5A69A

Gh20c, beta-hexosaminidase from streptococcus pneumoniae in complex with gal-pugnac
Total Genus 231
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
231
sequence length
624
structure length
585
Chain Sequence
RFTGLSLKQTQAIEVLKHISLPVEVAVTQSDQASISIEGEEGHYQLTYRKPHQLYRALSLLVTVLADKVEIEEQAAYEDLAYMVDCSRNAVLNVASAKQMIEILALMGYSTFELYMEDTYQIEGQPYFGYFRGAYSAEELQEIEAYAQQFDVTFVPCIQTLAHLSAFVKWGVKEVQELRDVEDILLIGEEKVYDLIDGMFATLSKLKTRKVNIGMDEAHLVGLGRYLILNRLLMCQHLERVLDIADKYGFHCQMWSDMFDRVTLVYWDYYQDSEEKYNRNFRNHHKIDLAFAGGAWKWIGFTPHNHFSRLVAIEANKACRANQIKEVIVTGWGDNGGETAQFSILPSLQIWAELSYRNDLDGLSAHFKTNTGLTVEDFMQIDLANLLPDLPGNLSGINPNRYVFYQDILCPILDQHMTPEQDKPHFAQAAETLANIKEKAGNYAYLFETQAQLNAILSSKVDVGRRIRQAYQADDKESLQQIARQELPELRSQIEDFHALFSHQWLKENKVFGLDTVDIRMGGLLQRIKRAESRIEVYLAGQLDRIDELEVEILPFTDFYADKDFAATTANQWHTIATASTIYTT
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords N-ACETYL-BETA-D-GLUCOSAMINIDASE
publication title A Second beta-Hexosaminidase Encoded in the Streptococcus pneumoniae Genome Provides an Expanded Biochemical Ability to Degrade Host Glycans.
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 231
structure length 585
sequence length 624
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF18088 Glyco_H_20C_C Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain
A PF18229 GcnA_N N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.670 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) N-acetyl-b-d-glucoasminidase 5a69A03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5a69A02
3.30.160.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain N-acetyl-beta-d-glucosaminidase 5a69A01
3UG5A 4Z2HA 3PZ9A 5HNNA 1GUVA 3UERA 1E0XA 2WW5A 2YA0A 2J7EA 1G0CA 1V3KA 3VDHA 3WF2A 3TA9A 4B9ZA 2DT1A 5HPCA 1XCXA 4X0VA 1V3IA 1GQJA 4CU7A 4MB3A 2CITA 2EXOA 1E1FA 4W85A 4QFUA 1UKSA 2D3LA 5BYWA 2PBGA 3GBEA 1W3LA 3RMEA 3GYCA 1CNVA 4X9YA 1V3MA 5D9MA 4A4AA 1I1XA 2BHYA 4IM4A 3VX1A 3THCA 5DFAA 5LA1A 2NSXA 3VINA 3FNDA 5A8OA 2X09A 5BRPA 4D6JA 2VURA 5FD0A 3AHVA 4D71A 1JI2A 2JF7A 5E9AA 2ESCA 3G6MA 1VENA 4AEFA 4OOZA 1LWHA 2WKGA 4MNMA 1VBUA 4ACZA 3TOPA 2PWDA 2ZWZA 1B0IA 4AZHA 4ZE4A 1GOQA 1D7FA 3UG4A 3TTYA 3SCRA 5A8PA 2W66A 2D3NA 2WC3A 3ZIZA 4TOQA 3VD5A 2D22A 2G8ZA 4YHGA 1C8XA 3LPPA 1B31A 5IHRA 1HJSA 1LL7A 5AC4A 4WSJA 1B3YA 2GFTA 3PZIA 1GOKA 2V5DA 4DWSB 1MYRA 3IJ7A 3MV01 4UQEA 3MS8A 2PB1A 5D8WA 1UD4A 4CCCA 4AW7A 3RJXA 3WNLA 3WNOA 4AD4A 2DIJA 3AIRA 4HA4A 4DUWA 3SCUA 2GUYA 3BAKA 1JXJA 2RGLA 5EFFA 1CXIA 3W24A 1VEMA 2ZE0A 3BLKA 2WLYA 2BXZA 5GPRA 4CN4A 1MW3A 3VD9A 1LLOA 7A3HA 1W32A 2E9LA 1GVIA 3VMNA 1NARA 2GK1A 4RE3A 2OSYA 1PZ2A 1CXEA 2FH8A 2PBOA 4BQ3A 3WQ6A 4PMZA 2FHFA 1AMYA 1IV8A 4UFHA 2JEPA 3NDZA 4CU8A 4RL3A 4UFLA 3AZTA 4P7LA 2CBIA 1H49A 4GIAA 1E4MM 2FGZA 3WQ4A 1X1NA 5LA0A 2EPLX 4YHEA 1VAHA 4BS0A 4PYSA 1G01A 3EMZA 3OBAA 1HP5A 3EDFA 3VPLA 4C7DA 2YIHA 4ZENA 3ARQA 3ZJKA 2WVVB 1ISYA 3TP4A 5HBFA 4HOZA 1H0IA 4KWUA 1XGZA 4MAZA 5GQBA 1ISWA 4BQ5A 1PX3A 1WDPA 4HTYA 1OGBA 1GORA 2YL9A 3UCQA 1MXGA 4LXFA 3ZSSA 4W87A 3DYMA 5IHSA 3PZMA 5A69A 1X6LA 2GDVA 2XSAA 4EKJA 1XH0A 3WF3A 2WWDA 3RCNA 2UY4A 2BFGA 4QCEA 3CHCA 1UOKA 4PCTA 1NWSA 2XVKA 1F4AA 3K4DA 3WNPA 3B9EA 2E40A 3VIIA 2O9RA 3EDJA 1HKJA 1V0LA 2WMIB 5E6ZA 1V6YA 2X1IA 2PWGA 4GO8A 5BWFA 3A47A 1QI5A 3WQ5A 2XYLA 4HOWA 2W62A 4H41A 4CKQA 1CGTA 4Z2LA 1E73M 3W6MA 4QLLA 2ZUNA 3MMDA 4J3SA 1KGUA 1UH2A 3GH7A 3THDA 3APGA 3K8MA 1UD2A 1JGIA 3CGTA 1EDTA 1JYWA 3VGHA 1R86A 1Q6GA 1JYXA 2GDUA 3WL0A 4AXNA 4RE2A 1JZ8A 1UKTA 4U2YA 1LQ0A 1VFFA 2XFFA 3WUFA 3VGBA 1EDQA 1HVQA 2XTKA 3CMGA 4XX6A 3N11A 4FF5A 1SMDA 2E9BA 2DSKA 3F5KA 3VIMA 1GQLA 1PAMA 2O9PA 4PTMA 5I5RA 4TUFA 4CD5A 2C7FA 2IUZA 3VD4A 3HJEA 4PTWA 3D5HA 2X2YA 2WZIA 5C70A 1JIBA 2YA2A 4R5EA 1XYFA 2VZVA 1H41A 1VBRA 5M3WA 5CG0A 1CIUA 1QPKA 2C0HA 4U2ZA 2PI6A 1EDGA 3WD1A 5A8NA 1E55A 4QCFA 1FP9A 2JALA 1Y7VA 3FY1A 3VM7A 1HT6A 5GNXA 1BYDA 1NOFA 2D23A 1E6NA 1OD8A 4ATWA 1QI0A 1E1EA 5C8BB 5FCZA 4D1IA 2BNJA 7CGTA 4WKAA 1V6UA 4YN5A 1TCMA 3PZOA 4XUYA 3AMDA 4UZSA 1E4IA 1JFHA 3L4XA 2OYKA 5IXEA 3VIPA 4H8UA 1SFSA 5CZKA 5I77A 5CJ5A 1CENA 2VRJA 1J0KA 4B3LA 1CXFA 4V28A 2OSWA 4TXEA 1QOXA 1EIBA 1LG2A 1CXLA 2JIWA 4J28A 3UR8A 1H11A 4D72A 4AD5A 1GONA 3K4AA 3QOKA 3ZM8A 1DWJM 3HU7A 4BCEA 4LX4A 4XZWA 3BAWA 2Z1KA 4P8UA 3BCFA 4AIEA 2E4TA 7TAAA 1Q6EA 2WLZA 5D9PA 3MSDA 1JD9A 1JDCA 1KCKA 4PMNA 4LYRA 3VDCA 1JZ7A 1E5JA 2UY5A 1V0NA 1UD6A 2J8FA 4LPCA 4Y7EA 4DWSD 1EA9C 3FHAA 1E3ZA 2CKSA 3ECQA 3PHAA 5I3DA 1HX0A 2DEPA 3FN9A 1UA3A 3WH6A 4F8XA 4P7NA 6CGTA 1W1VA 2E9MA 3CTTA 3PZQA 1PBGA 2CETA 2RGMA 4QAWA 3EMQA 4M29A 1B30A 5HXMA 4FLOA 3MUY1 3K1DA 1JYNA 2PF0A 3CUFA 1E6SM 5A6BD 1CLVA 1G9HA 3VTRA 3QHOA 3OG2A 3L4UA 2WMGA 1UWTA 1JI1A 2WZHA 2D20A 3NSXA 1V0MA 3AHXA 1E6ZA 1N82A 5KZ6A 2XGBA 1C3FA 4URIA 1QVBA 3QOMA 2D24A 1TUXA 2YDRA 3S6TA 2BXYA 1DHKA 3OLGA 1I1WA 3AOFA 6A3HA 2BS9A 3ARWA 3BSGA 2AMGA 3K8KA 3PN8A 2WC7A 2XWDA 3ZSTA 2XHYA 5A6KA 4MB5A 1UR8A 1DWIM 2XG9A 5BXSA 4ZE5A 5CSYA 1AVAA 5A6LA 1WE5A 3VIFA 1EO7A 5A2CA 3CUGA 1M53A 1DWGM 4D6FA 2PWHA 3AICA 2A3CA 1OT1A 2YBTA 2G4FA 4W5ZA 2BY2A 3RM9A 1JYVA 2J25A 3WF4A 3AI0A 4WLCA 4P7OA 1XSJA 4AZ6A 2WVTA 4QLJA 9CGTA 2ZWYA 4MNKA 4C7GA 3LMYA 5KEZA 1U33A 5A6JA 1J11A 4MTVA 5E0FA 2WVSA 3L4ZA 3ZT6A 4XV0A 5CLTA 4E8CA 4CN1A 5C71A 2EBNA 3VIKA 4EANA 3CZGA 1HP4A 1NP2A 5D4YA 1KBBA 4Z2KA 1QHZA 1UQYA 1XV8A 4H8VA 3BH4A 3WUGA 4UOZA 5I79A 1JF5A 1NOUA 2CKRA 3EBVA 1RD6A 4GZIA 4JHZA 3PZUA 3NUKA 3ARYA 3BC9A 4M24A 4GI6A 1M7XA 1SR0A 5EMYA 4R27A 3LPGA 4UOJA 2X8RA 1WP6A 4F66A 3VDAA 2J4GA 4H2CA 4KMQA 1LG1A 2CERA 4ZXOA 3W0KA 4AIOA 4HOXA 1Z32X 1V02E 2VCBA 2V3FA 5A1AA 3RPMA 4GPNA 1FHDA 3PTMA 2GJXB 4PUDA 2ZUWA 4MJ4A 4W84A 3GXFA 1UHVA 3CPUA 4HPGA 1KXVA 5D8ZA 1BQCA 3CH9A 3GNPA 3EYPA 3ZR6A 5BXPA 8A3HA 1H5VA 2WMKA 2J75A 2QPSA 3OIHA 4U5IA 4NRSA 3T09A 3DYPA 3SUSA 3WQ8A 4YPJA 1GNXA 2DT0A 2VCAA 4OZOA 4JFVA 4D6HA 1K9TA 2AAAA 5FL1A 2ZXDA 1GCYA 4QP0A 1M01A 3VGDA 4J3UA 3II1A 2OYLA 3MUZ1 3A4XA 2GVYA 4IPNB 2QMKA 2VX4A 3BMWA 1CGXA 3WD0A 2O9OA 3W82A 3MANA 4A3HA 3AQUA 1EGZA 3NSNA 4UFIA 3CUHA 3VO0A 3AIUA 1XSKA 4IPLA 1XCWA 2DH3A 3SCSA 3O9NA 1C7SA 4GO9A 4CCEA 1BVNP 5HOSA 2YBUA 1E6QM 3WBAA 3GXMA 4P7RA 1HIZA 1B3VA 3M46A 2GJXA 1WZKA 3WEOA 2J7DA 2Y2WA 2ZX6A 4B9YA 1JDAA 1EHNA 4UFKA 4J3TA 5BRQA 1JD7A 1BYBA 3I3DA 3AS1A 3TTSA 3M6DA 1JFXA 1PIFA 2WSPA 3PBGA 4GI8A 1OWQA 2CXGA 4HZ8A 5E70A 3E1F1 2VMFA 3PTKA 1V6VA 1WNOA 1J0HA 1KQZA 1MFVA 3PZGA 1LL4A 1JZ3A 1FH7A 1E4NA 2J7GA 1LJYA 4NI3A 1CBGA 1V08A 3GNOA 3NCOA 3VIOA 1UZ1A 1QHPA 1NQ6A 3POHA 3VILA 1JXKA 3QHMA 1NOWA 1VIWA 5LA2A 1QHOA 1BYAA 1KWKA 5AYBA 4AZ7A 1UR9A 1V03A 1Q6DA 2A3HA 1CGWA 1DEDA 2WVUA 5JBDA 2BHUA 1ISXA 3KWXA 1FH8A 1J10A 1L8NA 1H1NA 2ZX5A 4PMRA 3UETA 5FKYA 5ABHA 5FOOA 1KXTA 4OBSA 3BAYA 1GOWA 5A6SA 3AIBA 1QBAA 5TD4A 2J62A 1P6WA 2VI0A 1JZ6A 1E6PA 4W89A 2G3IA 1DWHM 4CD4A 5I24A 4OIFA 2VCCA 2ZUSA 1TA3B 4XB3A 1JG9A 4P8VA 1H3GA 2EQDA 3IJ8A 2D0FA 3SCOA 1RH9A 1BPLB 2DIEA 5A95A 1Q6CA 2XM2A 4ZEPA 2X0YA 3HMCA 2BHZA 1LL6A 3VDBA 2XPKA 4AZIA 4DWSA 3OA5A 4UR9A 3ZJ7A 4B3KA 3SCQA 1LF1A 2A3BA 4NZCA 3KZSA 1HKMA 4J27A 3IAQA 3ARPA 1W91A 3T2QA 4OJYA 1QBBA 3WEZA 3CHDA 3VNZA 1HXJA 4WKFA 4JKKA 3GZAA 1OB0A 3W38A 1V6WA 2V38A 2WPGA 1O6IA 1MQQA 3B8SA 3U7BA 1QNPA 5A6BA 1OGGA 2WANA 3RILA 4JAWA 1H0GA 1OCQA 3M7SA 3CHFA 5EFDA 3NDYA 1W1PA 2UY3A 3W26A 2OSXA 5I78A 3ARXA 5FIPA 2W5FA 3FAWA 2VO5A 2ZIDA 3FHQA 5ABFB 1XYZA 4L4PA 4PSPA 2YDQA 5DT7A 3WDIA 4TX8A 4W5UA 3WQVA 4CVUA 5DT5A 1PIGA 3BXWA 3U57A 2Y24A 4UQDA 4UOQA 3BAXA 4EE9A 4HZ7A 1UWIA 3SCNA 3RIKA 3U5YA 4W8BA 1R85A 1UKPA 4JZ5A 4PBGA 2X05A 1UWUA 1I75A 3T2PA 1ISZA 1JNEA 2WVVA 3GTNA 1XD0A 1EH9A 1K9DA 2VL4A 1MQPA 1UD5A 2HISA 2MANA 6TAAA 4AEEA 1ZJAA 4PN2A 3EDEA 1MVYA 4GINA 1OBAA 4WKHA 2F2HA 2JFEX 2XIBA 1BLIA 2Q8XA 4M82A 2J7FA 4GKLA 2DSUA 2W91A 3UG3A 5I6SA 4CU6A 2B31A 1C92A 1JZ5A 4UFJA 2CBVA 4CGTA 4PMQA 3OZPA 3SURA 2V3EA 3MMWA 3F5LA 1B3WA 2J7CA 1B1YA 1J01A 4AIUA 5DMYA 5A6AA 2BVTA 2A3AA 1ZJBA 1CEOA 2J74A 1VFUA 1C7TA 4UQ9A 1BTCA 2DT2A 1E15A 1JZ4A 1YHTA 1JL8A 2WM0A 4DWSC 3WUBA 4P8WA 4JCMA 4CN6A 4GQRA 2WMIA 4DUVA 2JE8A 4KGJA 1UD3A 3MMUA 1QI3A 3AIQA 1MW2A 4JFWA 2BY3A 2W63A 2EPMX 3BLPX 4W7WA 5ECUA 3AMLA 3SUWA 1CXHA 2A3EA 5E0CA 4UFMA 5JBFA 2VOTA 1W2PA 1E71M 2EEXA 3VGGA 1VEOA 2YL8A 2DQXA 2OWXA 1BF2A 2JIEA 3W29A 1UA7A 1ZBVA 2IXVA 2WSKA 1XD1A 3WQWA 2G3JA 2VVSA 5BROA 5A3HA 1CGVA 3ALGA 4ML4A 3VUPA 5A2AA 1H2JA 4LYPA 4D6CA 1A3HA 3AROA 4MDPA 2W92A 3RDKA 2EPKX 3AHTA 4D1JA 4P7QA 1UH3A 1UD8A 1GOMA 2CBJA 1B90A 4DM1A 3SCVA 2F8QA 4AZCB 1US2A 1GQKA 1E6XM 1BGAA 4Z2JA 4WSKA 3WDQA 4UCFA 3EMCA 3NIYA 4ACYA 1HJWA 5IFPA 3WNNA 1D3CA 2WK2A 1G1YA 5I2UA 4PMVA 1VFMA 5I23A 1IZJA 5HPOA 3CZKA 2XIIA 1ODUA 1ZBKA 5BCAA 4PTXA 2ZUMA 2VX5A 3OGSA 3TTOA 3WD3A 2IXUA 3OLDA 3WNMA 4KRTA 5IFTA 2YOCA 1E43A 3KL5A 3QR3A 3T08A 2YA1A 2TAAA 3GXDA 2W67A 1W9BM 2XVPA 2G41A 4PMDA 1PJ9A 1WKYA 3SEPA 3ZQ9A 3VX0A 1ESWA 3AFBA 2D1ZA 1R8LA 1OIFA 1TVPA 3UESA 5JIPA 3MUIA 3AS2A 1R7OA 1TR1A 3N15A 4HA1A 3IANA 5JBEA 4AZGA 3LPOA 1EQPA 1U30A 4Q22A 3AIWA 4BA0A 2VX6A 1CPUA 1WDRA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3AOU A;  1DE5 A;  4ZO7 A;  2Q8Z A;  3WIJ A;  4LGX A;  3SRK A;  2YL6 A;  1FCV A;  4EPK A;  1CYG A;  1UOZ A;  5JUV A;  4DJE C;  2DDX A;  3S1W A;  4ZXL A;  4PFM A;  3W02 A;  2EMK A;  3L2M A;  4U10 A;  1OCJ A;  3U5S A;  3CBW A;  1N33 E;  5AGF A;  2J78 A;  3PUL A;  4TIM A;  3U3B A;  3DKA A;  4G7Z F;  2J0X A;  2WHM A;  3M0Y A;  3WH5 A;  4MJ2 A;  1B2Y A;  4TUI A;  2NAB A;  5E1Q A;  3WH8 A;  3WEN A;  5LXE A;  4WHB A;  3ATY A;  3OGV A;  4N02 A;  1ALD A;  2N8X A;  3GNX A;  1N55 A;  3H70 A;  1MXS A;  1BKS A;  3C61 A;  1GK8 A;  4IPJ A;  5HIN A;  2NSO A;  1BGG A;  4F2U A;  1HUV A;  4RDW A;  3LYE A;  2GJL A;  4AXK A;  5D33 A;  3IQT A;  4PB4 A;  2VX7 A;  2KHX A;  3LX9 A;  1QNO A;  3H4G A;  3DHU A;  1XH2 A;  4RDV A;  2CZD A;  3QHN A;  1WZM A;  3BGA A;  1U6H A;  5A6M A;  4TUG A;  3DHF A;  2EM3 A;  3EA1 A;  1YSA C;  4K6A A;  1B3O A;  3N4E A;  3VFC A;  1HO4 A;  4GH3 A;  2YL7 A;  4ROQ A;  2TPS A;  4WGZ A;  2QJN A;  3A4A A;  1XSI A;  3KKB A;  2WYS A;  3LS9 A;  4X2R A;  1XIC A;  1P7T A;  3L4V A;  3NXF A;  5DRC A;  1RVG A;  1REQ A;  3L5M A;  1DTN A;  1WDS A;  3S9Y A;  1QPU A;  3ART A;  3CTL A;  3R8R A;  2J47 A;  4GXW A;  1X6H A;  1P0B A;  1XYM A;  2OEL A;  3FSU A;  1BDJ B;  3AWN A;  3SQS A;  1D3H A;  3TVA A;  2CPU A;  1A0E A;  4HPH A;  8CGT A;  4WK9 A;  1EF3 A;  1DJX A;  1JCY A;  4TVU A;  2RSI A;  3ATZ A;  1DQ3 A;  4AD3 A;  3KOZ A;  1R87 A;  3C6C A;  4TMC A;  5M17 A;  3C63 A;  3EAU A;  3LU2 A;  1XC4 A;  1DE6 A;  4N9E A;  3LLK A;  3LLD A;  2EIK C;  4QG6 A;  1F8M A;  3TDF A;  4D6G A;  1GS9 A;  3GZ3 A;  3KZP A;  2XXA B;  3GIP A;  4MAD A;  5MF5 A;  1E0W A;  1KD0 A;  1MMF A;  2H8Z A;  4FXF A;  1AD1 A;  1C8Q A;  1V3L A;  3P3B A;  4Y8E A;  3P61 A;  1EC9 A;  3JYY A;  2GSH A;  1JCJ A;  1PKN A;  4R53 A;  3MU7 A;  3VIG A;  4X64 E;  2C18 A;  3P2V A;  3TMQ A;  1TB3 A;  4EAY A;  1CLK A;  5M03 A;  4HQV A;  1YXD A;  3P14 A;  2EOX A;  4KRU A;  1OAD A;  4EK7 A;  2M1S A;  1NH6 A;  1MFU A;  2E5L E;  1ECE A;  3FDG A;  1EC7 A;  1VYR A;  5IDI A;  1VR6 A;  3NPU A;  1UZH A;  2CNW A;  5KET A;  2EOZ A;  4XTK A;  3FGC A;  2WKL A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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