3B0VC

Trna-dihydrouridine synthase from thermus thermophilus in complex with trna
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
315
structure length
315
Chain Sequence
MLDPRLSVAPMVDRTDRHFRFLVRQVSLGVRLYTEMTVDQAVLRGNRERLLAFRPEEHPIALQLAGSDPKSLAEAARIGEAFGYDEINLNLGCPSEKAQEGGYGACLLLDLARVREILKAMGEAVRVPVTVKMRLGLEGKETYRGLAQSVEAMAEAGVKVFVVHARSALLALSTKANREIPPLRHDWVHRLKGDFPQLTFVTNGGIRSLEEALFHLKRVDGVMLGRAVYEDPFVLEEADRRVFGLPRRPSRLEVARRMRAYLEEEVLKGTPPWAVLRHMLNLFRGRPKGRLWRRLLSEGRSLQALDRALRLMEEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Oxidoreductase/rna
molecule keywords tRNA
publication title Molecular basis of dihydrouridine formation on tRNA
pubmed doi rcsb
source organism Thermus thermophilus
total genus 108
structure length 315
sequence length 315
chains with identical sequence D
ec nomenclature ec 1.3.1.91: tRNA-dihydrouridine(20) synthase (NAD(P)(+)).
pdb deposition date 2011-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF01207 Dus Dihydrouridine synthase (Dus)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.1460 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) 3b0vC02
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3b0vC01
4AMAA 5AHNA 3LB0A 4O52A 4K37A 4R53A 1TRIA 2ABBA 4NQ1A 4MLRA 1GOXA 2XN1A 4Y96A 3FOKA 3SIZA 4O4WA 4S1FA 1SPQA 5FEZA 1YLVA 4H6KA 2QF7A 2RDTA 1NF0A 3NA8A 3MP4A 4CNPA 2QDGA 3QMSA 3O16A 2W0UA 3RFAA 4LVGA 3UWVA 4JTSA 2X1TA 1G69A 4IX2A 4O13A 3YPIA 4X9SA 2ISVA 3KRZA 5HWJA 4CCCA 3UWUA 3G8RA 2VC6A 4UTTC 1XC4A 2GUUA 3EX1A 4UUIA 4AWSA 3WJXA 1C8VA 1H5YA 1LLWA 2Y6ZA 2NX3A 1EPXA 1H7RA 4U4MA 2VEPA 4NX5A 1NVMA 2QCLA 4EVZA 2ABAA 3N14A 1FWNA 2RDUA 4CQ8A 3NPWA 4IPJA 2CLOA 2PC4A 4RX0A 3G8EA 1YDOA 4CLMA 5K4ZA 1ONRA 1X1OA 4YL2A 3IIXA 2A0NA 4JIQA 1JVNA 2E6YA 5EA9A 4KFNA 2V2HA 1ZHAA 3PBWA 5AOUA 4JX4A 3SW6A 4KKXA 1DJQA 3E02A 1W3NA 1EWEA 1R30A 2B4GA 2NWSA 3BG3A 1WBHA 2Q8ZA 2Y7EA 3TC6A 4B5NA 1IXOA 1FWRA 3VNDA 2CLKA 4UFJA 1HO4A 3OA3A 4RZ4A 3O06A 4BR1A 1Y0EA 4UTIA 2E6FA 6ALDA 5K9CA 4OQVA 5FF2A 1K8YA 3ZS4A 1DQWA 5F2MA 2GPTA 4FX8A 4GFSA 1GTEA 3N9SA 4O4VA 1YPFA 3PM6A 1A5CA 2BWGA 1A50A 4EOUA 3G18A 4WOQA 4FIQA 3KXQA 2DZPA 1R47A 2YFOA 4NZJA 3K30A 2ATSA 3W76A 3P84A 3NL5A 2Y62A 2FPVA 2QCCA 1TB3A 3VCRA 1GTHA 4I7WA 1TTJA 4JGDA 3GIYA 5K9DA 3DZ1A 1ZENA 5D33A 3WK1A 2V5LA 5F2LA 4RLIA 1X7FA 3VE7A 1GVSA 1HFBA 2YFNA 1MSSA 1HG3A 3QQ1A 1A53A 4JEQA 5FI8A 1I45A 4N9BA 4X22A 2OT1A 1DL3A 3H54A 2FTPA 2EGZA 4TX9A 3NXFA 3TDFA 5D30A 2V30A 4ZQNA 3NG3A 3MI6A 5AHMA 2JKEA 4RZ6A 2VFFA 3HPXA 1KV5A 4O15A 5C55A 5H2ZA 3QFEA 4Y9AA 3W84A 3NQ2A 4MOZA 1O94A 2XN2A 1YTEA 1JUKA 1VLIA 1HO1A 3KX6A 3NVTA 3O15A 1SO6A 5L6UA 4RJEA 4L4MA 3TW6A 4AHOA 1TJPA 2AQWA 3HG4A 4NXSA 2PRHA 4LS1A 3LLFA 2QCDB 2WSRA 2RFGA 1UB3A 1I2QA 2NV1A 2O7SA 4YMZA 1PCKA 1GT8A 2PRLA 1YYAA 3N19B 2VFHA 3LBMA 4UFMA 1JQVA 3UNDA 2QJIA 4IXHA 4J9JA 1TPH1 1WAUA 1SO4A 3CEPA 1FCVA 2BXVA 2J6XA 1T96A 2J27A 2PE4A 3HO8A 5EBUA 1D9EA 4WY0F 3W71A 4M7SA 1A5AA 4JTHA 1ICQA 1OABA 2J9ZA 3TK7A 3EKLA 3EX2A 1QWGA 3W1RA 3S1UA 3P5YA 2CLHA 1VPXA 4WX2A 2ISWA 2V82A 1TPWA 1AK5A 5AYZA 2AAMA 5U4NA 1DKWA 4PH6A 1YTKA 4TMBA 1VC4A 1MXSA 5AFDA 2Z2UA 3MI3A 2JGYA 3HG5A 2OMAA 3N73A 4IX0A 1SFJA 5ABTA 1LZOA 2GOUA 4N9EA 3P8IA 1W0MA 1R46A 4IWWA 1P1XA 5LNVA 1LRQA 1AL7A 4MVAA 2E68A 4IGHA 1H61A 1FDZA 4PTNA 4E2DA 3PS7A 3S5OA 1W5NA 4NVTA 4O17A 1KV8A 3W7QA 1QMLA 3N2MA 1QO5A 5DN1A 4IMCA 1A5BA 2Y7GA 3LRMA 2YDAA 4FX6M 3M43A 4JICA 4OHQA 1N55A 3KVKA 3FS2A 4KWVA 3HOJA 1RQHA 1TJRA 4FNSA 1L6SA 1VGAA 1JUEA 3B4UA 2UV8G 3O8AA 5AHIA 2GQAA 3W23A 4JR5A 3B05A 1KM0A 3IEBA 2VKZG 3R89A 4DPQA 1LROA 3CHVA 3G1YA 1L6YA 3S1VA 3LLDA 5HNRA 3LRLA 4O54A 3W70A 5DXYA 3N9RA 3OVQA 3M6YA 4YCOA 2QCDA 4QQ3A 1K7XA 1OX5A 3TUUA 3SJ3A 3G3MA 3PBUA 4O14A 2NUWA 3G1DA 1JULA 2G97A 4MPQA 4DO5A 3CLMA 3GDLA 3NQCA 4LS0A 4NUWA 4TU1A 3EWUA 1M6JA 4ZMGA 3NQ8A 4XTIA 3F1QA 1S5TA 3N2XA 1IIHA 1WX0A 2WSYA 4KWWA 3M9YA 3EX6A 3GR7A 1IIGA 3ANYA 1JRCA 2PURA 4UFKA 3STCA 3CIWA 4P61A 3NR0A 3MO7A 1F76A 2BZNA 5H91A 1T99A 3GLCA 3W72A 3NM1A 4WXZA 2GJNA 3TX9A 1KBJA 3U6WA 2DZSA 4Z1CA 1X1ZA 4NX0A 1X6UA 3PC0A 2DZVA 3G1XA 4I7UA 5BW6A 2QAPA 4JD4A 3NL2A 3PSWA 2YW4A 3MI2A 2YYTA 4XZ9A 4YWIA 3G0SA 1O95A 2J88A 3TR2A 4PODA 3ATZA 4JXCA 1U5JA 3EXRA 3UXAA 3FJ6A 2QCMA 3TKFA 3R8RA 2V9DA 5D2TA 4MJZA 4ZZ9A 3P60A 4HIBA 3GVGA 2DORA 2DZWA 5AC6A 5E1QA 1JUBA 1P4CA 1ME8A 4UNKA 5CG7A 1LP6A 1E51A 3W3OA 2Q3RA 2C13A 1VLWA 4Q32A 2G96A 3VI2A 3P61A 3S5NA 2W6RA 2ZCGA 3L0NA 3HGJA 3OVRA 5D37A 2E5CA 3MP3A 4U28A 4DEFA 1G7UA 3GKFA 2NWRA 1G4TA 5KMYA 1H63A 3O6YX 2WNZA 1Q6RA 1K7FA 4NJGA 3HQ1A 3LI1A 1MO0A 2H3BA 3A22A 3BG5A 4N9CA 4FNQA 3Q37A 2DZXA 3M5ZA 3DKJA 3CEUA 4ICNA 2VFDA 4O19A 4DBDA 1TV8A 1K03A 3KVMA 3OG3A 5CZTA 3NOEA 1KM3A 3GB6A 3GX9A 3B8DA 4RZ5A 2YXGA 4GUJA 4ORIA 1H60A 1IXPA 5CPMA 3STEA 1KTBA 1NF7A 3M0ZA 2EKCA 3H53A 3TSMA 2C18A 4AEOA 3W88A 1EWDA 2Q8LA 3EWWA 3LCXA 4LRSA 1GVFA 1F7BA 3BARA 3HPSA 3O63A 1SW3A 1TREA 3C52A 4LW7A 5K4XA 2ZZ6A 2DZTA 3C2VA 3PBVA 3WJZA 3IGXA 3CWNA 2X1SA 2EAWA 1CX9A 5GVJA 5D03A 3LI0A 1FDYA 4JTUA 5G2WA 3STFA 2H3DA 5HUOA 3A23A 5DBUA 4A22A 4UCGA 3PWAA 5AB3A 2FPYA 1SW7A 2ZRYA 3TE9A 1JCNA 1GPWA 1LORA 4H3DA 1FWSA 4UFIA 4OE7A 3JR2A 3QYQA 1QFEA 1OF6A 2R94A 2C0AA 2VEMA 4JTTA 2FPTA 1TV7A 2F7FA 1TQJA 1ADOA 4QAIA 3SGUA 1SZEA 3ABRA 3U8GA 1KFJA 4A3UA 4O28A 3G3DA 3NQDA 1Z41A 2E1DA 3ATYA 3WK2A 4LVFA 1QO2A 2NUXA 3NQ6A 1SW0A 1JRBA 4JYFA 1P0NA 3TQKA 5DBTA 4DF1A 4N6FA 4HSNA 1D3HA 5G5IA 4DO6A 2Y70A 3QJAA 3W2MA 4Q33A 4RV8A 4M5PA 3NL3A 1HL2A 4OU1A 1FY6A 1LBFA 2X16A 1AW1A 4O12A 2CLEA 2HS6A 3LOTA 4IQLA 2ALDA 2WJZA 5DCEA 2VENA 3LM7A 1VRDA 1OYAA 5K7JA 1K7EA 1ZAIA 2O7QA 3LHWA 2DJLA 2A5HA 3NPUA 4O1BA 3W2JA 3LHZA 1OHLA 4BI5A 4O18A 1AW2A 1G4PA 3CB8A 3LV5A 4A2RA 3P8JA 5AHFA 1B57A 3PY2A 2QCFA 3RLVA 3S9YA 3W7OA 1YDNA 2CFFA 3L65A 1J5TA 1ME9A 4QIUA 4NNBA 2Y61A 3M44A 4RR4A 5FEWA 3UYCA 4D2JA 4NJHA 4EF8A 5LNWA 1DQXA 7TIMA 5I3IA 3EX3A 4C1LA 1U83A 1BEUA 5DY2A 3SY5A 3NZRA 3T40A 2WPBA 4O1AA 2EPHA 4ZQMA 3W74A 2QUUA 3TH6A 3G24A 1QOPA 2E09A 5CSRA 3W1NA 4NNCA 3CU2A 2J24A 2GQ9A 4UNLA 1SSDA 2CZDA 4AVFA 2P1FA 1B3OA 3KHJA 1G67A 3G1FA 4ZQRA 2WQPA 3NQFA 3STGA 3BVJA 1EEPA 5TBOA 3PUEA 3O05A 3OBKA 4Z1DA 5F1VA 4M6PA 2D73A 3UY7A 3GK0A 2X2GA 1OJXA 1FWTA 3TCEA 4TR9A 2KZHA 5BMXA 4NNAA 4RK8A 4FEZA 2V5BA 1JCXA 1LOLA 1QNVA 2W79A 2CU0A 5DY3A 1TTQA 4TO8A 3I7QA 1LOSA 1ML1A 3BW2A 5HWNA 1TMHA 3DXIA 2ZZ7A 4PCFA 4M6QA 4WY0A 3DFTA 4ZQPA 2YSWA 1XKYA 1LRTA 3W07A 1I4NA 3ZWSA 1KFKA 3WJWA 2FFCA 4MLJA 3W2UA 2Z6JA 4FNRA 4K36A 4JX6A 5D09A 4OBTA 4ZL1A 1YDVA 1FCUA 1XUZA 3LV6A 5DCDA 2JKPA 3EWZA 1LYXA 5HR7A 1EA0A 3THQA 3SSJA 4ONVA 4NJKA 5FEXA 4O1DA 1TPDA 3W86A 3TXZA 1L2UA 4CNNA 2V2CA 1WQ5A 4JX5A 6TIMA 2ISSA 3P74A 1GVOA 3MHFA 3OHIA 1H1YA 3INPA 4OV9A 3S8HA 3W1LA 4DXVA 3I65A 1Q3NA 3BGGA 4GE8A 4UXDA 1TCDA 3HG2A 4IMEA 3M1ZA 3BLEA 4O8RA 3IRDA 1OX6A 1SZFA 4ADTA 1VYRA 4JTLA 5KZDA 3UY8A 3UZJA 1LLZA 1B9BA 3W7MA 1XBYA 1WDWA 3NNTA 2R14A 3FIGA 4ADUA 4AWUA 1F05A 4Z08A 5HMSA 2ZQ0A 3S1XA 4HHPA 1OFQA 5D32A 5BOOA 2RHGA 3P5ZA 5BRBA 4QM1A 2B7QA 2NXIA 4Y6GA 4JTFA 2GVGA 4PFMA 1C29A 1QPRA 2BX7A 1AMKA 5F4WA 3PB2A 4FIRA 4QNWA 4GBUA 1VYSX 4JY9A 4Y90A 1NAL1 1OG0A 5F4SA 1W3TA 1HUVA 5G1TA 2JBMA 3W1MA 5BMWA 2CWNA 1FCQA 3FKKA 5DCBA 1EUNA 1KFBA 4MYAA 1XBVA 1TPUA 4LV4A 4N4PA 4RCXA 4JTJA 4UTMA 1CW2A 3T55A 5LHEA 5EY5A 4Z1BA 1EX5A 3CQ0A 1PL9A 3IV3A 1THFD 4JIPA 3LXAA 1OFPA 1L9WA 4MIMA 5I3GA 3C61A 4UMAA 3F03K 1TPB1 2J9YA 2WOQA 3FA5A 3W7NA 2Y85A 1TIMA 2TRSA 4K6AA 2Z6IA 2TMDA 3R13A 1BTMA 3UZ5A 4XKYA 2P0OA 5CPNA 1OFEA 2YPIA 2CLMA 4O1CA 1A5SA 3A9IA 2NX9A 3FJLA 3UXDA 5LGXA 1D3GA 1I2PA 5D04C 4MKNA 1BKSA 4WUIA 4GC4A 1KM6A 2ZDRA 2B7PA 2VELA 4UC5A 3WFAA 1S3HA 2DP3A 4WXYA 1JR1A 1Q45A 1ZAHA 4BFAA 5KZEA 1KA9F 3PF3A 2C14A 2X30A 3TQ0A 4I7VA 1KBIA 4QITA 5G2IA 3MHUA 2NV2A 1LBMA 2ZRXA 3C3NA 2X1UA 1TQXA 1EUAA 2DZUA 3TSBA 2ZRZA 3KOFA 5L9FA 1QOQA 2CLFA 5IM51 3MP5A 4FNUA 1Z44A 5D2YA 5D38A 2OX1A 2EF9A 3QM3A 4UTJA 3TQVA 3W7DA 1TPEA 1R2TA 4GJ1A 3DENA 3FKRA 4MY9A 3SFKA 3KVJA 2GJLA 3L66A 1O5XA 5D02A 2QCEA 4XWUA 4HPXA 1FX6A 3L21A 2ZRWA 1NSJA 1QCWA 1RV8A 1VZWA 2V0TA 3QRHA 4JTEA 4MUZA 2J9XA 1V7YA 3BLIA 3ABQA 5AHLA 3P67A 1VH7A 4TMCA 2GVLA 3M5XA 1TSIA 4CQAA 1KW1A 1W3IA 3C56A 5TIMA 3NAVA 5CPLA 3QEZA 2G95A 3DHDA 5AC8A 2H6RA 4LTSA 3DFQA 4WD0A 4DPPA 4RKAA 3L0GA 3W1PA 1VHCA 1G4EA 3S5ZA 1H51A 1XL9A 2LLEA 3UWQA 1M7OA 5CKSA 5EYWA 4WOZA 4JTKA 1F6PA 5SWUA 4AH7A 4K7YA 2VFIA 5KSWA 3M7WA 3B06A 2R91A 4L4LA 5AHEA 1ICSA 1MZHA 4BWLC 3AO0A 1XXXA 1UBSA 2AGKA 3R2GA 4LRTA 2Y7FA 3QF0A 3M5YA 1SZGA 4KFOA 3LCHA 3LCIA 4AXKA 3IGUA 5FF0A 2ZZ1A 3TROA 1FXPA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4KRZ A;  3RR1 A;  5JSL A;  4FX8 A;  1J2B A;  4GFS A;  3M4B A;  2YQY A;  4RE2 A;  2YL8 A;  4EOU A;  4R3U A;  1N1C A;  2OVL A;  1OB0 A;  4FIQ A;  3KXQ A;  2V67 A;  3WUE A;  4NZJ A;  3UPM A;  1I0B A;  2FPV A;  2QCC A;  4CX9 A;  1GTH A;  4I7W A;  1K9D A;  2QUL A;  2YLI A;  5K9D A;  2HNH A;  4PB4 A;  2G3K A;  1ZEN A;  2NV9 A;  5F2L A;  2WKL A;  1K9E A;  4RLI A;  4JCZ A;  3VDG A;  3VE7 A;  1E4M M;  2HE5 A;  4Y9N A;  1MSS A;  1HG3 A;  4H9X A;  2JIW A;  1QBA A;  1E6Q M;  1X38 A;  4N9B A;  1ITQ A;  1G94 A;  2OT1 A;  1XW8 A;  3H54 A;  3M0L A;  3NXF A;  2LFF A;  2WZE A;  2V30 A;  4ZQN A;  4W7U A;  2BMB A;  1T01 A;  3GXM A;  3IWP A;  1KV5 A;  5H2Z A;  3ZVR A;  1JD7 A;  3QFE A;  4YL0 A;  3U3B A;  3CO8 A;  3NQ2 A;  4ZE5 A;  7PTD A;  1P0E A;  1YTE A;  1UD2 A;  3GWN A;  3LD5 A;  2GFH A;  1DJI A;  3CS2 A;  2PWF A;  5FIP A;  4HQV A;  1SO6 A;  4L4M A;  3DOP A;  4A8N A;  2VC5 A;  1H5V A;  3FHD A;  3QLD A;  1TJP A;  2AQW A;  2OQY A;  3W00 A;  4MDO A;  4LS1 A;  3LLF A;  2PDJ A;  4D6I A;  2WSR A;  3E2S A;  3VVG A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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