5A6AA

Gh20c, beta-hexosaminidase from streptococcus pneumoniae in complex with ngt
Total Genus 248
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
248
sequence length
622
structure length
620
Chain Sequence
TGLSLKQTQAIEVLKGHISLPDVEVAVTQSDQASISIEGEGHYQLTYRKPHQLYRALSLLVTVLAEADKVEIEEQAAYEDLAYMVDCSRNAVLNVASAKQMIEILALMGYSTFELYMEDTYQIEGQPYFGYFRGAYSAEELQEIEAYAQQFDVTFVPCIQTLAHLSAFVKWGVKEVQELRDVEDILLIGEEKVYDLIDGMFATLSKLKTRKVNIGMDEAHLVGLGRYLILNGVVDRSLLMCQHLERVLDIADKYGFHCQMWSDMFFKLMSADGQYDRDVEIPEETRVYLDRLKDRVTLVYWDYYQDSEEKYNRNFRNHHKISHDLAFAGGAWKWIGFTPHNHFSRLVAIEANKACRANQIKEVIVTGWGDNGGETAQFSILPSLQIWAELSYRNDLDGLSAHFKTNTGLTVEDFMQIDLANLLPDLPGNLSGINPNRYVFYQDILCPILDQHMTPEQDKPHFAQAAETLANIKEKAGNYAYLFETQAQLNAILSSKVDVGRRIRQAYQADDKESLQQIARQELPELRSQIEDFHALFSHQWLKENKVFGLDTVDIRMGGLLQRIKRAESRIEVYLAGQLDRIDELEVEILPFTDFYAKDFAATTANQWHTIATASTIYTT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords N-ACETYL-BETA-D-GLUCOSAMINIDASE
publication title A Second beta-Hexosaminidase Encoded in the Streptococcus pneumoniae Genome Provides an Expanded Biochemical Ability to Degrade Host Glycans.
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 248
structure length 620
sequence length 622
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2015-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF18088 Glyco_H_20C_C Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain
A PF18229 GcnA_N N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.670 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) N-acetyl-b-d-glucoasminidase 5a6aA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5a6aA02
3.30.160.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain N-acetyl-beta-d-glucosaminidase 5a6aA01
1VFMA 1XV8A 1ITCA 4NRSA 3W6LA 4UQAA 1D3CA 5DEZA 2XFFA 3L4VA 1GJWA 1MFUA 1K9TA 3MMDA 4P7NA 1JYNA 4JL1A 4RE4A 3EMCA 2EBNA 3GXDA 1W1PA 5CPQA 1LL7A 4KGJA 1C92A 4IPLA 3KL5A 1E6NA 1CLXA 2G3MA 3CZKA 4CCEA 4XZWA 3LPPA 2F8QA 2WKGA 4UOZA 3MUAA 4QCEA 1CGUA 2WKLA 1CXKA 2EPLX 3VD3A 3ARSA 3OGVA 2XM2A 2UY4A 2DSWA 2V5CA 3AQUA 2J74A 1UKQA 4MNLA 1UA3A 3RPMA 1F4HA 3IJ8A 5IXEA 1C8YA 5CJ5A 3GZAA 1VBUA 1XH0A 4HA3A 3RCNA 2ZE0A 4AC1X 1HT6A 5HPOA 1B2YA 3W24A 3AI0A 2Y5EA 1BVZA 2ZICA 3SUWA 3L4TA 3AISA 3NSXA 2D3LA 3WKZA 4J3VA 5A6AA 1EIBA 1F4AA 5D9NA 3VIKA 5HXMA 2IUZA 4HPGA 4QFUA 5BXTA 4CU7A 7CGTA 2J4GA 4UR9A 3MS8A 3TONA 2EPNA 1H4PA 1OT2A 5JBDA 1W9PA 3NSMA 4LYPA 2G3NA 3M7SA 2JF7A 4HOXA 3ARVA 1QVBA 4HZ7A 3WF4A 3T2PA 4V28A 3ARYA 3AMLA 2OLHA 3N1AA 1FH8A 3WH7A 3O9NA 1DEDA 5CPSA 3T0AA 3WUBA 4D72A 1JI2A 1A47A 1CBGA 5CXPA 4BCEA 1E15A 4ACZA 3A47A 2W62A 3WEMA 2PBGA 4P7RA 3WFLA 1J0IA 2O92A 4UFJA 3ALGA 1UG6A 2JFEX 1WE5A 2DSUA 2FH6A 2CKRA 2WMKA 2OWWA 2WHJA 3WQ6A 1ZBCA 2A3BA 4MAZA 4WF7A 2F61A 3VDCA 2OYLA 2YL8A 1TR1A 1CWYA 2VUYA 5E0FA 4UFLA 1XYFA 3ZR6A 3W27A 4JKKA 1XCWA 3MV11 1YHTA 1O7AA 3MMWA 1MW3A 4J3UA 3S6TA 1ZBWA 1B0IA 2X2YA 1FP9A 1GQKA 3DYOA 3CHCA 1W32A 4HU0A 9CGTA 3AYRA 3WEOA 3K4AA 3VDHA 3APGA 2GVYA 4MB1A 4P8VA 1W2VA 2W4XA 2WCAA 1W9VA 1CDGA 1TVPA 4JFUA 2DSZA 2VJXA 3WQ5A 4WLCA 5CLTA 2EPMX 2W67A 4M56A 3VTRA 5KZ6A 2C0HA 4U3AA 1HL8A 2D1ZA 2UY5A 3AMKA 3N04A 2WPGA 1M53A 3KWXA 2ZX8A 5TD4A 4GZEA 3AIUA 3WNKA 5C70A 3DHUA 4P8UA 3MSDA 2WC4A 2GJXB 2XGIA 4DWSA 4Z2LA 3L4WA 1E6PA 2OWCA 1QNSA 1SMAA 4GO9A 4WK9A 4GO8A 2D0GA 4UQ9A 4M24A 2J8GA 5A6SA 1W1YA 3ARZA 3SCNA 5E6YA 3DYMA 1JD9A 2ZXDA 1JFHA 1EHNA 1RP8A 1UR8A 1E55A 3ZJKA 4MJ2A 2G41A 1W3JA 1E4LA 1JYVA 3F4VA 1KFWA 4MDPA 3NUKA 3GXFA 3WBEA 4UFMA 1QI0A 5BRQA 1RP9A 4FMVA 3AHTA 3VMNA 5FOOA 3MUZ1 5DT7A 1FOBA 4PRWA 3IAQA 3ZJ8A 3KZSA 4FLRA 5JUVA 3NDZA 4AD4A 1ZJBA 5CZKA 1GOKA 4OOUA 4CD7A 3G6MA 1HIZA 2DH3A 2CETA 4FF5A 1OB0A 2ZUTA 2VCAA 2CPUA 4HZ6A 2A3AA 1DHKA 4DWSD 1MYRA 4U5IA 1FFQA 3MO4A 1GQJA 3WIJA 1UD4A 2VZVA 4MJ4A 1E6SM 4TVDA 3BH4A 4J28A 4BQ5A 2ZXBA 3PBGA 4XUYA 4PSPA 2UY3A 3A6OA 2VOTA 2BY0A 4AZ7A 1J0JA 2XVGA 4JL2A 4P7LA 4TVUA 4ZENA 3AHXA 1QW8A 3CUFA 1B3WA 1OGGA 3VDBA 2WANA 1CECA 4XZBA 3TTQA 5JIWA 2DT0A 3M6DA 4PTXA 3ZQ9A 1HL9A 4H8HA 3QGVA 3GYCA 1V6XA 4HMEA 3ZSSA 1HKMA 3CTTA 5A6KA 1ECEA 3PTKA 2RGMA 3CLWA 3GNOA 1PX4A 2WNWA 1UOKA 1R85A 1JZ3A 3WELA 1V3HA 5A6BA 1MW0A 1UUQA 4AIEA 2J7CA 2X09A 4HTYA 4AZGA 5C8BB 1QHPA 2W5FA 1W9UA 3PZQA 3EDKA 1WDRA 2D3NA 2G8ZA 1VFFA 2OYMA 3OA5A 2ZX9A 3SUVA 1KBKA 3BMWA 3SIMA 1BYAA 1XHGA 1OINA 1GJUA 3WNPA 3E1F1 1OGSA 1H49A 4B9ZA 3WF3A 4A3HA 4D6DA 3CBWA 3WDHA 3M07A 3AXHA 1KCLA 1JZ4A 1AQMA 4IPNB 1HJUA 1Q6EA 1W2PA 4IUGA 4BF7A 4MNKA 1KXTA 2VCBA 4EKJA 3CMJA 1UKSA 5D9MA 4TTGA 3IJ7A 5DF0A 1L0PA 2OWXA 2DT1A 4Q7NA 5FKYA 3W53A 3U57A 2E8ZA 4Z2JA 1MW2A 3OLDA 1UD6A 3OG2A 1NARA 3BGAA 4W89A 2XSBA 4HZ8A 4GQQA 5I6SA 3N17A 4LYQA 1JF6A 3CUIA 2X8RA 2CHNA 1E1EA 4LGXA 1JAEA 5A2BA 2J47A 3K8LA 4E4PA 2XGBA 2XPKA 3L4UA 1PX3A 1EH9A 3ZT6A 3BCFA 4AD3A 2YBTA 1PAMA 3BAYA 3D3AA 2D24A 3K8KA 2YBUA 5AC5A 2VZTA 1J0KA 1GVIA 3IK2A 1LWHA 4GKLA 5I2UA 2J7HA 4AD1A 3KL0A 1B3XA 3WSUA 3GH5A 2Z1KA 1QNRA 3VX0A 1BVNP 1EA9C 1PX8A 3PZUA 4TVCA 3ZIZA 3WD1A 1HVXA 1V3JA 3RJXA 5ECUA 1E5NA 2A3HA 2ZXAA 2D0FA 1J0HA 3WY1A 3VGHA 1KCKA 1LF1A 4ZXOA 4W88A 2G3IA 4MNJA 3CGTA 1EHAA 2WBGA 1OGBA 5EBAA 2XM1A 1EDTA 2VURA 1C8QA 1NH6A 1CZ1A 3THCA 2OYKA 1DWGM 2WHLA 3J7HA 1R7AA 1EO7A 5I77A 1GHSA 5FIPA 2CERA 1UR4A 3WENA 1QPKA 1QHOA 3BSGA 1GOIA 2G4FA 1H3GA 1CTNA 3RM4A 1JG9A 1AVAA 2WYSA 2FHBA 3AS0A 4M29A 3K8MA 5EFFA 4X0VA 1V6UA 2GJXA 4C7DA 1JIBA 1BYBA 4L4PA 3WFZA 4CN6A 1E1FA 1B3VA 1PIGA 4EANA 2CESA 3AMGA 3WN6A 2DH2A 4CD8A 4UQDA 4KH2A 4B3LA 1V02E 2VQTA 4PYSA 2V3DA 5ABGA 3GTNA 2BHZA 4B15A 2CBIA 5AYBA 5A8QA 3AHZA 1ZJAA 4DUVA 1CEOA 3NSNA 3VIPA 1NOFA 3N18A 1GOQA 3A3HA 1JF5A 3SCVA 3ZR5A 1GOOA 4TX8A 4AW7A 1E56A 4C7GA 2VZSA 2V3FA 3BMVA 1UQZA 2D23A 1D7FA 2XWDA 3WL1A 1NWTA 1EO5A 3AMCA 4D71A 1LQ0A 6A3HA 1QI5A 3KEHA 1MFVA 2MANA 3BLKA 4PTWA 3HMCA 1JXJA 1V0MA 1IT0A 3I3EA 2DDXA 2GDUA 3NCOA 2YDRA 3PZGA 5EFDA 3AZSA 1H41A 1U2YA 3RO8A 3GDBA 4LPCA 4UCFA 1WDQA 5A8OA 1BGAA 1EDGA 1MQQA 5CSUA 5ABEA 1CXHA 1UZ4A 1WDSA 3AFBA 1TG7A 3PZVA 4KWUA 3F5JA 4Q22A 1KWGA 3WH8A 5LA0A 3W38A 2WSPA 2C7FA 3VMOA 5DFAA 5I24A 3FY1A 5CSYA 1HXJA 4J3XA 5D9PA 4V2XA 3AYSA 4OUEA 5I5RA 2J75A 1GOMA 4QDMA 3VKKA 5GPRA 1OD8A 1SR0A 4PMOA 1XH2A 3K1DA 1K6AA 4FLQA 3GXIA 1E73M 1GORA 1UHVA 1NWRA 3AHYA 1M7XA 4ZE4A 2J7DA 2WMHA 1V6VA 4UOJA 1LL4A 5BRPA 1VEOA 4KGLA 3WQWA 5M3WA 5JIPA 1UKPA 1WNOA 2D2OA 4TTUA 4RE3A 1XC6A 2WHKA 2VI0A 3ZJ6A 2FDMA 3VIIA 3T08A 4CD5A 4QLJA 1E6XM 1QNPA 1C7TA 3ARWA 1JNDA 1GOWA 1OWQA 3LMYA 2YKKA 1HJQA 4WSKA 4J3WA 3CUGA 1U33A 3OZPA 4XV0A 2PBOA 3WUFA 2E9MA 2YLAA 4CVWA 2RGLA 1I75A 2J77A 2ZUMA 4DWSC 1KXVA 1NM9A 3VD9A 3CMGA 3N12A 1OT1A 1KR1A 3RIKA 4Z2HA 1WB0A 4J3SA 3BAWA 4DM2A 2Q8XA 4U33A 1G1YA 5IDIA 1LWJA 2VC9A 2EPOA 2WZEA 1EDQA 3CZLA 4OJYA 4W93A 5ABHA 1BG9A 1V3MA 1SYTA 4CCDA 2ZWZA 1V0KA 1J12A 1NP0A 4GZIA 4S3KA 1VENA 4XX6A 3VX1A 4F9JA 4UQCA 1WZLA 3SEPA 3B8SA 2CKSA 3VGFA 3FW6A 5BXSA 1WAWA 2WCGA 1FHLA 2PF0A 1JFXA 4AWEA 5IHSA 4U2ZA 4H2CA 4QAWA 3CHEA 1NQ6A 1QI2A 2O9PA 3UG3A 4AZHA 3F5KA 5A3HA 3NYDA 5F7UA 4V27A 5AY7A 2Y8VA 5A8MA 4D6CA 5LA1A 2WBKA 3PTMA 3LPGA 3L4YA 1D2KA 2VRQA 1K9DA 2J7BA 1E0WA 1CENA 2UWFA 1O6IA 1CXEA 1J0ZA 3AS1A 1MW1A 3F5LA 1ISVA 1CXLA 4WKAA 3PHAA 4AZIA 5E70A 3QOKA 3UCQA 4MPKA 3AIWA 2BFGA 3CHDA 2HVMA 1W9XA 2VL4A 4WJXA 1HJXA 3BAXA 4X0NA 2XVLA 3W0KA 1AQ0A 3AS2A 1LLOA 3EBVA 1P6WA 3ALFA 3CH9A 4ATWA 3L4XA 1OIFA 4AXNA 2WWCA 5I3DA 3MUIA 4ZXLA 1G9HA 2DT2A 1ZB5A 2CITA 3POHA 4CN1A 3MKKA 6CGTA 5A6MA 2WK2A 4PBGA 4PEEA 4OBRA 1V6WA 3SCRA 2VVSA 4L4OA 2DIJA 5A94A 4BQ3A 4WKFA 1NOUA 2Y2WA 3D5HA 4PMVA 4DM1A 2WLZA 3NJ3A 1ZU8A 3AIEA 1BF2A 3UR8A 3WUEA 2ZUUA 1GUVA 3ZT5A 4BA0A 3WEZA 3GNPA 1Q6DA 2VX6A 1JYXA 3BLPX 3PZIA 3T2QA 4HOWA 1FP8A 2JEQA 2XUCA 3W25A 1Q6GA 1VEMA 5AYIA 1HN1A 1OD0A 1BSIA 4CN4A 4YHGA 3UESA 3VNYA 5M03A 4QCFA 2VRJA 1QI3A 2X1IA 1RPKA 1FH9A 2J7FA 2E40A 1Q6FA 4EAMA 1A3HA 1GCYA 1WZAA 4HA1A 1PIFA 4GI9A 1CGYA 4JFWA 3DYPA 2DQXA 2BY2A 1Q6CA 4Z2GA 2XFRA 1KXQA 3I3DA 3AXXA 3ARTA 4Z2IA 1K9FA 1I1XA 4P7OA 2XVKA 4LYRA 1TFVA 2BNJA 3BC9A 1E4MM 2ZUNA 1UWSA 1ODZA 3FN9A 3ECQA 4CD6A 4QLLA 4D6EA 3L2MA 2DSVA 4D6FA 2WZHA 2VTFA 4UNIA 3VD4A 4H7VA 3A4XA 5HNNA 2CYGA 2O9RA 2V3EA 3AXIA 3WDPP 4BQ4A 1J01A 2WVVB 1H1NA 2YJQA 2C8NA 2EO7A 4URIA 1X1NA 4M80A 3AZTA 4AD2A 5HPCA 1W3LA 1GVYA 1HJWA 2Y4SA 2ZX5A 3B9DA 4AY1A 1J18A 4OBSA 3O6AA 5GNYA 2J78A 3EMQA 3OLEA 1H0GA 2CHOA 1JGIA 3VD5A 5LYRA 1TVNA 1TUXA 4PMNA 1E70M 1M04A 4YPJA 1X6NA 5CLWA 3ARQA 3CIVA 4HP5A 1C3FA 5C71A 3QOMA 3VM5A 4D6HA 4U5KA 3WNNA 3TTOA 4J27A 2DGAA 3BAIA 4CGTA 4MB3A 4GI6A 5IHRA 3BAJA 3CUJA 2PWEA 3ZMRA 4JFSA 1UWIA 3VDAA 1TE1A 4F9DA 2VX4A 5DT5A 2FGLA 3AIRA 1KXHA 1WP6A 3DHPA 4MDOA 5M5DA 5FL0A 2E4TA 3GH4A 1KBBA 2BVTA 3VU2A 1PJ9A 3VILA 3UG4A 3WDJA 4NRRA 1LJYA 1IZJA 2TAAA 1GPFA 1E71M 2O9TA 2XVPA 4JZ5A 4ML4A 4W5UA 4AIOA 5BCAA 1J9YA 4WIWA 1MQRA 3CO4A 4A4AA 3U5YA 2CEQA 2X05A 5I0DA 2ZX6A 4PTVA 3VGGA 4GINA 1ISWA 2WSKA 4W85A 3SCQA 3SCWA 2E8YA 4AISA 5E6ZA 2CIPA 3FAXA 2CCRA 1US2A 1L8NA 1HVQA 4LX4A 2ZOXA 4MADA 2CXGA 5A6BD 2VO5A 4M82A 2YL6A 2B31A 4DUXA 2WMFA 1KWKA 5I78A 5LA2A 2J8FA 2IXVA 3TP4A 1BFNA 4MB5A 2VRKA 1BYDA 2BY3A 3S2CA 1DWAM 4BZYA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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