5LNU | Genus

Total Genus 101

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	101
sequence length	277
structure length	277
Chain Sequence	SPFSVKVGLAQMLRGGVIMDVVNAEQARIAEEAGACAVMALERVPADIRAQGGVARMSDPQMIKEIKQAVTIPVMAKARIGHFVEAQILEAIGIDYIDESEVLTLADEDHHINKHNFRIPFVCGCRNLGEALRRIREGAAMIRTKGEAGTGNIIEAVRHVRSVNGDIRVLRNMDDDEVFTFAKKLAAPYDLVMQTKQLGRLPVVQFAAGGVATPADAALMMQLGCDGVFVGSGIFKSGDPARRARAIVQAVTHYSDPEMLVEVSCGLGEAMVGINLN

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
publication title	Lysine relay mechanism coordinates intermediate transfer in vitamin B6 biosynthesis. pubmed doi rcsb
source organism	Arabidopsis thaliana
total genus	101
structure length	277
sequence length	277
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.3.3.6: Pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolyzing).
pdb deposition date	2016-08-06

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01680	SOR_SNZ	SOR/SNZ family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	5lnuA00

4NJHA 5AN7A 1KTNA 3KVMA 3L68A 4JDBA 3B03A 3C3NA 4MVAA 2J9ZA 5LNSA 2TSYA 1JUEA 1TPDA 1JCYA 2VOMA 4ALDA 3LI0A 3NG3A 1JRBA 5HWJA 3SI9A 3AO0A 3FS2A 2CLOA 4O10A 1N7KA 2DP3A 2FDSA 3HGSA 4PL2A 1F6PA 3P80A 1KFKA 3UNDA 4KWVA 2QUUA 1IXNA 4AWTA 3IGXA 4AHQA 2WO5A 3I7RA 4MIMA 3N9SA 2J9XA 5KMYA 1MO0A 2Z6JA 4K37A 1Z48A 1HUVA 2E6DA 3GXNA 3LI1A 1EP2A 2Y6ZA 3C52A 5HWMA 4QJ1A 4O4WA 3NQAA 2QUTA 5KTLA 4HIBA 3JR2A 1GQNA 4O4VA 1H7OA 3GAKA 5CPNA 3OVPA 3UZJA 4JGDA 4JEQA 4X3ZA 4OU1A 3DI1A 3GXPA 5D38A 1P0NA 3GYEA 3QZEA 4DO4A 3M44A 5AYXA 1LDCA 3W7CA 2FB2A 3CT7A 4UFIA 1S5WA 2QCCA 4JTUA 1G4EA 1FWRA 3PG9A 3LHUA 1VJIA 2E09A 1FWWA 1X6UA 3W2NA 3QMRA 4A2RA 4HN4A 3M16A 4N4PA 5BMXA 4NXSA 4TMBA 3MP5A 4FNSA 1A5CA 4IQLA 1TPB1 5IBXC 5HR7A 1Z41A 5AFDA 4NJJA 5DN1A 2OCZA 3LCXA 3O16A 4E38A 4A3UA 4M7TA 1KLZA 1EP3A 1F05A 3FYPA 1LLWA 5LHEA 4FIQA 5LNUA 5KINA 5BMWA 3W1RA 4DELA 2VEIA 2WKJA 3T78A 3BVJA 1G67A 1TYGA 5A5WA 4K7VA 5AHLA 3DHDA 4XBSA 3BV4A 4RR4A 3F03K 1PL9A 1OYAA 2ABAA 5AYZA 1FDJA 5EYWA 1FWNA 4JTSA 4UMAA 3LOTA 3W22A 3S5YA 5TQLA 3W88A 4FXSA 4E2DA 2Q3OA 4EVZA 3DAQA 2D73A 1OVDA 5D2YA 3TAOA 3GKAA 1H51A 1H50A 3FJ6A 2V2HA 3I7SA 3OVRA 4DPPA 5C55A 1S5TA 4RKAA 1IXQA 3UD6A 4C1KA 1FXPA 1TRIA 3C2FA 3TSBA 3EWZA 4UUIA 2Z6IA 4O19A 5D09A 1VLWA 2Y62A 1LZOA 5HR6A 4XBKA 1JR1A 5KZEA 3TJXA 4O0KA 1A5AA 2Y7EA 4BI7A 1DOSA 2OT0A 4N6FA 4JYDA 4N2YA 2EKCA 4B5NA 2WSYA 3W7NA 4HT3A 4Q32A 4LRTA 2EHHA 5AC7A 1O5XA 4UCGA 1SZNA 3EX3A 5I3KA 4OWGA 3PVFA 3DH7A 1AG1O 1WBJA 3N19B 3NQEA 4MOZA 4X2RA 3GZ3A 3S6DA 4GUIA 5HINA 2ZRWA 1PS9A 3TQKA 4FXRA 3W7RA 1LBFA 1B9BA 5HULA 3HGOA 3R2GA 5EA9A 4AHOA 5C54A 2E77A 1Q45A 5FEZA 4PCFA 1DQWA 1G7UA 2CFFA 1GVFA 2CWNA 2DZPA 5G4WA 3S9YA 4JTEA 1TTPA 3P74A 2J88A 3V75A 3QQ0A 1OX5A 3N73A 2VEPA 3EXRA 5FF4A 5AB3A 2WPBA 2CZFA 4O1BA 3KRSA 1UBSA 1ZENA 4UTJA 3DI0A 1SW0A 1F7BA 3NQMA 4LUJA 3R13A 3W2MA 1TO3A 3PF3A 1KM3A 2ATSA 4GUHA 3ATZA 3NL5A 4LW7A 3TK7A 2VC6A 3BG9A 3I7QA 4JN6A 4ZQPA 2A1YA 4ORIA 3NL6A 3AJXA 4A29A 1YXDA 4Z0JA 5FESA 4M5PA 5DXXA 4GUGA 1JCNA 2OMAA 1H63A 1LRTA 3TDFA 4LC8A 3BLFA 3RLUA 5D03A 2ZRXA 1ZHAA 3WK2A 2AGKA 5C5YA 3TA6A 4UTTA 3B8DA 1FX6A 4PEKA 3UWWA 3THAA 3NA8A 1VYSX 2QCLA 2EPHA 2A6NA 3PSVA 3MP3A 1YTEA 1SO3A 1DJQA 4MY8A 4MFDA 4O12A 1RPXA 5LKYA 2DJXA 4CCDA 1H5YA 3LXAA 3EX2A 3E02A 3TMQA 2DORA 4AWUA 2LLEA 4HSOA 3LX9A 5CPMA 4BR1A 3HGJA 2QCNA 4YCPA 3N2XA 1AL7A 1A53A 2HSAA 3MWAA 4DBDA 3QYQA 2V82A 1GPWA 2TYSA 4R7JA 4UNKA 1CW2A 1GVOA 4UTLA 4IXHA 3W7MA 3O6YX 4KFNA 1J2WA 1I45A 3W83A 3IIZA 3THQA 4GC4A 4NX5A 1O4UA 5FEXA 1SU5A 2V2CA 1ALDA 2A7RA 3PB0A 4RK8A 2ZQ0A 3O06A 5FEPA 3RFAA 1R46A 3W86A 1DHPA 4NJGA 1TPEA 4JIQA 5LGXA 4IMCA 4KFOA 3W70A 4HNVA 4LVFA 3T4CA 3DU0A 1F74A 4K6AA 3PULA 3N9RA 1X1OA 3PSWA 4N6EA 1H61A 2BLEA 5DY2A 2CLKA 3EXSA 4C1LA 1PCKA 3FKRA 3LCHA 2CZDA 3P81A 4DF0A 3CEPA 3G0XA 1TV5A 3MYPA 1FDZA 4ONVA 4GUJA 2QCEA 2CLEA 3IEBA 1VCVA 5HMSA 1KM1A 1EWDA 3QJAA 3P62A 2QCGA 1ZAIA 3QC3A 3A22A 4WZHA 3MYOA 1DJNA 4JYEA 3EX1A 1VC4A 2HMCA 3LHYA 4BWLA 4A22A 3M5XA 3VE7A 3E12A 3GXTA 4WQ6A 2E5BA 5G2HA 1QR7A 1QPNA 3GDKA 3C0JA 1PHQA 1X7FA 1K8YA 1TTIA 4PL1A 1VZWA 3R5EA 2OJPA 2QF7A 5I3GA 2ZZ2A 6ALDA 1GTHA 1KM5A 4HSNA 1JVNA 2JKAA 1L9WA 5F1VA 1R2RA 2KZHA 5EMUA 3CLMA 3N14A 1G6CA 5HNRA 2VENA 4O16A 1XC4A 4AWSA 3HPSA 3E96A 1T8XA 3R12A 4DPQA 4P61A 5D32A 3H55A 1AMKA 1XKYA 4S2BA 5EKYA 5F2GA 1HL2A 8TIMA 3TH6A 2DZUA 1ME8A 1IF2A 3Q94A 3W7GA 1OFDA 1K7FA 3NQ2A 3NZ1A 2XFWA 2YFOA 1W5NA 4MZ1A 3R8RA 1DVJA 2CLMA 3ZS4A 1XBYA 3FYOA 4IUOA 1FCVA 3NZRA 1R2SA 4IXXA 1I2QA 5TBOA 1G7VA 1GYNA 1OFRA 5FF7A 4M6PA 1JCMP 2E6FA 3CWNA 4WXZA 2Y89A 3STEA 2RDWA 1TB3A 3IV3A 3I6RA 4FX6M 3NEVA 4S2CA 1XXXA 3P60A 2ISVA 1J5TA 3TV8A 4PODA 3EWUA 3LGEA 3HBLA 3LBMA 2YW3A 3WJWA 2Q8LA 1XDLA 2A4AA 1ZAJA 2FPYA 5LNRA 4Q4KA 3OEXA 4RZ6A 2QCDA 2IQTA 1FCQA 3ZWTA 3LBCA 1MXSA 1KFCA 2JKEA 3LXCA 4WX2A 2OZ0A 1H1ZA 2I1OA 5HWNA 3L9CA 4M19A 1GG0A 4HNUA 3W7HA 5U7SA 3W76A 1FBAA 4IWWA 1BWLA 4JICA 2A7NA 1W5QA 1VPXA 1I2NA 1YXYA 2G97A 5DXYA 1LP6A 4DBEA 1B4KA 3HQ1A 3RMJA 1KM6A 3DFTA 3UXAA 1WBHA 5E93A 1W5MA 2Q3RA 1OYCA 1C29A 3IIPA 4ZVJA 3O05A 2E1DA 2G5WA 2QCHA 1BKSA 3GVGA 3W9ZA 5C2XA 4XUGA 1QOPA 4FNTA 1H7XA 3KXQA 3G1YA 4ZMGA 1V5XA 4MZ8A 3CU2A 4XTIA 3HJZA 3QMSA 4O0ZA 5D04C 2NXGA 3TX9A 1S5VA 2O7QA 1SW7A 4O8RA 2PRMA 4AF0A 3E9AA 3B0UX 3GDRA 4OE7A 1QMLA 3MI6A 4LS2A 3DKJA 5K4ZA 3CM4A 3FFSA 3O63A 5AC6A 3HB9A 2ATMA 4O53A 2QDGA 1GTEA 1AW2A 3EWBX 1NF0A 3LLFA 4NNBA 5HUOA 1MEWA 1OX4A 4AEOA 3QF0A 2H3BA 1AK5A 3IGSA 1F76A 4NNAA 1HTIA 1C9DA 4NNCA 4O1AA 3MI3A 3GR7A 2VFDA 1T99A 2ZRZA 3D0CA 3T40A 3NDOA 5F2MA 2ZZ1A 1LM1A 3QW3A 2J24A 4ZQNA 4CCEA 3ZWSA 1ZCOA 1EB3A 3BLEA 2NX9A 4WOZA 5AHEA 5D05A 5IBXA 4Y8FA 1GVRA 4RX0A 2YX0A 1UASA 3G3MA 3M43A 1RQEA 1DL3A 1W56A 2FTPA 3LHWA 2EF9A 3VKJA 1QNVA 3W74A 3W7EA 3SY5A 4ZQMA 1TJRA 3JRKA 4YCOA 3B4UA 3O1NA 4CNOA 4TO8A 4E2BA 2ZRYA 1W3IA 3CB8A 1NEYA 4R34A 4MPQA 1SO4A 1SZEA 3S8HA 3KFTA 4U28A 3E49A 3G1HA 2CZ5A 3QSTA 3INPA 3C6CA 3KHJA 3CIXA 4ADSA 3QFEA 1YLVA 3PS7A 1H7PA 3O07A 3LCGA 3MHFA 3O6CA 2CW6A 1QPRA 4YLWA 3GB6A 3CTLA 1DORA 2HS8A 5I3HA 3CIWA 3LRKA 1K7EA 5AHMA 5LZLA 3BGGA 3P5ZA 1JUBA 1Q6OA 2UV8G 2DZTA 2BSLA 3LHVA 2R8WA 4YL2A 4QITA 3DZ1A 4NJIA 1LOQA 4H4IA 2BX7A 2YXGA 4ZL1A 1W8SA 3W6YA 2CLIA 4UMBA 3S1UA 2H8ZA 3NQGA 5AOUA 5ABTA 3L2IA 1SO5A 4JY9A 4IGHA 5E0KA 2VFEA 2AAMA 2H6RA 1QOQA 5TIMA 1JJKA 1KTCA 3LHTA 4QNEA 1WX0A 2EGZA 1GVQA 1OFPA 1A50A 3NM1A 4O15A 3PUDA 1G69A 1T96A 4XQ6A 3W1TA 4X9SA 4QQ3A 2RKXA 2YFNA 3L65A 3TW6A 2Y63A 2GOUA 4MKNA 1LLZA 3ABOA 2C3ZA 2DZSA 1H7WA 3EWXA 3FOKA 2YZRA 4JX4A 3IVSA 1JCJA 4FNQA 5I3JA 3A21A 4JTTA 3MBDA 4BK9A 3EKLA 5LSMA 4UFMA 5AHFA 2ZA3A 2C6QA 2V2DA 4LWWA 1VYRA 1MZHA 3LCFA 4JTFA 3L5MA 3MUXA 3NPUA 5LNVA 1TQJA 3IRDA 1RQHA 5F2IA 1ME7A 4ML9A 2FB3A 3G1DA 4N4QA 3W72A 4LUIA 4N9EA 2PE4A 3RLVA 4JX5A 4K8HA 4FX8A 3CPRA 2DZWA 3ABQA 7TIMA 3P8IA 4OT7A 3HG5A 3NR0A 1DKWA 2J27A 1XUZA 3LRLA 3W1MA 1ZALA 4M6VA 3M1ZA 1VRDA 3S1WA 3UWUA 1H1YA 1EP1A 3S1VA 5FEWA 1YXCA 1TMHA 1OK6A 2X1SA 5C6MA 5CZ0A 2ZZ5A 5LNWA 1TPH1 4JYFA 1F73A 1P0KA 3F4NA 5CZTA 1XCFA 4OV4A 1LOLA 3M41A 4LRSA 4JTIA 2X16A 4U4MA 3PBUA 2ZFAA 2Y7GA 3C8FA 1F6KA 2ISWA 3B05A 1SO6A 3SR7A 3UYCA 3HPXA 1AW1A 2QKFA 3BARA 2P1FA 2J6XA 4IMEA 5D30A 5CG7A 3N3MA 1A5SA 2B7QA 2NXHA 2JBMA 4JD4A 1GEQA 3UWZA 3W7QA 3PG8A 1EEPA 1IGSA 5DLCA 3UY8A 2CLLA 2YGYA 5D37A 3GLCA 3A23A 3W1QA 4WY0A 3PBVA 5FF2A 1ICQA 3PR2A 4BF9A 2QCDB 4JTHA 2ZZ6A 3TXVA 3HMJG 4FIRA 2NUWA 3H54A 1ZFJA 2E5DA 5F2LA 4WJEA 2A6LA 4H6KA 3VI2A 2XN0A 2JKPA 3HOJA 6TIMA 3MMTA 2FPVA 2OX1A 1YYAA 2VFHA 4NUWA 4MUZA 2V30A 3RK8A 1WQ5A 2GQ9A 1SW3A 4WUIA 3HO8A 1S3HA 3B0VC 3UPBA 1DBTA 3UWQA 1TQXA 1WDWA 3F1QA 3I65A 1RD5A 1HG3A 4L4LA 4FX7A 4IPJA 1OFOA 4JY8A 3A9IA 4Z0SA 1I2RA 2P10A 2NV2A 3U6WA 4H3DA 1O95A 4HKPA 3B0PA 2NUXA 4S1FA 2QR6A 1KBJA 2Y85A 5AC8A 4AF0B 1WXJA 1FCUA 3LTYA 4I7UA 3QM3A 4RV8A 3C2RA 3MP4A 2VFIA 3EXTA 4K36A 3EX4A 5CZSA 4JIPA 3G18A 3W7PA 2WJZA 3W2KA 1JRCA 1OX4B 3PUEA 2TMDA 1ML1A 2DU2A 2ALDA 2VFFA 1I2PA 1KV8A 3TQ0A 5K7JA 1TPUA 4O57A 5DCBA 2Y7DA 3Q37A 1O5KA 1TCDA 3T55A 5L9FA 1QAPA 4CQ8A 4RCXA 3RF9A 2E6AA 5D2XA 4LS1A 3SZ8A 2FIQA 4AMAA 2YPIA 3BO9A 3LDVA 1H62A 5D2WA 4NVTA 3M9YA 2QAPA 2GJLA 3IVUA 2QJIA 2DZXA 3QW4B 2QAFA 2RH9A 1OJXA 2WNZA 4OQVA 2C16A 1ADOA 1W31A 3CQ0A 1TTJA 4RXFA 4FO4A 5FF3A 2ZZ7A 3VE9A 2ZZ4A 1KM4A 1SFJA 2FLIA 2DZVA 1LRQA 3W1NA 2QDHA 2C15A 4N9DA 3NPVA 1U5JA 4PA8A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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5LNUA

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