4QLJA

Crystal structure of rice bglu1 e386g/y341a/q187a mutant complexed with cellotetraose
Total Genus 195
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
195
sequence length
472
structure length
472
Chain Sequence
NWLGGLSRAAFPKRFVFGTVTSAYQVEGMAASGGRGPSIWDAFAHTPGNVAGNQNGDVATDQYHRYKEDVNLMKSLNFDAYRFSISWSRIFPDGEGRVNQEGVAYYNNLINYLLQKGITPYVNLYHYDLPLALEKKYGGWLNAKMADLFTEYADFCFKTFGNRVKHWFTFNEPRIVALLGYDAGTNPPKRCTKCAAGGNSATEPYIVAHNFLLSHAAAVARYRTKYQAAQQGKVGIVLDFNWYEALSNSTEDQAAAQRARDFHIGWYLDPLINGHYPQIMQDLVKDRLPKFTPEQARLVKGSADYIGINQYTASYMKGQQLMQQTPTSYSADWQVTAVFAKNGKPIGPQANSNWLYIVPWGMYGCVNYIKQKYGNPTVVITGNGMDQPANLSRDQYLRDTTRVHFYRSYLTQLKKAIDEGANVAGYFAWSLLDNFEWLSGYTSKFGIVYVDFNTLERHPKASAYWFRDMLKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-glucosidase 7
publication title Effects of active site cleft residues on oligosaccharide binding, hydrolysis, and glycosynthase activities of rice BGlu1 and its mutants
pubmed doi rcsb
source organism Oryza sativa japonica group
total genus 195
structure length 472
sequence length 472
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2014-06-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4qljA00
4JKLA 3W38A 2J47A 2YIHA 4EAMA 2VZSA 4JL2A 3D5HA 2VR4A 1HVQA 3PHAA 1GOWA 5IDIA 3CUJA 4V28A 3WEMA 2W92A 4GPNA 4ML4A 3BAWA 3AFBA 1C92A 4CCEA 5LA1A 4OOZA 3S6TA 3VGDA 3WH7A 2WAGA 2CESA 2WCGA 4H04A 2YA1A 4AEEA 2EPNA 1ISZA 5E09A 2OYMA 1G9HA 2FHCA 2W62A 4J27A 3VIGA 4MDOA 3T0DA 2ZUMA 3K8KA 1J0KA 1A3HA 1VF8A 3VM7A 4WF7A 3VILA 4UR9A 2XFRA 1JYVA 4N0RA 4FLRA 3TOPA 1LG1A 4BCEA 4Q22A 4CCDA 2WWCA 3AZSA 1KQYA 3AZRA 1E4MM 2J75A 1KR0A 4JFSA 3WFZA 4JZ5A 4ATLA 2X1IA 1EQPA 1ODZA 1E6NA 1WE5A 2PBGA 1QI2A 1VBRA 1MQPA 5CGMA 2VCCA 3CHEA 4HTYA 1V3KA 1XV8A 2F8QA 2WSPA 3BSGA 5FKYA 1C90A 1JDCA 1DTUA 1YQ2A 4HU0A 5GPRA 1NP2A 4GI8A 4P8VA 2VC9A 4JHOA 5HDRA 3U7VA 3DC0A 1JZ7A 3VX0A 1GQLA 2ZWZA 3SUWA 3VDHA 1LQ0A 3WD2A 3AHTA 3VGFA 3ARQA 5DFAA 3AIBA 1BF2A 2WMHA 4M24A 2VX6A 1W32A 1EOKA 3AROA 2YDRA 5I0DA 5DEZA 1FH9A 1QVBA 1GORA 1WNOA 2AMGA 1ZB5A 4J3TA 4AW7A 5JIPA 3W6LA 4UFIA 5I3DA 1RPKA 4N42A 3W24A 3KL3A 3UETA 3IAQA 3NSMA 1UWRA 3MANA 4YHEA 5D4YA 3VGHA 1WDPA 4BQ4A 5BCAA 3VTRA 2XWEA 5F7UA 2WC7A 3PN8A 1H0IA 2IUZA 4YPJA 1OD8A 1UA7A 1EDGA 4YN5A 3RO8A 4DM2A 3PZUA 2J7FA 1TZ7A 1GQJA 2DSVA 1W9DM 2NT1A 1M03A 4Z2LA 3SCSA 2BY3A 3EDFA 3ZT7A 4BF7A 1QNSA 4AIUA 1ZS2A 4F66A 4P7RA 1OT2A 2DSKA 1B31A 4ZEPA 3MS8A 4XUYA 3WQ6A 3AS3A 1ISYA 2XWDA 3QHMA 2YBUA 1XC6A 1ZBKA 2W91A 3MV11 4CD4A 3VU2A 4NF7A 1BPLB 3UEQA 1X6NA 3BAKA 3MSGA 5C8BB 1CBGA 4Z2JA 1MQRA 4WKFA 1FHLA 5CLTA 1HKKA 2WVUA 1EO5A 2E0PA 3KE0A 3WEOA 5BXPA 4UQEA 3AMKA 2VQTA 4Z2KA 1KXHA 4GO9A 1H5VA 2C7FA 4J3SA 1HNYA 2A3BA 1OB0A 3CTTA 1FOBA 1NP0A 5I24A 3T08A 1HN1A 3WNMA 2FH8A 3L4VA 5CLWA 1K9EA 3MV01 3IJ7A 4R27A 1IZJA 2VVNA 1KGXA 5BXSA 5E70A 3O2LA 1JD9A 3NDYA 4GO8A 4GI9A 1E9LA 1NOFA 4AZCA 4OZOA 1I75A 4QCFA 4V2XA 2J25A 4M81A 3VIKA 2ZE0A 4HPHA 4ACYA 1OIFA 3ARPA 3N15A 1GQIA 5CPTA 4TUFA 3CZEA 2W61A 4HP5A 3VIOA 2Y24A 3OGVA 2J7BA 2O92A 3UESA 3WEZA 2J74A 1V6UA 5D9OA 4DWSC 4HU8A 3THCA 2BHYA 1KXTA 2YOCA 1KCLA 4W88A 1VRXA 3AIEA 3K4AA 1J0HA 2EJ1A 5LA2A 4W7WA 3CZGA 4M8UA 1V6XA 3WL0A 1QPKA 3WH9A 3CLWA 5E6ZA 1PBGA 4B9YA 4UOZA 4AD5A 4HZ8A 4TOQA 1H0GA 2J8GA 3SUVA 1XSKA 2DH3A 1QNPA 2D3LA 2YLAA 3U5UA 2ZWYA 4PUDA 2VR5A 4GXPA 1KR1A 3KEHA 2V5CA 5AY7A 2IXVA 3BXWA 4QFUA 4P7LA 1BVZA 1VEPA 2BHUA 5GNYA 5A6KA 2VQUA 2BY1A 4UQBA 5FOOA 3AHVA 4M29A 4KGLA 3RJYA 2WMIB 1B2YA 1IZKA 1Q6FA 1W1VA 2WANA 4NSBA 4D72A 3IJ8A 4JCLA 1WDRA 3M7SA 2YLLA 3ALGA 3CMGA 2BXYA 1CXKA 3K8LA 2BS9A 1JFHA 2WVVA 3EDEA 1CEOA 2JALA 5AC5A 3CUIA 1MQQA 2WHMA 4OBSA 4R5EA 1NQ6A 3CZLA 5I6SA 5KEZA 1PZ2A 2V3FA 2F2HA 1RP8A 1ITXA 2FH6A 2BVTA 1HKMA 2X2YA 3RM8A 4AZHA 4GZIA 4W8LA 1EO7A 1LG2A 1BHGA 2UY3A 1W2PA 2A3CA 3B9AA 1C7TA 1R7OA 1QHPA 1UZ1A 4CU7A 4D6JA 3PZOA 3GNOA 1WZMA 1US3A 2EPOA 1KXVA 1W9UA 4H2CA 1CLVA 3W27A 4IPNB 3WL1A 1J18A 4V27A 3J7HA 5A8OA 3T2PA 4YHGA 1A47A 3KL0A 5M03A 2V3GA 1HXJA 1JFXA 5CJ5A 2VRKA 4UQDA 2XPKA 5GQBA 3IK2A 4W93A 2ZOXA 4E4PA 1P6WA 4P8XA 5M5DA 2DT0A 4HOXA 2OWXA 2WMJA 2OYLA 4D6EA 3NUKA 4MB3A 3ZJ7A 1J11A 3UR8A 4CD8A 2XFYA 3M46A 1KQZA 2A3HA 2XIBA 3WH8A 1AVAA 1LWJA 4AZGA 1HP4A 3CGTA 4E8DA 3QR3A 1TVPA 2O9RA 2YL6A 4OJYA 3F5JA 1BG4A 1CDGA 1WCGA 1Q6EA 2VZOA 1PZ3A 4RE4A 1QI4A 2YBTA 4J3UA 4U5KA 5ABHA 2WKGA 2GJXB 1MXDA 3TTSA 4KMQA 4XZWA 2GDVA 2DEPA 4HZ7A 7CGTA 1C3FA 3BGAA 2G3MA 1AQMA 3W0KA 1UR4A 5BYWA 1UUQA 4P8WA 3VGEA 3BLPX 3CHDA 3BMWA 3GH7A 3B9DA 1HKJA 4BQ3A 1ESWA 3BMVA 1KGWA 2GK1B 5A6AA 2O9OA 1ZBWA 1BGAA 1K9TA 2BXZA 1EXPA 2XTKA 3AQUA 3SCTA 4ZE4A 2RGLA 1UWSA 4LXFA 1E71M 1GJWA 1UQYA 1JYWA 1E0WA 1OGSA 1PPIA 2PBOA 4PMVA 3W6MA 4D71A 4HA4A 4HA3A 1AQHA 5ABGA 1F4AA 4D6GA 3ARTA 1Q4NX 1SMDA 3AICA 2OLHA 1TCMA 4P7NA 3II1A 3CHFA 1HL9A 4HMDA 2XHYA 3MMWA 4U2YA 1QW9A 2W5FA 1Q6GA 2NSXA 1GOOA 1X1NA 2Q8XA 3AI0A 4GI6A 3D3AA 5HXMA 2WZIA 4WK9A 2ZX8A 4PTMA 2C8NA 4S3KA 4S3JA 4GQQA 3T0BA 2JFEX 4QCEA 1VBUA 4U3AA 5HPOA 2ZUWA 1WDQA 1XHGA 2G4FA 1JXKA 1KB3A 2WHLA 5A94A 2ESCA 1E73M 2WKLA 1H49A 1QI3A 2D0HA 1GUVA 2WBKA 2QPSA 4WKAA 3MMUA 1C8QA 5FCZA 4Z2HA 2WLYA 4AYSA 5A3HA 2BV9A 2ZUNA 4UFKA 3RILA 1MW3A 1DWJM 1G94A 1VEOA 2JF6A 5BRQA 5FL1A 4Y7EA 3SIMA 1DHKA 1XH1A 1V6YA 3CH9A 2OWWA 2ZUUA 4CD6A 4CVWA 5JIWA 5CPQA 4URIA 5KZ6A 2PWDA 1CGYA 4DUVA 1BAGA 4LGXA 3SUUA 4B9ZA 1PAMA 2XSAA 1K6AA 1F4HA 2GK1A 1MVYA 1H2JA 1ECEA 3GXDA 4KRUA 5A6BD 3MKKA 5AC4A 3A4WA 1W9BM 3WF3A 3WDHA 1Y7VA 5BXRA 3W25A 1E4IA 2QMJA 4Q7NA 5A8NA 1E56A 4PEEA 4ZE5A 1PEZA 3KWXA 2J7HA 3WNOA 2J77A 2VRJA 1KFWA 2XYLA 4UOQA 1VAHA 4AZ7A 1CGXA 2D23A 4JIEA 2J78A 4PMYA 1R86A 4U5IA 1CGWA 1B3ZA 1HF6A 1QI5A 1I1XA 1MXGA 2F61A 3GXMA 1XSIA 4CGTA 5D9NA 4H8HA 4DWSD 1JDDA 3AS0A 4MPKA 3CUFA 4AZ6A 1HKIA 3ARYA 3I3EA 1WZKA 4PBGA 4EE9A 2WHKA 4A3YA 2PWEA 2V3DA 5JBEA 1E6PA 1UWUA 3POCA 1FFQA 1E5JA 3KZSA 4W7UA 4MB4A 5EBAA 2FGZA 3OZOA 4ZFMA 4TTGA 5GNZA 2DT1A 5EFFA 3CHCA 5A8QA 1HJXA 2J4GA 3ARRA 5A2BA 2VT0A 3U57A 3TTQA 3N18A 3VIJA 3DYOA 1R7AA 2WPGA 4B3LA 5CQ1A 1KGUA 2W67A 3OZPA 2G8ZA 1XCWA 1W3HA 2WLZA 4HMCA 2CIPA 2J8FA 3WDIA 2XVPA 2XVGA 2BFGA 3AXHA 2Y8KA 1I1WA 4MJ2A 5IFTA 5ABFB 4GZJA 3WD0A 1M04A 3RM9A 1DWGM 3L4UA 1GW1A 1OWQA 3ZMRA 2VTFA 2WMKA 2V38A 2W4XA 1CIUA 1V0MA 1UWTA 2XGIA 2XJ7A 1NWUA 2OYKA 3ZJ8A 1H3GA 5GNXA 1CWYA 5E9AA 2WMGA 1XGZA 3BLKA 3LPGA 4PSRA 4AD1A 4M56A 1WB0A 1B3XA 2HISA 1AQ0A 3WD4A 4HOWA 4D1IA 2Y4SA 3OLDA 1QNOA 4DWSB 3OLGA 2ZXDA 1WP6A 5EFDA 4JKKA 3WQ4A 1E3XA 2YA2A 1CLXA 4QAWA 2EBNA 2ZX9A 3K46A 3VKKA 2VZUA 2W63A 5D8WA 5BRPA 2D0FA 4C7DA 1JZ6A 4UFJA 2WVSA 1WO2A 2EO7A 1YHTA 1V6VA 4FF5A 4ZXOA 3VD5A 3WKZA 2CKRA 4HPGA 4M82A 1ZJAA 3EMCA 5ABEA 1CENA 1EGZA 2VUYA 1XCXA 2VVSA 1ITCA 4F9JA 1J9YA 3DHUA 1UR1A 5D9PA 3WUFA 1JYXA 4QLLA 4WJXA 1XH0A 1V02E 3ZSSA 4A4AA 1MFVA 3WF4A 3WDPP 4MNMA 2OSWA 1LF1A 1WZLA 2GJPA 1VJSA 1E6QM 3M6DA 5DT5A 1PX8A 3GZAA 2AAAA 1J0ZA 2DQXA 3VIMA 1H1NA 4XV0A 1R87A 3RM4A 5A6JA 4BQ2A 2YJQA 3EYPA 1UD2A 2VX4A 4H7VA 3WMBA 1WPCA 2O9PA 1UWQA 3N9KA 2WC4A 4UTFA 4W84A 3WBEA 3VGGA 1WKYA 3TTYA 3WH6A 4K68A 2CBJA 1JIBA 4M80A 3WUBA 3FXYA 3AXXA 1TVNA 3HJEA 1HJSA 3VMOA 2MANA 2D0GA 1BYCA 5AYBA 1UKPA 5A2AA 4OOUA 4MNLA 1E0XA 2VZVA 3L4TA 4NRRA 2E4TA 3F5LA 4ATWA 1JAEA 4PCTA 4C7GA 3MUAA 3PZGA 4CD5A 4CKQA 4P7QA 4X0NA 3MUY1 4UQAA 1G0CA 1UA3A 3N11A 4QLJA 2WNWA 2ZICA 1VEMA 4W8BA 3WNLA 5BWFA 1J10A 1EQCA 2XM2A 1UYQA 4Z2GA 2DIEA 2E9BA 2QMKA 1PX3A 1UWIA 2JEQA 1CGVA 1SYTA 1QOXA 2DSUA 4B15A 1V0LA 1GJUA 3RMEA 4AD4A 4U31A 3IAPA 1CNVA 1ZL1A 3ECQA 3VD4A 1V0KA 1VFOA 2WMFA 3LPOA 1D2KA 3WMSA 1M53A 2XVLA 4JHZA 1C7SA 1GNXA 4D6DA 3AJ7A 3CZJA 2HVMA 2A3EA 1E6ZA 4D6HA 5A2CA 2E3ZA 5DT7A 3SCRA 2CBIA 3UG4A 1DEDA 5A8PA 3ARVA 4MAVA 2J7CA 5CG0A 2JIEA 2VURA 1H4PA 1ODUA 3L4YA 1JD7A 4AIOA 2CHNA 3JUGA 4AD2A 2WM0A 2ZIDA 1MFUA 1GOQA 4FLSA 3GNRA 4GKLA 4UNIA 1K9DA 4J3XA 1JDAA 4CN6A 1BGGA 1QHOA 3HN3A 3L4XA 2CBVA 2CITA 3RPMA 1BQCA 2E9MA 1KBBA 4HZ6A 3W82A 3ZSTA 1EHAA 2ZXAA 2UY2A 3RCNA 2PC8A 4CVUA 1FH8A 4ZENA 1B30A 2DT2A 3NSNA 1BLIA 1JNEA 3VX1A 2WW5A 1B3WA 2WB5A 3I3BA 4JFUA 5CPSA 4PSPA 5AYIA 4CUCA 3UG5A 3WUGA 1OCQA 4AWEA 1U30A 2D2OA 3WF2A 3KL5A 4AD0A 3WBAA 1E43A 5E6YA 2OWCA 2JIWA 1HP5A 1TFVA 4L4OA 4UQ9A 2DGAA 4JAWA 2YL5A 5C70A 1V3MA 3MUZ1 2FHFA 3WD1A 2BNJA 4PMOA 3GH4A 1LL7A 3EMQA 3NSXA 1TG7A 1V08A 3VD3A 2RGMA 1FHDA 1V6WA 3WY1A 1LLOA 4PTWA 1BYBA 3OA5A 2WMIA 3ARXA 3VMNA 5A95A 1UZ4A 4AD3A 3NYDA 1ISWA 3PTMA 3ZJKA 1UKOA 3AHXA 4JL1A 1GCYA 4DUXA 2E9LA 1GOIA 1RD6A 5A1AA 4OKDA 4KGJA 1VJZA 1LWHA 2DH2A 3WDJA 2D3NA 1DWFM 1NOWA 2AOSA 4AZBA 3GXFA 4A3HA 1C93A 1MWOA 2XUCA 3GH5A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4JKL A;  3W38 A;  2J47 A;  2YIH A;  4EAM A;  2VZS A;  4JL2 A;  3D5H A;  2VR4 A;  1HVQ A;  3PHA A;  1GOW A;  5IDI A;  3CUJ A;  4V28 A;  3WEM A;  2W92 A;  4GPN A;  4ML4 A;  3BAW A;  3AFB A;  1C92 A;  4CCE A;  5LA1 A;  4OOZ A;  3S6T A;  3VGD A;  3WH7 A;  2WAG A;  2CES A;  2WCG A;  4H04 A;  2YA1 A;  4AEE A;  2EPN A;  1ISZ A;  5E09 A;  2OYM A;  1G9H A;  2FHC A;  2W62 A;  4J27 A;  3VIG A;  4MDO A;  3T0D A;  2ZUM A;  3K8K A;  1J0K A;  1A3H A;  1VF8 A;  3VM7 A;  4WF7 A;  3VIL A;  4UR9 A;  2XFR A;  1JYV A;  4N0R A;  4FLR A;  3TOP A;  1LG1 A;  4BCE A;  4Q22 A;  4CCD A;  2WWC A;  3AZS A;  1KQY A;  3AZR A;  1E4M M;  2J75 A;  1KR0 A;  4JFS A;  3WFZ A;  4JZ5 A;  4ATL A;  2X1I A;  1EQP A;  1ODZ A;  1E6N A;  1WE5 A;  2PBG A;  1QI2 A;  1VBR A;  1MQP A;  5CGM A;  2VCC A;  3CHE A;  4HTY A;  1V3K A;  1XV8 A;  2F8Q A;  2WSP A;  3BSG A;  5FKY A;  1C90 A;  1JDC A;  1DTU A;  1YQ2 A;  4HU0 A;  5GPR A;  1NP2 A;  4GI8 A;  4P8V A;  2VC9 A;  4JHO A;  5HDR A;  3U7V A;  3DC0 A;  1JZ7 A;  3VX0 A;  1GQL A;  2ZWZ A;  3SUW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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