVKA 4MB5A 4FK9A 1E71M 1ECEA 3ZJ8A 1HNYA 1CXEA 2VT0A 3DYPA 4AD4A 3MSDA 2WMFA 1Z32X 4NZCA 2W63A 3UESA 4HA4A 1I1WA 2DH2A 4GZJA 1V02A 1FFRA 2JIWA 4H7VA 4HPGA 1JI2A 4PCSA 4CU8A 2VVSA 2DIEA 4U5IA 1V6VA 4PEEA 2JFEX 3SCWA 1HJWA 3BAIA 3LPGA 3N15A 2VTFA 1RPKA 1JD9A 2F61A 2YL6A 3I3EA 2VUYA 3EMZA 1FA2A 8CGTA 4AD3A 4KGLA 1U33A 5GPRA 3THDA 3NJ3A 3W4RA 2DDXA 4Z2IA 5A6LA 1MW1A 2ZX9A 3AOFA 2CITA 2CERA 3B9DA 3W37A 2VVNA 6CGTA 4MNLA 4D6FA 1CECA 4AD1A 2G8ZA 1PJ9A 1UWIA 4FLSA 2BVTA 1KR1A 4F79A 1EXPA 1CGUA 3WELA 4F9DA 5ABGA 1DWIM 4HPHA 3WNNA 1H1NA 1WE5A 1CXIA 1WZKA 1JAEA 2BXYA 4W89A 1UD4A 2WVVA 3B9EA 1VIWA 1B3ZA 3ARQA 3CBWA 5IHSA 1KQYA 3VILA 2YIHA 5IDIA 1J10A 1IZJA 2VX4A 4MAVA 4C7GA 2D3NA 2J7EA 1UQYA 1O6IA 5CSYA 1E5NA 1WZMA 1UKSA 2J62A 1FH9A 1EOMA 5A69A 1B3YA 1XSIA 2XYLA 1KXQA 4UQCA 4FF5A 1LL4A 1G9HA 5A2BA 1OSEA 2GDVA 2BS9A 2YDQA 4M82A 2E9LA 4P7QA 3SCPA 1OBAA 1HKMA 1TVPA 3AMLA 2XIIA 4ATDA 3WDQA 3WUFA 2VX7A 2CBJA 3CUIA 4UQDA 5BRPA 3IJ9A 4KRTA 3PZUA 3AXHA 3VX0A 1DTUA 1L8NA 2DSVA 3OZPA 4CGTA 2JE8A 1D2KA 3WUBA 4UOQA 1UOKA 6TAAA 2NW0A 3CZEA 4RL3A 1Q6FA 1QNRA 5E09A 1W3JA 1E6NA 1UKPA 1KXHA 3CZGA 1GORA 1NQ6A 4LYRA 5C70A 1HP5A 1AVAA 4F66A 1OD0A 2VL4A 2D23A 2O9RA 2RGLA 3PBGA 1ISZA 4PCTA 1W3HA 3W53A 4CU6A 4TVCA 3ZIZA 1E5JA 4ZFMA 5A6BA 5JIPA 3WMSA 1K6AA 4E8CA 3ZT7A 3SCUA 1PAMA 1LG2A 1GOWA 2VR5A 1J9YA 1LQ0A 2W4XA 3GNOA 1NH6A 2BY0A 2AAAA 3CO4A 3PZOA 5A3HA 2VQUA 3M46A 3VM5A 2ZUWA 4D6IA 1NWRA 1VFFA 3ZQ9A 4KGJA 1MW3A 5JBDA 2QLYA 3IAQA 3VGFA 2WZEA 3CZKA 1WZLA 4W7UA 2PI6A 3MMUA 2XVPA 5CGMA 3VGEA 1VENA 3ZSTA 1UR0A 2A3EA 1AQMA 1BHGA 1TA3B 2VO5A 1E0VA 2E8ZA 3O6AA 4HOWA 1MW0A 4AZ7A 1KXTA 1CXHA 3L4ZA 1X6NA 1R85A 2FH6A 3OGRA 2WK2A 3W28A 3AISA 4CUCA 2V5DA 4JAWA 3WENA 3PZVA 4PMOA 4Z2GA 1PIGA 1JDAA 1EDQA 2AMGA 1Y7VA 1MQQA 3A4XA 3T2OA 3L2MA 4LGXA 1JNDA 2DT0A 1JZ8A 2PWEA 1G01A 3WN6A 2WCGA 4LYPA 4B3KA 1H09A 1VFMA 3T09A 1U2YA 5EB8A 1RH9A 4KRUA 4BQ4A 1K9EA 4U2YA 2D3LA 2DGAA 1SFSA 1HJXA 1EGZA 4V28A 4ZXLA 1FFQA 2E9MA 1CIUA 1S46A 4QFUA 2HISA 1XH1A 1E6QM 2ZXBA 3PZGA 1WKYA 4B16A 2PWGA 3VMPA 2OSXA 4TOQA 3ZSSA 3MV01 1C7SA 2QPSA 3WF2A 1JXKA 1GQJA 3NIYA 4UNIA 2Q8XA 3T2QA 1H49A 2E0PA 3T08A 4CN1A 1BYAA 3BAYA 4BCEA 3UERA 2DT2A 2J47A 3BXWA 1QHOA 1VFOA 2WW5A 1WO2A 4JL2A 2WSPA 1UA3A 2CYGA 4MADA 1UWQA 1XRVA 1EDGA 4AZ5A 4S3KA 2WVVB 4WSJA 5ABFB 2GJXA 3OIHA 3OLEA 3FHQA 1VJSA 2J78A 3AXXA 5I5RA 4W8AA 9CGTA 3RJXA 3AQUA 2XPKA 1K9DA 3O9NA 2JALA 2E3ZA 3WD0A 1W9BM 2ZUSA 2WWCA 2DQXA 1QNOA 1FP8A 3DECA 3VNZA 3W25A 4X0NA 3N1AA 3EMCA 3AMGA 1JDDA 3TA9A 3II1A 4DM1A 1G94A 4CVWA 3IK2A 1BF2A 1KGWA 3TTQA 1JZ2A 1V0LA 3WQ8A 3OLGA 3AICA 3AZTA 2Y8VA 1LLOA 3AIUA 1AQHA 1NOWA 1OIFA 3WH8A 5E6ZA 1CGXA 1C8YA 3A6OA 4X9YA 5CLTA 5I0DA 2QHAA 4JCMA 5A8MA 1HKJA 3WD1A 3WQ5A 4WKAA 3ZJ7A 1BGGA 2BY2A 3AHYA 3PTQA 1QHZA 1M7XA 2WNWA 1GZJA 4B3LA 3WMCA 5AYIA 1V6UA 1NWTA 4JFSA 1UD8A 2QMKA 4K68A 3N17A 3BSHA 3KZSA 1R86A 4PUDA 2YBTA 2QF8A 4DUWA 1R87A 4JFWA 1MYRA 1PEZA 1V02E 1ZBKA 1ZBCA 3ARWA 1MXDA 2X1IA 2GJRA 4A3YA 1E6PA 4AEEA 4AY1A 1VBRA 3UG4A 4UQ9A 3F5LA 1HF6A 1F4HA 5IFPA 2WM0A 2BV9A 4NSBA 3S6TA 1JZ3A 1B90A 1I75A 4OZOA 4BZYA 1LWJA 2GFTA 3VX1A 3FN9A 3WSUA 3SCNA 2BHZA 5JBEA 1JDCA 2XFRA 1KBBA 3POHA 4W84A 3WNPA 4C7FA 1JYVA 2WLZA 1JF6A 2O9OA 2EPNA 3OZOA 4EE9A 2WWDA 4WKFA 4D72A 2QMJA 2VI0A 2ZWZA 3W81A 1EHNA 5BWFA 4Z2JA 3AYRA 2VOTA 3ARSA 2YDSA 1JFHA 1UHVA 2DSUA 2PBOA 2IUZA 3HN3A 4UFKA 4FLRA 4HOXA 3AS0A 3L4XA 1MQRA 2XUCA 2VZSA 2XM1A 2ZX5A 3AZSA 3RM8A 3SIMA 1UG6A 4WSKA 1GOQA 2J4GA 4X0VA 1EHAA 1BQCA 5KEZA 1KCLA 1GOMA 1XSKA 8A3HA 2WHKA 1E73M 1HL8A 3GNPA 3M07A 1GCYA 1QI3A 5M5DA 3WD2A 1GHSA 2YOCA 3BLKA 2X09A 3VNYA 3EDEA 2G3NA 4YHGA 1X1NA 2QV4A 3CZ8A 5FCZA 1HX0A 4P8UA 5D9OA 3W29A 2J25A 3WY1A 5IHRA 4DWSC 4XUYA 3WH9A 1WDRA 3VD3A 1J0HA 3LMYA 4D6HA 5DO8A 2EBNA 7CGTA 3I3DA 2ZX8A 4GI6A 2D1ZA 2WC7A 5DFAA 5HBFA 3GH4A 4ZE5A 4GIAA 2BY1A 4XX6A 3VTRA 5HNNA 1TR1A 1E3ZA 2D0HA 5CJ5A 1CGWA 1W9VA 4W5UA 4LQ1A 3SUSA 3VKKA 1IT0A 1V08A 1PX4A 1QVBA 1RP9A 1BVZA 1B3WA 3FAWA 2BNJA 2WKGA 3VDHA 3T0DA 3ZM8A 4W7VA 3AHXA 1BTCA 5DMYA 3OGSA 4UCFA 1HXJA 4XB3A 3AJ7A 5F7UA 2ZUMA 2VR4A 3VVGA 1XCXA 3KWXA 3TTYA 1C92A 1ESWA 3WDHA 1XYZA 3MUZ1 4EKJA 1XD1A 2W92A 2VQTA 3NSXA 4TTUA 4B9YA 1J0YA 4W87A 3ARTA 5FL0A 4AD5A 1R7AA 3RM9A 4BQ5A 3MANA 2BVYA 3GBDA 4MNJA 4PSRA 1M53A 2GJXB 4HA1A 3NYDA 3WNLA 1UUQA 2BXZA 5CPSA 1W1TA 1TCMA 3OLDA 3MKKA 2G3IA 1V3KA 4F8XA 5CZKA 4Q22A 2G41A 4MB1A 5HPOA 3AHVA 1HVQA 3BAWA 1GJUA 1H0GA 1WDPA 2E9BA 5DEZA 4OBSA 2WXDM 1E0XA 3WUEA 2VCBA 3RCNA 2PWFA 3UEQA 1J18A 1CGVA 1EH9A 3EYPA 1DWJM 4UOZA 2WHJA 3QOKA 3VPLA 5IXEA 1QPKA 3WQWA 2J74A 5I2UA 2TAAA 5GQBA 4PRWA 1VBUA 3UR7A 2W5FA 1CGTA 4LPCA 2FGZA 3WL0A 2YL9A 1SMDA 1LL6A 2WHMA 4F9JA 2D2OA 4UQBA 5I24A 2J7CA 4AZHA 1W2PA 1OIMA 2CPUA 4M29A 2VX6A 3SURA 2MANA 3VIIA 5FIPA 1KFWA 1JFXA 1CTNA 1E9LA 4ZENA 2XSBA 2XM2A 3BAJA 4MJ4A 1CXKA 3VIOA 4IPNB 5A6KA 4UQEA 1WP6A 1JI1A 5EFDA 2DEPA 1EO5A 3FHAA 4PMNA 3ZT6A 3AROA 3M7SA 1W32A 1PZ2A 5DF0A 3SCRA 5ABFA 4HU8A 4WIWA 3UCQA 5HDRA 4D6JA 1N82A 7A3HA 2JIEA 5KZ6A 2FHFA 1UD3A 4EK7A 3VD5A 4HA3A 3WQVA 1BSIA 1W9XA 1HJSA 4QCFA 1CGYA 2CHOA 1JF5A 2CETA 3TTOA 1PZ3A 4ZE4A 1GNXA 3WUGA 4AD0A 1EDTA 5JUVA 1F4AA 4M81A 4D1JA 3BCDA 1H41A 2YA2A 3LPFA 3HJEA 2OSWA 1UYQA 4R27A 2YKKA 1E40A 1KWKA 2WPGA 3PZQA 2WVTA 3W0KA 3W82A 4PYSA 2EPKX 1FH7A 5I6SA 1C7TA 2VURA 4LX4A 3L4WA 4P7OA 4HZ7A 3QGVA 4AIEA 2Y24A 1KR0A 4M24A 2GDUA 2GUYA 4ACYA 4GKLA 4BA0A 4CD6A 1M03A 4TX8A 4AIOA 3AI0A 4JFTA 4TVUA 3A4WA 1W9UA 1JD7A 2V3DA 3DHUA 4J3WA 3WBAA 1UR8A 2JEPA 2AOSA 3VIFA 1K9FA 4HMEA 2X0YA 4UFLA 5CSUA 3ARPA 2ZOXA 1A3HA 1ZS2A 2W67A 3BC9A 3L4TA 3MUAA 2NSXA 4P7RA 1ZU8A 3SUUA 4JFVA 1V0MA 3MMWA 1XHGA 3ARUA 4GINA 3ARVA 4H8HA 2VZTA 3AS2A 1IV8A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1QI2 A;  2XHY A;  2OYK A;  2CEQ A;  4H04 A;  1GOO A;  4S3J A;  1XYF A;  3SUV A;  4MAZ A;  5D9P A;  3L4V A;  2VZU A;  1NWU A;  4MJ2 A;  4A3H A;  1E15 A;  2XTK A;  1XH0 A;  3ZJK A;  6A3H A;  1NP0 A;  2EPO A;  3K46 A;  3GTN A;  5A6A A;  3OGV A;  3NDZ A;  3AZR A;  3MSG A;  1FHD A;  2ZXA A;  3SUW A;  4E8D A;  3GH5 A;  5A8Q A;  2BHU A;  3VMO A;  4JKM A;  1NP2 A;  3N12 A;  1UA7 A;  1B3V A;  1E4I A;  2FHC A;  1WPC A;  3VO0 A;  3CLW A;  2VJX A;  3OBA A;  3QOM A;  3VD7 A;  2V3E A;  1SMA A;  1W9D M;  1FP9 A;  5E6Y A;  4UTF A;  5BXR A;  1GVI A;  1WAW A;  3ALF A;  5DT7 A;  3EDJ A;  3VUP A;  2J7F A;  4WKH A;  4IIS A;  4M1R A;  1JG9 A;  2O92 A;  4W86 A;  4U5K A;  4YHE A;  2EPL X;  1PX3 A;  1D7F A;  3UG5 A;  4FLO A;  1UR1 A;  3WDP P;  2EJ1 A;  2J8G A;  5A2C A;  4TX6 A;  1ITC A;  2ESC A;  1M01 A;  3M6D A;  4HTY A;  4V27 A;  2WVS A;  1UKQ A;  1CEN A;  2BFG A;  1HJU A;  1XC6 A;  2C7F A;  1HT6 A;  2YA1 A;  3BAX A;  1MVY A;  2UY3 A;  3HMC A;  1ISX A;  4GI8 A;  4IUG A;  3T0A A;  1W3K A;  3WL1 A;  4HP5 A;  3WNM A;  3EMQ A;  3PZ9 A;  3WH5 A;  1MFV A;  1ODU A;  5E9A A;  1CXL A;  3ZO9 A;  5CXP A;  4OKD A;  2J8F A;  3IAP A;  2WVU A;  1X6L A;  4CN6 A;  4WJX A;  3CZL A;  1HVX A;  1BG4 A;  3U7V A;  2XGI A;  2EO7 A;  4IPL A;  3RM4 A;  3CUF A;  2DPE A;  4XZB A;  3SEP A;  4DWS A;  3ZJ6 A;  4AWE A;  1C3F A;  2IXU A;  2GK1 A;  3BSG A;  4AXN A;  4NF7 A;  1WB0 A;  2VNC A;  2EQD A;  3AHZ A;  5CPQ A;  3GXM A;  3PTM A;  1UD6 A;  5A95 A;  3CHD A;  3AIV A;  2C8N A;  1VEP A;  1LL7 A;  3QHN A;  4OOU A;  5GNZ A;  2XGB A;  2J79 A;  2ZX7 A;  1ISV A;  4AZB A;  4C7D A;  1BGA A;  1NOF A;  1XV8 A;  1GHR A;  1DWA M;  3D3A A;  3AFB A;  2B31 A;  3VIG A;  3KE0 A;  3WNK A;  3W27 A;  1UD2 A;  4W88 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4PTXA

Total Genus

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Chain Sequence

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