4Y96A

Crystal structure of triosephosphate isomerase from gemmata obscuriglobus
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
250
structure length
250
Chain Sequence
TRKKFVAGNWKMNTTLAEAKALGAAVAKGVTDDRVTVAVFPPYPWLTAVGEVLKGSPVALGAQDVSSEKKGAFTGEVSPAMLLETGCKYALIGHSERRHIIGESETFINHKVHTALEEGLSVVLCMGETLAERERGLQERVFQRQVYAACAGLTDEQFGRIVIAYEPVWAIGTGKVATPEQAQEAHAFVRSKLRLLYGDKIADSTPIVYGGSVTPDNTVGLMSQPDVDGALVGGASLKADSFLAIVKAAG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
molecule keywords Triosephosphate Isomerase
publication title Reversibility and two state behaviour in the thermal unfolding of oligomeric TIM barrel proteins.
pubmed doi rcsb
source organism Gemmata obscuriglobus
total genus 93
structure length 250
sequence length 250
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2015-02-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4y96A00
3CC1A 3NL2A 3LRLA 1RVGA 5LNWA 1VR6A 4OQVA 4NZJA 2I14A 1GQNA 3T44A 4O4WA 1F73A 2EHHA 3W83A 3QMRA 2QUTA 4JTTA 5D32A 5K4ZA 2CU0A 3N3MA 5CZSA 2YGYA 1SSDA 1KBJA 1ZAIA 2Z0IA 2Z1BA 4AF0B 4LRSA 4ZQNA 1MEIA 1GG0A 3PR2A 3QW4B 4HNVA 3PVFA 1P4CA 4GXMA 4UTUA 3HIJA 3W1AA 4UTTC 1Q3NA 3TCEA 1DORA 4H6KA 2VFHA 1HFBA 4ADSA 2ZA2A 1AL8A 4JX4A 2V8ZA 4AF0A 1LLWA 3DFNA 2A4AA 1NF0A 3P61A 3ABRA 3DFSA 1VHNA 3GLCA 3PAJA 3TA6A 4Q32A 1WOBA 4A2RA 2W0UA 3N9SA 2NZLA 3GZ3A 2RDWA 1XCFA 1FQ0A 5BNKA 4XTIA 1K8ZA 1LTDA 1TIMA 3UWVA 2G5WA 3O07A 3EB2A 4O18A 3TSDA 3MI6A 4JNMA 4N4QA 1VYSX 1K7FA 2V9DA 1AW5A 1VYPX 4UUIA 4QISA 3S5YA 4Y96A 1Q6QA 4XQ6A 5FI8A 2ZDRA 3W2JA 2UV8G 3LV6A 3MJYA 3W2MA 3RFAA 4MIMA 3I6RA 3C8FA 2DZXA 1ICSA 3O15A 2ZRUA 4JTSA 3FEMA 1YDNA 3BG9A 4WD0A 4UFHA 1ME7A 4MZ8A 1FXQA 3TAOA 4JTHA 1B57A 3S1WA 1FDJA 2D73A 4BR1A 1KFEA 5T26A 1OYCA 1AK5A 3S1UA 1TPWA 2VENA 3LCIA 3P5YA 2A7NA 4IOTA 1FDZA 3P5ZA 3NDOA 1AMKA 1KLZA 3T4CA 4H4IA 4M5PA 3PS7A 4GJ1A 3M16A 4YXGA 4LS1A 3PY2A 1F05A 3LBCA 3EX1A 2EF9A 3S1VA 1NF7A 4N9EA 4HSNA 3W7GA 4LUIA 2E6YA 3UXDA 4NJIA 1Q45A 2JBMA 4BK9A 2CFFA 4EOUA 5EL1A 4CCCA 3LOTA 4N4PA 4E2DA 2FB2A 5D09A 4XZ9A 3JR2A 3QM3A 4O16A 3OEXA 2CLLA 1TO3A 3A23A 3N2XA 4O50A 3NM3A 3M7WA 1Q6OA 1UCWA 1I2NA 1R30A 2QDGA 3GDLA 3WFAA 1X1ZA 5TIMA 1FWSA 3A5VA 2W79A 3RNDA 3NPXA 1I2PA 3M9YA 3PC0A 3TH6A 3BLFA 1FX6A 3LV5A 2VKZG 1LZOA 3UZJA 2O7QA 1TQXA 1QPRA 3S8HA 3LXCA 4FNUA 3BW4A 2WNNA 4UIOA 5CZTA 5BRBA 1O5KA 3HG4A 2A0NA 5DCEA 3W7HA 3M5XA 3O06A 4LOCA 3OG3A 3GR8A 2A21A 1TTJA 5D30A 5CPNA 3W88A 1YDVA 3H55A 4CNOA 1XM3A 5BMXA 4TX9A 2RFGA 3CEPA 4DF1A 1FCVA 2Y7FA 3PF3A 3LERA 1VCFA 3ATYA 4RXGA 1K7EA 1OFEA 5EBUA 3LCHA 3DBPA 1GJPA 4C1LA 1TJRA 3C52A 3GXTA 3LI0A 4AH7A 3BLIA 2CZDA 1FWTA 3HF3A 3B03A 3B0PA 4HPXA 1K03A 1OFBA 1YXCA 3W70A 4C1KA 2C0AA 2VOMA 3HBLA 4IMDA 4WX2A 3M43A 2FDSA 2HS8A 4NJGA 1W37A 1B4EA 1WV2A 1GYNA 3QQ1A 4UTTA 3IVSA 4IUOA 4O10A 3U2OA 3LBMA 3O8AA 4JY8A 1OFDA 4GFSA 5CZ0A 1FWRA 2X1RA 3I65A 4NQ1A 1QO5A 2AGKA 1QPNA 4Q33A 5D2TA 1Z44A 4MLJA 1WDWA 3P67A 4L4MA 3W07A 1SSGA 3M44A 3QRHA 3NQ8A 3V75A 3WJXA 3PM6A 4LVFA 4LW7A 5K9XA 3GYEA 1OX4B 2ALDA 4NT0A 2VFEA 3LCWA 5DBUA 1R2TA 1J2WA 3L2IA 4R53A 1TV5A 2P10A 1EUNA 2H8XA 4GE8A 4BF9A 5HMSA 4DBEA 1QPQA 1VJIA 2JGQA 3JS3A 1F76A 2H3BA 1K8YA 2BX7A 5A5WA 4XBKA 4NVTA 1OX4A 2BLEA 1NVMA 3D0CA 2ZRWA 1OFQA 4AWTA 3W2NA 3NVTA 4JXCA 1YTKA 2RDTA 1BEUA 6ALDA 2DJLA 4QSHA 3PB2A 1M6JA 1L6WA 4CLMA 4JTIA 4FNPA 1E51A 1B3OA 1DQWA 3FKKA 3LCLA 4JN6A 4FF7A 4QAIA 3MP3A 4BWLC 4N02A 1RQEA 1SW7A 5D2YA 3Q94A 2DZSA 1SQ7A 2BWGA 3TFCA 2VELA 4ZQMA 5AYXA 2YFOA 3FFSA 4Z1AA 3HPSA 3W75A 3VFLA 4EWND 2A1YA 3NQCA 1TPVA 5EMUA 4DPPA 3G0XA 1TMHA 1QCWA 5EYWA 1SUXA 1TJPA 1C29A 1HG3A 3RU6A 3L21A 2ISWA 4LY8A 1RQBA 5AHIA 1PCKA 4JTKA 3HG3A 3PBYA 5E1QA 3W1UA 4JDYA 1KM6A 4JIQA 3TC6A 2E6AA 3KX6A 1IIHA 2VFDA 5KINA 2I9EA 1MEHA 2YR1A 3EWWA 3KHJA 1G7UA 3N14A 1C9DA 4Y90A 3EX3A 1SO5A 4W9TA 1G4PA 3DI1A 3FLUA 3Q58A 4M6VA 3LX9A 4NZFA 3BGGA 2ZZ4A 1X1OA 3M5YA 3MBDA 1G4SA 3LLFA 2AQWA 3TAKA 3W86A 3EWBX 3FIGA 3CQ0A 2GVLA 5FF7A 5HWNA 4MYXA 1SO3A 3N9RA 1SZFA 4JTLA 5HR6A 1GVRA 5H2ZA 3WK2A 5K9DA 3E9AA 3W7LA 4HIBA 1LOQA 4O57A 2OT0A 5IM51 1KFKA 1W5PA 3KOFA 4RZ5A 1JR1A 2GOUA 3LCGA 3HGRA 4PH6A 3G22A 1R46A 2C15A 3UY8A 1TPH1 1P0NA 2EGZA 4Z1CA 3BW2A 3W7DA 3S5OA 1WAUA 4YLWA 5D05A 4LV4A 5KTLA 4AHQA 1ZAJA 2H8ZA 1YTEA 3PG8A 5AB3A 1G4EA 3SZ8A 2DJXA 2PC4A 3BG5A 5CPMA 2YYTA 4AHOA 3P60A 4YCOA 3P84A 3O6CA 1XBXA 4UTHA 5LSMA 2ZYFA 1G6CA 1JRBA 4A2SA 1LBMA 4JYEA 2PURA 2FLIA 1DV7A 4LV9A 2CLKA 4UTMA 4IX0A 3KRZA 1ADOA 2ZZ6A 4IPIA 2A85A 4MFDA 4DBDA 1KV5A 3NPUA 4MOZA 3TU9A 5D03A 4AHPA 4CQ9A 5FF0A 3C2FA 1KFLA 3TC7A 5A8GA 3S1XA 2DZVA 3KVJA 5SWUA 5BOOA 3JRKA 5HJLA 3GNNA 4GUHA 5I3IA 4XKYB 4QJ1A 1HO4A 1XUUA 1V7YA 3WJSA 1PV8A 2Y63A 2GJLA 4Y8FA 3A9IA 4JGDA 2V82A 3EX6A 1WOAA 1I45A 3NZ1A 5F2MA 3W7OA 1LOSA 4RZ6A 3I7RA 5ABTA 1NSJA 1AL7A 1GTEA 1QOQA 1SO4A 1GWJA 2WO5A 4O54A 3W1PA 4UTKA 1DKWA 4M6PA 1KW1A 3CWOX 4DO5A 4IMGA 3NG3A 3NL6A 4PC8A 2ZFAA 1ZALA 2EPHA 2ZQ0A 3P82A 4WQ6A 3G24A 3L0GA 4XKYA 5KSWA 3W2KA 5AC6A 4UMAA 4ZQPA 1DBTA 4MZYA 3THAA 1TQJA 5IBXC 4TMBA 1N8FA 4R33A 2W6RA 4QIUA 5D2XA 2VEMA 3QEZA 2TYSA 4XBSA 1W5QA 5FF4A 2C18A 2NUWA 3UPWA 4JIPA 2HS6A 2QR6A 4GUFA 1XBZA 1EP1A 5E93A 5BMWA 3NQMA 3F4NA 1W1ZA 4O14A 3UYCA 4AXKA 5I3GA 4IMFA 3A21A 2QCMA 4IJBA 4D2JA 3MMTA 5G4EA 4IWWA 1XBYA 4EF8A 2C1HA 1GVQA 1W54A 3AO0A 3E0IA 4UR8A 4ZMGA 3MHUA 1VC4A 3W3OA 2ZZ5A 4WXYA 2X2GA 3HJZA 4GWEA 3DENA 5G4WA 3HGJA 1W5MA 3A5FA 1OFOA 4HHPA 1EUAA 3A22A 4GBUA 1PIIA 3TMLA 3BV4A 2Y89A 5G1TA 4UR7A 1QDSA 3DGRA 3VI2A 1W3IA 5GVJA 3K30A 3G1FA 1IXQA 4N9DA 5FESA 1ME9A 3MP4A 8TIMA 1MZHA 3T55A 5E0KA 4JICA 1FWNA 3HB9A 3M41A 1H63A 3CB8A 1XBVA 3S9YA 3DFTA 4QNWA 4S2CA 2GQAA 4Y6GA 3NQGA 4Z08A 1LBFA 4GNJA 1AG1O 1A5CA 2P0OA 3RF9A 4DO4A 3UNDA 3I7QA 4NXKA 3W87A 1M7OA 5C2XA 3R8RA 1ZY9A 3FS2A 1EWDA 2FPYA 4YWIA 4ZQCA 1VHCA 3QFEA 5HULA 4O17A 1I4NA 3FKRA 4IMCA 1ML1A 4S1FA 3NOEA 3O63A 4YCPA 1BTMA 2ZTKA 3OBKA 1O95A 5DELA 1XDLA 4RXFA 4O8RA 3ATZA 5LZLA 2PCQA 4JTUA 3DU0A 2NX3A 2TRSA 3W76A 3IIOA 2VFIA 3P81A 3GXPA 4GRSA 1L6YA 2CLFA 1KTNA 1VS1A 2QJHA 4FNQA 4AEOA 5D38A 3TFXA 4ORMA 3QPYA 2GUUA 3NQVA 1SZNA 4R7JA 2VFFA 1TRIA 2Y62A 2YXGA 3O05A 3TJXA 1VRDA 4PA8A 3BW3A 4K8HA 5CPLA 3S5ZA 4QNEA 4PTNA 2IQTA 2YSWA 4K7VA 1L9WA 3G1SA 1XI3A 4A22A 1Z48A 2CLEA 2ZZ7A 3NPWA 1EP2A 2PRHA 1SZEA 1WX0A 2DP3A 3O1NA 4O4VA 2NV1A 4FHAA 2TSYA 1VPXA 5DCDA 3IIXA 1FCBA 1V5XA 5K9CA 3CPRA 3NL3A 4ORIA 1WBJA 5F4XA 2CLIA 5I3HA 4PEKA 1H51A 4DXVA 5KZEA 4XWUA 3W7EA 5LGXA 1SW0A 1TREA 1DQXA 3ABOA 1TPFA 3SJ3A 1VH7A 3LDVA 2JKPA 1GVSA 1VQTA 3ZWTA 3LXBA 5HNRA 3UWZA 3HPXA 3NGJA 1W3TA 2OMAA 4I7WA 4GUGA 4K37A 3N2MA 1GVOA 1JJKA 3UWWA 1F7BA 1FDYA 2E68A 4ADTA 2X1TA 4K8EA 5FEZA 3R5EA 1XC4A 2Y70A 2EKCA 3L65A 4DO6A 1DL3A 3KVMA 1W8SA 1GYLA 2NUYA 1JVNA 2WNZA 4JDBA 5D02A 2V2DA 1MO0A 3NQ2A 4ZL1A 4RZ4A 5H91A 3PWAA 4A21A 3QH2A 2FB3A 4WUIA 2H3DA 1R47A 5AYYA 5IBXA 1JQXA 3WK3A 3IIVA 3H53A 1QOPA 1FCQA 4JX5A 5D37A 2YX0A 4ZZ9A 4O0ZA 3TXVA 1O94A 3B05A 1K02A 1XL9A 2Y6ZA 2F84A 1OX6A 2ZA3A 3ZWSA 2ZZ1A 2PE4A 1AW2A 3OVQA 3TSMA 3G3DA 3LHWA 4JD4A 5FEWA 4LVAA 3E49A 1LYXA 4MJZA 3W23A 3NA8A 2YDAA 4E0CA 1S5TA 2Q3OA 1FXPA 2CLOA 2VC6A 2Q8LA 3IRDA 1JCNA 1K3UA 3UZ5A 2GVJA 3CHVA 1I8JA 2PRMA 4IPJA 4BI5A 1THFD 2YFNA 3IVTA 4FXSA 4JEQA 2ZZ3A 1QWGA 1B4KA 2J9ZA 4AB4A 4O28A 2NXGA 3KFTA 4NJKA 1S3HA 2YZRA 5AHFA 2AAMA 3NM1A 3INPA 3ZFHA 2NXIA 4RV8A 1L2UA 2BXVA 3DHFA 3MYPA 1PL9A 1ZENA 3SIZA 4WOZA 1ICQA 4JS3A 1UB3A 1D3GA 3MHFA 4J9JA 4P2VA 3STFA 2NLIA 3QPZA 1VLIA 1TTPA 3PUEA 2B7NA 4LC8A 3L0KA 4O13A 1M7PA 3G0UA 3HG2A 3W84A 3PB0A 3W7MA 3I7SA 2WQPA 2RDUA 2F7FA 4IQLA 3WJZA 1UASA 3W1MA 4MY9A 5HUPA 4UTLA 5HINA 3P7YA 4LRTA 1JUEA 3KAOA 3VE7A 5CPOA 2O7SA 2GQ8A 3CEUA 1L6SA 1EEPA 1QO2A 3G1HA 1YDOA 3GKAA 1HL2A 5G2IA 4FNTA 5EY5A 3G1VA 4CNNA 5I3KA 1FUYA 2FPTA 1H7PA 2ISSA 2NUXA 1U5JA 4ADUA 4PODA 1YXDA 2R8WA 5HWMA 3PBWA 4JR5A 2I1OA 4UMCA 1SZGA 4KKXA 1UUMA 3W1LA 4ALDA 2HMCA 4O52A 1ZFJA 2EAWA 3CM4A 2DZUA 2BSLA 3A24A 3G1AA 3TR2A 4UFJA 5AOUA 1G67A 2WSQA 4K36A 3UPBA 4ML9A 3ELFA 2FPVA 3EWZA 3NQ7A 3VKJA 2DU2A 3IIZA 4OV4A 1HO1A 2LLEA 1AW1A 5FEXA 3G1YA 4DQWA 3W1XA 4K6AA 2DORA 3QYQA 5FF2A 3NQAA 1EA0A 4FIQA 3PUOA 2NWSA 2VEKA 2GVGA 1YADA 3FYPA 5LNSA 3KVKA 1FWWA 1HUVA 5AHNA 3NZRA 5U4NA 5K4XA 3CIWA 4JY9A 5DN1A 3LI1A 1R2SA 2V2CA 3I68A 1LP6A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2XWD A;  5LNW A;  1VR6 A;  2D0H A;  3MUY 1;  4NZJ A;  1I60 A;  3W83 A;  5CJM A;  1AJZ A;  2CU0 A;  4KCV A;  1JDD A;  3IJI A;  5CZS A;  1KBJ A;  1ZAI A;  1HKM A;  2Z0I A;  2XIQ A;  2RJH A;  4IUG A;  1RBL A;  4CU8 A;  1GG0 A;  4HHL A;  3QW4 B;  1ITQ A;  1PWL A;  3VIF A;  1P4C A;  3ITX A;  3HIJ A;  3DFH A;  5E6Y A;  3W1A A;  2PDN A;  4UTT C;  3PTQ A;  1V02 E;  4H6K A;  4NG3 A;  4IJC A;  4BQ2 A;  4TVC A;  2A3H A;  2OYL A;  2V8Z A;  2DSZ A;  3QY6 A;  2A4A A;  4AD1 A;  3ABR A;  4GIA A;  3UES A;  1XRF A;  4Q32 A;  1OC7 A;  5FJR A;  3VIL A;  2W0U A;  3NCO A;  4J3X A;  5HJY A;  1XCF A;  3G6M A;  2WQD A;  4XTI A;  1K8Z A;  3VU2 A;  1TIM A;  4PMN A;  2G3I A;  2W63 A;  2G5W A;  4LBU A;  3EB2 A;  4O18 A;  3TSD A;  4J5N A;  2ICS A;  1K7F A;  1QUM A;  3TTO A;  4NZ1 A;  4HME A;  3POC A;  1O7A A;  5C9U A;  2UV8 G;  3FAX A;  2DZX A;  1UMY A;  4QRN A;  1ICS A;  2X8R A;  3OLI A;  2ZRU A;  2YBT A;  4JTS A;  1KRM A;  3FEM A;  1Q4W A;  2VR5 A;  4XK2 A;  1EJU C;  4JTH A;  1CIU A;  5XIN A;  1EXB A;  1FDJ A;  3VNK A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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