5MF5A

Pa3825-eal mg-cdg structure
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
256
structure length
256
Chain Sequence
ASPSSELRRALEANEFIPYYQPLSPGQGGRWIGVEVLMRWRHPREGLIRPDLFIPFAERSGLIVPMTRALMRQVAEDLGGHAGKLEPGFHIGFNISATHCHELALVDDCRELLAAFPPGHITLVLELTERELIESSEVTDRLFDELHALGVKIAIDDFGTGHSSLAYLRKFQVDCLKIDQSFVARIGIDTLSGHILDSIVELSAKLDLDIVAEGVETPEQRDYLAARGVDYLQGYLIGRPMPLESLLSSLTVQEQQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Diguanylate phosphodiesterase
publication title Dimerisation induced formation of the active site and the identification of three metal sites in EAL-phosphodiesterases.
pubmed doi rcsb
source organism Pseudomonas aeruginosa
total genus 91
structure length 256
sequence length 256
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-11-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00563 EAL EAL domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.450 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel EAL domain 5mf5A00
4AG0A 4RNHA 3HV9A 4FOKA 4LJ3A 4FOUA 3GG1A 4KIEA 4RNJA 3U2EA 3HV8A 5MKGB 4AFYA 3TLQA 2W27A 5MKGA 4Q6JA 4Y9NA 2BASA 4Y9OA 3GFXA 4J40A 2R6OA 4ES4A 4HU4A 4FOJA 3PJTA 3PJXA 4Y9MA 4F3HA 4HU3A 3GG0A 3SY8A 3GFYA 3GFZA 4F48A 5M1TA 4Y9PA 4RNFA 4Y8EA 3PJWA 4LYKA 4HJFA 3PFMA 3PJUA 4RNIA 3S83A 3KZPA 3N3TA 5MF5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ICNA 1TTPA 5CAKA 5CZSA 4AC1X 3ZOAA 3RX3A 5BROA 1M01A 3JUGA 4HYRA 3EXTA 3T55A 4OU1A 1VRDA 4QJ4B 3REQA 3VA8A 1SZGA 2JBMA 3VKDA 3SN0A 1VCGA 3S9IA 1A5OC 3T08A 3V36A 5CZKA 3W7DA 1W5QA 1JXJA 4IWWA 4AWEA 2Z24A 2ZWYA 3UZJA 3QM3A 3VD9A 1NWUA 4JFWA 3P7YA 4HSNA 3IS4A 3MP4A 4UMCA 5KINA 4OE7A 5PTDA 1GOXA 3OJGA 1SO5A 2EQDA 2IKIA 2HPMA 4BF7A 3WEMA 2Y7FA 1VJZA 3NPUA 4IQDA 1B5TA 3VNYA 1LP6A 2VC5A 1DORA 3ATYA 2GGHA 2YCEA 3PBWA 3BLPX 1JRCA 5CZJA 3M46A 2OELA 1PZ1A 3C61A 3STGA 1JPDX 3TC6A 1A4MA 5HWJA 3QW4B 4MJMA 3UXKA 1PYMA 4OHQA 4AD3A 5HAOA 3L2IA 2ZYFA 3A6OA 2Z7KA 3EOSA 4IL2A 1A5CA 3WELA 2ASHA 2PCQA 4PB4A 3ATZA 4RPPA 4GXWA 2ZZ3A 2ZA3A 1XYLA 4C90A 1S3HA 1TIWA 5BU9A 5C2GA 3GH5A 4Z2HA 4JIHA 5HJYA 2VGBA 4AC7C 1TE6A 2XGZA 1B30A 1O66A 2EG6A 2ZRWA 2VC6A 1XD1A 1B0IA 4DWSC 1WYIA 3N2BA 1VCVA 4B9ZA 3S5YA 1RBAA 3VE7A 5AC6A 1FCBA 2EAWA 2VELA 1XGEA 2G41A 3SAZA 5JIPA 2Z6JA 1UWSA 2GJRA 2VEIA 4HPXA 1MUCA 3ZT7A 4QCEA 3NQDA 4PMVA 4F2BA 1RHCA 3TW9A 3UZZA 1UCWA 1C92A 2QPSA 2ALRA 2ZBTA 3LCWA 3OIHA 1GVQA 1XPGA 2GQ8A 1YDVA 4S2CA 3LCGA 2A2IA 4FNUA 4UXDA 4X2RA 3NOEA 1RBOB 3MI2A 1Q8JA 1K1DA 3KVMA 3UFYA 3S9YA 4C65A 4NHVA 1QNVA 1K7EA 3T42A 1K7XA 5CH9A 2Z4GA 3PSVA 4WJXA 2C14A 4CCCA 3NQVA 3EDKA 3R11A 1N2VA 1FBAA 1W1PA 5K2ZA 5DMMA 4GGHA 3GWQA 1PXGA 2HK0A 3S1GA 3LUTA 3PFRA 2V2CA 4J2MA 2O9OA 2WAGA 3K8KA 4GI4A 1NDZA 3UJEA 2CERA 1K03A 1IIGA 4AEFA 1Z32X 4HMNA 3AIWA 1R2SA 2R82A 1AH4A 2JF7A 2BVDA 3PR2A 2PLJA 3RLGA 1PTDA 2WHMA 2WBKA 2RGLA 4P61A 3FLUA 3IACA 4XIAA 4F40A 3A4WA 1QBAA 3L66A 2CZFA 3ZO9A 2IPGA 4F0KA 4IQLA 2OYMA 1UMLA 3LPPA 1F6PA 4TMBA 1H60A 2IUZA 2Q8ZA 1XCFA 4Q8NA 3KBNA 3URQA 3TYEA 1UZ4A 1ZHAA 1OF8A 1IYXA 3GM8A 3TA6A 2G50A 4I5RA 1J4EA 2WPGA 3ECQA 2TYSA 3H54A 5FJJA 3DUGA 3TN4A 3SGGA 4MDOA 2HQAA 3IJDA 5IDIA 3E0FA 3B8TA 3G5EA 1RVGA 1PBGA 1KTNA 1EYEA 4RV3A 2VURA 4AVOA 3NA8A 3NG3A 3P0WA 1QRQA 2CKSA 1W56A 4FNQA 1C7SA 2Y5SA 4Q6JA 4Y9NA 2O9RA 3STEA 3BV4A 4R85A 2C15A 1GCYA 4DJFC 1OFBA 2DSKA 5FCZA 1KFEA 3GW0A 4TTGA 4WCJA 1VPXA 5IHSA 4UR7A 3H4WA 3F4DA 4D6EA 4C6IA 1R85A 2YL8A 5AC4A 5C7VA 4GKLA 3W1UA 4KWVA 2WCSA 1WUEA 4YIWA 1X97A 3L4XA 1OY0A 2VWTA 3S9ZA 4UNLA 1SUXA 3WQPA 3S2LA 5HQLA 2PS2A 3LCIA 4JDBA 5I78A 1P0NA 1EP2A 4DM1A 3ITLA 4NI3A 5GJPA 1XRSA 5MKGA 3NZPA 3ZVIA 2NX3A 1OG6A 3GTIA 1SFLA 3W7JA 3WNPA 3W73A 4C6MA 2WMGA 3P8IA 1TO3A 4LTSA 2RKXA 1KTCA 2P3ZA 3TFCA 3DFSA 3GXFA 1YBQB 1BTCA 1ITXA 2WVTA 5AVHA 3GR4A 3AJXA 4AMAA 4DZHA 4E3VA 3NGFA 4C5ZA 3H2NA 3IV3A 4WY0F 1SFJA 3EKZA 1XS2A 4N0RA 5DT7A 2VCAA 1R7OA 1UD3A 3NYZA 3J7HA 1HT6A 4NAFA 3POCA 4IFKA 2QR6A 3R8GA 2DPEA 4JTCA 1XYZA 3UCQA 2BGNE 1HL2A 4B3KA 4HA3A 5BU6A 4TVUA 3VNJA 4DY1A 1D8WA 3G1RA 1JFXA 3RLVA 4HIBA 1OGSA 1FHUA 5E9AA 2H6RA 1X7FA 4IX2A 4D71A 2EPMX 2P53A 1J11A 1I60A 1LM1A 3OZOA 5AB3A 2I1OA 1JNEA 1V7YA 4LPCA 3SUUA 1M7XA 3RJYA 4S23A 3MDWA 4TU1A 5CC7A 4U3CA 4GCXA 1LDCA 4NP7A 1LORA 2XHYA 4KFOA 4IIEA 4A3RA 1UJPA 4ZSTA 3A12A 3O3RA 4K8EA 1Z42A 1W2VA 3WQ5A 2QGYA 3HGJA 4B5VA 1XL9A 4MWAB 1B3YA 3P2VA 2J25A 1HNYA 4BQ4A 3LQGA 1ONEA 4XO6A 3E96A 4DNHA 1E73M 3F4NA 5EY5A 4E6MA 5I77A 2H9AA 4LAKA 2OKTA 1DWHM 1YEYA 1J8VA 5FOOA 4NNCA 4E5TA 1W8GA 3FJ4A 3DX5A 3OZPA 1CPUA 4I9JA 1DKWA 1CGVA 1H7XA 2CYGA 1ME7A 4DAIA 3KS6A 3OEXA 4YJ5A 3AS1A 3O7UA 3DHFA 2IPFA 1XJBA 5HINA 5H2ZA 2ACRA 3GAYA 5I3KA 1SZNA 1MW1A 4O53A 1HO4A 1K6AA 3EXRA 2D3NA 4IMCA 3NSXA 3BLIA 3SCVA 1C8YA 3E02A 5LA2A 1FTXA 3WX7A 1MW2A 3SRHA 1XYCA 3GC4A 1OM0A 2OZTA 3GNDA 5D09A 1EZ2A 4XISA 1RLDA 8A3HA 1WO2A 1ODZA 1KV8A 3RNDA 3V1HA 5AHLA 4X63A 1DYSA 4QR6A 5FJUA 3CPGA 1M03A 4MADA 3RDKA 3BMVA 5A94A 2AOSA 3W7MA 1ISVA 5IFTA 3F03K 4GVHA 1BKHA 1YTEA 2XISA 1E0UA 2J78A 1IXNA 3KVKA 3R2GA 2ZTJA 3LLXA 1AMYA 4N42A 4L6OA 1WOBA 4V28A 4IQJA 3AYRA 3EDEA 1Z89A 3CMGA 1EHAA 3BW3A 2HCVA 3WF4A 4AWUA 1KGUA 1TE1A 3U57A 4KMQA 4ZXOA 4A6GA 2QF7A 3CIWA 3QQWA 3NQFA 4UFKA 5M2FX 1R3QA 1CDGA 1LJYA 3VI2A 2R6OA 1L2QA 1R6WA 1BRLB 3O8AA 4I6VA 1TG7A 1IXPA 2E6DA 3QLDA 4JX6A 3IJ9A 5JUVA 2GDUA 1QW9A 1X1ZA 3KXQA 4S1FA 3NO3A 1CECA 2AAAA 3LQLA 1LCOA 2C6QA 2V5BA 4S38A 4H8NA 3LOTA 4GY7A 5DN1A 4HOXA 3ARSA 4EXAA 3O07A 4JNYA 1MEHA 1QAPA 2HROA 5D2XA 4C6DA 5IBXA 4KFNA 2VENA 3CWOX 3GYEA 1H1ZA 9XIAA 3TKFA 1B57A 1TVNA 3M16A 4RDVA 2DZAA 3LI1A 1J01A 3AWNA 4I8DA 4LXFA 1UR2A 2VO5A 2Y8VA 2YXXA 3A5VA 5LIKX 2ZXAA 4Y9MA 2BLEA 2YIHA 3ZT6A 1NFPA 3W38A 1CXIA 2I7GA 5HANA 1Q6FA 3PBGA 2UBPC 1U22A 5FJRA 1LT8A 3FNDA 1ADOA 5XIAA 3L4UA 1P7TA 2W4XA 4P8WA 3LGGA 3W7LA 4JY8A 1FFQA 3TAOA 4M7SA 2FH8A 6CGTA 3CYJA 3WUFA 3WLNA 2E09A 1VB9A 5H8UA 5ABTA 4A22A 1XKJA 4B16A 3TC3A 4OV9A 3RJXA 1FH8A 5T26A 1LUCB 3ZVHB 4HYVA 4JTEA 3ARYA 1BVNP 4KEVA 3WF3A 2XTKA 1HJQA 1E71M 3OYZA 1G7VA 4AHQA 2VEKA 1HTIA 4NJJA 3RX4A 3TOPA 3LI0A 4OOZA 3P8JA 1BXBA 3WQDA 5DELA 3S2NA 4KIRA 3QH2A 1ISXA 1US0A 2WMHA 4Z08A 1QOXA 4JFSA 4RPQA 1YNPA 3VKKA 1JCJA 4MY8A 3G24A 2YDSA 1QO5A 2GWGA 4H9ZA 5D9MA 2NWSA 1O7AA 1CIUA 3ABXA 3TSDA 1LT7A 4RDYA 3O63A 1PKNA 1XYAA 5D37A 1AZ2A 1QWKA 3WK2A 4UFHA 4TTUA 2B4GA 1H1YA 3QKEA 4ICMA 2HISA 4KWOA 3FEMA 4W85A 4MYAA 2OGYA 5CC6A 3GUGA 3GTFA 3NM3A 6PTDA 3MSDA 4JTLA 2C13A 1JZ5A 5HXMA 1WDPA 3UXLA 3N13A 1JPMA 2TODA 1U33A 2D0HA 2HNHA 2BS9A 4E8GA 3S6DA 1E0XA 2ZX7A 4JN7A 1CENA 4Q8PA 4E2DA 2TAAA 2Y4SA 1THFD 2E8ZA 3JZEA 2QJMA 2DW7A 3HG2A 2F6UA 2CLPA 1FCUA 1VFFA 4RK8A 3GAKA 1VEMA 2XIQA 5LZLA 2IMRA 3NZRA 5ABFB 3N6JA 1F3TA 3R4IA 3AU2A 4AU0A 3QC0A 1DWAM 3QLLA 1TUXA 3LSCA 2ODOA 2IW0A 1P6CA 2H90A 4J35A 1U1JA 2X1SA 1KM0A 4CU7A 1XISA 4MLJA 1AD1A 4Y2WA 1IE7C 5A5WA 2P1FA 5CXPA 2PTYA 3MP5A 2BOFX 1S39A 1UZHA 1XGZA 1J79A 3I6EA 1UOKA 3WG6A 2OEKA 4ZO9A 2PTWA 3HTWA 3IIPA 1H5VA 5BNKA 3W7IA 3KX6A 1GYNA 4BFAA 4IPLA 4JHZA 4QROA 1GOWA 3BMXA 4QDWA 4W86A 1C8VA 3E2VA 4PTNA 3B9NA 1E1CB 3BQ6A 3QHMA 5D2YA 2OWCA 1J0ZA 3KP0A 3L23A 3VGHA 1A50A 4R3UA 1GK8A 4PUUA 2OO6A 3OZYA 3P82A 3LM7A 2NQJA 3LS9A 1J2WA 2ZZ6A 2VEMA 3ISIX 2Z27A 2VDHA 4PSPA 3LCHA 3AAMA 5CJ5A 1VRXA 1NOUA 2PC8A 3E2RA 4V2XA 5A8MA 3QZEA 5IM51 2G3NA 4JR5A 1J93A 1XBXA 1W5NA 2C16A 3NURA 4A3QA 3GFZA 1P6BA 3D47A 3B0PA 2WPBA 1A5MC 4KF1A 3LXBA 3UG3A 1CZ1A 1PDYA 3IVTA 2YFOA 2REQB 3W2UA 1TPFA 5J5RA 1H09A 1N82A 2I5IA 3GR7A 4QLJA 2E5CA 5ENLA 2A85A 5CJMA 5BOOA 2YKKA 2VR5A 1WUFA 4DELA 3DBNA 3IVSA 4QBXA 1WDSA 3U4FA 4ACZB 7PTDA 1GOKA 1UIOA 4ML4A 1OT1A 4N02A 1QXLA 4QFUA 2D3LA 4QXIA 5DXXA 5AOUA 3S5SA 1F4AA 3CV7A 2C19A 1MVYA 4PGLA 3CZLA 1QI4A 4LAZA 3WBAA 1WZMA 1EO7A 3NR0A 3T2PA 3VGGA 4H9UA 2R8WA 1CGYA 4XZBA 5A8GA 3CC1A 3QMSA 4JNZA 1R0MA 2WJZA 3VOJA 4X22A 2XM1A 1KWKA 3UG8A 4ZQMA 1XLJA 4O1BA 3OTRA 1TCMA 3VKAA 3VNMA 4CUCA 4EPKA 4D8AA 3SO7A 4TV6A 4HKPA 3E0VA 3FFSA 1VZWA 1VCFA 1TTQA 4O16A 2OJPA 1D7FA 4HNOA 2B7NA 4C7FA 3BAIA 3E0IA 1EJUC 3PULA 3VVGA 1RAKA 1OT2A 1U5VA 1KC7A 1ZP3A 1EEXA 3NXFA 2ZVIA 2VZTA 4XZHA 3M43A 3WMBA 4J3SA 4LW7A 4QGCA 2NLYA 3G8RA 4RNFA 3ABOA 3E38A 2FQIA 1RXOB 4CEXC 5JBDA 2QVHA 2XVGA 2VVSA 3GHSA 2VFFA 3A3XA 3QC3A 3QQ0A 2EXOA 2W63A 2Q8LA 1TUFA 3FHQA 3T0AA 2W6RA 3LCLA 4O28A 3CIVA 3WQCA 4IM4A 3TQVA 1JYNA 1UBSA 4XSLA 3CPRA 3GDRA 4Q7BA 2HE5A 1VFMA 4AH7A 3W23A 1XIFA 1YHTA 2GK1B 1RQBA 1S3TC 2XH7A 3AYVA 2FH6A 1E0TA 2DZUA 3SIMA 1FWDC 2JEPA 4MJZA 3VDHA 2YDAA 2GJPA 3W6YA 1VC4A 4XKYA 3CL7A 2FVLA 3M47A 3JRKA 2B7PA 1P1XA 3NO1A 1QJWA 2GVJA 4WQ6A 1K8ZA 1G6CA 2VZVA 4POCA 1BYCA 4HHMA 3B9EA 3LBMA 2YCKX 4QIUA 4Q3MA 2CLIA 5CKSA 4TO8A 1TCDA 1O5RA 2FZDA 1IEQA 2X1UA 4NF7A 3K46A 1ISYA 2CZ5A 3F4VA 4OKDA 4GUHA 4PUDA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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