4YCOA

E. coli dihydrouridine synthase c (dusc) in complex with trnaphe
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
315
structure length
311
Chain Sequence
SMRVLLAPMEGVLDSLVRELLTEVNDYDLCITEFVRVVDQLLPVKVFHRICPELQNASRTPSGTLVRVQLLGQFPQWLAENAARAVELGSWGVDLNCGAPSGSGGGATLLKDPELIYQGAKAMREAVPAHLPVSVKVRLGWDSGEKKFEIADAVQQAGATELVVHGRTKEQGYRAEHIDWQAIGDIRQRLNIPVIANGEIWDWQSAQQCMAISGCDAVMIGRGALNIPNLSRVVKYNEPRMPWPEVVALLQKYTRLEKQGDTGLYHVARIKQWLSYLRKEYDEATELFQHVRVLNNSPDIARAIQAIDIEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords tRNA-dihydrouridine synthase C
publication title Major reorientation of tRNA substrates defines specificity of dihydrouridine synthases.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli (strain k12)
total genus 120
structure length 311
sequence length 315
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 1.-.-.-:
pdb deposition date 2015-02-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01207 Dus Dihydrouridine synthase (Dus)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.225.30 Mainly Alpha Up-down Bundle Bacteriocin As-48; Chain A Bacteriocin As-48; Chain A 4ycoA02
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4ycoA01
1SW7A 3LCXA 1KBIA 3QMTA 2H90A 1GVOA 4ICNA 1GVRA 1H7WA 3TAOA 1M7OA 3IRDA 2ZZ4A 4WUIA 3RLVA 3LHZA 1D9EA 1H51A 3SJ3A 5AHLA 3ABQA 1A53A 2FJKA 4JYEA 1ZNNA 3GXPA 1FWRA 2FPTA 3OG3A 4MFDA 1YYAA 3M43A 3P74A 2EF9A 1SO5A 4ZL1A 1LYXA 1IIHA 3G0SA 3MI3A 4PH6A 3PR2A 3D0CA 3A22A 3O6CA 5C2XA 3TC6A 3RMJA 4AWUA 1SZFA 2H3DA 3TFCA 2HS6A 3IGXA 4E2BA 4FNRA 4I9AA 1SO4A 2BLEA 3DZ1A 3MWAA 2AAMA 4LT9A 2VEKA 3WJWA 5C55A 1TRDA 3KVJA 5KTLA 3MI2A 3MP4A 4ADUA 2QEZA 4LS1A 3ABRA 3DENA 3W1RA 3DHDA 4IXHA 4UFHA 4MPQA 3MP5A 4Z1BA 6TIMA 1Z42A 3PBYA 1ICSA 3LI0A 3THQA 4HNNA 1JCJA 2OT0A 2YCEA 1YADA 3M6YA 3LXBA 2DZPA 3TK7A 3ZR4A 3ATYA 1T96A 1GWJA 3NAVA 3S9YA 5DELA 3THAA 3N9RA 2H8ZA 4FNQA 1GT8A 2HTMA 4PEKA 3DXIA 5KZEA 2Y7DA 3MBDA 1ADOA 3QYQA 3W2UA 4NNAA 1DJNA 2YFOA 2J27A 2QCDA 1RQHA 1IXNA 3W7OA 2OJPA 4A21A 4K39A 3H55A 1VJIA 3QPYA 4IX0A 5LNWA 4MLRA 5KITA 1S5WA 1W5MA 4LUJA 4O17A 3DHFA 1KFEA 4A22A 4FNTA 2QUVA 3MJYA 4NQ1A 3C2RA 3EXRA 3W1XA 1X7FA 4AF0A 4KFPA 4O50A 4PC8A 3W2LA 1TJRA 3QEZA 4GUFA 2OX1A 3M7WA 3NM3A 1TPB1 3BW4A 3B4UA 4QAIA 1QPRA 3BPWA 3C2FA 4NXKA 2JKEA 1R46A 4N6EA 5G4EA 2OMAA 4AHQA 4C1LA 5K9DA 4IMDA 1ZY9A 3UXAA 4JIPA 5AN7A 5AYYA 5C6MA 1U5JA 4HSNA 7TIMA 2ZTKA 5CZSA 1IGSA 4Q4KA 1WBHA 1OG0A 4C1KA 1ZFJA 3L68A 2CZDA 1XUUA 1GPWA 1SSGA 3WJSA 1JCYA 4NJJA 1DVJA 3LCWA 2CLFA 5C54A 4JIQA 1AK5A 1C9DA 4UFJA 4WY0A 3TW7A 5KZMA 1ZHAA 2DZUA 2ATSA 4X22A 2ZYFA 4Y9AA 3W71A 4JTJA 1FDZA 2F7FA 3KX6A 1PHQA 3KVMA 4WOQA 4BF9A 2CZ5A 1TPEA 3GR8A 5G5IA 1EIXA 3P61A 3TR2A 4U4MA 4UTTC 2GQ9A 2GPTA 4BWLC 3TXZA 1ALDA 3EWUA 1SUXA 3GVGA 2ABBA 3CIWA 2CZFA 2AGKA 1JULA 3PSWA 3NPUA 2F84A 1W5NA 1L6WA 3GK0A 2DZXA 5H91A 4ALDA 3C61A 1OF6A 2YW4A 1RVGA 3P62A 4L4MA 3IIVA 3CQ0A 4RXGA 2BX7A 5AHIA 4S2CA 3NO5A 1OFDA 2QJGA 5AHMA 4JR5A 3RU6A 1ML1A 3CIXA 4Z08A 3PAJA 3VKJA 3QH2A 1VHCA 5L9FA 1CW2A 3NM1A 2CLKA 5D2YA 5EL1A 3WK0A 3LBMA 2NV1A 3EKLA 3DFTA 4K37A 4Y90A 3KVLA 4MOZA 3W7MA 5I3GA 2HSAA 1YPFA 3HOJA 5AC6A 3FEMA 4CCCA 2YYUA 2C0AA 3W1MA 1TTJA 2RH9A 3BVJA 1HFBA 3BGGA 3BV4A 1R2RA 1NF0A 1ME7A 4ZQMA 3W88A 2QAFA 3QPZA 5HR7A 4LU0A 5LHFA 2CLLA 4O53A 2ZRYA 5F2IA 3N34A 1F05A 1YDOA 3BLEA 2BWGA 4YWIA 4JICA 4GUJA 3W9ZA 2G96A 2TMDA 3NPXA 1TPVA 3LERA 4ZQOA 3I7SA 4X2RA 3E49A 1WXJA 1FWTA 1HTIA 5K4XA 3S5OA 3LGEA 3LXAA 3PUEA 3U2OA 5D02A 2Q8LA 4MY1A 4Z1DA 1LRQA 3CU2A 5D05A 2ZFAA 3W7KA 5TIMA 4D2JA 3C52A 2A6LA 5I3IA 3NZRA 4AHPA 3PBWA 5D33A 4A29A 3OEXA 1UBSA 3STFA 4S1FA 1PL9A 2WNZA 3LCLA 3SY5A 1WOBA 1N55A 4AEOA 4O13A 1FY6A 3N19B 3W2NA 4DXVA 3VFLA 1YDVA 4DBDA 3NQMA 4LRSA 2I14A 3F03K 4LTSA 3N9SA 3FJ6A 4QQ3A 1SR9A 4MLJA 3W1LA 4MY8A 3GZ3A 2JKAA 3M5XA 4JYFA 3S1WA 1SPQA 4Z0SA 4JNMA 3PG8A 5LKYA 5AB3A 3HG2A 1BWLA 4JX5A 4M5PA 2LLEA 1W37A 3LCHA 3DI1A 1O95A 1BWKA 2JGYA 1XBXA 2EHHA 1Z41A 2TSYA 1KBJA 1OVDA 2WPBA 2A6NA 5CPLA 3G18A 4UFMA 1T0OA 4DO4A 4FXRA 5FEZA 3PVFA 2Q3OA 1KFBA 4DO5A 4H3DA 3G1HA 1Q6RA 3NDOA 4GBUA 4LVBA 4CQAA 1Q6LA 4LVDA 4JTTA 1QO5A 4YCOA 1I2RA 3STGA 3NOEA 3NQ6A 3ZWSA 3FJLA 4RJEA 3WJZA 1L9WA 4R33A 1VZWA 1K8XA 4Y96A 3W7JA 2FTPA 3I68A 3HBLA 2J24A 3A24A 3MO7A 3I6RA 3B05A 1TTIA 1IF2A 1X8FA 5I3JA 3B0PA 1THFD 4IJBA 3QC3A 2QUUA 5CKSA 3UY7A 3LHYA 5LHEA 4JXCA 4JTFA 5DXYA 1TPDA 2BTMA 1G4SA 1VLWA 3MYOA 1QNVA 1W5PA 3O07A 5I3KA 1V5XA 2D73A 1GQNA 1QPQA 4H6KA 1LDCA 3CEUA 3I65A 3UWYA 4O52A 2OZ0A 3GAYA 1OFAA 3FLUA 1KW1A 1LRNA 4UUIA 2ABAA 3TJLA 4S2BA 4MVAA 1TTPA 2NV2A 3O15A 4OT7A 5CPMA 1PE1A 4UXDA 2CZEA 3SGZA 4G1KA 1XBVA 2ZRXA 3SZ8A 5LSMA 2ZZ7A 1I4NA 4FF7A 1LORA 4UTIA 3TJXA 3W85A 1R2TA 2FPVA 3A5VA 3MW7A 3NQCA 5D09A 4WXZA 2ZRZA 4UTLA 3NQVA 1JCMP 3G1SA 4LRTA 3KVKA 1JR1A 3W72A 2ZDRA 1EUAA 3SSJA 5AHNA 3A21A 5CGQA 4FNSA 1G7VA 3R12A 5HWNA 1TPFA 2ZZ5A 3PUDA 3LRKA 3L66A 2QJHA 2QF7A 3LLDA 2FDSA 1VS1A 1WX0A 4XKYB 3HJZA 1KTBA 1FXQA 1H5YA 1TSIA 2ZZ6A 4L4LA 2YSWA 1F6PA 3USBA 3Q2DA 4UMCA 1ZALA 1ZAHA 3CWOX 4O15A 1OX4A 2WOQA 5D2TA 1UCWA 1I2OA 5F2GA 3TW6A 1GYNA 3VE7A 1F7BA 1KM5A 2G97A 1O5XA 3GX9A 2PURA 1W1ZA 4LS0A 3HGJA 1I2PA 3B03A 3NPWA 1YDNA 3EX2A 3DFPA 2A7NA 3E02A 1R30A 2VFIA 4IQLA 3NL2A 4GRSA 2H3BA 3O63A 2A4AA 1VGAA 3OHIA 3TH6A 1XKYA 2VELA 2OCZA 1QPOA 3S1VA 5AHEA 2E1DA 1OFQA 3TMQA 3ELFA 4WXYA 3W7IA 3QQ1A 3SR7A 3PUOA 4E2DA 1S5VA 2Y6ZA 4O16A 3DKLA 5EA9A 4RR4A 3E12A 1AW5A 4MJMA 1WQ5A 4N9BA 1RQEA 5HUPA 5AC8A 2GJNA 4Q33A 5K3VA 4MZ8A 1P0NA 3MI6A 3PSVA 3T7VA 3CTLA 3W1AA 1KTCA 1PVNA 1JRBA 4DBEA 3EWYA 2E77A 4NU7A 4UTWA 1W5QA 3B8DA 3EX3A 1EP3A 3M16A 2A85A 3UNDA 4PFMA 1OJXA 3TC7A 1OFOA 2DZSA 1Z48A 1XFBA 3C2EA 4O1AA 3W6YA 1R47A 4DELA 5KZDA 5L6UA 4M7TA 1RR2A 1SFLA 2Q8ZA 3TFXA 4ZVJA 3C8FA 2C19A 2I1OA 1KLZA 3W87A 2W6RA 4GUHA 3BGJA 3NL3A 1GVQA 4JTUA 1OF8A 2V82A 3DBPA 4OGZA 3TQKA 1LTDA 3GKAA 1LBLA 1U83A 1OK6A 1T99A 2B0MA 3ATZA 1UUOA 1PS9A 2Z2UA 4NXSA 3GIYA 3KAOA 1L2UA 1VYPX 1KM1A 4ZZ9A 1A5BA 3LHVA 3H53A 4ORMA 4POCA 4O12A 1KV5A 1KTNA 1RV8A 5DBTA 5GVJA 4ADTA 5EKYA 4O10A 1JCNA 1WBJA 3LCFA 2CFFA 3GNNA 3NEVA 3DH7A 5LNVA 3F1QA 5D2WA 1OX5A 4M19A 3RK8A 5FESA 2WKJA 5EBUA 2J88A 3UZ5A 2ISVA 3FOKA 1MEWA 3LHUA 1DQXA 2Y62A 2DJLA 1H7OA 2V81A 4N02A 3UY8A 1H61A 1HG3A 1GEQA 2QCMA 2QDHA 3GXNA 1DV7A 2DJXA 3GB6A 3LXCA 3TIMA 4UNLA 4I7WA 1TB3A 4BI7A 3CWNA 4GWEA 1KFCA 3GDLA 2CW6A 2FB2A 4Y6GA 2JGQA 2VEIA 1MO0A 4UFLA 3P82A 2YYTA 2B7OA 2FPYA 1WDWA 4YLWA 4E38A 5F2LA 3RFAA 3STEA 1C8VA 3PBVA 3TROA 5SWUA 1H1YA 2TYSA 2A21A 2VFGA 4IX2A 3GDRA 1H1ZA 2W79A 2ALDA 3IVUA 5D37A 5E93A 4K36A 5HINA 3L5LA 4DPQA 5F4WA 1QDSA 4FO4A 1D3GA 1BKSA 3EWBX 1KFJA 5E1QA 3LV6A 3W84A 2DU2A 3MYPA 1AMKA 2X1RA 5G2IA 5T26A 3HG4A 4Z0JA 2ZA2A 3R8RA 3W7NA 3N2XA 1VCFA 3G22A 2C15A 3W2JA 2YW3A 3MHFA 5D38A 2R94A 1XDLA 4NNBA 3FA5A 4AAJA 3HG3A 3EKZA 3NQFA 4JTLA 2B7QA 1VC4A 2ZRUA 4OBTA 2R14A 4ORIA 5CZTA 1QFEA 3BW3A 2H6RA 2J9ZA 1QPNA 1EX5A 5HWJA 1VHNA 4HKPA 1W0MA 5HMSA 5DCDA 1UUMA 3OBKA 1F76A 1H7RA 1YXCA 2GVJA 3A9IA 1DL3A 3LV5A 5FF0A 1X6UA 1EB3A 3W73A 2E5DA 1K7XA 4IPIA 3LI1A 3LHWA 4FIQA 1P0KA 2ZQ0A 3DU0A 1SW0A 2NUXA 1TQXA 1B57A 1L6SA 3NVTA 2EKCA 3IIOA 3NL6A 2VXNA 1AW2A 4RZ5A 4EWND 4R53A 3EWXA 3W1NA 3W86A 4ML9A 1GG1A 2C18A 4M7SA 3NQ2A 1NFBA 5DN1A 4R34A 3QRHA 3L0KA 4AVFA 2QKFA 1LM1A 3HPZA 3P60A 2QCFA 2YGYA 4PTNA 5CSSA 1DJQA 1WAUA 5FI8A 3NXFA 5IBXC 1FWSA 1YPIA 2X1UA 1GTHA 3PBUA 2CU0A 4CQ9A 5FEXA 4J9JA 4O14A 3LX9A 3S1XA 4I7VA 2Y85A 4CCEA 4M6VA 5HUOA 3W7CA 1M5WA 1E51A 3DFNA 4UTTA 3IIXA 5I3HA 1XM3A 1ZAIA 4HPJA 3PB2A 1B4KA 1S3HA 5ABTA 4BWLA 2E6DA 3QW3A 3W70A 1JQXA 1DORA 1XDMA 4PL1A 3G0XA 1F74A 1QO2A 3FKKA 3BK0A 4GUIA 2V30A 1OFRA 4N4QA 2OT1A 5G1YA 3UQNA 3N3MA 3DAQA 3QFEA 1Z44A 4NJGA 4YXGA 5BRBA 4IUOA 1JUBA 4UMBA 4GNJA 3G3DA 5FEWA 3TSBA 5DCBA 4HPXA 2E5BA 3W7GA 1B9BA 1QOPA 4A3UA 1XUZA 4N2YA 3MMTA 1QOQA 3TUUA 4PCFA 1J5TA 2P10A 4NX5A 1N8FA 4KWWA 4N4PA 4QNWA 4JTSA 1YXYA 3S42A 3PY2A 1NF7A 5K4ZA 4QNEA 1EP1A 4DF1A 1A50A 4N6FA 1DOSA 2VEPA 4ZQPA 2IQTA 4UNKA 1W3IA 2NWRA 5DY3A 2PRMA 3N2MA 3W2KA 3LOTA 3NQEA 5HQEA 1YTEA 3UWUA 4KWVA 4NUWA 2C16A 1VYSX 5I3FA 1TPH1 2UV8G 1QCWA 3AO0A 1KM6A 1YXDA 3M0ZA 4MIMA 4BK9A 3B06A 4AB4A 1LOQA 2QCCA 3LHTA 2VC6A 1JCLA 2FFCA 3DFQA 2HMCA 4LUIA 3DKJA 1JCXA 4KFOA 3O06A 5BW6A 1N7KA 2NXGA 2V0TA 1EUNA 1TV7A 2ZZ2A 1ZCOA 2VFDA 3LM7A 5DLCA 3KXQA 3G8EA 4LVAA 3W07A 1OYAA 2VFHA 4IXXA 3M47A 4O18A 4P61A 2EAWA 3LBCA 3BLIA 1V7YA 1PHWA 3GKFA 1WV2A 4MJZA 3WJYA 2Y89A 3GYEA 2CLHA 4HNUA 1TPC1 3EXSA 1RZMA 3RNDA 3TA6A 3F4WA 2QR6A 2B4GA 1SSDA 5CPNA 3SGUA 1KFLA 2I9EA 2ZA1A 4MYAA 1F6KA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5A6L A;  3PPH A;  3MVT A;  4EAY A;  1GVO A;  3C8N A;  1XGE A;  3WF1 A;  4J1O A;  3EBV A;  2IQD A;  3BZJ A;  1M7O A;  2ZZ4 A;  4WUI A;  1NTH A;  2FVK A;  3N2B A;  1H51 A;  3R94 A;  3SJ3 A;  1A53 A;  1S39 A;  2G0W A;  5TNV A;  4LAO A;  1ZNN A;  1FH7 A;  1FWR A;  2DUA A;  2FPT A;  4CN1 A;  3WNL A;  3WF3 A;  3H7V A;  2JQX A;  1JF6 A;  4MFD A;  2JIE A;  3ECQ A;  1SO5 A;  5AYI A;  2D3L A;  3KBJ A;  3MI3 A;  3PR2 A;  3D0C A;  4GD0 A;  3RMJ A;  2YOC A;  3MTW A;  5D9P A;  4FNR A;  1NIU A;  3DZ1 A;  4BKN A;  2IPF A;  2VEK A;  5KTL A;  3IJ9 A;  1KRC C;  4URI A;  3GFY A;  2E3Z A;  1H5V A;  1NQ6 A;  4IXH A;  3MP5 A;  3AIV A;  4PCP A;  1P6C A;  4AEE A;  1MDR A;  3LI0 A;  2XIS A;  1X96 A;  3GG7 A;  4D6G A;  1JCJ A;  3LXB A;  2DZP A;  2J66 A;  3O2L A;  3ZR4 A;  4AYG A;  1T96 A;  3NAV A;  5E6Y A;  3S9Y A;  3BSH A;  1F3X A;  2HTM A;  4EPE C;  4C6F A;  2Y7D A;  4XK2 A;  1IT8 A;  3WIJ A;  3ARO A;  4E8D A;  1Q6F A;  3W2U A;  1GJU A;  2YFO A;  2C7F A;  1IXN A;  3W7O A;  2OJP A;  4A21 A;  2J7F A;  1L0P A;  3W4R A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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