4Y90A

Crystal structure of triosephosphate isomerase from deinococcus radiodurans
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
244
structure length
244
Chain Sequence
MQTLLALNWKMNKTPTEARSWAEELTTKYAPAEGVDLAVLAPALDLSALAANLPAGIAFGGQDVSAHESGAYTGEISAAMLKDAGASCVVVGHSERREYHDESDATVAAKARQAQANGLLPIVCVGENLDVRERGEHVPQTLAQLRGSLEGVGADVVVAYEPVWAIGTGKTATADDAEELAAAIRGALREQYGARAEGIRVLYGGSVKPENIAEICGKPNVNGALVGGASLKVPDVLGMLDALR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
molecule keywords Triosephosphate isomerase
publication title Reversibility and two state behaviour in the thermal unfolding of oligomeric TIM barrel proteins.
pubmed doi rcsb
source organism Deinococcus radiodurans
total genus 84
structure length 244
sequence length 244
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2015-02-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4y90A00
1Q6RA 2FLIA 2FQIA 2WO5A 3EXRA 4M6VA 5DELA 2NWSA 4IMEA 1NVMA 2V2CA 2QCEA 3ZS4A 4IMFA 3PULA 5BMWA 3SSJA 2PCQA 3FYOA 2CLHA 4MY1A 3PB2A 4K38A 4CCDA 5H2ZA 4RV8A 3S42A 1TB3A 3DFSA 2ZFAA 1IXOA 3MJYA 2E5BA 3GYEA 2Q3OA 3LI0A 3GX9A 3T78A 1THFD 4GUIA 5F2LA 3PUDA 3GKFA 4TU1A 1SW0A 4OE7A 2DZTA 3QMSA 2HTMA 4O13A 4GXMA 1SO4A 3DFTA 3SI9A 1DV7A 2WQPA 1A5BA 1H1YA 1SZFA 2ZBTA 1GT8A 2IQTA 1N55A 4HNNA 1B4EA 4JXCA 3BV4A 5LNVA 1KV5A 3KFTA 3G1DA 5D33A 5K9DA 3C2RA 1G4SA 2C16A 2G95A 1YADA 2Y7GA 3SJ3A 1KBJA 1PE1A 2NV1A 1OK4A 1EWDA 3JS3A 3L5AA 4BWLC 4CNOA 4JYFA 2V30A 4IQLA 3HO8A 1AW1A 2ZYFA 3LCIA 4MZ8A 4GUFA 3CPRA 5D32A 2J6XA 1ZHAA 4S2CA 8TIMA 1DJQA 1EUNA 1QPRA 3RNDA 2XFWA 3GAYA 4CLMA 2NX1A 3NXFA 4BWLA 3IIVA 1VC4A 1GVSA 5GVJA 1JVNA 4QQ3A 5FF0A 2A4AA 2VEPA 3G24A 5I3FA 4JTHA 5AHMA 3TFCA 1WDWA 4AEOA 4RZ4A 1S3HA 4I7UA 4JTJA 3MI6A 1TPEA 4MYAA 4QISA 1G67A 4HSOA 2WSRA 3EX3A 4CQAA 1AW2A 1K3UA 2Y61A 1Q45A 1SFJA 5DCDA 4EF8A 1L2UA 2BZNA 3HB9A 1ML1A 5KZMA 3UPWA 3M47A 4PODA 1VLIA 4FNUA 3U8GA 3EB2A 5D2VA 1GVOA 1TPWA 4BI7A 4UTKA 1C9DA 4CNPA 1OYAA 1YTKA 3LRMA 1W3NA 2WJZA 1FBAA 1JQXA 3S1XA 3FEMA 2A7PA 1JUBA 3DXIA 5D04C 3T55A 3LXCA 3RLUA 3SECA 4DO6A 2QJIA 3TQ0A 5CSRA 4O18A 1YDNA 4KFOA 3LHUA 4MFDA 3UY7A 2BXVA 2VEIA 3W1NA 1NFBA 1KFBA 5F2MA 1FXPA 2V2DA 3W1TA 3TQKA 5KSWA 2DJLA 5IBXC 2CLKA 4JGDA 4O1DA 2G97A 2ZRXA 1LRNA 3NPXA 4ZVJA 2E09A 4C1KA 3W7RA 1Z41A 3P60A 1ZJIA 3JRKA 3W1XA 3GR8A 1IIGA 2WOQA 3EKLA 4WY0A 4O52A 1S5VA 2KZHA 1SPQA 1GTEA 4X9SA 3HIJA 1EP1A 1OFEA 2AGKA 5IBXA 4X22A 4HPXA 5D30A 5TBOA 1WV2A 3HPXA 3PM6A 3S0CA 1WYIA 3W2JA 4LU0A 1KM0A 4NXSA 3SW6A 3QEZA 3CIWA 3EWXA 5L9FA 2QCHA 1ZAIA 1R30A 1B57A 1T0OA 5G2HA 4PL2A 2JKPA 1R2SA 3DHDA 4WOQA 2FB2A 4UFHA 1QR7A 3L0GA 3C6CA 3PBYA 2OJPA 5K2ZA 4FHAA 1T8XA 5ABTA 3W75A 4NUWA 3S5OA 1SZGA 3OEXA 3STEA 3UZ5A 1TTQA 1LLZA 2Y6ZA 1KW1A 3GDTA 1HG3A 2ZZ2A 3W1QA 1OFDA 3FKKA 4QM1A 5U7SA 1M5WA 4UFMA 3KHJA 2DZPA 1UUMA 1OF6A 3WK3A 1IF2A 3EWUA 3WK0A 1ALDA 1LLWA 4LWWA 4WX2A 4HPJA 3V75A 3IIZA 3N19B 3W7GA 1P0NA 2E5DA 2QJHA 4QNEA 2NUXA 1Z44A 5DCBA 2V0TA 1H7PA 2CZEA 4GBUA 2YPIA 4ICNA 1LBMA 2FJKA 3BGJA 1JCXA 4K8EA 2V8ZA 2VFIA 3WK2A 4I7VA 1KTCA 2ZA2A 2YZRA 1ME9A 1H61A 5AHLA 1LYXA 2QCNA 3PY2A 4LV9A 1IXPA 4FB7A 1OX5A 3P67A 2C1HA 1L6WA 1DOSA 3STFA 4FX6M 1H7XA 1EP2A 4UTTC 4FNQA 1J2WA 4HT3A 3UWVA 3ATYA 2E68A 2NZLA 3MHFA 4QSHA 1XI3A 3LCHA 4M19A 2VEKA 1I8JA 3L68A 4AB4A 1QO5A 2GQAA 3TR2A 1X1ZA 2C3ZA 2GVGA 1U5JA 4HNVA 1X6UA 3B0VC 4JX4A 4UTTA 3LM7A 5L6UA 4R34A 1BWLA 2NUWA 3I65A 4UTUA 3TUUA 1LM1A 1HUVA 5AHEA 4BF9A 1F5ZA 1W8SA 1T99A 2G5WA 2C18A 3NG3A 4N9EA 2E6YA 1W5NA 3FYPA 1W54A 4ZL1A 4U28A 3L21A 4WY0F 3DI1A 3IGSA 2NXGA 1SZNA 3G1SA 2E77A 2I9EA 1HO1A 3TCEA 1W37A 2E6FA 1C8VA 4LOCA 3M7WA 4HIBA 1W3TA 1GG1A 1VHCA 4UMAA 2Z6IA 3O8AA 5CPMA 1O95A 1LORA 4S1FA 5F4WA 3BVJA 5K9CA 4Z0JA 3L9CA 1ICSA 1LOSA 2BTMA 1JQVA 4YCPA 3W22A 2WNQA 4I7WA 3NZ1A 1KM3A 3M9YA 1FWSA 1TV5A 4UCGA 1JRBA 3IVUA 2ZRWA 2ZA1A 1BWKA 5FEZA 5EYWA 1S5WA 4TMCA 3MBFA 2X1UA 1QOPA 3GR7A 1VRDA 3G1FA 4M6QA 5LNSA 3GXNA 3TW6A 3MHUA 3O6YX 3TSMA 4JYDA 1ZAHA 3CT7A 3PAJA 1VH7A 3OA3A 4PH6A 5KITA 2EHHA 1S5TA 1GOXA 4AAJA 1G69A 5AB3A 4UTHA 1FDZA 3HG4A 3LTSA 3W6YA 4DO5A 2ZZ7A 1J5TA 5G2WA 1R46A 2DP3A 2H6RA 1FUYA 5AC6A 3SIZA 2ABAA 3PS7A 3UZJA 3TAKA 1HO4A 3NZRA 1SSDA 2JGYA 3P5YA 4UNKA 5I3KA 5K4ZA 1H50A 4FXSA 5HR7A 4IMGA 1Z42A 3I7RA 2GJNA 4ZZ9A 4HKPA 1KV8A 3BARA 1TPB1 4YLWA 3G3MA 1VLWA 3OVQA 2BWGA 3ATZA 4N4PA 5AYYA 4OV4A 3QSRA 3WJSA 4A3UA 3K30A 1EX5A 2QCDA 3OVRA 2GUUA 1WOBA 3DHFA 1LCOA 2Y62A 3DFQA 1Z48A 4JY9A 4M7SA 1KTBA 3L2IA 2CW6A 5KINA 2QCCA 3TNOA 1QFEA 4WUIA 3QRHA 4TO8A 5F2GA 4IX0A 3L5MA 3H54A 4JY8A 4O8RA 4QAIA 5KMYA 2QCDB 3G8RA 1ONRA 3USBA 4DEFA 2NUYA 1KM5A 1PL9A 3T7VA 5TQLA 3M43A 4S2BA 1OG0A 1RQBA 4NX0A 1TSIA 3ZR4A 4B5NA 4XWUA 4ADTA 4Y96A 4KWVA 4O16A 4ADUA 3GDRA 3W7HA 2DORA 3P84A 4LVDA 2X1TA 4CCCA 3QPYA 2FPYA 4J9JA 2H3DA 2F84A 1WXJA 4UFJA 1A50A 3M41A 4LUJA 1TJRA 4IMCA 3KVMA 4O10A 3W7MA 3NM1A 3QFEA 3L0KA 3LCWA 5CKSA 4GJ1A 1IXQA 3BPWA 1YPFA 3HG5A 1F6PA 4RLIA 2BLEA 1YLVA 4YCOA 3AJXA 3FJLA 2C6QA 4IMDA 3W7OA 1YXCA 1YTEA 3THAA 2P1FA 1FWNA 3NPWA 1P1XA 1ME8A 4JD4A 3G1VA 1K02A 4LC8A 2DZWA 1TPVA 3ABQA 4BK9A 4OWGA 3LBCA 3HG2A 3N14A 1MEIA 3TK7A 3A9IA 2X1SA 4OV9A 1L9WA 3I7QA 3W7QA 4DXVA 4A29A 1KFLA 5HWNA 2OT0A 4NT0A 4JNMA 2NV2A 4JTFA 3H55A 3OBKA 1XBZA 5G2IA 4GNJA 3C4UA 2H90A 2NLIA 5T26A 1D3HA 4PTNA 3NPUA 1DJNA 1TYGA 4MLJA 3TXZA 3KRUA 4ORIA 4WOZA 1G4TA 1QDSA 3M16A 3B0UX 4MYXA 1ZALA 3S1VA 3TSDA 4MJZA 1MSSA 1ZNNA 5FEXA 4ORMA 5G4WA 3W7NA 1GTHA 2VXNA 1LZOA 4JDYA 4K6AA 3O06A 1LRTA 1IXNA 1G7UA 3QM3A 5K4XA 1RD5A 1KA9F 3L65A 3LV5A 3BG9A 1Y0EA 1UUOA 3CU2A 4IX2A 3W2LA 1CX9A 3NPVA 3E49A 4DPQA 3LERA 1MEWA 1RZMA 2RDWA 3FIGA 4PC8A 1SO6A 4PA8A 2PRHA 3WJZA 4LNYA 1OYCA 4NZFA 4N9CA 2O7SA 5E1QA 5CG7A 4FX7A 5AHNA 2YYTA 2GOUA 3EX4A 3LOTA 3G22A 2V9DA 2YCEA 3VCRA 4XKYA 1BTMA 3ABSA 2W0UA 1SFLA 3MI3A 5AHIA 3FFSA 2WSYA 3NEVA 4NQ1A 3FKRA 1H1ZA 1OFOA 1H5YA 3P5ZA 4JICA 4XTIA 1C29A 3EX6A 1JCYA 3B03A 4FX8A 3N3MA 2BSLA 2Q8ZA 4EVZA 4XBKA 4ZQCA 1Q6OA 2A7NA 2Y70A 4FIQA 3NVTA 5KZEA 1FDYA 4XKYB 1O5XA 2B0MA 2C19A 5I3JA 3GK0A 3BW3A 3TX9A 3ZFHA 2GQ9A 1VR6A 3A5VA 1WA3A 3EWWA 4AVFA 4LW7A 3B0PA 4MKNA 3UWWA 3NR0A 4JIQA 2Z0IA 3W2MA 4POCA 2EAWA 4Z1DA 3S1UA 4IXXA 4OQVA 1NF0A 2ZCGA 3RMJA 3W7PA 4GUHA 3CM4A 2QAPA 1A53A 4FNSA 4TR9A 3LRLA 1EEPA 4KFPA 1JCMP 1H7WA 1LTDA 4ML9A 3W87A 4XUGA 1GVRA 3NQDA 4XBSA 1JR1A 1FCVA 2DZUA 3LI1A 2AQWA 1QNVA 3MP4A 1VYPX 3G1YA 2A7RA 4LRTA 4NJIA 4NX5A 3F03K 5CZTA 3STCA 3TU9A 3I68A 4OT7A 3CWOX 5IM51 1R47A 1KM6A 1F2JA 3F4WA 3CWNA 3DH7A 3PUOA 4XTDA 3SR7A 4O54A 1BEUA 3HGOA 4PEKA 1WQ5A 1KM1A 3NM3A 2GQ8A 5G1YA 3DZ1A 2DZVA 1KLYA 2NWRA 4LY8A 2CU0A 2O7QA 5D05A 3PBUA 4NNBA 1SR9A 4DELA 3R13A 5LNUA 3W23A 1OFBA 3C8FA 3UXAA 5C55A 1WX0A 3M1ZA 1I2PA 2DZXA 4RZ5A 5FF3A 5U4NA 2QCFA 4EWND 5FEWA 1DORA 2ZZ6A 2FPVA 1CW2A 4O4VA 1H63A 4EIVA 2H8ZA 3LCXA 1XXXA 1VZWA 3HGSA 4NJGA 4FEZA 3H53A 1FCBA 1FWRA 1TPDA 1TQXA 2PRMA 2Y89A 4AHPA 4BR1A 1U83A 3QC3A 4R33A 3ABOA 4LS1A 5LNWA 4O1AA 2FB3A 3LX9A 2GVJA 3VNDA 4UNLA 3TW7A 3LDVA 3INPA 3QW4B 3G1HA 3C52A 4JR5A 1M7PA 3IV3A 5CZSA 2QR6A 4MIMA 1TPC1 4YXGA 3RLVA 4PCFA 4JTTA 3G0UA 1G4EA 3BGGA 2ISSA 3TC7A 2C14A 3GLCA 1ADOA 4LT9A 2BX7A 5BW6A 1TTIA 3RK8A 5AN7A 4HNTA 3UWYA 4K36A 5EKYA 3PC0A 3TROA 2GJLA 4LVGA 3R89A 4JEQA 4N6FA 1W5MA 1R2RA 3SFKA 3DFNA 4YL2A 3ABRA 5HR6A 4NZJA 4DF1A 3W7CA 4O0ZA 2JK2A 1ME7A 1E51A 1UASA 1XKYA 2TSYA 1FWTA 1I2NA 4IPJA 3EXSA 3OVPA 4BFAA 1P0KA 4GE8A 2ISWA 1OYBA 1D3GA 3P81A 1EPXA 3DI0A 1GEQA 1OJXA 3MWAA 4Y6GA 2P0OA 1XDLA 1TV7A 2RHGA 5I3IA 1LROA 1ZY9A 2ISVA 3TXVA 4JIPA 4EF9A 4MLRA 4A2RA 1TO3A 3E0IA 1PVNA 1GVFA 4RXFA 3UPBA 1PV8A 3OIXA 3NQ7A 4LVAA 2OZ0A 3CC1A 2J9ZA 3MO7A 4K7VA 4NJJA 3TJXA 4MY9A 4JTUA 5EBUA 2RFGA 2ZTKA 3P8IA 3LB0A 5DXXA 5C54A 2PC4A 1HFBA 1XBYA 1QMLA 1FX6A 3TE9A 1XL9A 1VPXA 3W1LA 4UTWC 2TMDA 3G1AA 3HBLA 3G0SA 3PB0A 3UWUA 4N6EA 2CLOA 4CQ9A 3P62A 1G4PA 4ALDA 4JX5A 1TTPA 2XN0A 2YGYA 5AC8A 1FY6A 1WBJA 3W73A 3BG3A 4Z08A 3PBVA 2HSAA 3GVGA 4UTWA 4O53A 4AXKA 3UD6A 3Q94A 2E6AA 2YSWA 1G6CA 1LBLA 2I1OA 5LHEA 1SZEA 4RKAA 1KFJA 1DBTA 3GB6A 4DF0A 2WKJA 5BOOA 2FFCA 3O05A 2C13A 3HMJG 5LHFA 5F1VA 3RFAA 1L6YA 5D09A 4BI5A 2W6RA 3V1PA 4JTEA 4PFMA 5I3GA 3LTPA 2QCGA 4QITA 4LVBA 2R94A 3HPZA 2YYUA 1SO5A 1WAUA 2Z6JA 1XUZA 3EWYA 3WJYA 2VFGA 1F73A 2FDSA 4UFLA 4UUIA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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