5IM51

Crystal structure of designed two-component self-assembling icosahedral cage i53-40
Total Genus 72
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
72
sequence length
208
structure length
208
Chain Sequence
STINNQLKALKVIPVIAIDNAEDIIPLGKVLAENGLPAAEITFRSSAAVKAIMLLRSAQPEMLIGAGTILNGVQALAAKEAGATFVVSPGFNPNTVRACQIIGIDIVPGVNNPSTVEAALEMGLTTLKFFPAEASGGISMVKSLVGPYGDIRLMPTGGITPSNIDNYLAIPQVLACGGTWMVDKKLVTNGEWDEIARLTREIVEQVNP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Protein binding
molecule keywords Designed Riboflavin synthase
publication title Accurate design of megadalton-scale two-component icosahedral protein complexes.
pubmed doi rcsb
source organism Methanocaldococcus jannaschii (strain atcc 43067 / dsm 2661 / jal-1 / jcm 10045
total genus 72
structure length 208
sequence length 208
chains with identical sequence 2, 3, 4, L, N, P, R, T, U, V, W, X, Y, Z
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
1 PF01081 Aldolase KDPG and KHG aldolase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5im5100
1ZENA 3K30A 3QSTA 4A2RA 2QDHA 2I1OA 4UFKA 2V5BA 3ZS4A 1KM2A 1VLWA 3L66A 4NX5A 4PCFA 1SW7A 1ML1A 2J9ZA 4OHQA 2H90A 3NXFA 4A22A 1R47A 4QISA 2A85A 4AF0A 3IIOA 3NQFA 2E5BA 3TJLA 4JEQA 3U6WA 1M7OA 1O94A 5F4XA 3EWZA 2DORA 3C2FA 4UIOA 4MOZA 4Z1AA 5E0KA 2VEMA 3O16A 4UFMA 3NPUA 4A21A 5CGQA 3B0UX 1GG0A 3SECA 3W74A 4OGZA 4JTFA 3SI9A 2E77A 1O5XA 5FF2A 3GK0A 3BK0A 3PSWA 2YFOA 3TKFA 3ANYA 2LLEA 2YDAA 2ZZ1A 4TR9A 5C6MA 4RJEA 1K03A 3PWAA 2KZHA 5AOUA 4UNLA 2CLLA 3G0SA 5F1UA 2ZRZA 3TC6A 5LNUA 3M43A 4WY0F 2PRMA 2NUWA 2OT0A 4NX0A 2FPTA 1SZFA 3DFOA 1LOLA 3QMRA 1LLWA 4ONVA 4ZQPA 3IV3A 1VC4A 1VPXA 1PHWA 2W79A 4QNEA 3STFA 4HNUA 3W7LA 4Q33A 2FJKA 1A5CA 3M41A 1L6SA 3W2UA 1CW2A 5G5IA 1H1ZA 3HQ1A 3LXAA 4O52A 4LU0A 4O17A 3S1XA 1O60A 1XUZA 3FA5A 4X3ZA 1O4UA 3C2RA 1S5TA 1LTDA 1X8FA 1AG1O 1AL8A 3P82A 5CPNA 1GZGA 3HGRA 2RDWA 4GBUA 3STEA 1RPXA 4KFPA 1UASA 1ZJIA 3W2KA 1A5AA 5TQLA 3CIWA 3UWQA 1YTEA 5CZ0A 3IIXA 3SFKA 4ADSA 3W84A 3HO8A 5I3HA 1TTQA 3A21A 4ZQRA 2GUUA 4UUIA 1ALDA 3N34A 2X2GA 3EX2A 2AAMA 3PULA 2VFHA 1YLVA 2QJGA 4LC6A 2E68A 3PR2A 3W7GA 4PODA 3QMTA 1G67A 1T8XA 5KZEA 4AAJA 4Q32A 4PL2A 4E2BA 3W7NA 1FCQA 1LM1A 1HG3A 1XCFA 3L21A 4MJMA 4HIBA 2A7PA 3L5MA 3MYPA 3GR7A 3W86A 4M6PA 2AQWA 1QPOA 5SWUA 5D05A 3BG9A 3SGZA 3W7DA 5I3GA 5EL1A 3NPVA 2X1TA 3NPXA 5AN7A 4EWND 1KLYA 4RLIA 1OYCA 4MYAA 3V75A 3RLUA 2CW6A 3HB9A 1I8JA 5I3JA 4IJBA 4MLRA 5L9FA 3W1NA 2WNZA 1KFKA 3O06A 2VFIA 3CC1A 1KTBA 3DBPA 2PE4A 5CKSA 4N9BA 5FEZA 4ZQMA 1FXPA 5G4WA 4ADTA 5D2VA 3NZ1A 1LP6A 1S5WA 3MP3A 4WY0A 1WYIA 3VI2A 3C3NA 4X22A 2V81A 2QJIA 3QH2A 3BG3A 4GUFA 2EPHA 3O05A 1ADOA 1F73A 2FIQA 4MY1A 2VEIA 4UFHA 2CLIA 4IMDA 4N4QA 3N73A 1X7FA 1JUEA 1EP1A 2GQ8A 2YPIA 2V82A 1R2TA 1ICQA 1QO2A 3U2OA 4AWTA 4N9DA 4ZVJA 4FB7A 1GWJA 1TPUA 3BO9A 4CQAA 3QFEA 1TYGA 3M7WA 2Y89A 5HUPA 2A4AA 2P1FA 3ABQA 1K02A 3NR0A 2E09A 3GB6A 1S5VA 1KFJA 4Y96A 1MZHA 3LGEA 4JDYA 5HULA 3B05A 3HJZA 4UTWC 5D09A 2YW3A 1TV7A 5CPLA 4LUJA 3HGOA 1G69A 1IIHA 3PB2A 4FF7A 1AL7A 1F2JA 5IM51 4QQ3A 2XN1A 1W8SA 3W7PA 1KM6A 4NVTA 3I68A 2B0MA 3UYCA 3LTPA 4L4LA 5LKYA 5DLCA 2QCCA 3QM3A 4R7JA 3QQ1A 3PAJA 4WY0B 5EBUA 3GZ3A 2H8ZA 2HMCA 4OBTA 1DJNA 1GVOA 3Q2DA 2P0OA 3LCHA 3PS7A 3EXSA 1TRDA 3IIPA 3IVUA 4BR1A 4ZZ9A 3RNDA 5FEWA 1F6KA 4H4IA 2YR1A 4FX8A 2DZPA 1ZNNA 4JD4A 1OG0A 3HOJA 1XI3A 5EPDA 4EF9A 1EWEA 4GUJA 1H7PA 3W2JA 1LROA 2H3DA 5U7SA 1K8YA 3E96A 5LNRA 3C56A 1P0KA 3PVFA 4RR4A 1AW5A 3MO7A 3TXVA 3WJZA 4DO4A 3G18A 1WX0A 1JCYA 2C15A 4ZL1A 6ALDA 1KA9F 3LHUA 3LRLA 3SGUA 3H53A 3LOTA 1LRNA 3TDFA 3GNNA 1VHNA 2PCQA 4IOTA 2A7RA 1QCWA 2CLMA 4EF8A 1TRIA 4DO6A 5K9CA 1SO6A 3O6DA 4JN6A 1JCMP 5D2WA 1KBJA 3A9IA 4FX6M 2PURA 3L67A 1H5YA 3W7CA 4BI6A 3MHGA 4NU7A 3RFAA 2A7NA 2FB2A 4R34A 1W3NA 2GJLA 4K36A 5KMYA 2TRSA 3UWWA 1L6WA 3NQ8A 1W56A 2ZRUA 2CLEA 1VGAA 4O57A 3DFSA 2YGYA 4LVDA 5AHMA 3JRKA 5EKYA 2V0TA 3GDTA 4O8RA 3E02A 2YZRA 2O7SA 4UTLA 1KBIA 5AB3A 1QO5A 2FPYA 1G4PA 3IRDA 2ZTKA 4MVAA 1YDVA 4RXFA 3VE7A 5KITA 3W73A 2EF9A 3GIYA 4BF9A 1LBFA 2A5HA 3LCIA 3HG3A 4NQ1A 3BLEA 4DBDA 3W85A 1K7FA 3KVLA 3GKFA 1W5QA 2BX7A 3MI6A 2FDSA 3W3OA 3O1NA 2C18A 4C1KA 3MUXA 4JGDA 5LNSA 1A5SA 2P10A 2X1SA 4TU1A 2ZA3A 1JR1A 1H7XA 2CWNA 4S1FA 2ZA1A 3DFQA 4FXRA 2JGYA 4ADUA 1TTPA 4FHAA 1UB3A 3TQVA 4Q4KA 1F05A 1OJXA 4O18A 1AK5A 3L0GA 2OZ0A 3LXBA 3A23A 1MO0A 4O19A 1TREA 1H50A 1NFBA 3LB0A 4UMBA 3FYPA 4JX6A 3W83A 2H6RA 3TA6A 2ZCGA 1AMKA 5G1TA 4O50A 3STCA 3PBUA 1XDMA 3P62A 1IIGA 4JTIA 4PTNA 3PF3A 3FJLA 1CI1A 4U4MA 3UWYA 3FKKA 1PCKA 4JTHA 1B3OA 4O53A 4RZ6A 2JGQA 4MZ1A 3DKJA 3EWUA 5CPMA 3S6DA 1GPWA 4NUWA 4XBSA 3W1XA 4G1KA 4Z08A 2Y63A 2VXNA 2A6LA 4EIVA 3OEXA 3LXCA 3Q94A 4Z0SA 4LOCA 1XL9A 2OT1A 5AFDA 2QAFA 4NXSA 3FFSA 3ZWSA 4IXHA 3GXTA 3W7EA 2DZTA 1KTCA 1SFJA 1Y0EA 5J5DA 3W88A 2YCEA 2HSAA 4HNNA 4JR5A 1TPFA 5BOOA 1NAL1 3CWNA 3TAKA 1ZAJA 2Y7FA 3M44A 5C5YA 3AO0A 3S8HA 4MKNA 1BEUA 3IGXA 4N02A 5LSMA 1BKSA 1VZWA 3TJXA 3P80A 4A29A 4PEKA 5C54A 5K2ZA 2VFFA 3CEUA 2G96A 5DY2A 4E38A 3NPWA 4DF1A 5AHEA 3G1AA 4I7VA 1OK6A 3M6YA 3T78A 2XFWA 1UUOA 4E0CA 3B03A 3TK7A 1H61A 3B06A 3C6CA 4O0ZA 4X2RA 4QSHA 2Z6IA 1KM3A 1B4EA 3YPIA 3U8GA 3DZ1A 5AYYA 1W0MA 2CLOA 1I2RA 4QNWA 4U28A 3CTLA 1K8XA 1P1XA 3N14A 1TCDA 3G0UA 5I3KA 1SQ7A 3NNTA 4JIQA 2DZUA 1DHPA 3OVRA 2WQPA 5FEPA 3R12A 3W71A 1QPNA 4UXDA 5HWNA 3HG2A 3G1VA 1OFAA 5AHIA 2GJNA 2OMAA 3TSDA 1TO3A 1M5WA 2C6QA 3LCLA 2VKZG 2CZ5A 1Z44A 2C19A 4UR8A 1KM5A 2BZNA 4S2CA 1RQHA 3NQCA 2QKFA 4H6KA 4XTDA 4HHPA 7TIMA 4MYXA 3HPSA 3BW4A 3P7YA 2TPSA 3MI3A 3E9AA 4UTTC 4O14A 3EWXA 1P4CA 5FF7A 4YMZA 1OX5A 2G97A 2CLKA 3LV6A 1VYSX 2ZFAA 2YYTA 2A2IA 1L2UA 4NZJA 3E12A 3NQGA 3WK2A 4UR7A 3MP4A 1K7EA 1FCVA 4LV4A 2DP3A 5AYZA 3NM1A 1WBJA 3L65A 3NOEA 4MIMA 5HQEA 2RFGA 1N7KA 5AC8A 3DI1A 4BFAA 1NF7A 1MEIA 3NL6A 1QPRA 1WV2A 1LOQA 2QF7A 2Y85A 3W1QA 2GVLA 1VQTA 5AC6A 3NO5A 4NXKA 4CCDA 2J27A 1H7OA 4NJJA 2DZSA 3KVKA 1XDLA 2DZVA 1TIMA 2OCZA 2GOUA 1GVQA 3W87A 2NX3A 4AHOA 4LW7A 4AH7A 2QEZA 3OIXA 3KX6A 5L6UA 4JYDA 1XUUA 1YTKA 1X1ZA 2W6RA 1YPIA 2V30A 5LZLA 1TJRA 1K7XA 2WPBA 3TSMA 4NJKA 2WJZA 3F03K 3PG9A 2CLHA 4JTEA 4N6EA 2VOMA 3LCXA 4FEZA 4UC5A 3W1LA 4H3DA 1DKWA 5BW6A 3LX9A 3E49A 1TTJA 3QRHA 5LHEA 1T99A 2C14A 2ISWA 5TBOA 5D30A 1QAPA 1GT8A 1QNVA 1W3IA 3PUDA 5CG7A 3BW3A 3LHWA 1SO4A 1W1ZA 3LHTA 4FNUA 4QM1A 2ZZ4A 3W7RA 4TMBA 5U4NA 3T4CA 1JJKA 1LZOA 4IMCA 4FNTA 3TCEA 1VCFA 3I7SA 3STGA 1FWTA 2Y61A 3GDKA 3QPYA 4E2DA 5CZTA 1KM4A 2ZBTA 2QCDA 4XBKA 1EP2A 3R13A 2V9DA 3DHDA 4RV8A 1KFCA 4MY8A 3DKLA 3G22A 3P5YA 4NNBA 4O4WA 3NZRA 1W3TA 1M7PA 2Z1BA 2ZZ2A 3G8EA 4UTUA 3DH7A 5D2TA 2BSLA 3Q37A 3GDRA 1B57A 3O8AA 3S5OA 2ABBA 3GXNA 3TFXA 3KHJA 1TPB1 1W5MA 2O7QA 4PC8A 4UTHA 1KM0A 1DVJA 2Q3OA 4PA8A 1AW1A 1I4NA 2WO5A 3EX3A 1TPVA 3DFTA 5F2GA 2R14A 2YYUA 1NEYA 3UNDA 3EKLA 3FIGA 4FXSA 1IGSA 3MYOA 5D33A 3B4UA 3R5EA 2WV8A 5DCDA 1JCNA 2VENA 3A24A 3CQ0A 3W72A 2JK2A 2FFCA 2V2DA 3LBMA 1GVFA 3ZR4A 1T0OA 4FIRA 3O6CA 2Y7DA 3NQ7A 3NQ2A 3KRUA 3DFPA 3QSRA 1IXNA 4JICA 1QOPA 3M5ZA 4Y9AA 1XFBA 2QCDB 3WK3A 2ZYFA 5EA9A 1ZHAA 3VCRA 1SZGA 1C8VA 1GTHA 1TPH1 1NVMA 4O54A 4N9EA 3SW6A 5H91A 3D0CA 4XQ6A 5HINA 4AEOA 3VKJA 4TMCA 1YTDA 1GVSA 4QIUA 4LRSA 1ICSA 3W6YA 4OU1A 4UTIA 3KOFA 2JKEA 1VH7A 3UPBA 1DL3A 3NVTA 3LV5A 3W23A 1QMLA 3LTSA 3UZ5A 1ZY9A 3RU6A 3BGGA 4N2YA 1LOSA 4CNNA 4MPQA 2Y62A 5G2IA 1MXSA 3PUOA 4UTJA 1FWRA 1SZEA 4K8HA 3ZWTA 3S5ZA 4P2VA 1LRTA 5AC7A 1DOSA 4NZFA 3OA3A 4I7WA 3M5YA 4QJ1A 1AW2A 3G3DA 1I45A 3KVJA 4LT9A 3LBCA 1FCBA 2C3ZA 3TUUA 5DXYA 4MFEA 1DBTA 3EWBX 3IEBA 4PFMA 3CIXA 3N2XA 3IIVA 3NL3A 1Q6OA 3B04A 3TR2A 5D03A 3C0JA 3R2GA 3DENA 1SSGA 3JR2A 4JYEA 2Z0IA 5AHLA 3DI0A 1RD5A 2V8ZA 3NEVA 4NJIA 2YSWA 2ISSA 3EX6A 4JDBA 4C1LA 1SU5A 4CNOA 2E6YA 5CZJA 3CU2A 2CZDA 1GEQA 2ZRYA 3UY7A 4FIQA 4TO8A 1TQJA 1V7YA 3UZJA 4AXKA 1Q6RA 4LS2A 5T26A 1F7BA 5DCBA 4N9CA 3G0XA 2C0AA 4WX2A 4ZQCA 4EVZA 4IWWA 1F76A 1H1YA 5G4EA 5LNWA 3PG8A 4Y6GA 3NQEA 1X1OA 3QW3A 4LVAA 2C16A 4B5NA 1FUYA 5MHBA 3MWAA 4NNAA 1R46A 1XBVA 3OG3A 4RZ4A 1RQBA 3EX4A 2NXGA 4JIPA 1TPEA 2NX9A 4RZ5A 4GWEA 4KFOA 1GOXA 2Y7GA 3GKAA 1JUKA 1TTIA 2YX0A 1FDZA 1GYLA 2E6FA 3N9RA 3LM7A 3O6YX 4UFIA 3TW7A 5BMWA 1W5NA 2JKAA 1QOQA 2H3BA 4MUZA 4YCOA 4MLJA 2OX1A 3GXPA 3NG3A 4LC8A 1OF8A 3HGJA 4WJEA 3QPZA 1IF2A 3FS2A 4POCA 3TX9A 1VLIA 1JRBA 1Q6QA 2W0UA 4O12A 1OFOA 5TIMA 3THQA 2WSQA 2BXVA 4GUIA 1MEWA 3G1DA 2VC6A 1SR9A 4A2SA 3BV4A 1XBZA 3BARA 3USBA 1YXYA 1R2RA 3OVPA 3TQ0A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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