5CSRA

Crystal structure of triosephosphate isomerase from thermoplasma acidophilium
Total Genus 74
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
74
sequence length
215
structure length
215
Chain Sequence
MYTAIVNLKTYREATGANFTRFMEKFEPVQGKFELIFSPSLLDLEKAAKCGKFRFFAQHVDAEPYGAYTGHVPMDMMIDLGITGSILNHSERRLPRDTIINTLKKASKLDFTIVLCVENAEEAKYFREYEPDFIAYEPRDLIGGDVSVSTAKPEIIEDIVKIYEGTGTSVLVGAGIKTGEDVRRSIGLGARGILVASGVVKSADPTKSLNSLIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
molecule keywords Triosephosphate isomerase
publication title Structure and Stability of the Dimeric Triosephosphate Isomerase from the Thermophilic Archaeon Thermoplasma acidophilum.
pubmed doi rcsb
source organism Thermoplasma acidophilum (strain atcc 25905 / dsm 1728 / jcm 9062 / nbrc 15155 /
total genus 74
structure length 215
sequence length 215
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2015-07-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5csrA00
3SECA 3W3OA 3G0UA 4K39A 1YTDA 2BZNA 4N9DA 3W9ZA 4TX9A 3GB6A 3LCFA 4AWTA 3DFNA 5AB3A 3T55A 4DPPA 2ZZ5A 3PC0A 3W7GA 1PHQA 2J6XA 2J88A 2GQAA 3G0SA 3THQA 1M5WA 2DZXA 1XBVA 3K30A 2WSQA 3H53A 2WJZA 1GVRA 2AAMA 4UUIA 4FXSA 3UY8A 2CLFA 4HKPA 1QAPA 1TTQA 1ZHAA 3HJZA 2VEIA 1GWJA 1FBAA 1TMHA 3NQ8A 2C15A 3TV8A 1X1ZA 4KFNA 2E09A 3QYQA 1TPEA 4HNNA 3B0UX 2CW6A 1P5BA 3CT7A 1LTDA 3EXSA 1AW1A 3TIMA 2TSYA 3TSBA 1PV8A 2OT0A 3Q37A 4K37A 1ZAJA 4ICNA 1J5TA 1Q3NA 2R91A 3G1AA 1Z42A 2WV8A 1BTMA 5DBUA 1N8FA 3LCLA 3TW6A 5DY3A 2QDGA 1VCGA 1ZFJA 2G5WA 3KRZA 5J5RA 1HFBA 1K7EA 3M0ZA 3W86A 1QPQA 3I7RA 1VYPX 3N2XA 2OMAA 3TR2A 2VC6A 3O07A 4LS0A 1GPWA 2FFCA 3ZWSA 1Q6RA 2JGYA 4FNPA 4DF1A 1RR2A 1KV8A 1OFOA 5AOUA 2RDWA 2LLEA 1KBIA 3TCEA 4X3ZA 4MVAA 4XBKA 4GNJA 2ZRVA 2A21A 1C8VA 4X9SA 3P60A 1GVQA 3HG5A 4LUIA 2E77A 3TE9A 3FA5A 1QMLA 3DFSA 1WA3A 3W2LA 3FJ6A 4YLWA 1W5NA 4XKYB 1KTBA 3KHJA 4CNNA 2E68A 2H3BA 5SWUA 1K3UA 5T26A 3NL6A 3I6RA 1H51A 1ICPA 4JTUA 4GWEA 3CWOX 2B7QA 3NQAA 1KFKA 5K2ZA 1W3TA 2VFGA 4MY1A 1D3GA 5I3FA 3BG5A 4HN4A 1XUZA 3FYOA 5LNRA 4Q32A 2TPSA 2A2IA 4G1KA 3LCWA 4UMBA 4RR4A 3EWUA 1GT8A 2Z0IA 5CSSA 1OX4A 3W87A 2YZRA 1TO3A 1KM4A 4MYXA 3GDLA 5TIMA 4MOZA 1F6KA 3S5NA 2WO5A 4O11A 1L6SA 4JD4A 5CPOA 5D09A 1SW0A 1KM2A 2CLOA 5F2GA 1YPIA 2ZCGA 1EB3A 3NQMA 3GXTA 1LYXA 1AK5A 1FWWA 1TQJA 3SR7A 4XBSA 4PL1A 4RXFA 2BXVA 2QCMA 5F4WA 3MI6A 5HWMA 4WJEA 3HGOA 3VFLA 3S0CA 1YLVA 3BW4A 2GVGA 3ELFA 1QOPA 3G1YA 1ICQA 1MSSA 3CIXA 1O5KA 1TV5A 1RV8A 1YXCA 1ML1A 3LHYA 4UTWA 4GUJA 3HG2A 1KA9F 1RVGA 3G1FA 2V2HA 1VC4A 2A6NA 4N4QA 4BI5A 1SPQA 2QUTA 1RQEA 2ZZ7A 4AWSA 4ZMGA 5CZ0A 2QAPA 3LTYA 1JULA 1MZHA 3G3DA 4O17A 3NPVA 2Q3RA 3F03K 3C6CA 2OT1A 1PCKA 2QJGA 4UTJA 1JRCA 2HTMA 1S5VA 3EB2A 2ISWA 1TJPA 2QCFA 5BOOA 3THAA 3TW7A 1TQXA 1K8ZA 2XN0A 1XI3A 3QQ0A 3W1XA 3LTPA 1MEWA 3S1VA 4LY8A 1YPFA 5IBXA 3STGA 3QRHA 1JRBA 3LXBA 3OVPA 3H55A 2Y7GA 3IGSA 2DJXA 3PBWA 5HWNA 1SO4A 1NVMA 5F1UA 1TIMA 1NF0A 3BVJA 4JY9A 1TRDA 4X2RA 4ZQPA 3GVGA 5D2WA 1YDOA 3ABQA 4EIVA 5K9CA 1O4UA 4O1CA 4A3UA 3L65A 4FNTA 1UCWA 3DKLA 1A53A 3MUXA 5I3JA 1EA0A 4IMEA 4GXMA 3E0IA 3P61A 3PBUA 1ZENA 3LLFA 1OFBA 3CHVA 4S2BA 3DFTA 2DZSA 1DQWA 3A22A 2Q3OA 4ZQCA 4GE8A 4OWGA 4MLRA 4YL2A 3UWQA 1XUUA 1H7WA 2ALDA 2JKEA 3O05A 2RHGA 3N9SA 1YTKA 4UCGA 3NGJA 4IJBA 3G1VA 2G95A 1I45A 1U83A 3G18A 3QPYA 3HPZA 3S1UA 1XDMA 2V30A 4PTNA 3MP5A 2RDTA 4RV8A 4IMFA 2VKZG 1WYIA 2Y89A 2I9EA 1VLWA 4OE7A 2V5LA 3TK7A 2KZHA 2YFOA 1Z48A 2EF9A 4LC8A 2A7RA 3OG3A 4Z1BA 4UTKA 3G1DA 4M5PA 3CIWA 2A4AA 4NZFA 4JIQA 3MMTA 3EX6A 4NT0A 4AHQA 4CQAA 3P80A 1GYLA 4FF7A 3UY7A 4HHPA 3QSTA 4NXKA 3TROA 1H7NA 1LDCA 1H7XA 3P81A 4O57A 5E0KA 3U6WA 1OFRA 1GEQA 1I4NA 2ZRZA 2YPIA 3IVSA 5FEPA 4UNLA 2VEPA 3HPSA 5HWJA 1H61A 4JDBA 3MWAA 1RD5A 2ZA2A 4KWWA 2VFDA 3W1PA 4GFSA 4RXGA 1DJQA 4PC8A 3TXVA 3W1RA 2FB2A 3LCXA 5AYZA 3NYZA 4UIOA 5EBUA 1JCYA 3DKJA 1L6YA 1S5TA 3MHGA 1YYAA 2Y7FA 2WQPA 1OVDA 1FDZA 3W2UA 2YYTA 3S8HA 2NX9A 5CZTA 5D05A 3RU6A 3W1UA 4QITA 3F1QA 3A9IA 3ABOA 1LZOA 2FLIA 3WJZA 2ZRYA 4LVAA 3W1AA 2NWSA 2VOMA 1AL7A 1KFBA 3WK3A 3ABRA 3R8RA 4ADUA 2E5DA 3NQEA 4JGDA 1Z41A 3QW4B 1XFBA 2E6AA 4JICA 3VE9A 5AHLA 3USBA 3DU0A 3N34A 4UTUA 1OG0A 4NXSA 3BW3A 1ADOA 2E6YA 2X2GA 2CU0A 3QMRA 2EHHA 4UNKA 1G7UA 3MHUA 4QAIA 5CGQA 3C0JA 3TXZA 2JBMA 3RLUA 4DF2A 3W2KA 3Q58A 3SY5A 1F7BA 3B0VC 1UB3A 3MP3A 1JQXA 2GUUA 1TSIA 1P0KA 2Y63A 1QOQA 3M44A 4U28A 3IVTA 3TMQA 1H7RA 4GUHA 2DJLA 4DO6A 1V5XA 3GXNA 4PH6A 6TIMA 4R34A 1BKSA 4X22A 4YXGA 2J24A 1OFAA 1SR9A 4E2DA 2CZDA 3NM1A 3ABSA 3WJYA 2A6LA 3LHTA 1CW2A 1ICSA 1QPRA 3DFOA 1T0OA 3HO8A 3MJYA 4JS3A 3A23A 3IIXA 3SW6A 1T99A 4MFDA 4UTIA 4GBUA 3W85A 4Z1DA 1ZY9A 5DXXA 5LGXA 2VEKA 3P74A 3VI2A 1AMKA 5KZEA 1BWKA 4WXZA 1OK4A 4IX0A 5DBTA 3WK0A 1I2NA 3KVLA 3I7SA 1SUXA 2BLEA 4Z0JA 1FCBA 4A2SA 1OK6A 1NFBA 1FXQA 4LV9A 1B4KA 1UUOA 2GJNA 2YSWA 3BLIA 5D2XA 3W70A 4MJZA 1OX4B 1ZNNA 4HSNA 2ZFAA 3ZWTA 3NM3A 1IIGA 2DP3A 1T8XA 3BLEA 5AHNA 4IPIA 3A24A 3LTSA 3P7YA 2VELA 3NXFA 5KMYA 4JTKA 4OQVA 1OYBA 3ZR4A 4TO8A 3NDOA 4DQWA 1EIXA 1NEYA 1TPC1 2AGKA 4O15A 3PB2A 2TRSA 2Z1BA 3KX6A 1DQXA 3KVJA 5LHEA 3CWNA 3EX2A 1R2SA 3W1TA 2V5BA 1FX6A 4TU1A 5TQLA 3JR2A 3BARA 5AC8A 4MY8A 4N6FA 1KFEA 1ME7A 1A5SA 2YR1A 5CPNA 3OA3A 1SZGA 3UQNA 1XKYA 1KM1A 4MIMA 2B7NA 4NZJA 1GYNA 4O4VA 3MW7A 5EPDA 1KTCA 2QUUA 5D03A 5LGZA 4N6EA 4ALDA 1LLZA 5I3GA 5DY2A 3EWZA 3DGRA 5D33A 3MI3A 4JTIA 2OZ0A 1VCFA 4J9JA 3GXPA 4KFOA 1JCLA 4IOTA 3TDFA 3O8AA 2P0OA 3O15A 3W07A 1K8YA 3OHIA 1CI1A 2TYSA 1R30A 2H6RA 4OV4A 1F05A 5IBXC 2GPTA 4AEOA 4D2JA 3O16A 1W8SA 3EKZA 3N2MA 3FKKA 5EY5A 1TB3A 2I1OA 2WNNA 3YPIA 3LDVA 3MI2A 5AC7A 3NQ6A 5C54A 4GC4A 3A5FA 4I9AA 1PCWA 3G1HA 3P8IA 2ZA3A 1TPVA 3E02A 2NXHA 3G3MA 3C3NA 2C16A 3IIVA 3L0GA 2NV2A 3FLUA 2W79A 3SGUA 4CCEA 3PAJA 1GVSA 4ORIA 3LBMA 1N55A 1ZCOA 5AFDA 2QCCA 4O18A 4OBTA 1GQNA 1QFEA 1OFPA 1HL2A 3UZJA 1L6WA 3EXRA 3GLCA 3QC3A 1HG3A 2B7PA 4AWUA 3DHDA 3S5YA 1XBXA 1VGAA 5F2LA 5LZLA 5HR7A 4K8EA 4DPQA 4UMCA 3G8RA 4YWIA 4LUJA 1P4CA 4QISA 4XTDA 4BI7A 2ISVA 3W23A 4ONVA 2Z2UA 2V2CA 3AJXA 2GQ9A 2Y7EA 2HS8A 4Z1AA 3G1SA 1B3OA 4ORMA 4NUWA 5FEWA 3M5XA 1P1XA 4GUFA 4KKXA 1TPFA 4N9EA 1TCDA 1TTPA 2W6RA 4JEQA 1WOBA 4M7SA 1XC4A 4LS1A 2DZWA 3PG8A 4CCDA 3I7QA 2ZBTA 1KLZA 3PSWA 4MKNA 1MXSA 3PVFA 4O19A 1GVFA 2WNZA 3IGUA 1G4PA 2BSLA 3R12A 5F2IA 3TC6A 4Q4KA 1EPXA 1FWSA 2Y6ZA 4Z0SA 3L9CA 2RH9A 1H62A 1PE1A 5DCEA 1YDNA 2A0NA 2QCLA 2RDUA 2NZLA 4E38A 3TKFA 5CZSA 5G1YA 2J27A 3L0NA 4K6AA 1GOXA 1EEPA 4DXVA 1G4SA 5CG7A 1X7FA 2FIQA 1DBTA 4N4PA 7TIMA 3HPXA 4LT9A 5G5IA 4UR8A 3W1LA 3HG3A 3TSMA 3W7HA 3DAQA 2JKAA 2XFWA 4DBEA 4NNBA 4RZ4A 4MUZA 2FB3A 3R2GA 4UTLA 4DEFA 2CZEA 1ME9A 1RZMA 4K36A 1SSDA 3MYOA 1LLWA 2YX0A 4KFPA 5EYWA 5DCBA 4OHQA 5D38A 3TC7A 1XXXA 2YGYA 2J9XA 3RMJA 3LRMA 4IMGA 3SJ3A 4UFLA 4NX5A 2YW3A 1PVNA 4JTGA 3M6YA 3GIYA 3QM3A 1H60A 4LC6A 3CEUA 3LXCA 3L2IA 1YXYA 4PL2A 3W7KA 2V0TA 3N3MA 2Z6JA 4DELA 2V8ZA 1GG0A 1WAUA 2FPVA 1TYGA 1MEIA 1WX0A 1KM3A 1XM3A 1X8FA 2QJHA 1AW5A 1VZWA 3C2RA 5L9FA 3WFAA 4XZ9A 3O63A 1O5XA 1F5ZA 3PUOA 2WSYA 4JTFA 2WNQA 5E93A 1KFCA 2NUWA 3S9YA 4E0CA 2FDSA 4NNAA 2A7NA 2H3DA 3TSDA 1GJPA 3NPWA 3UPBA 4K8HA 3M5VA 3SI9A 5BMWA 2WKJA 3IGXA 3AO0A 3O6YX 4HSOA 5D2TA 3W7CA 1B57A 3OIXA 1E51A 1W5PA 3PF3A 3G8EA 4ADTA 3C2VA 3S42A 2E5BA 1LROA 4MJMA 1Q6LA 3GNDA 1OX5A 1W3IA 4FIQA 5EMUA 5KITA 5LNSA 2A85A 2ZTKA 1M7OA 3W76A 4Y8FA 2VXNA 1XBZA 3LI0A 1YADA 5HNRA 2RFGA 5D04C 1TREA 4FB7A 4IMCA 5AN7A 3NG3A 4MY9A 1U5JA 1OFDA 3TH6A 4EVZA 4FEZA 1FDYA 4S1FA 4K7YA 3PUDA 4O1DA 3W22A 4PCFA 1VCVA 5AYXA 4NNCA 4CNOA 4OU1A 1ME8A 2PRMA 3UWZA 4N9BA 1Q6OA 3U2OA 3MHFA 1SU5A 3TAKA 4M6PA 3LGEA 3PWAA 1JQVA 3NQDA 3BW2A 3ATYA 4NJJA 3W7LA 1LOSA 2C1HA 1H50A 3Q94A 4NJHA 3O6DA 4FNUA 1ALDA 1JUBA 3TMLA 2VFIA 4BF9A 4RCXA 2J9ZA 1KBJA 4MZ1A 1KTNA 4QNEA 2E6FA 3C61A 1W5OA 1SZFA 1UUMA 1FQ0A 1M7PA 1QDSA 5KZDA 2ZDRA 5DCDA 3CC1A 4PEKA 1LOLA 2ZZ3A 3B4UA 4AB4A 4JYDA 3GX9A 4MLJA 2YCEA 5C2XA 3CB8A 4BK9A 8TIMA 4DO4A 2NLIA 5TBOA 1FY6A 2PCQA 3V75A 1JCNA 2F7FA 3N14A 2VEMA 3IIPA 4BWLC 3STFA 1QO2A 2PE4A 1RQBA 5AHFA 4IPJA 3T7VA 1EP1A 4QSHA 4UXDA 1WV2A 1OHLA 3R5EA 3C4UA 3W7MA 4OT7A 4IXHA 1O94A 2E6DA 1V7YA 2H90A 3TQ0A 2XN2A 5G1TA 3DBPA 4Y96A 5D30A 2ZYFA 3FYPA 1THFD 5AHEA 2X1UA 4BI6A 1GTEA 2QJIA 5F4XA 3IIZA 1ZAIA 3LCHA 2BTMA 3TQVA 2GVLA 3PY2A 4QIUA 1F74A 3GZ3A 1JR1A 1GVOA 2CLKA 3W1NA 3UNDA 2OJPA 3W7QA 3L67A 1MEHA 2R8WA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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