5LNVA

Crystal structure of arabidopsis thaliana pdx1-i320 complex from multiple crystals
Total Genus 101
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
101
sequence length
277
structure length
277
Chain Sequence
SPFSVKVGLAQMLRGGVIMDVVNAEQARIAEEAGACAVMALERVPADIRAQGGVARMSDPQMIKEIKQAVTIPVMAKARIGHFVEAQILEAIGIDYIDESEVLTLADEDHHINKHNFRIPFVCGCRNLGEALRRIREGAAMIRTKGEAGTGNIIEAVRHVRSVNGDIRVLRNMDDDEVFTFAKKLAAPYDLVMQTKQLGRLPVVQFAAGGVATPADAALMMQLGCDGVFVGSGIFKSGDPARRARAIVQAVTHYSDPEMLVEVSCGLGEAMVGINLN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
publication title Lysine relay mechanism coordinates intermediate transfer in vitamin B6 biosynthesis.
pubmed doi rcsb
source organism Arabidopsis thaliana
total genus 101
structure length 277
sequence length 277
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.3.3.6: Pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolyzing).
pdb deposition date 2016-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01680 SOR_SNZ SOR/SNZ family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5lnvA00
3SZ8A 1UJPA 1LDCA 3F4NA 3TNOA 3DFOA 4MZYA 5AOUA 4ORMA 1HO1A 4CQAA 5LZLA 5AN7A 3UXDA 4JYFA 4GE8A 5KITA 2Y7GA 2BTMA 1G4EA 4ZQMA 4IPIA 4AWUA 3C52A 4Z0SA 5CPMA 3M1ZA 4TMBA 2GVJA 4R33A 4MFEA 3ZWSA 5DCEA 4UC5A 3KVLA 4O8RA 2WNNA 2C14A 2VKZG 2CZ5A 1NVMA 1OK4A 3LOTA 3DFQA 4IX0A 3VE9A 1GYNA 2NUXA 3N14A 5FEWA 5E1QA 1FX6A 3O8AA 4O4WA 4U28A 4MFDA 1X1OA 4GNJA 5D32A 1VYSX 2UV8G 1KM4A 5F1UA 2B7QA 4LUJA 1WBJA 3R13A 2ATMA 5FF7A 3M16A 4Z1BA 4JR5A 2C6QA 5KMYA 1YTEA 5DCBA 5H91A 2V2HA 3W2UA 4CCEA 5LNSA 3ABSA 2X1SA 3EWYA 3NPXA 1BEUA 3NQGA 3GYEA 1TCDA 1K7EA 2JKEA 1A53A 1EPXA 4CNPA 1RPXA 4R34A 1PIIA 3W88A 3EWUA 4O12A 3B0VC 1P0NA 3SR7A 4JNMA 3BVJA 3W6YA 3M0ZA 1WQ5A 2CLHA 3L67A 4M19A 1W0MA 4O15A 2VC6A 5AYZA 4N2YA 3CC1A 4WQ6A 3LRKA 2G5WA 1VJIA 1FQ0A 3M44A 5BW6A 1ALDA 2XFWA 3PC0A 2V30A 2ZRYA 5CZJA 4PTNA 1AW5A 5HQEA 3NL6A 3WK2A 3TW7A 4EF8A 3MHFA 5CKSA 4X9SA 2I1OA 3WJSA 2E6FA 3FA5A 1PCKA 1QPOA 2QCCA 3KAOA 4UTWA 3DKJA 2QUUA 3PBYA 1DBTA 4P2VA 3QF0A 1OX4A 1L6SA 4WY0F 2TMDA 2ZBTA 1V5XA 4Z0JA 4GRSA 4PFMA 3S0CA 3T55A 5D2TA 3EWXA 3P5ZA 4XUGA 1H7WA 1W1ZA 4FNQA 1IXQA 5IBXA 1UCWA 2KZHA 4JS3A 2RDUA 1GOXA 1SFJA 5LHFA 2WSYA 1H7XA 4JIQA 3HPSA 4O57A 2CLOA 4B5NA 3PUOA 3FOKA 2A7NA 2NXGA 1Q6OA 4NJKA 1IXOA 1JCMP 2YW4A 3NL2A 5L6UA 2NX1A 3ABRA 3W7HA 2QJIA 4WD0A 2QDHA 4XBKA 3RNDA 4R53A 1P0KA 5LNRA 1W37A 3O15A 1SZEA 1PCWA 3V1PA 1FXQA 3NQ2A 1F7BA 4GUGA 3OBKA 3P8JA 4IMCA 5E93A 1PVNA 1ME8A 4DQWA 4TMCA 3LGEA 4LVBA 4QNWA 1QFEA 1WXJA 1FCBA 3DFPA 1OFRA 3NVTA 3DHDA 1G7UA 3QMSA 2E68A 1X7FA 1THFD 3EB2A 4YLWA 3TDFA 2J88A 3VFLA 1ZAIA 3RF9A 2WSQA 1N8FA 2E5BA 2DZVA 1TTPA 4OV9A 4TX9A 3O16A 4IMEA 1OX5A 4MLJA 4IQLA 4K39A 2QDGA 2ZDRA 3LCIA 3W23A 2J9XA 3HPXA 2DORA 3TU9A 3W72A 2ZTKA 5DLCA 2Y89A 3E96A 1SR9A 4NNAA 3L9CA 4YCOA 4JD4A 3LHWA 4I7WA 2OJPA 3NPUA 3U8GA 4LOCA 1YADA 2RFGA 1JCNA 2CW6A 3P60A 4DPQA 3QPYA 3NOEA 2QCEA 1QCWA 5F2GA 4E2BA 4OGZA 3GDLA 3IVUA 3QW3A 4G1KA 3P8IA 2E5CA 5FEPA 1YXDA 5D02A 4RXGA 1ICQA 4LTSA 2DZXA 2V9DA 2HSAA 5CZ0A 3KX6A 3TQKA 1I4NA 1LOQA 3L0NA 5L9FA 4JX5A 2X1TA 2ZFAA 1VRDA 1P4CA 2NXHA 4FF7A 2CZDA 5HULA 3BPWA 1FWWA 4KFOA 5AFDA 3M47A 2WV8A 4MY1A 1JULA 3N3MA 1B9BA 1ICSA 2X1RA 1VLWA 3DAQA 1WA3A 1T96A 4GJ1A 2CLLA 4LUIA 3HOJA 1C29A 1KFCA 4YCPA 2NX3A 3HJZA 2ZZ2A 4FNSA 4FO4A 2GUUA 4UTJA 1Q3NA 2FPVA 2HMCA 5F4WA 4FX7A 1Z42A 2ZRWA 3UPBA 3E49A 2V2CA 1H62A 2YFOA 4JN6A 4AF0A 3VCRA 3NEVA 1HTIA 1IIGA 1PHWA 1SSDA 4NQ1A 3PBWA 3W71A 1BKSA 4ZMGA 2E1DA 4MPQA 4NUWA 3M5XA 2GVGA 1QPRA 1KA9F 2B0MA 5ABTA 5K2ZA 4LT9A 3HBLA 5TIMA 3MI2A 3TMLA 2P0OA 4K7VA 3Q58A 5DBTA 3N73A 3TXVA 2GQAA 3F03K 5AHLA 1MEIA 3IGUA 3FYPA 1M7PA 3FKKA 2VFIA 4UTTC 3NDOA 3R8RA 4BR1A 3W7LA 4PODA 4AHQA 3P80A 4H4IA 1SFLA 5AHMA 1ZFJA 2EPHA 4BFAA 3BGJA 3VNDA 1IGSA 3LTSA 3BV4A 1W3TA 3PUDA 5HWNA 2I9EA 1RV8A 1TPWA 3BARA 2X30A 4Z08A 2ZRXA 1WYIA 3UY8A 4HKPA 1KFKA 5HUOA 3IV3A 5G2HA 1LLWA 1XM3A 5AB3A 3DENA 3THAA 1K7XA 1TB3A 4YMZA 3W22A 1EA0A 1MSSA 1IIHA 3GX9A 5KINA 5I3KA 1MXSA 4I7UA 4JYDA 4GUIA 3DFSA 1VYPX 3UZ5A 1Q6RA 5D38A 4ZVJA 3W1NA 5CG7A 4WOQA 3W83A 3B04A 1P5BA 1XKYA 3CWOX 1EB3A 2FJKA 1R47A 1W3NA 3C61A 1O5XA 4HPJA 2EAWA 3AO0A 3L0GA 1OFPA 1F6PA 3A21A 1Q45A 1P1XA 4IPJA 3TUUA 2XN2A 4JEQA 3MP5A 3LXCA 3OVQA 2H8XA 3G1AA 2ISSA 5CPLA 4MUZA 1T0OA 1GWJA 3M5VA 1WV2A 3QH2A 3HG2A 2Z6JA 3UWUA 4MVAA 2X1UA 2B4GA 3ELFA 2AAMA 3LX9A 4NZJA 3C2VA 2YDAA 2PRHA 1YDVA 5F2LA 1JQXA 1JUEA 3EXRA 3W2MA 2V82A 2QAFA 2GQ9A 4RLIA 1GVSA 1LBLA 1NEYA 1H51A 4O1CA 1OYAA 3TSBA 1S3HA 3UNDA 5C54A 4JTEA 5K3VA 4QIUA 3INPA 5CZSA 3FYOA 3BGGA 1LYXA 4ICNA 5K9CA 1GYLA 1O94A 3C56A 2ZZ6A 3DI0A 1ZALA 4YXGA 1OK6A 4ZZ9A 5C55A 1KM3A 4TR9A 1FCUA 3LBMA 3O06A 2A6LA 3IIPA 1VS1A 3I7QA 4MLRA 1JUBA 3W1MA 2JKPA 2QCDB 3C3NA 4JTGA 2ZQ0A 5J5DA 3TV8A 1LOLA 4BI6A 1GPWA 2FLIA 3B0UX 3C2FA 1JJKA 3MO7A 2Y70A 5HWJA 2W0UA 3IVSA 4UNKA 3N9SA 3LHTA 4PEKA 2NLIA 3R12A 3CEUA 4EIVA 3R2GA 4K37A 3G1DA 3LHYA 4RZ4A 3DZ1A 3NZ1A 4NXSA 3SSJA 3I7SA 3LRLA 3THQA 3W7IA 5J5RA 1AW2A 3LM7A 3P82A 2CZFA 3VE7A 5F4XA 2RHGA 1GVOA 2ZTJA 3E0IA 4K8EA 1QPQA 3GR7A 4MY8A 3WK1A 2CLIA 4Z1CA 1TQJA 2FB3A 2Z2UA 4MOZA 5AC7A 3NQ7A 2VFDA 2E77A 4O17A 3LHZA 4N6FA 3HGRA 1LORA 3M5YA 5EY5A 1YTDA 4UXDA 4N4PA 2YPIA 2RDTA 2E09A 4UTMA 3S5YA 3U2OA 4ZQCA 4TU1A 2I14A 4LY8A 1QDSA 1GZGA 3Q37A 1OF6A 3OVPA 5D05A 1ML1A 2ISWA 4HT3A 1GTEA 5D04C 2O7SA 4FNRA 2CLFA 2R8WA 5FF3A 1OFBA 4L4LA 1SO6A 5LNWA 1M7OA 2TPSA 3GAKA 3W1TA 1VCFA 1W31A 3CM4A 1A5SA 2J9ZA 2Z6IA 3PR2A 3N19B 3UY7A 3FS2A 2NUWA 4EWND 3I7RA 2HS6A 8TIMA 3UD6A 1KBJA 3FJ6A 3FLUA 3JS3A 4FX8A 3IGSA 3QEZA 3NAVA 2X16A 4O28A 3HO8A 3NPWA 1PE1A 3B8DA 5EL1A 1SU5A 1B3OA 2ZZ5A 3GIYA 3TCEA 3EKLA 4ZQNA 4AEOA 1I45A 3GR8A 1DL3A 2J27A 3L5AA 1H1ZA 5DELA 3TSMA 3OVRA 2HS8A 3BLEA 3HIJA 2PRLA 4Y9AA 1QOQA 3NM3A 5FI8A 1OX4B 1XBYA 3CB8A 4DBDA 3MHUA 4NJIA 1FWSA 1F5ZA 3MBDA 3QMRA 1FCVA 3SJ3A 3F1QA 3TJLA 3W1UA 4K38A 4RX0A 3QM3A 5CSSA 3V75A 3NQCA 4FXSA 2ZRZA 2A0NA 3KRUA 3EXSA 3P74A 4KFPA 2FB2A 4HSNA 1H5YA 1QOPA 4S1FA 4JX4A 3C2OA 1FUYA 1F6KA 2BWGA 1R30A 3G3DA 5HINA 3W2JA 2Y88A 2YX0A 1O60A 4QISA 1H7RA 3G0UA 4OT7A 4FX6M 3TE9A 3T78A 4IMGA 2NWRA 2V81A 4AB4A 3T7VA 3DKLA 2J9YA 1TMHA 1VLIA 2CFFA 1OYBA 4HN4A 1OVDA 3PVFA 3L5MA 4UR8A 1GQNA 2EKCA 3G3MA 1TV7A 2YFNA 4IXHA 2C3ZA 3LV5A 3TIMA 3LCFA 5IM51 1VHCA 4QAIA 1FWRA 3EEGA 5KSWA 3QZEA 4UTUA 3B05A 1AG1O 1KW1A 3UYCA 2Z1BA 3GNDA 2EHHA 1WAUA 1U83A 5LNVA 1XCFA 1VZWA 3PG9A 4PA8A 4O13A 2ZZ1A 4UMBA 5AC6A 4JTHA 5C5YA 3KFTA 5AYXA 3W74A 4JTLA 4MY9A 2B7PA 4BWLA 1KFLA 3NQ8A 1OFDA 1AL8A 3EX1A 2DZPA 3W73A 4HSOA 4QM1A 3NQAA 5MHBA 4LVDA 3WJWA 3HPZA 5I3HA 4N9DA 4LVFA 3N2MA 3FJLA 1ME7A 3W1LA 4CQ9A 4FIRA 4UIOA 3S1VA 4UFLA 1NAL1 3UXAA 4JY9A 3STEA 3DHFA 1J4EA 3BW4A 2VEIA 2WO5A 2VEMA 3G0SA 2QKFA 2B7NA 3BLFA 4UFMA 1ZY9A 4UTKA 3GKFA 3TFXA 4IXXA 4UTLA 3MBFA 3NGJA 4CQ8A 5DY3A 1SW3A 4AHPA 3EXTA 2ZRUA 4UTIA 4OU1A 3GKAA 3G1VA 1YDNA 3M5ZA 4NZFA 4EOUA 4ORIA 3GXPA 2C15A 3O6CA 3NZRA 3MI6A 1M5WA 1OF8A 3B4UA 1ONRA 3W7EA 3S1UA 5G1YA 3GB6A 3LERA 4O0ZA 3B0PA 3PY2A 5LKYA 3W85A 3F4WA 3PSVA 4Y8FA 1OFAA 1J5TA 4NNCA 1G67A 5K4ZA 2DP3A 4H6KA 1TO3A 5G2IA 2Y7FA 1W5NA 1B4EA 3MHGA 3O05A 5U7SA 3NG3A 1GTHA 4A21A 4JTIA 3SECA 4EVZA 3DXIA 5EPDA 3QJAA 4AF0B 1VH7A 2VFHA 4DF1A 5C6MA 4WXZA 4CNOA 2CLKA 1WOBA 2VFGA 3PS7A 1QAPA 4IWWA 3W7CA 3S42A 4JTKA 1VGAA 3R5EA 4NJJA 5F2IA 3MJYA 1N7KA 3W1AA 2ZA1A 4QSHA 5BOOA 2NXIA 1EX5A 3W7DA 3W87A 3LCHA 1X6UA 4PH6A 3HMJG 1BWKA 4CCCA 3P7YA 3MP3A 1G69A 2ZRVA 1UB3A 1LM1A 1W5MA 1TPUA 5A5WA 1HUVA 1C8VA 2C13A 4RXFA 1KM1A 5CSRA 3HG4A 3IIXA 2Q8LA 5AHIA 3QRHA 4HNTA 2QJGA 3RLVA 2ABAA 4JICA 4NJHA 3W7KA 2V0TA 3KRSA 1E51A 4L4MA 1GG0A 1LTDA 1FXPA 3SGUA 3HB9A 4OWGA 1HG3A 1OHLA 1DV7A 1JRCA 4X2RA 4HHPA 3H53A 5KZDA 4CNNA 1O4UA 2PRMA 2AQWA 4DELA 4AH7A 3DI1A 2A1YA 2YSWA 4O18A 4O54A 3M41A 5FEZA 2DZUA 1TREA 4AVFA 3TC6A 3N9RA 4N02A 1TPDA 2R91A 2A7PA 1CI1A 4TIMA 1YXYA 4LNYA 2ZZ3A 3DH7A 1XI3A 3I6RA 3WFAA 1R2TA 4JY8A 5D2VA 2QCHA 3A9IA 4Q32A 3W86A 4UNLA 2Y7EA 1H1YA 3HG5A 1RQHA 3W70A 2OZ0A 4ZL1A 4M7SA 1EUAA 1SSGA 4MJZA 1VHNA 1DQWA 1GVRA 2AGKA 1RR2A 5LNUA 1SZFA 2G96A 1KFJA 1AW1A 4YL2A 1Z41A 3A24A 2ZZ7A 3E02A 3OIXA 1DJNA 5HUPA 3TQ0A 3QMTA 3WK0A 3W7RA 2WNQA 3W76A 3ATYA 1XL9A 2A85A 2EF9A 1YDOA 1VC4A 2X2GA 1KBIA 2QCNA 4UMCA 2ZYFA 4MYAA 1A5AA 3BG3A 2V5BA 1OYCA 3TW6A 4ADUA 2PE4A 3RLUA 4A29A 4ADSA 2NV2A 3UPWA 1YLVA 2TYSA 5G4WA 4DBEA 2C18A 3B06A 1TIMA 1EP2A 3IIVA 2QR6A 4AWSA 1JUKA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1UR8 A;  3Q45 A;  3LUT A;  1UH3 A;  1S1P A;  1LDC A;  2X7V A;  4KW2 A;  3DFO A;  4V27 A;  1HO1 A;  4XSL A;  2ZC1 A;  3OTR A;  3PP7 A;  4XBJ A;  4GE8 A;  1OC5 A;  3DFY A;  1V77 A;  2Y7G A;  1J2B A;  1V7A A;  1V6V A;  3ANU A;  3C52 A;  4GX9 A;  4TMB A;  2PCE A;  2PA6 A;  3EDK A;  4PRW A;  4XAF A;  2V5J A;  3ITX A;  3ZWS A;  5I2U A;  3KVL A;  3EMC A;  4U31 A;  4O8R A;  3TQP A;  4IX0 A;  4C7D A;  3POH A;  2YDQ A;  3N14 A;  5E1Q A;  1FX6 A;  2PDP A;  4R5E A;  4MFD A;  1X1O A;  2GGG A;  2UV8 G;  1KM4 A;  4AZB A;  4F66 A;  3SCN A;  2VMF A;  4JR5 A;  2C6Q A;  1YTE A;  5DCB A;  4CCE A;  2IQ0 A;  5LNS A;  3IAC A;  1E15 A;  3F5K A;  3NQG A;  3GYE A;  4XAP A;  4XV0 A;  1K7E A;  5BU6 A;  2PDW A;  4Y9P A;  4H01 A;  7REQ A;  9XIA A;  2IMR A;  4E4F A;  1DWA M;  4AXN A;  2KAU C;  3GFY A;  1WB0 A;  3SR7 A;  4INF A;  4IM4 A;  3IGH X;  3N6Q A;  2FGB A;  4U10 A;  1WQ5 A;  3L67 A;  4LF1 A;  1W0M A;  1ELS A;  4O15 A;  2PWV A;  5HDR A;  4N2Y A;  2XIQ A;  5REQ B;  4H9U A;  1CNV A;  1ODU A;  1TCM A;  2VR5 A;  2QPX A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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