4QLLA

Crystal structure of rice bglu1 e176q/y341a/q187a mutant complexed with cellotetraose
Total Genus 196
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
196
sequence length
472
structure length
472
Chain Sequence
NWLGGLSRAAFPKRFVFGTVTSAYQVEGMAASGGRGPSIWDAFAHTPGNVAGNQNGDVATDQYHRYKEDVNLMKSLNFDAYRFSISWSRIFPDGEGRVNQEGVAYYNNLINYLLQKGITPYVNLYHYDLPLALEKKYGGWLNAKMADLFTEYADFCFKTFGNRVKHWFTFNQPRIVALLGYDAGTNPPKRCTKCAAGGNSATEPYIVAHNFLLSHAAAVARYRTKYQAAQQGKVGIVLDFNWYEALSNSTEDQAAAQRARDFHIGWYLDPLINGHYPQIMQDLVKDRLPKFTPEQARLVKGSADYIGINQYTASYMKGQQLMQQTPTSYSADWQVTAVFAKNGKPIGPQANSNWLYIVPWGMYGCVNYIKQKYGNPTVVITENGMDQPANLSRDQYLRDTTRVHFYRSYLTQLKKAIDEGANVAGYFAWSLLDNFEWLSGYTSKFGIVYVDFNTLERHPKASAYWFRDMLKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-glucosidase 7
publication title Effects of active site cleft residues on oligosaccharide binding, hydrolysis, and glycosynthase activities of rice BGlu1 and its mutants
pubmed doi rcsb
source organism Oryza sativa japonica group
total genus 196
structure length 472
sequence length 472
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2014-06-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4qllA00
2ZIDA 2WBKA 1CGUA 1WZLA 2WMHA 2DT0A 2XM2A 4HOXA 3CZ8A 2V38A 2ZE0A 3WNPA 1E5JA 4AMCA 1CPUA 1VB9A 2BHYA 1XC6A 2MANA 1Z32X 1BQCA 3L4UA 2FH6A 4ML4A 1KGWA 1C8QA 4DM2A 1BYCA 1XSIA 2IXVA 2XG9A 1C3FA 1MFVA 3B8SA 3SUUA 2G3JA 3AICA 4KRTA 2X05A 3UESA 1W2PA 2OSXA 3J7HA 1EQCA 8A3HA 3VGGA 1QVBA 4L4OA 4GPNA 1SR0A 3VIIA 1JZ2A 3ARVA 4AISA 2VRJA 4GXPA 3OLDA 4W7UA 4Z2IA 4UR9A 4IPLA 2E4TA 2ZXDA 5FIPA 2ZUMA 3WKZA 1EGZA 1KGUA 5LA2A 2ZOXA 4F66A 1VF8A 4PCSA 3PN8A 2BY3A 4TVDA 3W25A 4GKLA 3PBGA 2VNCA 2FHCA 4AD0A 3TTYA 3RPMA 1SMDA 4LYRA 3DHUA 4D6EA 2WB5A 1JZ7A 1ZL1A 3WQWA 1F4HA 2DEPA 2VR5A 5AC5A 2VX7A 3O6AA 5A69A 1VEPA 3UR7A 1UG6A 4D72A 5D8WA 4AEFA 7TAAA 5ABFB 2WMIA 5IFTA 1A3HA 1V3HA 1EDQA 1HNYA 2PF0A 1UR2A 3WDRA 4D6HA 1XD0A 4GQRA 1FA2A 2YL5A 5EFDA 4ATDA 1E4IA 1W9BM 1E55A 4P8VA 2CYGA 4U5IA 5F7UA 1WAWA 1Q6GA 1I75A 1UWIA 2WMGA 4UOJA 2E9BA 3POCA 3MS8A 3KE0A 1X1NA 5A8QA 1G5AA 4PSPA 1HXJA 2ZX5A 5CGTA 3AHVA 1OT1A 1UR8A 1XH2A 5ECUA 3WD0A 4JFWA 5E6ZA 4LGXA 1CTNA 1OIFA 3WQ8A 3T0AA 3UEQA 1CNVA 5D9PA 4WSJA 1X6NA 5A95A 1JF5A 4TTUA 1C91A 1J01A 4PYSA 1UD2A 3OB8A 3U5UA 5M5DA 5C8BB 1QNPA 4PMRA 3VTRA 5E9AA 1JZ3A 4GO9A 3WF2A 3SUWA 2QLYA 5A6AA 4XX6A 1Q6CA 1V0KA 2V3DA 4QCEA 5HOSA 3WN6A 4W87A 2WW5A 3RM4A 1QI2A 1TCMA 3QGVA 1WPCA 3A4AA 1UWTA 4UFJA 3EDKA 1ESWA 1XYFA 1UZ4A 2WSKA 5CGMA 4FLOA 5EMYA 3HN3A 4OJYA 3PZOA 1E70M 3NDZA 1ZU8A 3VM7A 4UQEA 2VX6A 3ARQA 3N1AA 4D6CA 2W91A 1I1XA 2C0HA 1OBAA 3PZIA 3WDPP 2PBOA 3CHCA 1JDDA 4TOQA 5IXEA 3KL3A 3LPPA 1A47A 4WKHA 4MNLA 3A4WA 2JIEA 2JF7A 3FAXA 1EDTA 2BV9A 4QP0A 2ZWYA 3NSNA 1KWKA 1QI0A 1CXIA 4X0VA 1GZJA 1J0YA 2XFYA 1FOBA 3ZSSA 3QOKA 2XTKA 1CECA 1E1EA 1MXDA 1CGTA 4NF7A 2J7EA 3BAJA 4C7DA 3FHQA 2J25A 3PZUA 3WDHA 1VFMA 1BG9A 3W24A 3WQ4A 2RGMA 2WVTA 2XPKA 1QBBA 2YBTA 3WQ5A 2VO5A 1PZ3A 2FDMA 4GINA 2A3AA 3UETA 3ZT6A 1V6WA 2JFEX 3AZRA 4QFUA 1GNXA 1EDGA 2EPOA 2VR4A 8CGTA 1CGVA 1V3KA 1QI4A 2AAAA 2YA0A 2Y8KA 1UKOA 2WSPA 5A8MA 2X1IA 2CERA 3GM8A 1J12A 2NT1A 4JKMA 2BHZA 3SCNA 5DT5A 3L2MA 2XWDA 4TX8A 4W93A 3T2OA 3WD4A 3W6MA 2PWDA 1BG4A 3LMYA 1EOMA 1XCXA 3AS3A 1JI2A 1G01A 2OWCA 1JF6A 1DWJM 2EPNA 2WZIA 1DWIM 4MDOA 3N18A 3W38A 1OB0A 3ALGA 5A2CA 4DWSA 1TE1A 1HJWA 4CKQA 5BROA 3VD9A 1EH9A 3AHYA 4AD3A 3BAYA 2O92A 1E43A 4URIA 3WDQA 2YJQA 1VFUA 1I1WA 4AZCB 3DYMA 2V5CA 3CZLA 1J9YA 1B30A 3FY1A 3BLPX 4PN2A 3OLGA 4XB3A 2PWGA 3W26A 1BF2A 1UUQA 3TONA 4NRSA 4J27A 3SURA 1Q4NX 4PMZA 4XZBA 2TAAA 4CD5A 1UD4A 1H2JA 1NP0A 3VNZA 1XD1A 4QLJA 1WO2A 3W37A 4PTMA 2NT0A 2PI6A 4HP5A 4L4PA 4N42A 2CHNA 1NOWA 1MXGA 1E73M 1HJUA 5DFAA 1BGGA 3MMUA 4HTYA 4S3JA 1C8YA 1UYQA 1BHGA 4IUGA 4HMCA 2XYLA 1FP8A 3VD4A 4AZBA 1H4PA 1HF6A 1M01A 4LQ1A 1HKIA 1OM0A 1JFXA 1RD6A 5IFPA 2G3IA 2WYSA 2ZUWA 1EXPA 1H09A 3AMCA 2XHYA 2J8GA 3AFBA 1H49A 3M46A 3SCUA 3ARXA 1E6NA 1NWUA 4W8BA 5I78A 3CUJA 2NSXA 4UQCA 5BYWA 4PTXA 3ZR5A 1UWQA 4HMEA 4BCEA 3GH4A 2ZUNA 3BCFA 1QOXA 1XGZA 2QPUA 2D0GA 4IISA 1E6SM 1CXLA 4IM4A 7A3HA 2J77A 3AMGA 5ABHA 1LF1A 5E0FA 2WLYA 3UG3A 4ZE4A 3SCPA 2E8YA 1JFHA 1WDRA 3AIUA 1JG9A 4HA4A 2D3NA 2WNWA 3MUY1 1Q6DA 4FMVA 2WMIB 3VX0A 3N13A 1HJSA 1G0CA 5GNXA 1JYVA 1S46A 4WF7A 4UFLA 1UD8A 4PUEA 1YQ2A 3BAWA 2A3BA 2JALA 5JBEA 3CZGA 1BYBA 5I3DA 3T2QA 2XFFA 3MSGA 1BSIA 1NWRA 2J62A 1CXHA 2EEXA 1W2VA 3RJXA 5CZKA 1JGIA 3GXIA 3PTKA 3W4RA 3WNLA 5AC4A 4P7RA 1CIUA 3GYCA 1EOKA 2J7HA 4EE9A 2C8NA 3CMJA 2X0YA 3NIYA 2G4FA 4W86A 1KCLA 2BY1A 3BSGA 3AMLA 3OG2A 4C7FA 2JIWA 1DWGM 3ZT7A 5BRPA 3EYPA 4BZYA 2E0PA 2VZVA 1CXEA 2XVGA 3A4XA 4JIEA 4P7LA 2WC4A 3II1A 5EFFA 2YDRA 2J7FA 4PMQA 4D6GA 1E56A 1UA3A 3TP4A 4W5ZA 1TVPA 4BQ5A 1B3VA 4OIFA 1CWYA 1QI3A 4IPNB 3WUEA 2XGBA 4KGJA 1GVYA 4DWSD 1QW8A 4YHEA 1L0PA 2WHJA 1C8XA 4FLQA 1NM9A 1WKYA 4UZUA 5CSYA 3AMDA 1M53A 5I77A 2Y5EA 2VMFA 3OLIA 2WVVA 2QMJA 2FGZA 2WKLA 3K8LA 4UFHA 2QF8A 1JIBA 2JEQA 4X0NA 4AIEA 1E9LA 3U57A 4CN4A 1UQYA 2WK2A 3A3HA 1PEZA 1E1FA 3CHEA 4HPHA 2FGLA 3WDJA 2W62A 1JYWA 3T0DA 1W9UA 1CGYA 2ZWZA 3WFLA 4Q22A 1BGAA 4Q7NA 3PZVA 1JDAA 3I3BA 1DHKA 1E6PA 2DT2A 4CCCA 1ITCA 4CU8A 1E6XM 4BQ2A 1CGXA 2DGAA 4PMOA 2WHLA 1ZBCA 2YDSA 4JAWA 4F79A 4XUYA 5A8OA 2CEQA 2UY2A 3AHTA 3TTOA 4GZEA 1Q6FA 2Y2WA 3PTMA 1FFRA 3W0KA 4AZHA 2YLLA 3AHZA 3WH9A 4JFUA 1WP6A 3B9DA 3ZT5A 3WEZA 1QPKA 1U2YA 2WM0A 3MU7A 4HU0A 3CHDA 4W89A 3AYRA 1ZBVA 2NW0A 3ZMRA 1UR9A 2QV4A 5FKYA 4M1RA 4E4PA 5E6YA 1XV8A 3BC9A 5GQBA 3WNNA 3WUBA 1K9DA 1TG7A 4CCEA 2D0FA 4CGTA 1WZAA 1JXKA 1DP0A 3VX1A 2DH2A 1EQPA 1B3XA 2WVUA 2OYKA 1RP9A 2A3EA 4JFSA 2A3CA 2GDUA 6A3HA 5A8NA 1JZ8A 4LPCA 1C92A 1H11A 5HPOA 3VMPA 3WMSA 1B31A 1SYTA 3QHMA 3WH5A 2BNJA 4DWSB 2J8FA 3GNOA 3T2PA 3ZO9A 1J0IA 1U33A 4PMUA 3I3DA 4ZEPA 2F61A 1G9HA 1CXFA 1EA9C 3G6MA 4W85A 2W92A 4E2OA 4U33A 1VJSA 3VMOA 2Q8XA 4H8VA 4NSBA 2EBNA 5A2BA 1KQYA 1ISZA 4Z2KA 1TZ7A 2BHUA 2Y4SA 2XUCA 3N11A 5A94A 1KR1A 2W66A 3DECA 2WXDM 5IDIA 3ZSTA 1UKQA 1TMQA 3RM9A 1ECEA 4B3KA 3IK2A 3CZKA 1IT0A 1QI5A 1EHNA 2UY3A 2CHOA 4XV0A 5CXPA 1OT2A 1UA7A 3ARTA 2ZUVA 1UKSA 3RO8A 1LQ0A 2EO7A 4ZENA 2Y8VA 4D1IA 3KEHA 3DYPA 4UQAA 4J7RA 3WNOA 3E1F1 4Z2GA 1ITXA 3SCTA 2QPSA 1GOMA 2GK1A 3CLWA 3KZSA 3WD2A 4U2ZA 2YDQA 3VD5A 2X09A 4MB1A 1MW2A 2PC8A 3MMWA 3ZM8A 4JCMA 1WE5A 1FFQA 3WFZA 4UOQA 2BY0A 4MAZA 1EHAA 5EBAA 1QNQA 4WK9A 2RGLA 1N82A 3TTSA 1ZJBA 5GNYA 1NQ6A 5A8PA 4W7VA 5D8ZA 3VNYA 1LWJA 4EKJA 3K8MA 4AD5A 3PZQA 3WF3A 3HJEA 1NWTA 3WSUA 5A3HA 1O7AA 4MDPA 1GQIA 4UFKA 1V02E 3W29A 4M80A 4MB4A 1G1YA 3WD1A 1UWRA 1BYDA 1HJQA 2E3ZA 2WANA 2J47A 3GXFA 1QHPA 4ZE5A 3S2CA 2V3EA 3VMNA 4QDMA 3VIMA 5BCAA 2PWFA 2Z1SA 5BXTA 3OIHA 1R7OA 3ARPA 3THCA 3MV01 5ABGA 1HX0A 1X6LA 3GNRA 4B16A 5LA0A 1TVNA 3IJ9A 4J3UA 3UERA 1GQLA 4WJXA 1JAKA 4Z2JA 2XIBA 3SCRA 1KXHA 4MJ2A 5BRQA 3WIJA 2CKSA 3OBAA 3BGAA 2VRKA 1WZKA 1V3IA 4OKDA 4J3VA 1PX3A 3L4ZA 4AW7A 3BH4A 4LYQA 3MMDA 1HL9A 1HKKA 1TR1A 3GBEA 4HPGA 1FP9A 3WF1A 5A6LA 2GFTA 2VOTA 3CH9A 3WH8A 1HJXA 3CMGA 1DWFM 3TA9A 2FH8A 2YOCA 1HJVA 2OLHA 1QHOA 3WEOA 3OGRA 1D2KA 1E4LA 2OSYA 2BFGA 3EMCA 4GIAA 4S3KA 4M82A 1XHGA 3MUZ1 4GO8A 5A6SA 2D22A 5I0DA 3IJ8A 3WELA 4UZSA 3BMVA 4PBGA 2W63A 2IXUA 1VRXA 1ISWA 4V28A 3BSHA 2PB1A 3VDAA 1UR4A 3DHPA 5M3WA 2WLZA 5A1AA 1UKTA 1FH9A 1EIBA 3K4DA 4A3HA 1W32A 5CSUA 2DH3A 4LXFA 1PX4A 1VEMA 1W1VA 2WVVB 2J79A 1E40A 5I79A 3WQ6A 2VCAA 3RJYA 3AI0A 3WUGA 4Z2HA 3CPUA 4JL2A 2OSWA 3TTQA 4J3WA 4PRWA 1OGBA 1WDPA 1ISXA 4HZ8A 1GOWA 2VI0A 1V0MA 1PAMA 3VVGA 3FXYA 2YL8A 3GBDA 1VEOA 2VZOA 3W27A 4YPJA 4KGLA 4JFVA 1E4NA 3MANA 1XSJA 3NJ3A 2JF6A 3EDDA 3GTNA 3N15A 2OYLA 1JZ4A 4H2CA 3TOPA 4WKFA 2VX4A 2WHMA 4JHOA 4M29A 2XVLA 1QNSA 4J3TA 2VUYA 1M04A 4EANA 1VBUA 2EPMX 2XGIA 4H41A 4H8UA 4UTFA 4UQ9A 2WZHA 5GNZA 3EDJA 4H8HA 4FF5A 2PBGA 5DEZA 2CIPA 1RH9A 1OGGA 1V6YA 3N04A 4AZ5A 3VILA 3MSDA 1HL8A 4FK9A 3AXHA 1WDQA 1OSEA 3SUVA 2V5DA 3N17A 3SCQA 3NUKA 1BVZA 2BS9A 4AC1X 2BXYA 4RE4A 1CXKA 4CU7A 1KXQA 3OA5A 1E4MM 2DSUA 1US3A 5HNNA 5LYRA 4MADA 5JIPA 5CPSA 4B9ZA 2ZUSA 2XFRA 2PWEA 4UFIA 2GDVA 4MNJA 1JZ5A 3MKKA 1JDCA 2D3LA 2BVDA 3K8KA 4AZ7A 2VTFA 4JL1A 2WWDA 3RILA 4AXNA 1J0JA 2VQUA 3UCQA 1CEOA 1D7FA 1DWAM 3CTTA 2W5FA 3DYOA 1XSKA 1VIWA 3AXXA 1O6IA 3CGTA 2CPUA 3SCVA 1DWHM 3EDFA 4CVUA 5I24A 3ARZA 3W53A 4W5UA 4DUVA 3GDBA 4PSRA 3ZJ8A 1UOKA 5I23A 2G3NA 3VIOA 2DSKA 1WDSA 1E5NA 3FW6A 4TVUA 1KBKA 3AIVA 3AIBA 2GK1B 1E0VA 4GI9A 3W81A 1VENA 3FAWA 4MJ4A 1E72M 4UCFA 1H0GA 3UG5A 3N12A 2F2HA 3L4WA 4OUEA 2BVYA 2ZXQA 1GJUA 2ZX6A 2GJXA 2BVTA 4ATWA 3VM5A 2O9RA 3FNDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2ZID A;  2WBK A;  1CGU A;  1WZL A;  2WMH A;  2DT0 A;  2XM2 A;  4HOX A;  3CZ8 A;  2V38 A;  2ZE0 A;  3WNP A;  1E5J A;  4AMC A;  1CPU A;  1VB9 A;  2BHY A;  1XC6 A;  2MAN A;  1Z32 X;  1BQC A;  3L4U A;  2FH6 A;  4ML4 A;  1KGW A;  1C8Q A;  4DM2 A;  1BYC A;  1XSI A;  2IXV A;  2XG9 A;  1C3F A;  1MFV A;  3B8S A;  3SUU A;  2G3J A;  3AIC A;  4KRT A;  2X05 A;  3UES A;  1W2P A;  2OSX A;  3J7H A;  1EQC A;  8A3H A;  3VGG A;  1QVB A;  4L4O A;  4GPN A;  1SR0 A;  3VII A;  1JZ2 A;  3ARV A;  4AIS A;  2VRJ A;  4GXP A;  3OLD A;  4W7U A;  4Z2I A;  4UR9 A;  4IPL A;  2E4T A;  2ZXD A;  5FIP A;  2ZUM A;  3WKZ A;  1EGZ A;  1KGU A;  5LA2 A;  2ZOX A;  4F66 A;  1VF8 A;  4PCS A;  3PN8 A;  2BY3 A;  4TVD A;  3W25 A;  4GKL A;  3PBG A;  2VNC A;  2FHC A;  4AD0 A;  3TTY A;  3RPM A;  1SMD A;  4LYR A;  3DHU A;  4D6E A;  2WB5 A;  1JZ7 A;  1ZL1 A;  3WQW A;  1F4H A;  2DEP A;  2VR5 A;  5AC5 A;  2VX7 A;  3O6A A;  5A69 A;  1VEP A;  3UR7 A;  1UG6 A;  4D72 A;  5D8W A;  4AEF A;  7TAA A;  5ABF B;  2WMI A;  5IFT A;  1A3H A;  1V3H A;  1EDQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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