5DT5A

Crystal structure of the gh1 beta-glucosidase from exiguobacterium antarcticum b7 in space group p21
Total Genus 174
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
174
sequence length
444
structure length
444
Chain Sequence
KFAPNFVFGTATSSYQIEGAHDEGGRTPSIWDTFCDTDGKVFEKHNGDVACDHYHRFEEDIQHIKQLGVDTYRFSIAWPRIFPSKGQFNPEGMAFYKTLATRLQEEGIKPAVTLYHWDLPMWAHEEGGWVNRDSVDWFLDFARVCFEELDGIVDSWITHNEPWCAGFLSYHLGQHAPGHTDMNEAVRAVHHMLLSHGKAVEMLKGEFNSATPIGITLNLAPKYAKTDSINDQIAMNNADGYANRWFLDPIFKGQYPVDMMNLFSKYVHTYDFIHAGDLATISTPCDFFGINFYSRNLVEFSAASDFLHKDAYSDYDKTGMGWDIAPSEFKDLIRRLRAEYTDLPIYITENGAAFDDQLVDGKIHDQNRIDYVAQHLQAVSDLNDEGMNIAGYYLWSLLDNFEWSFGYDKRFGIIYVDFDTQERIWKDSAHWYANVIQTHKAALP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-glucosidase
publication title Oligomerization as a strategy for cold adaptation: Structure and dynamics of the GH1 beta-glucosidase from Exiguobacterium antarcticum B7.
pubmed doi rcsb
source organism Exiguobacterium antarcticum (strain b7)
total genus 174
structure length 444
sequence length 444
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2015-09-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5dt5A00
2D0FA 3RM4A 1CXFA 1EQPA 5C70A 3SCPA 3OGVA 1WZLA 5E0CA 3A4AA 4HP5A 1QW8A 2VQTA 3T08A 1W9BM 3N18A 1DWIM 2ZUMA 2JF6A 3W24A 4HOXA 1E0WA 1C3FA 1CNVA 1W9PA 1CXHA 2AOSA 3AMCA 1KGUA 4AW7A 4X0NA 2YBUA 1CEOA 9CGTA 1TG7A 1UKOA 3PTKA 1W91A 2GFTA 2WB5A 2JEPA 4AD0A 2D23A 3WBEA 1HN1A 3SEPA 5CG0A 2WW5A 2XVNA 1CWYA 1VIWA 4OOZA 4PYSA 4OUEA 4MNLA 1UWQA 3WDIA 1WKYA 1PJ9A 4CU7A 1ITCA 4UFIA 5CLWA 3ECQA 4CN1A 2VNCA 3QHMA 5GNZA 4AXNA 3VDBA 2DH2A 3N9KA 1MW1A 3BSHA 4W86A 3VILA 3AS2A 5EB8A 3ZOAA 5EMYA 1B3YA 4TTGA 4N42A 5BROA 3OGSA 5HOSA 1AQHA 1VFOA 3AQUA 4ZE4A 3ARSA 1HIZA 4D1JA 3DYPA 2VZTA 1V02E 1JF6A 3WY1A 3GXDA 1UWTA 3OLEA 4URIA 1E3ZA 4MB1A 3HJEA 3W0KA 4DM2A 2VZSA 1MFVA 1CPUA 1LL4A 5ABFB 3NCOA 5DT5A 2EJ1A 4JFSA 2JIEA 2WMFA 3MMDA 1LL7A 1E6SM 1XH1A 4H8UA 1CXIA 4AD4A 3PZIA 3ZSTA 3SCSA 5CLTA 2J8GA 1X6NA 3SCUA 1J0YA 1NH6A 1EIBA 2VZVA 1FHDA 4JL2A 3NSXA 4W89A 5DMYA 3FN9A 4ZXOA 3DECA 1GNXA 2WBKA 3GH5A 3CHFA 2VCBA 4OIFA 5A6AA 3IK2A 1LG1A 5JIPA 4CVUA 1HJSA 1V3IA 2HISA 3BC9A 1V3MA 3TP4A 1XD1A 4GQQA 1KGXA 3BAJA 4Z2IA 1EDQA 2V5CA 3NJ3A 2W63A 4CU6A 1BGGA 3U5UA 1NWRA 2CCRA 3VX0A 4ATDA 1OM0A 1EO7A 5CPSA 3WH9A 3CLWA 1IZJA 3VGHA 3MMWA 1UZ4A 2EXOA 2DSVA 3AIUA 3O9NA 4JFWA 1KR0A 1NWUA 1RD6A 1A3HA 1TA3A 4XV0A 1TZ7A 2ZX7A 1G5AA 1E40A 2WHLA 1DHKA 1V3KA 4UZUA 3UEQA 3WQ8A 2IUZA 2B31A 4PMYA 1JYVA 4JIEA 3WQVA 3FHQA 2DT1A 4GI8A 1UKQA 2WMKA 3SUVA 1JDDA 2PWEA 3QR3A 2PWFA 1QI5A 4J3TA 1JZ3A 4P8VA 5HNNA 1PIFA 1ZBVA 3ZQ9A 1E43A 2GJPA 4AZBA 1HP5A 4CN6A 1FH9A 4HZ7A 5KEZA 5FL1A 3BCFA 4WK9A 3T2PA 3BAWA 3L4TA 3ZO9A 1W9XA 2V3GA 5DFAA 4D6JA 2BHZA 1LF1A 1EHNA 1GQKA 1B1YA 2D22A 2XHYA 1VENA 2D2OA 2Y8KA 1B3VA 4B9ZA 2J7EA 3TTQA 5BXRA 1VB9A 2ZIDA 5DO8A 5GQBA 2PWHA 2ZUVA 3PN8A 2TAAA 2PBGA 3WH6A 4QCFA 2CESA 2WXDM 5JUVA 1W1YA 4QDMA 1V02A 4D6CA 4M82A 4ZENA 2OSYA 1H41A 1AVAA 3MU7A 1OGGA 1JZ7A 3W25A 3APGA 3FNDA 2J7CA 2IXVA 3SUUA 4LYPA 1ZJBA 4ACZA 3VD4A 3WQWA 3W37A 3ALFA 4OBRA 4W8LA 3T09A 1MXGA 3WNLA 1U33A 3WDHA 3PZGA 3WEMA 3ARRA 3ARPA 1U30A 3EDKA 4PMRA 3B8SA 3AICA 5A8OA 2D3LA 1GOWA 1H3GA 2G8ZA 1U2YA 3ALGA 3WF4A 2VC9A 2VX4A 3ZJ7A 5A95A 3VKKA 1C92A 4M56A 1Q6GA 3NIYA 5BXTA 1B3ZA 4E2OA 4J3UA 1X1NA 2WLZA 3AHZA 2X8RA 3F5LA 3VM7A 2GK1A 2VRKA 3VU2A 3WL1A 2XWEA 4CCCA 1E6ZA 1H11A 3VINA 4P7OA 3K4DA 2YLLA 1CENA 3LPFA 4BZYA 1VEOA 3AOFA 1UR1A 2CITA 1XCXA 2WVUA 4D6DA 1RPKA 5I78A 3VMNA 1EGZA 2X0HA 4U31A 5AYIA 6CGTA 1S46A 3NUKA 3BLPX 4W8AA 3N11A 3MANA 5JIWA 3W26A 3F4VA 1J0ZA 1HJQA 3SCRA 3IJ7A 2CPUA 4U5KA 1PX4A 2JALA 3ZJKA 1VAHA 2YA1A 2Y8VA 4F9DA 5BXPA 3FAXA 4HPGA 4KRTA 4CU8A 3GM8A 2D1ZA 3AROA 3WEZA 2WSKA 1UD5A 3WNOA 2NSXA 1E0VA 2YBTA 4JKMA 1H0IA 4PEEA 1QPKA 1J0JA 4HA4A 1E5NA 4UNIA 4MTVA 1ZBCA 2OLHA 2G3NA 4DWSD 2BXZA 3VOCA 3HMCA 2J25A 4TUFA 4KGJA 3RJYA 4GO9A 2EPNA 3VD7A 3T2QA 3CIVA 4BQ3A 3VM5A 2YDRA 4AIUA 1L8NA 2WHJA 5LA2A 4EAMA 4DUWA 7TAAA 3A3HA 4KH2A 1NM9A 2XSAA 3BGAA 2QF8A 1NOWA 2J7BA 3AIVA 2BVTA 3WUEA 1V6XA 5E9AA 4DM1A 4V2XA 5ABFA 2G4FA 5CSYA 4TXEA 1R7AA 1R8LA 1CZ1A 1UWUA 2E8YA 3ARZA 4M24A 3WELA 5CQ1A 3GDBA 1GJUA 1ISVA 2WVVB 4HA1A 3GNRA 2VQUA 4FLSA 1BVZA 1JNEA 4HOZA 1C7TA 4MPKA 1D3CA 1C91A 3ARYA 3WDRA 1UQZA 2Q8XA 4J3XA 2JFEX 1C8QA 1AQ0A 2WMJA 3CH9A 1GOKA 1MW2A 1OD8A 2WMHA 2DT3A 3ZJ8A 4UQDA 4U2ZA 1GOOA 1HNYA 2Z1KA 2JEQA 1BSIA 4UFJA 1DTUA 1E4MM 2ZUTA 5IFPA 3FY1A 3KL3A 1B3WA 4QLKA 1N82A 2GSJA 4TVDA 1ISYA 2C8NA 3BMWA 5E6ZA 3TTOA 4LQ1A 3GTNA 3VD9A 2WWCA 1YQ2A 1TFVA 3OZOA 4TVUA 5HPCA 1QVBA 1UD6A 1ISWA 3VDHA 4F79A 1XHGA 4K68A 4IISA 1CGVA 1MVYA 3VIIA 3K4AA 4UQ9A 1E55A 4ATLA 1GQLA 1CYGA 2WPGA 3WKZA 2A3EA 1VJZA 1OD0A 4ZFMA 2WSPA 2G41A 5M3WA 1LJYA 2VL4A 2W67A 3KE0A 3MUAA 3AS1A 3WF0A 5IHRA 1BLIA 1CGXA 4D6GA 2WHKA 1F4HA 3MUIA 1UHVA 3AXIA 5KZ6A 2EQDA 2WMGA 2YJQA 4AZHA 1UWSA 4MB3A 4CKQA 5JBDA 3NSNA 3VGEA 4R5EA 3WD2A 3WUGA 1B31A 2V38A 2A3BA 2DEPA 5ECUA 3BH4A 3MSDA 2EPLX 1JDCA 1UH3A 3PZVA 3PZOA 4PTMA 1C90A 1E3XA 4CD8A 2E0PA 2X05A 5I5RA 3UERA 1OWQA 1WPCA 2WKGA 4GO8A 1JD7A 3M07A 5BRQA 4D6EA 1H4PA 2D0HA 2FHCA 3M7SA 2Y24A 1GW1A 1K6AA 3U7VA 3F5JA 4DWSC 4YHEA 5BYWA 3WEOA 3VGFA 3L2MA 4HA3A 3OBAA 4D6HA 3S2CA 1GQIA 1LWJA 5CSUA 2UWFA 1IV8A 1UD3A 1NWSA 2BHYA 4E8CA 5A94A 2WMIB 1EDTA 1UD8A 3CO4A 5A8PA 1DP0A 3WENA 1QHPA 4UFHA 5GNYA 4Q7NA 1W2VA 4GI6A 1BQCA 1ZL1A 1FP8A 2UY5A 3RCNA 1SMDA 2VT0A 3ZR5A 3EYPA 3AZSA 4PMVA 3N17A 3EDFA 5M17A 2JE8A 1CLVA 4NZCA 4E8DA 1QNPA 1TCMA 3D5HA 1J0IA 2BVYA 2GJXB 2J7DA 3BXWA 2WCAA 2Y2WA 3VPLA 4LYRA 3WNPA 2XVLA 3T0BA 1OGBA 4U3AA 1H49A 2X1IA 2YL6A 4MNJA 2E9LA 4WKFA 1M53A 3W29A 1HX0A 4EK7A 1JZ2A 4B3LA 4W93A 3KL0A 1JXKA 4Q22A 1J10A 3OB8A 4FLQA 5FD0A 1R85A 1RH9A 4PN2A 3FW6A 2JIWA 3POHA 3AIBA 1EA9C 2XVGA 1UD4A 3LMYA 3I3DA 1G94A 3VIPA 2VJXA 3CUIA 1V6UA 1OIFA 1KXVA 4B3KA 2NT1A 3ZT6A 1UR4A 1HJXA 1XSIA 1E1EA 1H0GA 1GVIA 2CKSA 5FOOA 4J3WA 2QHAA 1V08A 2RGLA 1FH8A 3CHEA 1MXDA 4D71A 1XGZA 4TOQA 3T2OA 1GONA 3W4RA 3SUWA 4ATWA 3RMEA 4F9JA 2VO5A 4FLRA 3THDA 4ZEPA 3UESA 4GIAA 2VCAA 1E6QM 1CTNA 3M6DA 2VVNA 3CPUA 4AY1A 3VVGA 5HXMA 4UQBA 1J12A 1DWGM 4M29A 4QFUA 1GORA 1WZMA 2UY4A 3IJ8A 1W1TA 4FMVA 5I0DA 2WNWA 2PI6A 4FK9A 1E6PA 4UOJA 3W53A 4DUVA 4GQRA 4JFVA 2VRQA 3AISA 4PMQA 1CBGA 1K9EA 4XX6A 3VNZA 3WQ4A 4MB5A 3VIMA 1UG6A 3KZSA 4UQCA 1L0PA 1US2A 4YHGA 5IDIA 1F4AA 1M03A 1J9YA 1W9VA 4TX6A 2O9TA 1E0XA 2WVVA 4RE2A 1TUXA 1GCYA 1V0NA 1E4LA 3AMDA 3RO8A 3PHAA 1EXPA 3AHXA 7CGTA 3TOPA 1FFRA 3AHTA 4PBGA 2D20A 3WF3A 2CXGA 2DIEA 1BYAA 1J0KA 3DYMA 1C8YA 4B16A 2YL8A 4LPCA 3WNMA 1TMQA 5JBEA 4H7VA 1XRVA 3EDJA 4D1IA 2FH8A 5D9PA 3AIQA 1J0HA 2O9PA 2QMKA 2YKKA 1VEPA 2YOCA 4GPNA 4U2YA 2J79A 2CEQA 5AC5A 4KRUA 4JL1A 3FXYA 4AISA 1I1WA 3DYOA 2GVYA 1W3JA 2XFFA 5FCZA 1BTCA 3VGBA 2D24A 3WFLA 5ABGA 4EANA 3AFBA 3QGVA 3L4XA 1VBRA 4MJ2A 1WZKA 2QMJA 3OZPA 1VEMA 3NDYA 1E70M 4AC1X 1NOFA 3BAIA 1MFUA 5E70A 4BA0A 4AEEA 4E4PA 1V3HA 2A3CA 2ZUWA 1KCKA 1FFQA 3QOMA 1ZS2A 1GJWA 1GUVA 4AIEA 2CHOA 2XGBA 3IANA 1JIBA 3L4ZA 1QNRA 1E4NA 2XSBA 4P7LA 3ARQA 2XPKA 2XUCA 1QNQA 1XSJA 3WDQA 5IHSA 4W7WA 2YDSA 4LXFA 4GZJA 1SMAA 2W91A 3PZMA 3JUGA 1NWTA 4UTFA 4BQ5A 2OWCA 4MNKA 2CBIA 3PZTA 2DT2A 2G3IA 3GXMA 1CGYA 1BYCA 1GPFA 3MS8A 3IJ9A 1ODUA 3RM8A 4M81A 3PTMA 1GOMA 3L4UA 4KMQA 4R27A 3DHUA 2ZX6A 2DSZA 4HPHA 2VUYA 1R86A 3PZ9A 3UG3A 2ZICA 3MV11 5I3DA 3CUFA 1KGWA 2WMIA 2XFYA 2CERA 2JF7A 3CZEA 1Q4NX 4PMUA 1KQZA 2FH6A 2VI0A 1EH9A 1W3KA 4QP0A 2ZXQA 4JKKA 3ZIZA 3NDZA 2W61A 1NARA 4MB4A 1JDAA 3SIMA 4PMOA 4RE3A 2YDQA 4L4PA 4LGXA 3CZGA 1EOKA 4AD1A 3VGGA 4AZGA 4J27A 2V3DA 2GJXA 1P6WA 5CGMA 2CKRA 4OZOA 3WSUA 3K8LA 1SFSA 4MJ4A 3NYDA 1NOUA 1KXHA 3RDKA 5I24A 2EO7A 3B9AA 1JXJA 2XIBA 1VF8A 2NW0A 2PWGA 1AQMA 2BFGA 1ZJAA 3GXFA 2NT0A 1HKMA 2QPSA 4IPLA 1MW0A 3N12A 1I75A 1B2YA 2X0YA 3BMVA 3WQ5A 3WF1A 3ZSSA 3OLIA 4XZBA 1FOBA 2VR5A 3FAWA 1EO5A 3WD4A 2OSXA 4U5IA 3A47A 3CBWA 3N1AA 2FGLA 3VTRA 1W1VA 1UKSA 4HZ8A 3WFZA 2WCSA 1JI2A 3K1DA 4CD6A 2ZX5A 4J3VA 3VGDA 1HF6A 1XV8A 3MUZ1 4QLLA 3RILA 1BF2A 4PTWA 2WC3A 3O2LA 3OLGA 5I6SA 3B9DA 1B3XA 3L4YA 3GNOA 2WAGA 3PZQA 2DH3A 5IFTA 1WDRA 2VX7A 2XTKA 1OIMA 3WL0A 4IPNB 3ZM8A 3ZT7A 3VIHA 5FKYA 4H04A 4JCLA 2OWWA 4PMXA 4WKHA 5DT7A 3OLDA 1JFXA 3VIKA 5FIPA 1GHSA 2EPMX 2GJRA 4UFKA 4J7RA 1JFHA 2PF0A 4MADA 1Q6CA 4JHOA 3BAKA 2D3NA 5I79A 3W81A 2VTFA 1B9ZA 4YN5A 1UWRA 6A3HA 3UR8A 1CLXA 1PIGA 3W38A 2A3AA 2WBGA 4S3KA 1CDGA 2EEXA 4PMDA 4WJXA 1BYDA 2A3HA 1B30A 4PUDA 1GOIA 3RPMA 3WUFA 1TE1A 1PAMA 1XD0A 4JFTA 2V5DA 1HKJA 3UR7A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2D0F A;  3RM4 A;  1CXF A;  1EQP A;  5C70 A;  3SCP A;  3OGV A;  1WZL A;  5E0C A;  3A4A A;  4HP5 A;  1QW8 A;  2VQT A;  3T08 A;  1W9B M;  3N18 A;  1DWI M;  2ZUM A;  2JF6 A;  3W24 A;  4HOX A;  1E0W A;  1C3F A;  1CNV A;  1W9P A;  1CXH A;  2AOS A;  3AMC A;  1KGU A;  4AW7 A;  4X0N A;  2YBU A;  1CEO A;  9CGT A;  1TG7 A;  1UKO A;  3PTK A;  1W91 A;  2GFT A;  2WB5 A;  2JEP A;  4AD0 A;  2D23 A;  3WBE A;  1HN1 A;  3SEP A;  5CG0 A;  2WW5 A;  2XVN A;  1CWY A;  1VIW A;  4OOZ A;  4PYS A;  4OUE A;  4MNL A;  1UWQ A;  3WDI A;  1WKY A;  1PJ9 A;  4CU7 A;  1ITC A;  4UFI A;  5CLW A;  3ECQ A;  4CN1 A;  2VNC A;  3QHM A;  5GNZ A;  4AXN A;  3VDB A;  2DH2 A;  3N9K A;  1MW1 A;  3BSH A;  4W86 A;  3VIL A;  3AS2 A;  5EB8 A;  3ZOA A;  5EMY A;  1B3Y A;  4TTG A;  4N42 A;  5BRO A;  3OGS A;  5HOS A;  1AQH A;  1VFO A;  3AQU A;  4ZE4 A;  3ARS A;  1HIZ A;  4D1J A;  3DYP A;  2VZT A;  1V02 E;  1JF6 A;  3WY1 A;  3GXD A;  1UWT A;  3OLE A;  4URI A;  1E3Z A;  4MB1 A;  3HJE A;  3W0K A;  4DM2 A;  2VZS A;  1MFV A;  1CPU A;  1LL4 A;  5ABF B; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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