4Y8F | Genus

Total Genus 86

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	86
sequence length	251
structure length	251
Chain Sequence	GSHMRTPIIAGNWKMHYTIDEAVKLVEELKPLVKDAKCEVVVCPTFVCLDAVKKAVEGTNIKVGAQNMHFEEKGAFTGEIAPRMLEAMNIDYVIIGHSERREYFNETDETCNKKVKAAFAHNLTPILCCGETLEQRENGTTNDVIKAQITADLEGLTKEQAEKVVIAYEPIWAIGTGKTATSDQANETIAAIRAMVAEMFGQEVADKVRIQYGGSVKPNTIAEQMAKSDIDGALVGGASLVAADFAQIVNY

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
molecule keywords	Triosephosphate Isomerase
publication title	Reversibility and two state behaviour in the thermal unfolding of oligomeric TIM barrel proteins. pubmed doi rcsb
source organism	Clostridium perfringens
total genus	86
structure length	251
sequence length	251
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2015-02-16

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4y8fA00

5G1TA 3H53A 2OX1A 3KAOA 3M5ZA 4CLMA 1G6CA 1ZY9A 3GR8A 3EX1A 5EYWA 1H60A 2FDSA 4JTEA 3EXSA 3W76A 4CCDA 2R91A 1KTBA 1SFLA 4NUWA 1O95A 2QCDA 3W1XA 2TRSA 4XQ6A 3C2VA 3DZ1A 3A22A 1QO5A 3GNNA 2WSQA 3R12A 3UWVA 4ALDA 1AW1A 3MBDA 4N9CA 2E68A 3SIZA 1F05A 4EVZA 2FPYA 1QMLA 2RDWA 1FWSA 3HQ1A 1K02A 1TJPA 3B0UX 1FCBA 4JDYA 4YCPA 1VYPX 3GYEA 2PURA 4RKAA 3ATZA 3N2XA 2ZA3A 2H90A 2E6DA 3TQVA 1I2OA 4IQLA 4TR9A 1KM5A 3TV8A 4RV8A 3DKLA 5DY3A 3PS7A 4BF9A 2YX0A 3Q58A 3U2OA 4O50A 3NA8A 1W5MA 4LRSA 3T78A 4JR5A 3LXBA 2ISVA 5KZEA 5DXXA 1VCVA 4AWUA 5EL1A 2NUXA 1VZWA 1KLZA 3GNDA 1LTDA 2VEKA 5F4SA 3N3MA 2RH9A 3P61A 2QAFA 3LLDA 1PCKA 2FB3A 3SZ8A 4NZJA 1R30A 1YTKA 6ALDA 2WSRA 4TMCA 3G18A 3GKFA 1LLWA 3CB8A 1FBAA 1EP1A 3B0VC 1ONRA 1ZJIA 3TH6A 4K7VA 3RMJA 1OK4A 2QCFA 1W5OA 3BLEA 3SR7A 1T0OA 3P80A 1OHLA 3WK2A 4O8RA 2DORA 3F03K 3HPXA 2ZA1A 3SI9A 3P8IA 2JKEA 4OT7A 2PE4A 1FCUA 1Z41A 1LOQA 1RQHA 5HWJA 2VOMA 5CGQA 1QO2A 4JN6A 1WDWA 4UIOA 3LBMA 3P74A 2DZUA 2FLIA 2ABAA 1C29A 2ZZ1A 3G1AA 4QM1A 3NM3A 2VFIA 3ABOA 4UXDA 4I7UA 1YTEA 3R5EA 2QDGA 2ZTJA 3MO7A 4KFOA 5DELA 3WK3A 5D32A 1Q6LA 4NU7A 4RJEA 1ZNNA 3CT7A 1KBJA 3TJXA 3MYOA 1KM3A 2EHHA 3DU0A 4LUIA 3UNDA 3MI2A 3UQNA 4JGDA 3E49A 1XXXA 4YXGA 1O5KA 1I2RA 2V2DA 1WOBA 4MLJA 1Q6QA 4IUOA 2ZBTA 1WAUA 2WV8A 4Q32A 1TTPA 1P4CA 3NPUA 5DBTA 5FF3A 1VJIA 1Z48A 5CPMA 3S8HA 2VFFA 1PE1A 1FDYA 1IXOA 2B0MA 3O6CA 4JY8A 3OA3A 4UMCA 1IIGA 1ZALA 2ALDA 1JCNA 3GDTA 2V5LA 1JQXA 3NG3A 4PCFA 2CLHA 4HNVA 2V30A 1K7XA 4AH7A 2G5WA 4PH6A 1SW3A 4UCGA 1XBVA 1M6JA 1AG1O 1IXPA 2GVJA 3KVKA 4LC8A 4LT9A 1E51A 1RR2A 4HNNA 3TROA 2JKAA 5I3HA 4NNCA 4IPJA 4UTJA 2ZZ5A 1VH7A 2NV2A 3R13A 4E0CA 2VKZG 3W1MA 3EKLA 1U5JA 5D04C 1D3GA 3S0CA 4CNNA 3LRLA 1S5WA 1SW0A 2ZRXA 2J24A 2Y7EA 1TTQA 4N6EA 2E6FA 1TB3A 5CPNA 1FWNA 4K7YA 2GJLA 1PS9A 3GDMA 3EWWA 1C8VA 2X1UA 2Y89A 4O54A 2Y6ZA 5TBOA 3V1PA 3HG3A 1Q6RA 2A7PA 3IIOA 4OV9A 5EPDA 2A7RA 1LCOA 4E2DA 3LCHA 1J4EA 5IBXC 1AMKA 4N4QA 1IIHA 2CLOA 2PCQA 4JTGA 4XTDA 1DJNA 5K9XA 5KTLA 4P2VA 3NDOA 1RD5A 4UMAA 2Q8ZA 3GB6A 4KFNA 1EWDA 3QFEA 4S2BA 1Q45A 1FUYA 1DVJA 4FNUA 4KFPA 2C15A 1NFBA 2WNNA 5E1QA 3AO0A 3G3MA 3EWBX 4UFIA 1RV8A 3QH2A 3R89A 1CW2A 5D38A 3C0JA 2E6AA 3BW2A 1Y0EA 2PRLA 1LOSA 3QEZA 4O57A 3UY8A 4BI6A 3IIVA 4JXCA 4QQ3A 3C4UA 3OVRA 5L9FA 2DZSA 4IX2A 2R8WA 2EGZA 5G5IA 2DP3A 4Y9AA 4LS0A 2A21A 4P61A 3CPRA 4MLRA 1XUZA 1ME8A 3W2MA 1XBXA 3GAKA 3SSJA 4UTIA 4I7VA 1FWRA 4Y96A 1JCXA 5CZ0A 2J27A 2WQPA 1OFAA 4LVFA 3M44A 1GJPA 3ABQA 3TC7A 1ICQA 3P82A 4GBUA 4QNEA 5HNRA 1MZHA 4DF1A 3QF0A 3TR2A 3A5VA 4B5NA 1A50A 4YLWA 1XM3A 4XWUA 4C1KA 1H61A 3LHVA 4WQ6A 3N2MA 3CEUA 3SW6A 3W7CA 4IMCA 1JCLA 2CZEA 3CC1A 3E9AA 3RK8A 4PL1A 5D2TA 3BO9A 4PL2A 3O15A 3C8FA 1P1XA 2CLFA 3KRZA 3EWUA 3LCFA 1SZFA 4IXHA 3W85A 1JRBA 3TFXA 4R33A 1GZGA 4MIMA 5FF7A 3SGZA 2A7NA 2GVLA 3OEXA 3DI0A 1G67A 2PC4A 1DHPA 1H50A 1N7KA 3Q37A 4M6QA 1QOQA 3LXAA 1HO1A 3P67A 5C2XA 3G1FA 1JCYA 1OFBA 4JIQA 4JTJA 3TA6A 3STEA 4GJ1A 4M7TA 3QSTA 3MP5A 1XDLA 1O5XA 4EF8A 1K7EA 3LB0A 4MJZA 3GX9A 5KITA 5AHIA 4O53A 5LNUA 5BMWA 1GEQA 1R46A 4MUZA 1SUXA 3UD6A 1EIXA 2E1DA 3HGOA 4NJKA 4NNAA 8TIMA 4JYDA 3QRHA 1H7XA 3HB9A 3SGUA 3MBFA 1U83A 1VS1A 4FEZA 3L5LA 5LNRA 3DKJA 5DY2A 5FESA 4WXZA 2PRMA 3MJYA 1UASA 1TRIA 4NZFA 1I45A 2XN2A 3E02A 4JYFA 4I9AA 2ZZ6A 2J6XA 1DBTA 4CQ9A 2DU2A 2EAWA 3VCRA 2GQ8A 3HPSA 2E5DA 2NZLA 4LVDA 3MHUA 3S1WA 3TQKA 3A21A 1MXSA 2P1FA 1M7PA 2C6QA 1JCMP 3G1DA 3IVTA 5DN1A 2WJZA 2BTMA 3CLMA 4HIBA 4KWWA 4A29A 3G1SA 1PV8A 3E0IA 3TXVA 5FF0A 5F2GA 2X1RA 5KSWA 1I4NA 3W88A 5BNKA 3NXFA 1W3NA 5G2IA 5AOUA 2XFWA 2VFDA 3GKAA 2VC6A 7TIMA 2VEMA 1THFD 1QFEA 2E09A 2AAMA 3CHVA 4LWWA 1B4EA 1VYSX 2JKPA 4FO4A 3HG4A 5KMYA 5AFDA 1WOAA 4Z1AA 4O4VA 4Z1DA 1TREA 3FKKA 3JS3A 4LV9A 3BG9A 5L6UA 4NT0A 1TPVA 4A22A 1FWTA 1G7VA 5HR6A 4ONVA 2A5HA 3W1PA 3NNTA 3EX3A 1TPEA 1RQEA 3O07A 2ZFAA 3KXQA 4O1DA 3FS2A 1EUAA 4O4WA 3KOFA 4WOZA 3WK0A 5EBUA 3T55A 2HTMA 3L66A 3TSBA 3QSRA 2B7NA 3QC3A 5F4XA 4RX0A 2X2GA 3QMRA 3L68A 1OF8A 4FXRA 2V2HA 2WPBA 5EY5A 1K8ZA 1TCDA 1H51A 3EX4A 1SU5A 1L9WA 2YYTA 2H6RA 5IM51 1SSDA 4YMZA 3P60A 4O17A 1NEYA 2CLKA 5K4XA 3NPXA 1VHNA 2ZZ2A 5J5RA 2ISWA 3LHTA 3NQVA 4G1KA 4Y6GA 3L0GA 1TQXA 3FA5A 2J88A 3G1HA 1P0KA 2Y61A 2HSAA 4RXFA 3UWQA 5AYXA 4FNSA 2YCEA 3M0ZA 1YDVA 5D03A 3NEVA 1KM4A 3BLFA 3GXPA 4GUHA 3OG3A 4LTSA 2DJLA 4Z08A 4D2JA 2VENA 3M9YA 3KX6A 2NUYA 3WJXA 4O1CA 3S1VA 3NL2A 4IOTA 4K8EA 3W7MA 4S1FA 3LV6A 4ZL1A 1G7UA 1LBFA 3DFPA 2DZPA 1ME7A 2F84A 4ZQPA 1VGAA 1RQBA 4XTIA 1TPC1 5I3IA 1TPH1 1OX6A 1DOSA 4X9SA 4BWLA 1TQJA 1LLZA 3C2FA 5U7SA 3ELFA 2QJHA 3QPZA 4DXVA 1DQWA 3CIXA 3G22A 4NJIA 4UTUA 3ATYA 4O11A 4O1BA 4R34A 3W84A 1IF2A 1YDOA 2YFOA 2VELA 5TIMA 2ZCGA 3LDVA 2B7PA 3BV4A 3UXAA 3M47A 3EWYA 3WJSA 3O6YX 3HGSA 3ZWSA 2H8XA 4LY8A 3L5MA 3LCXA 2W79A 3L5AA 2BSLA 4O13A 4PA8A 1GVFA 2Y7FA 3IV3A 5EMUA 3OHIA 2G97A 4O14A 1PVNA 2DJXA 4N4PA 1C9DA 3UYCA 4ZQCA 3S9YA 1GOXA 4IMEA 4FNRA 1GG1A 4JY9A 4XBSA 4MJMA 1F7BA 1TIMA 3BVJA 4H3DA 4K38A 4QSHA 1KBIA 3FLUA 2ZA2A 3MHGA 4UC5A 5D2YA 1KM1A 3W2LA 3TSDA 3S1XA 4N2YA 4ZQOA 2P10A 1H63A 4LNYA 4GUFA 1A53A 5DBUA 2V9DA 2NX3A 3CWOX 2QCNA 3NZRA 5K9DA 1WBJA 3W75A 4WX2A 1YYAA 5D30A 1P5BA 3E12A 5I3KA 1PCWA 3RU6A 2CZ5A 5BRBA 4FNPA 4K6AA 1F73A 5LHEA 4JTTA 2Y63A 1UUOA 4WD0A 4GFSA 4DEFA 3B06A 3C2OA 4FIRA 1S3HA 1R47A 2F7FA 4UFMA 3W1TA 2E77A 4KKXA 1KV8A 2UV8G 4AHPA 1LBLA 1RPXA 2FPVA 4AHQA 4UTMA 2FFCA 1H7RA 3UPWA 4DF0A 3H55A 1W0MA 1W3IA 4JTHA 1H1YA 3N9SA 2E5BA 3EXTA 2XN0A 4LVAA 1TO3A 3PM6A 2Z2UA 3FYOA 4K8HA 3TE9A 3L67A 3N14A 2QCGA 3N9RA 4JTIA 4O15A 1QAPA 2V0TA 3VFLA 5U4NA 3FEMA 1X1OA 3HO8A 3CQ0A 4UFHA 2Z0IA 2FTPA 1GWJA 3KVLA 2A6LA 1PL9A 2V5BA 4ADUA 4DBEA 1G4PA 4O16A 3FIGA 2V82A 2YZRA 3RFAA 3UWUA 3WJZA 3PUDA 4LVBA 5DXYA 3U8GA 1F5ZA 3TX9A 3CEPA 4HKPA 1A5CA 4WJEA 5CZJA 3QZEA 2O7QA 3KFTA 1TV8A 4M7SA 4NX0A 4Z0SA 3OVPA 1XBYA 5HWNA 4HN4A 4JS3A 1WQ5A 5F2MA 3LLFA 3TIMA 3MW7A 1JVNA 1VHCA 3G3DA 4QAIA 4MVAA 5FF4A 3IVUA 5AC8A 4NNBA 1JJKA 3LRMA 4O52A 2NX1A 4TX9A 3CU2A 3BGGA 4RZ5A 5GVJA 3EX6A 2W6RA 2YSWA 3DAQA 4JTSA 4AF0B 3YPIA 5D09A 2QCEA 2Z1BA 4Y8FA 2BWGA 4H4IA 2GUUA 3SJ3A 1EPXA 3DGRA 3BG5A 3TAOA 1YXCA 1SZGA 3MWAA 3LHUA 3BG3A 3T4CA 4AVFA 3C56A 4NJHA 4JX6A 4NVTA 2V81A 4BI7A 1B4KA 1PIIA 3L65A 1KFEA 1QCWA 4X2RA 2JGYA 5DCDA 4A2RA 1FX6A 4AEOA 1WV2A 3MP4A 3KVMA 3CM4A 4Q33A 3NQFA 5F2IA 2FIQA 4GUJA 1DJQA 4K39A 2QCHA 1IXNA 3DH7A 5KZDA 4IMDA 1JRCA 2YDAA 4GNJA 3FFSA 1JQVA 4FNTA 1G4TA 1UB3A 4X22A 1EA0A 2O7SA 3NQGA 3NQDA 4FF7A 3PB2A 1UUMA 5K3VA 1KM0A 1SFJA 1SW7A 4WXYA 3UWYA 1QPNA 3Q94A 3TJLA 1W56A 1RVGA 2JK2A 1T96A 2GQAA 3JR2A 2Y70A 1O4UA 3W7JA 3ZR4A 3DENA 1IXQA 2C13A 1XBZA 3TUUA 4ZQNA 1FCVA 3IGUA 4MYAA 3IEBA 2CZDA 1TSIA 4OHQA 5FEWA 5CSRA 3D0CA 1OFPA 3QMSA 3W2UA 4QNWA 4MZ1A 3QYQA 2X30A 3W2NA 4JIPA 5AC6A 2JBMA 4EWND 2GJNA 5A5WA 5K2ZA 1OFDA 1LRQA 4NXKA 1OG0A 5HJLA 3LGEA 3S5OA 3ZS4A 4OU1A 3N19B 3RNDA 3W7GA 2QCLA 3FYPA 2AGKA 3P8JA 1ZFJA 4K36A 2TYSA 2I1OA 3PBWA 1IGSA 4X3ZA 4BR1A 1PHQA 1VYRA 2ZRWA 5D02A 1Q6OA 1RZMA 1SQ7A 4UFKA 3GVGA 4LS1A 5F2LA 3STCA 1G4EA 4AB4A 2W0UA 3DFOA 3NAVA 3F4NA 3ABSA 3B0PA 4ZZ9A 2NXIA 5K4ZA 4GC4A 1MO0A 1GG0A 3W87A 2OT0A 2C0AA 1TPDA 4AF0A 3LI0A 1VLIA 3NO5A 4HNUA 4O12A 5AHFA 2NLIA 3I68A 4FB7A 3NQ2A 2VFHA 4UTTA 3UWWA 5HUOA 2H3DA 2GVGA 3LRKA 5CKSA 1SZNA 3L21A 2J9ZA 1VR6A 3HG5A 5F1UA 3PBUA 3W72A 3BARA 1Z42A 4JYEA 1B57A 3LTSA 2HS8A 1OK6A 2HMCA 1TYGA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4Y8FA

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