4H9MA

The first jack bean urease (canavalia ensiformis) complex obtained at 1.52 resolution
Total Genus 298
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
298
sequence length
840
structure length
828
Chain Sequence
MKLSPREVEKLGLHNAGYLAQKRLARGVRLNYTEAVALIASQIMEYARDGEKTVAQLMLGQHLLGRRQVLPAVPHLLNAVQVEATFPDGTKLVTVHDPISRENGELQEALFGSLLPVPSLDKFAENRIPGEILEDELTLNIGRKAVILKVTSKGDRPIQVGSHYHFIEVNPYLTFDRRKAYGMRLNIAAGTAVRFEPGDKSVTLVSIEGNKVIRGGNAIADGPVNETNLEAAMHAVRSGFGHEEEKDASEGFTKEDPNCPFNTFIHRKEYANKYGPTTGDKIRLGDTNLLAEIEKDYALYGDECVFGGGKVIRDGMGQSGHPPAISLDTVITNAVIIDYTGIIKADIGIKDGLIASIGKAGNPDIMNGVFSNMIIGANTEVIAGEGLIVTAGAIDCHVHYICPQLVYEAISSGITTLVGGGTGPAAGTRATTCTPSPTQMRLMLQSTDDLPLNFGFTGKGSSSKPDELHEIIKAGAMGLLHEDWGSTPAAIDNCLTIAEHHDIQINIHTDTLNEAGFVEHSIAAFKGRTIHTYHSEGAGGGHAPDIIKVCGIKNVLPSSTNPTRPLTSNTIDEHLDMLMVHHLDREIPEDLAFAHSRIRKKTIAAEDVLNDIGAISIISSDSQAMGRVGEVISRTWQTADKMKAQTGPLKCDSSDNDNFRIRRYIAKYTINPAIANGFSQYVGSVEVGKLADLVMWKPSFFGTKPEMVIKGGMVAWADIGDPNASIPTPEPVKMRPMYGTLGKAGGALSIAFVSKAALDQRVNVLYGLNKRVEAVSNVRKLTKLDMKLNDALPEITVDPESYTVKADGKLLCVSEATTVPLSRNYFLF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Urease
publication title The first Jack bean urease (Canavalia ensiformis) complex obtained at 1.52 resolution
rcsb
total genus 298
structure length 828
sequence length 840
ec nomenclature ec 3.5.1.5: Urease.
pdb deposition date 2012-09-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00449 Urease_alpha Urease alpha-subunit, N-terminal domain
A PF00547 Urease_gamma Urease, gamma subunit
A PF00699 Urease_beta Urease beta subunit
A PF01979 Amidohydro_1 Amidohydrolase family
A PF18473 Urease_linker Urease subunit beta-alpha linker domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.10.150.10 Mainly Beta Ribbon Urease, subunit B Urease, beta subunit 4h9mA03
2.30.40.10 Mainly Beta Roll Urease, subunit C; domain 1 Urease, subunit C, domain 1 4h9mA02
3.20.20.140 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Metal-dependent hydrolases 4h9mA04
3.30.280.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Urease; subunit A Urease, gamma-like subunit 4h9mA01
4G7EA 4ZSUA 3S2NA 1EJXB 4DIAA 3K5XA 4M51A 4AC7A 3LU2A 4H9XA 4GOAA 1S3TC 3GRIA 1O12A 1A5OA 1FKXA 3A3XA 1RAKA 1K1DA 1A5MC 4UBPC 1EJUA 1EJRA 4V1YA 4TQTA 1KRCA 3UBPC 2VM8A 2UZ9A 3MVIA 4HK7A 5A6TA 1KRBB 2Z25A 4AC7B 4QS6A 4H9UA 4EPBA 4EPKA 3GUWA 4BY3A 3IV8A 3LSCA 1A4LA 1FWFB 3FDKA 1EJWB 4KIRA 4LH8A 4IG2A 3QGKA 1ONXA 4B3ZA 1IE7A 4R88A 3B40A 3UF9A 4H9ZA 4MUPA 3ITCA 4C5ZA 2DVUA 3MVTA 3PAOA 4RZBA 4IGNA 5HMDA 2ZC1A 4GY7A 3MPGA 4LALA 4LAMA 1A5OC 2Z2BA 2WJDA 3LSBA 4XD3A 1EJUC 4Z42A 3F4CA 1A5LA 4LEFA 1KRCC 5A6TC 4C6OA 4NP7A 2WJEA 3OVGA 4EPBC 4CNSA 4R7WA 4F0SA 2D2JA 2Z24A 2Z29A 3LGDA 4PCNA 4WHBA 3AU2A 4DI8A 3HM7A 4C6LA 1FWDC 1FWHA 4P5UA 2RAGA 2R1NA 3LA4A 4IFRA 1ZZMA 2OOFA 2P50A 2E25A 2GOKA 1IE7C 2PLMA 1BF6A 2VR2A 4GY0A 4KESA 2YZ5A 3MKVA 3ORWA 1FWHB 4H9TA 4HK5A 2D2HA 2Z00A 4C6CA 1RJQA 2XIOA 4DO7A 3AU6A 1FWBA 4DZIA 4EPDA 2FVKA 3JZEA 1FWCB 4KERA 1KRAB 4CQBA 5FSDA 4WGXA 3S2LA 3UR2A 4Z42C 1A5LC 2Z28A 1O5RA 2A3LA 4C6KA 5AKQA 3URQA 3T8LA 3EWCA 4RDWA 4LCRA 4ZSTA 3GTIA 4RDZA 4EPDB 1GKQA 4DLMA 1FWIB 3URNA 3S2JA 1FWGB 4JOMA 1FWEC 4CEXB 1EF2A 1UBPB 1NDWA 3MJMA 2FVHA 4G2DA 2FTWA 4C6EA 2E1WA 1S3TB 3QY6A 4C60A 3GIPA 1P1MA 1XRTA 2Q01A 1A5MB 4UBPB 3FEQA 1FWBC 2PGRA 1PB0A 3UBPB 1XRFA 2D2GA 4LAKA 1PSCA 1QXLA 2HPMA 3E38A 1RA0A 1I0BA 1NDZA 3QY8A 3URAA 1RK6A 1EZ2A 4HA0A 1K70A 3GU9A 3ICJA 1RK5A 4AQLA 5E5CA 4L9XA 1E9YA 2P9BA 1WXZA 4GYFA 1ITUA 1ADDA 4LFYA 4C6BA 3TN5A 2Z2AA 3EWDA 2GSEA 3QY7A 3QGAC 4KEUA 3F4DA 1PTAA 1EF2C 3CAKA 4G7EB 3S4TA 4IF2A 3GTFA 4C6QA 1J5SA 4RE0A 1EJVC 4KQNA 1A5OB 4GBDA 3F2BA 1FWDA 1ITQA 2OQLA 4PBEA 1EJUB 3TN3A 4ERGA 1EJRB 1KRCB 4J5NA 4GK8A 3RN6A 1E9ZA 5A6TB 1FWAA 2I5GA 2Z27A 3E0FA 4EPBB 5G4HC 2FVMA 3IJ6A 3OODA 2EG8A 3NQBA 4E3TA 3O0FA 4ICMA 2AQVA 4KEVA 4IG2B 1A5KC 3UR5A 1E9ZB 2DVTA 1V7AA 2ANUA 4H01A 4DNMA 1EJXC 1IE7B 3F2CA 3WYZA 1VFLA 2EG6A 1QW7A 4C6DA 2QVNA 3SO7A 3GGMA 2OODA 4WVXA 1YBQA 4LCQA 1J6OA 4C6FA 4Z42B 1A5LB 4XAZA 1FWEA 4F0RA 4F0LA 2PGFA 2QT3A 3FDGA 3LY0A 3OJGA 2GWNA 1FWAC 2P53A 4XD5A 1FWJA 1A5NA 4ERAA 4L6DA 4XAYA 1ONWA 3KM8A 4ERIA 1YBQB 1K6WA 3C86A 2BB0A 2FTYA 2HPIA 4CNUA 3LGGA 1WXYA 1RJRA 1UMLA 4KETA 5FSEA 2KAUA 2R1PA 2GWGA 3LS9A 2HQAA 3E0LA 3E74A 1NDYA 1FWBB 4QSFA 4IFKA 3UPMA 5LXXA 5FSDB 3RHGA 3QGAA 2HNHA 2R1KA 1YNYA 4GX9A 3HPAA 4INFA 1FKWA 3V7PA 2F6KA 4H00A 3MDUA 2AQOA 2UBPC 2Q09A 3TN4A 4C6IA 4GY1A 1EJTA 1FWJC 1A5NC 4CNTA 4UB9A 1POJA 1EJVA 1M65A 1P6CA 1UIOA 3F2DA 3GG7A 4DZHA 4RDVA 4XD4A 3S2MA 1EF2B 4GXWA 4GX8A 3RYSA 4DYKA 4I6KA 4R85A 4PCPA 4BJHA 1W1IE 5G4HA 4CEUA 4EP8A 5FSEC 2KAUC 1EJVB 3T1GA 3SFWA 1R9ZA 4CQCA 4CQDA 1P6BA 3MTWA 3PNUA 3PANA 1A5KA 4FURA 1J79A 4IFOA 3HTWA 4NG3A 3NURA 1EJXA 2YB1A 2O4QA 4C6JA 5G4HB 2VHLA 1R9YA 1YMYA 1GKPA 4I6VA 4QS5A 4J2MA 4XAFA 4H9YA 2EG7A 1EJTC 1J6PA 1A5KB 3ID7A 3GTHA 1E9YB 1JGMA 1GKRA 2PUZA 1KRBA 1UBPC 4H9MA 4B90A 4HK6A 3MDWA 4NI8A 1RA5A 1FWFA 4QRNA 1EJWA 4EPEC 2W9MA 3OOQA 2WM1A 4LANA 4CEUC 4EP8C 1R9XA 1FWDB 3T81A 1RJPA 1EJSC 2YB4A 3D6NA 1FWAB 1PO9A 2OGJA 2R1MA 1DPMA 2GZXA 2G3FA 3G77A 4OFCA 3NEHA 2ADAA 3WMLA 4PBFA 4C6MA 2R1LA 3CJPA 4RDYA 2FFIA 3DUGA 2I9UA 3TNBA 1KRBC 1POKA 1YRRA 5HMFA 2DVXA 4AC7C 4QROA 2Z7GA 2IMRA 3R0DA 2Z26A 1FWFC 4YIWA 1EJWC 3GIQA 4LAOA 2UBPA 1YIXA 3BE7A 3DCPA 1EJRC 1NFGA 3E3HA 3WZ0E 2Y1HA 2Z4GA 3GU1A 3OU8A 2BGNE 4D8LA 2YXOA 3MSRA 1FWEB 3GU2A 1M7JA 1NDVA 2AMXA 2UBPB 4XD6A 1UIPA 4DI9A 1FWJB 1A5NB 2HBVA 1FWCA 1KRAA 3QGKC 4KF1A 3PBMA 3IRSA 1HZYA 2OB3A 3A3WA 4DLFA 4C5YA 2O4MA 1V79A 3DC8A 2CZVA 2WJFA 5FSEB 2KAUB 4IH3A 3IACA 5HMEA 1FWIA 2ICSA 3EGJA 1FWGA 4C65A 3K2GA 1XWYA 4IQJA 4B91A 4IFKB 4CEXA 1M68A 2HBXA 4V1XA 1UBPA 4QTGA 2QS8A 1XGEA 1EYWA 3A4JA 1V77A 3LNPA 4PE8A 2VC7A 3ISIX 1S3TA 3IPWA 1FWHC 4HJWA 4J35A 3B0YA 1EJTB 1A5MA 4UBPA 4EPEA 3PNZA 3UBPA 4GC3A 1FWCC 3K4WA 4C6PA 1KRAC 3URBA 3N2CA 3GTXA 3AUOA 5CH9A 3E2VA 1KRMA 3B0XA 3RCMA 1EJSA 2PAJA 4BKNA 1V4YA 1A4MA 4EPEB 3OQEA 1V51A 4GZ7A 3IGHX 4EPDC 4CEUB 4EP8B 2QPXA 3O7UA 5FSDC 4IGMA 3TN6A 1FWIC 4B92A 2VC5A 4H9VA 1FWGC 4LCSA 4XAGA 1KCXA 3IARA 3CS2A 2VUNA 1I0DA 4KEZA 4C6NA 1EJSB 4CEXC
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3UEQA 2V2DA 1Q6LA 1Q7ZA 1B31A 4HPJA 1TFVA 2PWGA 3PG8A 5K3VA 3ALFA 4S3DA 1RAKA 4HHLA 3N34A 3WFZA 2WZEA 4DWDA 5KFFA 3VC5A 1OF6A 1KLZA 4EPBA 4F66A 1CXIA 2QUNA 3G8EA 1UUMA 4CD7A 3KRUA 4LRSA 1CXHA 3P3BA 1SR0A 3BSMA 3HF3A 2JIEA 4S39A 1EF3A 1QI3A 5K9DA 1JYXA 1XIJA 4REQA 1D3HA 4C1LA 4PC8A 1DE6A 2POZA 4NX0A 1A5OC 1KM5A 1GOXA 3WD4A 2VR5A 1EJUC 1SVDA 4YYCA 1QU4A 1XCFA 4YTSA 1UMYA 3BOLA 1W5NA 1XLJA 2YL9A 4Q4PA 2E8YA 3A23A 2NWRA 2OR2A 3MSYA 3CZLA 4WLCA 3TJXA 2V9DA 5KFAA 4GC6A 4I5XA 4KESA 4GNVA 2P5NA 2YDAA 1GQLA 3FA5A 2WVTA 2BWGA 2Z00A 4C6CA 5G4EA 5JIPA 2VTFA 3AZTA 3KS6A 1CGTA 3GW0A 3TKFA 1X8CA 3MY9A 3CC1A 1ESWA 2J9ZA 3NQAA 4AZ6A 4LCRA 4WY0B 1GKQA 3L4ZA 4OOZA 1HKMA 5LHFA 3KL3A 2PDFA 2BXYA 4HGXA 5JUVA 1O68A 1KV5A 1NM9A 3MJMA 3HQPA 2FTWA 3AMCA 1BAGA 4HU4A 4EWJA 5DG7A 4GC7A 4QAIA 4IMAA 4WUIA 4H6EA 1R2TA 1P0DA 1XRFA 5K7JA 5DFAA 3STCA 3TQ0A 3N4AA 4L5ZA 3W71A 5EMYA 4IMEA 3BANA 1BRLB 3ICJA 3VD9A 1RK5A 2VGBA 1E9YA 1G7VA 2UWFA 1WXZA 5IDIA 4ECLA 4JTCA 3VOHA 1K9EA 4J7RA 2VP8A 4Q6JA 4LS2A 3S4TA 3TYBA 5AVNA 2BVWA 4C6QA 3D5HA 3CTLA 2G41A 1FCBA 1FH7A 1LROA 1IHIA 2QJJA 3KOWA 4Z1DA 2I5GA 1K9FA 4KT2A 3SUUA 2Y7EA 3AIVA 5C9ZA 1QVBA 3BQ0A 2PTXA 5FA5A 3O63A 2DZWA 3G6MA 1GOWA 2BVTA 2HE8A 1I1WA 1JNDA 4DY1A 3O1NA 4MB4A 5I78A 3RU8X 3Q4DA 4F9DA 2FB3A 3BJTA 1N7KA 3WQ4A 8XIAA 2EG6A 4C6DA 4O1BA 2QVNA 3H4WA 1C7SA 1L8PA 3Q8QB 3W7GA 2XN0A 3D3AA 4Q4RA 4WVXA 1ME7A 4JKLA 4QEEA 4JQ3A 1RYRA 5KFYA 3FS2A 3OTRA 3QHMA 3UERA 4XAZA 1BVZA 4F0LA 3IV3A 5I09A 1FWJA 4FA3A 3BSGA 1M04A 3MO7A 4K7VA 3LTYA 2QCGA 4U28A 3C2VA 4Q3MA 3RB6A 4WEVX 3MMWA 1W3HA 2VCBA 1W56A 4JYDA 3GW3A 3ELFA 4AW7A 4FOKA 2A79A 3E74A 4GYKA 4XAPA 3BL3A 3QR1A 2D0GA 2C14A 2OYLA 5J5DA 4DAFA 4INFA 3HJZA 4H00A 3MI6A 1GCYA 1LORA 1PDYA 3NQDA 3S6DA 2YL8A 2C0AA 2VXNA 4DZHA 3GC2A 3TOYA 3GSMA 3S2MA 1VBJA 3W0KA 3C4UA 1YPFA 3AWNA 1XDMA 1V7YA 1Q6CA 1GVEA 3WF4A 4EP8A 1CGYA 1UD5A 2WKGA 2PMQA 1WB0A 4NG3A 2HROA 5G4HB 2QHAA 1DJQA 1E55A 3QFEA 1NQKA 1G4EA 3SJNA 3H23A 4EBEA 3ABSA 3QMSA 3JU2A 1A5UA 3QRHA 3HG4A 1GKRA 3C2OA 4B5VA 1UBPC 3KBWA 4BEQA 1TJRA 1XF0A 1VP5A 2YZRA 1R3TA 2V9WA 1KCKA 1KXQA 3A21A 5AZ0A 1C90A 1R3YA 3F5JA 3W7CA 4X2PA 2GGEA 3WBXA 4IWWA 1D8CA 3WK1A 4DBEA 3IGXA 3LOTA 4M6VA 2VVSA 2PF0A 4HHPA 1FRBA 5A69A 3TR2A 3IVUA 1POKA 4RL3A 4QROA 5EGRA 3DFNA 2V30A 2I17A 3OA3A 2PRHA 1RPXA 4IUGA 2H9AA 3OU8A 4O53A 2IPWA 2YXOA 1W1ZA 3XINA 2W67A 4IP4A 3SBFA 2GQ3A 5H1WA 5JVLA 3T7VA 4EIVA 5FJTA 3PG9A 3T2OA 3OO2A 3I7QA 5C7VA 3BPWA 1YPIA 3TSDA 1U22A 4C5YA 3WLLA 2INFA 1A3XA 3PBYA 1RR2A 1W2PA 4FX6M 5KT3A 5KFSA 3AWOA 4HCDA 5KFTA 3GNPA 3CMJA 1SO4A 4IFKB 3SCNA 1RQEA 2EPHA 2QS8A 1B9BA 3M0ZA 2ZTKA 3RBEA 3C0SA 3M5XA 1CDGA 3TJ4A 5KFBA 1VQTA 5HUPA 1FWCC 1TV7A 1DJWA 3B9DA 4DZAA 1EX5A 5E0CA 1F7BA 5C6MA 4FAMA 4P2VA 3H70A 4H2CA 1V51A 2JKAA 4LVDA 1AH4A 4JBRA 2J9YA 2B7NA 4FLSA 4L61A 3VUSA 4XV0A 3FEMA 1OFQA 4B5TA 4B92A 2J25A 4J3ZA 2Y24A 2NX9A 1EIXA 5KSWA 3PWAA 4HMNA 2WCAA 1K1DA 1PUDA 2BV9A 2BOFX 3RO8A 2AGKA 1Q8JA 2PP0A 3UNTA 4HCLA 1TX0A 2Y0FA 1A47A 3EMQA 3GUWA 2FHBA 4LH8A 3WL0A 3ZVHA 2Y5JA 3W7KA 2V81A 3B40A 3GWQA 2WO5A 1JDCA 3VAVA 1Q7MA 1KGWA 3BK0A 3MWAA 3WQPA 5FD0A 3PAOA 1DWAM 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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