5A6BA

Gh20c, beta-hexosaminidase from streptococcus pneumoniae in complex with pugnac
Total Genus 257
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
257
sequence length
627
structure length
612
Chain Sequence
SMVRFTGLSLKQTQAIEVLKGHISLPDVEVAVTQSDQASISIEGEEGHYQLTYRKPHQLYRALSLLVTVLAEADKVEIEEQAAYEDLAYMVDCSRNAVLNVASAKQMIEILALMGYSTFELYMEDTYQIEGQPYFGYFRGAYSAEELQEIEAYAQQFDVTFVPCIQTLAHLSAFVKWGVKEVQELRDVEDILLIGEEKVYDLIDGMFATLSKLKTRKVNIGMDEAHLVGLGRYLILNGVVDRSLLMCQHLERVLDIADKYGFHCQMWSDMFFPEETRVYLDRLKDRVTLVYWDYYQDSEEKYNRNFRNHHKISHDLAFAGGAWKWIGFTPHNHFSRLVAIEANKACRANQIKEVIVTGWGDNGGETAQFSILPSLQIWAELSYRNDLDGLSAHFKTNTGLTVEDFMQIDLANLLPDLPGNLSGINPNRYVFYQDILCPILDQHMTPEQDKPHFAQAAETLANIKEKAGNYAYLFETQAQLNAILSSKVDVGRRIRQAYQADDKESLQQIARQELPELRSQIEDFHALFSHQWLKENKVFGLDTVDIRMGGLLQRIKRAESRIEVYLAGQLDRIDELEVEILPFTDFYADKDFAATTANQWHTIATASTIYTT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords N-ACETYL-BETA-D-GLUCOSAMINIDASE
publication title A Second beta-Hexosaminidase Encoded in the Streptococcus pneumoniae Genome Provides an Expanded Biochemical Ability to Degrade Host Glycans.
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 257
structure length 612
sequence length 627
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF18088 Glyco_H_20C_C Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain
A PF18229 GcnA_N N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.670 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) N-acetyl-b-d-glucoasminidase 5a6bA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5a6bA02
3.30.160.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain N-acetyl-beta-d-glucosaminidase 5a6bA01
2WMIA 4P8VA 1LG2A 2W92A 2VCBA 1KBBA 1QBBA 1HJVA 3CPUA 3EYPA 1UR0A 4DUVA 3N13A 3AS2A 2FHBA 3SCTA 4JIEA 4P7LA 2VO5A 3D5HA 1VENA 1F4HA 1CBGA 3NSXA 1E72M 2BVYA 4Z2HA 4YHEA 2OSWA 1KB3A 2Y8KA 3KL0A 4AD3A 3RMEA 4NF7A 4WKAA 3SUVA 2EBNA 1ISZA 1BGGA 4PTVA 5FIPA 3UEQA 4U33A 3F5LA 3N9KA 3WF0A 2WCGA 5A6LA 4KRUA 4ZE5A 1QHOA 4DM1A 5BXSA 1OGSA 3J7HA 5ABFA 2VCAA 3MUIA 3M07A 1JYXA 3HJEA 2ZUVA 2E3ZA 4FLOA 3AIRA 2DQXA 1VEPA 3VNYA 3ZT7A 3TTQA 3IAPA 1XH0A 3WH9A 2CKRA 1VEOA 3A47A 1UR2A 4EAMA 4H04A 1G5AA 1HJXA 1ZS2A 2GJRA 2EO7A 4JHOA 3EDDA 2DH2A 4QDMA 1CGWA 1B1YA 1BG9A 2XFRA 3WEOA 1FFRA 4JCMA 3BAKA 3WIJA 1MW0A 3T09A 2VL4A 4AMCA 4W86A 1V6VA 5DEZA 2PWDA 5C70A 1MW1A 3M6DA 2CBJA 2WWCA 2WVTA 3VNZA 1WDRA 4KMQA 2OSXA 2WPGA 4PUEA 4HA4A 3K4DA 5AY7A 1LQ0A 2X1IA 2IXUA 4UFJA 1C7SA 1HVXA 3TA9A 1XD1A 4CU7A 1GQIA 2BHZA 4M24A 2WHKA 1QHPA 1VIWA 4CCDA 2O92A 4H41A 1BSIA 4IISA 4JKKA 1NWSA 5BWFA 2CIPA 1GNXA 3DYPA 4XX6A 4DWSA 2X2YA 1OIMA 3T0DA 3OGVA 3QHMA 3LPPA 2CKSA 1GORA 1W3LA 3VIKA 3CLWA 5JBFA 2XG9A 4D1IA 2J4GA 2XTKA 2VZTA 3BXWA 3GNPA 4HZ6A 1JZ8A 4N42A 2PWHA 4F9DA 1G9HA 1R85A 3TTOA 5E6YA 1QHZA 1ZB5A 4P7RA 1HKJA 3A4WA 3VINA 3RILA 4OZOA 2UY4A 5GPRA 2OYMA 1VBRA 3L4ZA 1VBUA 3MO4A 1OT1A 2W91A 3A4XA 2X09A 3VMNA 4EK7A 1BG4A 4NRSA 4BQ5A 2BHUA 4OUEA 3GBDA 4FF5A 4W93A 1MFUA 4UOZA 1TR1A 1XYZA 3BLKA 5CPQA 1U2YA 1TFVA 1CLXA 1CDGA 2QPSA 1E3ZA 4M80A 1E0WA 3K8MA 5C8BB 1UD6A 4UFLA 1B31A 1MWOA 2FHCA 3GXIA 2DIJA 3ARRA 3EDJA 1EGZA 2VVNA 1KXTA 4TVDA 2EPNA 3ARVA 2J7BA 5I23A 2JFEX 1CXEA 3WQ4A 2ZOXA 2IUZA 2Q8XA 3RIKA 4M82A 4CKQA 3EDEA 1DEDA 1NOUA 4HMEA 3CGTA 3DYOA 5BYWA 4HA1A 2XGBA 3WUFA 1LF1A 3RO8A 1R7OA 1EDGA 2WSKA 4WKHA 4ZEPA 3F5JA 1JZ7A 2J79A 1HJSA 4W84A 5HPOA 3WY1A 2E9LA 1UYQA 4U2YA 5KZ6A 4AD0A 3MSGA 1V6XA 2VZVA 1DWIM 4Z2KA 4XB3A 2UY5A 1E3XA 3N11A 2WMJA 1CXHA 5A6AA 3WQ8A 4PMYA 3BLPX 1UHVA 1EQCA 3UR8A 3L4WA 5CGMA 1GOKA 3L2LA 2QLYA 3SCNA 3BSGA 4D72A 3VGDA 4PMUA 3K8LA 3VDBA 5FD0A 5I3DA 1H11A 3WBEA 3WUGA 3POCA 1QI2A 4YN5A 4WK9A 3WKZA 4GQRA 1WDSA 5I24A 1V0LA 1AVAA 2BVTA 2D22A 2D20A 3VIMA 2V3FA 2G4FA 1CENA 4MB5A 1SYTA 3ARPA 1BYDA 4D6DA 1QI0A 3L4TA 4Z2IA 4MNMA 4CUCA 2WANA 4UQDA 1H4PA 4JFSA 1E6ZA 4V28A 3VOCA 1E56A 5HPCA 1WPCA 5GQBA 3POHA 1P6WA 3ZMRA 1TZ7A 2XIIA 1R87A 4BA0A 1VEMA 1B3VA 4ZXLA 2ZWZA 1UG6A 2DT2A 3AIBA 4CD6A 3GH4A 2EPKX 5IHSA 5ABHA 1O6IA 3U5UA 1E6RA 1FH9A 1Q6FA 1V02A 1MW2A 3LMYA 4D71A 4W5ZA 1H41A 2WYSA 4D1JA 1V02E 4UQBA 5M03A 5HBFA 4ATWA 1CXFA 3PZQA 1UKQA 4F66A 2PF0A 4CN4A 2QF8A 3NYDA 3TOPA 1MXGA 5E9AA 2J47A 3NCOA 1V3IA 5DT7A 2ESCA 4ATDA 2QV4A 3SEPA 3WD0A 4LYRA 3MMDA 4JL2A 4RL3A 4ZXOA 2YJQA 3AICA 4URIA 3G6MA 5D9PA 2ZUMA 3S2CA 4J3SA 3CZEA 3VGFA 1I75A 4H2CA 2GJPA 1MXDA 2XVKA 1VFFA 1KXQA 1C8YA 5D9NA 1BTCA 2J7GA 1VB9A 3K8KA 4HU0A 2AAAA 3VM7A 2WHJA 4HOWA 4S3JA 2F8QA 1FHLA 3ZT6A 4FK9A 2GSJA 5AC5A 4AWEA 4R5EA 1GPFA 1UKOA 3WEZA 4Q22A 1EO7A 1QNSA 1E6PA 3B9DA 4PMXA 1US2A 1BAGA 1KGWA 1QPKA 4F9JA 1HVQA 1UKSA 4J7RA 3EDFA 1GCYA 3AHXA 4KH2A 4QCEA 5I6SA 3VIFA 4QLJA 1LWJA 5D4YA 3W37A 2XWEA 3AHYA 2BY1A 5DFAA 2CESA 4TTGA 1EOKA 3MKKA 4OOZA 5JBEA 2ZXDA 1AQHA 1U30A 3CIVA 4N0RA 3OLIA 4BF7A 2WC3A 4R27A 1SMDA 2WMGA 3WNPA 4PMZA 1EHNA 3QGVA 4DM2A 1GQKA 3OIHA 4TTUA 1J01A 1J0YA 3TTYA 1H49A 2QHAA 3BAWA 3CMGA 1C7TA 2W61A 2W62A 4U3CA 2VC9A 4AZGA 2XVNA 4ATLA 4AZCB 3AIWA 2W4XA 1C3FA 3ZJ7A 3ZT5A 1HL9A 3AROA 4P8UA 4W8LA 1FH8A 2W67A 4JKMA 3WQWA 3MMUA 2A3EA 1W91A 1JI1A 2X8RA 5A6KA 2WWDA 1TA3A 1WZMA 4XUYA 2MANA 2NSXA 1E43A 3ARSA 5HDRA 1ITXA 3RM4A 4Z2GA 2YIHA 1UH3A 3WF4A 1ZJBA 1OSEA 3A4AA 2D0HA 1UR8A 1W9BM 4CD8A 3KL3A 3WQVA 2CHNA 4NRRA 1E73M 1EQPA 4MAVA 3N1AA 1PIGA 3PTQA 2YLAA 3M7SA 4TOQA 1V6YA 1OINA 4AZHA 4J3VA 5DO8A 1JL8A 4PMQA 4D6CA 1UUQA 2NW0A 4RE3A 2ZXQA 3SCWA 2O9RA 3FNDA 4B15A 4ML4A 5A8QA 1H1NA 1M53A 2C7FA 3VD7A 4PMNA 3ARQA 1KR1A 4QAWA 1YHTA 3VPLA 3WH7A 2PBGA 5E0FA 4PSPA 1HX0A 3QHNA 3RM8A 4GZEA 5BXPA 1RPKA 2GK1B 3SCRA 1NH6A 1NP2A 5CSYA 3FHQA 4JFTA 1KQYA 1XD0A 4W7UA 3I3BA 5A2AA 3W28A 1CXKA 3RJYA 1PZ3A 1SR0A 4MB1A 2BVDA 1H0GA 4P8WA 3VO0A 4K68A 3SUUA 1KGXA 2GDVA 3AJ7A 3TP4A 5BCAA 1WB0A 5I2UA 4FLQA 3WD3A 3WH5A 2O9OA 1E6XM 5E09A 4X0NA 3WD4A 5A8MA 3IAQA 3BAYA 3PZIA 1PBGA 1HP4A 1NOFA 2O9PA 3GBEA 2XM2A 3NDZA 1FA2A 2DT0A 4LQ1A 4GI9A 1E0XA 2DDXA 2ZXAA 4Q7NA 1WZKA 4UOJA 1E55A 2ZUNA 3BCDA 1JNEA 2V3DA 4GXPA 2XVGA 3CUJA 5E6ZA 1JDCA 3WL1A 2VZOA 1FH7A 1DWFM 2DEPA 4MDOA 2DIEA 3FW6A 2VTFA 4GO9A 4F8XA 2YDQA 2WAGA 3ALGA 4JFWA 2PWGA 3WNKA 1XC6A 3EMZA 1ITCA 1OBAA 1UH2A 2J8GA 3WQ6A 3VMOA 2B31A 3VIJA 2WVSA 4PMOA 2WHLA 1C90A 1QNQA 3OGRA 4MNLA 1B3XA 3AS0A 2X0HA 1KWKA 1HKMA 2ZUTA 4M81A 3VGGA 3ARZA 2WVVA 3QOMA 2D3NA 2PB1A 1E9LA 1NP0A 1A3HA 3ZJ6A 4AIOA 4HOZA 1G1YA 4AD5A 3ZR5A 4H8UA 4V27A 1ZJAA 5I79A 2ZICA 2Y8VA 2YL8A 1HP5A 3MV11 3GNOA 5BROA 1UKTA 5I78A 1QI4A 3TONA 2CBUA 1BGAA 1NWUA 3ARYA 1LL6A 1EIBA 1H3GA 4HZ8A 1TA3B 2GDUA 2WLZA 2D0GA 3T0BA 2DSWA 4PBGA 1WO2A 1E6QM 1AMYA 3BSHA 1QW8A 2WCSA 2DSZA 2UY2A 1V0NA 1B30A 3WD1A 1B0IA 1UQYA 3ZSSA 4AZBA 3OB8A 2ZX9A 2CETA 3UERA 2VUYA 3WMBA 4D6EA 1K9TA 1VF8A 1KXHA 3ARXA 3CUIA 4GKLA 2YA1A 3OA5A 3RCNA 3O2LA 4UQAA 2O9TA 2E4TA 5M3WA 2Y2WA 2FGZA 2G3IA 4ACZB 5LA0A 3WDJA 3WF1A 4E2OA 5DF0A 1BYBA 2CITA 1W1TA 3PZMA 1I1WA 2YL6A 3BMVA 1Z32X 4H8HA 2CXGA 1GJUA 1MYRA 1EA9C 4KGLA 1ISXA 3MSDA 1UOKA 4UFMA 3WF2A 3IJ8A 3WELA 1EDQA 1HKKA 2BXZA 4WKFA 1C92A 1E6NA 3WH6A 1CPUA 2EJ1A 4AZ7A 3F4VA 5A95A 4MPKA 2A3CA 3WH8A 1K6AA 3CHEA 3DYMA 4WJXA 4UOQA 3T08A 2XGIA 2OYKA 1ISYA 1BYCA 2X05A 3E1F1 3D3AA 3T2QA 1MQRA 2WLYA 1DWHM 2CNCA 5HOSA 1H0IA 3EMQA 2FHFA 3UETA 2BY2A 2E40A 1WDQA 1JXJA 2UY3A 3NDYA 1V3HA 4XV0A 4YHGA 3AXXA 2J74A 2J62A 1HF6A 2WMIB 1KFWA 2Z1SA 2JIWA 4BS0A 3MANA 4Z2JA 1NQ6A 1QVBA 4DWSC 4QCFA 1U33A 4AZ6A 2YL5A 1UWQA 4C7DA 4KWUA 3SCOA 2J78A 1SFSA 3SCSA 1W2PA 2OYLA 3U7BA 4PMRA 1Q4NX 5JIPA 5CPTA 2JEQA 4M1RA 4GQQA 2J7DA 1J11A 2BXYA 2J7FA 1UWUA 4AW7A 2PBOA 1UA7A 1GQLA 1UWIA 1CEOA 5IXEA 1MQQA 2VVSA 1UWTA 3K4AA 4P7QA 3VUPA 2YKKA 4HMCA 2A3HA 3VIPA 1JZ2A 4W5UA 3N17A 5FCZA 4LYQA 1JF6A 1GOMA 2PI6A 4J3UA 4E8CA 4BCEA 2JF7A 4LX4A 2OWCA 2WMKA 3GZAA 1OGGA 5ABFB 5A6SA 3VMPA 5A3HA 1PX8A 1XV8A 2JE8A 2WVVB 2YA0A 3AHVA 1B9ZA 3T2PA 3OLDA 2QPUA 4CN6A 3T0AA 4IPNB 2YLLA 3L4UA 3WNOA 3N15A 2PWFA 1XRVA 3CTTA 5AYBA 3MU7A 4IM4A 4LGXA 1PJ9A 1H5VA 5GNZA 3FXYA 3VU2A 4Y7EA 4E4PA 1UD5A 2JF6A 1EDTA 1CGTA 2YDSA 1US3A 1G0CA 2D24A 2G3MA 2VX4A 1QNRA 5DT5A 3W26A 3BAXA 3WUEA 1TUXA 2WKLA 4QLLA 5BRQA 3DHUA 1MVYA 1V3KA 1CNVA 4AISA 3AIUA 3ARUA 2G41A 3VD9A 3A3HA 1XHGA 1ZBWA 5A6BA 1JZ5A 3L4YA 4DWSB 2CBVA 2VQTA 1XCWA 2OLHA 4PN2A 3RDKA 1HT6A 1ODZA 3II1A 2ZX8A 3A6OA 3BC9A 2W66A 4LYPA 1V6UA 1UA3A 1E4IA 1JD9A 3MUY1 4HMDA 3K1DA 2E9MA 5JIWA 2YA2A 5DMYA 1LJYA 4FLRA 5IDIA 4QFUA 1FP9A 1MW3A 4XZBA 2XVPA 4MNJA 2VJXA 1UWSA 3VX1A 2E9BA 1GQJA 4AEEA 3AI0A 3PN8A 4JL1A 4UTFA 2XVLA 2YBUA 1VFUA 3GXMA 4AY1A 3THCA 2QMJA 1HXJA 1VFOA 1W1PA 1LWHA 4X9YA 4CD4A 3IK2A 1B3YA 6A3HA 1OT2A 1MFVA 3OGSA 1PZ2A 3AMGA 1CZ1A 2FGLA 1V0KA 1TVPA 3UG4A 5JUVA 2V5DA 4QP0A 4CU6A 1W32A 1W2VA 1FP8A 4IUGA 4UFHA 3SUTA 4W89A 1TG7A 4LXFA 1W3HA 4WSKA 3AYRA 4Z2LA 5A69A 1WNOA 2D0FA 4MB4A 3NJ3A 4OJYA 5D8ZA 4HPHA 5FKYA 4WLCA 3M46A 2Y4SA 1PX4A 1JYVA 1R7AA 4GZIA 1E6SM 2VNCA 4TX8A 3L4XA 1HJQA 5CXPA 3WQ5A 2CBIA 3VILA 1DWAM 3O6AA 2X0YA 1JZ4A 1KQZA 5CLWA 1E5NA 4B3KA 4AYSA 1OD0A 2EPMX 2DSKA 3B8SA 1ZBKA 3GNRA 4PMVA 5JBDA 4AD2A 1UR9A 3VM5A 4D6JA 5ECUA 4PEEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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