5IBXC

1.65 angstrom crystal structure of triosephosphate isomerase (tim) from streptococcus pneumoniae
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
250
structure length
250
Chain Sequence
SRKPFIAGNWKMNKNPEEAKAFVEAVASKLPSSDLVEAGIAAPALDLTTVLAVAKGSNLKVAAQNCYFENAGAFTGETSPQVLKEIGTDYVVIGHSERRDYFHETDEDINKKAKAIFANGMLPIICCGESLETYEAGKAAEFVGAQVSAALAGLTAEQVAASVIAYEPIWAIGTGKSASQDDAQKMCKVVRDVVAADFGQEVADKVRVQYGGSVKPENVASYMACPDVDGALVGGASLEAESFLALLDFV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
molecule keywords Triosephosphate isomerase
publication title 1.65 Angstrom Crystal Structure of Triosephosphate Isomerase (TIM) from Streptococcus pneumoniae
rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae serotype 2 (strain d39 / nctc 7466)
total genus 89
structure length 250
sequence length 250
chains with identical sequence F, G
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2016-02-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5ibxC00
1WX0A 3LDVA 1KTCA 1IXNA 1VS1A 1F73A 3WJXA 3G3MA 3VCRA 3KVKA 1BWKA 3A22A 3O6DA 2WO5A 1MEWA 2QCCA 3ABRA 3L68A 5D05A 3S42A 1OF8A 3G3DA 4N4PA 3W2NA 2GOUA 2QJHA 1GOXA 5HUPA 3G8RA 1K8ZA 1XL9A 3C52A 5CZ0A 4U28A 3VNDA 3E0IA 4IPIA 5EYWA 5BRBA 4N9EA 2GVGA 4X2RA 1ME9A 1EX5A 3HPSA 3EX4A 1TPVA 1BEUA 1F7BA 1H63A 5CPOA 4NX5A 3S1UA 3MBDA 3QRHA 1W5PA 5AHMA 4FO4A 4ZQMA 4EF9A 4MYXA 1DJNA 4OE7A 2R8WA 4IMFA 2WQPA 3ABOA 2A21A 2NWRA 4PFMA 3UWWA 4KWWA 3TXZA 4WOQA 1P0NA 5LHEA 1IGSA 5IBXA 4AAJA 4FIRA 5FI8A 2Y7EA 1O60A 1ZCOA 3BGGA 1UBSA 2DORA 4MFEA 2R94A 1SO4A 1VGAA 3QZEA 1LRNA 1S5TA 2VFDA 4M5PA 1PS9A 4ZZ9A 1H1YA 2QAFA 4GUJA 4GBUA 4O14A 1MZHA 4JN6A 3WJWA 4LS1A 4UMBA 4ORIA 1TMHA 3GXTA 4LWWA 5H2ZA 1I2RA 3OBKA 2QCLA 5EL1A 6TIMA 2NLIA 2NUWA 3V1PA 4FNSA 3LB0A 4CLMA 4S2BA 3TH6A 1EA0A 5IBXC 2C13A 4OV9A 1JUKA 3W7NA 5FF3A 4WD0A 2B7PA 2QJGA 4JNMA 4NUWA 1W3NA 4JTKA 1YTDA 2BXVA 4JDBA 3TIMA 3PAJA 1H5YA 4JTFA 3NQDA 1SUXA 2I1OA 3L67A 3TCEA 1JQXA 4GE8A 1G4TA 2EGZA 3G1DA 5CZTA 2P0OA 5HR7A 1U83A 3CIWA 5G5IA 3NYZA 1NF0A 4AMAA 2DJXA 2FIQA 2E6AA 3TR2A 4I7WA 2NUYA 5I3GA 1W0MA 3B05A 3N9RA 3C2FA 2TRSA 4PTNA 3R2GA 3P60A 2VEIA 3MYPA 1F6KA 4W9TA 3G0UA 4YMZA 3NZ1A 2A7PA 1SO5A 2QUUA 5HMSA 1H7WA 3W70A 1QPQA 4N9CA 3LHWA 1GQNA 4IMGA 4M7TA 4XWUA 3RF9A 3TW7A 1B57A 2A85A 5FF2A 4O53A 5D2YA 4LT9A 3FA5A 4AEOA 3BLEA 3DKLA 3ELFA 2R14A 3LRKA 4M6PA 1J2WA 4OHQA 3O05A 5F2IA 1H7XA 1SQ7A 3SGZA 4O0KA 2WV8A 1SW0A 3PBYA 2QCDA 2CFFA 4KFNA 2DZPA 4FX7A 2QCHA 2ZA2A 5DBTA 3O1NA 1J4EA 4JTJA 3M44A 3G1AA 1G4PA 3H54A 3NEVA 5AYXA 4WOZA 4BI5A 4RJEA 4UTWA 4Y9AA 2YW4A 3GR7A 3FS2A 3Q94A 3T78A 5DXYA 2V9DA 3QMSA 1OFOA 1K7EA 4DF0A 2ZFAA 2JK2A 4IOTA 4OV4A 2Z0IA 3R89A 3W9ZA 4IGHA 3NL6A 1YDOA 2ISVA 4WY0A 3TK7A 3UWYA 1X7FA 3T55A 1ZAIA 1C29A 1XKYA 2CWNA 3G1VA 5D02A 3EWWA 4M19A 3I7RA 4LW7A 5CPMA 1H62A 4S2CA 4UR8A 1L2UA 1TPEA 4A29A 1ZHAA 1XXXA 3FEMA 4TO8A 3O15A 3FKKA 3NQFA 2RDUA 2P1FA 5F1UA 4GC4A 3T4CA 4UTWC 2CZ5A 4A3UA 1OK4A 4JD4A 1LTDA 3R5EA 3K30A 3O07A 3OEXA 4IXHA 3P62A 4X9SA 2CLIA 3SJ3A 2B0MA 2QAPA 3A5FA 3QMTA 3LERA 3UWVA 2NX1A 1ICQA 2YGYA 3NQ8A 1H7RA 5HUOA 2GPTA 2V30A 2ZZ1A 5FF7A 3W1PA 4WUIA 4HN4A 2J6XA 1K3UA 1KLYA 4NZFA 1VZWA 5D03A 5AHFA 1FXPA 4XBKA 3M43A 3N19B 3C56A 4IJBA 3B0UX 2ZZ4A 1VYSX 3S5ZA 5KINA 3LCGA 3M9YA 1W8SA 3EKLA 3L5LA 4UCGA 3S5OA 5IM51 3W2UA 1QOQA 3TSMA 1SZNA 3GAKA 2ZCGA 3B03A 3NL2A 5DCDA 4FX6M 3EWZA 3NDOA 4LOCA 5D38A 4XBSA 3S8HA 4Q4KA 1A50A 5I3IA 2QEZA 3TQ0A 1E51A 4JX6A 4PEKA 1HFBA 1A5BA 3V75A 3BVJA 2UV8G 1KM1A 3DU0A 3P61A 4QM1A 1XCFA 1GZGA 1KM5A 4TIMA 4DO5A 4JTIA 1TREA 3CHVA 4FIQA 3FYPA 1T96A 3MP3A 5CKSA 1AW2A 1DL3A 3PBVA 1FCVA 3TJXA 3W7HA 4TU1A 5KZMA 3W1NA 3N14A 4UFMA 2DZSA 3TW6A 3VFLA 5K2ZA 5TIMA 1W3IA 3HF3A 2V82A 2R91A 2ZDRA 3W1MA 3UPWA 1JCNA 2C6QA 3PSVA 1MSSA 3GAYA 4CQ8A 2V2DA 1QCWA 3CWOX 5GVJA 3L5AA 5C5YA 1YPIA 1GJPA 3ZWTA 1A5SA 1K8XA 1ZY9A 4KFPA 3L0NA 5KZEA 1TQJA 4ADTA 5DELA 1VCFA 2ALDA 3OA3A 3KVMA 2YPIA 3SGUA 3SR7A 1TPC1 1QOPA 2NV1A 1DV7A 4Y96A 4CQ9A 3ATZA 3KVLA 3KX6A 4Y8FA 1LBFA 3QC3A 3TAOA 3CT7A 2ZZ5A 1PL9A 3EWXA 2J9XA 2QCDB 1OFBA 1TQXA 2RKXA 3AJXA 3TUUA 2X1RA 4RV8A 3HGSA 1I45A 3CB8A 3LI0A 5G1YA 1TRDA 3WJZA 2DZWA 4NNCA 4RKAA 4PA8A 4O8RA 3R13A 4AHPA 1S3HA 2YFNA 5BMWA 3W7QA 4LU0A 5HQEA 1VC4A 5AHEA 2WSQA 3W7LA 2ZRZA 3PULA 1OF6A 4TMBA 4Q33A 3BLFA 2C0AA 1VHCA 2ZRWA 1SFJA 5HWMA 4JY8A 3MWAA 3LCWA 3OHIA 5LGZA 3IIOA 4ZQOA 1M7OA 4GXMA 5D04C 1D9EA 5KTLA 1DVJA 3E96A 1KM6A 5T26A 3INPA 3TA6A 1O5KA 4FNUA 3GVGA 1R2RA 3S1XA 3KXQA 2QCGA 4ZL1A 1UB3A 1HO1A 1SW7A 1KFJA 1SPQA 2AAMA 3CM4A 4R33A 4YLWA 5CSRA 1OX5A 4CCEA 5TBOA 2YFOA 3W85A 5HJLA 1K03A 2H90A 5F2MA 2Y7DA 3NM3A 3NPVA 1T0OA 4JTTA 8TIMA 1UUOA 3KRZA 5KMYA 3WJSA 2C3ZA 3TC6A 1GVOA 3M5YA 2QCEA 3SECA 4LVAA 2ZRXA 2GVJA 4O15A 3PB2A 3LTYA 4L4LA 4ML9A 5AFDA 1JRBA 3LM7A 1GG0A 4OGZA 2Y62A 1I2PA 2Q3RA 4WXYA 1PIIA 1N7KA 3IVTA 1K7XA 3QSTA 3GX9A 3P82A 3LBCA 3W1QA 1AG1O 3PM6A 2ZYFA 3T40A 3W7JA 1JCLA 4MZ1A 4NNAA 4Z0SA 2Y63A 1JUBA 3W1LA 4EOUA 3W23A 5BW6A 5EY5A 3BG3A 1F74A 1J5TA 4NJIA 3EEGA 2A4AA 1TJPA 3LTPA 3CEPA 4MJZA 4WY0F 1DJQA 3S9YA 3DHDA 5HULA 5D2TA 2ABAA 2XN2A 1M6JA 3EWUA 5LNSA 5KSWA 2O7QA 5K9XA 1H7NA 2E6YA 3MO7A 3LCLA 1QWGA 1QAPA 1KTBA 4AB4A 1WOAA 1LORA 4HIBA 4JTHA 1FDYA 3W2JA 4FHAA 4HNNA 1VCVA 3O63A 4O11A 3CWNA 4LTSA 3C8FA 5D37A 1X8FA 3W7KA 4R53A 2TSYA 3EX1A 3EXRA 4S1FA 3DBPA 2FQIA 1PCKA 1KV8A 1WDWA 1DQWA 1H1ZA 2VFFA 5AB3A 1GYNA 2EKCA 4O19A 3ABQA 3JS3A 5FEPA 3DHFA 1XM3A 2GJNA 3TMQA 2NUXA 5D33A 1DHPA 4PC8A 3S5YA 3BG5A 3UNDA 1WA3A 1KA9F 2VFHA 3IIPA 2G95A 2QCMA 4ADSA 3NQGA 3IV3A 5EBUA 2QDHA 3QM3A 3C0JA 1F05A 3CQ0A 2G97A 5MHBA 1L6SA 3WK3A 4MIMA 4NU7A 5HWNA 2CLKA 3PC0A 5K9CA 3F4NA 5FEWA 1RPXA 1EPXA 1G4EA 4X3ZA 5F2LA 4ONVA 2ABBA 3FOKA 1IF2A 2ZZ3A 1LRQA 4O17A 2B4GA 3TSBA 2B7QA 1PVNA 4NJJA 3NPUA 1FWNA 4O52A 3Q58A 1SR9A 3W7CA 3PR2A 4O12A 3B06A 3DI1A 3HJZA 2OT0A 1W5MA 3CIXA 2E6FA 3IGUA 1IXQA 2CZFA 4R34A 2Q8LA 3L66A 4MOZA 4AVFA 3RU6A 4UTLA 5DLCA 3YPIA 4DPPA 1CW2A 2NXHA 2VOMA 1QNVA 4JR5A 2D73A 3W7RA 1G67A 3NL3A 4MZ8A 2RDTA 4OBTA 3A5VA 1YLVA 2FJKA 1PE1A 3W84A 4LVFA 4NXKA 3LHYA 4RXGA 3E49A 5D32A 3BGJA 1W56A 3GK0A 1ZAJA 3FFSA 3W2MA 4N4QA 1AL8A 3DH7A 1G69A 3QQ1A 1OFDA 3THQA 1SZEA 2VKZG 2YW3A 2W6RA 5D30A 4GUHA 2E5DA 1WAUA 3W7MA 4UFLA 1K02A 4NXSA 4JX5A 4JEQA 3D0CA 4AF0B 4Z1AA 2H3BA 3TV8A 1DOSA 1G7UA 4WZHA 1W5NA 1WV2A 2Q8ZA 4O1AA 2HMCA 4UNKA 3LI1A 4YWIA 3NQCA 4Z1DA 1S5WA 1QFEA 2WNZA 4NJHA 3NNTA 4BI6A 1OFRA 4IUOA 3WK1A 1LOSA 3NQ2A 1SFLA 2WOQA 2H8XA 3HO8A 2ZZ2A 3GYEA 4K36A 1XBZA 3SZ8A 2ISWA 3NOEA 5LKYA 4RXFA 2G96A 3LCXA 5ABTA 4J9JA 1B9BA 1ICSA 4O4WA 3GDKA 4CNPA 1XBYA 2RHGA 4E2DA 2V81A 2TPSA 4OQVA 2BX7A 1XDLA 1LYXA 3S1WA 4JTUA 3O16A 4LRTA 4UTMA 1HTIA 3TROA 4BWLC 1VCGA 2OCZA 5U7SA 3HB9A 2E68A 3M7WA 4WQ6A 3W71A 3W7OA 5AN7A 2X30A 3HG4A 3EWYA 3N3MA 4UFHA 4UMAA 2G5WA 2J27A 2VEPA 2Z2UA 3LRLA 4QSHA 1EP1A 2CLFA 4GWEA 3MHGA 5FESA 3NR0A 3RLUA 2CLEA 1I4NA 3F03K 3G18A 3BARA 2ZRVA 1C8VA 3LXCA 4WX2A 4LVBA 5K7JA 1W5OA 2PRLA 5J5DA 3UQNA 4O50A 1ME8A 4DBEA 3STFA 1IXOA 2EF9A 1TTIA 3HIJA 1I8JA 1XBVA 3UZ5A 4JX4A 1OK6A 3STEA 5E93A 3PUOA 4QITA 3S6DA 1DKWA 1I2QA 1R2SA 4XZ9A 2ZTKA 4LRSA 4DF2A 3LHZA 4GUIA 2C18A 3HGJA 3L65A 1G4SA 1YTEA 2YDAA 1YDVA 2B7NA 2Y61A 1V5XA 1OYCA 2A7NA 3LHUA 3PVFA 4OU1A 3GDLA 3PS7A 2DZUA 2Z1BA 3E9AA 3MMTA 1TIMA 3TFXA 4Z1CA 3C2RA 4HHPA 3M5XA 3SSJA 1GVRA 3SY5A 3HMJG 5AC8A 1WOBA 4LNYA 3JRKA 4K37A 1QO5A 2E09A 5DBUA 3M1ZA 1F6PA 3QJAA 3RK8A 4JTLA 1LLZA 4BFAA 5F2GA 4O1DA 3IIXA 3C2VA 4O18A 1OVDA 1LP6A 5C2XA 4QQ3A 5DCEA 4K38A 4MPQA 2OJPA 3RLVA 3BW2A 3VI2A 3L0KA 1KFEA 4JY9A 1M5WA 3TE9A 3WK2A 2X2GA 1WXJA 3N2XA 2WSYA 3N34A 3UZJA 4EWND 2Z6JA 5A8GA 5AOUA 1LLWA 4GNJA 1TPUA 1EP2A 4DEFA 3P74A 3CU2A 1OG0A 2RFGA 1D3GA 3F1QA 4IMDA 1X1ZA 4B5NA 1L9WA 4O16A 1SO6A 2BWGA 3CC1A 1O95A 5AYZA 1SU5A 1QPRA 1TPWA 1UASA 1W31A 3B4UA 2XFWA 1PHWA 1O94A 4CNOA 4EF8A 1OFPA 2QF7A 5CGQA 3GDTA 1F76A 4K8HA 1Q6OA 1ZFJA 1TPH1 1SW3A 4LUIA 1EWEA 4OT7A 3PG9A 3C6CA 2PE4A 4C1KA 2JGYA 3R12A 4MYAA 2A2IA 4AXKA 2BZNA 1FDZA 2H6RA 3G0XA 3LBMA 4YXGA 3NPWA 4PODA 1FCBA 1RR2A 1GVSA 1TV5A 3P5YA 3PUEA 3W3OA 4UMCA 2ZTJA 4FX8A 4PL1A 1P1XA 3ANYA 5AC7A 3W7IA 4FNRA 5HR6A 3GR8A 4PH6A 2ZA1A 4O54A 4DQWA 1ME7A 4JXCA 5BMXA 1F2JA 3QPYA 3FLUA 2QDGA 5BOOA 1W37A 3BW3A 3MP4A 2GUUA 1B3OA 1Z48A 3M6YA 3UWQA 1H51A 2WNQA 3I65A 3W6YA 5DY2A 2VFIA 1H7OA 3GLCA 3HG3A 1VLWA 3FKRA 3GDMA 1LBLA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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