5C8BB

Structural insights into the redesign of a sucrose phosphorylase by induced loop repositioning
Total Genus 148
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
148
sequence length
504
structure length
504
Chain Sequence
MKNKVQLITYADRLGDGTIKSMTDILRTRFDGVYDGVHILPFFTPFDGADAGFDPIDHTKVDERLGSWDDVAELSKTHNIMVDAIVNHMSWESKQFQDVLAKGEESEYYPMFLTMSSVFPNGATEEDLAGIYRPRPGLPFTHYKFAGKTRLVWVSFTPQQVDIDTDSDKGWEYLMSIFDQMAASHVSYIRLDAVGYGAKEAGTSCFMTPKTFKLISRLREEGVKRGLEILIEVHSYYKKQVEIASKVDRVYDFALPPLLLHALSTGHVEPVAHWTDIRPNNAVTVLDTHDGIGVIDIGSDQLDRSLKGLVPDEDVDNLVNTIHANTHGESQAATGAAASNLDLYFVNSTYYSALGCNDQHYIAARAVQFFLPGVPQVYYVGALAGKNDMELLRKTNNGRDINRHYYSTAEIDENLKRPVVKALNALAKFRNELDAFDGTFSYTTDDDTSISFTWRGETSQATLTFEPKRGLGVDNTTPVAMLEWEDSAGDHRSDDLIANPPVVA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
molecule keywords Sucrose phosphorylase
publication title Redesign of the Active Site of Sucrose Phosphorylase through a Clash-Induced Cascade of Loop Shifts.
pubmed doi rcsb
source organism Bifidobacterium adolescentis
total genus 148
structure length 504
sequence length 504
ec nomenclature ec 2.4.1.7: Sucrose phosphorylase.
pdb deposition date 2015-06-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00128 Alpha-amylase Alpha amylase, catalytic domain
B PF09244 DUF1964 Domain of unknown function (DUF1964)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.20.220.10 Mainly Beta Single Sheet Glycosyl hydrolase fold alpha-Amylases 5c8bB03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5c8bB01
3.90.400.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Oligo-1,6-glucosidase; domain 2 Oligo-1,6-glucosidase; Domain 2 5c8bB02
3VIFA 1FA2A 2WHJA 3VD5A 3W6MA 1GJWA 1XH1A 1GOKA 3CHFA 2J7DA 4TTGA 4F66A 1O6IA 1JI2A 1BVZA 1OWQA 1JF6A 3FAWA 2BVTA 2JE8A 1B3WA 2CESA 2CPUA 1HJWA 4WJXA 1BTCA 4AY1A 2WPGA 1GORA 3WQ8A 3TTOA 4OZOA 1HKIA 2YDRA 2BY1A 1MYRA 1NWSA 4CD7A 5BWFA 3AROA 2W63A 1E3ZA 2XPKA 4XX6A 4W8AA 2J8GA 1PAMA 2ZE0A 2YBTA 3TTYA 2QMJA 2CHNA 3MUY1 2ZICA 1LL4A 1JAKA 4CU6A 2FHFA 1TG7A 2GSJA 5CPQA 1B0IA 3PZNA 3WY1A 1LG1A 2QLYA 3CZEA 3O6AA 1V02E 3THDA 4BA0A 3PZUA 3ZM8A 5CXPA 1QBAA 1JF5A 3MMUA 3RO8A 2OSWA 1D7FA 1JZ5A 1QOXA 4JKKA 3ZJ6A 2TAAA 2XWDA 1CBGA 1R7OA 2XVGA 1GPFA 1VFFA 2D20A 3QHOA 1VJZA 3PZMA 1PX4A 3AXXA 4NSBA 3HU7A 3RJXA 3BCDA 3W24A 2WWCA 1S46A 4B16A 1V08A 2D2OA 1I1XA 3SUSA 3WDRA 1V0NA 3A47A 4GINA 3SCUA 3N13A 2O9RA 2ZUNA 2WCGA 4CVWA 2C7FA 1GW1A 3WKZA 3ZR5A 4EKJA 2DIJA 1E70M 4UQEA 2CKRA 1VIWA 1PZ2A 1CEOA 3HJEA 3BAJA 1E55A 3SUTA 4W88A 4C7GA 3SCNA 4V2XA 3WY4A 2UY4A 3A6OA 1TA3A 2WLYA 2X2YA 2WYSA 1QNOA 3QOKA 4E4PA 1NWRA 3AHTA 2W61A 1B9ZA 4DWSC 1XSJA 1VJSA 2XG9A 2HVMA 3F5JA 1V0KA 3WDJA 3AIRA 5FKYA 1DWAM 1PZ3A 2XJ7A 3M46A 1JD9A 1WZKA 2JF6A 5A1AA 3MO4A 1JG9A 3VIKA 1CZ1A 2B31A 2J8FA 4W93A 3OGVA 2DT1A 3U5YA 2PC8A 1TA3B 5M5DA 4RL3A 4A4AA 2V3GA 1B3VA 3CMJA 2WMHA 1SFSA 3AXHA 4GI9A 3VOCA 3WDIA 3CUGA 3T0AA 2PI6A 1E73M 2QHAA 2WW5A 3AZRA 6A3HA 1QW9A 1WO2A 2BY2A 4Y7EA 5DT7A 4GI6A 4XV0A 1E40A 3DC0A 2BY3A 5IXEA 5FL0A 5FL1A 1FFQA 3L4WA 4HZ8A 4W5ZA 2OYLA 5HDRA 4AD3A 2BV9A 2WLZA 1Q6EA 2PWGA 3W6LA 1G1YA 4IISA 4AZGA 4GQRA 1J18A 5I77A 1G01A 3VGGA 1UR4A 4KH2A 3OZOA 2GDVA 3LMYA 4WSJA 3ZO9A 2AAAA 3GYCA 1GUVA 4PMOA 1QHOA 2DQXA 1BHGA 3ARZA 1WZAA 2A3BA 5A6KA 1V3MA 2VO5A 2YKKA 5I2UA 1LJYA 3AHXA 5E9AA 4M80A 2EPNA 2JIEA 2VZSA 1UH4A 1H3GA 5CPSA 1HP5A 2XSAA 4PTWA 5BCAA 2XVKA 2RGMA 2UY5A 4D1IA 3VINA 4ZXOA 1JI1A 4A3YA 4HPHA 2E40A 4H2CA 2ZWZA 3L4ZA 4Z2KA 1IT0A 2CEQA 3RM4A 1NP2A 1W91A 3WQ6A 3EMQA 3VM7A 4X0NA 2BS9A 2UY3A 4AIUA 5ABHA 1W3KA 1XD1A 3W53A 1MW2A 2CNCA 3QHNA 1CNVA 3NCOA 1HXJA 3OZPA 2UWFA 2XFYA 3K8LA 5CGTA 3WD2A 3RM9A 2ZX9A 1FP9A 1K6AA 4MJ2A 1E4LA 3WL1A 1BG4A 3AIWA 3DHUA 5M3WA 3CH9A 3IJ9A 5AYIA 1TFVA 4URIA 2CHOA 1H5VA 1V3LA 1M04A 1UHVA 3ZSTA 1KWGA 2WCSA 3BSHA 2D0HA 2ZXDA 5I0DA 3MANA 4UFIA 1UWUA 5D8WA 3ZR6A 4W87A 2CITA 2GJXA 3W81A 2YOCA 5LA0A 1GQLA 1DWIM 3GDBA 2DPEA 4MNJA 5BYWA 1LG2A 3W82A 1BAGA 3IJ7A 4MTVA 8CGTA 3S6TA 1O7AA 5JBFA 1KGXA 3MU7A 1G9HA 1TR1A 3N18A 4WK9A 1W9BM 4M29A 1SYTA 3ALGA 1H2JA 1TVPA 4AC1X 5I79A 2X09A 2GK1B 3I3DA 1J0ZA 1GOOA 4UFJA 2GJXB 1XSIA 4U2ZA 4ATLA 1JGIA 2XTKA 1EOKA 1MVYA 4U33A 4QLLA 3KL5A 3FN9A 3NYDA 1GHRA 4J7RA 1JD7A 1W1TA 4LQ1A 4UZSA 3K1DA 1UQZA 1L0PA 4QFUA 2F2HA 1R86A 2D3LA 3VKKA 4XZWA 3WF4A 3MSDA 3AICA 3U57A 1ISVA 1E4MM 2QPUA 2VX7A 4OBSA 4UFLA 4PTVA 4DWSD 1GVYA 2XM2A 2Y5EA 1QNQA 4QLJA 4W8BA 2XIBA 2ZXQA 4KMQA 1FH9A 4N42A 1VB9A 2WXDM 1WE5A 2CBVA 1OT1A 1HJQA 1BFNA 2J62A 1CGXA 1H0IA 1WDQA 1CENA 3SUVA 2QV4A 3OA5A 1A3HA 3PTKA 3WH8A 4N0RA 4AD4A 3J7HA 2WK2A 5D4YA 5DT5A 2WANA 3FXYA 2PBOA 1NWUA 1RP8A 3MMDA 3VDHA 3GTNA 3W28A 3CUJA 4WIWA 2WVUA 3BAIA 1BYAA 4ZFMA 2PBGA 4WKAA 4D6FA 1CPUA 2BVDA 1E6XM 1R85A 2QF8A 1TUXA 1VENA 2J79A 2ZX5A 4D6JA 2G8ZA 2VZUA 3B8SA 1HKJA 1NP0A 3RCNA 3WIJA 3T2OA 4UQAA 3ALFA 1GONA 4Q7NA 1XCXA 1W9DM 2DSZA 3U7BA 2D22A 4CCCA 5A69A 5A6MA 2ZXAA 2JIWA 3VGHA 2EPMX 2VNCA 4MJ4A 4MB4A 2VRJA 2GFTA 3CUIA 1EQPA 1TVNA 1UG6A 1E71M 1HN1A 2PB1A 1UKSA 3KE0A 3ARVA 4GQQA 4U5IA 5HXMA 4AZHA 1EDGA 3U5UA 2W92A 1NQ6A 4H41A 2Y8KA 2IXVA 3SCPA 4CD8A 3EDDA 1E9LA 4IUGA 1KWKA 5GNXA 1HKKA 2JEPA 1PIGA 3POCA 2J75A 8A3HA 1LLOA 1NH6A 5C8BB 6CGTA 4RE3A 4MNMA 1JZ7A 1NOWA 2X1IA 4HZ7A 3BAXA 2ZIDA 3II1A 1OCQA 1D2KA 1KQZA 1RD6A 1KXQA 1E6SM 3WQ5A 1A47A 1F4HA 1G0CA 2OYKA 1JAEA 3AS2A 1CXKA 2O92A 4H7VA 3TA9A 4FK9A 3G6LA 3W25A 1AQMA 2UY2A 3TOPA 4AEFA 4LX4A 4AZBA 1FOBA 2VZVA 1CGVA 4PSPA 3WNOA 2A3HA 2PWHA 2VUYA 4YPJA 3VDCA 1B3YA 4B3KA 1ESWA 1GHSA 2J7FA 5D9NA 3WY2A 4LYPA 2YA0A 1E56A 2VRKA 3VUPA 4M81A 5HPOA 4B9YA 5AC4A 1NARA 3UEQA 3ARTA 4M24A 2EJ1A 2ZUVA 1NOFA 1KQYA 1UD8A 3QOMA 2CETA 2W67A 2JFEX 1ECEA 1GCYA 1XCWA 1W1YA 1WDSA 2EO7A 3IK2A 3N9KA 4YHEA 4PMVA 5CLTA 2E9MA 3GXIA 4UCFA 1QI5A 1WDRA 3SCVA 2FGLA 5E0FA 2G41A 4C7FA 4FLQA 1XSKA 2J74A 4H8HA 1B90A 1KGWA 5I3DA 2VOTA 1ISXA 2XIIA 4FMVA 4IPLA 3WF0A 5GPRA 1LF1A 2E0PA 4BQ4A 1C7TA 4H8VA 1HP4A 3GH5A 5M17A 4JIEA 1E6QM 4E8DA 4PUDA 3SCRA 3VU2A 4R27A 2VZTA 3AYSA 4QCEA 2A3CA 2ZXBA 1QI0A 1QBBA 1D3CA 2XWEA 1GQIA 1MW3A 1QNPA 3AS1A 4PMRA 1DP0A 2G3MA 1V02A 1RH9A 1CLXA 3SCQA 4PMXA 1IV8A 4JCLA 1LL7A 1CGYA 2D0FA 3ARQA 1BYCA 5A6BD 4ATDA 1KBBA 1JFXA 2BY0A 4MDOA 3THCA 1MQQA 1V6UA 5C71A 2DIEA 2E8YA 1V6XA 1CDGA 1CYGA 2HISA 3ZT6A 4CD4A 2CBJA 3AMGA 3N17A 4KRTA 1YQ2A 3VM5A 3T09A 1E15A 4CKQA 3CZLA 5A2BA 3VIIA 2D24A 3WY3A 1CIUA 3NSMA 1PPIA 4D72A 3AI0A 1U2YA 1JYVA 1HVQA 2OWCA 3ZSSA 1ZS2A 1C90A 2WBGA 3VVGA 2CERA 3AISA 2ZWYA 3A4XA 2XGIA 4AZCA 4MADA 4C7DA 1CGWA 4PN2A 4OIFA 5BXRA 1XH0A 3AIEA 3A3HA 3T2QA 1GVIA 1UWRA 3UETA 3SIMA 4W86A 5A8PA 1E6ZA 2DH2A 2PWEA 3AZTA 4AZCB 3JUGA 3M6DA 4HU8A 5I6SA 1HNYA 3UCQA 3VGDA 4JKMA 1CGTA 1UD4A 4QDMA 1TZ7A 5A6SA 4WF7A 1UR9A 1VEPA 3WMSA 3WNMA 3BGAA 4PCSA 4BQ2A 3EMZA 1V3JA 2J78A 2ZX6A 1RP9A 3FAXA 3AMLA 5FIPA 3WH9A 2YA1A 3F5LA 4MAZA 5FOOA 3VX1A 4Z2HA 3CUHA 4PMZA 1CXHA 4F9DA 1DWGM 4UFHA 1M01A 1OGSA 3HN3A 1W1PA 1E43A 1KB3A 2O9PA 5DO8A 3WMCA 2OWXA 1JYNA 4F8XA 4L4OA 2BNJA 3W4RA 1Q4NX 1UWTA 2G4FA 5A8MA 3VD7A 3L4TA 2CKSA 4GPNA 5CQ1A 4TX6A 1HJXA 2ZX8A 1FFRA 1UD6A 3BAKA 1KXTA 1NOUA 4U5KA 7CGTA 2WAGA 4AEEA 5CZKA 2WC7A 4DUWA 3WELA 2XHYA 1UR2A 5IHSA 3A4AA 5BRPA 4EAMA 2DSWA 1OIFA 1UUQA 3FHAA 4A3HA 1UR1A 1OGBA 1FH8A 2X0HA 3RPMA 5A6JA 1M53A 4LXFA 1ISZA 1BLIA 1UKQA 1WZMA 5IFTA 4D6IA 4QCFA 1HL9A 3ARYA 5DMYA 2J7HA 1XH2A 2QMKA 1UQYA 3WEMA 5D9MA 3TP4A 4MNKA 2VR5A 3CUFA 3OGRA 1UWQA 2YDSA 4BS0A 1JZ4A 1ZL1A 4PMYA 2J25A 4OUEA 1UOKA 4CN4A 4L4PA 3CTTA 4P7LA 1UD5A 2VVSA 3CO4A 2WMKA 1C8YA 4BQ5A 4R5EA 3AIQA 2J7CA 1US2A 3ARPA 3VGBA 2ZUMA 4CD5A 5EB8A 3PN8A 4D71A 1V0MA 1W3HA 5E0CA 1MXGA 1V6VA 3CIVA 2Y2WA 2DH3A 4AD5A 1QI3A 4PTXA 4YN5A 3UR7A 1KXHA 2WNWA 4XB3A 1MWOA 4CU7A 3OLDA 1K9FA 4JFVA 4PEEA 2NW0A 2DGAA 1K9TA 3DYOA 2AOSA 1OBAA 2OYMA 2JEQA 1E1EA 5JBDA 1UWIA 2BHUA 1V03A 3KL3A 3WD1A 3GM8A 4JHZA 3KEHA 3WL0A 3AYRA 1OM0A 3RDKA 4HMDA 3MS8A 3BXWA 1E5NA 2JF7A 3WQVA 1VEMA 3N04A 4X9YA 3OBAA 5ABGA 4BQ3A 4W89A 2BFGA 1GJUA 1VFMA 4U2YA 2ZUUA 4HZ6A 1N82A 2GVYA 3UESA 1BVNP 4JCMA 3K4DA 3VMPA 5JIWA 4D6EA 3IJ8A 1UR8A 1E6NA 5HOSA 2CXGA 1VFUA 2VRQA 3APGA 1R87A 3L4VA 5CJ5A 4Z2IA 5CLWA 4AIOA 4EANA 3MUZ1 2WVSA 1EQCA 3WF3A 2RGLA 1LL6A 3AXIA 1MQPA 3D5HA 4HU0A 3SCOA 1BYBA 4FLOA 1VRXA 2WCAA 3POHA 3GXFA 4JFWA 9CGTA 1JDAA 1XGZA 3VTRA 3ZT7A 2OWWA 4DUXA 4BF7A 4CGTA 4HOZA 4J3XA 5BXTA 3WBEA 1C8QA 4HMEA 4LGXA 3EMCA 1QI2A 3OB8A 4PCTA 1VFOA 5A95A 5GNYA 5IDIA 2ESCA 2OLHA 2CBIA 3NSNA 3VO0A 4IPNB 4PTMA 1EDQA 1W3JA 1IZJA 2WSPA 2YL6A 4KGJA 4WSKA 5DFAA 2VX5A 3RIKA 1C93A 4PMDA 4AZ5A 3EDEA 1V6WA 3EYPA 1V3HA 3AQUA 3AIUA 1C3FA 1WZLA 2X05A 2V5DA 5E70A 1W9VA 4UOZA 1W9PA 3F4VA 1KFWA 2WVVA 3UG4A 1WB0A 1UD3A 4TTUA 5AC5A 3CHEA 4ZENA 3VIPA 1HF6A 3WDQA 1JL8A 3PZTA 4UQDA 3ZJ8A 5CGMA 1ZBVA 4GO8A 3OG2A 3QR3A 1K9EA 1E5JA 1PX8A 3PZGA 4JKLA 4M1RA 4Z2JA 1G94A 2D3NA 3RM8A 5JBEA 1GOMA 2CBUA 2WHMA 4ZE5A 3CHDA 2W66A 2WMIA 1U30A 3MUAA 3CGTA 4NF7A 1R7AA 3SUUA 3KWXA 2YLAA 1SMDA 3AFBA 1P6WA 3OGSA 1OD8A 1UKOA 1MXDA 2J4GA 3B9DA 4AMCA 1OT2A 5LYRA 3ZIZA 1OINA 3AHVA 1E1FA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3VIF A;  1FA2 A;  2WHJ A;  3VD5 A;  3W6M A;  1GJW A;  1XH1 A;  1GOK A;  3CHF A;  2J7D A;  4TTG A;  4F66 A;  1O6I A;  1JI2 A;  1BVZ A;  1OWQ A;  1JF6 A;  3FAW A;  2BVT A;  2JE8 A;  1B3W A;  2CES A;  2CPU A;  1HJW A;  4WJX A;  1BTC A;  4AY1 A;  2WPG A;  1GOR A;  3WQ8 A;  3TTO A;  4OZO A;  1HKI A;  2YDR A;  2BY1 A;  1MYR A;  1NWS A;  4CD7 A;  5BWF A;  3ARO A;  2W63 A;  1E3Z A;  2XPK A;  4XX6 A;  4W8A A;  2J8G A;  1PAM A;  2ZE0 A;  2YBT A;  3TTY A;  2QMJ A;  2CHN A;  3MUY 1;  2ZIC A;  1LL4 A;  1JAK A;  4CU6 A;  2FHF A;  1TG7 A;  2GSJ A;  5CPQ A;  1B0I A;  3PZN A;  3WY1 A;  1LG1 A;  2QLY A;  3CZE A;  3O6A A;  1V02 E;  3THD A;  4BA0 A;  3PZU A;  3ZM8 A;  5CXP A;  1QBA A;  1JF5 A;  3MMU A;  3RO8 A;  2OSW A;  1D7F A;  1JZ5 A;  1QOX A;  4JKK A;  3ZJ6 A;  2TAA A;  2XWD A;  1CBG A;  1R7O A;  2XVG A;  1GPF A;  1VFF A;  2D20 A;  3QHO A;  1VJZ A;  3PZM A;  1PX4 A;  3AXX A;  4NSB A;  3HU7 A;  3RJX A;  3BCD A;  3W24 A;  2WWC A;  1S46 A;  4B16 A;  1V08 A;  2D2O A;  1I1X A;  3SUS A;  3WDR A;  1V0N A;  3A47 A;  4GIN A;  3SCU A;  3N13 A;  2O9R A;  2ZUN A;  2WCG A;  4CVW A;  2C7F A;  1GW1 A;  3WKZ A;  3ZR5 A;  4EKJ A;  2DIJ A;  1E70 M;  4UQE A;  2CKR A;  1VIW A;  1PZ2 A;  1CEO A;  3HJE A;  3BAJ A;  1E55 A;  3SUT A;  4W88 A;  4C7G A;  3SCN A;  4V2X A;  3WY4 A;  2UY4 A;  3A6O A;  1TA3 A;  2WLY A;  2X2Y A;  2WYS A;  1QNO A;  3QOK A;  4E4P A;  1NWR A;  3AHT A;  2W61 A;  1B9Z A;  4DWS C;  1XSJ A;  1VJS A;  2XG9 A;  2HVM A;  3F5J A;  1V0K A;  3WDJ A;  3AIR A;  5FKY A;  1DWA M;  1PZ3 A;  2XJ7 A;  3M46 A;  1JD9 A;  1WZK A;  2JF6 A;  5A1A A;  3MO4 A;  1JG9 A;  3VIK A;  1CZ1 A;  2B31 A;  2J8F A;  4W93 A;  3OGV A;  2DT1 A;  3U5Y A;  2PC8 A;  1TA3 B;  5M5D A;  4RL3 A;  4A4A A;  2V3G A;  1B3V A;  3CMJ A;  2WMH A;  1SFS A;  3AXH A;  4GI9 A;  3VOC A;  3WDI A;  3CUG A;  3T0A A;  2PI6 A;  1E73 M;  2QHA A;  2WW5 A;  3AZR A;  6A3H A;  1QW9 A;  1WO2 A;  2BY2 A;  4Y7E A;  5DT7 A;  4GI6 A;  4XV0 A;  1E40 A;  3DC0 A;  2BY3 A;  5IXE A;  5FL0 A;  5FL1 A;  1FFQ A;  3L4W A;  4HZ8 A;  4W5Z A;  2OYL A;  5HDR A;  4AD3 A;  2BV9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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