5I3G | Genus

Total Genus 94

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	94
sequence length	249
structure length	249
Chain Sequence	SKPQPIAAANWKCNGSQQSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAIAKSGAFTGEVSLPILKDFGVNWIVLGHSERRAYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAAGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFAVGGASLKPEFVDIIKATQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
molecule keywords	Triosephosphate isomerase, glycosomal
publication title	Structure-Function Studies of Hydrophobic Residues That Clamp a Basic Glutamate Side Chain during Catalysis by Triosephosphate Isomerase. pubmed doi rcsb
source organism	Trypanosoma brucei brucei
total genus	94
structure length	249
sequence length	249
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2016-02-10

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	5i3gA00

1LM1A 4YXGA 2YFNA 4LVGA 3G1AA 3ZS4A 3STGA 3NQCA 1WYIA 2C14A 4PEKA 1GTEA 3DBPA 2QCGA 5TIMA 1VLWA 2ZZ7A 4UMCA 3M7WA 3NPVA 4S1FA 1HFBA 5H91A 1BWLA 4O10A 1YDVA 3SJ3A 3O15A 4OQVA 3N73A 4UNKA 2H3DA 4HNNA 1VZWA 3VCRA 3C2VA 3UXDA 4JTJA 1ICSA 3S8HA 3TR2A 4N9CA 1KBJA 4ZQCA 1WDWA 2EKCA 2J6XA 3SI9A 4TIMA 1KV5A 2C16A 2FQIA 1JJKA 1XUZA 4X22A 3QSTA 2B0MA 5K4XA 3IIOA 1YLVA 1JULA 1Z42A 4UXDA 3B0VC 2V9DA 1PIIA 1ME8A 5H2ZA 3S5ZA 3YPIA 4RJEA 2RH9A 3GAKA 2F84A 3QZEA 3TQKA 3W70A 3L2IA 3TIMA 4Q4KA 2DZSA 2ZDRA 2H6RA 1OX5A 2V2DA 3EXSA 2Y7FA 3A22A 4MLRA 2Y89A 5D2YA 1WBHA 3IIVA 1XI3A 3CQ0A 1YTEA 5A8GA 3BGGA 3AJXA 1QOQA 3O6DA 1H7PA 3NL5A 1RQBA 5E93A 3E96A 5D05A 2X30A 2BZNA 5HUOA 3DFSA 4GUHA 3G1YA 4X9SA 4O1CA 1LBMA 3GKFA 1H61A 4NNCA 3P84A 2A7PA 3TW6A 1H1ZA 4N6FA 1BEUA 5IBXA 4MZYA 3VI2A 1OYCA 3NPWA 1YXDA 3O1NA 4MPQA 4UTHA 1D9EA 2HS8A 1SUXA 3FS2A 1ONRA 1JVNA 4O50A 1ZCOA 4MUZA 1QNVA 2C19A 3L0GA 4FNPA 1T99A 2E5DA 4OU1A 4Y90A 3RLUA 4JTIA 3BGJA 3ANYA 2HTMA 1LDCA 3DENA 3P5YA 4FO4A 4GC4A 3THQA 3NNTA 4FNSA 3LI1A 3QW3A 5I3KA 1ZNNA 3PB0A 3CB8A 4RR4A 2X1RA 2RDWA 1Q3NA 3DFNA 3KVJA 5DELA 3G24A 4UFIA 1I2NA 2GJNA 1HL2A 1WOBA 4GBUA 3S1UA 5K3VA 4JGDA 2B7PA 4LS1A 2QEZA 1HTIA 5IM51 1W3IA 3FYPA 3LCGA 1RVGA 5FEWA 4NJKA 1RPXA 2Z1BA 3MI6A 1QPQA 3PBVA 1ICQA 3B04A 3S42A 5D38A 5I3HA 3DKLA 4UFLA 2FPTA 2CZEA 4IXHA 2P10A 4LV4A 3DI1A 4HPXA 1TPC1 2JGQA 2PC4A 1KFBA 1YXYA 4O15A 1DKWA 3CTLA 3W1RA 5HWMA 5AC7A 1GT8A 5LGXA 4UMBA 3PVFA 1W8SA 3DZ1A 4TMBA 2YYTA 5C5YA 3L5AA 3C52A 5F2LA 3TCEA 3SSJA 3W7CA 1Z41A 5AHIA 4IX2A 3QYQA 3W7KA 1YTKA 4Z1DA 3R5EA 4PH6A 2XN1A 3W7MA 4N02A 3L67A 3NXFA 1SZFA 5E0KA 1QPNA 3FIGA 3IRDA 3NOEA 1IXPA 3UWZA 1P0KA 4WY0B 3W7OA 3M41A 1SSGA 4Q32A 3EX4A 3NZRA 3NVTA 4ORIA 3O6YX 2R94A 1B57A 2JKEA 3G1DA 3NGJA 3EX6A 4WUIA 2DU2A 1X6UA 4YCOA 4BI5A 2Y63A 3LLDA 1TRDA 4MVAA 1G69A 1YDOA 1WX0A 2DJLA 1AW5A 1KM6A 1B4KA 1H62A 4PODA 4UFMA 2E5BA 2ZRZA 2ZBTA 3I7QA 4ZQPA 2VFEA 2BXVA 3HOJA 4Y9AA 3LHVA 2NUYA 4UTMA 3OA3A 2C18A 5LHFA 4MZ1A 3AO0A 5CPMA 3TFXA 3W1MA 4R7JA 2Y62A 3E49A 3MP5A 2DZVA 3TQ0A 5U7SA 4J9JA 4N9DA 3RK8A 3UWYA 3TA6A 1LOSA 1YTDA 2BLEA 1VRDA 5G2WA 4MYXA 3HMJG 4Y6GA 4ONVA 3N9SA 2NXIA 3FYOA 2E6YA 3JR2A 3LCXA 4S2CA 4HT3A 2Y7EA 4AEOA 4GUJA 1UUOA 2BSLA 3Q58A 3C8FA 2V5LA 3H53A 1VCGA 2FIQA 4ML9A 4TR9A 1TPWA 1E51A 3MBFA 2PRMA 4FB7A 4LS0A 2BWGA 5C6MA 5AHMA 5HMSA 5F2MA 1W5MA 5LNUA 4O0KA 3QEZA 1O5XA 5KZMA 4MFEA 3SECA 1YPIA 2I14A 3UPWA 2DZUA 2G96A 3M6YA 1HO4A 3CEPA 3TH6A 1K8YA 2CLOA 4DF1A 3NA8A 1MZHA 1FWWA 3NQ6A 4K39A 1TO3A 3GVGA 3VKJA 1HUVA 3EWWA 1FXPA 2G97A 3TU9A 5BRBA 4YCPA 3PC0A 3VE7A 1OYBA 3IEBA 2QUTA 3CPRA 1KM5A 3STCA 5HINA 4UCGA 3IVSA 2Y88A 1J2WA 4HN4A 1Z48A 3PAJA 2YFOA 6TIMA 4QNEA 2CLMA 3P74A 3BVJA 3OHIA 1VYPX 4OE7A 4ZMGA 1F5ZA 2E5CA 3DFQA 3G8EA 3D0CA 4B5NA 3EKZA 3EWZA 2NV2A 2DJXA 3BLEA 4K6AA 1LP6A 4ADSA 2WKJA 3PBYA 3GIYA 3OBKA 1S5TA 2WQPA 1OFRA 1OYAA 4IWWA 3W1UA 3TQVA 3MYPA 1EP3A 3ZR4A 1DV7A 1TTPA 3UPBA 3P8IA 4IJBA 2V81A 3W7NA 3S0CA 2OMAA 3W22A 1EP1A 1K02A 3TXZA 4JYEA 3LXBA 1WXJA 3GXTA 4DEFA 1SO4A 3W23A 5EBUA 3W1PA 2VELA 2X2GA 3EX2A 5CPLA 5G1TA 1JUEA 5BNKA 1S5VA 4N4QA 4XBKA 2YDAA 4DELA 2DORA 3UWUA 1Q6OA 1W5OA 3A21A 2VFDA 2E6FA 5KSWA 4Q33A 4ADUA 2YXGA 1X1OA 4HPJA 3NO5A 4M6VA 4NNAA 3QMTA 3LBCA 5AHFA 4AAJA 1WOAA 3MYOA 2QJHA 3HQ1A 4DPQA 3KXQA 3P7YA 1EP2A 2FLIA 5D2WA 5HNRA 5I3JA 3NQEA 2Q3OA 3LHTA 5EY5A 2GVGA 5L6UA 4FHAA 3TKFA 3W9ZA 2C6QA 3RMJA 2EPHA 3W88A 1K7EA 1SZNA 5EPDA 2JKPA 1M7OA 1QDSA 1TSIA 4NX0A 2WV8A 1A53A 4AB4A 4N9BA 4NZJA 4GRSA 4LRTA 1KLYA 1ML1A 3DKJA 3W07A 3QPYA 2TSYA 1BKSA 3EWBX 5AFDA 2YSWA 3BW4A 1H7XA 4HIBA 3NQGA 4KFOA 3NM1A 2ZYFA 5EYWA 4QNWA 3W84A 1TPVA 4LS2A 3PY2A 4IQLA 3S1WA 3BG3A 4MKNA 3C61A 2YZRA 4H3DA 1VYRA 1K8ZA 1LLZA 1JCJA 3F1QA 3ABQA 3LCLA 3DAQA 2QCCA 3QH2A 3TJLA 4PC8A 3TNOA 4JDYA 3RFAA 2UV8G 5K9XA 1KM4A 4TO8A 3PS7A 1A50A 1TV7A 3QRHA 4CQ8A 3USBA 3L5LA 4P2VA 4HNTA 2ZRWA 3CM4A 5CZTA 4UTUA 2B7OA 1TPB1 3O06A 5HWNA 4LVAA 3W7PA 2X1UA 2QR6A 3W2MA 1LLWA 4AVFA 4Z0JA 1RQEA 5CG7A 2ATMA 2GVLA 2ISSA 2GQAA 1H1YA 4K8HA 3C6CA 3G1HA 3TC7A 3KHJA 4JX6A 1AW1A 2VFHA 4MY8A 1GEQA 4BI7A 2YYUA 3HG2A 4ZQMA 1KM0A 3PUEA 3EXTA 2CU0A 4YLWA 1JUKA 4JX4A 1N55A 3KOFA 2H8XA 1WV2A 3PR2A 4EVZA 3ZWTA 5LHEA 4W9TA 1QO2A 3DI0A 3A24A 1AL7A 3NR0A 2OJPA 1OFAA 1T0OA 4RXFA 4X3ZA 3OVPA 1A5CA 3BLIA 3QPZA 4NJIA 4JTEA 3GDLA 4A3UA 2A4AA 5D2VA 5K4ZA 4FXSA 1KFLA 2A21A 4NVTA 3IIXA 1LORA 1IF2A 3GR8A 1B9BA 4FX6M 1RQHA 3UNDA 4NU7A 2D73A 1BTMA 4JTHA 1KTCA 3VE9A 1P1XA 3OVQA 3W2UA 1JRBA 3MJYA 4ZQNA 4JTSA 4JYFA 4NT0A 1H7WA 1OF6A 3MMTA 4LW7A 3DXIA 2JGYA 3I7SA 2FFCA 3G3DA 4KWWA 3BLFA 4DBEA 3P82A 3EX3A 4O1BA 4K8EA 1JUBA 3E12A 4C1KA 2CZFA 3M9YA 3DFPA 1PHWA 4O18A 1QPRA 2ISVA 3I65A 1V7YA 3JRKA 5LKYA 2OX1A 1ADOA 1UBSA 3NM3A 4OV9A 3JS3A 4GFSA 4JIQA 4M6PA 1EB3A 3MBDA 3LRLA 4A2RA 5KTLA 4I7VA 3HB9A 4JICA 3C2FA 3NQAA 5BMXA 4UUIA 3HG3A 1I2RA 5F2IA 3TSBA 1EA0A 1AK5A 1D3GA 5F4XA 2A85A 3SZ8A 5HR7A 3W76A 1G4EA 5G4EA 2VFIA 4OV4A 3TMQA 3LDVA 1EWDA 4RZ6A 3W2LA 4A29A 4Y8FA 1I4NA 3HGSA 1XDLA 1QO5A 1TTIA 1H7RA 1TTJA 3R13A 3H55A 3W2JA 4NJJA 1FQ0A 1TTQA 3W7LA 3KAOA 5LNVA 1FWRA 2ZTKA 4BF9A 3ELFA 3INPA 4WY0A 4UIOA 4UNLA 2NUWA 3QC3A 3S9YA 1W54A 1I2PA 3IIZA 1MO0A 1R46A 3S5OA 2BTMA 3IVTA 2CZDA 3ATZA 2OT1A 2QCLA 3UWQA 4CLMA 5GVJA 5FI8A 5CSRA 1G4SA 2Q3RA 1W5PA 3QM3A 2A5HA 4MY1A 2A7RA 2QDGA 3L65A 5DCEA 1BWKA 1IGSA 1XFBA 3E9AA 4RZ5A 4DPPA 1GYNA 7TIMA 1V5XA 3TROA 4E0CA 2ZRVA 1DQWA 2RDTA 2C13A 3P81A 4ICNA 1LRQA 4IMDA 1C9DA 3O07A 1G67A 5D02A 3C56A 1GYLA 1YYAA 1G4TA 1PCKA 5HULA 3W86A 3W3OA 1QMLA 1L6WA 4FIQA 5AYZA 3W1NA 2X16A 4IMGA 4IMFA 5MHBA 5AHLA 3N2MA 1PHQA 3G18A 3GX9A 3LCWA 3N9RA 3NPUA 1GVQA 3MI2A 1NVMA 3L21A 1S5WA 4IPJA 1FUYA 2WNZA 2QDHA 3LHYA 1EX5A 2I1OA 2J88A 3W2KA 4K7VA 4XKYB 4LOCA 3HGJA 2Z2UA 3DH7A 1QAPA 3WK3A 5FEPA 4EF9A 2NUXA 4JTGA 1ZAIA 3B0PA 4EOUA 1W0MA 4FIRA 5F2GA 4RZ4A 1W3NA 2ABAA 3LBMA 4PL2A 5HJLA 3H54A 4PTNA 3LV6A 4CCCA 4LWWA 3WJYA 3KRZA 2AQWA 3O63A 4O4VA 3WK1A 4UTIA 1XCFA 4NZFA 3K30A 3C4UA 1NFBA 5D37A 3TFCA 2XFWA 1DHPA 1FDZA 2YW3A 4IXXA 1FDJA 3Q2DA 4HSOA 1R47A 5F4SA 4XQ6A 1ZENA 4K36A 2O7SA 4CQ9A 2J9ZA 3B03A 1RV8A 4NNBA 2VEIA 2EHHA 1W1ZA 3W2NA 1OK4A 2JBMA 3O8AA 3HGRA 4KFNA 1QOPA 4O0ZA 3T44A 1GVFA 5LNSA 4KKXA 2GUUA 3TMLA 3EWYA 3V1PA 2QKFA 4OT7A 3W72A 5ABTA 5DN1A 4N6EA 4S2BA 5K9DA 4JN6A 4M7TA 1SW3A 2GQ9A 3QMSA 3TC6A 3M5YA 2Z0IA 4CQAA 3HGOA 4OWGA 4GJ1A 4GE8A 3GB6A 3QMRA 3NQDA 1JCNA 3MW7A 5DBUA 2WSRA 2WPBA 3NQFA 1R2SA 1XUUA 4GXMA 2IQTA 2OCZA 1SO3A 3U6WA 3ABSA 4JY8A 1WA3A 2PRLA 4UR8A 3LTYA 3W7EA 4LY8A 4BR1A 1XBVA 4FX8A 4A21A 2QUUA 4N4PA 4WXYA 4DF2A 1JCXA 3R12A 3P61A 4UFKA 4O54A 5AYYA 4YWIA 1RD5A 3W73A 1LROA 2B4GA 1H7NA 3TAOA 4JDBA 2NWSA 4LT9A 1OFQA 3BV4A 1J4EA 1F2JA 4PA8A 1FWSA 4POCA 4LTSA 4TX9A 4LU0A 3GYEA 1S3HA 3TDFA 5FF7A 3EKLA 3TXVA 1OFDA 2J24A 3A5FA 4CNPA 1B4EA 2QAPA 3PUDA 2CWNA 5D04C 4XUGA 2FDSA 4JY9A 3CIWA 2H90A 3G0XA 3LGEA 1JR1A 6ALDA 1QFEA 1O5KA 4FNTA 2Q8LA 1ME9A 5BW6A 4UTTA 4O1AA 4Z1AA 5EKYA 3GR7A 3WJWA 4IMEA 4HSNA 2RFGA 3I7RA 2CLEA 4PFMA 1D3HA 3R2GA 1U83A 2W6RA 2WNNA 4R34A 4U4MA 4GWEA 1MEWA 1O60A 5D09A 1FBAA 1FWTA 2CLHA 3STEA 5D03A 5AC8A 1F76A 2CZ5A 2A7NA 1VCVA 1F05A 2QCDB 2Y7DA 4K37A 2V2HA 4GUFA 4XZ9A 2AAMA 1AG1O 1K7FA 3UYCA 3M5XA 5KZEA 2VFGA 1CX9A 3C2EA 1X1ZA 2VEMA 4RK8A 2YW4A 3O05A 1W5NA 4O12A 3W7GA 3WJZA 1F6PA 4O19A 1JCMP 2GJLA 5A5WA 3NEVA 3P60A 5K7JA 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2F7FA 4IUOA 1F74A 2AGKA 1F7BA 4WD0A 4LV9A 1VPXA 3SGUA 4BI6A 4FX7A 2OT0A 2ALDA 1KFCA 3MI3A 4QJ1A 2NWRA 1R2TA 4AHQA 1KW1A 2TYSA 3BK0A 3L9CA 5CPNA 3LXAA 1FXQA 2E09A 1NF0A 1C29A 1EUAA 5C2XA 1UASA 3CC1A 1KTBA 3FKKA 4BWLA 2VKZG 3C3NA 1CI1A 4DO5A 1TPUA 3SIZA 4ZZ9A 3UWWA 1WQ5A 3P67A 1OFOA 4PCFA 3M44A 3N2XA 2OZ0A 2NX1A 3HF3A 3TUUA 4GUIA 5DY2A 3SW6A 3B06A 2G5WA 2KZHA 1GVRA 3W1TA 2VEKA 4MLJA 3BPWA 1IXOA 2ZZ4A 2QCEA 5I3FA 3G1XA 5F4WA 2QJIA 4UTWA 2QCFA 5D2TA 1SFJA 5BMWA 3GXPA 3DGRA 4D2JA 1A5AA 5L9FA 1DJNA 1KBIA 3LRKA 1FX6A 1OX6A 2R14A 2ZRUA 4RX0A 3BG5A 1GWJA 4EWND 4E38A 1K3UA 3MP3A 3O6CA 1DL3A 5KMYA 4JTTA 3RLVA 1MEIA 1QR7A 1N8FA 3PWAA 3NQ8A 1XM3A 2CLKA 3L68A 4XTIA 3QF0A 4WOQA 1GG0A 5F1VA 3ATYA 3LLFA 1NSJA 3MO7A 3DHFA 3NL3A 4LC8A 4L4MA 2W0UA 1RZMA 2XN0A 4A2SA 1SW0A 4WJEA 2V8ZA 2DZTA 3PG9A 2A6NA 2V5BA 1FY6A 2C1HA 4LVDA 2YPIA 4UC5A 4HNVA 1AW2A 4O17A 1KM3A 3I68A 5DLCA 4I9AA 4XTDA 4MY9A 3IVUA 4FNQA 3DFOA 2NV1A 3C2RA 4MIMA 3G1FA 3NQMA 4XKYA 2E6AA 3FFSA 4UFJA 2VEPA 4DF0A 3PM6A 1FDYA 4FF7A 5T26A 3UZ5A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5I3GA

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