5IDIA

Structure of beta glucosidase 1a from thermotoga neapolitana, mutant e349a
Total Genus 177
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
177
sequence length
443
structure length
443
Chain Sequence
MKKFPEGFLWGVATASYQIEGSPLADGAGMSIWHTFSHTPGNVKNGDTGDVACDHYNRWKEDIEIIEKIGAKAYRFSISWPRILPEGTGKVNQKGLDFYNRIIDTLLEKNITPFITIYHWDLPFSLQLKGGWANRDIADWFAEYSRVLFENFGDRVKHWITLNELWVVAIVGHLYGVHAPGMKDIYVAFHTVHNLLRAHAKSVKVFRETVKDGKIGIVFNNGYFEPASEREEDIRAARFMHQFNNYPLFLNPIYRGEYPDLVLEFAREYLPRNYEDDMEEIKQEIDFVGLNYYSGHMVKYDPNSPARVSFVERNLPKTAMGWEIVPEGIYWILKGVKEEYNPQEVYITGNGAAFDDVVSEGGKVHDQNRIDYLRAHIEQVWRAIQDGVPLKGYFVWSLLDNFEWAEGYSKRFGIVYVDYNTQKRIIKDSGYWYSNVIKNNGLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords 1,4-beta-D-glucan glucohydrolase
publication title Crystal structure of beta-glucosidase 1A from Thermotoga neapolitana and comparison of active site mutants for hydrolysis of flavonoid glucosides.
pubmed doi rcsb
source organism Thermotoga neapolitana
total genus 177
structure length 443
sequence length 443
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2016-02-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5idiA00
4R27A 5JIPA 4JAWA 3A4XA 4WIWA 1X1NA 3U7VA 2CXGA 1EOMA 1SFSA 3HU7A 1ITXA 5I0DA 2DQXA 3CUIA 1MFUA 1XSIA 3PBGA 2MANA 4AZBA 2HISA 3VX1A 1KCKA 4U3AA 1E6PA 2BHYA 4CD5A 1JYVA 4OUEA 2WKGA 3OGVA 1V03A 2CHOA 2YKKA 4AD4A 1WAWA 4HA3A 1GQLA 1XYZA 2VZOA 4QLLA 4BA0A 1J0YA 2Z1SA 1BG9A 4AC1X 1GHSA 3VPLA 3HMCA 3SCSA 3W0KA 1KFWA 1FH9A 4PMDA 4PCTA 3W26A 4CVUA 1Q6DA 4EKJA 2DSWA 5EBAA 3WUBA 2VRJA 5CPTA 4XZWA 2VR5A 1R7AA 4FLRA 4CKQA 4Z2JA 3PZGA 2D0GA 2DT1A 1J9YA 3SCOA 3ARZA 3VIFA 1NM9A 4AZGA 2WMHA 1H11A 1WDQA 3VGHA 2WWDA 1M01A 1QW9A 4MADA 2BFGA 4ZXOA 5A6LA 2B31A 1ZU8A 2WSKA 1EQCA 4A3YA 1MW2A 2XIIA 1GORA 2ZX9A 2D20A 5I5RA 1E0VA 4CCCA 5D9NA 1E6ZA 1ZJAA 2WHJA 2E8ZA 3LPGA 1Q4NX 2YOCA 4H8HA 2V5DA 2VR4A 5GNXA 1RD6A 5JBDA 1UWRA 2CBVA 4D6DA 4UZSA 2QPUA 4HZ8A 3VILA 2DDXA 3GBDA 3WF0A 1H5VA 4RE2A 5I2UA 1IZKA 1KB3A 1R87A 5AC4A 1E6QM 1J0ZA 3PZMA 4HU8A 1TR1A 4PTXA 2WKLA 1UA3A 2J7DA 3EDFA 1DEDA 1HL8A 2J7CA 4TVUA 2YLAA 4KGLA 5DFAA 1L8NA 4W86A 3W37A 2X2YA 2WMKA 4UQAA 1NH6A 3D3AA 3WD3A 4IUGA 3U5UA 4AZ5A 2ZWYA 5BWFA 2J74A 4JFVA 1KGWA 2UY5A 1QNSA 7A3HA 3GXMA 1WO2A 3OG2A 2OSWA 5A8NA 4U5KA 1WDSA 3A47A 5KZ6A 3VM7A 5LA2A 4M80A 1KCLA 3ZSSA 3SURA 4AYSA 2BY1A 4MB5A 3VOCA 3SCPA 1BYCA 3A4AA 1D3CA 1JF6A 1HT6A 1TE1A 1V08A 1I1WA 1EQPA 1VFOA 1E15A 3N1AA 1EO7A 5D9MA 1WE5A 2YL8A 3IAPA 1CENA 2A3CA 3FN9A 2CPUA 2NSXA 4H8VA 2F8QA 5D9OA 4QDMA 2J77A 3BAYA 1Z32X 1M53A 1UWTA 4RL3A 2VCCA 1GOKA 4HZ6A 4W8BA 1HXJA 2V38A 5FD0A 3VGEA 5JIWA 5CGTA 4Z2KA 3WMCA 4E8DA 1OWQA 2CBUA 4D6FA 3THCA 3MSDA 4X0NA 5M17A 2IXUA 4ACYA 2DIJA 3SUVA 4E2OA 3MUIA 4PMRA 1VBRA 4X9YA 3MU7A 1I1XA 2PWGA 3VIKA 3ZIZA 1W3KA 1XCXA 3GBEA 3IAQA 4BZYA 1UD8A 3VDCA 2XSAA 1GJUA 5CPSA 2ZX8A 3MV11 5LA1A 4WKFA 1EO5A 3VNZA 2VX7A 1JAEA 1OGGA 2VCAA 3PZOA 1LLOA 3WY1A 4DUWA 1UYQA 3VMNA 2XFRA 1CNVA 1C8QA 3CZLA 3WNOA 5M5DA 3UEQA 2XVLA 2VRQA 2ZUSA 2FGLA 1TCMA 5IXEA 1WZMA 3ZM8A 3ZJ7A 4QP0A 3NSNA 3QHOA 4KRUA 3K1DA 1WCGA 4JCMA 2DSUA 3SCVA 1FHDA 3SCRA 2VURA 1GHRA 1GOOA 5LA0A 2GDUA 3VUPA 4BQ3A 4YN5A 2DPEA 4GI9A 2QHAA 3T09A 3POHA 3CUFA 3LMYA 2J8FA 3VGBA 1TFVA 2EPNA 4B9YA 4MB1A 1ESWA 2OYKA 3G6LA 3VO0A 2AMGA 2BHUA 1LJYA 1YQ2A 1H4PA 3RCNA 2WHMA 3CUHA 5CSYA 3BC9A 1GZJA 3ZSTA 3WF3A 5KEZA 2CYGA 4GZEA 7TAAA 1V3MA 2EJ1A 4PRWA 1NOWA 3WDRA 4D6JA 1A47A 2GJXB 3VIOA 3BLKA 2GFTA 1V6VA 3BMVA 5BXTA 3WUEA 4AZHA 4DWSC 1J10A 1US2A 1JZ6A 3AHVA 4D6HA 4LPCA 1E56A 3AICA 3VM5A 4W5ZA 3KL0A 3GXIA 4JL1A 1ODUA 4WLCA 1K9DA 1W32A 1NOFA 3WN6A 1CXFA 3SUSA 1J11A 4OBSA 1UKSA 5DMYA 3NDZA 4PMYA 1CXEA 1V0KA 5I23A 3MKKA 4JFUA 3AYRA 2W92A 2J7BA 2D0FA 2VNCA 2WB5A 4KH2A 4JZ5A 4TX8A 3CHDA 1JD7A 4ACZB 3ZJ6A 5FKYA 1VJSA 5ABFA 3CGTA 4JFWA 1UWUA 1OGBA 3VMOA 3K8LA 4Y7EA 3WL0A 3VU2A 4PSRA 3UERA 5A1AA 1FH8A 4DM2A 2EPOA 2VVSA 3EDDA 2YLLA 1CGUA 1EIBA 2WVTA 1P6WA 3VIHA 3K46A 5AC5A 3W6MA 5ABHA 2WCAA 4D6GA 2YL9A 1HJSA 4LYQA 3OLEA 4NI3A 2X8RA 4UR9A 1UQZA 4J28A 4CU7A 1MW0A 1PX3A 2GJXA 3ZMRA 1GOIA 3VD5A 2O9OA 1V02A 1V3HA 5A6BD 1TZ7A 5D9PA 5C71A 3ALGA 2DSZA 1L0PA 2WVSA 3WDHA 4NF7A 4D72A 4GZIA 2WCGA 4A4AA 3SCUA 2OYLA 4M56A 6A3HA 3SUTA 4FLQA 3I3EA 2VX6A 4AZIA 1NWUA 2CNCA 4L4OA 2W62A 4AIUA 4CD7A 2D23A 1GCYA 1E1EA 2VQUA 1E55A 1Q6GA 2WMJA 3WD1A 4HMDA 8A3HA 2WBKA 1MQRA 3BGAA 3S2CA 1V02E 1W3HA 3T0AA 3BAXA 2PWHA 4AY1A 4P8WA 1ZBWA 1DWFM 1PEZA 2A3AA 3DHPA 3OGRA 4BQ4A 2BY0A 1CTNA 3FAXA 2F2HA 3AIVA 3VMPA 1UD3A 2VMFA 4ZE4A 2J4GA 3MMDA 5FOOA 2QMJA 1CXIA 3JUGA 1W9DM 1HJXA 5A6JA 1FA2A 5GPRA 1BGAA 2Y8VA 2WZIA 1MXGA 1NARA 2G3JA 3I3DA 4GQQA 2XVKA 5CLWA 1K6AA 4GO9A 4P7LA 2WLYA 3TTYA 3WNPA 1OT1A 5I79A 2AAAA 5HXMA 3NYDA 1SMAA 1E3XA 1E73M 1QPKA 4KRTA 1C3FA 1E1FA 3L4TA 1RP9A 2JIEA 2ZE0A 4D1IA 1WNOA 5A6KA 1W2VA 3WEMA 1H0IA 2D24A 4AEEA 3KWXA 2J47A 1JF5A 4AMCA 2J62A 4R5EA 3M7SA 3WDQA 4UNIA 2BVDA 3WEZA 5A6MA 3ZR6A 3VKKA 2G3MA 1ZBKA 4J3VA 2A3HA 4WK9A 5IFPA 1LF1A 1E43A 4W85A 1H49A 4CCDA 4GI8A 1V0LA 3IJ9A 3WQ6A 4RE4A 2X1IA 4IPLA 3F4VA 2V3FA 2WMIA 2BVTA 4ZEPA 4DWSD 3AIRA 3L4VA 1OT2A 4P7RA 4WSKA 2VZTA 1JI2A 2D0HA 3CO4A 3MUY1 5AYBA 3WD4A 2XG9A 3WQWA 3G6MA 2VQTA 1QNRA 3POCA 3DC0A 3GH7A 3KL5A 1XH0A 2BNJA 2OSXA 1G01A 2FHCA 3RDKA 2GUYA 3F5JA 3ARQA 5CLTA 2QF8A 3SCTA 1VAHA 3AZTA 1UUQA 5HPCA 1MFVA 3AIEA 1EA9C 2CERA 2Y24A 5JBEA 4D71A 1ZJBA 1R86A 2PWFA 4JHOA 4OJYA 3TTQA 2XVNA 3PZ9A 2ZWZA 1B9ZA 3ARPA 1JAKA 3AIWA 3WUGA 3MMWA 2DEPA 3WH5A 1XGZA 1EH9A 3KL3A 3CZKA 4PSPA 4J27A 2DH3A 1QHOA 3E1F1 4D6IA 2YBUA 1UH4A 3O6AA 2VC9A 1V6UA 2EEXA 1K9FA 2GJPA 1UR0A 4L4PA 4UQDA 1C7TA 3O2LA 3WELA 1E4MM 4PUEA 5BRQA 2ZUNA 2PB1A 1W1VA 1PX8A 1F4AA 4ML4A 4PUDA 2Y4SA 3VGFA 1EGZA 1XD0A 2CESA 1ZBCA 2E9MA 4JL2A 4QAWA 3ZOAA 5I24A 3W25A 2PWEA 4J3SA 4GKLA 2YIHA 7CGTA 1QHPA 1UHVA 4MB3A 4MJ4A 2FDMA 5A6AA 3VX0A 3L4ZA 1JDDA 2WANA 3AS3A 1LG1A 1J0KA 3N17A 3K4DA 2YL6A 3AROA 4W84A 3ZJKA 1XHGA 3WIJA 4PMZA 1HKMA 2WZHA 5AY7A 3WF4A 3VD9A 1V0NA 1FP9A 4HTYA 1M7XA 1DTUA 2VZSA 4N0RA 1B31A 2ZUWA 2J7GA 2C7FA 3VINA 5HOSA 3ZT7A 3VIJA 4V28A 3WDIA 4N42A 3VGGA 1E4NA 3DYPA 4AZ7A 1V6WA 2XIBA 5E0CA 1UZ1A 3RJYA 4AD3A 1TVNA 1H0GA 3RILA 1W2PA 1E40A 1UD4A 3OZOA 2V3DA 1LG2A 3QOMA 2F61A 4EE9A 4IM4A 1JYWA 3SUWA 3PTMA 1NWRA 5BCAA 1KWGA 5AYIA 4Z2GA 2VI0A 2GJRA 3S6TA 3UG4A 2YA0A 3GYCA 4CUCA 1CXKA 1NWSA 2BXYA 4D6CA 1MQPA 3UESA 1BG4A 1SR0A 1V3JA 2YDRA 2W63A 1UR9A 1QHZA 1AMYA 3F5KA 4MJ2A 1GUVA 3WQ5A 5A6SA 1B2YA 2QLYA 4UFMA 1TMQA 3WQ4A 3AJ7A 1BTCA 4HZ7A 1Q6EA 3AHTA 2X05A 3WUFA 1B3YA 1QBBA 1TVPA 3DECA 3GDBA 4U31A 4UFJA 3DYMA 2W91A 1E70M 1W3LA 2PC8A 3GTNA 5A95A 3EDJA 1RP8A 1QI2A 1EHNA 4W7UA 3IANA 4Q22A 4HOXA 5DO8A 2GK1A 1V3IA 1ZS2A 2RGLA 2WC7A 5I77A 1D7FA 3RO8A 3PHAA 2BXZA 4TX6A 2CITA 4S3KA 2EXOA 3RMEA 2DSVA 5A3HA 1OSEA 1GONA 5A8OA 2XHYA 1MVYA 1KXVA 5CGMA 8CGTA 3MSGA 1CDGA 3VIMA 4AD2A 2VTFA 4E4PA 4CN4A 1GJWA 1G9HA 2C0HA 2ZXBA 1UH2A 4HA4A 4AD1A 5BRPA 3CZ8A 3N13A 3GNPA 3K4AA 1MXDA 2AOSA 4W7WA 1BHGA 1BYAA 1JXKA 4LGXA 2J25A 1XH2A 4LX4A 4UOZA 1ECEA 2WBGA 5E6ZA 4NRSA 1VJZA 3WNKA 1IZJA 4C7GA 1HVXA 3UG5A 3VIGA 4ATDA 4TVCA 3W24A 1WB0A 3ARWA 3U5YA 4D1JA 4W88A 1QBAA 1WZKA 3M6DA 3OLDA 2NW0A 3BCDA 5FL1A 2GVYA 1UG6A 1E6RA 4U2ZA 5JBFA 2YA1A 2WCSA 5CG0A 5ABFB 1FOBA 5D8ZA 2X0YA 1ZB5A 3F5LA 1DWGM 2ZICA 2ESCA 3AOFA 3AS2A 5DEZA 4EANA 3WD2A 3WNMA 4BF7A 4W89A 4GI6A 2CEQA 3AI0A 3BSHA 4MNMA 2J78A 3L4XA 5GNYA 3ZQ9A 1QI0A 4PMQA 3NCOA 4C7DA 4XB3A 3PN8A 1LWHA 1DWHM 1GOWA 2CETA 3NSMA 4KMQA 3VDBA 3VD4A 3SEPA 1E4LA 4MDOA 3B9DA 3AQUA 1GVYA 4P7NA 1N82A 4U3CA 1H2JA 3VIIA 3GM8A 3CUGA 3APGA 4ZE5A 2E3ZA 1PPIA 2DH2A 2J75A 3AHYA 4AW7A 2DT3A 4Z2LA 5E9AA 1CYGA 4PEEA 1JIBA 1XD1A 1XH1A 2CBIA 2WHLA 3UETA 1B90A 2OWCA 3PTQA 5BXPA 1ODZA 3MUAA 2O9RA 2OSYA 3WMBA 5CXPA 4WJXA 2Y5EA 3O9NA 5TD4A 2W61A 1MW3A 1QVBA 1C7SA 1K9TA 1RH9A 1FFRA 3NSXA 3KZSA 5EFFA 4BQ5A 3PZNA 3L4UA 4UFHA 4E8CA 4TVDA 2XFFA 2XWEA 3ZO9A 5I78A 3EYPA 1AQMA 3UR7A 2PF0A 4XX6A 3WMSA 1PBGA 1AQHA 5CZKA 2UY3A 1B1YA 1J12A 1KXQA 4OZOA 3VD3A 3BLPX 3WQ8A 1Q6FA 3U7BA 3W82A 2FHFA 1BYBA 4P7QA 5JUVA 2J7HA 2BS9A 5E70A 1CIUA 3RM4A 1JNDA 1QNQA 2XGBA 4PMOA 1UKQA 5LYRA 2PBOA 5F7UA 2JF6A 4H41A 1SMDA 3QHNA 4X0VA 3WH7A 3OGSA 3B8SA 1D2KA 1HF6A 1CBGA 4NZCA 1TG7A 1CZ1A 1BSIA 3QR3A 4ATLA 1ZL1A 2VRKA 1FP8A 2YL5A 2E9BA 3WH6A 2G3NA 3N11A 3IJ8A 1V6XA 3J7HA 4PMXA 4EK7A 4ZENA 1X6LA 1M04A 3WFZA 3FXYA 4WKAA 2FGZA 3AZSA 4MB4A 2EO7A 3SCQA 1JZ2A 4PTVA 3NIYA 5E6YA 1EDGA 4M82A 4C7FA 1IT0A 3PZQA 1K9EA 1JDAA 4JIEA 4TOQA 4CN6A 4DUVA 1CEOA 4M1RA 4YHEA 4BQ2A 1ITCA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4R27 A;  5JIP A;  4JAW A;  3A4X A;  4WIW A;  1X1N A;  3U7V A;  2CXG A;  1EOM A;  1SFS A;  3HU7 A;  1ITX A;  5I0D A;  2DQX A;  3CUI A;  1MFU A;  1XSI A;  3PBG A;  2MAN A;  4AZB A;  2HIS A;  3VX1 A;  1KCK A;  4U3A A;  1E6P A;  2BHY A;  4CD5 A;  1JYV A;  4OUE A;  2WKG A;  3OGV A;  1V03 A;  2CHO A;  2YKK A;  4AD4 A;  1WAW A;  4HA3 A;  1GQL A;  1XYZ A;  2VZO A;  4QLL A;  4BA0 A;  1J0Y A;  2Z1S A;  1BG9 A;  4AC1 X;  1GHS A;  3VPL A;  3HMC A;  3SCS A;  3W0K A;  1KFW A;  1FH9 A;  4PMD A;  4PCT A;  3W26 A;  4CVU A;  1Q6D A;  4EKJ A;  2DSW A;  5EBA A;  3WUB A;  2VRJ A;  5CPT A;  4XZW A;  2VR5 A;  1R7A A;  4FLR A;  4CKQ A;  4Z2J A;  3PZG A;  2D0G A;  2DT1 A;  1J9Y A;  3SCO A;  3ARZ A;  3VIF A;  1NM9 A;  4AZG A;  2WMH A;  1H11 A;  1WDQ A;  3VGH A;  2WWD A;  1M01 A;  1QW9 A;  4MAD A;  2BFG A;  4ZXO A;  5A6L A;  2B31 A;  1ZU8 A;  2WSK A;  1EQC A;  4A3Y A;  1MW2 A;  2XII A;  1GOR A;  2ZX9 A;  2D20 A;  5I5R A;  1E0V A;  4CCC A;  5D9N A;  1E6Z A;  1ZJA A;  2WHJ A;  2E8Z A;  3LPG A;  1Q4N X;  2YOC A;  4H8H A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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