5GNYA

The structure of wt bgl6
Total Genus 176
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
176
sequence length
448
structure length
448
Chain Sequence
SYRFPEGFLWGAATAAYQIEGSSMADGAGESIWDRFSHTPGNMKDGDTGDVACDHYNRWREDIELMKRLNLQAYRFSVSWSRVIPQGRGAINPKGLAFYDRLVDGLLEAGIEPLATLYHWDLPAALDDRGGWLNPDIADWFADYGQVLFEKFKGRVKTWGTINEPWVIVDGGYLHGALAPGHRSAYEAVIAGHNVLRAHGAAVRRFREVGEGQIGIVLNIEPKYPASDKPEDEAARRRAEAQMNRWFLDPLMGRGYPEELTDVYGAAWREFPKEDFELIAEPTDWMGLNWYTRAVPENAPDAWPTRSRPVRQTQHAHTETGWEVYPPALTDTLVWLSEQTGGKLPLMVTENGSAWYDPPHAIDGRIHDPMRVHYLQTHIKALHDAIGKGVDLRGYMAWSLLDNLEWSLGYSKRFGIVHVNFATQERTIKDSGLLYAEVIKTHGDVLNT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-glucosidase
publication title Structures of a glucose-tolerant beta-glucosidase provide insights into its mechanism.
pubmed doi rcsb
source organism Metagenome
total genus 176
structure length 448
sequence length 448
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2016-07-25
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5gnyA00
1WP6A 3WENA 4W88A 3VD5A 2VT0A 3VVGA 3GBDA 4BCEA 4N42A 1HJXA 3SCTA 3SEPA 3OLDA 1NOWA 4UZSA 3FNDA 1K9FA 4PCSA 3OB8A 4Z2GA 3HMCA 2DH2A 2CBIA 3U7BA 5I6SA 1UWTA 5DF0A 5E0FA 2CIPA 1QNSA 3E1F1 1OINA 3WF4A 1ZL1A 4J3SA 2W62A 2E9BA 3CO4A 2NT1A 1E6NA 4AIEA 2PWDA 5FCZA 3N13A 5A8PA 4CU6A 1FH9A 4N0RA 1HJWA 2XFRA 2YJQA 3MO4A 3SUSA 1IT0A 3ZIZA 5A6MA 4AD5A 2D0FA 3U57A 1VFFA 2NT0A 2G8ZA 4KWUA 4GQRA 3RPMA 5KZ6A 3VPLA 2ZUUA 1WDRA 1UZ1A 1B3YA 5IHRA 1GZJA 2XJ7A 4QCEA 2CYGA 1JZ3A 4F9JA 3WDRA 4PMYA 1FP8A 5IFPA 2WAGA 1NM9A 2XFYA 2WVTA 2J7BA 1DWIM 4PMOA 3NUKA 4QCFA 5AYBA 4Z2LA 1E5NA 1MXDA 4JKMA 2FHCA 5CLWA 5HDRA 3BLPX 1GVIA 4HA4A 3BLKA 4L4PA 5HBFA 1CDGA 3WH7A 4A3HA 2EPMX 1E72M 1UUQA 3JUGA 3GNPA 2BXZA 1LL4A 2JFEX 2D24A 3PZNA 1QI0A 4HMDA 2XTKA 2D3LA 3POHA 3ALGA 1W9BM 3W6MA 2AOSA 4H8UA 3WQ6A 3M07A 1XH2A 3WDIA 3GDBA 4AC1X 3BAKA 1EHAA 3QOKA 4AY1A 5A6BD 1LL7A 3BMVA 1SMAA 2J77A 3CHEA 1E5JA 1Q4NX 3DYOA 5CPQA 3RJXA 1B3XA 3IANA 3K46A 1CIUA 4DWSD 1MWOA 1Y7VA 3CTTA 2Y4SA 1QNRA 4D6JA 2OWXA 2OLHA 1US2A 4H8VA 4CKQA 4JFUA 3WUBA 5I2UA 2WXDM 3ZM8A 2CPUA 1BGAA 4CCDA 2HVMA 1K9EA 1NWSA 3VMPA 4BQ2A 5EFFA 4W7WA 1M01A 3PTMA 4PMDA 1B3ZA 3VD7A 2WC3A 4MTVA 2GK1B 4D6IA 2WB5A 4OUEA 3K1DA 5CXPA 2BXYA 1DWFM 1KWGA 1WDQA 3AYRA 1UH4A 1LF1A 2GJXA 2C7FA 1BYAA 3UR7A 3QOMA 1FFRA 2DT0A 5JBFA 5EMYA 3OA5A 4LQ1A 3ZR5A 1C7TA 2YIHA 3RJYA 1FOBA 2AMGA 2EXOA 3VOCA 5A6BA 4TUFA 3VD9A 1US3A 4Y7EA 2HISA 3EDEA 2YL6A 4PRWA 4FLQA 4NRSA 3MV11 1B3WA 2W92A 1U30A 3K8KA 4GI8A 4M29A 4GQQA 2WVUA 2CBUA 2BY0A 5M5DA 3BXWA 3NSNA 3AHZA 4GI9A 3MMDA 4AD1A 1Q6CA 4W8BA 1KCLA 2OWWA 2ZICA 5FL1A 2J8GA 3VGFA 1XCWA 1VEPA 4LYQA 2J7GA 2VX6A 1LQ0A 4P7NA 1UKTA 2VR5A 3PZGA 2VX4A 2G3NA 1TE1A 3AOFA 4GXPA 4H7VA 4DM2A 2XM1A 2XVLA 4PMNA 2J7EA 2VRJA 2VC9A 4P8VA 3TOPA 1MFUA 3AJ7A 3CUIA 3WKZA 3OG2A 1MFVA 1V3KA 4WKHA 1GOOA 2GFTA 1W1TA 3T0DA 3GH7A 2WWDA 1W3JA 2JALA 1XV8A 4WF7A 4B9ZA 1UR1A 6A3HA 4CGTA 1QNPA 1C93A 1KR0A 1HP4A 2G4FA 4ZE4A 3SUTA 4F79A 4X0NA 1R7AA 5I5RA 4TTUA 2FH8A 2J75A 4HA1A 4CD4A 3ARSA 1UKQA 1JXJA 1KXHA 4JFWA 1M04A 2XGIA 3AHXA 5I77A 1KGWA 2VNCA 1KGUA 2WZIA 2FHBA 1OGSA 3BAIA 1B9ZA 2YOCA 1J0JA 3N04A 1W3LA 1JI1A 4C7FA 3AHTA 3AIEA 3O6AA 3WY1A 1L0PA 3ZSSA 7CGTA 1BVZA 2PI6A 4UQAA 1DP0A 3DHUA 4UOJA 3SCQA 3VU2A 1AQ0A 1E15A 2BHYA 5FKYA 4NF7A 4H41A 2UWFA 4GIAA 2WCSA 5DMYA 5D9MA 5A69A 3VIMA 1KBBA 1NWUA 4AZBA 4UQ9A 1GW1A 2BHUA 4JCLA 1J11A 2ESCA 2PWHA 4WKFA 3NJ3A 2RGMA 1A47A 2JF7A 3WF1A 5A2CA 2JF6A 2D23A 2DEPA 2E8ZA 3THDA 3ZSTA 4ATLA 1E70M 2ZWYA 1MQPA 4HZ8A 1JFXA 3GXMA 1J10A 1JG9A 4CD8A 5A95A 1JNDA 1OGBA 4AXNA 4KMQA 1H09A 1W9XA 3WQ5A 2GDUA 3I3EA 4GO8A 4PTXA 1JZ7A 4CU8A 1RH9A 4KGJA 3EBVA 3WFLA 5HPOA 1V3HA 1E6ZA 1V6YA 3K8MA 1TUXA 2JEPA 3FW6A 4RE3A 2WPGA 3AZRA 1DHKA 4DUXA 3W4RA 3NSMA 4B3LA 5HNNA 4HU8A 5CSUA 1VFMA 5CLTA 3B9DA 3AMGA 3WL1A 5IFTA 2WCAA 1C8XA 2WC4A 5A6SA 2ZX8A 3GXDA 4AZ7A 1EQPA 4J3VA 4CUCA 3WELA 1PZ3A 4BS0A 5GQBA 1HJQA 3VGDA 3L4ZA 2FDMA 4WLCA 3MS8A 4WK9A 3WNPA 3AMKA 3UERA 3VKKA 4F66A 5C8BB 3BC9A 3SCUA 1WPCA 3OLEA 2QPUA 4TX6A 2WC7A 2G3IA 3B8SA 1D3CA 3TP4A 2ZUVA 1E6XM 1LWJA 2A3AA 2FHFA 5D8WA 2ZXBA 1UA3A 3BAYA 2V3DA 3WDHA 4MAVA 1CYGA 3APGA 3CZEA 3MANA 2WLYA 1M53A 3U7VA 1K6AA 1GJWA 1BYBA 1N82A 1HF6A 1VEMA 2CESA 5GNZA 3SCSA 3WQ8A 3O9NA 3OLIA 1OCQA 2ZUSA 1KGXA 2Y2WA 3HN3A 2CBVA 1OBAA 5E0CA 1JZ2A 3PZMA 2FGLA 1FH7A 2VZVA 4XUYA 2BY3A 4OOUA 1W2PA 4CCEA 1VEOA 1QOXA 1W2VA 4P8WA 2WVSA 3GM8A 4LXFA 4U3CA 1GOWA 3G6MA 3ZO9A 4AEEA 1EHNA 2TAAA 2W67A 3S6TA 4LGXA 3QHOA 1DEDA 1QI5A 1NH6A 4UFIA 4Q7NA 2VZOA 2J78A 4ATDA 4CVWA 3AISA 3FY1A 3POCA 5LYRA 2EQDA 2ZXQA 3PZIA 4URIA 1W32A 5BXSA 5M17A 4R27A 4J28A 3VUPA 2PWEA 5ABGA 3OBAA 3UETA 4QLLA 2JIWA 1XRVA 1B1YA 3WBAA 2QMKA 4W85A 5F7UA 1TA3A 4NRRA 1TZ7A 4D6HA 2XVKA 4GZJA 1L8NA 1SR0A 8CGTA 2J7CA 1EIBA 1UWSA 5LA2A 1E1FA 2CEQA 3AIRA 1UHVA 1OD8A 4JZ5A 4TXEA 3L2LA 1H49A 1C8QA 1JYWA 2NSXA 1ITXA 1HL9A 4MJ4A 1NWTA 3ARTA 2X8RA 1JYNA 4J7RA 2XVNA 2WBGA 1ZBVA 4GINA 4UQDA 1CGWA 1PEZA 3ARUA 2OSYA 2W4XA 1WO2A 3CHFA 2UY3A 5D9OA 1QPKA 2O9PA 2VRKA 1JIBA 4UCFA 1GHSA 3KE0A 3AHVA 1BGGA 1J0YA 3TONA 4UNIA 2XHYA 2EBNA 5A6JA 2A3EA 2WBKA 3TTSA 1VAHA 2DPEA 4CCCA 5A8NA 4EANA 1J01A 2XWDA 2OWCA 1E6PA 4UQBA 1J0ZA 1CXLA 2PC8A 1MW3A 1QHOA 1J0IA 3AZTA 3WNOA 5E9AA 5A8OA 1RP8A 2EEXA 1WB0A 1QI3A 2VJXA 1E6SM 1QW8A 5EB8A 1GQLA 1R86A 3AQUA 4UFJA 3WDQA 2WHMA 1V0LA 2ZUMA 2X0HA 3OGVA 3VINA 1HL8A 2W91A 1GQKA 1KWKA 4A4AA 5ABFB 1H0GA 1UQZA 4HPHA 2BFGA 3AROA 1OM0A 2J25A 1ISZA 4U2YA 1R87A 3W37A 1ZBWA 3L4XA 2WVVB 2XVPA 1CXIA 5A1AA 4D6FA 1UR8A 1D7FA 4CD6A 3CUHA 4W8LA 3SCRA 1W9PA 6CGTA 3SCNA 2GUYA 1IV8A 4MNLA 1BTCA 1UH3A 3VIGA 3VDHA 1G0CA 3W82A 1E43A 2WSPA 5GPRA 4K68A 3MSGA 1C3FA 1MYRA 1C92A 4BF7A 3CLWA 1BSIA 3TTYA 2Q8XA 1HKJA 3BH4A 2YLAA 1MW0A 3MKKA 3BAJA 1E73M 4AD0A 4L4OA 1GCYA 2IXVA 1TVPA 4GI6A 1UA7A 4PCTA 4CN6A 4MNMA 2J79A 2J74A 5BXTA 1KB3A 1CGTA 1UKSA 2XM2A 4YPJA 2DH3A 2VVNA 2WMIB 1I75A 5C71A 2PB1A 4WSJA 4AZCB 4CN4A 3WH5A 4XZBA 1LG2A 1V08A 3QHNA 1EDGA 2VQUA 1B31A 4DWSC 1HVQA 3A6OA 5IHSA 3N17A 5AC4A 1DTUA 1UD6A 2OYKA 1WDPA 5DFAA 3OGRA 3VIHA 4AISA 1WZAA 1G01A 5BXPA 2CBJA 2FGZA 4UQEA 2PBOA 4LYRA 3WDJA 3CZJA 3CHDA 4JKKA 3KL0A 1VFUA 2ZXAA 1MW2A 2QMJA 2IXUA 1TFVA 3VM7A 1G1YA 4J3UA 1WNOA 3IJ7A 1LG1A 1ODZA 5D9PA 3VM5A 4ACZA 2V38A 3GBEA 1P6WA 5D4YA 4D6EA 1EH9A 1LJYA 3LPPA 3WD2A 2G3JA 2UY4A 2O9TA 1WZKA 1R7OA 4GO9A 1S46A 4W7UA 1PIGA 3LPOA 5BXRA 3N1AA 3ZJ8A 2DIEA 3VNZA 3RM4A 3ZMRA 1OIFA 1CEOA 3A3HA 1VBRA 4W7VA 2YDSA 3KL3A 3BGAA 4MPKA 1W1YA 4P7RA 1DWAM 1H3GA 3RM9A 1KQZA 3DYMA 3LPFA 1HKIA 4UTFA 1YHTA 3SCOA 1C8YA 3AIVA 3UG4A 4DWSA 1UYQA 4B3KA 3WBEA 5KEZA 4B16A 1EO7A 2J4GA 1SYTA 3MUZ1 4LPCA 2YL5A 1C7SA 1BYDA 3EDDA 1WAWA 1JYXA 5CPTA 4JHOA 5FL0A 4WIWA 2EJ1A 3KZSA 2X05A 2O9RA 3MUY1 3ALFA 2E8YA 4AWEA 4UFKA 1V3IA 2YDRA 2ZOXA 1I1WA 2D1ZA 3W6LA 4MB5A 4FLSA 2CETA 4E4PA 2Y8KA 2DT2A 3A47A 3PTQA 1BG4A 4ACYA 1ISXA 2WMFA 1QVBA 3VIKA 4X0VA 1XCXA 4W86A 2WW5A 4EK7A 4XB3A 3W29A 3HU7A 4AEFA 1Q6DA 4PYSA 1ISYA 3AS2A 3M46A 3VGGA 3AXXA 1VRXA 1B3VA 3TTQA 1UWIA 5TD4A 1E3XA 2CHOA 2VO5A 3A4WA 3U5YA 5ABHA 2WSKA 3MV01 4AZ5A 3ARYA 5CZKA 2VCCA 1KR1A 1XH1A 4HMCA 3W81A 4UOZA 3F5KA 2B31A 5EBAA 3VILA 3AMDA 1V02E 1QHPA 3L4WA 3FAWA 3WF2A 1CWYA 3A4XA 1C90A 4JHZA 3KL5A 6TAAA 4P8XA 2D0HA 3QR3A 2UY5A 1PBGA 2D20A 4FLOA 4QP0A 3NIYA 3K4DA 3T09A 1V3MA 5A2BA 1HKMA 3NSXA 2V5CA 4PMUA 4TTGA 3CPUA 4C7GA 3UR8A 1NP2A 2DDXA 3BSHA 1MQQA 3WD3A 1CLVA 1H5VA 3RIKA 4P7QA 4CN1A 1NWRA 4AD4A 2VVSA 3GNRA 5FOOA 2VQTA 2X0YA 1H2JA 3MMWA 4TVCA 5I78A 3CUFA 1W3HA 2Z1KA 1CZ1A 1ZS2A 1H11A 3UEQA 3UG3A 1MVYA 3AIWA 1AQMA 1GJUA 4PMQA 2BS9A 1ZBCA 4HMEA 4PUEA 3WUGA 1KFWA 3PN8A 4U5KA 2VR4A 1VBUA 3J7HA 4CU7A 1E4IA 1OT2A 1PAMA 2OYLA 3I3BA 2E0PA 5M03A 1AQHA 4U33A 1Q6EA 1UZ4A 1J12A 1VFOA 3K8LA 1X6LA 4JIEA 4FF5A 2PF0A 3WDPP 4OIFA 3WF3A 2VZSA 3D5HA 3THCA 5JIWA 1OWQA 1ITCA 3VIFA 1A3HA 2WMHA 1UH2A 3CHCA 4MB4A 4B9YA 3GNOA 4DUVA 4UFMA 5I79A 5AY7A 1GNXA 1CTNA 2WZHA 1UQYA 1GOMA 4H04A 4KRTA 2E3ZA 1JYVA 5A3HA 2ZXDA 3AYSA 2CKRA 1ZBKA 4PBGA 2JEQA 4MNKA 3NCOA 3ARZA 1XD1A 3IAQA 3KEHA 3N18A 2VI0A 2ZUWA 3F5JA 3II1A 1CECA 1QBAA 3WNKA 1XH0A 4PMVA 4UOQA 2GJRA 4RE2A 3VX1A 3VIOA 5I24A 3WIJA 5JBEA 2A3CA 1UD2A 1OSEA 3WEZA 5AYIA 1GQIA 5IDIA 4AZIA 2DSKA 2RGLA 5BWFA 1E3ZA 5CSYA 1WKYA 4YHEA 1JFHA 2XIBA 2YA1A 2GJXB 3AIBA 1K9DA 2DSUA 5M3WA 1HVXA 1Q6FA 1UKOA 1JZ6A 2O92A 4W87A 2YL9A 5E09A 2EPOA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1WP6 A;  3WEN A;  4W88 A;  3VD5 A;  2VT0 A;  3VVG A;  3GBD A;  4BCE A;  4N42 A;  1HJX A;  3SCT A;  3SEP A;  3OLD A;  1NOW A;  4UZS A;  3FND A;  1K9F A;  4PCS A;  3OB8 A;  4Z2G A;  3HMC A;  2DH2 A;  2CBI A;  3U7B A;  5I6S A;  1UWT A;  5DF0 A;  5E0F A;  2CIP A;  1QNS A;  3E1F 1;  1OIN A;  3WF4 A;  1ZL1 A;  4J3S A;  2W62 A;  2E9B A;  3CO4 A;  2NT1 A;  1E6N A;  4AIE A;  2PWD A;  5FCZ A;  3N13 A;  5A8P A;  4CU6 A;  1FH9 A;  4N0R A;  1HJW A;  2XFR A;  2YJQ A;  3MO4 A;  3SUS A;  1IT0 A;  3ZIZ A;  5A6M A;  4AD5 A;  2D0F A;  3U57 A;  1VFF A;  2NT0 A;  2G8Z A;  4KWU A;  4GQR A;  3RPM A;  5KZ6 A;  3VPL A;  2ZUU A;  1WDR A;  1UZ1 A;  1B3Y A;  5IHR A;  1GZJ A;  2XJ7 A;  4QCE A;  2CYG A;  1JZ3 A;  4F9J A;  3WDR A;  4PMY A;  1FP8 A;  5IFP A;  2WAG A;  1NM9 A;  2XFY A;  2WVT A;  2J7B A;  1DWI M;  4PMO A;  3NUK A;  4QCF A;  5AYB A;  4Z2L A;  1E5N A;  1MXD A;  4JKM A;  2FHC A;  5CLW A;  5HDR A;  3BLP X;  1GVI A;  4HA4 A;  3BLK A;  4L4P A;  5HBF A;  1CDG A;  3WH7 A;  4A3H A;  2EPM X;  1E72 M;  1UUQ A;  3JUG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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