4YWI | Genus

Total Genus 92

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	92
sequence length	247
structure length	244
Chain Sequence	ARKYFVAANWKCNGTLESIKSLTNSFNNLDFDPSKLDVVVFPVSVHYDHTRKLLQSKFSTGIQNVSKFGNGSYTGEVSAEIAKDLNIEYVIIGHSERRKYFHETDEDVREKLQASLKNNLKAVVCFGESLEQREQNKTIEVITKQVKAFVDLIDNFDNVILVYEPVWAITTATPEQAQLVHKEIRKIVKDTCGEKQANQIRILYGGSVNTENCSSLIQQEDIDGFLVGNASLKESFVDIIKSAM

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
molecule keywords	Triosephosphate isomerase
publication title	Connecting Active-Site Loop Conformations and Catalysis in Triosephosphate Isomerase: Insights from a Rare Variation at Residue 96 in the Plasmodial Enzyme pubmed doi rcsb
source organism	Plasmodium falciparum
total genus	92
structure length	244
sequence length	247
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2015-03-20

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4ywiA00

1TQXA 2C15A 5F2IA 3SGZA 5CG7A 1PCWA 5HWNA 3CIXA 3W1UA 4CLMA 3GXTA 5KMYA 3PBYA 4YXGA 2KZHA 4NZFA 3S5YA 4Q33A 1AW1A 4JNMA 3LV5A 3W84A 4N9BA 4MYAA 3NQAA 2A6LA 4JTHA 4IXHA 3UWQA 3R2GA 5K7JA 3NQGA 8TIMA 1H7WA 3FYOA 2H90A 1N8FA 4ADTA 5DBUA 3A22A 1AL8A 5C5YA 2NXHA 4XTIA 3W70A 1H7RA 1FWWA 5U7SA 1QAPA 2E68A 1F6KA 4LV9A 4IUOA 3TH6A 2DZUA 5DY2A 5CPNA 1TJPA 3NQ7A 2Y70A 3FA5A 4OV9A 5A5WA 1A5SA 4HSNA 3NPWA 1G6CA 1J5TA 5LNVA 2PURA 4O15A 3W22A 1M5WA 1VR6A 2NXIA 4ZZ9A 2D73A 2ABBA 3BLFA 3E96A 4E38A 4XQ6A 1GTHA 3HGSA 4XUGA 4GFSA 2DZPA 1TTIA 3BW4A 5CZTA 2NX3A 3S1UA 4NJGA 3FYPA 1FCVA 2WKJA 3W73A 4O1BA 2W79A 4ZQNA 5F4SA 4IPIA 1O5KA 5AC7A 4GUIA 1XFBA 3W88A 3SI9A 4N2YA 3LXBA 1YPFA 2CLKA 3PM6A 1A53A 3PBWA 2WSYA 1RPXA 1RVGA 5KINA 3W7OA 3G3MA 1SZGA 4M5PA 4AWTA 3TR2A 4WY0F 3W7HA 4NX5A 3BO9A 4ADUA 1YXYA 2Q3OA 4A29A 4ML9A 4O16A 4GBUA 1UUMA 4D2JA 3UD6A 1K03A 4I7WA 5AYYA 3DAQA 5HR7A 4JTGA 1QOQA 1SFJA 3DBPA 2J88A 1TSIA 2FLIA 4MFDA 1AW2A 4I7VA 3QW4B 5D09A 1KFJA 2WSRA 2GUUA 2WNQA 3W3OA 4LC8A 4MLJA 3UWUA 1LROA 2V81A 1X6UA 1F7BA 1DJNA 3M5VA 3OEXA 4JY9A 2EPHA 1WAUA 2ZTJA 4FIQA 2HSAA 4XTDA 3LLDA 1XC4A 4DF2A 3BK0A 3DFTA 1I8JA 3KRUA 4FB7A 3GXNA 3CC1A 1I2RA 3KRSA 3W2LA 2NUYA 3RU6A 2A2IA 3MBDA 3SSJA 4N02A 4E2DA 1KTNA 1ZNNA 5FF4A 2PCQA 4NNBA 4Z0SA 3EX1A 4K39A 2PRHA 4IQLA 4GNJA 4FF7A 1GVFA 1RQHA 2BX7A 3ABSA 1D3HA 4P2VA 3GXPA 2E77A 1SR9A 4DF0A 4O18A 4CNPA 3CQ0A 1LTDA 1LOSA 1YADA 3NA8A 4HSOA 5DLCA 5BRBA 2NWRA 3MHUA 1PL9A 1PVNA 3LBCA 3GYEA 5DELA 4E2BA 4MIMA 1IIGA 4DF1A 3QSRA 4POCA 4R33A 1H1YA 2X1UA 4UTHA 3F03K 2CWNA 3IGSA 3W2MA 3GNNA 3A5FA 1XUUA 3LHTA 4UR8A 4QSHA 5K3VA 5TQLA 3BARA 1H7NA 2B7PA 5MHBA 3LDVA 2VOMA 1XUZA 3MHFA 1W31A 5LHFA 4WY0B 3QW3A 4GXMA 3STEA 2WOQA 1TRDA 3NVTA 3PUOA 1XI3A 3FJLA 2C0AA 3N34A 3Q2DA 3GDRA 3NQ2A 1H7OA 1YYAA 3TCEA 2ZFAA 3NGJA 2JKAA 4AXKA 3EXTA 3K30A 4PC8A 4CNNA 3IVSA 5GVJA 5CZ0A 2VFFA 1QMLA 1EPXA 3NQEA 5L6UA 4S2BA 2RKXA 5K2ZA 3B0PA 3SIZA 1FDYA 1QPOA 2QF7A 1LRTA 2YCEA 3RK8A 1LBLA 3NPVA 3LCGA 2QCCA 4KFPA 3IIPA 1ICQA 2JBMA 3WK0A 1Y0EA 2CLEA 4YCPA 2AQWA 5EY5A 1S5WA 1JR1A 2Q8LA 4PCFA 4HN4A 3TW7A 3JR2A 4A3UA 4JX4A 2ZDRA 3DFQA 5D2WA 3BW2A 1OX4B 1QPQA 1RD5A 3U8GA 1XDMA 3P80A 4X22A 2JKPA 1YDNA 1JCXA 1QFEA 3WK1A 3UXDA 2V2DA 2RHGA 3PB2A 4UIOA 5I3HA 1I2QA 5D04C 3N9SA 4IXXA 1I4NA 1QPRA 1ONRA 4ADSA 1KLYA 4LUIA 4DO5A 3TKFA 5DN1A 2X1SA 4R7JA 3ATYA 4LV4A 3N2XA 4LUJA 4RJEA 4DXVA 4E0CA 3NL5A 1QOPA 4EOUA 4K6AA 1SSDA 1WOBA 3WK3A 5CPMA 3RFAA 4JICA 1TQJA 5HJLA 3LCWA 3P7YA 3GK0A 4RCXA 4JTIA 4BR1A 2HS8A 4O4WA 4HHPA 3S5NA 3QQ1A 1G4EA 3OA3A 3IVUA 3RLUA 3KAOA 4NU7A 2X1TA 2ZZ5A 2E6DA 3S1XA 4O50A 1EP3A 1YDVA 3STFA 2C3ZA 2EGZA 1JQVA 3L65A 2Z2UA 4LY8A 1TPUA 4DBDA 4U4MA 2ATSA 2FTPA 4DEFA 2YX0A 5D2YA 4QQ3A 4JY8A 2GPTA 4IMGA 1WOAA 4R53A 4IX2A 3USBA 4K7VA 3LTYA 5D2VA 1KBIA 4N9CA 2C1HA 3SJ3A 1VYRA 4CCCA 1VC4A 3M16A 2ZCGA 4QITA 3L0GA 4TO8A 4FNSA 1OFOA 3EWYA 4BWLC 3A21A 1KLZA 1SO3A 2J27A 4JTTA 4XKYB 1EWDA 5K9XA 2OMAA 3IEBA 4JTFA 3OVPA 4KFOA 3R8RA 4HNNA 1PHWA 3M1ZA 4JTUA 1R46A 3BPWA 3W1TA 3UZJA 4IMEA 3N73A 4AVFA 4XBSA 3U6WA 4YL2A 5LHEA 5HWJA 2QUVA 3CLMA 1GQNA 1DORA 4CQ9A 3KVLA 3O63A 1MXSA 4X3ZA 3LCHA 4YWIA 2WJZA 2ZRXA 2Z6JA 1UUOA 3THAA 3FKKA 5HNRA 1KFKA 4AHQA 2NZLA 1EB3A 1B3OA 1WBHA 3DHDA 4S2CA 3NPXA 3C4UA 1TIMA 5FF2A 3KHJA 1OYCA 3PBVA 3YPIA 3N19B 1SU5A 3CTLA 1UB3A 2RDWA 1W5PA 1H63A 2YW4A 3EEGA 5FESA 5FF7A 5AHEA 1GT8A 2DJXA 2Y89A 1T0OA 2Q3RA 3BLIA 2GVGA 3C56A 1TYGA 3B0UX 3IRDA 1OFBA 1XCFA 1KM1A 4LVFA 1OYAA 4FXRA 4O11A 3HPSA 4HPJA 4N6EA 4AF0B 1VGAA 5H2ZA 2Z0IA 3R13A 5C6MA 3GKAA 2J9ZA 4GRSA 1SZNA 3W7PA 4NXSA 3V75A 1K3UA 1W37A 3IGUA 4NQ1A 1TTQA 3B04A 1Q6LA 2V82A 2JGQA 1GYLA 4CCEA 4CQ8A 3O16A 3E02A 3S8HA 5DY3A 4O8RA 4JD4A 1TO3A 1VJIA 4ORMA 3G1DA 1FCUA 1SO4A 3UQNA 5K4XA 3DFOA 1KTBA 4ALDA 2B7QA 3TROA 2Y7GA 3I6RA 1T96A 1OX6A 5BW6A 2YZRA 1RV8A 2E6AA 4FX6M 1H5YA 1O5XA 2ZRZA 4HNUA 2EKCA 2C19A 4WOZA 4Y9AA 1WA3A 1F74A 3B8DA 1Z48A 5A8GA 3S9YA 3B03A 4I9AA 5DCBA 5G2HA 1PV8A 4UR7A 4AB4A 4AEOA 3CEUA 1DL3A 2YGYA 2P0OA 3W7KA 2VC6A 5CSRA 2H6RA 2V5BA 4Z1CA 4YLWA 3M5XA 2X30A 5FEXA 2WO5A 4UTLA 3T78A 1EIXA 4DPPA 1H7XA 4WOQA 2BWGA 1FXPA 3DI0A 3TV8A 1K8YA 3THQA 3RMJA 3W7GA 3S1VA 2AAMA 4P61A 3NL3A 3LGEA 3RNDA 1RQBA 4NJIA 3I7QA 3EWUA 4K37A 3W7JA 2ALDA 4LS1A 3T40A 5CZJA 3GDMA 1ZALA 4M19A 1OX5A 1R30A 1HTIA 1W8SA 4DPQA 3S42A 4KFNA 3PB0A 1C9DA 2QUUA 2TMDA 3G18A 4UTMA 1JQXA 5LNUA 5LNSA 1SZEA 4TU1A 3GB6A 3W1LA 1UASA 3LV6A 4RLIA 3W85A 1VQTA 3V1PA 1AG1O 5HQEA 3TUUA 1XL9A 4O4VA 3OVQA 4WQ6A 1SFLA 3LHWA 3UYCA 2ZRVA 2V2HA 2W0UA 4NNAA 4JEQA 1FUYA 5G4WA 3UWVA 5J5DA 3IIXA 1SO6A 5HUPA 1ZFJA 2DU2A 3OHIA 2DZXA 4M6QA 2NLIA 2J24A 2CU0A 2QJGA 3L5AA 3LBMA 5U4NA 3W86A 3ZWSA 3NG3A 3G0SA 4ZQOA 4NNCA 5D38A 1WQ5A 5C55A 3W7RA 3H53A 4CCDA 1PCKA 3M44A 3L0NA 1FY6A 1IXOA 2FJKA 2QDHA 4UCGA 1GG1A 2CLOA 3DZ1A 1MEWA 2P1FA 3CU2A 3PC0A 1JCJA 4AMAA 1GTEA 3P5YA 3LRMA 3P8JA 4UUIA 3TQ0A 1L2UA 2VEKA 2VELA 3NM3A 4O19A 4HNTA 1KM6A 4H3DA 2FB2A 2WQPA 4AH7A 5CPLA 1A50A 1KBJA 3HIJA 3CWOX 1OVDA 4M7SA 1ZY9A 3LHZA 2B0MA 2Q8ZA 1HFBA 3C2EA 5EKYA 1GVSA 2E6FA 3O8AA 1FWSA 1LDCA 3W7DA 3W7CA 4EIVA 5H91A 1Z41A 5I3GA 3W2JA 2FFCA 1S5VA 3C8FA 1JUBA 1OK4A 2QAFA 4UTJA 3B06A 2Z1BA 2Y61A 4JGDA 4WZHA 2O7SA 1AW5A 2DP3A 3MI6A 1VHCA 3FEMA 4UC5A 1A5AA 4LOCA 3NL2A 3G8EA 3P60A 4IMFA 3MJYA 1F6PA 2C18A 1BWKA 3N2MA 2WNZA 1VLIA 2TSYA 4MY8A 4O54A 4UTUA 3KVJA 1VPXA 1IF2A 1XBVA 4WUIA 3KXQA 3QC3A 3MMTA 4AAJA 1VCFA 3QSTA 5LNRA 3G1HA 3ABRA 4N6FA 3ABOA 4UTIA 1DV7A 1YDOA 1TPEA 3H54A 3C2FA 4JDYA 3LTPA 1FQ0A 1SO5A 3MHGA 3PVFA 4JYFA 1TJRA 5AFDA 2RFGA 5AHFA 2V2CA 4LWWA 3TJLA 4O53A 4O1DA 3GKFA 5HMSA 3KRZA 2TPSA 3KX6A 1E51A 3ZR4A 2V30A 3I7RA 2DZVA 3B05A 1LRQA 3GR7A 2RH9A 2VEPA 1FDZA 1LCOA 3AJXA 2FDSA 1RR2A 1H7PA 1WX0A 3DKLA 4HIBA 4NJJA 6TIMA 1ZAJA 3PUEA 3L9CA 1GPWA 1DBTA 1MEHA 3TC6A 4O17A 1JUKA 3EX3A 1G7VA 3B4UA 3ATZA 2Y85A 1Q6QA 2NWSA 1W5OA 3PG8A 3QMTA 5TBOA 4IPJA 3N14A 5BMXA 3QJAA 3NM1A 3NXFA 5G1YA 4NZJA 1X1OA 1GYNA 2ISSA 1XBZA 1MO0A 2RDUA 1WBJA 2QR6A 1XBXA 2I9EA 5EYWA 4OBTA 1L6WA 2WPBA 4ZL1A 3UXAA 4FNPA 1FDJA 3CWNA 5FEPA 4BI7A 1W56A 3ELFA 1OFQA 3CHVA 3PBUA 2QCLA 4JN6A 2CW6A 1VCGA 1JCYA 2Y7FA 2YPIA 3W07A 4MZ1A 3CT7A 5KTLA 3GDTA 3QPZA 2OCZA 4M6VA 4A22A 1EX5A 3Q58A 3O6DA 4O1CA 3S1WA 4UTWC 3M43A 4X9SA 4UFLA 5K4ZA 1O94A 3W2UA 1ALDA 3BLEA 1W1ZA 1J4EA 5EBUA 1F73A 4L4MA 3PUDA 3FOKA 4LVGA 3DENA 1C8VA 1CX9A 1TPC1 5J5RA 5C2XA 1K8XA 1H62A 2ZBTA 1NAL1 4UMCA 2LLEA 3G1AA 1DJQA 4O0ZA 3W1XA 1OFEA 3EKZA 2GJLA 3A24A 4JTJA 1FWRA 3E9AA 2E6YA 3O06A 2NV1A 1SW7A 4ORIA 1FCBA 3HBLA 3TXZA 2E09A 1GWJA 3MP4A 2ZRYA 3A5VA 3IIZA 5HUOA 3EXSA 3NQ8A 3M47A 1OFPA 2X1RA 4ZQPA 2PE4A 1S5TA 1KFCA 4JX6A 2CLHA 3W7EA 3IVTA 4BWLA 1TPVA 3SY5A 4O12A 4GWEA 5KZDA 3S6DA 4DQWA 4WY0A 3DKJA 4QJ1A 3L68A 1LORA 1OFDA 3A23A 4ICNA 4UFHA 2A6NA 4GUHA 3LTSA 3TDFA 1UJPA 2ZRUA 4Z1DA 3CIWA 1GVRA 3UY7A 3E12A 2NX9A 3GVGA 4JDBA 1VYSX 2QCDA 3TNOA 2Y88A 3LRKA 1VYPX 1HG3A 1ZAIA 2C14A 1G67A 5I3KA 5FEWA 3MUXA 3GIYA 4LW7A 3PY2A 2VFGA 4RX0A 2VEMA 2Y6ZA 3W87A 4IX0A 4S1FA 4A2SA 1AK5A 5CPOA 3GLCA 2QCGA 3O6CA 3TU9A 7TIMA 3P8IA 3W7IA 4UNLA 2FPVA 3FJ6A 4JIQA 3QEZA 4L4LA 1YXDA 4LS2A 2QCMA 5F2GA 4FO4A 1Q45A 2E1DA 1S3HA 3T7VA 4JXCA 1W3NA 4GE8A 1LLWA 2A7NA 1JRBA 4QM1A 4W9TA 1G4TA 4DELA 2NUXA 1KW1A 4TMCA 3L21A 2J9YA 4M7TA 2QCFA 1ICPA 1OX4A 1TRIA 3O05A 5DXXA 2CZFA 1GOXA 1UBSA 3WJZA 3O6YX 3HGRA 1DQWA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1TQX A;  2C15 A;  5F2I A;  3SGZ A;  5CG7 A;  1PCW A;  5HWN A;  3CIX A;  3W1U A;  4CLM A;  3GXT A;  5KMY A;  3PBY A;  4YXG A;  2KZH A;  4NZF A;  3S5Y A;  4Q33 A;  1AW1 A;  4JNM A;  3LV5 A;  3W84 A;  4N9B A;  4MYA A;  3NQA A;  2A6L A;  4JTH A;  4IXH A;  3UWQ A;  3R2G A;  5K7J A;  3NQG A;  8TIM A;  1H7W A;  3FYO A;  2H90 A;  1N8F A;  4ADT A;  5DBU A;  3A22 A;  1AL8 A;  5C5Y A;  2NXH A;  4XTI A;  3W70 A;  1H7R A;  1FWW A;  5U7S A;  1QAP A;  2E68 A;  1F6K A;  4LV9 A;  4IUO A;  3TH6 A;  2DZU A;  5DY2 A;  5CPN A;  1TJP A;  3NQ7 A;  2Y70 A;  3FA5 A;  4OV9 A;  5A5W A;  1A5S A;  4HSN A;  3NPW A;  1G6C A;  1J5T A;  5LNV A;  2PUR A;  4O15 A;  3W22 A;  1M5W A;  1VR6 A;  2NXI A;  4ZZ9 A;  2D73 A;  2ABB A;  3BLF A;  3E96 A;  4E38 A;  4XQ6 A;  1GTH A;  3HGS A;  4XUG A;  4GFS A;  2DZP A;  1TTI A;  3BW4 A;  5CZT A;  2NX3 A;  3S1U A;  4NJG A;  3FYP A;  1FCV A;  2WKJ A;  3W73 A;  4O1B A;  2W79 A;  4ZQN A;  5F4S A;  4IPI A;  1O5K A;  5AC7 A;  4GUI A;  1XFB A;  3W88 A;  3SI9 A;  4N2Y A;  3LXB A;  1YPF A;  2CLK A; 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4YWIA

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