4YCPA

E. coli dihydrouridine synthase c (dusc) in complex with trnatrp
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
315
structure length
308
Chain Sequence
MRVLLAPMEGVLDSLVRELLTEVNDYDLCITEFVRVVDQLLPVKVFHRICPELQNASRTPSGTLVRVQLLGQFPQWLAENAARAVELGSWGVDLNCGAPGGGATLLKDPELIYQGAKAMREAVPAHLPVSVKVRLGWDSGEKKFEIADAVQQAGATELVVHGRTKEQGYRAEHIDWQAIGDIRQRLNIPVIANGEIWDWQSAQQCMAISGCDAVMIGRGALNIPNLSRVVKYNEPRMPWPEVVALLQKYTRLEKQGDTGLYHVARIKQWLSYLRKEYDEATELFQHVRVLNNSPDIARAIQAIDIEKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Oxidoreductase/rna
molecule keywords tRNA-dihydrouridine synthase C
publication title Major reorientation of tRNA substrates defines specificity of dihydrouridine synthases.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli k-12
total genus 114
structure length 308
sequence length 315
ec nomenclature ec 1.-.-.-:
pdb deposition date 2015-02-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01207 Dus Dihydrouridine synthase (Dus)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.225.30 Mainly Alpha Up-down Bundle Bacteriocin As-48; Chain A Bacteriocin As-48; Chain A 4ycpA02
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4ycpA01
2B7NA 3O15A 3QRHA 1AL8A 5E1QA 1PCWA 1H62A 1G67A 3BW2A 3EKZA 1TTJA 3TAOA 4IX0A 4UTWA 5HULA 4N9BA 3U2OA 3FKKA 4UTLA 3R12A 2ZZ2A 2G95A 2Y7GA 4MZYA 3EKLA 5C54A 4FB7A 4LU0A 4UMBA 4FXRA 1GYLA 1IIHA 2V2DA 1CW2A 3W1TA 2GJLA 3N2XA 3QSRA 1OG0A 3R89A 3RLVA 2O7QA 2V9DA 3IGUA 1V7YA 3DHFA 5FEPA 5KTLA 3RNDA 4HIBA 3LHVA 3SY5A 4RZ4A 4O14A 3SECA 1LYXA 3OIXA 1WBJA 1XUZA 4POCA 3THAA 1G4TA 2UV8G 3S42A 3PBVA 3R8RA 1SUXA 2X1TA 3U6WA 2VEPA 1QPNA 3P67A 3LM7A 3MWAA 1GVSA 5J5RA 1I45A 5D32A 3TUUA 5EBUA 1DKWA 4UTWC 3K30A 1KM1A 3VE7A 3BO9A 5EY5A 3PB2A 1GOXA 1SFLA 1P4CA 1TPB1 1A5SA 2AGKA 1CI1A 1W5NA 3CPRA 3NXFA 3AJXA 3NQAA 1K7XA 2XFWA 3NDOA 1PV8A 3N9RA 3ZS4A 3NQMA 3QPZA 1RQHA 4A2SA 3HPZA 3LOTA 2DZUA 3S6DA 3LHYA 3HGRA 1DJNA 4QIUA 1KM0A 4QNEA 4AVFA 1T0OA 2C13A 2A1YA 4UR8A 1KA9F 2VFHA 1OYCA 2JKEA 3W7JA 7TIMA 4PEKA 4JICA 3IVSA 3UY7A 3I7SA 4L4LA 4O54A 5LKYA 3W7KA 5LHEA 1JVNA 4UMAA 1OX5A 3F4NA 1WAUA 2YYUA 1HUVA 4IX2A 1ZALA 2QJGA 2BSLA 2DP3A 4WUIA 3G1DA 1WQ5A 1L6WA 1LRTA 2H8ZA 2VFEA 3QW3A 1S5TA 4IMFA 2NXIA 3L2IA 2YFOA 3VKJA 3W7QA 4DO6A 3S1XA 3HG2A 5D02A 1W5MA 3JS3A 3ZWSA 2GVJA 2OZ0A 4P61A 4NQ1A 4FX8A 1W8SA 2ISWA 5HWMA 3M5VA 3T55A 4WQ6A 4Z1DA 4UTMA 1N8FA 3STEA 1SW0A 2NX1A 1AL7A 3DXIA 1NSJA 1ZY9A 3NZ1A 4JR5A 4LNYA 4A21A 4XBKA 3TR2A 2JGQA 1FDJA 1OFAA 4XZ9A 5TBOA 1FY6A 3P60A 3C2OA 2VFDA 1ICSA 1NF7A 3HG5A 4CQAA 1VYRA 4JYEA 2WOQA 3HO8A 5CPNA 1ZAIA 2C18A 1WXJA 2GQ8A 3RK8A 1KM6A 3VE9A 2O7SA 1H51A 4QAIA 1FDYA 4XWUA 3L5LA 3H53A 4OBTA 4N02A 5AFDA 1VLIA 2YYTA 4A2RA 4A29A 2HSAA 1M6JA 2GQ9A 2RKXA 4AXKA 4O18A 2FDSA 1O5XA 1NF0A 6ALDA 1H7OA 2X2GA 1A50A 3Q37A 3CLMA 1ONRA 4JTJA 4K7VA 3HBLA 3NQ8A 3L9CA 1BWLA 4HSNA 3L0NA 1Z48A 2YZRA 1FWNA 1F6PA 1I8JA 3KVJA 3PAJA 3MHFA 1GWJA 1EUNA 2W6RA 3UXAA 3W7CA 3R2GA 3SFKA 2OJPA 3C4UA 3OVRA 3GDLA 5F4XA 4HN4A 3M16A 3TU9A 3MI2A 4BI5A 4OV4A 4HNUA 4S2BA 1DBTA 1X1ZA 1YXYA 1ADOA 2CLIA 2P10A 1PHQA 5G2HA 1PHWA 4K36A 4IOTA 3LCLA 3W73A 5D33A 3M7WA 4LC6A 1LLWA 4NXKA 4LS1A 1IIGA 1KM3A 3ELFA 4IXHA 4TIMA 2H3BA 4UTTA 2WV8A 1FCBA 2DZVA 1OFPA 2YR1A 2B0MA 4ZQPA 4HPXA 2R91A 3FFSA 1YPIA 5D03A 1QCWA 1H1YA 1IF2A 1LP6A 3RMJA 3TJXA 3W88A 3MI3A 4NUWA 3UWYA 2JBMA 2J9ZA 4GUIA 3FIGA 4PFMA 3G1HA 1L9WA 2E09A 2ZYFA 2YPIA 2VC6A 1GVQA 5CZTA 5DBTA 1RR2A 4IMEA 3W76A 3TCEA 4Z0SA 3EWBX 3LGEA 5I3KA 3UD6A 1YDVA 3W75A 3W83A 4LUIA 4AWSA 1OYAA 3QZEA 1I2RA 4DO5A 4O52A 3N19B 4BI6A 4O19A 1B57A 2ZA2A 3TX9A 3TQKA 5FF4A 4FNQA 5CPOA 2VFFA 2XN1A 2OX1A 3LHTA 4MZ1A 3CM4A 1P5BA 2JGYA 3EWZA 3FYPA 4UTIA 4WY0F 4UTTC 4LW7A 3S1UA 4O0KA 1EPXA 2VEKA 3KFTA 3PUOA 1RV8A 1F6KA 4MJZA 4XKYA 2LLEA 4JXCA 4OE7A 2E5BA 5HINA 3P61A 2AAMA 5HWJA 3PY2A 1XI3A 4TX9A 3M1ZA 3IIOA 2Y88A 1SZGA 2FJKA 4HPJA 3QMTA 1ZAHA 3TH6A 4NT0A 3NM1A 2R94A 3KX6A 3EX3A 1QOPA 2AQWA 2GOUA 1LORA 1EIXA 4DF2A 4BFAA 3LLDA 5AC6A 1A53A 1HG3A 1W3IA 1KFLA 3S1WA 1IXOA 1F05A 5GVJA 3BLFA 4ZQNA 3NPVA 1ME9A 5AYYA 3G1VA 1GPWA 1U5JA 4YCPA 3EWUA 3ZR4A 2ABAA 5D2XA 2QJHA 1TTIA 4I7UA 3S5YA 3DHDA 5HMSA 4LS2A 3W2JA 5G1TA 4KFPA 4OU1A 3NPWA 2DJLA 3G1FA 1C8VA 3TFXA 5IM51 2CZDA 3HQ1A 3NM3A 3QC3A 4LVDA 4MY1A 3W7IA 4GFSA 5DY2A 2ZRYA 3I68A 5K9DA 2C14A 1ICQA 5E0KA 4NZJA 3TFCA 4ADTA 3M47A 5DBUA 3DFSA 1HL2A 2A85A 2J9XA 3EEGA 3L68A 3S5ZA 2QCNA 2JKPA 4H4IA 3P62A 3NVTA 3L0KA 3QPYA 4DXVA 3W2KA 2ABBA 3CIWA 3LXCA 3E9AA 2QCMA 2RDTA 2WSYA 5IBXA 4GBUA 2IQTA 2V2CA 3B8DA 1VS1A 3GDRA 4MYAA 1OYBA 2QAPA 4O16A 1W37A 2A5HA 3Q2DA 4RKAA 1A5CA 5F1VA 3LX9A 4RXGA 5DCBA 4X22A 3BPWA 1QR7A 3W7OA 1KTBA 2Z0IA 1X6UA 1SZNA 1Q6LA 1R30A 1TCDA 2DZSA 2PURA 1R2SA 3TIMA 3EXTA 3W3OA 1CX9A 4ALDA 3W7DA 3FEMA 4K7YA 2X30A 4XTDA 4TO8A 4O28A 4CQ9A 2WJZA 3STFA 4FX7A 3LXBA 4DPPA 1L6SA 3AO0A 3LCHA 1WYIA 4GUFA 1F2JA 4UUIA 4M6VA 1SSDA 1TV8A 2ZTJA 4GXMA 3P82A 1DVJA 1W5PA 4UFJA 4MJMA 1DORA 1OX4A 2WKJA 1OFQA 2J24A 4Y8FA 1P1XA 5AYZA 1OX4B 4HHPA 1LZOA 4DBDA 2CLEA 5IBXC 4JX5A 2ZBTA 4KWVA 5C55A 3PSWA 1VJIA 2E1DA 2FFCA 1I2OA 3VFLA 4N6FA 1YXDA 5K4XA 3PF3A 5MHBA 1KM2A 1ZCOA 2CLFA 1KBJA 2CFFA 3QF0A 1FCVA 3BK0A 3C2VA 3TAKA 1Z41A 4RXFA 3GDKA 3DFQA 1J5TA 2Y7DA 4LY8A 4MLJA 3EXSA 1W5OA 1KW1A 3S0CA 2QR6A 2Q8ZA 1KFBA 3W71A 5KZMA 1W56A 1TTQA 2CZFA 4IMGA 1LM1A 3P7YA 3UXDA 2DZXA 3ATYA 3GYEA 2C15A 1YDNA 4JNMA 4LV9A 1RQEA 1W5QA 3UWUA 4IJBA 1JUEA 2ZRUA 4PL2A 4NVTA 3T40A 2FB2A 1W3TA 1Q6OA 5E93A 3KRUA 1TV5A 1SZEA 1AG1O 4QQ3A 5AHIA 5HUOA 1H7WA 2QCHA 1PL9A 3LBMA 4UCGA 2E6FA 4LRTA 1EWDA 1IXNA 4ZVJA 1LRQA 3A5VA 3LTPA 4JY8A 2A6LA 2NX9A 3QYQA 4PTNA 3I7QA 3F1QA 1JQVA 5BOOA 3OG3A 5HQEA 3NL6A 1YYAA 1HO4A 3W7RA 2ZRVA 1QPRA 1OJXA 4CQ8A 2Z6JA 4PA8A 1XUUA 4YCOA 2OT1A 2V5LA 3P5YA 1KFCA 3DAQA 3DZ1A 1GG0A 4OWGA 1FWSA 4UFKA 1XDMA 1G4EA 1R2TA 3USBA 2ZDRA 2E6DA 2QJIA 3UWZA 2WSRA 1LDCA 3M41A 3LHUA 1UJPA 3D0CA 4J9JA 4BK9A 3N34A 1M5WA 4ORMA 5F2GA 1F74A 4HNTA 3T44A 3NQFA 4KFOA 2QCDB 3MO7A 1A5AA 3KVLA 5D2VA 2VFGA 1AK5A 3QJAA 3A9IA 5F4WA 5EKYA 3HPXA 1FWRA 2YSWA 2G5WA 4ZQCA 1GQNA 3G1SA 4UFMA 4RZ6A 4UXDA 4R33A 2C6QA 3QEZA 3MMTA 3L5AA 4FF7A 2YDAA 4DQWA 1WBHA 3PC0A 3W7EA 4NNBA 4MPQA 3TE9A 4R34A 4OV9A 3G24A 4TMCA 3N14A 5KITA 4ADUA 2VEIA 1L2UA 3GDTA 4OQVA 5CG7A 1FXQA 4LVFA 4XTIA 3DGRA 1J4EA 5D04C 5BRBA 5HJLA 4UFHA 4KWWA 4M6PA 5BW6A 4O1DA 5H91A 3CWNA 2ZRXA 4CNNA 3HGOA 1B4EA 3OEXA 3MBDA 5AOUA 2NZLA 3LDVA 4RLIA 3W22A 2G96A 2V2HA 3G1AA 3BLIA 4UMCA 3FA5A 3P74A 4NNAA 3TROA 2D73A 3GAYA 3IIXA 4UNLA 4AAJA 1BKSA 1DV7A 1TTPA 2ZZ4A 4M7SA 4JTGA 1XBYA 2FB3A 2RH9A 1UBSA 3QMSA 4ZQRA 2Y62A 1OX6A 3CTLA 3W84A 4IMDA 1VCFA 3C2EA 3HGJA 2NUWA 1L6YA 3M6YA 1TV7A 1VQTA 4YWIA 1SO6A 2TPSA 4FO4A 3L0GA 3SW6A 3TXVA 3KVKA 2C1HA 3NZRA 3PM6A 2Q3RA 2EAWA 3IIPA 3G8EA 1VHNA 1OF8A 3DKLA 4N4QA 1EB3A 3L66A 4JS3A 1UCWA 4FIRA 1ZFJA 1K02A 3E0IA 4PCFA 3E96A 4O1AA 3NQVA 1W0MA 1ME8A 3A24A 4C1KA 2A7NA 1KLZA 2C0AA 5F2IA 5A5WA 3WJXA 1SO3A 4DO4A 2NLIA 1OFRA 5AHLA 4O15A 5LNUA 1K7FA 2QEZA 2QAFA 4BF9A 4JIPA 3PSVA 4JX4A 5CPMA 3TXZA 2RDUA 3DU0A 1PIIA 4M19A 3W1UA 4UIOA 2ZTKA 4NU7A 3FYOA 1TSIA 3V1PA 3PULA 4MY8A 5LNVA 3CC1A 3DENA 3S8HA 4HNVA 3QQ0A 3FOKA 1FX6A 4M5PA 4FHAA 4RX0A 5H2ZA 3NQEA 5L6UA 3E02A 2W79A 2VENA 3KOFA 2WPBA 3DI1A 2YW3A 4JDBA 3IIVA 3P5ZA 4W9TA 3WJWA 1JRCA 1GVOA 6TIMA 3KVMA 3MYPA 1W3NA 2J27A 4Z1BA 5TQLA 4JTIA 4EIVA 1B9BA 2E5DA 3GIYA 5LSMA 2EF9A 4O12A 5FI8A 5A8GA 4CCCA 4D2JA 4CNOA 1JCJA 1OHLA 4JEQA 1PCKA 3WJSA 1ZHAA 5SWUA 1P0KA 1F73A 4JTSA 3R13A 4QNWA 1NEYA 4Y9AA 3IGSA 2XN2A 3KAOA 4NXSA 2QUUA 1F5ZA 2YW4A 3MBFA 2B7QA 4LTSA 4MFDA 4O0ZA 3NL3A 2PRMA 1TPVA 3KRSA 5G2IA 3LCXA 1QO5A 1YPFA 3HGSA 1YXCA 1TO3A 1LRNA 3FKRA 4MKNA 1A5BA 3W6YA 4Z08A 1EP1A 3CEPA 3C2FA 3THQA 3R5EA 1O5KA 3ANYA 1ME7A 4JDYA 2X16A 1YTKA 5KSWA 2GPTA 4DEFA 1IXQA 4QISA 2B7OA 1M7OA 3B04A 3GVGA 4MYXA 2DZPA 1GG1A 1C29A 3TKFA 3H55A 3PBYA 3W1MA 3NPUA 1W54A 3GKFA 2RDWA 2ZZ7A 3GZ3A 2V30A 3OVPA 3W72A 4GRSA 1LBLA 2V81A 1BTMA 1G6CA 3EB2A 3TSDA 2Q3OA 1JJKA 2ZA1A 1K03A 2FPVA 5TIMA 1Q3NA 3O8AA 1SFJA 3WK3A 2XN0A 1JCMP 4OGZA 3W85A 4PC8A 1O94A 1WA3A 3P81A 3S1VA 2WO5A 3DKJA 3TC7A 4XUGA 1SSGA 3GK0A 3UY8A 2ZZ3A 4EVZA 5HR6A 3IV3A 1KLYA 1Q45A 2I9EA 3SGUA 3G1XA 1MO0A 2R14A 3JR2A 1FQ0A 2Z6IA 4X9SA 5HNRA 3NQCA 1R47A 4MZ8A 1TREA 2J6XA 5AHMA 4R53A 3NQ6A 3M5ZA 3MUXA 4KKXA 1O95A 1V5XA 4ADSA 3M5YA 4LS0A 3W7NA 2VXNA 2WSQA 2CW6A 5D09A 3W1QA 4JTFA 2Y61A 3GXPA 2EHHA 2ZA3A 3I6RA 1ZAJA 1QWGA 4LOCA 4LVGA 3TV8A 3M0ZA 4JIQA 2B7PA 4O57A 3NQ2A 4CCEA 2CLHA 2CU0A 1JCNA 3CWOX 2NX3A 4Z1CA 4RR4A 1W31A 1JCYA 1MSSA 3CHVA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4E38 A;  2GVG A;  3C3N A;  4RV8 A;  2BWG A;  3BG3 A;  3YPI A;  2J88 A;  3ATZ A;  1U83 A;  1VPX A;  2NUY A;  2CLL A;  1GTE A;  4QJ1 A;  5K7J A;  3NNT A;  3E49 A;  3STC A;  3LHZ A;  1W1Z A;  1VH7 A;  4NJG A;  1LOQ A;  2ISS A;  2PC4 A;  4K39 A;  1HTI A;  3G0U A;  1WDW A;  1YTE A;  4RK8 A;  1WOB A;  3BGG A;  3KRZ A;  4FNR A;  2J9Y A;  3T78 A;  4AHP A;  4RCX A;  1AW1 A;  2RHG A;  3C52 A;  3LI1 A;  3LCF A;  3W7L A;  4HNN A;  4YL2 A;  2ZCG A;  4GUH A;  4K37 A;  4JTT A;  2ZQ0 A;  1RPX A;  3DH7 A;  2OT0 A;  3EX2 A;  1X8F A;  1GJP A;  1I2N A;  3P8J A;  4HKP A;  2EGZ A;  1SW3 A;  4NX0 A;  3HOJ A;  1H7N A;  3I7R A;  1T96 A;  4TMB A;  3B4U A;  4O8R A;  1I2Q A;  1UB3 A;  4Y6G A;  5EMU A;  3NO5 A;  1ZEN A;  1MXS A;  4NX5 A;  3G18 A;  3CQ0 A;  1Z44 A;  3PUD A;  2E68 A;  3HJZ A;  4ZQO A;  1GZG A;  4ML9 A;  3OA3 A;  1OK6 A;  1SQ7 A;  5CSR A;  5K4Z A;  2DJX A;  3GND A;  3LCG A;  1DQW A;  3LTY A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3WLM A;  2FHC A;  3QRH A;  1PCW A;  3WX7 A;  3BW2 A;  4UTW A;  3DES A;  5ECU A;  1X6N A;  3WH6 A;  2PDG A;  3WH5 A;  4XAP A;  4UR9 A;  3N4E A;  4W93 A;  4KGL A;  1BSI A;  3Q4D A;  2WYS A;  4FXR A;  2V2D A;  1CW2 A;  3W1T A;  4PTV A;  3RLV A;  2O7Q A;  1UBP C;  2V9D A;  3IGU A;  5EMM A;  5FEP A;  2Y5J A;  4CUC A;  1Q85 A;  4ZFC A;  3LHV A;  3MSY A;  2QDD A;  1QVB A;  1LYX A;  4FF5 A;  3L4Y A;  4C6L A;  1XUZ A;  4POC A;  5REQ A;  4YTU A;  5BOE A;  1SUX A;  2WHM A;  2X1T A;  2R1M A;  2ZUW A;  3WD1 A;  3WFZ A;  3NYD A;  1Y5W A;  5EBU A;  1B90 A;  4UTW C;  1XLG A;  1US3 A;  3K30 A;  5AZ0 A;  2XSX A;  3N2T A;  3VE7 A;  3PB2 A;  4B16 A;  1GOX A;  4ICM A;  1A5S A;  2P88 A;  1OC5 A;  1CI1 A;  1NWR A;  3NQA A;  3VIH A;  4ATL A;  2QGH A;  1IR1 A;  3AZS A;  1MFV A;  7ENL A;  2V69 A;  3ZZ1 A;  3HGR A;  3SCT A;  3MUY 1;  3VD5 A;  1KM0 A;  1ZP3 A;  3WH7 A;  2A1Y A;  2G3J A;  1K1D A;  4Q8V A;  1C8Q A;  4C6I A;  2BG5 A;  1E6S M;  9CGT A;  5EMK A;  7TIM A;  3AWO A;  5I07 A;  4PEK A;  1A0E A;  3W02 A;  2VI0 A; 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