5I3I | Genus

Total Genus 90

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	90
sequence length	249
structure length	249
Chain Sequence	SKPQPIAAANWKCNGSQQSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAIAKSGAFTGEVSLPILKDFGVNWIVLGHSERRAYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAAGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLVGGASLKPEFVDIIKATQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
molecule keywords	Triosephosphate isomerase, glycosomal
publication title	Structure-Function Studies of Hydrophobic Residues That Clamp a Basic Glutamate Side Chain during Catalysis by Triosephosphate Isomerase. pubmed doi rcsb
source organism	Trypanosoma brucei brucei
total genus	90
structure length	249
sequence length	249
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2016-02-10

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	5i3iA00

1MEIA 1F6KA 2ABAA 1J5TA 4MLJA 5L6UA 2WOQA 2CFFA 4GBUA 1OJXA 4EOUA 1DJNA 1SZGA 1TPB1 1NF0A 4O12A 2VEPA 5FEWA 5D03A 3HQ1A 5I3FA 2QAFA 4YXGA 4CQ9A 2YW3A 3KHJA 3CWOX 5D05A 2G95A 1PV8A 2QKFA 5EPDA 4JTLA 4OGZA 4FNQA 4Z1BA 3P80A 2ZZ7A 4FX8A 3W2JA 4K39A 3DFNA 1K7FA 3W9ZA 4ICNA 2A1YA 2V2CA 1RR2A 4N9CA 4O57A 2GVJA 3EEGA 5F4SA 2E5DA 2TSYA 4UIOA 3MI3A 2UV8G 5AC8A 5F2MA 3W3OA 3Q2DA 3QJAA 3QZEA 2BSLA 4PFMA 5HINA 4OBTA 3CLMA 5KZDA 1TQXA 3W7PA 1Q6RA 5A5WA 3W70A 2V5BA 2YFOA 5AHIA 1HO1A 3MP5A 3QQ1A 2A4AA 1PHQA 1IIGA 3CB8A 4O15A 1FQ0A 3LLFA 1MXSA 3H53A 3LCLA 4NU7A 1DQXA 4FIRA 2CLHA 4LS0A 1K8ZA 4LRTA 4K8HA 3DU0A 3F1QA 1TTPA 4NZFA 1W3NA 3WJYA 3OA3A 3BV4A 4KKXA 4MVAA 1FDYA 1JUBA 4ONVA 3MP4A 2WJZA 3L68A 3UZJA 2E1DA 1FCVA 1VH7A 1KTNA 2ZCGA 4QNEA 2FIQA 5C2XA 4UFLA 4PC8A 1H7XA 2NV1A 3G0UA 4OT7A 3O1NA 1LYXA 5DCBA 3P60A 5CG7A 1OYAA 3W1MA 2YGYA 4WJEA 3BLEA 3GXTA 4MY8A 4LY8A 3LHWA 4FX6M 5D2YA 1Q3NA 5FF0A 2X30A 5HQEA 3TSDA 1I4NA 4LT9A 2QCDB 3C2RA 3LTYA 4PL1A 1C29A 4BK9A 3E12A 3PBWA 5L9FA 3BG5A 1NFBA 3IRDA 1JRCA 1G7UA 1QCWA 3M5VA 1S5VA 2BXVA 3G3MA 4QIUA 1U83A 2NXGA 4AWSA 5AOUA 2FDSA 2QUVA 2VC6A 1C8VA 4XTDA 4LC6A 3LGEA 4DQWA 3L67A 1O5KA 5D38A 3I7SA 1L9WA 3PSWA 2Y61A 4ML9A 2QCEA 2B7NA 3FA5A 3W1XA 3MYOA 4YLWA 3B04A 3S6DA 3TJXA 3W71A 4I7WA 4ZQPA 4AHPA 4MUZA 2ZYFA 1ZAHA 2Z2UA 2V30A 1QNVA 4ADSA 3D0CA 4TIMA 2AAMA 2R8WA 4UUIA 3USBA 3NQGA 3HF3A 4Z0SA 2V82A 4NJIA 5AHEA 3P8IA 2ZZ3A 2J9YA 2OT1A 1ZFJA 4LVFA 3T55A 3E02A 1TB3A 1T8XA 4LV9A 5CSRA 2YZRA 1RD5A 1UJPA 5CPMA 5EY5A 2Y88A 3WFAA 3L0NA 3QH2A 1JCLA 1KM4A 3TSBA 4MYXA 1OX5A 1W54A 4O13A 4JYFA 1T99A 4NJHA 3O05A 1JVNA 5D37A 4AVFA 1VLWA 2C1HA 3FKRA 4IQLA 1G69A 2E09A 3GDLA 4U28A 2C19A 3GX9A 2GJNA 3SFKA 3B0VC 2J9ZA 2YXGA 3O6DA 5G4WA 1H7OA 4Z1AA 4EF8A 3W1RA 3B4UA 4NX0A 4WXZA 3LCIA 2ZZ2A 3TU9A 2CLEA 1GYLA 5D02A 1NSJA 4RXFA 3BK0A 3LBCA 3OHIA 1R2SA 4N9BA 4UTLA 2X2GA 3W1NA 4KFNA 2F84A 3TAKA 3GIYA 2YX0A 3DFOA 5G2HA 4UC5A 2HMCA 3KOFA 2BX7A 3TKFA 1SUXA 5H91A 1IF2A 1ZY9A 5HR6A 1G7VA 4GUJA 3PSVA 3L2IA 3C2VA 1SFLA 1TTQA 2NXHA 3TNOA 3G1VA 5BOOA 2A2IA 1F2JA 3S42A 1F76A 1PS9A 1H7PA 1YXYA 2RH9A 2ZA3A 1SO4A 2WNNA 1XXXA 3W76A 4DPPA 1S5WA 1XUZA 4BI5A 1VCFA 1WA3A 3IGSA 3KRUA 3S1UA 1J4EA 3I68A 3EX2A 1JCMP 4JTHA 5H2ZA 1W37A 1RVGA 2ZZ5A 4Z1DA 4TMBA 1O5XA 5LGZA 3B05A 1VCVA 3M6YA 4JXCA 3GNNA 4RK8A 4AH7A 1VYRA 1OFEA 2WNQA 7TIMA 2RHGA 5KZMA 3U6WA 1B4KA 2VFHA 3C2FA 5BRBA 4GUHA 3HB9A 2EHHA 1FUYA 1KW1A 3MWAA 3WJXA 1PL9A 2VFEA 2GQ8A 4K37A 3QW3A 4UCGA 3UNDA 5D04C 3FOKA 3JRKA 3GLCA 4NZJA 5CPNA 2G96A 4DF1A 2W6RA 2WO5A 3UWZA 4AF0A 3NPXA 3QFEA 1ONRA 2ZRWA 3PVFA 5C55A 1P4CA 3DZ1A 5AYXA 2VEMA 3THAA 1JUKA 3DHFA 4GRSA 3MJYA 1OFOA 4YCOA 3A9IA 4LVAA 2J27A 2ZZ6A 4NVTA 2VEKA 3W1QA 2NUXA 3G18A 1OX4B 3GB6A 4UXDA 1M6JA 3N2XA 4XQ6A 3LRMA 1LZOA 4O17A 3T4CA 3WK3A 2R91A 3HPSA 1W5NA 4IPJA 2Y70A 3M44A 5G5IA 3CWNA 3OIXA 3NZRA 3LRKA 4FEZA 2CZ5A 1X1ZA 3NZ1A 3C2OA 3M1ZA 2H8XA 2DZPA 5I3IA 3G24A 5FI8A 5KSWA 3EWXA 4CCCA 5I3GA 3PR2A 2X1UA 1B3OA 1AK5A 3CT7A 4GUIA 1EA0A 4IMDA 3G1AA 4Z08A 1NF7A 4FNTA 1TPC1 3TSMA 3W1PA 4RX0A 3DI0A 3W87A 4DBEA 3DH7A 1K8YA 4IOTA 2Q8LA 5AB3A 2QJIA 2Z6IA 2PC4A 3FIGA 1GZGA 3PBUA 2CLLA 4RLIA 1D9EA 4O1BA 1TPWA 1YTDA 1HUVA 4MLRA 5T26A 3R5EA 3HOJA 2VFDA 4N9DA 3L5MA 3RU6A 3NOEA 1H1ZA 1MO0A 4C1KA 1FCQA 3EWZA 3Q37A 4BR1A 1TCDA 3BG3A 3JR2A 4NNCA 4O4VA 4ADUA 1F74A 3K30A 5D2XA 2H8ZA 3OVRA 4KWWA 3T44A 1KBIA 4CLMA 2Y62A 2VENA 1MZHA 2JBMA 3ABRA 5U7SA 4N6EA 4NNAA 3LTPA 2WV8A 3C8FA 4A2RA 2B4GA 4UNLA 3VKJA 1VRDA 4LW7A 2GVLA 5F4XA 3AO0A 3PULA 2XN1A 1WQ5A 2J9XA 4FB7A 3BARA 1W1ZA 1JUEA 2YFNA 1QMLA 4ZQRA 5U4NA 1OVDA 2ISWA 1SU5A 3UYCA 1ME9A 1RQEA 4XKYB 1OF8A 2ZRVA 5CZ0A 1HFBA 3L21A 1XBXA 3SW6A 5AC7A 1IXPA 1F5ZA 5CPLA 3NPWA 4UFMA 3PG8A 3OVQA 1XDLA 2TMDA 4CQ8A 4JYEA 2PE4A 1Q45A 1TQJA 1LLWA 5C54A 2DZXA 2GQ9A 3MW7A 1DORA 2RDUA 1OABA 1THFD 2VFIA 4AB4A 4ZQOA 5AC6A 2EAWA 2TPSA 1SZFA 4NUWA 4E2BA 1G4TA 4JYDA 5HWMA 1B9BA 3N9RA 3THQA 3W2MA 1VHCA 1W5MA 5F2GA 1PIIA 1LLZA 1JCYA 3CM4A 1H5YA 5IBXA 3GDTA 1KM2A 2YDAA 1M5WA 2RDWA 3TE9A 1IXOA 4IX0A 3N9SA 3T40A 1WX0A 1W5QA 1N8FA 3BLFA 3KRZA 1F7BA 4O14A 1FY6A 4LUIA 3P67A 1XM3A 4N6FA 4HNNA 3PBVA 2A7PA 1UBSA 2DP3A 3QF0A 5IBXC 3TW7A 2ZBTA 5DBUA 4X22A 1EB3A 1ME8A 1ZAJA 2ZTJA 1Q6QA 1VC4A 3IVTA 3HGJA 4Q33A 4WUIA 4O53A 1F73A 3V75A 4TO8A 3LERA 1QWGA 4ADTA 2YW4A 1I2OA 4JIQA 3W73A 1A5CA 1WYIA 3QW4B 3HG3A 3TROA 4N4QA 1GTHA 4WX2A 1AW5A 2C14A 4N02A 1DQWA 1TREA 1OYBA 4OV9A 4M5PA 4WXYA 1BEUA 2NX3A 5TIMA 1X8FA 3MI2A 1YTEA 4GC4A 4OE7A 3E9AA 1Q6LA 4XWUA 1N7KA 4L4MA 2A0NA 3M5YA 3LOTA 2GUUA 4EWND 2DZTA 1EUNA 4A22A 2A6LA 4CNNA 2TRSA 4UFIA 2ZRYA 3DFPA 4HNTA 3CC1A 2ISSA 4EIVA 1A5SA 5IM51 2RKXA 3SY5A 3GDMA 4O50A 1X7FA 5EKYA 1D3HA 3FYOA 4AAJA 1ICPA 3HJZA 3NQ7A 3W7KA 4MKNA 4HT3A 1FCBA 1BTMA 3SECA 2DZSA 1R2TA 3H55A 4XUGA 2V5LA 2QF7A 2PCQA 1PE1A 4GWEA 3LHVA 3G1XA 2C6QA 1KFBA 4ZMGA 2CZFA 1GVSA 3HMJG 3GNDA 2C0AA 3W7GA 4UTWA 4GNJA 3L0GA 3G1DA 3UPBA 1XCFA 2ZA1A 1K7EA 2WNZA 4JTJA 2ZRXA 5DXXA 1K3UA 4M6PA 1GVRA 1I2PA 3P74A 5DY3A 3UD6A 4UTWC 1FWTA 3EXSA 3HGOA 3NNTA 3QPYA 3TK7A 2R94A 1KFCA 3VE7A 3W1TA 3ATZA 4JGDA 3R2GA 4UTIA 4ORIA 3N73A 5CZJA 1LDCA 2YYUA 3MHFA 1VR6A 3E96A 3DXIA 1VJIA 2B7PA 4JTFA 5D2WA 1VGAA 3RNDA 1DJQA 3S5ZA 3F4NA 1CW2A 4IPIA 3M9YA 1V7YA 1EIXA 1K7XA 4FNRA 4K8EA 1H60A 1GG1A 6ALDA 3LCGA 5DCDA 3TCEA 1JQXA 3N34A 8TIMA 1LCOA 3WK0A 4CNOA 3W7OA 2CU0A 4NJKA 1OFPA 4MZ8A 4O52A 3DFQA 3IIZA 1OF6A 2YR1A 1ADOA 1SR9A 1X6UA 4KFPA 3QM3A 3S5OA 3G8RA 5DLCA 2V2DA 4O19A 4JDYA 3L9CA 4O8RA 3R12A 4PA8A 3QC3A 3FKKA 2QJGA 3NQ8A 3W74A 4JTEA 3C0JA 1BWKA 2FB3A 3W23A 3O63A 2J6XA 4YL2A 2ATSA 2PURA 3TQVA 3A23A 5AHLA 3G1HA 4WY0A 3BVJA 1JCNA 4P61A 2RDTA 3FYPA 5GVJA 2IQTA 4QQ3A 1SO3A 1RQHA 5HWJA 4PL2A 1GWJA 3TQ0A 1SFJA 1EEPA 1P1XA 1XI3A 3DAQA 1TPFA 5HUOA 1EPXA 2P1FA 3W7CA 1MEHA 1OK4A 2X16A 3BGJA 4LVDA 1RV8A 4FXSA 5E93A 5HJLA 1J2WA 1GTEA 3P8JA 1O4UA 3P5ZA 3W7RA 4S2BA 3AJXA 4UTTA 5K7JA 3O06A 1H61A 3LCHA 2H6RA 3GK0A 3SIZA 1TRIA 4JTGA 3TW6A 2XN0A 1BKSA 2CLOA 4QJ1A 4I9AA 4QITA 2CLKA 4PH6A 3I65A 4ZQMA 3CEUA 4O28A 1SW3A 4K38A 1R30A 4L4LA 1DBTA 2ATMA 3SJ3A 5KITA 2B0MA 4X2RA 2LLEA 1IGSA 2NX1A 1FDZA 3TH6A 2ZTKA 1KA9F 1U5JA 4HSNA 1VZWA 4JX4A 1ZAIA 5FF7A 5AHFA 1LROA 1H51A 3U8GA 2I14A 4O10A 2NV2A 3NQMA 5KZEA 1W3IA 4AHQA 4TU1A 2Y7GA 1KV5A 4MY9A 4JTSA 4IXXA 4O1AA 4DXVA 3E49A 3VNDA 3ZWTA 1OFDA 4CNPA 4IMEA 1HO4A 2QCFA 2FQIA 2QDHA 2ZZ4A 4DELA 1QOPA 3MP3A 3NL6A 2TYSA 3M16A 5F4WA 2J88A 3EWBX 3EWUA 4POCA 4MZYA 2A7RA 3W2KA 3QEZA 4FNSA 3GXNA 3W7MA 3P62A 1PHWA 3S9YA 2NWRA 4LTSA 3NQDA 3G1FA 4EVZA 2QCLA 4JNMA 3TIMA 3NQEA 2ZRUA 3L66A 4UMBA 4YWIA 1JR1A 4MYAA 3P5YA 2BTMA 3QSTA 3W7HA 3QSRA 4M19A 3RLVA 3A5VA 1H63A 4UFJA 2AQWA 5FF2A 1QOQA 2GVGA 4FNUA 1N55A 4FXRA 3EXTA 2ZRZA 3M43A 1YDVA 1DVJA 3RK8A 1JCJA 4IXHA 3LXAA 1LRQA 3VI2A 2PRHA 1P0NA 1H7RA 4ZVJA 4D2JA 2QUTA 1FXPA 3IGXA 2WSRA 1XBZA 2OT0A 5AHNA 2XN2A 1Q6OA 5I3JA 1HL2A 4HPJA 4O0ZA 5F1UA 1GVQA 3VE9A 1MSSA 4MJZA 4WQ6A 3CU2A 5AYZA 4LOCA 4HKPA 2VFGA 4FX7A 5I3HA 4JR5A 3TC7A 2WQPA 3GZ3A 1TPDA 1YYAA 2VKZG 3LRLA 4WZHA 1EWDA 2CZEA 3ATYA 4M7SA 3L5LA 4AWUA 1GVOA 3GAKA 1QPQA 3GKAA 1M7OA 2FPYA 5K2ZA 3FFSA 1CI1A 2BZNA 3LDVA 4LRSA 5K9DA 1EWEA 1NEYA 4DF0A 4HSOA 4FIQA 1ZNNA 3IV3A 4PODA 5HNRA 2QR6A 3TDFA 3HO8A 1S3HA 1TPH1 3LI1A 4KWVA 1R47A 2PRLA 2P10A 3UPWA 1LOSA 1OHLA 4QM1A 3P7YA 3PB0A 1KV8A 4Y6GA 1B4EA 2QEZA 4GUGA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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5I3IA

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