3B0UX

Trna-dihydrouridine synthase from thermus thermophilus in complex with trna fragment
Total Genus 126
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
126
sequence length
312
structure length
312
Chain Sequence
LDPRLSVAPMVDRTDRHFRFLVRQVSLGVRLYTEMTVDQAVLRGNRERLLAFRPEEHPIALQLAGSDPKSLAEAARIGEAFGYDEINLNLGCPSEKAQEGGYGACLLLDLARVREILKAMGEAVRVPVTVKMRLGLEGKETYRGLAQSVEAMAEAGVKVFVVHARSALLALSTKANREIPPLRHDWVHRLKGDFPQLTFVTNGGIRSLEEALFHLKRVDGVMLGRAVYEDPFVLEEADRRVFGLPRRPSRLEVARRMRAYLEEEVLKGTPPWAVLRHMLNLFRGRPKGRLWRRLLSEGRSLQALDRALRLME
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Oxidoreductase/rna
molecule keywords RNA (5'-R(*GP*GP*(H2U)P*A)-3')
publication title Molecular basis of dihydrouridine formation on tRNA
pubmed doi rcsb
source organism Thermus thermophilus
total genus 126
structure length 312
sequence length 312
chains with identical sequence Y
ec nomenclature ec 1.3.1.91: tRNA-dihydrouridine(20) synthase (NAD(P)(+)).
pdb deposition date 2011-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF01207 Dus Dihydrouridine synthase (Dus)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.1460 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) 3b0uX02
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3b0uX01
3N9RA 3BGGA 2JBMA 5ABTA 1F74A 2R8WA 2ZZ2A 3JS3A 4N9CA 4LS0A 4AB4A 5F4XA 3KOFA 3W72A 1RQBA 3TR2A 1IIHA 2DZPA 3PBWA 3L68A 3I6RA 1ALDA 3FKKA 1KM3A 4UUIA 3W22A 2LLEA 3B05A 3PUOA 3KVJA 3NVTA 5HULA 4DO4A 3EX1A 3EWYA 3HF3A 2Y88A 1V5XA 5FF4A 1XUUA 5AYZA 5CZTA 2Y85A 4ZQMA 3OA3A 3ATYA 2H90A 3WK2A 1LBFA 4IMEA 5BMWA 4O28A 5AB3A 3EWZA 3NQAA 2OT1A 2Y7FA 4O13A 4ORIA 2I1OA 4M19A 1V7YA 3A5FA 4GUGA 3B0VC 1ZAJA 2OJPA 3DFQA 4FNSA 4JYEA 2AQWA 2RH9A 1X6UA 2OZ0A 1EP1A 1UB3A 5EYWA 3IVUA 3QSRA 3NXFA 3WFAA 3HGRA 5CPOA 5DCBA 1GVOA 1RQEA 1C8VA 2Y7EA 4MPQA 5AYYA 4U28A 5AHIA 1K8YA 3FFSA 5HWJA 3GXTA 3LI0A 1JRBA 4N2YA 1TQXA 3IIVA 1AK5A 2VEIA 3GXPA 2CU0A 4LU0A 1VCVA 3G0SA 1SPQA 1OFEA 3LTPA 1I8JA 1JUKA 1SZEA 3C2FA 3G1AA 3CU2A 2VEMA 2H3DA 3EB2A 1YXCA 3LRMA 3NPVA 4MFEA 4NNAA 1LP6A 2YDAA 3HG4A 4YL2A 5FEWA 5LHEA 4MLRA 3UWWA 3GB6A 1FWSA 3R5EA 3MI2A 3R12A 3PUEA 3TJXA 2CZEA 1H7OA 1OX6A 3T44A 1RVGA 1R30A 2CLFA 4R7JA 5IBXA 3CEUA 1NFBA 3PBYA 2Y6ZA 1LTDA 5EY5A 1DV7A 3E96A 1J4EA 3DBPA 1QWGA 3W2MA 4PH6A 2NX3A 1VYSX 2CLKA 3HJZA 4K8HA 1W5MA 5IBXC 4AWUA 1X8FA 5D2VA 3WJWA 3NQFA 2WKJA 3RF9A 2V0TA 2W0UA 5D03A 3TNOA 4QAIA 1OF6A 3R8RA 5CPMA 1CW2A 4LVDA 1SW7A 1LDCA 4MIMA 2EAWA 4MOZA 3T4CA 3LCLA 3UY7A 4O1AA 4JR5A 5D37A 3P8JA 5AC7A 5AHNA 3HGSA 3E9AA 4FNRA 4UTTA 1ZALA 2Z2UA 3L5LA 2VFIA 4JIPA 4UMAA 1TJRA 2ABBA 4GBUA 2NX9A 4U4MA 4K36A 4UR8A 3IVTA 4D2JA 2Z6JA 1W5PA 4Q32A 2FJKA 1X1ZA 4P2VA 3NQDA 4W9TA 3PVFA 2CZDA 2FIQA 3UZJA 1FQ0A 1OFOA 2J27A 1QFEA 4WD0A 4PTNA 5LZLA 2FLIA 3L0GA 3DFOA 3EXTA 3LBMA 4LUJA 3KRSA 4TIMA 3LXCA 4O14A 3KX6A 3NQ8A 1ICPA 2WSRA 2O7SA 4RJEA 5C6MA 1K3UA 1RZMA 1SZGA 3SGZA 4JX6A 3TH6A 1ME7A 4N9BA 3KRZA 2J6XA 4N9EA 1FDYA 4LNYA 1C29A 1TPUA 2QCGA 1A5SA 3DI0A 1QPNA 4JY8A 4JTTA 5D30A 3O07A 2C0AA 4NJKA 4NNBA 4FHAA 2QUVA 3LERA 4O1CA 2DORA 2V82A 3KAOA 1GVFA 1OFAA 5G2IA 1A5BA 3IIPA 3TK7A 4UFMA 4O1BA 4POCA 4NU7A 2EHHA 3B4UA 3WJSA 1SSDA 1PHWA 1OX4B 2WOQA 4XTDA 4L4LA 3S5OA 4MYXA 3IIZA 3LCXA 1XXXA 2TRSA 3O06A 5H2ZA 1A50A 3LM7A 3W1QA 3QQ0A 1M7OA 1W8SA 3BW3A 4I7WA 3MHUA 1VYRA 1O5KA 3GAKA 3FYPA 4DF1A 1F2JA 1EWDA 3LCIA 4Q4KA 3FJ6A 4BF9A 1G7UA 3YPIA 3P5YA 4WUIA 3MO7A 1HTIA 3BG5A 3LRLA 4HT3A 3LTSA 5DLCA 1TPEA 2NXIA 2YR1A 4O1DA 2VFGA 4ORMA 1F76A 1PVNA 1K02A 4JTLA 1WBJA 1D9EA 3W7NA 1OFDA 3W6YA 4PODA 3W70A 3PB2A 1OYCA 1OFRA 1FWTA 3UXDA 3HGJA 3O6DA 4X22A 4UNKA 5H91A 1ICQA 2J24A 2ISVA 4CQ9A 4ZQCA 4MY8A 2YYTA 2A6NA 1VGAA 1JCXA 3UWZA 5C2XA 1Z48A 3FJLA 1OFPA 2Z0IA 2CLIA 1W3NA 2QUUA 1GG0A 2QJGA 3S0CA 1TPB1 3NPUA 1JUEA 1H7WA 2QCHA 1T96A 4YCPA 1LBLA 3QMTA 3DKJA 5K4ZA 3H54A 4K38A 1SO3A 5KITA 2QEZA 4LV4A 5BRBA 1GOXA 4ADTA 1WYIA 4WJEA 1H62A 1S3HA 2HS8A 1G69A 3QM3A 4JTSA 5FI8A 3W7OA 2V81A 4ZQPA 3EX6A 2RKXA 2OCZA 2X1UA 4LS1A 3TSDA 1FCBA 2WO5A 4E38A 3MHFA 2QCMA 5A5WA 1OG0A 1EA0A 3HPZA 1XI3A 1F73A 4HKPA 4BFAA 1I2RA 1FUYA 3RU6A 1AW1A 3ANYA 3TMLA 2CLLA 3W1LA 4RZ4A 2A7NA 2QJIA 3ABQA 1LCOA 2NX1A 4WQ6A 2X1RA 3W7KA 3LRKA 1H7RA 4QIUA 4MKNA 3LXBA 3FKRA 3HOJA 3N34A 1G7VA 1P1XA 4IOTA 1QPOA 1O94A 1IXNA 3DFNA 1PIIA 3C2RA 1ZFJA 1X1OA 3M6YA 2O7QA 2FB2A 4FIRA 3M9YA 3GAYA 2QAFA 4LUIA 3NAVA 4A2SA 4JYDA 4GE8A 5FF3A 3M43A 1A53A 2CZ5A 3B8DA 4XBKA 3TQVA 3TXVA 4LV9A 5KZMA 4I7UA 1JCJA 5E0KA 3NOEA 1B3OA 1NEYA 1T8XA 4RR4A 1YPFA 4LVGA 4J9JA 3W1PA 2HTMA 4N9DA 4R33A 5K3VA 4K8EA 4O4WA 3HG5A 1BTMA 3OVRA 2X30A 4Z0JA 4AAJA 3ELFA 1YLVA 4CLMA 4JN6A 1K7EA 1Z44A 3W74A 3W7GA 3L67A 2Z1BA 4O0KA 1R47A 4BI6A 3C2VA 3IIOA 1KW1A 4ALDA 4I9AA 5FEXA 2CLMA 1H7NA 3RMJA 5D09A 3LLFA 4X2RA 2ZDRA 4DO6A 3W85A 3NQCA 1XDLA 1T0OA 4O12A 1JCLA 3INPA 2YCEA 2CFFA 3W1UA 4FNUA 4K7VA 5KZDA 5G5IA 3U2OA 1DKWA 4FNQA 1EIXA 4PL1A 4I7VA 2DU2A 4O19A 3S1UA 1BKSA 1XBYA 3ABSA 3NPXA 2P10A 2YFNA 5CZSA 5AC6A 5DCEA 3VE9A 4AHQA 1VC4A 2NV2A 4LS2A 5F4WA 4WOZA 3VKJA 3TW6A 5FESA 5F4SA 4AH7A 2JKAA 1U5JA 3H53A 4UCGA 3F4NA 3FS2A 2Z6IA 3KVMA 1TJPA 2PE4A 5K9CA 3E0IA 4ZMGA 1A5CA 2FPTA 3G8EA 3G18A 3MJYA 3BO9A 1DQXA 1KBIA 5CSSA 2FTPA 3P60A 3W7MA 4A22A 1W1ZA 5I3FA 4O15A 5EBUA 2ZA1A 8TIMA 4FB7A 3RLVA 1H51A 2QCNA 1LROA 1ONRA 1LLWA 4RKAA 4IMDA 3ATZA 5DY3A 4HNUA 3W86A 2ZRUA 3DH7A 3E49A 2DZUA 3MP4A 3VE7A 1GPWA 2EPHA 4O54A 5K4XA 3KRUA 3LHZA 3TC7A 1PV8A 4NXSA 3NQVA 4BK9A 3UWQA 1JUBA 4GC4A 3EWXA 3P62A 2P1FA 5J5RA 4JTIA 2H6RA 5IM51 3C2EA 5LNWA 4EF8A 1TQJA 1L6SA 2ZRYA 1TCDA 3DKLA 5MHBA 3G1DA 1UUMA 2GPTA 2DP3A 4LRTA 4CCDA 4S2BA 5AOUA 3S1VA 2JKEA 3S1WA 2YW4A 2ZBTA 1XDMA 3NZRA 1KM1A 1P0KA 5DXYA 1B57A 1PS9A 2E6YA 4L4MA 4KFNA 3N9SA 4MY9A 4DO5A 2TYSA 2C13A 2ZZ6A 4DF0A 3IV3A 1HO1A 4ADUA 1XM3A 3W7EA 4WX2A 2A0NA 1OFQA 3LGEA 4AMAA 1GVQA 4UFHA 3QW4B 1THFD 3G0UA 2C1HA 2V5LA 4N02A 4EIVA 1U83A 3M0ZA 4RZ5A 1HFBA 1HL2A 3W71A 3E12A 1FBAA 3QQ1A 3PSWA 5D2XA 5LGZA 1TV8A 2QCLA 2PURA 1VHCA 4UFIA 3W73A 2B7NA 5CZJA 4JTKA 4OQVA 3W7LA 5KZEA 2A4AA 2B7OA 4H3DA 5AC8A 3TFCA 5HR6A 3F1QA 1F6PA 1TPVA 4JGDA 4ADSA 2X1TA 1WOAA 4IMFA 3NM3A 2V9DA 3BVJA 3B04A 1IXOA 3CLMA 1OX5A 1ZY9A 3TUUA 1TPFA 2YZRA 1TREA 1IXQA 2D73A 3TA6A 1KFBA 5L6UA 3IEBA 1ME8A 2ABAA 4Z1AA 1TRIA 3V1PA 3P82A 1E51A 4RZ6A 1JJKA 4CQ8A 2I14A 3H55A 1OABA 2EKCA 4XUGA 2R14A 4NX0A 2C14A 1D3HA 4O16A 2RDUA 3PBVA 1W54A 2CWNA 2FPYA 3O63A 3ABOA 2PRMA 1TTPA 3LBCA 3M5VA 2ISSA 4IPJA 1VRDA 3GKFA 2XN2A 5D02A 3MWAA 5AHMA 1W31A 1NVMA 3QRHA 1GYNA 2ZZ7A 4NJJA 1F6KA 2CLOA 4LVFA 2Y89A 3UWVA 4TMCA 4FEZA 4OWGA 3LCFA 2CW6A 2VXNA 3JRKA 1OK4A 2YYUA 4AXKA 1H50A 4WY0B 1H1ZA 1D3GA 4QQ3A 2VEPA 4C1LA 1H61A 3PM6A 1ZAHA 3EEGA 4QM1A 1XC4A 2BZNA 4JTJA 3M1ZA 3G0XA 1VQTA 5F2MA 1I2PA 3VNDA 3QF0A 1R46A 1AL8A 4NX5A 5HUPA 1GVSA 2ZTKA 4YXGA 1W56A 1H7PA 2BX7A 3O6CA 2PC4A 2ZA2A 1H5YA 4LVBA 2G97A 3W87A 2H3BA 3MP3A 1VH7A 4QISA 4DPQA 4DEFA 1LM1A 5TBOA 4AF0B 4TMBA 1TTQA 4MZ8A 4LC6A 4UC5A 1J5TA 3TC6A 2X1SA 4Y9AA 3RK8A 5FF7A 3PC0A 2FFCA 1YADA 4NNCA 4QNWA 2TPSA 3A23A 5G1YA 1KLZA 5HJLA 1NF7A 3NL6A 6ALDA 5CPLA 3MMTA 2DZXA 1TTJA 1Q45A 1BWLA 1XCFA 3GVGA 3C8FA 3UZ5A 3NR0A 5LKYA 1EB3A 1VCGA 4UTTC 4AVFA 3O1NA 1GTHA 5D05A 3HB9A 1XUZA 2PCQA 2J9ZA 5T26A 3T78A 2FQIA 3EX3A 1YTEA 3F03K 3G1YA 2HSAA 1MEHA 2QR6A 1VR6A 3R2GA 5DY2A 3PSVA 4NZJA 3PY2A 1LRQA 1Z42A 1SR9A 5AYXA 1R2RA 4JTGA 1H63A 4CCCA 2X2GA 3BW2A 4KFPA 5KTLA 1IIGA 4ZQNA 3IVSA 1ZCOA 3LHUA 3DZ1A 5GVJA 1JQVA 4OT7A 1FDZA 1KM5A 3S5ZA 3NZ1A 3OIXA 4YMZA 4DBDA 4XWUA 4FF7A 4OBTA 2A21A 1KFLA 1SZNA 1I2NA 3UPBA 5D38A 1RD5A 3M44A 5G1TA 2Y62A 1OHLA 4H4IA 1RQHA 4LW7A 3VFLA 1YPIA 5EKYA 3NQGA 2ZRXA 4AWTA 3S5NA 4OGZA 3QSTA 5KINA 1N7KA 5SWUA 1EP3A 3D0CA 3LCHA 3W7QA 2TSYA 4UMBA 1TIMA 4M6VA 5I3GA 1QPQA 3GDLA 3GKAA 2A6LA 3STFA 5HNRA 3W1XA 2BLEA 4FX7A 5DN1A 4HIBA 2NUWA 4O53A 2GJNA 4Z1BA 4HSOA 1MXSA 2CZFA 4FO4A 1QOPA 4UTWA 2WNNA 3RFAA 2WJZA 1MSSA 3UQNA 1SZFA 2XN0A 1F5ZA 4EF9A 4NXKA 2F7FA 1GT8A 4R53A 4UTWC 1I45A 1ME9A 1KFKA 2NUYA 1IXPA 2IQTA 3N2MA 5EMUA 3W2JA 1P5BA 4AWSA 3P80A 4BI7A 1SUXA 3GR8A 1PL9A 2XFWA 3MHGA 2ZCGA 3LHVA 4UFKA 2Y61A 2RDTA 3O05A 5D32A 1P4CA 3CIWA 4RLIA 3G1HA 3STGA 2E09A 3A21A 3W7CA 1G4PA 1L2UA 1QOQA 3P5ZA 3LHWA 4RX0A 3W2LA 3BLIA 2WSQA 2X16A 4N6EA 4UFJA 3W1AA 3TX9A 4JD4A 1ZNNA 5TIMA 4O18A 1Y0EA 4FNPA 4QSHA 3NEVA 4UTMA 1W3IA 2ZZ3A 4IJBA 1B4EA 2GJLA 4JX4A 3ZFHA 4G1KA 2Q3OA 1KFJA 4LVAA 2JGQA 3ZS4A 4KKXA 1YTKA 3KFTA 2DZSA 5CKSA 4JX5A 3L0NA 1GVRA 2VEKA 4KWVA 3TW7A 1PHQA 2ATMA 1WDWA 3P81A 1GYLA 3OG3A 2I9EA 3C2OA 4KFOA 4XKYA 2UV8G 4ZL1A 5G4WA 2Y7GA 3NGJA 2ZFAA 1WA3A 2OX1A 4PCFA 5AFDA 4JNMA 1JVNA 1OF8A 3TFXA 1DJNA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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